binaries/src/ViennaRNA/H/edit_cost.h

   1 /**
   2  *  \file edit_cost.h
   3  *  \brief global variables for Edit Costs included by treedist.c and stringdist.c
   4  */
   5
   6 #define PRIVATE static
   7
   8 PRIVATE char   sep    = ':';
   9 PRIVATE char  *coding = "Null:U:P:H:B:I:M:S:E:R";
  10
  11 #define  INF 10000  /* infinity */
  12
  13 typedef int CostMatrix[10][10];
  14
  15 PRIVATE CostMatrix *EditCost;  /* will point to UsualCost or ShapiroCost */
  16
  17 PRIVATE CostMatrix  UsualCost =
  18 {
  19
  20 /*  Null,   U,   P,   H,   B,   I,   M,   S,   E,   R     */
  21
  22    {   0,   1,   2,   2,   2,   2,   2,   1,  1,  INF},   /* Null replaced */
  23    {   1,   0,   1, INF, INF, INF, INF, INF, INF, INF},   /* U    replaced */
  24    {   2,   1,   0, INF, INF, INF, INF, INF, INF, INF},   /* P    replaced */
  25    {   2, INF, INF,   0,   2,   2,   2, INF, INF, INF},   /* H    replaced */
  26    {   2, INF, INF,   2,   0,   1,   2, INF, INF, INF},   /* B    replaced */
  27    {   2, INF, INF,   2,   1,   0,   2, INF, INF, INF},   /* I    replaced */
  28    {   2, INF, INF,   2,   2,   2,   0, INF, INF, INF},   /* M    replaced */
  29    {   1, INF, INF, INF, INF, INF, INF,   0, INF, INF},   /* S    replaced */
  30    {   1, INF, INF, INF, INF, INF, INF, INF,   0, INF},   /* E    replaced */
  31    { INF, INF, INF, INF, INF, INF, INF, INF, INF,   0},   /* R    replaced */
  32
  33 };
  34
  35
  36 PRIVATE CostMatrix ShapiroCost =
  37 {
  38
  39 /*  Null,   U,   P,   H,   B,   I,   M,   S,   E,  R     */
  40
  41    {   0,   1,   2, 100,   5,   5,  75,   5,   5, INF},   /* Null replaced */
  42    {   1,   0,   1, INF, INF, INF, INF, INF, INF, INF},   /* U    replaced */
  43    {   2,   1,   0, INF, INF, INF, INF, INF, INF, INF},   /* P    replaced */
  44    { 100, INF, INF,   0,   8,   8,   8, INF, INF, INF},   /* H    replaced */
  45    {   5, INF, INF,   8,   0,   3,   8, INF, INF, INF},   /* B    replaced */
  46    {   5, INF, INF,   8,   3,   0,   8, INF, INF, INF},   /* I    replaced */
  47    {  75, INF, INF,   8,   8,   8,   0, INF, INF, INF},   /* M    replaced */
  48    {   5, INF, INF, INF, INF, INF, INF,   0, INF, INF},   /* S    replaced */
  49    {   5, INF, INF, INF, INF, INF, INF, INF,   0, INF},   /* E    replaced */
  50    { INF, INF, INF, INF, INF, INF, INF, INF, INF,   0},   /* R    replaced */
  51
  52 };
  53