binaries/matrices/PAM410

   1 #
   2 # This matrix was produced by "pam" Version 1.0.6 [28-Jul-93]
   3 #
   4 # PAM 410 substitution matrix, scale = ln(2)/6 = 0.115525
   5 #
   6 # Expected score = -0.617, Entropy = 0.131 bits
   7 #
   8 # Lowest score = -10, Highest score = 31
   9 #
  10     A   R   N   D   C   Q   E   G   H   I   L   K   M   F   P   S   T   W   Y   V   B   Z   X   *
  11 A   1  -1   0   1  -2   0   1   2  -1   0  -2  -1  -1  -4   1   1   1  -7  -4   0   1   0   0 -10
  12 R  -1   6   1   0  -4   2   0  -2   2  -2  -3   4   0  -5   0   0   0   4  -5  -2   0   1   0 -10
  13 N   0   1   1   2  -4   1   2   1   1  -2  -3   1  -2  -4   0   1   1  -5  -3  -1   2   2   0 -10
  14 D   1   0   2   3  -6   2   3   1   1  -2  -4   1  -2  -6   0   1   0  -8  -5  -2   3   3   0 -10
  15 C  -2  -4  -4  -6  20  -6  -6  -4  -4  -3  -7  -6  -6  -4  -3   0  -2 -10   1  -2  -5  -6  -3 -10
  16 Q   0   2   1   2  -6   3   2   0   3  -2  -2   1  -1  -5   1   0   0  -5  -4  -2   2   3   0 -10
  17 E   1   0   2   3  -6   2   3   1   1  -2  -3   1  -2  -6   0   1   0  -8  -5  -2   3   3   0 -10
  18 G   2  -2   1   1  -4   0   1   5  -1  -2  -4  -1  -3  -6   0   1   1  -8  -6  -1   1   0   0 -10
  19 H  -1   2   1   1  -4   3   1  -1   6  -2  -2   1  -2  -2   0   0  -1  -3   0  -2   1   2   0 -10
  20 I   0  -2  -2  -2  -3  -2  -2  -2  -2   4   4  -2   3   2  -2  -1   0  -6   0   4  -2  -2   0 -10
  21 L  -2  -3  -3  -4  -7  -2  -3  -4  -2   4   8  -3   5   4  -3  -3  -1  -2   1   3  -3  -3  -1 -10
  22 K  -1   4   1   1  -6   1   1  -1   1  -2  -3   5   0  -6   0   0   0  -3  -5  -2   1   1   0 -10
  23 M  -1   0  -2  -2  -6  -1  -2  -3  -2   3   5   0   5   1  -2  -1   0  -4  -2   2  -2  -2   0 -10
  24 F  -4  -5  -4  -6  -4  -5  -6  -6  -2   2   4  -6   1  14  -5  -4  -3   2  12   0  -5  -5  -2 -10
  25 P   1   0   0   0  -3   1   0   0   0  -2  -3   0  -2  -5   6   1   1  -7  -5  -1   0   0   0 -10
  26 S   1   0   1   1   0   0   1   1   0  -1  -3   0  -1  -4   1   1   1  -3  -3  -1   1   0   0 -10
  27 T   1   0   1   0  -2   0   0   1  -1   0  -1   0   0  -3   1   1   2  -6  -3   0   0   0   0 -10
  28 W  -7   4  -5  -8 -10  -5  -8  -8  -3  -6  -2  -3  -4   2  -7  -3  -6  31   2  -7  -6  -7  -4 -10
  29 Y  -4  -5  -3  -5   1  -4  -5  -6   0   0   1  -5  -2  12  -5  -3  -3   2  15  -2  -4  -5  -2 -10
  30 V   0  -2  -1  -2  -2  -2  -2  -1  -2   4   3  -2   2   0  -1  -1   0  -7  -2   4  -2  -2   0 -10
  31 B   1   0   2   3  -5   2   3   1   1  -2  -3   1  -2  -5   0   1   0  -6  -4  -2   2   2   0 -10
  32 Z   0   1   2   3  -6   3   3   0   2  -2  -3   1  -2  -5   0   0   0  -7  -5  -2   2   3   0 -10
  33 X   0   0   0   0  -3   0   0   0   0   0  -1   0   0  -2   0   0   0  -4  -2   0   0   0  -1 -10
  34 * -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10 -10   1