binaries/matrices/NUC.4.4

   1 #
   2 # This matrix was created by Todd Lowe   12/10/92
   3 #
   4 # Uses ambiguous nucleotide codes, probabilities rounded to
   5 #  nearest integer
   6 #
   7 # Lowest score = -4, Highest score = 5
   8 #
   9     A   T   G   C   S   W   R   Y   K   M   B   V   H   D   N
  10 A   5  -4  -4  -4  -4   1   1  -4  -4   1  -4  -1  -1  -1  -2
  11 T  -4   5  -4  -4  -4   1  -4   1   1  -4  -1  -4  -1  -1  -2
  12 G  -4  -4   5  -4   1  -4   1  -4   1  -4  -1  -1  -4  -1  -2
  13 C  -4  -4  -4   5   1  -4  -4   1  -4   1  -1  -1  -1  -4  -2
  14 S  -4  -4   1   1  -1  -4  -2  -2  -2  -2  -1  -1  -3  -3  -1
  15 W   1   1  -4  -4  -4  -1  -2  -2  -2  -2  -3  -3  -1  -1  -1
  16 R   1  -4   1  -4  -2  -2  -1  -4  -2  -2  -3  -1  -3  -1  -1
  17 Y  -4   1  -4   1  -2  -2  -4  -1  -2  -2  -1  -3  -1  -3  -1
  18 K  -4   1   1  -4  -2  -2  -2  -2  -1  -4  -1  -3  -3  -1  -1
  19 M   1  -4  -4   1  -2  -2  -2  -2  -4  -1  -3  -1  -1  -3  -1
  20 B  -4  -1  -1  -1  -1  -3  -3  -1  -1  -3  -1  -2  -2  -2  -1
  21 V  -1  -4  -1  -1  -1  -3  -1  -3  -3  -1  -2  -1  -2  -2  -1
  22 H  -1  -1  -4  -1  -3  -1  -3  -1  -3  -1  -2  -2  -1  -2  -1
  23 D  -1  -1  -1  -4  -3  -1  -1  -3  -1  -3  -2  -2  -2  -1  -1
  24 N  -2  -2  -2  -2  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1
  25