binaries/src/ViennaRNA/Kinfold/cache.c

   1 /*
   2   Last changed Time-stamp: <2006-10-03 16:31:54 xtof>
   3   c  Christoph Flamm and Ivo L Hofacker
   4   {xtof,ivo}@tbi.univie.ac.at
   5   Kinfold: $Name:  $
   6   $Id: cache.c,v 1.3 2006/10/04 12:45:12 xtof Exp $
   7 */
   8
   9 #include <stdio.h>
  10 #include <stdlib.h>
  11 #include <math.h>
  12 #include <string.h>
  13 #include "utils.h"
  14 #include "cache_util.h"
  15
  16 /*
  17   modify cache_f(), cache_comp() and the typedef of cache_entry
  18   in cache_utils.h to suit your application
  19 */
  20
  21 /* PUBLIC FUNCTIONES */
  22 cache_entry *lookup_cache (char *x);
  23 int write_cache (cache_entry *x);
  24 /*  void delete_cache (cache_entry *x); */
  25 void kill_cache();
  26 void initialize_cache();
  27
  28 /* PRIVATE FUNCTIONES */
  29 /*  static int cache_comp(cache_entry *x, cache_entry *y); */
  30 static unsigned cache_f (char *x);
  31
  32 /* #define CACHESIZE 67108864 -1 */ /* 2^26 -1   must be power of 2 -1 */
  33 /* #define CACHESIZE 33554432 -1 */ /* 2^25 -1   must be power of 2 -1 */
  34 /* #define CACHESIZE 16777216 -1 */ /* 2^24 -1   must be power of 2 -1 */
  35 /* #define CACHESIZE  4194304 -1 */ /* 2^22 -1   must be power of 2 -1 */
  36 #define CACHESIZE  1048576 -1  /* 2^20 -1   must be power of 2 -1 */
  37 /* #define CACHESIZE   262144 -1 */ /* 2^18 -1   must be power of 2 -1 */
  38 /* next is default */
  39 /* #define CACHESIZE    65536 -1 */ /* 2^16 -1   must be power of 2 -1 */
  40 /* #define CACHESIZE    16384 -1 */ /* 2^14 -1   must be power of 2 -1 */
  41 /* #define CACHESIZE     4096 -1 */ /* 2^12 -1   must be power of 2 -1 */
  42
  43 static cache_entry *cachetab[CACHESIZE+1];
  44 static char UNUSED rcsid[] ="$Id: cache.c,v 1.3 2006/10/04 12:45:12 xtof Exp $";
  45 unsigned long collisions=0;
  46
  47 /* stolen from perl source */
  48 char coeff[] = {
  49                 61,59,53,47,43,41,37,31,29,23,17,13,11,7,3,1,
  50                 61,59,53,47,43,41,37,31,29,23,17,13,11,7,3,1,
  51                 61,59,53,47,43,41,37,31,29,23,17,13,11,7,3,1,
  52                 61,59,53,47,43,41,37,31,29,23,17,13,11,7,3,1,
  53                 61,59,53,47,43,41,37,31,29,23,17,13,11,7,3,1,
  54                 61,59,53,47,43,41,37,31,29,23,17,13,11,7,3,1,
  55                 61,59,53,47,43,41,37,31,29,23,17,13,11,7,3,1,
  56                 61,59,53,47,43,41,37,31,29,23,17,13,11,7,3,1};
  57
  58 /* key must not be longer than 128 */
  59 #pragma inline (cache_f)
  60 unsigned cache_f(char *x) {
  61   register char *s;
  62   register int i;
  63   register unsigned cache;
  64
  65   s = x;
  66
  67   for (i=0,    cache = 0;
  68        /* while */ *s;
  69        s++,           i++ , cache *= 5 ) {
  70     cache += *s * coeff[i];
  71   }
  72
  73    /* divide through CACHESIZE for normalization */
  74   return ((cache) & (CACHESIZE));
  75 }
  76
  77
  78 /* returns NULL unless x is in the cache */
  79 cache_entry *lookup_cache (char *x) {
  80   int cacheval;
  81   cache_entry *c;
  82
  83   cacheval=cache_f(x);
  84   if ((c=cachetab[cacheval]))
  85     if (strcmp(c->structure,x)==0) return c;
  86
  87   return NULL;
  88 }
  89
  90 /* returns 1 if x already was in the cache */
  91 int write_cache (cache_entry *x) {
  92   int cacheval;
  93   cache_entry *c;
  94
  95   cacheval=cache_f(x->structure);
  96   if ((c=cachetab[cacheval])) {
  97     free(c->structure);
  98     free(c->neighbors);
  99     free(c->rates);
 100     free(c->energies);
 101     free(c);
 102   }
 103   cachetab[cacheval]=x;
 104   return 0;
 105 }
 106
 107 /**/
 108 void initialize_cache () { }
 109
 110 /**/
 111 void kill_cache () {
 112   int i;
 113
 114   for (i=0;i<CACHESIZE+1;i++) {
 115     if ( cachetab[i] ) {
 116       free (cachetab[i]->structure);
 117       free (cachetab[i]->neighbors);
 118       free (cachetab[i]->rates);
 119       free (cachetab[i]->energies);
 120       free (cachetab[i]);
 121     }
 122     cachetab[i]=NULL;
 123   }
 124 }
 125
 126 #if 0
 127 /**/
 128 static int cache_comp(cache_entry *x, cache_entry *y) {
 129   return strcmp(((cache_entry *)x)->structure, ((cache_entry *)y)->structure);
 130 }
 131 #endif
 132
 133 /* End of file */