Refactored client class to accomodate new WS interface and reduce the complexity
[jabaws.git] / binaries / matrices / NUC.4.4
1 #
2 # This matrix was created by Todd Lowe   12/10/92
3 #
4 # Uses ambiguous nucleotide codes, probabilities rounded to
5 #  nearest integer
6 #
7 # Lowest score = -4, Highest score = 5
8 #
9     A   T   G   C   S   W   R   Y   K   M   B   V   H   D   N
10 A   5  -4  -4  -4  -4   1   1  -4  -4   1  -4  -1  -1  -1  -2
11 T  -4   5  -4  -4  -4   1  -4   1   1  -4  -1  -4  -1  -1  -2
12 G  -4  -4   5  -4   1  -4   1  -4   1  -4  -1  -1  -4  -1  -2
13 C  -4  -4  -4   5   1  -4  -4   1  -4   1  -1  -1  -1  -4  -2
14 S  -4  -4   1   1  -1  -4  -2  -2  -2  -2  -1  -1  -3  -3  -1
15 W   1   1  -4  -4  -4  -1  -2  -2  -2  -2  -3  -3  -1  -1  -1
16 R   1  -4   1  -4  -2  -2  -1  -4  -2  -2  -3  -1  -3  -1  -1
17 Y  -4   1  -4   1  -2  -2  -4  -1  -2  -2  -1  -3  -1  -3  -1
18 K  -4   1   1  -4  -2  -2  -2  -2  -1  -4  -1  -3  -3  -1  -1
19 M   1  -4  -4   1  -2  -2  -2  -2  -4  -1  -3  -1  -1  -3  -1
20 B  -4  -1  -1  -1  -1  -3  -3  -1  -1  -3  -1  -2  -2  -2  -1
21 V  -1  -4  -1  -1  -1  -3  -1  -3  -3  -1  -2  -1  -2  -2  -1
22 H  -1  -1  -4  -1  -3  -1  -3  -1  -3  -1  -2  -2  -1  -2  -1  
23 D  -1  -1  -1  -4  -3  -1  -1  -3  -1  -3  -2  -2  -2  -1  -1
24 N  -2  -2  -2  -2  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1
25