src/jalview/appletgui/AnnotationLabels.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.analysis.AlignmentUtils;
  24 import jalview.bin.JalviewLite;
  25 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  26 import jalview.datamodel.Annotation;
  27 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  28 import jalview.datamodel.SequenceI;
  29 import jalview.util.MessageManager;
  30 import jalview.util.ParseHtmlBodyAndLinks;
  31
  32 import awt2swing.Checkbox;
  33 import awt2swing.CheckboxMenuItem;
  34 import java.awt.Color;
  35 import java.awt.Dimension;
  36 import java.awt.FlowLayout;
  37 import java.awt.FontMetrics;
  38 import awt2swing.Frame;
  39 import java.awt.Graphics;
  40 import java.awt.Image;
  41 import awt2swing.MenuItem;
  42 import awt2swing.Panel;
  43 import awt2swing.PopupMenu;
  44 import java.awt.event.ActionEvent;
  45 import java.awt.event.ActionListener;
  46 import java.awt.event.InputEvent;
  47 import java.awt.event.ItemEvent;
  48 import java.awt.event.ItemListener;
  49 import java.awt.event.MouseEvent;
  50 import java.awt.event.MouseListener;
  51 import java.awt.event.MouseMotionListener;
  52 import java.util.Arrays;
  53 import java.util.Collections;
  54 import java.util.Vector;
  55
  56 public class AnnotationLabels extends Panel implements ActionListener,
  57         MouseListener, MouseMotionListener
  58 {
  59   Image image;
  60
  61   boolean active = false;
  62
  63   AlignmentPanel ap;
  64
  65   AlignViewport av;
  66
  67   boolean resizing = false;
  68
  69   int oldY, mouseX;
  70
  71   static String ADDNEW = "Add New Row";
  72
  73   static String EDITNAME = "Edit Label/Description";
  74
  75   static String HIDE = "Hide This Row";
  76
  77   static String SHOWALL = "Show All Hidden Rows";
  78
  79   static String OUTPUT_TEXT = "Show Values In Textbox";
  80
  81   static String COPYCONS_SEQ = "Copy Consensus Sequence";
  82
  83   int scrollOffset = 0;
  84
  85   int selectedRow = -1;
  86
  87   Tooltip tooltip;
  88
  89   private boolean hasHiddenRows;
  90
  91   public AnnotationLabels(AlignmentPanel ap)
  92   {
  93     this.ap = ap;
  94     this.av = ap.av;
  95     setLayout(null);
  96
  97     /**
  98      * this retrieves the adjustable height glyph from resources. we don't use
  99      * it at the moment. java.net.URL url =
 100      * getClass().getResource("/images/idwidth.gif"); Image temp = null;
 101      *
 102      * if (url != null) { temp =
 103      * java.awt.Toolkit.getDefaultToolkit().createImage(url); }
 104      *
 105      * try { MediaTracker mt = new MediaTracker(this); mt.addImage(temp, 0);
 106      * mt.waitForID(0); } catch (Exception ex) { }
 107      *
 108      * BufferedImage bi = new BufferedImage(temp.getHeight(this),
 109      * temp.getWidth(this), BufferedImage.TYPE_INT_RGB); Graphics2D g =
 110      * (Graphics2D) bi.getGraphics(); g.rotate(Math.toRadians(90));
 111      * g.drawImage(temp, 0, -bi.getWidth(this), this); image = (Image) bi;
 112      */
 113     addMouseListener(this);
 114     addMouseMotionListener(this);
 115   }
 116
 117   public AnnotationLabels(AlignViewport av)
 118   {
 119     this.av = av;
 120   }
 121
 122   public void setScrollOffset(int y, boolean repaint)
 123   {
 124     scrollOffset = y;
 125     if (repaint)
 126     {
 127       repaint();
 128     }
 129   }
 130
 131   /**
 132    *
 133    * @param y
 134    * @return -2 if no rows are visible at all, -1 if no visible rows were
 135    *         selected
 136    */
 137   int getSelectedRow(int y)
 138   {
 139     int row = -2;
 140     AlignmentAnnotation[] aa = ap.av.getAlignment()
 141             .getAlignmentAnnotation();
 142
 143     if (aa == null)
 144     {
 145       return row;
 146     }
 147     int height = 0;
 148     for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 149     {
 150       row = -1;
 151       if (!aa[i].visible)
 152       {
 153         continue;
 154       }
 155       height += aa[i].height;
 156       if (y < height)
 157       {
 158         row = i;
 159         break;
 160       }
 161     }
 162
 163     return row;
 164   }
 165
 166   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 167   {
 168     AlignmentAnnotation[] aa = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
 169
 170     if (evt.getActionCommand().equals(ADDNEW))
 171     {
 172       AlignmentAnnotation newAnnotation = new AlignmentAnnotation("", null,
 173               new Annotation[ap.av.getAlignment().getWidth()]);
 174
 175       if (!editLabelDescription(newAnnotation))
 176       {
 177         return;
 178       }
 179
 180       ap.av.getAlignment().addAnnotation(newAnnotation);
 181       ap.av.getAlignment().setAnnotationIndex(newAnnotation, 0);
 182     }
 183     else if (evt.getActionCommand().equals(EDITNAME))
 184     {
 185       editLabelDescription(aa[selectedRow]);
 186     }
 187     else if (evt.getActionCommand().equals(HIDE))
 188     {
 189       aa[selectedRow].visible = false;
 190     }
 191     else if (evt.getActionCommand().equals(SHOWALL))
 192     {
 193       for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 194       {
 195         aa[i].visible = (aa[i].annotations == null) ? false : true;
 196       }
 197     }
 198     else if (evt.getActionCommand().equals(OUTPUT_TEXT))
 199     {
 200       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false,
 201               ap.alignFrame);
 202       Frame frame = new Frame();
 203       frame.add(cap);
 204       JalviewLite.addFrame(frame, ap.alignFrame.getTitle()
 205               + " - " + aa[selectedRow].label, 500, 100);
 206       cap.setText(aa[selectedRow].toString());
 207     }
 208     else if (evt.getActionCommand().equals(COPYCONS_SEQ))
 209     {
 210       SequenceI cons = av.getConsensusSeq();
 211       if (cons != null)
 212       {
 213         copy_annotseqtoclipboard(cons);
 214       }
 215
 216     }
 217     refresh();
 218   }
 219
 220   /**
 221    * Adjust size and repaint
 222    */
 223   protected void refresh()
 224   {
 225     ap.annotationPanel.adjustPanelHeight();
 226     setSize(getSize().width, ap.annotationPanel.getSize().height);
 227     ap.validate();
 228     ap.paintAlignment(true);
 229   }
 230
 231   boolean editLabelDescription(AlignmentAnnotation annotation)
 232   {
 233     Checkbox padGaps = new Checkbox("Fill Empty Gaps With \""
 234             + ap.av.getGapCharacter() + "\"", annotation.padGaps);
 235
 236     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(annotation.label,
 237             annotation.description, "      Annotation Label",
 238             "Annotation Description", ap.alignFrame,
 239             "Edit Annotation Name / Description", 500, 180, false);
 240
 241     Panel empty = new Panel(new FlowLayout());
 242     empty.add(padGaps);
 243     dialog.add(empty);
 244     dialog.pack();
 245
 246     dialog.setVisible(true);
 247
 248     if (dialog.accept)
 249     {
 250       annotation.label = dialog.getName();
 251       annotation.description = dialog.getDescription();
 252       annotation.setPadGaps(padGaps.getState(), av.getGapCharacter());
 253       repaint();
 254       return true;
 255     }
 256     else
 257     {
 258       return false;
 259     }
 260
 261   }
 262
 263   boolean resizePanel = false;
 264
 265   public void mouseMoved(MouseEvent evt)
 266   {
 267     resizePanel = evt.getY() < 10 && evt.getX() < 14;
 268     int row = getSelectedRow(evt.getY() + scrollOffset);
 269
 270     if (row > -1)
 271     {
 272       ParseHtmlBodyAndLinks phb = new ParseHtmlBodyAndLinks(
 273               av.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[row]
 274                       .getDescription(true),
 275               true, "\n");
 276       if (tooltip == null)
 277       {
 278         tooltip = new Tooltip(phb.getNonHtmlContent(), this);
 279       }
 280       else
 281       {
 282         tooltip.setTip(phb.getNonHtmlContent());
 283       }
 284     }
 285     else if (tooltip != null)
 286     {
 287       tooltip.setTip("");
 288     }
 289   }
 290
 291   /**
 292    * curent drag position
 293    */
 294   MouseEvent dragEvent = null;
 295
 296   /**
 297    * flag to indicate drag events should be ignored
 298    */
 299   private boolean dragCancelled = false;
 300
 301   /**
 302    * clear any drag events in progress
 303    */
 304   public void cancelDrag()
 305   {
 306     dragEvent = null;
 307     dragCancelled = true;
 308   }
 309
 310   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 311   {
 312     if (dragCancelled)
 313     {
 314       return;
 315     }
 316     ;
 317     dragEvent = evt;
 318
 319     if (resizePanel)
 320     {
 321       Dimension d = ap.annotationPanelHolder.getSize(), e = ap.annotationSpaceFillerHolder
 322               .getSize(), f = ap.seqPanelHolder.getSize();
 323       int dif = evt.getY() - oldY;
 324
 325       dif /= ap.av.getCharHeight();
 326       dif *= ap.av.getCharHeight();
 327
 328       if ((d.height - dif) > 20 && (f.height + dif) > 20)
 329       {
 330         ap.annotationPanel.setSize(d.width, d.height - dif);
 331         setSize(new Dimension(e.width, d.height - dif));
 332         ap.annotationSpaceFillerHolder.setSize(new Dimension(e.width,
 333                 d.height - dif));
 334         ap.annotationPanelHolder.setSize(new Dimension(d.width, d.height
 335                 - dif));
 336         ap.apvscroll.setValues(ap.apvscroll.getValue(), d.height - dif, 0,
 337                 av.calcPanelHeight());
 338         f.height += dif;
 339         ap.seqPanelHolder.setPreferredSize(f);
 340         ap.setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());
 341         ap.validate();
 342         // ap.paintAlignment(true);
 343         ap.addNotify();
 344       }
 345
 346     }
 347     else
 348     {
 349       int diff;
 350       if ((diff = 6 - evt.getY()) > 0)
 351       {
 352         // nudge scroll up
 353         ap.apvscroll.setValue(ap.apvscroll.getValue() - diff);
 354         ap.adjustmentValueChanged(null);
 355
 356       }
 357       else if ((0 < (diff = 6
 358               - ap.annotationSpaceFillerHolder.getSize().height
 359               + evt.getY())))
 360       {
 361         // nudge scroll down
 362         ap.apvscroll.setValue(ap.apvscroll.getValue() + diff);
 363         ap.adjustmentValueChanged(null);
 364       }
 365       repaint();
 366     }
 367   }
 368
 369   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 370   {
 371   }
 372
 373   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 374   {
 375     if (!resizePanel && !dragCancelled)
 376     {
 377       int start = selectedRow;
 378
 379       int end = getSelectedRow(evt.getY() + scrollOffset);
 380
 381       if (start > -1 && start != end)
 382       {
 383         // Swap these annotations
 384         AlignmentAnnotation startAA = ap.av.getAlignment()
 385                 .getAlignmentAnnotation()[start];
 386         if (end == -1)
 387         {
 388           end = ap.av.getAlignment().getAlignmentAnnotation().length - 1;
 389         }
 390         AlignmentAnnotation endAA = ap.av.getAlignment()
 391                 .getAlignmentAnnotation()[end];
 392
 393         ap.av.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[end] = startAA;
 394         ap.av.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[start] = endAA;
 395       }
 396     }
 397     resizePanel = false;
 398     dragEvent = null;
 399     dragCancelled = false;
 400     repaint();
 401     ap.annotationPanel.repaint();
 402   }
 403
 404   public void mouseEntered(MouseEvent evt)
 405   {
 406     if (evt.getY() < 10 && evt.getX() < 14)
 407     {
 408       resizePanel = true;
 409       repaint();
 410     }
 411   }
 412
 413   public void mouseExited(MouseEvent evt)
 414   {
 415     dragCancelled = false;
 416
 417     if (dragEvent == null)
 418     {
 419       resizePanel = false;
 420     }
 421     else
 422     {
 423       if (!resizePanel)
 424       {
 425         dragEvent = null;
 426       }
 427     }
 428     repaint();
 429   }
 430
 431   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 432   {
 433     oldY = evt.getY();
 434     if (resizePanel)
 435     {
 436       return;
 437     }
 438     dragCancelled = false;
 439     // todo: move below to mouseClicked ?
 440     selectedRow = getSelectedRow(evt.getY() + scrollOffset);
 441
 442     AlignmentAnnotation[] aa = ap.av.getAlignment()
 443             .getAlignmentAnnotation();
 444
 445     // DETECT RIGHT MOUSE BUTTON IN AWT
 446     if ((evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON3_MASK) == InputEvent.BUTTON3_MASK)
 447     {
 448
 449       PopupMenu popup = new PopupMenu(
 450               MessageManager.getString("label.annotations"));
 451
 452       MenuItem item = new MenuItem(ADDNEW);
 453       item.addActionListener(this);
 454       popup.add(item);
 455       if (selectedRow < 0)
 456       {
 457         // this never happens at moment: - see comment on JAL-563
 458         if (hasHiddenRows)
 459         {
 460           item = new MenuItem(SHOWALL);
 461           item.addActionListener(this);
 462           popup.add(item);
 463         }
 464         this.add(popup);
 465         popup.show(this, evt.getX(), evt.getY());
 466         return;
 467       }
 468       // add the rest if there are actually rows to show
 469       item = new MenuItem(EDITNAME);
 470       item.addActionListener(this);
 471       popup.add(item);
 472       item = new MenuItem(HIDE);
 473       item.addActionListener(this);
 474       popup.add(item);
 475
 476       /*
 477        * Hide all <label>:
 478        */
 479       if (selectedRow < aa.length)
 480       {
 481         if (aa[selectedRow].sequenceRef != null)
 482         {
 483           final String label = aa[selectedRow].label;
 484           MenuItem hideType = new MenuItem(
 485                   MessageManager.getString("label.hide_all") + " " + label);
 486           hideType.addActionListener(new ActionListener()
 487           {
 488             @Override
 489             public void actionPerformed(ActionEvent e)
 490             {
 491               AlignmentUtils.showOrHideSequenceAnnotations(
 492                       ap.av.getAlignment(), Collections.singleton(label),
 493                       null, false, false);
 494               refresh();
 495             }
 496           });
 497           popup.add(hideType);
 498         }
 499       }
 500
 501       if (hasHiddenRows)
 502       {
 503         item = new MenuItem(SHOWALL);
 504         item.addActionListener(this);
 505         popup.add(item);
 506       }
 507       this.add(popup);
 508       item = new MenuItem(OUTPUT_TEXT);
 509       item.addActionListener(this);
 510       popup.add(item);
 511       if (selectedRow < aa.length)
 512       {
 513         if (aa[selectedRow].autoCalculated)
 514         {
 515           if (aa[selectedRow].label.indexOf("Consensus") > -1)
 516           {
 517             popup.addSeparator();
 518             final CheckboxMenuItem cbmi = new CheckboxMenuItem(
 519                     MessageManager.getString("label.ignore_gaps_consensus"),
 520                     (aa[selectedRow].groupRef != null) ? aa[selectedRow].groupRef
 521                             .getIgnoreGapsConsensus() : ap.av
 522                             .isIgnoreGapsConsensus());
 523             final AlignmentAnnotation aaa = aa[selectedRow];
 524             cbmi.addItemListener(new ItemListener()
 525             {
 526               public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 527               {
 528                 if (aaa.groupRef != null)
 529                 {
 530                   // TODO: pass on reference to ap so the view can be updated.
 531                   aaa.groupRef.setIgnoreGapsConsensus(cbmi.getState());
 532                 }
 533                 else
 534                 {
 535                   ap.av.setIgnoreGapsConsensus(cbmi.getState(), ap);
 536                 }
 537                 ap.paintAlignment(true);
 538               }
 539             });
 540             popup.add(cbmi);
 541             if (aaa.groupRef != null)
 542             {
 543               final CheckboxMenuItem chist = new CheckboxMenuItem(
 544                       MessageManager.getString("label.show_group_histogram"),
 545                       aa[selectedRow].groupRef.isShowConsensusHistogram());
 546               chist.addItemListener(new ItemListener()
 547               {
 548                 public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 549                 {
 550                   // TODO: pass on reference
 551                   // to ap
 552                   // so the
 553                   // view
 554                   // can be
 555                   // updated.
 556                   aaa.groupRef.setShowConsensusHistogram(chist.getState());
 557                   ap.repaint();
 558                   // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
 559                 }
 560               });
 561               popup.add(chist);
 562               final CheckboxMenuItem cprofl = new CheckboxMenuItem(
 563                       MessageManager.getString("label.show_group_logo"),
 564                       aa[selectedRow].groupRef.isShowSequenceLogo());
 565               cprofl.addItemListener(new ItemListener()
 566               {
 567                 public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 568                 {
 569                   // TODO: pass on reference
 570                   // to ap
 571                   // so the
 572                   // view
 573                   // can be
 574                   // updated.
 575                   aaa.groupRef.setshowSequenceLogo(cprofl.getState());
 576                   ap.repaint();
 577                   // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
 578                 }
 579               });
 580
 581               popup.add(cprofl);
 582               final CheckboxMenuItem cprofn = new CheckboxMenuItem(
 583                       MessageManager.getString("label.normalise_group_logo"),
 584                       aa[selectedRow].groupRef.isNormaliseSequenceLogo());
 585               cprofn.addItemListener(new ItemListener()
 586               {
 587                 public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 588                 {
 589                   // TODO: pass on reference
 590                   // to ap
 591                   // so the
 592                   // view
 593                   // can be
 594                   // updated.
 595                   aaa.groupRef.setshowSequenceLogo(true);
 596                   aaa.groupRef.setNormaliseSequenceLogo(cprofn.getState());
 597                   ap.repaint();
 598                   // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
 599                 }
 600               });
 601               popup.add(cprofn);
 602             }
 603             else
 604             {
 605               final CheckboxMenuItem chist = new CheckboxMenuItem(
 606                       MessageManager.getString("label.show_histogram"), av.isShowConsensusHistogram());
 607               chist.addItemListener(new ItemListener()
 608               {
 609                 public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 610                 {
 611                   // TODO: pass on reference
 612                   // to ap
 613                   // so the
 614                   // view
 615                   // can be
 616                   // updated.
 617                   av.setShowConsensusHistogram(chist.getState());
 618                   ap.alignFrame.showConsensusHistogram.setState(chist
 619                           .getState()); // TODO: implement
 620                                         // ap.updateGUI()/alignFrame.updateGUI
 621                                         // for applet
 622                   ap.repaint();
 623                   // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
 624                 }
 625               });
 626               popup.add(chist);
 627               final CheckboxMenuItem cprof = new CheckboxMenuItem(
 628                       MessageManager.getString("label.show_logo"), av.isShowSequenceLogo());
 629               cprof.addItemListener(new ItemListener()
 630               {
 631                 public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 632                 {
 633                   // TODO: pass on reference
 634                   // to ap
 635                   // so the
 636                   // view
 637                   // can be
 638                   // updated.
 639                   av.setShowSequenceLogo(cprof.getState());
 640                   ap.alignFrame.showSequenceLogo.setState(cprof.getState()); // TODO:
 641                                                                              // implement
 642                                                                              // ap.updateGUI()/alignFrame.updateGUI
 643                                                                              // for
 644                                                                              // applet
 645                   ap.repaint();
 646                   // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
 647                 }
 648               });
 649               popup.add(cprof);
 650               final CheckboxMenuItem cprofn = new CheckboxMenuItem(
 651                       MessageManager.getString("label.normalise_logo"), av.isNormaliseSequenceLogo());
 652               cprofn.addItemListener(new ItemListener()
 653               {
 654                 public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 655                 {
 656                   // TODO: pass on reference
 657                   // to ap
 658                   // so the
 659                   // view
 660                   // can be
 661                   // updated.
 662                   av.setShowSequenceLogo(true);
 663                   ap.alignFrame.normSequenceLogo.setState(cprofn.getState()); // TODO:
 664                                                                               // implement
 665                                                                               // ap.updateGUI()/alignFrame.updateGUI
 666                                                                               // for
 667                                                                               // applet
 668                   av.setNormaliseSequenceLogo(cprofn.getState());
 669                   ap.repaint();
 670                   // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
 671                 }
 672               });
 673               popup.add(cprofn);
 674             }
 675
 676             item = new MenuItem(COPYCONS_SEQ);
 677             item.addActionListener(this);
 678             popup.add(item);
 679           }
 680         }
 681       }
 682       popup.show(this, evt.getX(), evt.getY());
 683     }
 684     else
 685     {
 686       // selection action.
 687       if (selectedRow > -1 && selectedRow < aa.length)
 688       {
 689         if (aa[selectedRow].groupRef != null)
 690         {
 691           if (evt.getClickCount() >= 2)
 692           {
 693             // todo: make the ap scroll to the selection - not necessary, first
 694             // click highlights/scrolls, second selects
 695             ap.seqPanel.ap.idPanel.highlightSearchResults(null);
 696             ap.av.setSelectionGroup(// new SequenceGroup(
 697             aa[selectedRow].groupRef); // );
 698             ap.av.sendSelection();
 699             ap.paintAlignment(false);
 700             PaintRefresher.Refresh(ap, ap.av.getSequenceSetId());
 701           }
 702           else
 703           {
 704             ap.seqPanel.ap.idPanel
 705                     .highlightSearchResults(aa[selectedRow].groupRef
 706                             .getSequences(null));
 707           }
 708           return;
 709         }
 710         else if (aa[selectedRow].sequenceRef != null)
 711         {
 712           if (evt.getClickCount() == 1)
 713           {
 714             ap.seqPanel.ap.idPanel.highlightSearchResults(Arrays
 715                     .asList(new SequenceI[]
 716                     { aa[selectedRow].sequenceRef }));
 717           }
 718           else if (evt.getClickCount() >= 2)
 719           {
 720             ap.seqPanel.ap.idPanel.highlightSearchResults(null);
 721             SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 722             if (sg!=null)
 723             {
 724               // we make a copy rather than edit the current selection if no modifiers pressed
 725               // see Enhancement JAL-1557
 726               if (!(evt.isControlDown() || evt.isShiftDown()))
 727               {
 728                 sg = new SequenceGroup(sg);
 729                 sg.clear();
 730                 sg.addSequence(aa[selectedRow].sequenceRef, false);
 731               } else {
 732                 if (evt.isControlDown())
 733                 {
 734                   sg.addOrRemove(aa[selectedRow].sequenceRef, true);
 735                 } else {
 736                   // notionally, we should also add intermediate sequences from last added sequence ?
 737                   sg.addSequence(aa[selectedRow].sequenceRef, true);
 738                 }
 739               }
 740             } else {
 741               sg = new SequenceGroup();
 742               sg.setStartRes(0);
 743               sg.setEndRes(ap.av.getAlignment().getWidth()-1);
 744               sg.addSequence(aa[selectedRow].sequenceRef, false);
 745             }
 746             ap.av.setSelectionGroup(sg);
 747             ap.paintAlignment(false);
 748             PaintRefresher.Refresh(ap, ap.av.getSequenceSetId());
 749             ap.av.sendSelection();
 750           }
 751
 752         }
 753       }
 754
 755     }
 756   }
 757
 758   /**
 759    * DOCUMENT ME!
 760    *
 761    * @param e
 762    *          DOCUMENT ME!
 763    */
 764   protected void copy_annotseqtoclipboard(SequenceI sq)
 765   {
 766     if (sq == null || sq.getLength() < 1)
 767     {
 768       return;
 769     }
 770     AlignFrame.copiedSequences = new StringBuffer();
 771     AlignFrame.copiedSequences.append(sq.getName() + "\t"
 772             + sq.getStart() + "\t" + sq.getEnd() + "\t"
 773             + sq.getSequenceAsString() + "\n");
 774     if (av.hasHiddenColumns())
 775     {
 776       AlignFrame.copiedHiddenColumns = new Vector();
 777       for (int[] region : av.getColumnSelection().getHiddenColumns())
 778       {
 779         AlignFrame.copiedHiddenColumns
 780                 .addElement(new int[]
 781                 { region[0], region[1] });
 782       }
 783     }
 784   }
 785
 786   public void paintComponent(Graphics g)
 787   {
 788
 789         if (av.getWrapAlignment() || !av.isShowAnnotation())
 790                 return;
 791
 792         int w = getSize().width;
 793     int h = getSize().height;
 794     if (image == null || w != image.getWidth(this)
 795             || h != image.getHeight(this))
 796     {
 797       image = createImage(w, ap.annotationPanel.getSize().height);
 798     }
 799
 800     drawComponent(image.getGraphics(), w);
 801     g.drawImage(image, 0, 0, this);
 802   }
 803
 804   public void drawComponent(Graphics g, int width)
 805   {
 806     g.setFont(av.getFont());
 807     FontMetrics fm = g.getFontMetrics(av.getFont());
 808     g.setColor(Color.white);
 809     g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);
 810
 811     g.translate(0, -scrollOffset);
 812     g.setColor(Color.black);
 813
 814     AlignmentAnnotation[] aa = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
 815     int y = 0, fy = g.getFont().getSize();
 816     int x = 0, offset;
 817
 818     if (aa != null)
 819     {
 820       hasHiddenRows = false;
 821       for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 822       {
 823         if (!aa[i].visible)
 824         {
 825           hasHiddenRows = true;
 826           continue;
 827         }
 828
 829         x = width - fm.stringWidth(aa[i].label) - 3;
 830
 831         y += aa[i].height;
 832         offset = -(aa[i].height - fy) / 2;
 833
 834         awt2swing.Util.drawString(g, aa[i].label, x, y + offset);
 835       }
 836     }
 837     g.translate(0, +scrollOffset);
 838     if (resizePanel)
 839     {
 840       g.setColor(Color.red);
 841       g.setPaintMode();
 842       g.drawLine(2, 8, 5, 2);
 843       g.drawLine(5, 2, 8, 8);
 844     }
 845     else if (!dragCancelled && dragEvent != null && aa != null)
 846     {
 847       g.setColor(Color.lightGray);
 848       awt2swing.Util.drawString(g, aa[selectedRow].label, dragEvent.getX(),
 849               dragEvent.getY());
 850     }
 851
 852     if (!av.getWrapAlignment() && ((aa == null) || (aa.length < 1)))
 853     {
 854       g.setColor(Color.black);
 855       awt2swing.Util.drawString(g, MessageManager.getString("label.right_click"), 2, 8);
 856       awt2swing.Util.drawString(g, MessageManager.getString("label.to_add_annotation"), 2,
 857               18);
 858     }
 859   }
 860 }