2 #================ common .obj files
4 doinit.obj : doinit.c defs.h param.h upam.h structs.h uascii.h
5 $(CC) $(CFLAGS) -c doinit.c
7 init_sw.obj : initfa.c defs.h param.h upam.h structs.h
8 $(CC) $(CFLAGS) -c -DSSEARCH initfa.c /Foinit_sw.obj
10 init_ssw.obj : initfa.c defs.h param.h upam.h structs.h
11 $(CC) $(CFLAGS) -c -DOSEARCH initfa.c /Foinit_ssw.obj
13 init_rss.obj : initfa.c defs.h param.h upam.h structs.h
14 $(CC) $(CFLAGS) -c -DPRSS initfa.c /Foinit_rss.obj
16 init_rfx.obj : initfa.c defs.h param.h upam.h structs.h
17 $(CC) $(CFLAGS) -c -DPRSS -DFASTX initfa.c /Foinit_rfx.obj
19 init_fa.obj : initfa.c defs.h param.h upam.h structs.h
20 $(CC) $(CFLAGS) -c -DFASTA initfa.c /Foinit_fa.obj
22 init_ff.obj : initfa.c defs.h param.h upam.h structs.h
23 $(CC) $(CFLAGS) -c -DFASTF initfa.c /Foinit_ff.obj
25 init_tf.obj : initfa.c defs.h param.h upam.h structs.h
26 $(CC) $(CFLAGS) -c -DFASTF -DTFAST initfa.c /Foinit_tf.obj
28 init_fs.obj : initfa.c defs.h param.h upam.h structs.h
29 $(CC) $(CFLAGS) -c -DFASTS initfa.c /Foinit_fs.obj
31 init_fm.obj : initfa.c defs.h param.h upam.h structs.h
32 $(CC) $(CFLAGS) -c -DFASTM initfa.c /Foinit_fm.obj
34 init_tfs.obj : initfa.c defs.h param.h upam.h structs.h
35 $(CC) $(CFLAGS) -c -DFASTS -DTFAST initfa.c /Foinit_tfs.obj
37 init_tfm.obj : initfa.c defs.h param.h upam.h structs.h
38 $(CC) $(CFLAGS) -c -DFASTM -DTFAST initfa.c /Foinit_tfm.obj
40 init_tfa.obj : initfa.c defs.h param.h upam.h structs.h
41 $(CC) $(CFLAGS) -c -DFASTA -DTFAST initfa.c /Foinit_tfa.obj
43 init_fx.obj : initfa.c defs.h param.h upam.h structs.h
44 $(CC) $(CFLAGS) -c -DFASTX initfa.c /Foinit_fx.obj
46 init_tfx.obj : initfa.c defs.h param.h upam.h structs.h
47 $(CC) $(CFLAGS) -c -DFASTX -DTFAST initfa.c /Foinit_tfx.obj
49 init_fy.obj : initfa.c defs.h param.h upam.h structs.h
50 $(CC) $(CFLAGS) -c -DFASTY initfa.c /Foinit_fy.obj
52 init_tfy.obj : initfa.c defs.h param.h upam.h structs.h
53 $(CC) $(CFLAGS) -c -DFASTY -DTFAST initfa.c /Foinit_tfy.obj
55 #================ miscellaneous
58 $(CC) $(CFLAGS) -c htime.c
60 compacc.obj : compacc.c upam.h uascii.h param.h structs.h $(MWH) defs.h
61 $(CC) $(CFLAGS) -c compacc.c
63 pssm_asn_subs.obj : pssm_asn_subs.c defs.h
64 $(CC) $(CFLAGS) -c pssm_asn_subs.c
66 #================ display list of best hits / alignments
68 showbest.obj : $(SHOWBESTC) $(MWH) defs.h param.h structs.h aln_structs.h drop_func.h
69 $(CC) $(CFLAGS) -c $(SHOWBESTC) /Foshowbest.obj
71 showrss.obj : showrss.c $(MWH) defs.h param.h structs.h aln_structs.h drop_func.h
72 $(CC) $(CFLAGS) -c showrss.c
74 showun.obj : mshowbest.c $(MWH) defs.h aln_structs.h drop_func.h
75 $(CC) $(CFLAGS) -c -DSHOWUN mshowbest.c /Foshowun.obj
77 showrel.obj : $(SHOWBESTC) $(MWH) defs.h aln_structs.h drop_func.h
78 $(CC) $(CFLAGS) -c -DSHOWREL $(SHOWBESTC) /Foshowrel.obj
80 showsum.obj : showsum.c $(MWH) defs.h drop_func.h
81 $(CC) $(CFLAGS) -c showsum.c
83 $(SHOWALIGN).obj : $(SHOWALIGN).c $(MWHP) defs.h structs.h param.h aln_structs.h drop_func.h
84 $(CC) $(CFLAGS) -c $(SHOWALIGN).c /Fo$(SHOWALIGN).obj
86 $(SHOWALIGN)_u.obj : $(SHOWALIGN).c $(MWHP) defs.h structs.h param.h aln_structs.h drop_func.h
87 $(CC) $(CFLAGS) -DSHOWUN -c /Fo$(SHOWALIGN)_u.obj $(SHOWALIGN).c
88 re_getlib.obj : re_getlib.c mw.h mm_file.h
89 $(CC) $(CFLAGS) -c re_getlib.c
91 lib_sel.obj : lib_sel.c defs.h structs.h
92 $(CC) $(CFLAGS) -c lib_sel.c
94 c_dispn.obj : c_dispn.c defs.h structs.h param.h
95 $(CC) $(CFLAGS) -c c_dispn.c
97 #================ statistical functions
99 karlin.obj : karlin.c param.h
100 $(CC) $(CFLAGS) -c karlin.c
102 scaleswn.obj : scaleswn.c defs.h param.h structs.h $(MWH) alt_parms.h
103 $(CC) $(CFLAGS) -c scaleswn.c
105 scaleswtf.obj : scaleswt.c defs.h param.h structs.h $(MWH) alt_parms.h
106 $(CC) $(CFLAGS) -DFASTF -c scaleswt.c /Foscaleswtf.obj
108 scaleswts.obj : scaleswt.c defs.h param.h structs.h $(MWH) alt_parms.h
109 $(CC) $(CFLAGS) -c scaleswt.c /Foscaleswts.obj
111 tatstats_fs.obj : tatstats.c tatstats.h
112 $(CC) $(CFLAGS) -c -DFASTS tatstats.c /Fotatstats_fs.obj
114 tatstats_ff.obj : tatstats.c tatstats.h
115 $(CC) $(CFLAGS) -c -DFASTF tatstats.c /Fotatstats_ff.obj
117 tatstats_fm.obj : tatstats.c tatstats.h
118 $(CC) $(CFLAGS) -c -DFASTM tatstats.c /Fotatstats_fm.obj
120 last_tat.obj : last_tat.c defs.h mm_file.h structs.h param.h
121 $(CC) $(CFLAGS) -c last_tat.c
123 #================ drop functions - actual scores/alignments
125 drop_nfa.obj : dropnfa.c dropnfa.h param.h defs.h drop_func.h
126 $(CC) $(CFLAGS) -c dropnfa.c /Fodrop_nfa.obj
128 # drop_ff, _fs, _fm must define FASTF, FASTS, and FASTM to ensure
129 # that tatstats.h is built appropriately
131 drop_ff.obj : dropff2.c param.h defs.h tatstats.h drop_func.h
132 $(CC) $(CFLAGS) -DFASTF -c dropff2.c /Fodrop_ff.obj
134 drop_tff.obj : dropff2.c param.h defs.h tatstats.h drop_func.h
135 $(CC) $(CFLAGS) -DFASTF -DTFAST -c dropff2.c /Fodrop_tff.obj
137 drop_ff2.obj : dropff2.c param.h defs.h tatstats.h drop_func.h
138 $(CC) $(CFLAGS) -c -DFASTF dropff2.c /Fodrop_ff2.obj
140 drop_tff2.obj : dropff2.c param.h defs.h tatstats.h drop_func.h
141 $(CC) $(CFLAGS) -c -DFASTF -DTFAST dropff2.c /Fodrop_tff.obj
143 drop_fs.obj : dropfs2.c param.h defs.h tatstats.h drop_func.h
144 $(CC) $(CFLAGS) -DFASTS -c dropfs2.c /Fodrop_fs.obj
146 drop_tfs.obj : dropfs2.c param.h defs.h drop_func.h
147 $(CC) $(CFLAGS) -c -DTFAST -DFASTS dropfs2.c /Fodrop_tfs.obj
149 drop_fm.obj : dropfs2.c param.h defs.h drop_func.h
150 $(CC) $(CFLAGS) -c -DFASTM dropfs2.c /Fodrop_fm.obj
152 drop_tfm.obj : dropfs2.c param.h defs.h drop_func.h
153 $(CC) $(CFLAGS) -c -DTFAST -DFASTM dropfs2.c /Fodrop_tfm.obj
155 drop_tfa.obj : dropnfa.c dropnfa.h upam.h param.h defs.h
156 $(CC) $(CFLAGS) -c -DTFASTA dropnfa.c /Fodrop_tfa.obj
158 drop_fx.obj : dropfx.c upam.h param.h defs.h drop_func.h
159 $(CC) $(CFLAGS) -c dropfx.c /Fodrop_fx.obj
161 drop_tfx.obj : dropfx.c upam.h param.h defs.h drop_func.h
162 $(CC) $(CFLAGS) -c -DTFAST dropfx.c /Fodrop_tfx.obj
164 drop_fz.obj : dropfz2.c upam.h param.h defs.h aamap.h drop_func.h
165 $(CC) $(CFLAGS) -c dropfz2.c /Fodrop_fz.obj
167 drop_tfz.obj : dropfz2.c upam.h param.h defs.h aamap.h drop_func.h
168 $(CC) $(CFLAGS) -c -DTFAST dropfz2.c /Fodrop_tfz.obj
170 dropnsw.obj : dropnsw.c upam.h param.h structs.h drop_func.h
171 $(CC) $(CFLAGS) -c dropnsw.c
173 dropgsw.obj : dropgsw.c dropgsw.h upam.h param.h structs.h drop_func.h
174 $(CC) $(CFLAGS) -c dropgsw.c
176 dropgsw_sse2.obj : dropgsw.c dropgsw.h upam.h param.h structs.h drop_func.h
177 $(CC) $(CFLAGS) -DSW_SSE2 -c dropgsw.c /Fodropgsw_sse2.obj
179 smith_waterman_altivec.obj : smith_waterman_altivec.c smith_waterman_altivec.h dropgsw.h defs.h param.h
180 $(CC) $(CFLAGS) -c smith_waterman_altivec.c
182 smith_waterman_sse2.obj : smith_waterman_sse2.c smith_waterman_sse2.h dropgsw.h defs.h param.h
183 $(CC) $(CFLAGS) -DSW_SSE2 -c smith_waterman_sse2.c
185 dropnw.obj : dropnw.c upam.h param.h structs.h drop_func.h
186 $(CC) $(CFLAGS) -c dropnw.c
188 #================ reading query, libraries
190 getseq.obj : getseq.c defs.h uascii.h structs.h upam.h
191 $(CC) $(CFLAGS) -c getseq.c
193 llgetaa.obj : llgetaa.c upam.h uascii.h
194 $(CC) $(CFLAGS) -c -DNOLIB llgetaa.c
196 lgetlib.obj : $(NGETLIB).c altlib.h upam.h uascii.h mm_file.h
197 $(CC) $(CFLAGS) -c $(NGETLIB).c /Folgetlib.obj
199 lgetaa_m.obj : mmgetaa.c altlib.h ncbl2_head.h upam.h uascii.h mm_file.h
200 $(CC) $(CFLAGS) -c mmgetaa.c /Folgetaa_m.obj
202 ncbl_lib.obj : ncbl_lib.c ncbl_head.h
203 $(CC) $(CFLAGS) -c ncbl_lib.c
205 ncbl2_mlib.obj : ncbl2_mlib.c ncbl2_head.h mm_file.h
206 $(CC) $(CFLAGS) -c ncbl2_mlib.c
208 mysql_lib.obj : mysql_lib.c mm_file.h
209 $(CC) $(CFLAGS) -c mysql_lib.c
211 pgsql_lib.obj : pgsql_lib.c mm_file.h
212 $(CC) $(CFLAGS) -c pgsql_lib.c
214 #================ threading functions
216 pthr_subs2.obj : pthr_subs2.c thr.h pthr_subs.h
217 $(CC) $(CFLAGS) -c pthr_subs2.c
219 uthr_subs.obj : uthr_subs.c thr.h uthr_subs.h
220 $(CC) $(CFLAGS) -c uthr_subs.c
222 #================ translation
224 faatran.obj : faatran.c upam.h uascii.h
225 $(CC) $(CFLAGS) -c faatran.c
227 url_subs.obj : url_subs.c structs.h param.h
228 $(CC) $(CFLAGS) -c url_subs.c
230 $(NRAND).obj : $(NRAND).c
231 $(CC) $(CFLAGS) -c $(NRAND).c
232 #================ pvm/mpi specific functions
234 hostacc.obj : hostacc.c upam.h uascii.h
235 $(CC) $(CFLAGS) hostacc.c
237 workacc.obj : workacc.c upam.h uascii.h param.h
238 $(NCC) $(CFLAGS) workacc.c /Foworkacc.obj
240 #================ windows getopt()
242 getopt.obj : getopt.c
243 $(CC) $(CFLAGS) -c getopt.c