binaries/src/MSAProbs-0.9.7/MSAProbs/MSAReadMatrix.h

   1 /////////////////////////////////////////////////////////////////
   2 //  Matrix.h
   3 //
   4 //  Specifies scoring matrices and their structure
   5 //
   6 //
   7 //
   8 /////////////////////////////////////////////////////////////////
   9
  10 #ifndef _MSA_READ_MATRIX_H
  11 #define _MSA_READ_MATRIX_H
  12
  13 typedef struct {
  14         char monomers[26]; /* amino or nucleic acid order */
  15         float matrix[676]; /* entries of the score matix, 26*26=676 */
  16 } score_matrix;
  17
  18 //default protein sequence scoring matrix as well as default scoring matrix of the PROBALIGN
  19 //also used when -prot option is used
  20
  21 score_matrix gonnet_160 = { "ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWXYZ",
  22
  23 { 4.6, 0.0, 0.0, 0.3, 0.0, 13.5, -1.1, 0.0, -5.3, 7.0, -0.4, 0.0, -5.2, 3.4,
  24                 5.9, -3.8, 0.0, -1.8, -7.0, -6.2, 9.1, 0.2, 0.0, -3.4, -0.7, -2.1, -7.6,
  25                 8.2, -1.8, 0.0, -2.3, -0.1, -0.1, -0.7, -2.7, 9.3, -1.8, 0.0, -2.5,
  26                 -6.2, -4.3, 0.3, -7.0, -3.7, 5.9, -1.2, 0.0, -4.8, -0.1, 1.3, -5.3,
  27                 -2.4, 0.2, -3.5, 5.5, -2.2, 0.0, -2.9, -6.5, -4.5, 1.9, -6.7, -3.2, 3.0,
  28                 -3.4, 5.7, -1.2, 0.0, -1.9, -5.0, -3.1, 1.4, -5.2, -2.1, 2.9, -2.1, 3.4,
  29                 7.6, -1.2, 0.0, -3.1, 2.6, 0.5, -4.7, -0.2, 1.5, -4.4, 0.8, -4.8, -3.6,
  30                 6.5, -0.1, 0.0, -5.2, -1.9, -1.4, -5.8, -3.0, -2.2, -4.3, -1.6, -3.5,
  31                 -4.2, -2.2, 9.6, -0.7, 0.0, -4.2, 0.6, 2.3, -4.1, -2.1, 1.7, -3.2, 2.0,
  32                 -2.4, -1.2, 0.5, -0.8, 5.6, -1.6, 0.0, -3.5, -1.6, -0.3, -5.3, -2.1,
  33                 0.3, -4.1, 3.5, -3.5, -2.9, -0.4, -2.1, 1.7, 7.1, 1.6, 0.0, -0.2, 0.0,
  34                 -0.3, -4.5, -0.1, -0.8, -3.3, -0.4, -3.6, -2.3, 1.1, 0.0, -0.2, -0.9,
  35                 4.4, 0.5, 0.0, -1.4, -0.6, -0.8, -3.6, -2.4, -0.8, -1.2, -0.2, -2.4,
  36                 -1.1, 0.3, -0.4, -0.4, -0.9, 2.3, 5.0, 0.1, 0.0, -0.6, -4.9, -3.0, -0.8,
  37                 -5.2, -3.5, 4.0, -3.0, 1.7, 1.4, -3.8, -3.2, -2.7, -3.4, -2.0, 0.0, 5.3,
  38                 -5.5, 0.0, -2.1, -7.8, -6.4, 3.2, -5.5, -1.9, -3.4, -5.4, -2.0, -2.2,
  39                 -5.5, -7.4, -4.0, -2.4, -4.7, -5.4, -4.5, 15.8, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0,
  40                 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0,
  41                 0.0, 0.0, -3.7, 0.0, -1.3, -4.2, -4.4, 5.6, -6.0, 2.7, -2.0, -3.5, -1.1,
  42                 -1.3, -2.2, -4.8, -2.9, -2.9, -2.8, -3.2, -2.4, 3.8, 0.0, 10.0, 0.0,
  43                 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0,
  44                 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0 }
  45
  46 };
  47
  48 //default nucleotide sequence scoring matrix
  49 //used when -nuc option is used
  50 score_matrix nuc_simple = {
  51
  52 "ABCDGHKMNRSTUVWXY",
  53
  54 { 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
  55                 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
  56                 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
  57                 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
  58                 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
  59                 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
  60                 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 }
  61
  62 //Ribosum85-60
  63                 /*
  64                  {
  65                  2.22,
  66                  0,  0,
  67                  -1.86,  0,  1.16,
  68                  0,  0,  0,  0,
  69                  -1.46,  0,  -2.48,  0,  1.03,
  70                  0,  0,  0,  0,  0,  0,
  71                  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,
  72                  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,
  73                  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,
  74                  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,
  75                  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,
  76                  -1.39,  0,  -1.05,  0,  -1.74,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  1.65,
  77                  -1.39,  0,  -1.05,  0,  -1.74,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  1.65,
  78                  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,
  79                  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,
  80                  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,
  81                  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0
  82                  }
  83                  */
  84
  85                 };
  86
  87 #endif