binaries/src/ViennaRNA/H/profiledist.h

   1 #ifndef __VIENNA_RNA_PACKAGE_PROFILEDIST_H__
   2 #define __VIENNA_RNA_PACKAGE_PROFILEDIST_H__
   3
   4 #ifdef __GNUC__
   5 #define DEPRECATED(func) func __attribute__ ((deprecated))
   6 #else
   7 #define DEPRECATED(func) func
   8 #endif
   9
  10 #include "data_structures.h"
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  12 /** \file profiledist.h  */
  13
  14 /**
  15  *  \brief Align the 2 probability profiles T1, T2\n
  16  *
  17  *  This is like a Needleman-Wunsch alignment,
  18  *  we should really use affine gap-costs ala Gotoh
  19  */
  20 float profile_edit_distance(const float *T1,
  21                             const float *T2);
  22
  23 /**
  24  *  \brief condense pair probability matrix into a vector containing probabilities
  25  *  for unpaired, upstream paired and downstream paired.
  26  *
  27  *  This resulting probability profile is used as input for profile_edit_distance
  28  *
  29  *  \param bppm   A pointer to the base pair probability matrix
  30  *  \param length The length of the sequence
  31  *  \returns      The bp profile
  32  */
  33 float *Make_bp_profile_bppm(FLT_OR_DBL *bppm,
  34                             int length);
  35
  36 /**
  37  *  \brief print string representation of probability profile
  38  */
  39 void  print_bppm(const float *T);
  40
  41 /**
  42  *  \brief free space allocated in Make_bp_profile
  43  *
  44  *  Backward compatibility only. You can just use plain free()
  45  */
  46 void  free_profile(float *T);
  47
  48 /**
  49  *  \note This function is NOT threadsafe
  50  *
  51  *  \see Make_bp_profile_bppm()
  52  *
  53  *  \deprecated This function is deprecated and will be removed soon! See \ref Make_bp_profile_bppm() for a replacement
  54  *
  55  */
  56 DEPRECATED(float *Make_bp_profile(int length));
  57
  58 #endif