binaries/src/ViennaRNA/ChangeLog

   1 2011-03-10  Ronny Lorenz  <ronny@tbi.univie.ac.at>
   2         * new naming scheme for all shipped energy parameter files
   3         * fixed bugs that appear while compiling with gcc under MacOS X
   4         * fixed bug in RNAup --interaction-first where the longer of the first two
   5           sequences was taken as target
   6         * added full FASTA input support to RNAfold, RNAcofold, RNAheat, RNAplfold
   7           RNALfoldz, RNAsubopt and RNALfold
   8
   9 2010-11-24  Ronny Lorenz  <ronny@tbi.univie.ac.at>
  10         * first full pre-release of version 2.0
  11
  12 2009-11-03  Ivo Hofacker  <ivo@tbi.univie.ac.at>
  13         * Fix memory corruption in PS_color_aln()
  14
  15 2009-09-09  Ivo Hofacker  <ivo@tbi.univie.ac.at>
  16         * Fix bug in RNAplfold when -u and -L parameters are equal
  17         * Fix double call to free_arrays() in RNAfold.c
  18         * Improve drawing of cofolded structures
  19
  20
  21 2009-05-14  Ivo Hofacker  <ivo@tbi.univie.ac.at>
  22
  23  * Fix occasional segfault in RNAalifold's print_aliout()
  24
  25
  26 2009-02-24  Ivo Hofacker  <ivo@tbi.univie.ac.at>
  27
  28         * Add -MEA options to RNAfold and RNAalifold
  29         * change energy_of_alistruct to return float not void
  30
  31 2009-02-24  Ivo Hofacker  <ivo@tbi.univie.ac.at>
  32
  33         * RNAfold will draw structures unless -noPS is used (no more
  34           "structure too long" messages)
  35         * Restore the "alifold.out" output from RNAalifold -p
  36         * RNAalifold -circ did not work due to wrong return type
  37         * Accessibility calculation with RNAplfold would give wrong
  38           results for u<=30
  39
  40 2008-12-03  Ivo Hofacker  <ivo@tbi.univie.ac.at>
  41
  42         * Add zuker style suboptimals to RNAsubopt (-z)
  43         * get_line() should be much faster when reading huge sequences
  44           (e.g. whole chromosomes for RNALfold)
  45
  46 2008-08-12  Ivo Hofacker  <ivo@tbi.univie.ac.at>
  47
  48         * Add Ribosum matrices for covariance scoring in RNAalifold
  49
  50 2008-06-27  Ivo Hofacker  <ivo@tbi.univie.ac.at>
  51
  52         * Change RNAalifold to used berni's new energy evaluation w/o gaps
  53         * Add stochastic backtracking in RNAalifold
  54
  55 2008-07-04  Ivo Hofacker  <ivo@tbi.univie.ac.at>
  56
  57         * modify output of RNAup (again).
  58           Program reading RNAup output will have to updated!
  59
  60 2008-07-02  Ivo Hofacker  <ivo@tbi.univie.ac.at>
  61
  62         * RNAplfold now computes accessibilities for all regions up to a
  63           max length simultaneously. Slightly slower when only 1 value is
  64           needed, but much faster if all of them are wanted.
  65           This entails a new output format. Programs reading accessibility
  66           output from RNAplfold need to be updated!
  67
  68 2008-03-31  Stephan Bernhart  <berni@tbi.univie.ac.at>
  69
  70         * add cofolding to RNAsubopt
  71
  72 2008-01-08  Ivo Hofacker  <ivo@tbi.univie.ac.at>
  73
  74         * ensure circfold works even for open chain
  75
  76 2007-12-13  Ulli Mueckstein  <ulli@tbi.univie.ac.at>
  77
  78         * upate RNAup related files
  79           RNAup can now include the intramolecular structure of both
  80           molecules and handles constraints.
  81
  82 2007-12-05  Ronny Lorenz  <ronny@tbi.univie.ac.at>
  83
  84         * add circfold variants in part_func.c alipfold.c subopt.c
  85
  86 2007-09-19  Ivo Hofacker  <ivo@tbi.univie.ac.at>
  87
  88         * compute the controid structure of the ensemble in RNAfold -p
  89         * fix a missing factor 2 in mean_bp_dist().
  90           CAUTION ensemble diversities returned by RNAfold -p are now
  91           twice as large as in earlier versions.
  92
  93 2007-09-04  Ivo Hofacker  <ivo@blini.tbi.univie.ac.at>
  94
  95         * fix a bug in Lfold() where base number n-max-4 would never pair
  96
  97 2007-08-26  Ivo Hofacker  <ivo@tbi.univie.ac.at>
  98
  99         * add RNAaliduplex the alignment version of RNAduplex
 100         * introduce a minimal distance between hits produced by duplex_subopt()
 101
 102 2007-07-03  Ivo Hofacker  <ivo@tbi.univie.ac.at>
 103
 104         * add a loop_energy() function to compute energy of a single loop
 105
 106 2007-06-23  Ivo Hofacker  <ivo@tbi.univie.ac.at>
 107
 108         * add aliLfold() and RNALalifold, alignment variant of Lfold()
 109
 110 2007-04-30  Ivo Hofacker  <ivo@tbi.univie.ac.at>
 111         * add RNAup to distribution
 112
 113 2007-04-15  Ivo Hofacker  <ivo@tbi.univie.ac.at>
 114         * fix segfault in colorps output (thanks to Andres Varon)
 115
 116 2007-03-03  Ivo Hofacker  <ivo@tbi.univie.ac.at>
 117         * avoid unnormalized doubles in scale[], big speedup for pf_fold()
 118           on very long sequences
 119
 120 2007-02-03  Ivo Hofacker  <ivo@tbi.univie.ac.at>
 121
 122         * RNAalifold can now produce colored structure plots and
 123           alignment plots
 124
 125 2007-02-01 Ivo Hofacker <ivo@tbi.univie.ac.at>
 126
 127         * Fix segfault in RNAplfold because of missing prototype
 128
 129 2006-12-01 Ivo Hofacker <ivo@tbi.univie.ac.at>
 130
 131         * RNAduplex would segfault when no structure base pairs are possible
 132
 133 2006-08-22  Ivo Hofacker  <ivo@tbi.univie.ac.at>
 134
 135         * add computation stacking probabilities using RNAfold -p2
 136         * add -noPS option for NRAfold to supress drawing structures
 137
 138 2006-08-09  Stephan Bernhart  <berni@tbi.univie.ac.at>
 139
 140         * RNAplfold can now compute probabilites of unpaired regions
 141           (scanning version of RNAup)
 142
 143 2006-06-14  Ivo Hofacker  <ivo@tbi.univie.ac.at>
 144
 145         * compile library with -fpic (if available) for use as shared
 146           library in the Perl module.
 147         * fix another bug when calling Lfold() repeatedly
 148         * fix switch cmdline parsing in RNAalifold (-mis implied -4)
 149         * fix bug in cofold() with dangles=0
 150
 151 2006-05-08  Ivo Hofacker  <ivo@tbi.univie.ac.at>
 152
 153         * fix segfault in Lfold() when calling repeatedly
 154         * fix structure parsing in RNAstruct.c
 155           (thanks to Michael Pheasant for reporting both bugs)
 156         * add duplexfold() and alifold() to Perl module
 157         * distinguish window size and max pair span in LPfold
 158
 159 2006-04-05  Ivo Hofacker  <ivo@tbi.univie.ac.at>
 160
 161         * fix performance bug in co_pf_fold()
 162         * use relative error for termination of Newton iteration
 163
 164 2006-03-02  Ivo Hofacker  <ivo@tbi.univie.ac.at>
 165
 166         * add circular folding in alifold()
 167
 168 2006-01-18  Ivo Hofacker  <ivo@tbi.univie.ac.at>
 169
 170         * cleanup berni partition cofold code, including several bug fixes
 171
 172 2006-01-16  Ivo Hofacker  <ivo@tbi.univie.ac.at>
 173
 174         * update RNAplfold to working version
 175         * add PS_dot_plot_turn() in  PS_dot.c
 176
 177 2005-11-07  Ivo Hofacker  <ivo@tbi.univie.ac.at>
 178
 179         * add new utilities colorna and coloraln
 180
 181 2005-10-11  Christoph Flamm  <xtof@tbi.univie.ac.at>
 182
 183         * adapt PS_rna_plot() for drawing co-folded structures
 184
 185 2005-07-24  Ivo Hofacker  <ivo@tbi.univie.ac.at>
 186
 187         * fix a few memory problems in structure comparison routines
 188
 189 2005-04-30  Ivo Hofacker  <ivo@blini.tbi.univie.ac.at>
 190
 191         * add folding of circular RNAs
 192
 193 2005-03-11  Ivo Hofacker  <ivo@blini.tbi.univie.ac.at>
 194
 195         * add -mis option to RNAalifold to give "most informative
 196           sequence" as consensus
 197
 198 2005-02-10  Ivo Hofacker  <ivo@tbi.univie.ac.at>
 199
 200         * move alifold() into the library
 201
 202 2004-12-22  Stephan Bernhart  <berni@tbi.univie.ac.at>
 203
 204         * add partition function version of RNAcofold
 205
 206 2004-12-23  Ivo Hofacker  <ivo@tbi.univie.ac.at>
 207
 208         * add RNApaln for fast structural alignments (RNApdist improvement)
 209
 210 2004-08-12  Ivo Hofacker  <ivo@tbi.univie.ac.at>
 211
 212         * fix constrained folding in stochastic backtracking
 213
 214 2004-07-21  Ivo Hofacker  <ivo@tbi.univie.ac.at>
 215
 216         * add RNAduplex, to compute hybrid structures without
 217           intra-molecular pairs
 218
 219 2004-02-09  Ivo Hofacker  <ivo@tbi.univie.ac.at>
 220
 221         * fix bug in fold that caused segfaults when using Intel compiler
 222         * add computation of ensemble diversity to RNAfold
 223
 224 2003-09-10  Ivo Hofacker  <ivo@tbi.univie.ac.at>
 225
 226         * add annotation options to RNAplot
 227
 228 2003-08-04  Ivo Hofacker  <ivo@tbi.univie.ac.at>
 229
 230         * stochastic backtracking finally works. Try e.g.
 231           RNAsubopt -p 10
 232
 233 2003-07-18  Ivo Hofacker  <ivo@tbi.univie.ac.at>
 234
 235         * add relplot.pl and rotate_ss.pl utilities for reliability
 236           annotation and rotation of rna structure plots
 237
 238 2003-01-29  Ivo Hofacker  <ivo@tbi.univie.ac.at>
 239
 240         * add RNALfold program to compute locally optimal structures with
 241           maximum pair span.
 242         * add RNAcofold for computing hybrid structure
 243
 244 2002-11-07  Ivo Hofacker  <ivo@tbi.univie.ac.at>
 245
 246         * change Make_bp_profile() and profile_edit_distance() to use
 247           simple (float *) arrays; makes Perl access much easier.
 248           RNApdist -B now works again
 249
 250 2002-10-28  Ivo Hofacker  <ivo@tbi.univie.ac.at>
 251
 252         * Improved Perl module with pod documentation; allow to write
 253           things like
 254           ($structure, $energy) = RNA::fold($seq);
 255           Compatibility warning: the ptrvalue() and related functions are
 256           gone, see the pod documentation for alternatives.
 257
 258 2002-10-29  Ivo Hofacker  <ivo@tbi.univie.ac.at>
 259
 260         * added svg structure plots in PS_dot.c and RNAplot
 261
 262 2002-08-15  Ivo Hofacker  <ivo@tbi.univie.ac.at>
 263
 264         * Improve reading of clustal files (alifold)
 265         * add a sample alifold.cgi script
 266
 267 2001-09-18  Ivo Hofacker  <ivo@tbi.univie.ac.at>
 268
 269         * moved suboptimal folding into the library, thus it's now
 270           accessible from the Perl module
 271
 272 2001-08-31  Ivo Hofacker  <ivo@tbi.univie.ac.at>
 273
 274         * added co-folding support in energy_of_struct(), and thus RNAeval
 275
 276 2001-04-30  Ivo Hofacker  <ivo@tbi.univie.ac.at>
 277
 278         * switch from handcrafted makefiles to automake and autoconf
 279
 280 2001-04-05  Ivo Hofacker  <ivo@tbi.univie.ac.at>
 281
 282         * added PS_rna_plot_a to produce structure plots with annotation
 283
 284 2001-03-03  Ivo Hofacker  <ivo@tbi.univie.ac.at>
 285
 286         * add alifold; predict consensus structures from alignment
 287
 288 2000-09-28  Ivo Hofacker  <ivo@tbi.univie.ac.at>
 289
 290         * add -d3 option to RNAfold for co-axial stacking