binaries/src/ViennaRNA/H/energy_const.h

   1 #ifndef __VIENNA_RNA_PACKAGE_ENERGY_CONST_H__
   2 #define __VIENNA_RNA_PACKAGE_ENERGY_CONST_H__
   3
   4 #include <limits.h>
   5
   6 /**
   7  *  \file energy_const.h
   8  *  energy constants
   9  */
  10
  11 /** The gas constant */
  12 #define GASCONST 1.98717  /* in [cal/K] */
  13 /** 0 deg Celsius in Kelvin */
  14 #define K0  273.15
  15 /** Infinity as used in minimization routines */
  16 #define INF 10000000 /* (INT_MAX/10) */
  17
  18 #define EMAX (INF/10)
  19 /** forbidden */
  20 #define FORBIDDEN 9999
  21 /** bonus contribution */
  22 #define BONUS 10000
  23 /** The number of distinguishable base pairs */
  24 #define NBPAIRS 7
  25 /** The minimum loop length */
  26 #define TURN 3
  27 /** The maximum loop length */
  28 #define MAXLOOP 30
  29
  30 #define   VRNA_GQUAD_MISMATCH_PENALTY   300   /* penalty for incompatible nucleotides in an alignment that destruct a gquad layer */
  31 #define   VRNA_GQUAD_MISMATCH_NUM_ALI   1   /* maximum number of mismatching sequences in the alignment when gquad should be formed */
  32
  33 #endif