src/jalview/datamodel/SecondaryStructureAnnotation.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
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   6  *
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  11  *
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  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.datamodel;
  22
  23 import fr.orsay.lri.varna.models.rna.RNA;
  24
  25 public class SecondaryStructureAnnotation extends AlignmentAnnotation
  26 {
  27
  28   private static RNA _rna = null;
  29
  30   /**
  31    * no reference in applet?
  32    *
  33    * @param rna
  34    */
  35   public SecondaryStructureAnnotation(RNA rna)
  36   {
  37     super("Secondary Structure", "Un truc trop cool", getAnnotation(rna));
  38
  39     _rna = rna;
  40   }
  41
  42   public RNA getRNA()
  43   {
  44     return _rna;
  45   }
  46
  47   public static Annotation[] getAnnotation(RNA rna)
  48   {
  49     Annotation[] ann = new Annotation[rna.getSize()];
  50     for (int i = 0; i < ann.length; i++)
  51     {
  52       ann[i] = new Annotation(_rna.getStructDBN(true), "", ' ', 0f);
  53       ;
  54     }
  55     return ann;
  56   }
  57 }