applied LGPLv3 and source code formatting.
[vamsas.git] / src / uk / ac / vamsas / objects / core / Property.java
index bccf4bd..1c63807 100644 (file)
@@ -1,14 +1,28 @@
 /*\r
- * This class was automatically generated with \r
- * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
- * Schema.\r
- * $Id$\r
+ * This file is part of the Vamsas Client version 0.1. \r
+ * Copyright 2009 by Jim Procter, Iain Milne, Pierre Marguerite, \r
+ *  Andrew Waterhouse and Dominik Lindner.\r
+ * \r
+ * Earlier versions have also been incorporated into Jalview version 2.4 \r
+ * since 2008, and TOPALi version 2 since 2007.\r
+ * \r
+ * The Vamsas Client is free software: you can redistribute it and/or modify\r
+ * it under the terms of the GNU Lesser General Public License as published by\r
+ * the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or\r
+ * (at your option) any later version.\r
+ *  \r
+ * The Vamsas Client is distributed in the hope that it will be useful,\r
+ * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
+ * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
+ * GNU Lesser General Public License for more details.\r
+ * \r
+ * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public License\r
+ * along with the Vamsas Client.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
  */\r
-\r
 package uk.ac.vamsas.objects.core;\r
 \r
-  //---------------------------------/\r
- //- Imported classes and packages -/\r
+//---------------------------------/\r
+//- Imported classes and packages -/\r
 //---------------------------------/\r
 \r
 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
@@ -19,316 +33,323 @@ import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  * \r
  * @version $Revision$ $Date$\r
  */\r
-public class Property extends uk.ac.vamsas.client.Vobject \r
-implements java.io.Serializable\r
-{\r
+public class Property extends uk.ac.vamsas.client.Vobject implements\r
+    java.io.Serializable {\r
 \r
+  // --------------------------/\r
+  // - Class/Member Variables -/\r
+  // --------------------------/\r
 \r
-      //--------------------------/\r
-     //- Class/Member Variables -/\r
-    //--------------------------/\r
+  /**\r
+   * internal content storage\r
+   */\r
+  private java.lang.String _content = "";\r
 \r
-    /**\r
-     * internal content storage\r
-     */\r
-    private java.lang.String _content = "";\r
+  /**\r
+   * Field _name.\r
+   */\r
+  private java.lang.String _name;\r
 \r
-    /**\r
-     * Field _name.\r
-     */\r
-    private java.lang.String _name;\r
+  /**\r
+   * The type specifies how the property will be parsed. Empty property strings\r
+   * are allowed, and can be used to prototype the input to a document. TODO:\r
+   * specify allowed types\r
+   */\r
+  private java.lang.String _type;\r
 \r
-    /**\r
-     * The type specifies how the property will be parsed.\r
-     *  Empty property strings are allowed, and can be used to\r
-     * prototype the\r
-     *  input to a document. TODO: specify allowed types \r
-     */\r
-    private java.lang.String _type;\r
+  // ----------------/\r
+  // - Constructors -/\r
+  // ----------------/\r
 \r
+  public Property() {\r
+    super();\r
+    setContent("");\r
+  }\r
 \r
-      //----------------/\r
-     //- Constructors -/\r
-    //----------------/\r
+  // -----------/\r
+  // - Methods -/\r
+  // -----------/\r
 \r
-    public Property() {\r
-        super();\r
-        setContent("");\r
-    }\r
+  /**\r
+   * Overrides the java.lang.Object.equals method.\r
+   * \r
+   * @param obj\r
+   * @return true if the objects are equal.\r
+   */\r
+  public boolean equals(final java.lang.Object obj) {\r
+    if (this == obj)\r
+      return true;\r
 \r
+    if (super.equals(obj) == false)\r
+      return false;\r
 \r
-      //-----------/\r
-     //- Methods -/\r
-    //-----------/\r
+    if (obj instanceof Property) {\r
 \r
-    /**\r
-     * Overrides the java.lang.Object.equals method.\r
-     * \r
-     * @param obj\r
-     * @return true if the objects are equal.\r
-     */\r
-    public boolean equals(\r
-            final java.lang.Object obj) {\r
-        if ( this == obj )\r
-            return true;\r
-        \r
-        if (super.equals(obj)==false)\r
+      Property temp = (Property) obj;\r
+      boolean thcycle;\r
+      boolean tmcycle;\r
+      if (this._content != null) {\r
+        if (temp._content == null)\r
+          return false;\r
+        if (this._content != temp._content) {\r
+          thcycle = org.castor.util.CycleBreaker.startingToCycle(this._content);\r
+          tmcycle = org.castor.util.CycleBreaker.startingToCycle(temp._content);\r
+          if (thcycle != tmcycle) {\r
+            if (!thcycle) {\r
+              org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(this._content);\r
+            }\r
+            ;\r
+            if (!tmcycle) {\r
+              org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(temp._content);\r
+            }\r
+            ;\r
+            return false;\r
+          }\r
+          if (!thcycle) {\r
+            if (!this._content.equals(temp._content)) {\r
+              org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(this._content);\r
+              org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(temp._content);\r
+              return false;\r
+            }\r
+            org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(this._content);\r
+            org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(temp._content);\r
+          }\r
+        }\r
+      } else if (temp._content != null)\r
+        return false;\r
+      if (this._name != null) {\r
+        if (temp._name == null)\r
+          return false;\r
+        if (this._name != temp._name) {\r
+          thcycle = org.castor.util.CycleBreaker.startingToCycle(this._name);\r
+          tmcycle = org.castor.util.CycleBreaker.startingToCycle(temp._name);\r
+          if (thcycle != tmcycle) {\r
+            if (!thcycle) {\r
+              org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(this._name);\r
+            }\r
+            ;\r
+            if (!tmcycle) {\r
+              org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(temp._name);\r
+            }\r
+            ;\r
+            return false;\r
+          }\r
+          if (!thcycle) {\r
+            if (!this._name.equals(temp._name)) {\r
+              org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(this._name);\r
+              org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(temp._name);\r
+              return false;\r
+            }\r
+            org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(this._name);\r
+            org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(temp._name);\r
+          }\r
+        }\r
+      } else if (temp._name != null)\r
+        return false;\r
+      if (this._type != null) {\r
+        if (temp._type == null)\r
+          return false;\r
+        if (this._type != temp._type) {\r
+          thcycle = org.castor.util.CycleBreaker.startingToCycle(this._type);\r
+          tmcycle = org.castor.util.CycleBreaker.startingToCycle(temp._type);\r
+          if (thcycle != tmcycle) {\r
+            if (!thcycle) {\r
+              org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(this._type);\r
+            }\r
+            ;\r
+            if (!tmcycle) {\r
+              org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(temp._type);\r
+            }\r
+            ;\r
             return false;\r
-        \r
-        if (obj instanceof Property) {\r
-        \r
-            Property temp = (Property)obj;\r
-            boolean thcycle;\r
-            boolean tmcycle;\r
-            if (this._content != null) {\r
-                if (temp._content == null) return false;\r
-                if (this._content != temp._content) {\r
-                    thcycle=org.castor.util.CycleBreaker.startingToCycle(this._content);\r
-                    tmcycle=org.castor.util.CycleBreaker.startingToCycle(temp._content);\r
-                    if (thcycle!=tmcycle) {\r
-                        if (!thcycle) { org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(this._content); };\r
-                        if (!tmcycle) { org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(temp._content); };\r
-                        return false;\r
-                    }\r
-                    if (!thcycle) {\r
-                        if (!this._content.equals(temp._content)) {\r
-                            org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(this._content);\r
-                            org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(temp._content);\r
-                            return false;\r
-                        }\r
-                        org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(this._content);\r
-                        org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(temp._content);\r
-                    }\r
-                }\r
-            } else if (temp._content != null)\r
-                return false;\r
-            if (this._name != null) {\r
-                if (temp._name == null) return false;\r
-                if (this._name != temp._name) {\r
-                    thcycle=org.castor.util.CycleBreaker.startingToCycle(this._name);\r
-                    tmcycle=org.castor.util.CycleBreaker.startingToCycle(temp._name);\r
-                    if (thcycle!=tmcycle) {\r
-                        if (!thcycle) { org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(this._name); };\r
-                        if (!tmcycle) { org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(temp._name); };\r
-                        return false;\r
-                    }\r
-                    if (!thcycle) {\r
-                        if (!this._name.equals(temp._name)) {\r
-                            org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(this._name);\r
-                            org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(temp._name);\r
-                            return false;\r
-                        }\r
-                        org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(this._name);\r
-                        org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(temp._name);\r
-                    }\r
-                }\r
-            } else if (temp._name != null)\r
-                return false;\r
-            if (this._type != null) {\r
-                if (temp._type == null) return false;\r
-                if (this._type != temp._type) {\r
-                    thcycle=org.castor.util.CycleBreaker.startingToCycle(this._type);\r
-                    tmcycle=org.castor.util.CycleBreaker.startingToCycle(temp._type);\r
-                    if (thcycle!=tmcycle) {\r
-                        if (!thcycle) { org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(this._type); };\r
-                        if (!tmcycle) { org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(temp._type); };\r
-                        return false;\r
-                    }\r
-                    if (!thcycle) {\r
-                        if (!this._type.equals(temp._type)) {\r
-                            org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(this._type);\r
-                            org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(temp._type);\r
-                            return false;\r
-                        }\r
-                        org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(this._type);\r
-                        org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(temp._type);\r
-                    }\r
-                }\r
-            } else if (temp._type != null)\r
-                return false;\r
-            return true;\r
+          }\r
+          if (!thcycle) {\r
+            if (!this._type.equals(temp._type)) {\r
+              org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(this._type);\r
+              org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(temp._type);\r
+              return false;\r
+            }\r
+            org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(this._type);\r
+            org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(temp._type);\r
+          }\r
         }\r
+      } else if (temp._type != null)\r
         return false;\r
+      return true;\r
     }\r
+    return false;\r
+  }\r
 \r
-    /**\r
-     * Returns the value of field 'content'. The field 'content'\r
-     * has the following description: internal content storage\r
-     * \r
-     * @return the value of field 'Content'.\r
-     */\r
-    public java.lang.String getContent(\r
-    ) {\r
-        return this._content;\r
-    }\r
+  /**\r
+   * Returns the value of field 'content'. The field 'content' has the following\r
+   * description: internal content storage\r
+   * \r
+   * @return the value of field 'Content'.\r
+   */\r
+  public java.lang.String getContent() {\r
+    return this._content;\r
+  }\r
 \r
-    /**\r
-     * Returns the value of field 'name'.\r
-     * \r
-     * @return the value of field 'Name'.\r
-     */\r
-    public java.lang.String getName(\r
-    ) {\r
-        return this._name;\r
-    }\r
+  /**\r
+   * Returns the value of field 'name'.\r
+   * \r
+   * @return the value of field 'Name'.\r
+   */\r
+  public java.lang.String getName() {\r
+    return this._name;\r
+  }\r
 \r
-    /**\r
-     * Returns the value of field 'type'. The field 'type' has the\r
-     * following description: The type specifies how the property\r
-     * will be parsed.\r
-     *  Empty property strings are allowed, and can be used to\r
-     * prototype the\r
-     *  input to a document. TODO: specify allowed types \r
-     * \r
-     * @return the value of field 'Type'.\r
-     */\r
-    public java.lang.String getType(\r
-    ) {\r
-        return this._type;\r
-    }\r
+  /**\r
+   * Returns the value of field 'type'. The field 'type' has the following\r
+   * description: The type specifies how the property will be parsed. Empty\r
+   * property strings are allowed, and can be used to prototype the input to a\r
+   * document. TODO: specify allowed types\r
+   * \r
+   * @return the value of field 'Type'.\r
+   */\r
+  public java.lang.String getType() {\r
+    return this._type;\r
+  }\r
 \r
-    /**\r
-     * Overrides the java.lang.Object.hashCode method.\r
-     * <p>\r
-     * The following steps came from <b>Effective Java Programming\r
-     * Language Guide</b> by Joshua Bloch, Chapter 3\r
-     * \r
-     * @return a hash code value for the object.\r
-     */\r
-    public int hashCode(\r
-    ) {\r
-        int result = super.hashCode();\r
-        \r
-        long tmp;\r
-        if (_content != null\r
-            && !org.castor.util.CycleBreaker.startingToCycle(_content)) {\r
-           result = 37 * result + _content.hashCode();\r
-           org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(_content);\r
-        }\r
-        if (_name != null\r
-            && !org.castor.util.CycleBreaker.startingToCycle(_name)) {\r
-           result = 37 * result + _name.hashCode();\r
-           org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(_name);\r
-        }\r
-        if (_type != null\r
-            && !org.castor.util.CycleBreaker.startingToCycle(_type)) {\r
-           result = 37 * result + _type.hashCode();\r
-           org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(_type);\r
-        }\r
-        \r
-        return result;\r
-    }\r
+  /**\r
+   * Overrides the java.lang.Object.hashCode method.\r
+   * <p>\r
+   * The following steps came from <b>Effective Java Programming Language\r
+   * Guide</b> by Joshua Bloch, Chapter 3\r
+   * \r
+   * @return a hash code value for the object.\r
+   */\r
+  public int hashCode() {\r
+    int result = super.hashCode();\r
 \r
-    /**\r
-     * Method isValid.\r
-     * \r
-     * @return true if this object is valid according to the schema\r
-     */\r
-    public boolean isValid(\r
-    ) {\r
-        try {\r
-            validate();\r
-        } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
-            return false;\r
-        }\r
-        return true;\r
+    long tmp;\r
+    if (_content != null\r
+        && !org.castor.util.CycleBreaker.startingToCycle(_content)) {\r
+      result = 37 * result + _content.hashCode();\r
+      org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(_content);\r
     }\r
-\r
-    /**\r
-     * \r
-     * \r
-     * @param out\r
-     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
-     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
-     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
-     * object is an invalid instance according to the schema\r
-     */\r
-    public void marshal(\r
-            final java.io.Writer out)\r
-    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
-        Marshaller.marshal(this, out);\r
+    if (_name != null && !org.castor.util.CycleBreaker.startingToCycle(_name)) {\r
+      result = 37 * result + _name.hashCode();\r
+      org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(_name);\r
     }\r
-\r
-    /**\r
-     * \r
-     * \r
-     * @param handler\r
-     * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during\r
-     * marshaling\r
-     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
-     * object is an invalid instance according to the schema\r
-     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
-     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
-     */\r
-    public void marshal(\r
-            final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
-    throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
-        Marshaller.marshal(this, handler);\r
+    if (_type != null && !org.castor.util.CycleBreaker.startingToCycle(_type)) {\r
+      result = 37 * result + _type.hashCode();\r
+      org.castor.util.CycleBreaker.releaseCycleHandle(_type);\r
     }\r
 \r
-    /**\r
-     * Sets the value of field 'content'. The field 'content' has\r
-     * the following description: internal content storage\r
-     * \r
-     * @param content the value of field 'content'.\r
-     */\r
-    public void setContent(\r
-            final java.lang.String content) {\r
-        this._content = content;\r
-    }\r
+    return result;\r
+  }\r
 \r
-    /**\r
-     * Sets the value of field 'name'.\r
-     * \r
-     * @param name the value of field 'name'.\r
-     */\r
-    public void setName(\r
-            final java.lang.String name) {\r
-        this._name = name;\r
+  /**\r
+   * Method isValid.\r
+   * \r
+   * @return true if this object is valid according to the schema\r
+   */\r
+  public boolean isValid() {\r
+    try {\r
+      validate();\r
+    } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
+      return false;\r
     }\r
+    return true;\r
+  }\r
 \r
-    /**\r
-     * Sets the value of field 'type'. The field 'type' has the\r
-     * following description: The type specifies how the property\r
-     * will be parsed.\r
-     *  Empty property strings are allowed, and can be used to\r
-     * prototype the\r
-     *  input to a document. TODO: specify allowed types \r
-     * \r
-     * @param type the value of field 'type'.\r
-     */\r
-    public void setType(\r
-            final java.lang.String type) {\r
-        this._type = type;\r
-    }\r
+  /**\r
+   * \r
+   * \r
+   * @param out\r
+   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
+   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
+   *           marshaling\r
+   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
+   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
+   */\r
+  public void marshal(final java.io.Writer out)\r
+      throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
+      org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+    Marshaller.marshal(this, out);\r
+  }\r
 \r
-    /**\r
-     * Method unmarshal.\r
-     * \r
-     * @param reader\r
-     * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
-     * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
-     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
-     * object is an invalid instance according to the schema\r
-     * @return the unmarshaled uk.ac.vamsas.objects.core.Property\r
-     */\r
-    public static uk.ac.vamsas.objects.core.Property unmarshal(\r
-            final java.io.Reader reader)\r
-    throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
-        return (uk.ac.vamsas.objects.core.Property) Unmarshaller.unmarshal(uk.ac.vamsas.objects.core.Property.class, reader);\r
-    }\r
+  /**\r
+   * \r
+   * \r
+   * @param handler\r
+   * @throws java.io.IOException\r
+   *           if an IOException occurs during marshaling\r
+   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
+   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
+   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
+   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
+   *           marshaling\r
+   */\r
+  public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
+      throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
+      org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+    Marshaller.marshal(this, handler);\r
+  }\r
 \r
-    /**\r
-     * \r
-     * \r
-     * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
-     * object is an invalid instance according to the schema\r
-     */\r
-    public void validate(\r
-    )\r
-    throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
-        org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
-        validator.validate(this);\r
-    }\r
+  /**\r
+   * Sets the value of field 'content'. The field 'content' has the following\r
+   * description: internal content storage\r
+   * \r
+   * @param content\r
+   *          the value of field 'content'.\r
+   */\r
+  public void setContent(final java.lang.String content) {\r
+    this._content = content;\r
+  }\r
+\r
+  /**\r
+   * Sets the value of field 'name'.\r
+   * \r
+   * @param name\r
+   *          the value of field 'name'.\r
+   */\r
+  public void setName(final java.lang.String name) {\r
+    this._name = name;\r
+  }\r
+\r
+  /**\r
+   * Sets the value of field 'type'. The field 'type' has the following\r
+   * description: The type specifies how the property will be parsed. Empty\r
+   * property strings are allowed, and can be used to prototype the input to a\r
+   * document. TODO: specify allowed types\r
+   * \r
+   * @param type\r
+   *          the value of field 'type'.\r
+   */\r
+  public void setType(final java.lang.String type) {\r
+    this._type = type;\r
+  }\r
+\r
+  /**\r
+   * Method unmarshal.\r
+   * \r
+   * @param reader\r
+   * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException\r
+   *           if object is null or if any SAXException is thrown during\r
+   *           marshaling\r
+   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
+   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
+   * @return the unmarshaled uk.ac.vamsas.objects.core.Property\r
+   */\r
+  public static uk.ac.vamsas.objects.core.Property unmarshal(\r
+      final java.io.Reader reader)\r
+      throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
+      org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+    return (uk.ac.vamsas.objects.core.Property) Unmarshaller.unmarshal(\r
+        uk.ac.vamsas.objects.core.Property.class, reader);\r
+  }\r
+\r
+  /**\r
+   * \r
+   * \r
+   * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
+   *           if this object is an invalid instance according to the schema\r
+   */\r
+  public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
+    org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
+    validator.validate(this);\r
+  }\r
 \r
 }\r