binaries/src/GLProbs-1.0/MSAReadMatrix.h

   1 /////////////////////////////////////////////////////////////////
   2 //  Matrix.h
   3 //
   4 //  Specifies scoring matrices and their structure
   5 //
   6 //
   7 //
   8 /////////////////////////////////////////////////////////////////
   9
  10 #ifndef _MSA_READ_MATRIX_H
  11 #define _MSA_READ_MATRIX_H
  12
  13 typedef struct {
  14         char monomers[26]; /* amino or nucleic acid order */
  15         float matrix[676]; /* entries of the score matix, 26*26=676 */
  16 } score_matrix;
  17
  18 //default protein sequence scoring matrix as well as default scoring matrix of the PROBALIGN
  19 //also used when -prot option is used
  20
  21 score_matrix gonnet_160 = { "ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWXYZ",
  22
  23 { 4.6, 0.0, 0.0, 0.3, 0.0, 13.5, -1.1, 0.0, -5.3, 7.0, -0.4, 0.0, -5.2, 3.4,
  24                 5.9, -3.8, 0.0, -1.8, -7.0, -6.2, 9.1, 0.2, 0.0, -3.4, -0.7, -2.1, -7.6,
  25                 8.2, -1.8, 0.0, -2.3, -0.1, -0.1, -0.7, -2.7, 9.3, -1.8, 0.0, -2.5,
  26                 -6.2, -4.3, 0.3, -7.0, -3.7, 5.9, -1.2, 0.0, -4.8, -0.1, 1.3, -5.3,
  27                 -2.4, 0.2, -3.5, 5.5, -2.2, 0.0, -2.9, -6.5, -4.5, 1.9, -6.7, -3.2, 3.0,
  28                 -3.4, 5.7, -1.2, 0.0, -1.9, -5.0, -3.1, 1.4, -5.2, -2.1, 2.9, -2.1, 3.4,
  29                 7.6, -1.2, 0.0, -3.1, 2.6, 0.5, -4.7, -0.2, 1.5, -4.4, 0.8, -4.8, -3.6,
  30                 6.5, -0.1, 0.0, -5.2, -1.9, -1.4, -5.8, -3.0, -2.2, -4.3, -1.6, -3.5,
  31                 -4.2, -2.2, 9.6, -0.7, 0.0, -4.2, 0.6, 2.3, -4.1, -2.1, 1.7, -3.2, 2.0,
  32                 -2.4, -1.2, 0.5, -0.8, 5.6, -1.6, 0.0, -3.5, -1.6, -0.3, -5.3, -2.1,
  33                 0.3, -4.1, 3.5, -3.5, -2.9, -0.4, -2.1, 1.7, 7.1, 1.6, 0.0, -0.2, 0.0,
  34                 -0.3, -4.5, -0.1, -0.8, -3.3, -0.4, -3.6, -2.3, 1.1, 0.0, -0.2, -0.9,
  35                 4.4, 0.5, 0.0, -1.4, -0.6, -0.8, -3.6, -2.4, -0.8, -1.2, -0.2, -2.4,
  36                 -1.1, 0.3, -0.4, -0.4, -0.9, 2.3, 5.0, 0.1, 0.0, -0.6, -4.9, -3.0, -0.8,
  37                 -5.2, -3.5, 4.0, -3.0, 1.7, 1.4, -3.8, -3.2, -2.7, -3.4, -2.0, 0.0, 5.3,
  38                 -5.5, 0.0, -2.1, -7.8, -6.4, 3.2, -5.5, -1.9, -3.4, -5.4, -2.0, -2.2,
  39                 -5.5, -7.4, -4.0, -2.4, -4.7, -5.4, -4.5, 15.8, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0,
  40                 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0,
  41                 0.0, 0.0, -3.7, 0.0, -1.3, -4.2, -4.4, 5.6, -6.0, 2.7, -2.0, -3.5, -1.1,
  42                 -1.3, -2.2, -4.8, -2.9, -2.9, -2.8, -3.2, -2.4, 3.8, 0.0, 10.0, 0.0,
  43                 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0,
  44                 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0 }
  45
  46 };
  47
  48 //normalized blosum_62 scoring matrix for computing protein sequence similarity
  49 score_matrix normalized_blosum_62 = {
  50
  51 "ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWXYZ",
  52 {
  53 0.533333333,
  54 0.133333333,0.533333333,
  55 0.266666667,0.066666667,0.866666667,
  56 0.133333333,0.533333333,0.066666667,0.666666667,
  57 0.2,0.333333333,0,0.4,0.6,
  58 0.133333333,0.066666667 ,0.133333333,0.066666667,0.066666667,0.666666667,
  59 0.266666667,0.2 ,0.066666667,0.2,0.133333333,0.066666667,0.666666667,
  60 0.133333333,0.266666667 ,0.066666667,0.2,0.266666667,0.2,0.133333333,0.8,
  61 0.2,0.066666667 ,0.2,0.066666667,0.066666667,0.266666667,0,0.066666667,0.533333333,
  62 0.2,0.266666667 ,0.066666667,0.2,0.333333333,0.066666667,0.133333333,0.2,0.066666667,0.6,
  63 0.2,0,0.2,0,0.066666667,0.266666667     ,0,0.066666667  ,0.4,0.133333333,0.533333333,
  64 0.2,0.066666667 ,0.2,0.066666667,0.133333333,0.266666667,0.066666667    ,0.133333333,0.333333333,0.2,0.4,0.6,
  65 0.133333333,0.466666667 ,0.066666667,0.333333333,0.266666667,0.066666667,0.266666667,0.333333333,0.066666667,   0.266666667,0.066666667 ,0.133333333,0.666666667,
  66 0.2,0.133333333 ,0.066666667,0.2,0.2,   0,0.133333333,  0.133333333,0.066666667 ,0.2,0.066666667,0.133333333,   0.133333333,0.733333333 ,
  67 0.2,0.266666667 ,0.066666667,0.266666667,0.4,0.066666667,0.133333333,   0.266666667,0.066666667 ,0.333333333,   0.133333333,0.266666667 ,0.266666667,0.2,0.6,
  68 0.2,0.2 ,0.066666667,0.133333333,0.266666667,0.066666667,0.133333333,0.266666667,0.066666667,0.4,       0.133333333,0.2,0.266666667,0.133333333,0.333333333,0.6 ,
  69 0.333333333,0.266666667 ,0.2,0.266666667,0.266666667,0.133333333,0.266666667,0.2,0.133333333,   0.266666667,0.133333333 ,0.2,0.333333333,0.2,0.266666667,0.2,0.533333333,
  70 0.266666667,    0.2,0.2,0.2,    0.2,    0.133333333,0.133333333,0.133333333,0.2 ,0.2,0.2,0.2,0.266666667,0.2,   0.2,0.2 ,0.333333333,0.6,
  71 0.266666667,0.066666667 ,0.2,0.066666667,0.133333333,0.2,0.066666667,0.066666667,0.466666667,0.133333333,       0.333333333,0.333333333,        0.066666667,0.133333333,0.133333333     ,0.066666667,   0.133333333,    0.266666667,    0.533333333,
  72 0.066666667,0,0.133333333,0,0.066666667 ,0.333333333    ,       0.133333333,    0.133333333,0.066666667 ,       0.066666667,    0.133333333     ,0.2    ,       0,      0,0.133333333   ,0.066666667    ,       0.066666667     ,       0.133333333     ,       0.066666667     ,       1,
  73 0.266666667,0.2 ,0.133333333    ,       0.2     ,       0.2     ,       0.2     ,       0.2,0.2 ,       0.2,0.2 ,0.2    ,       0.2     ,       0.2     ,       0.133333333,    0.2     ,0.2    ,       0.266666667     ,       0.266666667,0.2 ,0.133333333,   0.2     ,
  74 0.133333333,0.066666667 ,       0.133333333     ,       0.066666667     ,       0.133333333     ,       0.466666667,    0.066666667,0.4 ,0.2,   0.133333333     ,       0.2     ,       0.2,    0.133333333     ,       0.066666667,    0.2,    0.133333333,0.133333333 ,0.133333333    ,       0.2     ,       0.4,0.2 ,       0.733333333,
  75 0.2,0.333333333 ,0.066666667    ,0.333333333    ,       0.533333333     ,       0.066666667,    0.133333333,    0.266666667,0.066666667 ,0.333333333    ,       0.066666667,    0.2,    0.266666667,    0.2     ,       0.466666667,0.266666667 ,0.266666667,   0.2     ,       0.133333333,    0.066666667     ,       0.2,0.133333333 ,0.533333333
  76
  77 }
  78 };
  79
  80 //normalized blosum_30 scoring matrix for computing protein sequence similarity
  81 score_matrix normalized_blosum_30 = {
  82
  83 "ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWXYZ",
  84 {
  85 0.407407407     ,
  86 0.259259259     ,       0.444444444     ,
  87 0.148148148     ,       0.185185185     ,       0.888888889     ,
  88 0.259259259     ,       0.444444444     ,       0.148148148     ,       0.592592593     ,
  89 0.259259259     ,       0.259259259     ,       0.296296296     ,       0.296296296     ,       0.481481481     ,
  90 0.185185185     ,       0.148148148     ,       0.148148148     ,       0.074074074     ,       0.111111111     ,       0.62962963      ,
  91 0.259259259     ,       0.259259259     ,       0.111111111     ,       0.222222222     ,       0.185185185     ,       0.148148148     ,       0.555555556     ,
  92 0.185185185     ,       0.185185185     ,       0.074074074     ,       0.185185185     ,       0.259259259     ,       0.148148148     ,       0.148148148     ,       0.777777778     ,
  93 0.259259259     ,       0.185185185     ,       0.185185185     ,       0.111111111     ,       0.148148148     ,       0.259259259     ,       0.222222222     ,       0.185185185     ,       0.481481481     ,
  94 0.259259259     ,       0.259259259     ,       0.148148148     ,       0.259259259     ,       0.333333333     ,       0.222222222     ,       0.222222222     ,       0.185185185     ,       0.185185185     ,       0.407407407     ,
  95 0.222222222     ,       0.222222222     ,       0.259259259     ,       0.222222222     ,       0.222222222     ,       0.333333333     ,       0.185185185     ,       0.222222222     ,       0.333333333     ,       0.185185185     ,       0.407407407     ,
  96 0.296296296     ,       0.185185185     ,       0.185185185     ,       0.148148148     ,       0.222222222     ,       0.185185185     ,       0.185185185     ,       0.333333333     ,       0.296296296     ,       0.333333333     ,       0.333333333     ,       0.481481481     ,
  97 0.259259259     ,       0.407407407     ,       0.222222222     ,       0.296296296     ,       0.222222222     ,       0.222222222     ,       0.259259259     ,       0.222222222     ,       0.259259259     ,       0.259259259     ,       0.185185185     ,       0.259259259     ,       0.555555556     ,
  98 0.222222222     ,       0.185185185     ,       0.148148148     ,       0.222222222     ,       0.296296296     ,       0.111111111     ,       0.222222222     ,       0.296296296     ,       0.148148148     ,       0.296296296     ,       0.148148148     ,       0.111111111     ,       0.148148148     ,       0.666666667     ,
  99 0.296296296     ,       0.222222222     ,       0.185185185     ,       0.222222222     ,       0.333333333     ,       0.148148148     ,       0.185185185     ,       0.259259259     ,       0.185185185     ,       0.259259259     ,       0.185185185     ,       0.222222222     ,       0.222222222     ,       0.259259259     ,       0.555555556     ,
 100 0.222222222     ,       0.185185185     ,       0.185185185     ,       0.222222222     ,       0.222222222     ,       0.222222222     ,       0.185185185     ,       0.222222222     ,       0.148148148     ,       0.296296296     ,       0.185185185     ,       0.259259259     ,       0.185185185     ,       0.222222222     ,       0.37037037      ,       0.555555556     ,
 101 0.296296296     ,       0.259259259     ,       0.185185185     ,       0.259259259     ,       0.259259259     ,       0.222222222     ,       0.259259259     ,       0.222222222     ,       0.222222222     ,       0.259259259     ,       0.185185185     ,       0.185185185     ,       0.259259259     ,       0.222222222     ,       0.222222222     ,       0.222222222     ,       0.407407407     ,
 102 0.296296296     ,       0.259259259     ,       0.185185185     ,       0.222222222     ,       0.185185185     ,       0.185185185     ,       0.185185185     ,       0.185185185     ,       0.259259259     ,       0.222222222     ,       0.259259259     ,       0.259259259     ,       0.296296296     ,       0.259259259     ,       0.259259259     ,       0.148148148     ,       0.333333333     ,       0.444444444     ,
 103 0.296296296     ,       0.185185185     ,       0.185185185     ,       0.185185185     ,       0.148148148     ,       0.296296296     ,       0.148148148     ,       0.148148148     ,       0.407407407     ,       0.185185185     ,       0.296296296     ,       0.259259259     ,       0.185185185     ,       0.111111111     ,       0.148148148     ,       0.222222222     ,       0.222222222     ,       0.296296296     ,       0.444444444     ,
 104 0.074074074     ,       0.074074074     ,       0.185185185     ,       0.111111111     ,       0.222222222     ,       0.296296296     ,       0.296296296     ,       0.074074074     ,       0.148148148     ,       0.185185185     ,       0.185185185     ,       0.148148148     ,       0       ,       0.148148148     ,       0.222222222     ,       0.259259259     ,       0.148148148     ,       0.074074074     ,       0.148148148     ,       1       ,
 105 0.259259259     ,       0.222222222     ,       0.185185185     ,       0.222222222     ,       0.222222222     ,       0.222222222     ,       0.222222222     ,       0.222222222     ,       0.259259259     ,       0.259259259     ,       0.259259259     ,       0.259259259     ,       0.259259259     ,       0.222222222     ,       0.259259259     ,       0.222222222     ,       0.259259259     ,       0.259259259     ,       0.259259259     ,       0.185185185     ,       0.222222222     ,
 106 0.111111111     ,       0.148148148     ,       0.037037037     ,       0.222222222     ,       0.185185185     ,       0.37037037      ,       0.148148148     ,       0.259259259     ,       0.222222222     ,       0.222222222     ,       0.37037037      ,       0.222222222     ,       0.111111111     ,       0.185185185     ,       0.222222222     ,       0.259259259     ,       0.185185185     ,       0.222222222     ,       0.296296296     ,       0.444444444     ,       0.222222222     ,       0.592592593     ,
 107 0.259259259     ,       0.259259259     ,       0.259259259     ,       0.259259259     ,       0.444444444     ,       0.111111111     ,       0.185185185     ,       0.259259259     ,       0.148148148     ,       0.296296296     ,       0.222222222     ,       0.222222222     ,       0.222222222     ,       0.259259259     ,       0.407407407     ,       0.259259259     ,       0.222222222     ,       0.222222222     ,       0.148148148     ,       0.222222222     ,       0.259259259     ,       0.185185185     ,       0.407407407
 108
 109 }
 110 };
 111
 112 //default nucleotide sequence scoring matrix
 113 //used when -nuc option is used
 114 score_matrix nuc_simple = {
 115
 116 "ABCDGHKMNRSTUVWXY",
 117
 118 { 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
 119                 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
 120                 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
 121                 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
 122                 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
 123                 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
 124                 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 }
 125
 126 //Ribosum85-60
 127                 /*
 128                  {
 129                  2.22,
 130                  0,  0,
 131                  -1.86,  0,  1.16,
 132                  0,  0,  0,  0,
 133                  -1.46,  0,  -2.48,  0,  1.03,
 134                  0,  0,  0,  0,  0,  0,
 135                  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,
 136                  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,
 137                  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,
 138                  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,
 139                  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,
 140                  -1.39,  0,  -1.05,  0,  -1.74,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  1.65,
 141                  -1.39,  0,  -1.05,  0,  -1.74,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  1.65,
 142                  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,
 143                  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,
 144                  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,
 145                  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0
 146                  }
 147                  */
 148
 149                 };
 150
 151 #endif