bin/jalview/appletgui/PairwiseAlignPanel.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.appletgui");
   2 Clazz.load (["awt2swing.Panel", "java.awt.event.ActionListener", "awt2swing.Button", "$.ScrollPane", "$.TextArea", "java.awt.BorderLayout", "java.util.Vector"], "jalview.appletgui.PairwiseAlignPanel", ["jalview.analysis.AlignSeq", "jalview.appletgui.AlignFrame", "jalview.datamodel.Alignment", "jalview.util.Format", "$.MessageManager", "java.awt.Font"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.sequences = null;
   5 this.ap = null;
   6 this.scrollPane = null;
   7 this.textarea = null;
   8 this.viewInEditorButton = null;
   9 this.jPanel1 = null;
  10 this.borderLayout1 = null;
  11 Clazz.instantialize (this, arguments);
  12 }, jalview.appletgui, "PairwiseAlignPanel", awt2swing.Panel, java.awt.event.ActionListener);
  13 Clazz.prepareFields (c$, function () {
  14 this.sequences =  new java.util.Vector ();
  15 this.scrollPane =  new awt2swing.ScrollPane ();
  16 this.textarea =  new awt2swing.TextArea ();
  17 this.viewInEditorButton =  new awt2swing.Button ();
  18 this.jPanel1 =  new awt2swing.Panel ();
  19 this.borderLayout1 =  new java.awt.BorderLayout ();
  20 });
  21 Clazz.makeConstructor (c$,
  22 function (ap) {
  23 Clazz.superConstructor (this, jalview.appletgui.PairwiseAlignPanel, []);
  24 try {
  25 this.jbInit ();
  26 } catch (e) {
  27 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {
  28 e.printStackTrace ();
  29 } else {
  30 throw e;
  31 }
  32 }
  33 this.ap = ap;
  34 this.sequences =  new java.util.Vector ();
  35 var seqs;
  36 var seqStrings = ap.av.getViewAsString (true);
  37 if (ap.av.getSelectionGroup () == null) {
  38 seqs = ap.av.getAlignment ().getSequencesArray ();
  39 } else {
  40 seqs = ap.av.getSelectionGroup ().getSequencesInOrder (ap.av.getAlignment ());
  41 }var scores =  Clazz.newFloatArray (seqs.length, seqs.length, 0);
  42 var totscore = 0;
  43 var count = ap.av.getSelectionGroup ().getSize ();
  44 var type = (ap.av.getAlignment ().isNucleotide ()) ? "dna" : "pep";
  45 var seq;
  46 for (var i = 1; i < count; i++) {
  47 for (var j = 0; j < i; j++) {
  48 var as =  new jalview.analysis.AlignSeq (seqs[i], seqStrings[i], seqs[j], seqStrings[j], type);
  49 if (as.s1str.length == 0 || as.s2str.length == 0) {
  50 continue;
  51 }as.calcScoreMatrix ();
  52 as.traceAlignment ();
  53 as.printAlignment (System.out);
  54 scores[i][j] = as.getMaxScore () / as.getASeq1 ().length;
  55 totscore = totscore + scores[i][j];
  56 this.textarea.append (as.getOutput ());
  57 this.sequences.add (as.getAlignedSeq1 ());
  58 this.sequences.add (as.getAlignedSeq1 ());
  59 }
  60 }
  61 if (count > 2) {
  62 System.out.println ("Pairwise alignment scaled similarity score matrix\n");
  63 for (var i = 0; i < count; i++) {
  64 jalview.util.Format.print (System.out, "%s \n", ("" + i) + " " + seqs[i].getName ());
  65 }
  66 System.out.println ("\n");
  67 for (var i = 0; i < count; i++) {
  68 for (var j = 0; j < i; j++) {
  69 jalview.util.Format.printDouble (System.out, "%7.3f", scores[i][j] / totscore);
  70 }
  71 }
  72 System.out.println ("\n");
  73 }}, "jalview.appletgui.AlignmentPanel");
  74 Clazz.overrideMethod (c$, "actionPerformed",
  75 function (evt) {
  76 if (evt.getSource () === this.viewInEditorButton) {
  77 this.viewInEditorButton_actionPerformed ();
  78 }}, "java.awt.event.ActionEvent");
  79 Clazz.defineMethod (c$, "viewInEditorButton_actionPerformed",
  80 function () {
  81 var seq =  new Array (this.sequences.size ());
  82 for (var i = 0; i < this.sequences.size (); i++) {
  83 seq[i] = this.sequences.elementAt (i);
  84 }
  85  new jalview.appletgui.AlignFrame ( new jalview.datamodel.Alignment (seq), this.ap.av.applet, "Pairwise Aligned Sequences", false);
  86 });
  87 Clazz.defineMethod (c$, "jbInit",
  88 ($fz = function () {
  89 this.setLayout (this.borderLayout1);
  90 this.textarea.setFont ( new java.awt.Font ("Monospaced", 0, 12));
  91 this.textarea.setText ("");
  92 this.viewInEditorButton.setFont ( new java.awt.Font ("Verdana", 0, 12));
  93 this.viewInEditorButton.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("label.view_alignment_editor"));
  94 this.viewInEditorButton.addActionListener (this);
  95 this.add (this.scrollPane, "Center");
  96 this.scrollPane.add (this.textarea);
  97 this.add (this.jPanel1, "South");
  98 this.jPanel1.add (this.viewInEditorButton, null);
  99 }, $fz.isPrivate = true, $fz));
 100 });