src/jalview/schemes/UserColourScheme.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.schemes;
  22
  23 import java.awt.Color;
  24 import java.util.Map;
  25 import java.util.StringTokenizer;
  26
  27 import jalview.datamodel.AnnotatedCollectionI;
  28 import jalview.datamodel.SequenceCollectionI;
  29 import jalview.datamodel.SequenceI;
  30
  31 public class UserColourScheme extends ResidueColourScheme
  32 {
  33   Color[] lowerCaseColours;
  34
  35   protected String schemeName;
  36
  37   public UserColourScheme()
  38   {
  39     super(ResidueProperties.aaIndex);
  40   }
  41
  42   public UserColourScheme(Color[] newColors)
  43   {
  44     super(ResidueProperties.aaIndex);
  45     colors = newColors;
  46   }
  47
  48   @Override
  49   public ColourSchemeI applyTo(AnnotatedCollectionI sg,
  50           Map<SequenceI, SequenceCollectionI> hiddenRepSequences)
  51   {
  52     UserColourScheme usc = new UserColourScheme(colors);
  53     if (lowerCaseColours != null)
  54     {
  55       usc.schemeName = new String(schemeName);
  56       usc.lowerCaseColours = new Color[lowerCaseColours.length];
  57       System.arraycopy(lowerCaseColours, 0, usc.lowerCaseColours, 0,
  58               lowerCaseColours.length);
  59     }
  60     return usc;
  61   }
  62
  63   public UserColourScheme(String colour)
  64   {
  65     super(ResidueProperties.aaIndex);
  66     Color col = getColourFromString(colour);
  67
  68     if (col == null)
  69     {
  70       System.out.println("Unknown colour!! " + colour);
  71       col = createColourFromName(colour);
  72     }
  73
  74     colors = new Color[24];
  75     for (int i = 0; i < 24; i++)
  76     {
  77       colors[i] = col;
  78     }
  79     schemeName = colour;
  80   }
  81
  82   public Color[] getColours()
  83   {
  84     return colors;
  85   }
  86
  87   public Color[] getLowerCaseColours()
  88   {
  89     return lowerCaseColours;
  90   }
  91
  92   public void setName(String name)
  93   {
  94     schemeName = name;
  95   }
  96
  97   public String getName()
  98   {
  99     return schemeName;
 100   }
 101
 102   public Color getColourFromString(String colour)
 103   {
 104     colour = colour.trim();
 105
 106     Color col = null;
 107     try
 108     {
 109       int value = Integer.parseInt(colour, 16);
 110       col = new Color(value);
 111     } catch (NumberFormatException ex)
 112     {
 113     }
 114
 115     if (col == null)
 116     {
 117       col = ColourSchemeProperty.getAWTColorFromName(colour);
 118     }
 119
 120     if (col == null)
 121     {
 122       try
 123       {
 124         java.util.StringTokenizer st = new java.util.StringTokenizer(
 125                 colour, ",");
 126         int r = Integer.parseInt(st.nextToken());
 127         int g = Integer.parseInt(st.nextToken());
 128         int b = Integer.parseInt(st.nextToken());
 129         col = new Color(r, g, b);
 130       } catch (Exception ex)
 131       {
 132       }
 133     }
 134
 135     return col;
 136
 137   }
 138
 139   public Color createColourFromName(String name)
 140   {
 141     int r, g, b;
 142
 143     int lsize = name.length();
 144     int start = 0, end = lsize / 3;
 145
 146     int rgbOffset = Math.abs(name.hashCode() % 10) * 15;
 147
 148     r = Math.abs(name.substring(start, end).hashCode() + rgbOffset) % 210 + 20;
 149     start = end;
 150     end += lsize / 3;
 151     if (end > lsize)
 152     {
 153       end = lsize;
 154     }
 155
 156     g = Math.abs(name.substring(start, end).hashCode() + rgbOffset) % 210 + 20;
 157
 158     b = Math.abs(name.substring(end).hashCode() + rgbOffset) % 210 + 20;
 159
 160     Color color = new Color(r, g, b);
 161
 162     return color;
 163   }
 164
 165   public void parseAppletParameter(String paramValue)
 166   {
 167     // TODO: need a function to generate appletParameter colour string from a
 168     // UCS
 169     StringTokenizer st = new StringTokenizer(paramValue, ";");
 170     StringTokenizer st2;
 171     String token = null, colour, residues;
 172     try
 173     {
 174       while (st.hasMoreElements())
 175       {
 176         token = st.nextToken().trim();
 177         residues = token.substring(0, token.indexOf("="));
 178         colour = token.substring(token.indexOf("=") + 1);
 179
 180         st2 = new StringTokenizer(residues, " ,");
 181         while (st2.hasMoreTokens())
 182         {
 183           token = st2.nextToken();
 184
 185           if (ResidueProperties.aaIndex[token.charAt(0)] == -1)
 186           {
 187             continue;
 188           }
 189
 190           int colIndex = ResidueProperties.aaIndex[token.charAt(0)];
 191
 192           if (token.equalsIgnoreCase("lowerCase"))
 193           {
 194             if (lowerCaseColours == null)
 195             {
 196               lowerCaseColours = new Color[23];
 197             }
 198             for (int i = 0; i < 23; i++)
 199             {
 200               if (lowerCaseColours[i] == null)
 201               {
 202                 lowerCaseColours[i] = getColourFromString(colour);
 203               }
 204             }
 205
 206             continue;
 207           }
 208
 209           if (token.equals(token.toLowerCase()))
 210           {
 211             if (lowerCaseColours == null)
 212             {
 213               lowerCaseColours = new Color[23];
 214             }
 215             lowerCaseColours[colIndex] = getColourFromString(colour);
 216           }
 217           else
 218           {
 219             colors[colIndex] = getColourFromString(colour);
 220           }
 221         }
 222       }
 223     } catch (Exception ex)
 224     {
 225       System.out.println("Error parsing userDefinedColours:\n" + token
 226               + "\n" + ex);
 227     }
 228
 229   }
 230
 231   @Override
 232   public Color findColourSeq(char c, int j, SequenceI seq)
 233   {
 234     Color currentColour;
 235     int index = ResidueProperties.aaIndex[c];
 236
 237     if ((threshold == 0) || aboveThreshold(c, j))
 238     {
 239       if (lowerCaseColours != null && 'a' <= c && c <= 'z')
 240       {
 241         currentColour = lowerCaseColours[index];
 242       }
 243       else
 244       {
 245         currentColour = colors[index];
 246       }
 247     }
 248     else
 249     {
 250       currentColour = Color.white;
 251     }
 252
 253     if (conservationColouring)
 254     {
 255       currentColour = applyConservation(currentColour, j);
 256     }
 257
 258     return currentColour;
 259   }
 260
 261   public void setLowerCaseColours(Color[] lcolours)
 262   {
 263     lowerCaseColours = lcolours;
 264   }
 265
 266 }