src/jalview/appletgui/SeqCanvas.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  24 import jalview.datamodel.SearchResults;
  25 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  26 import jalview.datamodel.SequenceI;
  27 import jalview.util.Comparison;
  28 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  29
  30 import java.awt.Color;
  31 import java.awt.FontMetrics;
  32 import java.awt.Graphics;
  33 import java.awt.Image;
  34 import awt2swing.Panel;
  35
  36 public class SeqCanvas extends Panel
  37 {
  38   FeatureRenderer fr;
  39
  40   SequenceRenderer sr;
  41
  42   Image img;
  43
  44   Graphics gg;
  45
  46   int imgWidth;
  47
  48   int imgHeight;
  49
  50   AlignViewport av;
  51
  52   SearchResults searchResults = null;
  53
  54   boolean fastPaint = false;
  55
  56   int cursorX = 0;
  57
  58   int cursorY = 0;
  59
  60   public SeqCanvas(AlignViewport av)
  61   {
  62     this.av = av;
  63     fr = new FeatureRenderer(av);
  64     sr = new SequenceRenderer(av);
  65     PaintRefresher.Register(this, av.getSequenceSetId());
  66     updateViewport();
  67   }
  68
  69   int avcharHeight = 0, avcharWidth = 0;
  70
  71   private void updateViewport()
  72   {
  73     avcharHeight = av.getCharHeight();
  74     avcharWidth = av.getCharWidth();
  75   }
  76
  77   public AlignmentViewport getViewport()
  78   {
  79     return av;
  80   }
  81
  82   public FeatureRenderer getFeatureRenderer()
  83   {
  84     return fr;
  85   }
  86
  87   public SequenceRenderer getSequenceRenderer()
  88   {
  89     return sr;
  90   }
  91
  92   private void drawNorthScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
  93   {
  94     int scalestartx = startx - startx % 10 + 10;
  95
  96     g.setColor(Color.black);
  97
  98     // NORTH SCALE
  99     for (int i = scalestartx; i < endx; i += 10)
 100     {
 101       int value = i;
 102       if (av.hasHiddenColumns())
 103       {
 104         value = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(value);
 105       }
 106
 107       awt2swing.Util.drawString(g, String.valueOf(value), (i - startx - 1) * avcharWidth,
 108               ypos - (avcharHeight / 2));
 109
 110       g.drawLine(((i - startx - 1) * avcharWidth) + (avcharWidth / 2),
 111               (ypos + 2) - (avcharHeight / 2),
 112               ((i - startx - 1) * avcharWidth) + (avcharWidth / 2),
 113               ypos - 2);
 114     }
 115   }
 116
 117   private void drawWestScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
 118   {
 119     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 120     ypos += avcharHeight;
 121     if (av.hasHiddenColumns())
 122     {
 123       startx = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(startx);
 124       endx = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(endx);
 125     }
 126
 127     int maxwidth = av.getAlignment().getWidth();
 128     if (av.hasHiddenColumns())
 129     {
 130       maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;
 131     }
 132
 133     // WEST SCALE
 134     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)
 135     {
 136       SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 137       int index = startx;
 138       int value = -1;
 139
 140       while (index < endx)
 141       {
 142         if (Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))
 143         {
 144           index++;
 145
 146           continue;
 147         }
 148
 149         value = av.getAlignment().getSequenceAt(i).findPosition(index);
 150
 151         break;
 152       }
 153
 154       if (value != -1)
 155       {
 156         int x = LABEL_WEST - fm.stringWidth(String.valueOf(value))
 157                 - avcharWidth / 2;
 158         awt2swing.Util.drawString(g, value + "", x, (ypos + (i * avcharHeight))
 159                 - (avcharHeight / 5));
 160       }
 161     }
 162   }
 163
 164   private void drawEastScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
 165   {
 166     ypos += avcharHeight;
 167
 168     if (av.hasHiddenColumns())
 169     {
 170       endx = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(endx);
 171     }
 172
 173     SequenceI seq;
 174     // EAST SCALE
 175     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)
 176     {
 177       seq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 178       int index = endx;
 179       int value = -1;
 180
 181       while (index > startx)
 182       {
 183         if (Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))
 184         {
 185           index--;
 186
 187           continue;
 188         }
 189
 190         value = seq.findPosition(index);
 191
 192         break;
 193       }
 194
 195       if (value != -1)
 196       {
 197         awt2swing.Util.drawString(g, String.valueOf(value), 0, (ypos + (i * avcharHeight))
 198                 - (avcharHeight / 5));
 199       }
 200     }
 201   }
 202
 203   int lastsr = 0;
 204
 205   void fastPaint(int horizontal, int vertical)
 206   {
 207     if (fastPaint || gg == null)
 208     {
 209       return;
 210     }
 211
 212     updateViewport();
 213
 214     // Its possible on certain browsers that the call to fastpaint
 215     // is faster than it can paint, so this check here catches
 216     // this possibility
 217     if (lastsr + horizontal != av.startRes)
 218     {
 219       horizontal = av.startRes - lastsr;
 220     }
 221
 222     lastsr = av.startRes;
 223
 224     fastPaint = true;
 225     gg.copyArea(horizontal * avcharWidth, vertical * avcharHeight, imgWidth
 226             - horizontal * avcharWidth,
 227             imgHeight - vertical * avcharHeight, -horizontal * avcharWidth,
 228             -vertical * avcharHeight);
 229
 230     int sr = av.startRes, er = av.endRes, ss = av.startSeq, es = av.endSeq, transX = 0, transY = 0;
 231
 232     if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left
 233     {
 234       transX = (er - sr - horizontal) * avcharWidth;
 235       sr = er - horizontal;
 236     }
 237     else if (horizontal < 0)
 238     {
 239       er = sr - horizontal;
 240     }
 241
 242     else if (vertical > 0) // scroll down
 243     {
 244       ss = es - vertical;
 245       if (ss < av.startSeq) // ie scrolling too fast, more than a page at a time
 246       {
 247         ss = av.startSeq;
 248       }
 249       else
 250       {
 251         transY = imgHeight - vertical * avcharHeight;
 252       }
 253     }
 254     else if (vertical < 0)
 255     {
 256       es = ss - vertical;
 257       if (es > av.endSeq)
 258       {
 259         es = av.endSeq;
 260       }
 261     }
 262
 263     gg.translate(transX, transY);
 264
 265     drawPanel(gg, sr, er, ss, es, 0);
 266     gg.translate(-transX, -transY);
 267
 268     repaint();
 269
 270   }
 271
 272   /**
 273    * Definitions of startx and endx (hopefully): SMJS This is what I'm working
 274    * towards! startx is the first residue (starting at 0) to display. endx is
 275    * the last residue to display (starting at 0). starty is the first sequence
 276    * to display (starting at 0). endy is the last sequence to display (starting
 277    * at 0). NOTE 1: The av limits are set in setFont in this class and in the
 278    * adjustment listener in SeqPanel when the scrollbars move.
 279    */
 280
 281   @Override
 282   public void paintComponent(Graphics g)
 283   {
 284     if (img != null
 285             && (fastPaint || (getSize().width != g.getClipBounds().width) || (getSize().height != g
 286                     .getClipBounds().height)))
 287     {
 288       g.drawImage(img, 0, 0, this);
 289       fastPaint = false;
 290       return;
 291     }
 292
 293     if (fastPaint)
 294     {
 295       g.drawImage(img, 0, 0, this);
 296       fastPaint = false;
 297       return;
 298     }
 299
 300     updateViewport();
 301     // this draws the whole of the alignment
 302     imgWidth = this.getSize().width;
 303     imgHeight = this.getSize().height;
 304
 305     imgWidth -= imgWidth % avcharWidth;
 306     imgHeight -= imgHeight % avcharHeight;
 307
 308     if (imgWidth < 1 || imgHeight < 1)
 309     {
 310       return;
 311     }
 312
 313     if (img == null || imgWidth != img.getWidth(this)
 314             || imgHeight != img.getHeight(this))
 315     {
 316       img = createImage(imgWidth, imgHeight);
 317       gg = img.getGraphics();
 318       gg.setFont(av.getFont());
 319     }
 320
 321     gg.setColor(Color.white);
 322     gg.fillRect(0, 0, imgWidth, imgHeight);
 323
 324     if (av.getWrapAlignment())
 325     {
 326       drawWrappedPanel(gg, imgWidth, imgHeight, av.startRes);
 327     }
 328     else
 329     {
 330       drawPanel(gg, av.startRes, av.endRes, av.startSeq, av.endSeq, 0);
 331     }
 332
 333     g.drawImage(img, 0, 0, this);
 334
 335   }
 336
 337   int LABEL_WEST, LABEL_EAST;
 338
 339   public int getWrappedCanvasWidth(int cwidth)
 340   {
 341     cwidth -= cwidth % av.getCharWidth();
 342
 343     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 344
 345     LABEL_EAST = 0;
 346     LABEL_WEST = 0;
 347
 348     if (av.getScaleRightWrapped())
 349     {
 350       LABEL_EAST = fm.stringWidth(getMask());
 351     }
 352
 353     if (av.getScaleLeftWrapped())
 354     {
 355       LABEL_WEST = fm.stringWidth(getMask());
 356     }
 357
 358     return (cwidth - LABEL_EAST - LABEL_WEST) / av.getCharWidth();
 359   }
 360
 361   /**
 362    * Generates a string of zeroes.
 363    *
 364    * @return String
 365    */
 366   String getMask()
 367   {
 368     String mask = "0";
 369     int maxWidth = 0;
 370     int tmp;
 371     AlignmentI alignment = av.getAlignment();
 372     for (int i = 0; i < alignment.getHeight(); i++)
 373     {
 374       tmp = alignment.getSequenceAt(i).getEnd();
 375       if (tmp > maxWidth)
 376       {
 377         maxWidth = tmp;
 378       }
 379     }
 380
 381     for (int i = maxWidth; i > 0; i /= 10)
 382     {
 383       mask += "0";
 384     }
 385     return mask;
 386   }
 387
 388   private void drawWrappedPanel(Graphics g, int canvasWidth,
 389           int canvasHeight, int startRes)
 390   {
 391     AlignmentI al = av.getAlignment();
 392
 393     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 394
 395     if (av.getScaleRightWrapped())
 396     {
 397       LABEL_EAST = fm.stringWidth(getMask());
 398     }
 399
 400     if (av.getScaleLeftWrapped())
 401     {
 402       LABEL_WEST = fm.stringWidth(getMask());
 403     }
 404
 405     int hgap = avcharHeight;
 406     if (av.getScaleAboveWrapped())
 407     {
 408       hgap += avcharHeight;
 409     }
 410
 411     int cWidth = (canvasWidth - LABEL_EAST - LABEL_WEST) / avcharWidth;
 412     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * avcharHeight;
 413
 414     av.setWrappedWidth(cWidth);
 415
 416     av.endRes = av.startRes + cWidth;
 417
 418     int endx;
 419     int ypos = hgap;
 420
 421     int maxwidth = av.getAlignment().getWidth() - 1;
 422
 423     if (av.hasHiddenColumns())
 424     {
 425       maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;
 426     }
 427
 428     while ((ypos <= canvasHeight) && (startRes < maxwidth))
 429     {
 430       endx = startRes + cWidth - 1;
 431
 432       if (endx > maxwidth)
 433       {
 434         endx = maxwidth;
 435       }
 436
 437       g.setColor(Color.black);
 438
 439       if (av.getScaleLeftWrapped())
 440       {
 441         drawWestScale(g, startRes, endx, ypos);
 442       }
 443
 444       if (av.getScaleRightWrapped())
 445       {
 446         g.translate(canvasWidth - LABEL_EAST, 0);
 447         drawEastScale(g, startRes, endx, ypos);
 448         g.translate(-(canvasWidth - LABEL_EAST), 0);
 449       }
 450
 451       g.translate(LABEL_WEST, 0);
 452
 453       if (av.getScaleAboveWrapped())
 454       {
 455         drawNorthScale(g, startRes, endx, ypos);
 456       }
 457       if (av.hasHiddenColumns() && av.getShowHiddenMarkers())
 458       {
 459         g.setColor(Color.blue);
 460         int res;
 461         for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().getHiddenColumns()
 462                 .size(); i++)
 463         {
 464           res = av.getColumnSelection().findHiddenRegionPosition(i)
 465                   - startRes;
 466
 467           if (res < 0 || res > endx - startRes)
 468           {
 469             continue;
 470           }
 471
 472           gg.fillPolygon(new int[]
 473           { res * avcharWidth - avcharHeight / 4,
 474               res * avcharWidth + avcharHeight / 4, res * avcharWidth },
 475                   new int[]
 476                   { ypos - (avcharHeight / 2), ypos - (avcharHeight / 2),
 477                       ypos - (avcharHeight / 2) + 8 }, 3);
 478
 479         }
 480       }
 481
 482       if (g.getClip() == null)
 483       {
 484         g.setClip(0, 0, cWidth * avcharWidth, canvasHeight);
 485       }
 486
 487       drawPanel(g, startRes, endx, 0, al.getHeight(), ypos);
 488       g.setClip(null);
 489
 490       if (av.isShowAnnotation())
 491       {
 492         g.translate(0, cHeight + ypos + 4);
 493         if (annotations == null)
 494         {
 495           annotations = new AnnotationPanel(av);
 496         }
 497
 498         annotations.drawComponent(g, startRes, endx + 1);
 499         g.translate(0, -cHeight - ypos - 4);
 500       }
 501       g.translate(-LABEL_WEST, 0);
 502
 503       ypos += cHeight + getAnnotationHeight() + hgap;
 504
 505       startRes += cWidth;
 506     }
 507
 508   }
 509
 510   AnnotationPanel annotations;
 511
 512   int getAnnotationHeight()
 513   {
 514     if (!av.isShowAnnotation())
 515     {
 516       return 0;
 517     }
 518
 519     if (annotations == null)
 520     {
 521       annotations = new AnnotationPanel(av);
 522     }
 523
 524     return annotations.adjustPanelHeight();
 525   }
 526
 527   private void drawPanel(Graphics g1, int startRes, int endRes,
 528           int startSeq,
 529           int endSeq, int offset)
 530   {
 531
 532
 533     if (!av.hasHiddenColumns())
 534     {
 535       draw(g1, startRes, endRes, startSeq, endSeq, offset);
 536     }
 537     else
 538     {
 539
 540       int screenY = 0;
 541       int blockStart = startRes;
 542       int blockEnd = endRes;
 543
 544       if (av.hasHiddenColumns())
 545       {
 546         for (int[] region : av.getColumnSelection().getHiddenColumns())
 547         {
 548           int hideStart = region[0];
 549           int hideEnd = region[1];
 550
 551           if (hideStart <= blockStart)
 552           {
 553             blockStart += (hideEnd - hideStart) + 1;
 554             continue;
 555           }
 556
 557           blockEnd = hideStart - 1;
 558
 559           g1.translate(screenY * avcharWidth, 0);
 560
 561           draw(g1, blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, offset);
 562
 563           if (av.getShowHiddenMarkers())
 564           {
 565             g1.setColor(Color.blue);
 566             g1.drawLine((blockEnd - blockStart + 1) * avcharWidth - 1,
 567                     0 + offset, (blockEnd - blockStart + 1) * avcharWidth
 568                             - 1, (endSeq - startSeq) * avcharHeight
 569                             + offset);
 570           }
 571
 572           g1.translate(-screenY * avcharWidth, 0);
 573           screenY += blockEnd - blockStart + 1;
 574           blockStart = hideEnd + 1;
 575         }
 576       }
 577       if (screenY <= (endRes - startRes))
 578       {
 579         blockEnd = blockStart + (endRes - startRes) - screenY;
 580         g1.translate(screenY * avcharWidth, 0);
 581         draw(g1, blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, offset);
 582
 583         g1.translate(-screenY * avcharWidth, 0);
 584       }
 585     }
 586
 587   }
 588
 589   // int startRes, int endRes, int startSeq, int endSeq, int x, int y,
 590   // int x1, int x2, int y1, int y2, int startx, int starty,
 591   void draw(Graphics g, int startRes, int endRes, int startSeq, int endSeq,
 592           int offset)
 593   {
 594     g.setFont(av.getFont());
 595     sr.prepare(g, av.isRenderGaps());
 596     updateViewport();
 597     SequenceI nextSeq;
 598
 599     // / First draw the sequences
 600     // ///////////////////////////
 601     for (int i = startSeq; i < endSeq; i++)
 602     {
 603       nextSeq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 604
 605       if (nextSeq == null)
 606       {
 607         continue;
 608       }
 609
 610       sr.drawSequence(nextSeq, av.getAlignment().findAllGroups(nextSeq),
 611               startRes, endRes, offset + ((i - startSeq) * avcharHeight));
 612
 613       if (av.isShowSequenceFeatures())
 614       {
 615         fr.drawSequence(g, nextSeq, startRes, endRes, offset
 616                 + ((i - startSeq) * avcharHeight));
 617       }
 618
 619       // / Highlight search Results once all sequences have been drawn
 620       // ////////////////////////////////////////////////////////
 621       if (searchResults != null)
 622       {
 623         int[] visibleResults = searchResults.getResults(nextSeq, startRes,
 624                 endRes);
 625         if (visibleResults != null)
 626         {
 627           for (int r = 0; r < visibleResults.length; r += 2)
 628           {
 629             sr.drawHighlightedText(nextSeq, visibleResults[r],
 630                     visibleResults[r + 1], (visibleResults[r] - startRes)
 631                             * avcharWidth, offset
 632                             + ((i - startSeq) * avcharHeight));
 633           }
 634         }
 635       }
 636
 637       if (av.cursorMode && cursorY == i && cursorX >= startRes
 638               && cursorX <= endRes)
 639       {
 640         sr.drawCursor(nextSeq, cursorX, (cursorX - startRes) * avcharWidth,
 641                 offset + ((i - startSeq) * avcharHeight));
 642       }
 643     }
 644
 645     if (av.getSelectionGroup() != null
 646             || av.getAlignment().getGroups().size() > 0)
 647     {
 648       drawGroupsBoundaries(g, startRes, endRes, startSeq, endSeq, offset);
 649     }
 650
 651   }
 652
 653   private void drawGroupsBoundaries(Graphics g, int startRes, int endRes,
 654           int startSeq, int endSeq, int offset)
 655   {
 656     //
 657     // ///////////////////////////////////
 658     // Now outline any areas if necessary
 659     // ///////////////////////////////////
 660     SequenceGroup group = av.getSelectionGroup();
 661
 662     int sx = -1;
 663     int sy = -1;
 664     int ex = -1;
 665     int groupIndex = -1;
 666
 667     if ((group == null) && (av.getAlignment().getGroups().size() > 0))
 668     {
 669       group = av.getAlignment().getGroups().get(0);
 670       groupIndex = 0;
 671     }
 672
 673     if (group != null)
 674     {
 675       do
 676       {
 677         int oldY = -1;
 678         int i = 0;
 679         boolean inGroup = false;
 680         int top = -1;
 681         int bottom = -1;
 682         int alHeight = av.getAlignment().getHeight() - 1;
 683
 684         for (i = startSeq; i < endSeq; i++)
 685         {
 686           sx = (group.getStartRes() - startRes) * avcharWidth;
 687           sy = offset + ((i - startSeq) * avcharHeight);
 688           ex = (((group.getEndRes() + 1) - group.getStartRes()) * avcharWidth) - 1;
 689
 690           if (sx + ex < 0 || sx > imgWidth)
 691           {
 692             continue;
 693           }
 694
 695           if ((sx <= (endRes - startRes) * avcharWidth)
 696                   && group.getSequences(null).contains(
 697                           av.getAlignment().getSequenceAt(i)))
 698           {
 699             if ((bottom == -1)
 700                     && (i >= alHeight || !group.getSequences(null)
 701                             .contains(
 702                                     av.getAlignment().getSequenceAt(i + 1))))
 703             {
 704               bottom = sy + avcharHeight;
 705             }
 706
 707             if (!inGroup)
 708             {
 709               if (((top == -1) && (i == 0))
 710                       || !group.getSequences(null).contains(
 711                               av.getAlignment().getSequenceAt(i - 1)))
 712               {
 713                 top = sy;
 714               }
 715
 716               oldY = sy;
 717               inGroup = true;
 718
 719               if (group == av.getSelectionGroup())
 720               {
 721                 g.setColor(Color.red);
 722               }
 723               else
 724               {
 725                 g.setColor(group.getOutlineColour());
 726               }
 727             }
 728           }
 729           else
 730           {
 731             if (inGroup)
 732             {
 733               if (sx >= 0 && sx < imgWidth)
 734               {
 735                 g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);
 736               }
 737
 738               if (sx + ex < imgWidth)
 739               {
 740                 g.drawLine(sx + ex, oldY, sx + ex, sy);
 741               }
 742
 743               if (sx < 0)
 744               {
 745                 ex += sx;
 746                 sx = 0;
 747               }
 748
 749               if (sx + ex > imgWidth)
 750               {
 751                 ex = imgWidth;
 752               }
 753
 754               else if (sx + ex >= (endRes - startRes + 1) * avcharWidth)
 755               {
 756                 ex = (endRes - startRes + 1) * avcharWidth;
 757               }
 758
 759               if (top != -1)
 760               {
 761                 g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);
 762                 top = -1;
 763               }
 764
 765               if (bottom != -1)
 766               {
 767                 g.drawLine(sx, bottom, sx + ex, bottom);
 768                 bottom = -1;
 769               }
 770
 771               inGroup = false;
 772             }
 773           }
 774         }
 775
 776         if (inGroup)
 777         {
 778           sy = offset + ((i - startSeq) * avcharHeight);
 779           if (sx >= 0 && sx < imgWidth)
 780           {
 781             g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);
 782           }
 783
 784           if (sx + ex < imgWidth)
 785           {
 786             g.drawLine(sx + ex, oldY, sx + ex, sy);
 787           }
 788
 789           if (sx < 0)
 790           {
 791             ex += sx;
 792             sx = 0;
 793           }
 794
 795           if (sx + ex > imgWidth)
 796           {
 797             ex = imgWidth;
 798           }
 799           else if (sx + ex >= (endRes - startRes + 1) * avcharWidth)
 800           {
 801             ex = (endRes - startRes + 1) * avcharWidth;
 802           }
 803
 804           if (top != -1)
 805           {
 806             g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);
 807             top = -1;
 808           }
 809
 810           if (bottom != -1)
 811           {
 812             g.drawLine(sx, bottom - 1, sx + ex, bottom - 1);
 813             bottom = -1;
 814           }
 815
 816           inGroup = false;
 817         }
 818
 819         groupIndex++;
 820
 821         if (groupIndex >= av.getAlignment().getGroups().size())
 822         {
 823           break;
 824         }
 825
 826         group = av.getAlignment().getGroups()
 827                 .get(groupIndex);
 828       } while (groupIndex < av.getAlignment().getGroups().size());
 829
 830     }
 831   }
 832
 833   public void highlightSearchResults(SearchResults results)
 834   {
 835     searchResults = results;
 836
 837     repaint();
 838   }
 839
 840 }