binaries/src/ViennaRNA/H/MEA.h

   1 #ifndef __VIENNA_RNA_PACKAGE_MEA_H__
   2 #define __VIENNA_RNA_PACKAGE_MEA_H__
   3
   4 #include "data_structures.h"
   5
   6 /**
   7  *  \file MEA.h
   8  *  \brief Computes a MEA (maximum expected accuracy) structure.
   9  */
  10
  11 /**
  12  *  \brief Computes a MEA (maximum expected accuracy) structure.
  13  *
  14  *  The algorithm maximizes the expected accuracy
  15  *  \f[ A(S) = \sum_{(i,j) \in S} 2 \gamma p_{ij} + \sum_{i \notin S} p^u_i \f]
  16  *  Higher values of \f$\gamma\f$ result in more base pairs of lower
  17  *  probability and thus higher sensitivity. Low values of \f$\gamma\f$ result in structures
  18  *  containing only highly likely pairs (high specificity).
  19  *  The code of the MEA function also demonstrates the use of sparse dynamic
  20  *  programming scheme to reduce the time and memory complexity of folding.
  21  */
  22 float MEA(plist *p,
  23           char *structure,
  24           double gamma);
  25
  26 float MEA_seq(plist *p,
  27               const char *sequence,
  28               char *structure,
  29               double gamma,
  30               pf_paramT *pf);
  31
  32 #endif