binaries/src/ViennaRNA/H/move_set.h

   1 #ifndef __MOVE_SET_H
   2 #define __MOVE_SET_H
   3
   4 /* used data structure*/
   5 typedef struct _struct_en{
   6   int energy;        /* energy in 10kcal/mol*/
   7   short *structure;  /* structure in energy_of_move format*/
   8 } struct_en;
   9
  10 /* prints structure*/
  11 void print_stren(FILE *out, struct_en *str);
  12 void print_str(FILE *out, short *str);
  13
  14 /* copying functions*/
  15 void copy_arr(short *dest, short *src); /*just copy*/
  16 short *allocopy(short *src);            /*copy and make space*/
  17
  18 /* walking methods (verbose_lvl 0-2, shifts = use shift moves? noLP = no lone pairs? (not compatible with shifts))
  19     input:    seq - sequence
  20               ptable - structure encoded with make_pair_table() from pair_mat.h
  21               s, s1 - sequence encoded with encode_sequence from pair_mat.h
  22     methods:  deepest - lowest energy structure is used
  23               first - first found lower energy structure is used
  24               rand - random lower energy structure is used
  25     returns local minima structure in ptable and its energy in 10kcal/mol as output */
  26
  27 int move_deepest( char *seq,
  28                   short *ptable,
  29                   short *s,
  30                   short *s1,
  31                   int verbosity_level,
  32                   int shifts,
  33                   int noLP);
  34 int move_first( char *seq,
  35                 short *ptable,
  36                 short *s,
  37                 short *s1,
  38                 int verbosity_level,
  39                 int shifts,
  40                 int noLP);
  41 int move_rand(  char *seq,
  42                 short *ptable,
  43                 short *s,
  44                 short *s1,
  45                 int verbosity_level);
  46
  47
  48 /* browse_neighbours and do funct function on each of them (used mainly for user specified flooding)
  49     input:    seq - sequence
  50               ptable - structure encoded with make_pair_table() from pair_mat.h
  51               s, s1 - sequence encoded with encode_sequence from pair_mat.h
  52               funct - function (moved structure, current structure (or altered by funct)) to do with every structure in neigbourhood
  53     returns energy of the structure funct sets as second argument*/
  54 int browse_neighs( char *seq,
  55                    short *ptable,
  56                    short *s,
  57                    short *s1,
  58                    int verbosity_level,
  59                    int shifts,
  60                    int noLP,
  61                    int (*funct) (struct_en*, struct_en*));
  62
  63 #endif