src/jalview/appletgui/IdCanvas.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.datamodel.SequenceI;
  24
  25 import java.awt.Color;
  26 import java.awt.Font;
  27 import java.awt.Graphics;
  28 import java.awt.Image;
  29 import awt2swing.Panel;
  30 import java.util.List;
  31
  32 public class IdCanvas extends Panel
  33 {
  34   protected AlignViewport av;
  35
  36   protected boolean showScores = true;
  37
  38   protected int maxIdLength = -1;
  39
  40   protected String maxIdStr = null;
  41
  42   Image image;
  43
  44   Graphics gg;
  45
  46   int imgHeight = 0;
  47
  48   boolean fastPaint = false;
  49
  50   List<SequenceI> searchResults;
  51
  52   public IdCanvas(AlignViewport av)
  53   {
  54     setLayout(null);
  55     this.av = av;
  56     PaintRefresher.Register(this, av.getSequenceSetId());
  57   }
  58
  59   public void drawIdString(Graphics gg, boolean hiddenRows, SequenceI s,
  60           int i, int starty,
  61           int ypos)
  62   {
  63     int charHeight = av.getCharHeight();
  64
  65     if (searchResults != null && searchResults.contains(s))
  66     {
  67       gg.setColor(Color.black);
  68       gg.fillRect(0, ((i - starty) * charHeight) + ypos, getSize().width,
  69               charHeight);
  70       gg.setColor(Color.white);
  71     }
  72     else if (av.getSelectionGroup() != null
  73             && av.getSelectionGroup().getSequences(null).contains(s))
  74     {
  75       gg.setColor(Color.lightGray);
  76       gg.fillRect(0, ((i - starty) * charHeight) + ypos, getSize().width,
  77               charHeight);
  78       gg.setColor(Color.white);
  79     }
  80     else
  81     {
  82       gg.setColor(av.getSequenceColour(s));
  83       gg.fillRect(0, ((i - starty) * charHeight) + ypos, getSize().width,
  84               charHeight);
  85       gg.setColor(Color.black);
  86     }
  87
  88     awt2swing.Util.drawString(gg, s.getDisplayId(av.getShowJVSuffix()), 0,
  89             ((i - starty) * charHeight) + ypos + charHeight
  90                     - (charHeight / 5));
  91
  92     if (hiddenRows)
  93     {
  94       drawMarker(i, starty, ypos);
  95     }
  96
  97   }
  98
  99   public void fastPaint(int vertical)
 100   {
 101     if (gg == null)
 102     {
 103       repaint();
 104       return;
 105     }
 106
 107     gg.copyArea(0, 0, getSize().width, imgHeight, 0,
 108             -vertical * av.getCharHeight());
 109
 110     int ss = av.startSeq, es = av.endSeq, transY = 0;
 111     if (vertical > 0) // scroll down
 112     {
 113       ss = es - vertical;
 114       if (ss < av.startSeq) // ie scrolling too fast, more than a page at a time
 115       {
 116         ss = av.startSeq;
 117       }
 118       else
 119       {
 120         transY = imgHeight - vertical * av.getCharHeight();
 121       }
 122     }
 123     else if (vertical < 0)
 124     {
 125       es = ss - vertical;
 126       if (es > av.endSeq)
 127       {
 128         es = av.endSeq;
 129       }
 130     }
 131
 132     gg.translate(0, transY);
 133
 134     drawIds(ss, es);
 135
 136     gg.translate(0, -transY);
 137
 138     fastPaint = true;
 139     repaint();
 140   }
 141
 142   public void paintComponent(Graphics g)
 143   {
 144     if (getSize().height < 0 || getSize().width < 0)
 145     {
 146       return;
 147     }
 148     if (fastPaint)
 149     {
 150       fastPaint = false;
 151       g.drawImage(image, 0, 0, this);
 152       return;
 153     }
 154
 155     imgHeight = getSize().height;
 156     imgHeight -= imgHeight % av.getCharHeight();
 157
 158     if (imgHeight < 1)
 159     {
 160       return;
 161     }
 162
 163     if (image == null || imgHeight != image.getHeight(this))
 164     {
 165       image = createImage(getSize().width, imgHeight);
 166       gg = image.getGraphics();
 167       gg.setFont(av.getFont());
 168     }
 169
 170     // Fill in the background
 171     gg.setColor(Color.white);
 172     Font italic = new Font(av.getFont().getName(), Font.ITALIC, av
 173             .getFont().getSize());
 174     gg.setFont(italic);
 175
 176     gg.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);
 177     drawIds(av.startSeq, av.endSeq);
 178     g.drawImage(image, 0, 0, this);
 179   }
 180
 181   /**
 182    * local copy of av.getCharHeight set at top of drawIds
 183    */
 184   private int avcharHeight;
 185   void drawIds(int starty, int endy)
 186   {
 187     // hardwired italic IDs in applet currently
 188     Font italic = new Font(av.getFont().getName(), Font.ITALIC, av
 189             .getFont().getSize());
 190     // temp variable for speed
 191     avcharHeight = av.getCharHeight();
 192
 193     gg.setFont(italic);
 194
 195     Color currentColor = Color.white;
 196     Color currentTextColor = Color.black;
 197
 198     final boolean doHiddenCheck = av.isDisplayReferenceSeq()
 199             || av.hasHiddenRows(), hiddenRows = av.hasHiddenRows()
 200             && av.getShowHiddenMarkers();
 201
 202     if (av.getWrapAlignment())
 203     {
 204       int maxwidth = av.getAlignment().getWidth();
 205       int alheight = av.getAlignment().getHeight();
 206
 207       if (av.hasHiddenColumns())
 208       {
 209         maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;
 210       }
 211
 212       int annotationHeight = 0;
 213       AnnotationLabels labels = null;
 214
 215       if (av.isShowAnnotation())
 216       {
 217         AnnotationPanel ap = new AnnotationPanel(av);
 218         annotationHeight = ap.adjustPanelHeight();
 219         labels = new AnnotationLabels(av);
 220       }
 221       int hgap = avcharHeight;
 222       if (av.getScaleAboveWrapped())
 223       {
 224         hgap += avcharHeight;
 225       }
 226
 227       int cHeight = alheight * avcharHeight + hgap + annotationHeight;
 228
 229       int rowSize = av.getEndRes() - av.getStartRes();
 230       // Draw the rest of the panels
 231       for (int ypos = hgap, row = av.startRes; (ypos <= getSize().height)
 232               && (row < maxwidth); ypos += cHeight, row += rowSize)
 233       {
 234         for (int i = starty; i < alheight; i++)
 235         {
 236
 237           SequenceI s = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 238           gg.setFont(italic);
 239           if (doHiddenCheck)
 240           {
 241             setHiddenFont(s);
 242           }
 243           drawIdString(gg, hiddenRows, s, i, 0, ypos);
 244         }
 245
 246         if (labels != null)
 247         {
 248           gg.translate(0, ypos + (alheight * avcharHeight));
 249           labels.drawComponent(gg, getSize().width);
 250           gg.translate(0, -ypos - (alheight * avcharHeight));
 251         }
 252
 253       }
 254     }
 255     else
 256     {
 257       // Now draw the id strings
 258       SequenceI seq;
 259       for (int i = starty; i < endy; i++)
 260       {
 261
 262         seq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 263         if (seq == null)
 264         {
 265           continue;
 266         }
 267         gg.setFont(italic);
 268         // boolean isrep=false;
 269         if (doHiddenCheck)
 270         {
 271           // isrep =
 272           setHiddenFont(seq);
 273         }
 274
 275         // Selected sequence colours
 276         if ((searchResults != null) && searchResults.contains(seq))
 277         {
 278           currentColor = Color.black;
 279           currentTextColor = Color.white;
 280         }
 281         else if ((av.getSelectionGroup() != null)
 282                 && av.getSelectionGroup().getSequences(null).contains(seq))
 283         {
 284           currentColor = Color.lightGray;
 285           currentTextColor = Color.black;
 286         }
 287         else
 288         {
 289           currentColor = av.getSequenceColour(seq);
 290           currentTextColor = Color.black;
 291         }
 292
 293         gg.setColor(currentColor);
 294         // TODO: isrep could be used to highlight the representative in a
 295         // different way
 296         gg.fillRect(0, (i - starty) * avcharHeight, getSize().width,
 297                 avcharHeight);
 298         gg.setColor(currentTextColor);
 299
 300         awt2swing.Util.drawString(gg, seq.getDisplayId(av.getShowJVSuffix()), 0,
 301                 (((i - starty) * avcharHeight) + avcharHeight)
 302                         - (avcharHeight / 5));
 303
 304         if (hiddenRows)
 305         {
 306           drawMarker(i, starty, 0);
 307         }
 308       }
 309     }
 310   }
 311
 312   public void setHighlighted(List<SequenceI> list)
 313   {
 314     searchResults = list;
 315     repaint();
 316   }
 317
 318   void drawMarker(int i, int starty, int yoffset)
 319   {
 320     SequenceI[] hseqs = av.getAlignment().getHiddenSequences().hiddenSequences;
 321     // Use this method here instead of calling hiddenSeq adjust
 322     // 3 times.
 323     int hSize = hseqs.length;
 324
 325     int hiddenIndex = i;
 326     int lastIndex = i - 1;
 327     int nextIndex = i + 1;
 328
 329     for (int j = 0; j < hSize; j++)
 330     {
 331       if (hseqs[j] != null)
 332       {
 333         if (j - 1 < hiddenIndex)
 334         {
 335           hiddenIndex++;
 336         }
 337         if (j - 1 < lastIndex)
 338         {
 339           lastIndex++;
 340         }
 341         if (j - 1 < nextIndex)
 342         {
 343           nextIndex++;
 344         }
 345       }
 346     }
 347
 348     boolean below = (hiddenIndex > lastIndex + 1);
 349     boolean above = (nextIndex > hiddenIndex + 1);
 350
 351     gg.setColor(Color.blue);
 352     if (below)
 353     {
 354       gg.fillPolygon(new int[]
 355       { getSize().width - avcharHeight, getSize().width - avcharHeight,
 356           getSize().width }, new int[]
 357       { (i - starty) * avcharHeight + yoffset,
 358           (i - starty) * avcharHeight + yoffset + avcharHeight / 4,
 359           (i - starty) * avcharHeight + yoffset }, 3);
 360     }
 361     if (above)
 362     {
 363       gg.fillPolygon(new int[]
 364       { getSize().width - avcharHeight, getSize().width - avcharHeight,
 365           getSize().width }, new int[]
 366       { (i - starty + 1) * avcharHeight + yoffset,
 367           (i - starty + 1) * avcharHeight + yoffset - avcharHeight / 4,
 368           (i - starty + 1) * avcharHeight + yoffset }, 3);
 369
 370     }
 371   }
 372
 373   boolean setHiddenFont(SequenceI seq)
 374   {
 375     Font bold = new Font(av.getFont().getName(), Font.BOLD, av.getFont()
 376             .getSize());
 377
 378     if (av.isHiddenRepSequence(seq))
 379     {
 380       gg.setFont(bold);
 381       return true;
 382     }
 383     return false;
 384   }
 385 }