binaries/matrices/PAM60

   1 #
   2 # This matrix was produced by "pam" Version 1.0.6 [28-Jul-93]
   3 #
   4 # PAM 60 substitution matrix, scale = ln(2)/2 = 0.346574
   5 #
   6 # Expected score = -3.21, Entropy = 1.79 bits
   7 #
   8 # Lowest score = -12, Highest score = 13
   9 #
  10     A   R   N   D   C   Q   E   G   H   I   L   K   M   F   P   S   T   W   Y   V   B   Z   X   *
  11 A   5  -5  -2  -2  -5  -3  -1   0  -5  -3  -4  -5  -3  -6   0   1   1 -10  -6  -1  -2  -2  -2 -12
  12 R  -5   8  -3  -6  -6   0  -6  -7   0  -4  -6   2  -2  -7  -2  -2  -4   0  -8  -5  -5  -2  -4 -12
  13 N  -2  -3   6   2  -7  -2   0  -1   1  -4  -5   0  -6  -6  -4   1  -1  -6  -3  -5   5  -1  -2 -12
  14 D  -2  -6   2   7 -10  -1   3  -2  -2  -5  -9  -2  -7 -11  -5  -2  -3 -11  -8  -6   5   2  -3 -12
  15 C  -5  -6  -7 -10   9 -10 -10  -7  -6  -4 -11 -10 -10  -9  -6  -1  -5 -12  -2  -4  -9 -10  -6 -12
  16 Q  -3   0  -2  -1 -10   7   2  -5   2  -5  -3  -1  -2  -9  -1  -3  -4  -9  -8  -5  -1   6  -3 -12
  17 E  -1  -6   0   3 -10   2   7  -2  -3  -4  -7  -3  -5 -10  -3  -2  -4 -12  -7  -4   2   5  -3 -12
  18 G   0  -7  -1  -2  -7  -5  -2   6  -6  -7  -8  -5  -6  -7  -4   0  -3 -11 -10  -4  -2  -3  -3 -12
  19 H  -5   0   1  -2  -6   2  -3  -6   8  -6  -4  -4  -7  -4  -2  -4  -5  -5  -2  -5   0   0  -3 -12
  20 I  -3  -4  -4  -5  -4  -5  -4  -7  -6   7   0  -4   1  -1  -6  -4  -1 -10  -4   3  -4  -4  -3 -12
  21 L  -4  -6  -5  -9 -11  -3  -7  -8  -4   0   6  -6   2  -1  -5  -6  -5  -4  -5  -1  -7  -5  -4 -12
  22 K  -5   2   0  -2 -10  -1  -3  -5  -4  -4  -6   6   0 -10  -4  -2  -2  -8  -7  -6  -1  -2  -3 -12
  23 M  -3  -2  -6  -7 -10  -2  -5  -6  -7   1   2   0  10  -2  -6  -4  -2  -9  -7   0  -6  -4  -3 -12
  24 F  -6  -7  -6 -11  -9  -9 -10  -7  -4  -1  -1 -10  -2   8  -7  -5  -6  -3   3  -5  -8 -10  -5 -12
  25 P   0  -2  -4  -5  -6  -1  -3  -4  -2  -6  -5  -4  -6  -7   7   0  -2 -10 -10  -4  -4  -2  -3 -12
  26 S   1  -2   1  -2  -1  -3  -2   0  -4  -4  -6  -2  -4  -5   0   5   1  -4  -5  -4   0  -3  -2 -12
  27 T   1  -4  -1  -3  -5  -4  -4  -3  -5  -1  -5  -2  -2  -6  -2   1   6  -9  -5  -1  -2  -4  -2 -12
  28 W -10   0  -6 -11 -12  -9 -12 -11  -5 -10  -4  -8  -9  -3 -10  -4  -9  13  -3 -11  -8 -11  -8 -12
  29 Y  -6  -8  -3  -8  -2  -8  -7 -10  -2  -4  -5  -7  -7   3 -10  -5  -5  -3   9  -5  -5  -7  -5 -12
  30 V  -1  -5  -5  -6  -4  -5  -4  -4  -5   3  -1  -6   0  -5  -4  -4  -1 -11  -5   6  -5  -5  -3 -12
  31 B  -2  -5   5   5  -9  -1   2  -2   0  -4  -7  -1  -6  -8  -4   0  -2  -8  -5  -5   5   1  -3 -12
  32 Z  -2  -2  -1   2 -10   6   5  -3   0  -4  -5  -2  -4 -10  -2  -3  -4 -11  -7  -5   1   5  -3 -12
  33 X  -2  -4  -2  -3  -6  -3  -3  -3  -3  -3  -4  -3  -3  -5  -3  -2  -2  -8  -5  -3  -3  -3  -3 -12
  34 * -12 -12 -12 -12 -12 -12 -12 -12 -12 -12 -12 -12 -12 -12 -12 -12 -12 -12 -12 -12 -12 -12 -12   1