binaries/src/ViennaRNA/Kinfold/globals.h

   1 /*
   2   Last changed Time-stamp: <2006-10-03 10:53:27 xtof>
   3   c  Christoph Flamm and Ivo L Hofacker
   4   {xtof,ivo}@tbi.univie.ac.at
   5   Kinfold: $Name:  $
   6   $Id: globals.h,v 1.3 2006/10/04 12:45:13 xtof Exp $
   7 */
   8
   9 #ifndef GLOBDEFS_H
  10 #define GLOBDEFS_H
  11
  12 #ifdef __GNUC__
  13 #define UNUSED __attribute__ ((unused))
  14 #else
  15 #define UNUSED
  16 #endif
  17
  18 typedef struct _GlobVars {
  19   int len;
  20   int num;
  21   int maxS;
  22   int steps;
  23   float cut;
  24   float Temp;
  25   float startE;
  26   float stopE;
  27   float currE;
  28   double grow;
  29   int    glen;
  30   double time;
  31   double phi;
  32   double simTime;
  33 } GlobVars;
  34
  35 typedef struct _GlobArrays {
  36   char *ParamFile;
  37   char *ProgramName;
  38   char *BaseName;      /* output file basename */
  39   char *farbe;         /* sequence */
  40   char *farbe_full;    /* full sequence (for chain growth simulation) */
  41   char *startform;     /* start structure */
  42   char **stopform;     /* stop structure(s) */
  43   char *currform;      /* current structure */
  44   char *prevform;      /* current structure of previous time step */
  45   float *sE;           /* energy(s) of stop structure(s) */
  46   double phi_bounds[3];   /* phi_min, phi_inc, phi_max */
  47   unsigned short subi[3]; /* seeds for random-number-generator */
  48 } GlobArrays;
  49
  50 typedef struct _GlobToogles {
  51   int Par;
  52   int seed;
  53   int dangle;
  54   int logML;
  55   int noLP;
  56   int noShift;
  57   int start;
  58   int stop;
  59   int silent;
  60   int phi;
  61   int lmin;
  62   int fpt;
  63   int mc;
  64   int verbose;
  65 } GlobToggles;
  66
  67 void decode_switches(int argc, char *argv[]);
  68 void clean_up_globals(void);
  69 void log_prog_params(FILE *FP);
  70 void log_start_stop(FILE *FP);
  71
  72 GlobVars GSV;
  73 GlobArrays GAV;
  74 GlobToggles GTV;
  75
  76 #endif
  77
  78
  79 /* End of file */