binaries/src/ViennaRNA/H/energy_par.h

   1 /*
   2    prototypes for energy_par.c
   3 */
   4
   5 #ifndef __VIENNA_RNA_PACKAGE_ENERGY_PAR_H__
   6 #define __VIENNA_RNA_PACKAGE_ENERGY_PAR_H__
   7
   8 #include "energy_const.h"
   9
  10 #define PUBLIC
  11
  12
  13 extern double lxc37;   /* parameter for logarithmic loop
  14                           energy extrapolation            */
  15
  16 extern int stack37[NBPAIRS+1][NBPAIRS+1];
  17 extern int stackdH[NBPAIRS+1][NBPAIRS+1]; /* stack enthalpies */
  18 extern int entropies[NBPAIRS+1][NBPAIRS+1];  /* not used anymore */
  19
  20 extern int hairpin37[31];
  21 extern int hairpindH[31];
  22 extern int bulge37[31];
  23 extern int bulgedH[31];
  24 extern int internal_loop37[31];
  25 extern int internal_loopdH[31];
  26 extern int internal2_energy;
  27 extern int old_mismatch_37[NBPAIRS+1][5][5];
  28 extern int mismatchI37[NBPAIRS+1][5][5];  /* interior loop mismatches */
  29 extern int mismatchIdH[NBPAIRS+1][5][5];  /* interior loop mismatches */
  30 extern int mismatch1nI37[NBPAIRS+1][5][5];  /* interior loop mismatches */
  31 extern int mismatch23I37[NBPAIRS+1][5][5];  /* interior loop mismatches */
  32 extern int mismatch1nIdH[NBPAIRS+1][5][5];  /* interior loop mismatches */
  33 extern int mismatch23IdH[NBPAIRS+1][5][5];  /* interior loop mismatches */
  34 extern int mismatchH37[NBPAIRS+1][5][5];  /* same for hairpins */
  35 extern int mismatchM37[NBPAIRS+1][5][5];  /* same for multiloops */
  36 extern int mismatchHdH[NBPAIRS+1][5][5];  /* same for hairpins */
  37 extern int mismatchMdH[NBPAIRS+1][5][5];  /* same for multiloops */
  38 extern int mismatchExt37[NBPAIRS+1][5][5];
  39 extern int mismatchExtdH[NBPAIRS+1][5][5];
  40
  41 extern int dangle5_37[NBPAIRS+1][5];      /* 5' dangle exterior of pair */
  42 extern int dangle3_37[NBPAIRS+1][5];      /* 3' dangle */
  43 extern int dangle3_dH[NBPAIRS+1][5];       /* corresponding enthalpies */
  44 extern int dangle5_dH[NBPAIRS+1][5];
  45
  46 extern int int11_37[NBPAIRS+1][NBPAIRS+1][5][5]; /* 1x1 interior loops */
  47 extern int int11_dH[NBPAIRS+1][NBPAIRS+1][5][5];
  48
  49 extern int int21_37[NBPAIRS+1][NBPAIRS+1][5][5][5]; /* 2x1 interior loops */
  50 extern int int21_dH[NBPAIRS+1][NBPAIRS+1][5][5][5];
  51
  52 extern int int22_37[NBPAIRS+1][NBPAIRS+1][5][5][5][5]; /* 2x2 interior loops */
  53 extern int int22_dH[NBPAIRS+1][NBPAIRS+1][5][5][5][5];
  54
  55 /* constants for linearly destabilizing contributions for multi-loops
  56    F = ML_closing + ML_intern*(k-1) + ML_BASE*u  */
  57 extern int ML_BASE37;
  58 extern int ML_BASEdH;
  59 extern int ML_closing37;
  60 extern int ML_closingdH;
  61 extern int ML_intern37;
  62 extern int ML_interndH;
  63
  64 extern int TripleC37;
  65 extern int TripleCdH;
  66 extern int MultipleCA37;
  67 extern int MultipleCAdH;
  68 extern int MultipleCB37;
  69 extern int MultipleCBdH;
  70
  71 /* Ninio-correction for asymmetric internal loops with branches n1 and n2 */
  72 /*    ninio_energy = min{max_ninio, |n1-n2|*F_ninio[min{4.0, n1, n2}] } */
  73 extern int  MAX_NINIO;                   /* maximum correction */
  74 extern int ninio37;
  75 extern int niniodH;
  76 /* penalty for helices terminated by AU (actually not GC) */
  77 extern int TerminalAU37;
  78 extern int TerminalAUdH;
  79 /* penalty for forming bi-molecular duplex */
  80 extern int DuplexInit37;
  81 extern int DuplexInitdH;
  82 /* stabilizing contribution due to special hairpins of size 4 (tetraloops) */
  83 extern char Tetraloops[];  /* string containing the special tetraloops */
  84 extern int  Tetraloop37[];  /* Bonus energy for special tetraloops */
  85 extern int  TetraloopdH[];
  86 extern char Triloops[];    /* string containing the special triloops */
  87 extern int  Triloop37[]; /* Bonus energy for special Triloops */
  88 extern int  TriloopdH[]; /* Bonus energy for special Triloops */
  89 extern char Hexaloops[];    /* string containing the special triloops */
  90 extern int  Hexaloop37[]; /* Bonus energy for special Triloops */
  91 extern int  HexaloopdH[]; /* Bonus energy for special Triloops */
  92
  93 extern int GQuadAlpha37;
  94 extern int GQuadAlphadH;
  95 extern int GQuadBeta37;
  96 extern int GQuadBetadH;
  97
  98 extern double Tmeasure;       /* temperature of param measurements */
  99
 100 #endif