src/jalview/renderer/AnnotationRenderer.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.renderer;
  22
  23 import jalview.analysis.AAFrequency;
  24 import jalview.analysis.CodingUtils;
  25 import jalview.analysis.StructureFrequency;
  26 import jalview.api.AlignViewportI;
  27 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  28 import jalview.datamodel.Annotation;
  29 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  30 import jalview.jsdev.RegExp;
  31 import jalview.jsdev.api.RegExpInterface;
  32 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  33 import jalview.schemes.NucleotideColourScheme;
  34 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  35 import jalview.schemes.ZappoColourScheme;
  36 import jalview.util.Platform;
  37
  38 import java.awt.BasicStroke;
  39 import java.awt.Color;
  40 import java.awt.Font;
  41 import java.awt.FontMetrics;
  42 import java.awt.Graphics;
  43 import java.awt.Graphics2D;
  44 import java.awt.Image;
  45 import java.awt.font.LineMetrics;
  46 import java.awt.geom.AffineTransform;
  47 import java.awt.image.ImageObserver;
  48 import java.util.BitSet;
  49 import java.util.Hashtable;
  50
  51 //import com.stevesoft.pat.Regex;
  52
  53 public class AnnotationRenderer
  54 {
  55   /**
  56    * flag indicating if timing and redraw parameter info should be output
  57    */
  58   private final boolean debugRedraw;
  59
  60   public AnnotationRenderer()
  61   {
  62     this(false);
  63   }
  64
  65   /**
  66    * Create a new annotation Renderer
  67    *
  68    * @param debugRedraw
  69    *          flag indicating if timing and redraw parameter info should be
  70    *          output
  71    */
  72   public AnnotationRenderer(boolean debugRedraw)
  73   {
  74     this.debugRedraw = debugRedraw;
  75   }
  76
  77   public void drawStemAnnot(Graphics g, Annotation[] row_annotations,
  78           int lastSSX, int x, int y, int iconOffset, int startRes,
  79           int column, boolean validRes, boolean validEnd)
  80   {
  81     g.setColor(STEM_COLOUR);
  82     int sCol = (lastSSX / charWidth) + startRes;
  83     int x1 = lastSSX;
  84     int x2 = (x * charWidth);
  85     RegExpInterface closeparen = RegExp.newRegex("(\\))");
  86
  87     char dc = (column == 0 || row_annotations[column - 1] == null) ? ' '
  88             : row_annotations[column - 1].secondaryStructure;
  89
  90     boolean diffupstream = sCol == 0 || row_annotations[sCol - 1] == null
  91             || dc != row_annotations[sCol - 1].secondaryStructure;
  92     boolean diffdownstream = !validRes || !validEnd
  93             || row_annotations[column] == null
  94             || dc != row_annotations[column].secondaryStructure;
  95     // System.out.println("Column "+column+" diff up: "+diffupstream+" down:"+diffdownstream);
  96     // If a closing base pair half of the stem, display a backward arrow
  97     if (column > 0 && ResidueProperties.isCloseParenRNA(dc))
  98     {
  99
 100       if (diffupstream)
 101       // if (validRes && column>1 && row_annotations[column-2]!=null &&
 102       // dc.equals(row_annotations[column-2].displayCharacter))
 103       {
 104         g.fillPolygon(new int[]
 105         { lastSSX + 5, lastSSX + 5, lastSSX }, new int[]
 106         { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 8 + iconOffset }, 3);
 107         x1 += 5;
 108       }
 109       if (diffdownstream)
 110       {
 111         x2 -= 1;
 112       }
 113     }
 114     else
 115     {
 116
 117       // display a forward arrow
 118       if (diffdownstream)
 119       {
 120         g.fillPolygon(new int[]
 121         { x2 - 5, x2 - 5, x2 }, new int[]
 122         { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 8 + iconOffset }, 3);
 123         x2 -= 5;
 124       }
 125       if (diffupstream)
 126       {
 127         x1 += 1;
 128       }
 129     }
 130     // draw arrow body
 131     g.fillRect(x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 7);
 132   }
 133
 134   private int charWidth, endRes, charHeight;
 135
 136   private boolean validCharWidth, hasHiddenColumns;
 137
 138   private FontMetrics fm;
 139
 140   private final boolean MAC = Platform.isAMac();
 141
 142   boolean av_renderHistogram = true, av_renderProfile = true,
 143           av_normaliseProfile = false;
 144
 145   ColourSchemeI profcolour = null;
 146
 147   private ColumnSelection columnSelection;
 148
 149   private Hashtable[] hconsensus;
 150
 151   private Hashtable[] complementConsensus;
 152
 153   private Hashtable[] hStrucConsensus;
 154
 155   private boolean av_ignoreGapsConsensus;
 156
 157   /**
 158    * attributes set from AwtRenderPanelI
 159    */
 160   /**
 161    * old image used when data is currently being calculated and cannot be
 162    * rendered
 163    */
 164   private Image fadedImage;
 165
 166   /**
 167    * panel being rendered into
 168    */
 169   private ImageObserver annotationPanel;
 170
 171   /**
 172    * width of image to render in panel
 173    */
 174   private int imgWidth;
 175
 176   /**
 177    * offset to beginning of visible area
 178    */
 179   private int sOffset;
 180
 181   /**
 182    * offset to end of visible area
 183    */
 184   private int visHeight;
 185
 186   /**
 187    * indicate if the renderer should only render the visible portion of the
 188    * annotation given the current view settings
 189    */
 190   private boolean useClip = true;
 191
 192   /**
 193    * master flag indicating if renderer should ever try to clip. not enabled for
 194    * jalview 2.8.1
 195    */
 196   private boolean canClip = false;
 197
 198   public void drawNotCanonicalAnnot(Graphics g, Color nonCanColor,
 199           Annotation[] row_annotations, int lastSSX, int x, int y,
 200           int iconOffset, int startRes, int column, boolean validRes,
 201           boolean validEnd)
 202   {
 203     // System.out.println(nonCanColor);
 204
 205     g.setColor(nonCanColor);
 206     int sCol = (lastSSX / charWidth) + startRes;
 207     int x1 = lastSSX;
 208     int x2 = (x * charWidth);
 209     RegExpInterface closeparen = RegExp.newRegex("}|]|<|[a-z]");
 210
 211     String dc = (column == 0 || row_annotations[column - 1] == null) ? ""
 212             : row_annotations[column - 1].displayCharacter;
 213
 214     boolean diffupstream = sCol == 0 || row_annotations[sCol - 1] == null
 215             || !dc.equals(row_annotations[sCol - 1].displayCharacter);
 216     boolean diffdownstream = !validRes || !validEnd
 217             || row_annotations[column] == null
 218             || !dc.equals(row_annotations[column].displayCharacter);
 219     // System.out.println("Column "+column+" diff up: "+diffupstream+" down:"+diffdownstream);
 220     // If a closing base pair half of the stem, display a backward arrow
 221     if (column > 0 && closeparen.search(dc))// closeletter_b.search(dc)||closeletter_c.search(dc)||closeletter_d.search(dc)||closecrochet.search(dc))
 222                                             // )
 223     {
 224
 225       if (diffupstream)
 226       // if (validRes && column>1 && row_annotations[column-2]!=null &&
 227       // dc.equals(row_annotations[column-2].displayCharacter))
 228       {
 229         g.fillPolygon(new int[]
 230         { lastSSX + 5, lastSSX + 5, lastSSX }, new int[]
 231         { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 8 + iconOffset }, 3);
 232         x1 += 5;
 233       }
 234       if (diffdownstream)
 235       {
 236         x2 -= 1;
 237       }
 238     }
 239     else
 240     {
 241
 242       // display a forward arrow
 243       if (diffdownstream)
 244       {
 245         g.fillPolygon(new int[]
 246         { x2 - 5, x2 - 5, x2 }, new int[]
 247         { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 8 + iconOffset }, 3);
 248         x2 -= 5;
 249       }
 250       if (diffupstream)
 251       {
 252         x1 += 1;
 253       }
 254     }
 255     // draw arrow body
 256     g.fillRect(x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 7);
 257   }
 258
 259   // public void updateFromAnnotationPanel(FontMetrics annotFM, AlignViewportI
 260   // av)
 261   public void updateFromAwtRenderPanel(AwtRenderPanelI annotPanel,
 262           AlignViewportI av)
 263   {
 264     fm = annotPanel.getFontMetrics();
 265     annotationPanel = annotPanel;
 266     fadedImage = annotPanel.getFadedImage();
 267     imgWidth = annotPanel.getFadedImageWidth();
 268     // visible area for rendering
 269     int[] bounds = annotPanel.getVisibleVRange();
 270     if (bounds != null)
 271     {
 272       sOffset = bounds[0];
 273       visHeight = bounds[1];
 274       if (visHeight == 0)
 275       {
 276         useClip = false;
 277       }
 278       else
 279       {
 280         useClip = canClip;
 281       }
 282     }
 283     else
 284     {
 285       useClip = false;
 286     }
 287
 288     updateFromAlignViewport(av);
 289   }
 290
 291   public void updateFromAlignViewport(AlignViewportI av)
 292   {
 293     charWidth = av.getCharWidth();
 294     endRes = av.getEndRes();
 295     charHeight = av.getCharHeight();
 296     hasHiddenColumns = av.hasHiddenColumns();
 297     validCharWidth = av.isValidCharWidth();
 298     av_renderHistogram = av.isShowConsensusHistogram();
 299     av_renderProfile = av.isShowSequenceLogo();
 300     av_normaliseProfile = av.isNormaliseSequenceLogo();
 301     profcolour = av.getGlobalColourScheme();
 302     if (profcolour == null)
 303     {
 304       // Set the default colour for sequence logo if the alignnent has no
 305       // colourscheme set
 306       profcolour = av.getAlignment().isNucleotide() ? new NucleotideColourScheme()
 307               : new ZappoColourScheme();
 308     }
 309     columnSelection = av.getColumnSelection();
 310     hconsensus = av.getSequenceConsensusHash();
 311     complementConsensus = av.getComplementConsensusHash();
 312     hStrucConsensus = av.getRnaStructureConsensusHash();
 313     av_ignoreGapsConsensus = av.isIgnoreGapsConsensus();
 314   }
 315
 316   /**
 317    * Returns profile data; the first element is the profile type, the second is
 318    * the number of distinct values, the third the total count, and the remainder
 319    * depend on the profile type.
 320    *
 321    * @param aa
 322    * @param column
 323    * @return
 324    */
 325   public int[] getProfileFor(AlignmentAnnotation aa, int column)
 326   {
 327     // TODO : consider refactoring the global alignment calculation
 328     // properties/rendering attributes as a global 'alignment group' which holds
 329     // all vis settings for the alignment as a whole rather than a subset
 330     //
 331     if (aa.autoCalculated
 332             && (aa.label.startsWith("Consensus") || aa.label
 333                     .startsWith("cDNA Consensus")))
 334     {
 335       boolean forComplement = aa.label.startsWith("cDNA Consensus");
 336       if (aa.groupRef != null && aa.groupRef.consensusData != null
 337               && aa.groupRef.isShowSequenceLogo())
 338       {
 339         // TODO? group consensus for cDNA complement
 340         return AAFrequency.extractProfile(
 341                 aa.groupRef.consensusData[column],
 342                 aa.groupRef.getIgnoreGapsConsensus());
 343       }
 344       // TODO extend annotation row to enable dynamic and static profile data to
 345       // be stored
 346       if (aa.groupRef == null && aa.sequenceRef == null)
 347       {
 348         if (forComplement)
 349         {
 350           return AAFrequency.extractCdnaProfile(
 351                   complementConsensus[column], av_ignoreGapsConsensus);
 352         }
 353         else
 354         {
 355           return AAFrequency.extractProfile(hconsensus[column],
 356                   av_ignoreGapsConsensus);
 357         }
 358       }
 359     }
 360     else
 361     {
 362       if (aa.autoCalculated && aa.label.startsWith("StrucConsensus"))
 363       {
 364         // TODO implement group structure consensus
 365         /*
 366          * if (aa.groupRef != null && aa.groupRef.consensusData != null &&
 367          * aa.groupRef.isShowSequenceLogo()) { //TODO check what happens for
 368          * group selections return StructureFrequency.extractProfile(
 369          * aa.groupRef.consensusData[column], aa.groupRef
 370          * .getIgnoreGapsConsensus()); }
 371          */
 372         // TODO extend annotation row to enable dynamic and static profile data
 373         // to
 374         // be stored
 375         if (aa.groupRef == null && aa.sequenceRef == null
 376                 && hStrucConsensus != null
 377                 && hStrucConsensus.length > column)
 378         {
 379           return StructureFrequency.extractProfile(hStrucConsensus[column],
 380                   av_ignoreGapsConsensus);
 381         }
 382       }
 383     }
 384     return null;
 385   }
 386
 387   boolean rna = false;
 388
 389   /**
 390    * Render the annotation rows associated with an alignment.
 391    *
 392    * @param annotPanel
 393    *          container frame
 394    * @param av
 395    *          data and view settings to render
 396    * @param g
 397    *          destination for graphics
 398    * @param activeRow
 399    *          row where a mouse event occured (or -1)
 400    * @param startRes
 401    *          first column that will be drawn
 402    * @param endRes
 403    *          last column that will be drawn
 404    * @return true if the fadedImage was used for any alignment annotation rows
 405    *         currently being calculated
 406    */
 407   public boolean drawComponent(AwtRenderPanelI annotPanel,
 408           AlignViewportI av, Graphics g, int activeRow, int startRes,
 409           int endRes)
 410   {
 411     long stime = System.currentTimeMillis();
 412     boolean usedFaded = false;
 413     // NOTES:
 414     // AnnotationPanel needs to implement: ImageObserver, access to
 415     // AlignViewport
 416     updateFromAwtRenderPanel(annotPanel, av);
 417     fm = g.getFontMetrics();
 418     AlignmentAnnotation[] aa = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
 419     int temp = 0;
 420     if (aa == null)
 421     {
 422       return false;
 423     }
 424     int x = 0, y = 0;
 425     int column = 0;
 426     char lastSS;
 427     int lastSSX;
 428     int iconOffset = 0;
 429     boolean validRes = false;
 430     boolean validEnd = false;
 431     boolean labelAllCols = false;
 432     boolean centreColLabels;
 433     boolean centreColLabelsDef = av.isCentreColumnLabels();
 434     boolean scaleColLabel = false;
 435     final AlignmentAnnotation consensusAnnot = av
 436             .getAlignmentConsensusAnnotation();
 437     final AlignmentAnnotation structConsensusAnnot = av
 438             .getAlignmentStrucConsensusAnnotation();
 439     final AlignmentAnnotation complementConsensusAnnot = av
 440             .getComplementConsensusAnnotation();
 441     boolean renderHistogram = true, renderProfile = true, normaliseProfile = false, isRNA = rna;
 442
 443     BitSet graphGroupDrawn = new BitSet();
 444     int charOffset = 0; // offset for a label
 445     float fmWidth, fmScaling = 1f; // scaling for a label to fit it into a
 446     // column.
 447     Font ofont = g.getFont();
 448     // \u03B2 \u03B1
 449     // debug ints
 450     int yfrom = 0, f_i = 0, yto = 0, f_to = 0;
 451     boolean clipst = false, clipend = false;
 452     for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 453     {
 454       AlignmentAnnotation row = aa[i];
 455       isRNA = row.isRNA();
 456       {
 457         // check if this is a consensus annotation row and set the display
 458         // settings appropriately
 459         // TODO: generalise this to have render styles for consensus/profile
 460         // data
 461         if (row.groupRef != null && row == row.groupRef.getConsensus())
 462         {
 463           renderHistogram = row.groupRef.isShowConsensusHistogram();
 464           renderProfile = row.groupRef.isShowSequenceLogo();
 465           normaliseProfile = row.groupRef.isNormaliseSequenceLogo();
 466         }
 467         else if (row == consensusAnnot || row == structConsensusAnnot
 468                 || row == complementConsensusAnnot)
 469         {
 470           renderHistogram = av_renderHistogram;
 471           renderProfile = av_renderProfile;
 472           normaliseProfile = av_normaliseProfile;
 473         }
 474         else
 475         {
 476           renderHistogram = true;
 477           // don't need to set render/normaliseProfile since they are not
 478           // currently used in any other annotation track renderer
 479         }
 480       }
 481       Annotation[] row_annotations = row.annotations;
 482       if (!row.visible)
 483       {
 484         continue;
 485       }
 486       centreColLabels = row.centreColLabels || centreColLabelsDef;
 487       labelAllCols = row.showAllColLabels;
 488       scaleColLabel = row.scaleColLabel;
 489       lastSS = ' ';
 490       lastSSX = 0;
 491
 492       if (!useClip
 493               || ((y - charHeight) < visHeight && (y + row.height + charHeight * 2) >= sOffset))
 494       {// if_in_visible_region
 495         if (!clipst)
 496         {
 497           clipst = true;
 498           yfrom = y;
 499           f_i = i;
 500         }
 501         yto = y;
 502         f_to = i;
 503         if (row.graph > 0)
 504         {
 505           if (row.graphGroup > -1 && graphGroupDrawn.get(row.graphGroup))
 506           {
 507             continue;
 508           }
 509
 510           // this is so that we draw the characters below the graph
 511           y += row.height;
 512
 513           if (row.hasText)
 514           {
 515             iconOffset = charHeight - fm.getDescent();
 516             y -= charHeight;
 517           }
 518         }
 519         else if (row.hasText)
 520         {
 521           iconOffset = charHeight - fm.getDescent();
 522
 523         }
 524         else
 525         {
 526           iconOffset = 0;
 527         }
 528
 529         if (row.autoCalculated && av.isCalculationInProgress(row))
 530         {
 531           y += charHeight;
 532           usedFaded = true;
 533           g.drawImage(fadedImage, 0, y - row.height, imgWidth, y, 0, y
 534                   - row.height, imgWidth, y, annotationPanel);
 535           g.setColor(Color.black);
 536           // awt2swing.Util.drawString(g, "Calculating "+aa[i].label+"....",20, y-row.height/2);
 537
 538           continue;
 539         }
 540
 541         /*
 542          * else if (annotationPanel.av.updatingConservation &&
 543          * aa[i].label.equals("Conservation")) {
 544          *
 545          * y += charHeight; g.drawImage(annotationPanel.fadedImage, 0, y -
 546          * row.height, annotationPanel.imgWidth, y, 0, y - row.height,
 547          * annotationPanel.imgWidth, y, annotationPanel);
 548          *
 549          * g.setColor(Color.black); //
 550          * awt2swing.Util.drawString(g, "Calculating Conservation.....",20, y-row.height/2);
 551          *
 552          * continue; } else if (annotationPanel.av.updatingConservation &&
 553          * aa[i].label.equals("Quality")) {
 554          *
 555          * y += charHeight; g.drawImage(annotationPanel.fadedImage, 0, y -
 556          * row.height, annotationPanel.imgWidth, y, 0, y - row.height,
 557          * annotationPanel.imgWidth, y, annotationPanel);
 558          * g.setColor(Color.black); // /
 559          * awt2swing.Util.drawString(g, "Calculating Quality....",20, y-row.height/2);
 560          *
 561          * continue; }
 562          */
 563         // first pass sets up state for drawing continuation from left-hand
 564         // column
 565         // of startRes
 566         x = (startRes == 0) ? 0 : -1;
 567         while (x < endRes - startRes)
 568         {
 569           if (hasHiddenColumns)
 570           {
 571             column = columnSelection.adjustForHiddenColumns(startRes + x);
 572             if (column > row_annotations.length - 1)
 573             {
 574               break;
 575             }
 576           }
 577           else
 578           {
 579             column = startRes + x;
 580           }
 581
 582           if ((row_annotations == null)
 583                   || (row_annotations.length <= column)
 584                   || (row_annotations[column] == null))
 585           {
 586             validRes = false;
 587           }
 588           else
 589           {
 590             validRes = true;
 591           }
 592           final String displayChar = validRes ? row_annotations[column].displayCharacter
 593                   : null;
 594           if (x > -1)
 595           {
 596             if (activeRow == i)
 597             {
 598               g.setColor(Color.red);
 599
 600               if (columnSelection != null)
 601               {
 602                 for (int n = 0; n < columnSelection.size(); n++)
 603                 {
 604                   int v = columnSelection.columnAt(n);
 605
 606                   if (v == column)
 607                   {
 608                     g.fillRect(x * charWidth, y, charWidth, charHeight);
 609                   }
 610                 }
 611               }
 612             }
 613             if (row.getInvalidStrucPos() > x)
 614             {
 615               g.setColor(Color.orange);
 616               g.fillRect(x * charWidth, y, charWidth, charHeight);
 617             }
 618             else if (row.getInvalidStrucPos() == x)
 619             {
 620               g.setColor(Color.orange.darker());
 621               g.fillRect(x * charWidth, y, charWidth, charHeight);
 622             }
 623             if (validCharWidth && validRes && displayChar != null
 624                     && (displayChar.length() > 0))
 625             {
 626
 627               fmWidth = fm.charsWidth(displayChar.toCharArray(), 0,
 628                       displayChar.length());
 629               if (/* centreColLabels || */scaleColLabel)
 630               {
 631                 // fmWidth = fm.charsWidth(displayChar.toCharArray(), 0,
 632                 // displayChar.length());
 633                 //
 634                 // if (scaleColLabel)
 635                 // {
 636                   // justify the label and scale to fit in column
 637                   if (fmWidth > charWidth)
 638                   {
 639                     // scale only if the current font isn't already small enough
 640                     fmScaling = charWidth;
 641                     fmScaling /= fmWidth;
 642                     g.setFont(ofont.deriveFont(AffineTransform
 643                             .getScaleInstance(fmScaling, 1.0)));
 644                     // and update the label's width to reflect the scaling.
 645                     fmWidth = charWidth;
 646                   }
 647                 // }
 648               }
 649               // TODO is it ok to use width of / show all characters here?
 650               // else
 651               // {
 652               // fmWidth = fm.charWidth(displayChar.charAt(0));
 653               // }
 654               charOffset = (int) ((charWidth - fmWidth) / 2f);
 655
 656               if (row_annotations[column].colour == null)
 657               {
 658                 g.setColor(Color.black);
 659               }
 660               else
 661               {
 662                 g.setColor(row_annotations[column].colour);
 663               }
 664
 665               if (column == 0 || row.graph > 0)
 666               {
 667                 awt2swing.Util.drawString(g, displayChar, (x * charWidth) + charOffset, y
 668                         + iconOffset);
 669               }
 670               else if (row_annotations[column - 1] == null
 671                       || (labelAllCols
 672                               || !displayChar
 673                                       .equals(row_annotations[column - 1].displayCharacter) || (displayChar
 674                               .length() < 2 && row_annotations[column].secondaryStructure == ' ')))
 675               {
 676                 awt2swing.Util.drawString(g, displayChar, x * charWidth + charOffset, y
 677                         + iconOffset);
 678               }
 679               g.setFont(ofont);
 680             }
 681           }
 682           if (row.hasIcons)
 683           {
 684             char ss = validRes ? row_annotations[column].secondaryStructure
 685                     : '-';
 686
 687             if (ss == '(')
 688             {
 689               // distinguish between forward/backward base-pairing
 690               if (displayChar.indexOf(')') > -1)
 691               {
 692
 693                 ss = ')';
 694
 695               }
 696             }
 697             if (ss == '[')
 698             {
 699               if ((displayChar.indexOf(']') > -1))
 700               {
 701                 ss = ']';
 702
 703               }
 704             }
 705             if (ss == '{')
 706             {
 707               // distinguish between forward/backward base-pairing
 708               if (displayChar.indexOf('}') > -1)
 709               {
 710                 ss = '}';
 711
 712               }
 713             }
 714             if (ss == '<')
 715             {
 716               // distinguish between forward/backward base-pairing
 717               if (displayChar.indexOf('<') > -1)
 718               {
 719                 ss = '>';
 720
 721               }
 722             }
 723             if (ss >= 65)
 724             {
 725               // distinguish between forward/backward base-pairing
 726               if (displayChar.indexOf(ss + 32) > -1)
 727               {
 728
 729                 ss = (char) (ss + 32);
 730
 731               }
 732             }
 733
 734             if (!validRes || (ss != lastSS))
 735             {
 736
 737               if (x > -1)
 738               {
 739
 740                 int nb_annot = x - temp;
 741                 // System.out.println("\t type :"+lastSS+"\t x :"+x+"\t nbre annot :"+nb_annot);
 742                 switch (lastSS)
 743                 {
 744                 case '(': // Stem case for RNA secondary structure
 745                 case ')': // and opposite direction
 746                   drawStemAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y,
 747                           iconOffset, startRes, column, validRes, validEnd);
 748                   temp = x;
 749                   break;
 750
 751                 case 'H':
 752                   if (!isRNA)
 753                   {
 754                     drawHelixAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y,
 755                             iconOffset, startRes, column, validRes,
 756                             validEnd);
 757                     break;
 758                   }
 759
 760                 case 'E':
 761                   if (!isRNA)
 762                   {
 763                     drawSheetAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y,
 764                             iconOffset, startRes, column, validRes,
 765                             validEnd);
 766                     break;
 767                   }
 768
 769                 case '{':
 770                 case '}':
 771                 case '[':
 772                 case ']':
 773                 case '>':
 774                 case '<':
 775                 case 'A':
 776                 case 'a':
 777                 case 'B':
 778                 case 'b':
 779                 case 'C':
 780                 case 'c':
 781                 case 'D':
 782                 case 'd':
 783                 case 'e':
 784                 case 'F':
 785                 case 'f':
 786                 case 'G':
 787                 case 'g':
 788                 case 'h':
 789                 case 'I':
 790                 case 'i':
 791                 case 'J':
 792                 case 'j':
 793                 case 'K':
 794                 case 'k':
 795                 case 'L':
 796                 case 'l':
 797                 case 'M':
 798                 case 'm':
 799                 case 'N':
 800                 case 'n':
 801                 case 'O':
 802                 case 'o':
 803                 case 'P':
 804                 case 'p':
 805                 case 'Q':
 806                 case 'q':
 807                 case 'R':
 808                 case 'r':
 809                 case 'S':
 810                 case 's':
 811                 case 'T':
 812                 case 't':
 813                 case 'U':
 814                 case 'u':
 815                 case 'V':
 816                 case 'v':
 817                 case 'W':
 818                 case 'w':
 819                 case 'X':
 820                 case 'x':
 821                 case 'Y':
 822                 case 'y':
 823                 case 'Z':
 824                 case 'z':
 825
 826                   Color nonCanColor = getNotCanonicalColor(lastSS);
 827                   drawNotCanonicalAnnot(g, nonCanColor, row_annotations,
 828                           lastSSX, x, y, iconOffset, startRes, column,
 829                           validRes, validEnd);
 830                   temp = x;
 831                   break;
 832                 default:
 833                   g.setColor(Color.gray);
 834                   g.fillRect(lastSSX, y + 6 + iconOffset, (x * charWidth)
 835                           - lastSSX, 2);
 836                   temp = x;
 837                   break;
 838                 }
 839               }
 840               if (validRes)
 841               {
 842                 lastSS = ss;
 843               }
 844               else
 845               {
 846                 lastSS = ' ';
 847               }
 848               if (x > -1)
 849               {
 850                 lastSSX = (x * charWidth);
 851               }
 852             }
 853           }
 854           column++;
 855           x++;
 856         }
 857         if (column >= row_annotations.length)
 858         {
 859           column = row_annotations.length - 1;
 860           validEnd = false;
 861         }
 862         else
 863         {
 864           validEnd = true;
 865         }
 866         if ((row_annotations == null) || (row_annotations.length <= column)
 867                 || (row_annotations[column] == null))
 868         {
 869           validRes = false;
 870         }
 871         else
 872         {
 873           validRes = true;
 874         }
 875
 876         // x ++;
 877
 878         if (row.hasIcons)
 879         {
 880           switch (lastSS)
 881           {
 882
 883           case 'H':
 884             if (!isRNA)
 885             {
 886               drawHelixAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
 887                       startRes, column, validRes, validEnd);
 888               break;
 889             }
 890
 891           case 'E':
 892             if (!isRNA)
 893             {
 894               drawSheetAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
 895                       startRes, column, validRes, validEnd);
 896               break;
 897             }
 898
 899           case '(':
 900           case ')': // Stem case for RNA secondary structure
 901
 902             drawStemAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
 903                     startRes, column, validRes, validEnd);
 904
 905             break;
 906           case '{':
 907           case '}':
 908           case '[':
 909           case ']':
 910           case '>':
 911           case '<':
 912           case 'A':
 913           case 'a':
 914           case 'B':
 915           case 'b':
 916           case 'C':
 917           case 'c':
 918           case 'D':
 919           case 'd':
 920           case 'e':
 921           case 'F':
 922           case 'f':
 923           case 'G':
 924           case 'g':
 925           case 'h':
 926           case 'I':
 927           case 'i':
 928           case 'J':
 929           case 'j':
 930           case 'K':
 931           case 'k':
 932           case 'L':
 933           case 'l':
 934           case 'M':
 935           case 'm':
 936           case 'N':
 937           case 'n':
 938           case 'O':
 939           case 'o':
 940           case 'P':
 941           case 'p':
 942           case 'Q':
 943           case 'q':
 944           case 'R':
 945           case 'r':
 946           case 'T':
 947           case 't':
 948           case 'U':
 949           case 'u':
 950           case 'V':
 951           case 'v':
 952           case 'W':
 953           case 'w':
 954           case 'X':
 955           case 'x':
 956           case 'Y':
 957           case 'y':
 958           case 'Z':
 959           case 'z':
 960             // System.out.println(lastSS);
 961             Color nonCanColor = getNotCanonicalColor(lastSS);
 962             drawNotCanonicalAnnot(g, nonCanColor, row_annotations, lastSSX,
 963                     x, y, iconOffset, startRes, column, validRes, validEnd);
 964             break;
 965           default:
 966             drawGlyphLine(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
 967                     startRes, column, validRes, validEnd);
 968             break;
 969           }
 970         }
 971
 972         if (row.graph > 0 && row.graphHeight > 0)
 973         {
 974           if (row.graph == AlignmentAnnotation.LINE_GRAPH)
 975           {
 976             if (row.graphGroup > -1 && !graphGroupDrawn.get(row.graphGroup))
 977             {
 978               // TODO: JAL-1291 revise rendering model so the graphGroup map is
 979               // computed efficiently for all visible labels
 980               float groupmax = -999999, groupmin = 9999999;
 981               for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)
 982               {
 983                 if (aa[gg].graphGroup != row.graphGroup)
 984                 {
 985                   continue;
 986                 }
 987
 988                 if (aa[gg] != row)
 989                 {
 990                   aa[gg].visible = false;
 991                 }
 992                 if (aa[gg].graphMax > groupmax)
 993                 {
 994                   groupmax = aa[gg].graphMax;
 995                 }
 996                 if (aa[gg].graphMin < groupmin)
 997                 {
 998                   groupmin = aa[gg].graphMin;
 999                 }
1000               }
1001
1002               for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)
1003               {
1004                 if (aa[gg].graphGroup == row.graphGroup)
1005                 {
1006                   drawLineGraph(g, aa[gg], aa[gg].annotations, startRes,
1007                           endRes, y, groupmin, groupmax, row.graphHeight);
1008                 }
1009               }
1010
1011               graphGroupDrawn.set(row.graphGroup);
1012             }
1013             else
1014             {
1015               drawLineGraph(g, row, row_annotations, startRes, endRes, y,
1016                       row.graphMin, row.graphMax, row.graphHeight);
1017             }
1018           }
1019           else if (row.graph == AlignmentAnnotation.BAR_GRAPH)
1020           {
1021             drawBarGraph(g, row, row_annotations, startRes, endRes,
1022                     row.graphMin, row.graphMax, y, renderHistogram,
1023                     renderProfile, normaliseProfile);
1024           }
1025         }
1026       }
1027       else
1028       {
1029         if (clipst && !clipend)
1030         {
1031           clipend = true;
1032         }
1033       }// end if_in_visible_region
1034       if (row.graph > 0 && row.hasText)
1035       {
1036         y += charHeight;
1037       }
1038
1039       if (row.graph == 0)
1040       {
1041         y += aa[i].height;
1042       }
1043     }
1044     if (debugRedraw)
1045     {
1046       if (canClip)
1047       {
1048         if (clipst)
1049         {
1050           System.err.println("Start clip at : " + yfrom + " (index " + f_i
1051                   + ")");
1052         }
1053         if (clipend)
1054         {
1055           System.err.println("End clip at : " + yto + " (index " + f_to
1056                   + ")");
1057         }
1058       }
1059       ;
1060       System.err.println("Annotation Rendering time:"
1061               + (System.currentTimeMillis() - stime));
1062     }
1063     ;
1064
1065     return !usedFaded;
1066   }
1067
1068   public static final Color GLYPHLINE_COLOR = Color.gray;
1069
1070   public static final Color SHEET_COLOUR = Color.green;
1071
1072   public static final Color HELIX_COLOUR = Color.red;
1073
1074   public static final Color STEM_COLOUR = Color.blue;
1075
1076   private Color sdNOTCANONICAL_COLOUR;
1077
1078   public void drawGlyphLine(Graphics g, Annotation[] row, int lastSSX,
1079           int x, int y, int iconOffset, int startRes, int column,
1080           boolean validRes, boolean validEnd)
1081   {
1082     g.setColor(GLYPHLINE_COLOR);
1083     g.fillRect(lastSSX, y + 6 + iconOffset, (x * charWidth) - lastSSX, 2);
1084   }
1085
1086   public void drawSheetAnnot(Graphics g, Annotation[] row,
1087
1088   int lastSSX, int x, int y, int iconOffset, int startRes, int column,
1089           boolean validRes, boolean validEnd)
1090   {
1091     g.setColor(SHEET_COLOUR);
1092
1093     if (!validEnd || !validRes || row == null || row[column] == null
1094             || row[column].secondaryStructure != 'E')
1095     {
1096       g.fillRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset,
1097               (x * charWidth) - lastSSX - 4, 7);
1098       g.fillPolygon(new int[]
1099       { (x * charWidth) - 4, (x * charWidth) - 4, (x * charWidth) },
1100               new int[]
1101               { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 7 + iconOffset },
1102               3);
1103     }
1104     else
1105     {
1106       g.fillRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset,
1107               (x + 1) * charWidth - lastSSX, 7);
1108     }
1109
1110   }
1111
1112   public void drawHelixAnnot(Graphics g, Annotation[] row, int lastSSX,
1113           int x, int y, int iconOffset, int startRes, int column,
1114           boolean validRes, boolean validEnd)
1115   {
1116     g.setColor(HELIX_COLOUR);
1117
1118     int sCol = (lastSSX / charWidth) + startRes;
1119     int x1 = lastSSX;
1120     int x2 = (x * charWidth);
1121
1122     if (MAC)
1123     {
1124       int ofs = charWidth / 2;
1125       // Off by 1 offset when drawing rects and ovals
1126       // to offscreen image on the MAC
1127       g.fillRoundRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 8, 8, 8);
1128       if (sCol == 0 || row[sCol - 1] == null
1129               || row[sCol - 1].secondaryStructure != 'H')
1130       {
1131       }
1132       else
1133       {
1134         // g.setColor(Color.orange);
1135         g.fillRoundRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset, x2 - x1 - ofs + 1, 8,
1136                 0, 0);
1137       }
1138       if (!validRes || row[column] == null
1139               || row[column].secondaryStructure != 'H')
1140       {
1141
1142       }
1143       else
1144       {
1145         // g.setColor(Color.magenta);
1146         g.fillRoundRect(lastSSX + ofs, y + 4 + iconOffset, x2 - x1 - ofs
1147                 + 1, 8, 0, 0);
1148
1149       }
1150
1151       return;
1152     }
1153
1154     if (sCol == 0 || row[sCol - 1] == null
1155             || row[sCol - 1].secondaryStructure != 'H')
1156     {
1157       g.fillArc(lastSSX, y + 4 + iconOffset, charWidth, 8, 90, 180);
1158       x1 += charWidth / 2;
1159     }
1160
1161     if (!validRes || row[column] == null
1162             || row[column].secondaryStructure != 'H')
1163     {
1164       g.fillArc((x * charWidth) - charWidth, y + 4 + iconOffset, charWidth,
1165               8, 270, 180);
1166       x2 -= charWidth / 2;
1167     }
1168
1169     g.fillRect(x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 8);
1170   }
1171
1172   public void drawLineGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation _aa,
1173           Annotation[] aa_annotations, int sRes, int eRes, int y,
1174           float min, float max, int graphHeight)
1175   {
1176     if (sRes > aa_annotations.length)
1177     {
1178       return;
1179     }
1180
1181     int x = 0;
1182
1183     // Adjustment for fastpaint to left
1184     if (eRes < endRes)
1185     {
1186       eRes++;
1187     }
1188
1189     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1190
1191     if (sRes == 0)
1192     {
1193       x++;
1194     }
1195
1196     int y1 = y, y2 = y;
1197     float range = max - min;
1198
1199     // //Draw origin
1200     if (min < 0)
1201     {
1202       y2 = y - (int) ((0 - min / range) * graphHeight);
1203     }
1204
1205     g.setColor(Color.gray);
1206     g.drawLine(x - charWidth, y2, (eRes - sRes + 1) * charWidth, y2);
1207
1208     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1209
1210     int column;
1211     int aaMax = aa_annotations.length - 1;
1212
1213     while (x < eRes - sRes)
1214     {
1215       column = sRes + x;
1216       if (hasHiddenColumns)
1217       {
1218         column = columnSelection.adjustForHiddenColumns(column);
1219       }
1220
1221       if (column > aaMax)
1222       {
1223         break;
1224       }
1225
1226       if (aa_annotations[column] == null
1227               || aa_annotations[column - 1] == null)
1228       {
1229         x++;
1230         continue;
1231       }
1232
1233       if (aa_annotations[column].colour == null)
1234       {
1235         g.setColor(Color.black);
1236       }
1237       else
1238       {
1239         g.setColor(aa_annotations[column].colour);
1240       }
1241
1242       y1 = y
1243               - (int) (((aa_annotations[column - 1].value - min) / range) * graphHeight);
1244       y2 = y
1245               - (int) (((aa_annotations[column].value - min) / range) * graphHeight);
1246
1247       g.drawLine(x * charWidth - charWidth / 2, y1, x * charWidth
1248               + charWidth / 2, y2);
1249       x++;
1250     }
1251
1252     if (_aa.threshold != null)
1253     {
1254       g.setColor(_aa.threshold.colour);
1255       Graphics2D g2 = (Graphics2D) g;
1256       g2.setStroke(new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_SQUARE,
1257               BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f, new float[]
1258               { 5f, 3f }, 0f));
1259
1260       y2 = (int) (y - ((_aa.threshold.value - min) / range) * graphHeight);
1261       g.drawLine(0, y2, (eRes - sRes) * charWidth, y2);
1262       g2.setStroke(new BasicStroke());
1263     }
1264   }
1265
1266   public void drawBarGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation _aa,
1267           Annotation[] aa_annotations, int sRes, int eRes, float min,
1268           float max, int y, boolean renderHistogram, boolean renderProfile,
1269           boolean normaliseProfile)
1270   {
1271     if (sRes > aa_annotations.length)
1272     {
1273       return;
1274     }
1275     Font ofont = g.getFont();
1276     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1277
1278     int x = 0, y1 = y, y2 = y;
1279
1280     float range = max - min;
1281
1282     if (min < 0)
1283     {
1284       y2 = y - (int) ((0 - min / (range)) * _aa.graphHeight);
1285     }
1286
1287     g.setColor(Color.gray);
1288
1289     g.drawLine(x, y2, (eRes - sRes) * charWidth, y2);
1290
1291     int column;
1292     int aaMax = aa_annotations.length - 1;
1293     while (x < eRes - sRes)
1294     {
1295       column = sRes + x;
1296       if (hasHiddenColumns)
1297       {
1298         column = columnSelection.adjustForHiddenColumns(column);
1299       }
1300
1301       if (column > aaMax)
1302       {
1303         break;
1304       }
1305
1306       if (aa_annotations[column] == null)
1307       {
1308         x++;
1309         continue;
1310       }
1311       if (aa_annotations[column].colour == null)
1312       {
1313         g.setColor(Color.black);
1314       }
1315       else
1316       {
1317         g.setColor(aa_annotations[column].colour);
1318       }
1319
1320       y1 = y
1321               - (int) (((aa_annotations[column].value - min) / (range)) * _aa.graphHeight);
1322
1323       if (renderHistogram)
1324       {
1325         if (y1 - y2 > 0)
1326         {
1327           g.fillRect(x * charWidth, y2, charWidth, y1 - y2);
1328         }
1329         else
1330         {
1331           g.fillRect(x * charWidth, y1, charWidth, y2 - y1);
1332         }
1333       }
1334       // draw profile if available
1335       if (renderProfile)
1336       {
1337
1338         /*
1339          * {profile type, #values, total count, char1, pct1, char2, pct2...}
1340          */
1341         int profl[] = getProfileFor(_aa, column);
1342
1343         // just try to draw the logo if profl is not null
1344         if (profl != null && profl[2] != 0)
1345         {
1346           boolean isStructureProfile = profl[0] == AlignmentAnnotation.STRUCTURE_PROFILE;
1347           boolean isCdnaProfile = profl[0] == AlignmentAnnotation.CDNA_PROFILE;
1348           float ht = normaliseProfile ? y - _aa.graphHeight : y1;
1349           double htn = normaliseProfile ? _aa.graphHeight : (y2 - y1);// aa.graphHeight;
1350           double hght;
1351           float wdth;
1352           double ht2 = 0;
1353           char[] dc;
1354
1355           /**
1356            * Render a single base for a sequence profile, a base pair for
1357            * structure profile, and a triplet for a cdna profile
1358            */
1359           dc = new char[isStructureProfile ? 2 : (isCdnaProfile ? 3 : 1)];
1360
1361           LineMetrics lm = g.getFontMetrics(ofont).getLineMetrics("Q", g);
1362           double scale = 1f / (normaliseProfile ? profl[2] : 100f);
1363           float ofontHeight = 1f / lm.getAscent();// magnify to fill box
1364           double scl = 0.0;
1365
1366           /*
1367            * Traverse the character(s)/percentage data in the array
1368            */
1369           int c = 3;
1370           int valuesProcessed = 0;
1371           // profl[1] is the number of values in the profile
1372           while (valuesProcessed < profl[1])
1373           {
1374             if (isStructureProfile)
1375             {
1376               // todo can we encode a structure pair as an int, like codons?
1377               dc[0] = (char) profl[c++];
1378               dc[1] = (char) profl[c++];
1379             }
1380             else if (isCdnaProfile)
1381             {
1382               dc = CodingUtils.decodeCodon(profl[c++]);
1383             }
1384             else
1385             {
1386               dc[0] = (char) profl[c++];
1387             }
1388
1389             wdth = charWidth;
1390             wdth /= fm.charsWidth(dc, 0, dc.length);
1391
1392             ht += scl;
1393             // next profl[] position is profile % for the character(s)
1394             scl = htn * scale * profl[c++];
1395             lm = ofont.getLineMetrics(dc, 0, 1, g.getFontMetrics()
1396                     .getFontRenderContext());
1397             g.setFont(ofont.deriveFont(AffineTransform.getScaleInstance(
1398                     wdth, scl / lm.getAscent())));
1399             lm = g.getFontMetrics().getLineMetrics(dc, 0, 1, g);
1400
1401             // Debug - render boxes around characters
1402             // g.setColor(Color.red);
1403             // g.drawRect(x*av.charWidth, (int)ht, av.charWidth,
1404             // (int)(scl));
1405             // g.setColor(profcolour.findColour(dc[0]).darker());
1406
1407             /*
1408              * Set character colour as per alignment colour scheme; use the
1409              * codon translation if a cDNA profile
1410              */
1411             Color colour = null;
1412             if (isCdnaProfile)
1413             {
1414               final String codonTranslation = ResidueProperties
1415                       .codonTranslate(new String(dc));
1416               colour = profcolour.findColourSeq(codonTranslation.charAt(0),
1417                       column, null);
1418             }
1419             else
1420             {
1421               colour = profcolour.findColourSeq(dc[0], column, null);
1422             }
1423             g.setColor(colour == Color.white ? Color.lightGray : colour);
1424
1425             hght = (ht + (scl - lm.getDescent() - lm.getBaselineOffsets()[lm
1426                     .getBaselineIndex()]));
1427
1428             g.drawChars(dc, 0, dc.length, x * charWidth, (int) hght);
1429             valuesProcessed++;
1430           }
1431           g.setFont(ofont);
1432         }
1433       }
1434       x++;
1435     }
1436     if (_aa.threshold != null)
1437     {
1438       g.setColor(_aa.threshold.colour);
1439       Graphics2D g2 = (Graphics2D) g;
1440       g2.setStroke(new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_SQUARE,
1441               BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f, new float[]
1442               { 5f, 3f }, 0f));
1443
1444       y2 = (int) (y - ((_aa.threshold.value - min) / range)
1445               * _aa.graphHeight);
1446       g.drawLine(0, y2, (eRes - sRes) * charWidth, y2);
1447       g2.setStroke(new BasicStroke());
1448     }
1449   }
1450
1451   // used by overview window
1452   public void drawGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation _aa,
1453           Annotation[] aa_annotations, int width, int y, int sRes, int eRes)
1454   {
1455     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1456     g.setColor(Color.white);
1457     g.fillRect(0, 0, width, y);
1458     g.setColor(new Color(0, 0, 180));
1459
1460     int x = 0, height;
1461
1462     for (int j = sRes; j < eRes; j++)
1463     {
1464       if (aa_annotations[j] != null)
1465       {
1466         if (aa_annotations[j].colour == null)
1467         {
1468           g.setColor(Color.black);
1469         }
1470         else
1471         {
1472           g.setColor(aa_annotations[j].colour);
1473         }
1474
1475         height = (int) ((aa_annotations[j].value / _aa.graphMax) * y);
1476         if (height > y)
1477         {
1478           height = y;
1479         }
1480
1481         g.fillRect(x, y - height, charWidth, height);
1482       }
1483       x += charWidth;
1484     }
1485   }
1486
1487   Color getNotCanonicalColor(char lastss)
1488   {
1489     switch (lastss)
1490     {
1491     case '{':
1492     case '}':
1493       return new Color(255, 125, 5);
1494
1495     case '[':
1496     case ']':
1497       return new Color(245, 115, 10);
1498
1499     case '>':
1500     case '<':
1501       return new Color(235, 135, 15);
1502
1503     case 'A':
1504     case 'a':
1505       return new Color(225, 105, 20);
1506
1507     case 'B':
1508     case 'b':
1509       return new Color(215, 145, 30);
1510
1511     case 'C':
1512     case 'c':
1513       return new Color(205, 95, 35);
1514
1515     case 'D':
1516     case 'd':
1517       return new Color(195, 155, 45);
1518
1519     case 'E':
1520     case 'e':
1521       return new Color(185, 85, 55);
1522
1523     case 'F':
1524     case 'f':
1525       return new Color(175, 165, 65);
1526
1527     case 'G':
1528     case 'g':
1529       return new Color(170, 75, 75);
1530
1531     case 'H':
1532     case 'h':
1533       return new Color(160, 175, 85);
1534
1535     case 'I':
1536     case 'i':
1537       return new Color(150, 65, 95);
1538
1539     case 'J':
1540     case 'j':
1541       return new Color(140, 185, 105);
1542
1543     case 'K':
1544     case 'k':
1545       return new Color(130, 55, 110);
1546
1547     case 'L':
1548     case 'l':
1549       return new Color(120, 195, 120);
1550
1551     case 'M':
1552     case 'm':
1553       return new Color(110, 45, 130);
1554
1555     case 'N':
1556     case 'n':
1557       return new Color(100, 205, 140);
1558
1559     case 'O':
1560     case 'o':
1561       return new Color(90, 35, 150);
1562
1563     case 'P':
1564     case 'p':
1565       return new Color(85, 215, 160);
1566
1567     case 'Q':
1568     case 'q':
1569       return new Color(75, 25, 170);
1570
1571     case 'R':
1572     case 'r':
1573       return new Color(65, 225, 180);
1574
1575     case 'S':
1576     case 's':
1577       return new Color(55, 15, 185);
1578
1579     case 'T':
1580     case 't':
1581       return new Color(45, 235, 195);
1582
1583     case 'U':
1584     case 'u':
1585       return new Color(35, 5, 205);
1586
1587     case 'V':
1588     case 'v':
1589       return new Color(25, 245, 215);
1590
1591     case 'W':
1592     case 'w':
1593       return new Color(15, 0, 225);
1594
1595     case 'X':
1596     case 'x':
1597       return new Color(10, 255, 235);
1598
1599     case 'Y':
1600     case 'y':
1601       return new Color(5, 150, 245);
1602
1603     case 'Z':
1604     case 'z':
1605       return new Color(0, 80, 255);
1606
1607     default:
1608       System.out.println("This is not a interaction : " + lastss);
1609       return null;
1610
1611     }
1612   }
1613 }