binaries/src/ViennaRNA/H/dist_vars.h

   1 #ifndef __VIENNA_RNA_PACKAGE_DIST_VARS_H__
   2 #define __VIENNA_RNA_PACKAGE_DIST_VARS_H__
   3
   4 /**
   5  *  \file dist_vars.h
   6  *  \brief Global variables for Distance-Package
   7  */
   8
   9 /**
  10  *  \brief Produce an alignment of the two structures being compared by
  11  *  tracing the editing path giving the minimum distance.
  12  *
  13  *  set to 1 if you want backtracking
  14  */
  15 extern int   edit_backtrack;
  16
  17 /**
  18  *  \brief Contains the two aligned structures after a call to one of the distance
  19  *  functions with #edit_backtrack set to 1.
  20  */
  21 extern char *aligned_line[4];
  22
  23 /**
  24  *  \brief Specify the cost matrix to be used for distance calculations
  25  *
  26  *  if 0, use the default cost matrix (upper matrix in example), otherwise
  27  *  use Shapiro's costs (lower matrix).
  28  */
  29 extern int  cost_matrix;
  30
  31 /*  Global type defs for Distance-Package */
  32
  33 typedef struct {
  34                  int  type;
  35                  int  weight;
  36                  int  father;
  37                  int  sons;
  38                  int  leftmostleaf;
  39                } Postorder_list;
  40
  41 typedef struct {
  42                  Postorder_list *postorder_list;
  43                  int            *keyroots;
  44                } Tree;
  45
  46 typedef struct {
  47                  int    type;
  48                  int    sign;
  49                  float  weight;
  50                } swString;
  51 #endif