binaries/matrices/PAM180

   1 #
   2 # This matrix was produced by "pam" Version 1.0.6 [28-Jul-93]
   3 #
   4 # PAM 180 substitution matrix, scale = ln(2)/3 = 0.231049
   5 #
   6 # Expected score = -1.51, Entropy = 0.591 bits
   7 #
   8 # Lowest score = -10, Highest score = 18
   9 #
  10     A   R   N   D   C   Q   E   G   H   I   L   K   M   F   P   S   T   W   Y   V   B   Z   X   *
  11 A   3  -3   0   0  -3  -1   0   1  -2  -1  -3  -2  -2  -5   1   1   2  -8  -5   0   0   0  -1 -10
  12 R  -3   8  -1  -3  -5   1  -2  -4   2  -3  -4   4  -1  -6  -1  -1  -2   2  -6  -4  -2   0  -2 -10
  13 N   0  -1   4   3  -5   0   2   0   2  -3  -4   1  -3  -5  -1   1   0  -5  -2  -3   3   1  -1 -10
  14 D   0  -3   3   5  -7   2   4   0   0  -3  -6   0  -4  -8  -2   0  -1  -9  -6  -3   4   3  -1 -10
  15 C  -3  -5  -5  -7  13  -7  -7  -5  -4  -3  -8  -7  -7  -6  -4   0  -3 -10   0  -3  -6  -7  -4 -10
  16 Q  -1   1   0   2  -7   6   3  -2   4  -3  -2   0  -1  -6   0  -1  -2  -6  -6  -3   1   5  -1 -10
  17 E   0  -2   2   4  -7   3   5   0   0  -3  -5  -1  -3  -7  -1  -1  -1  -9  -6  -3   3   5  -1 -10
  18 G   1  -4   0   0  -5  -2   0   6  -3  -4  -6  -3  -4  -6  -1   1  -1  -9  -7  -2   0  -1  -2 -10
  19 H  -2   2   2   0  -4   4   0  -3   8  -4  -3  -1  -3  -3  -1  -2  -2  -4   0  -3   1   2  -1 -10
  20 I  -1  -3  -3  -3  -3  -3  -3  -4  -4   6   2  -3   2   1  -3  -2   0  -7  -2   5  -3  -3  -1 -10
  21 L  -3  -4  -4  -6  -8  -2  -5  -6  -3   2   7  -4   4   1  -4  -4  -3  -3  -2   2  -5  -3  -2 -10
  22 K  -2   4   1   0  -7   0  -1  -3  -1  -3  -4   6   1  -7  -2  -1   0  -5  -6  -4   0   0  -1 -10
  23 M  -2  -1  -3  -4  -7  -1  -3  -4  -3   2   4   1   9   0  -3  -2  -1  -6  -4   2  -3  -2  -1 -10
  24 F  -5  -6  -5  -8  -6  -6  -7  -6  -3   1   1  -7   0  10  -6  -4  -4   0   7  -2  -6  -7  -3 -10
  25 P   1  -1  -1  -2  -4   0  -1  -1  -1  -3  -4  -2  -3  -6   8   1   0  -7  -7  -2  -2  -1  -1 -10
  26 S   1  -1   1   0   0  -1  -1   1  -2  -2  -4  -1  -2  -4   1   3   2  -3  -4  -2   1  -1   0 -10
  27 T   2  -2   0  -1  -3  -2  -1  -1  -2   0  -3   0  -1  -4   0   2   4  -7  -4   0   0  -1  -1 -10
  28 W  -8   2  -5  -9 -10  -6  -9  -9  -4  -7  -3  -5  -6   0  -7  -3  -7  18  -1  -8  -7  -8  -6 -10
  29 Y  -5  -6  -2  -6   0  -6  -6  -7   0  -2  -2  -6  -4   7  -7  -4  -4  -1  11  -4  -4  -6  -3 -10
  30 V   0  -4  -3  -3  -3  -3  -3  -2  -3   5   2  -4   2  -2  -2  -2   0  -8  -4   6  -3  -3  -1 -10
  31 B   0  -2   3   4  -6   1   3   0   1  -3  -5   0  -3  -6  -2   1   0  -7  -4  -3   4   3  -1 -10
  32 Z   0   0   1   3  -7   5   5  -1   2  -3  -3   0  -2  -7  -1  -1  -1  -8  -6  -3   3   5  -1 -10
  33 X  -1  -2  -1  -1  -4  -1  -1  -2  -1  -1  -2  -1  -1  -3  -1   0  -1  -6  -3  -1  -1  -1  -1 -10
  34 * -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10   1