binaries/matrices/PAM50

   1 #
   2 # This matrix was produced by "pam" Version 1.0.6 [28-Jul-93]
   3 #
   4 # PAM 50 substitution matrix, scale = ln(2)/2 = 0.346574
   5 #
   6 # Expected score = -3.70, Entropy = 2.00 bits
   7 #
   8 # Lowest score = -13, Highest score = 13
   9 #
  10     A   R   N   D   C   Q   E   G   H   I   L   K   M   F   P   S   T   W   Y   V   B   Z   X   *
  11 A   5  -5  -2  -2  -5  -3  -1  -1  -5  -3  -5  -5  -4  -7   0   0   0 -11  -6  -1  -2  -2  -2 -13
  12 R  -5   8  -4  -7  -6   0  -7  -7   0  -4  -7   1  -3  -8  -3  -2  -5  -1  -8  -6  -5  -2  -4 -13
  13 N  -2  -4   7   2  -8  -2  -1  -2   1  -4  -6   0  -6  -7  -4   1  -1  -7  -3  -6   5  -1  -2 -13
  14 D  -2  -7   2   7 -11  -1   3  -2  -2  -6 -10  -3  -8 -12  -6  -2  -3 -12  -9  -6   6   2  -4 -13
  15 C  -5  -6  -8 -11   9 -11 -11  -7  -6  -5 -12 -11 -11 -10  -6  -2  -6 -13  -3  -5  -9 -11  -7 -13
  16 Q  -3   0  -2  -1 -11   8   2  -5   2  -6  -4  -2  -3 -10  -2  -4  -4 -10  -9  -5  -2   6  -3 -13
  17 E  -1  -7  -1   3 -11   2   7  -3  -3  -4  -7  -3  -5 -11  -4  -3  -4 -13  -7  -5   2   6  -3 -13
  18 G  -1  -7  -2  -2  -7  -5  -3   6  -7  -8  -9  -6  -7  -8  -4  -1  -4 -12 -11  -4  -2  -4  -4 -13
  19 H  -5   0   1  -2  -6   2  -3  -7   9  -7  -5  -4  -8  -5  -3  -4  -5  -6  -2  -5   0   0  -4 -13
  20 I  -3  -4  -4  -6  -5  -6  -4  -8  -7   8   0  -5   0  -1  -7  -5  -1 -11  -5   3  -5  -5  -3 -13
  21 L  -5  -7  -6 -10 -12  -4  -7  -9  -5   0   6  -6   2  -1  -6  -7  -5  -5  -5  -1  -7  -5  -5 -13
  22 K  -5   1   0  -3 -11  -2  -3  -6  -4  -5  -6   6  -1 -11  -5  -3  -2  -9  -8  -7  -1  -2  -4 -13
  23 M  -4  -3  -6  -8 -11  -3  -5  -7  -8   0   2  -1  10  -3  -6  -4  -3 -10  -8   0  -7  -4  -4 -13
  24 F  -7  -8  -7 -12 -10 -10 -11  -8  -5  -1  -1 -11  -3   9  -8  -5  -7  -3   3  -6  -9 -11  -6 -13
  25 P   0  -3  -4  -6  -6  -2  -4  -4  -3  -7  -6  -5  -6  -8   8  -1  -3 -11 -11  -4  -5  -3  -4 -13
  26 S   0  -2   1  -2  -2  -4  -3  -1  -4  -5  -7  -3  -4  -5  -1   6   1  -4  -5  -4  -1  -3  -2 -13
  27 T   0  -5  -1  -3  -6  -4  -4  -4  -5  -1  -5  -2  -3  -7  -3   1   6 -10  -5  -2  -2  -4  -2 -13
  28 W -11  -1  -7 -12 -13 -10 -13 -12  -6 -11  -5  -9 -10  -3 -11  -4 -10  13  -4 -12  -8 -11  -9 -13
  29 Y  -6  -8  -3  -9  -3  -9  -7 -11  -2  -5  -5  -8  -8   3 -11  -5  -5  -4   9  -6  -5  -8  -6 -13
  30 V  -1  -6  -6  -6  -5  -5  -5  -4  -5   3  -1  -7   0  -6  -4  -4  -2 -12  -6   7  -6  -5  -3 -13
  31 B  -2  -5   5   6  -9  -2   2  -2   0  -5  -7  -1  -7  -9  -5  -1  -2  -8  -5  -6   5   1  -3 -13
  32 Z  -2  -2  -1   2 -11   6   6  -4   0  -5  -5  -2  -4 -11  -3  -3  -4 -11  -8  -5   1   6  -3 -13
  33 X  -2  -4  -2  -4  -7  -3  -3  -4  -4  -3  -5  -4  -4  -6  -4  -2  -2  -9  -6  -3  -3  -3  -4 -13
  34 * -13 -13 -13 -13 -13 -13 -13 -13 -13 -13 -13 -13 -13 -13 -13 -13 -13 -13 -13 -13 -13 -13 -13   1