binaries/matrices/PAM500

   1 #
   2 # This matrix was produced by "pam" Version 1.0.6 [28-Jul-93]
   3 #
   4 # PAM 500 substitution matrix, scale = ln(2)/7 = 0.0990210
   5 #
   6 # Expected score = -0.401, Entropy = 0.0803 bits
   7 #
   8 # Lowest score = -9, Highest score = 34
   9 #
  10    A  R  N  D  C  Q  E  G  H  I  L  K  M  F  P  S  T  W  Y  V  B  Z  X  *
  11 A  1 -1  0  1 -2  0  1  1  0  0 -1  0 -1 -3  1  1  1 -6 -3  0  1  0  0 -9
  12 R -1  5  1  0 -4  2  0 -1  2 -2 -2  4  0 -4  0  0  0  4 -4 -2  0  1  0 -9
  13 N  0  1  1  2 -3  1  1  1  1 -1 -2  1 -1 -4  0  1  0 -5 -3 -1  1  1  0 -9
  14 D  1  0  2  3 -5  2  3  1  1 -2 -3  1 -2 -5  0  1  0 -7 -5 -1  2  2  0 -9
  15 C -2 -4 -3 -5 22 -5 -5 -3 -4 -2 -6 -5 -5 -3 -2  0 -2 -9  2 -2 -4 -5 -2 -9
  16 Q  0  2  1  2 -5  2  2  0  2 -1 -2  1 -1 -4  1  0  0 -5 -4 -1  2  2  0 -9
  17 E  1  0  1  3 -5  2  3  1  1 -2 -3  1 -1 -5  0  1  0 -7 -5 -1  2  2  0 -9
  18 G  1 -1  1  1 -3  0  1  4 -1 -2 -3  0 -2 -5  1  1  1 -8 -5 -1  1  1  0 -9
  19 H  0  2  1  1 -4  2  1 -1  4 -2 -2  1 -1 -2  0  0  0 -2  0 -2  1  2  0 -9
  20 I  0 -2 -1 -2 -2 -1 -2 -2 -2  3  4 -2  3  2 -1 -1  0 -5  0  3 -2 -2  0 -9
  21 L -1 -2 -2 -3 -6 -2 -3 -3 -2  4  7 -2  4  4 -2 -2 -1 -1  1  3 -3 -2 -1 -9
  22 K  0  4  1  1 -5  1  1  0  1 -2 -2  4  0 -5  0  0  0 -3 -5 -2  1  1  0 -9
  23 M -1  0 -1 -2 -5 -1 -1 -2 -1  3  4  0  4  1 -1 -1  0 -4 -1  2 -1 -1  0 -9
  24 F -3 -4 -4 -5 -3 -4 -5 -5 -2  2  4 -5  1 13 -4 -3 -3  3 13  0 -4 -5 -2 -9
  25 P  1  0  0  0 -2  1  0  1  0 -1 -2  0 -1 -4  4  1  1 -6 -5 -1  0  1  0 -9
  26 S  1  0  1  1  0  0  1  1  0 -1 -2  0 -1 -3  1  1  1 -3 -3 -1  1  0  0 -9
  27 T  1  0  0  0 -2  0  0  1  0  0 -1  0  0 -3  1  1  1 -6 -3  0  0  0  0 -9
  28 W -6  4 -5 -7 -9 -5 -7 -8 -2 -5 -1 -3 -4  3 -6 -3 -6 34  2 -6 -6 -6 -4 -9
  29 Y -3 -4 -3 -5  2 -4 -5 -5  0  0  1 -5 -1 13 -5 -3 -3  2 15 -1 -4 -4 -2 -9
  30 V  0 -2 -1 -1 -2 -1 -1 -1 -2  3  3 -2  2  0 -1 -1  0 -6 -1  3 -1 -1  0 -9
  31 B  1  0  1  2 -4  2  2  1  1 -2 -3  1 -1 -4  0  1  0 -6 -4 -1  2  2  0 -9
  32 Z  0  1  1  2 -5  2  2  1  2 -2 -2  1 -1 -5  1  0  0 -6 -4 -1  2  2  0 -9
  33 X  0  0  0  0 -2  0  0  0  0  0 -1  0  0 -2  0  0  0 -4 -2  0  0  0  0 -9
  34 * -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9  1