binaries/src/ViennaRNA/Cluster/distance_matrix.h

   1 extern   float **read_distance_matrix(char type[]);
   2 extern   char  **read_sequence_list(int *n_of_seqs,char *mask);
   3 extern   float **Hamming_Distance_Matrix(char **seqs, int n_of_seqs);
   4 extern   float **StrEdit_SimpleDistMatrix(char **seqs, int n_of_seqs);
   5 extern   float **StrEdit_GotohDistMatrix(char **seqs, int n_of_seqs);
   6 extern   char   *get_taxon_label(int whoami);
   7 extern   void    free_distance_matrix(float **x);
   8 extern   void    printf_distance_matrix(float **x);
   9 extern   void    printf_taxa_list(void);
  10 extern   float   StrEdit_SimpleDist(char *str1, char *str2);
  11 extern   float   StrEdit_GotohDist(char *str1, char *str2);
  12 extern   void    Set_StrEdit_CostMatrix(char type);
  13 extern   void    Set_StrEdit_GapCosts(float per_digit, float per_gap);
  14