binaries/src/ViennaRNA/Kinfold/main.c

   1 /*
   2   Last changed Time-stamp: <2010-06-24 14:50:01 ivo>
   3   c  Christoph Flamm and Ivo L Hofacker
   4   {xtof,ivo}@tbi.univie.ac.at
   5   Kinfold: $Name:  $
   6   $Id: main.c,v 1.5 2008/08/28 09:40:55 ivo Exp $
   7 */
   8
   9 #include <stdio.h>
  10 #include <stdlib.h>
  11 #include <string.h>
  12 #include <assert.h>
  13 #include <ctype.h>
  14 #include <unistd.h>
  15 #include "fold_vars.h"
  16 #include "fold.h"
  17 #include "baum.h"
  18 #include "nachbar.h"
  19 #include "cache_util.h"
  20 #include "utils.h"
  21 #include "globals.h"
  22
  23 static char UNUSED rcsid[] ="$Id: main.c,v 1.5 2008/08/28 09:40:55 ivo Exp $";
  24 extern void  read_parameter_file(const char fname[]);
  25 extern void get_from_cache(cache_entry *c);
  26
  27 /* PRIVAT FUNCTIONS */
  28 static void ini_energy_model(void);
  29 static void read_data(void);
  30 static void clean_up(void);
  31
  32 /**/
  33 int main(int argc, char *argv[]) {
  34   int i;
  35   char * start;
  36
  37   /*
  38     process command-line optiones
  39   */
  40   decode_switches(argc, argv);
  41
  42   /*
  43     initialize energy parameters
  44   */
  45   ini_energy_model();
  46
  47   /*
  48     read input file
  49   */
  50   read_data();
  51
  52   /*
  53     perform GSV.num simulations
  54   */
  55
  56   start = strdup(GAV.startform); /* remember startform for next run */
  57   for (i = 0; i < GSV.num; i++) {
  58
  59     /*
  60       initialize or reset ringlist to start conditions
  61     */
  62     ini_or_reset_rl();
  63     if (GSV.grow>0) {
  64       if (strlen(GAV.farbe)>GSV.glen) {
  65         start[GSV.glen] = '\0';
  66         GAV.farbe[GSV.glen] = '\0';
  67         strcpy(GAV.startform,start);
  68         strcpy(GAV.currform,start);
  69         GSV.len=GSV.glen;
  70       }
  71       clean_up_rl();
  72       ini_or_reset_rl();
  73     }
  74
  75     /*
  76       perform simulation
  77     */
  78     for (GSV.steps = 1;; GSV.steps++) {
  79       cache_entry *c;
  80
  81       /*
  82         take neighbourhood of current structure from cache if there
  83         else generate it from scratch
  84       */
  85       if ( (c = lookup_cache(GAV.currform)) ) get_from_cache(c);
  86       else move_it();
  87
  88       /*
  89         select a structure from neighbourhood of current structure
  90         and make it to the new current structure.
  91         stop simulation if stop condition is met.
  92       */
  93       if ( sel_nb() > 0 ) break;
  94
  95       /* if (GSV.grow>0) grow_chain(); */
  96     }
  97   }
  98
  99   /*
 100     clean up memory
 101   */
 102   free(start);
 103   clean_up();
 104   return(0);
 105 }
 106
 107 /**/
 108 static void ini_energy_model(void) {
 109   if ( !GTV.seed ) {
 110     init_rand();
 111     GAV.subi[0] = xsubi[0];
 112     GAV.subi[1] = xsubi[1];
 113     GAV.subi[2] = xsubi[2];
 114   }
 115   else {
 116     xsubi[0] = GAV.subi[0];
 117     xsubi[1] = GAV.subi[1];
 118     xsubi[2] = GAV.subi[2];
 119   }
 120   logML = GTV.logML;
 121   dangles = GTV.dangle;
 122   temperature = GSV.Temp;
 123   if( GTV.Par ) read_parameter_file(GAV.ParamFile);
 124   update_fold_params();
 125 }
 126
 127 /**/
 128 static void read_data(void) {
 129   char *ctmp, *c, **s;
 130   int i, len;
 131
 132   /*
 133     read sequence
 134   */
 135   ctmp = get_line(stdin);
 136   len = strlen(ctmp);
 137   if (c=strchr(ctmp, '&')) {
 138     cut_point = (int)(c-ctmp)+1;
 139     for (; *c; c++) *c = *(c+1); /* splice out the & */
 140   }
 141   GAV.farbe = (char *)calloc(len+1, sizeof(char));
 142   assert(GAV.farbe != NULL);
 143   sscanf(ctmp, "%s", GAV.farbe);
 144   GSV.len = strlen(GAV.farbe);
 145   for (i = 0; i < len; i++) GAV.farbe[i] = toupper(GAV.farbe[i]);
 146   free (ctmp);
 147   /* allocate some global arrays */
 148   GAV.currform = (char *)calloc(GSV.len +1, sizeof(char));
 149   assert(GAV.currform != NULL);
 150   GAV.prevform = (char *)calloc(GSV.len +1, sizeof(char));
 151   assert(GAV.prevform != NULL);
 152   GAV.startform = (char *)calloc(GSV.len +1, sizeof(char));
 153   assert(GAV.startform != NULL);
 154
 155   /*
 156     read start structure
 157   */
 158   if (GTV.start) {
 159     ctmp = get_line(stdin);
 160     len = strlen(ctmp);
 161     sscanf(ctmp, "%s", GAV.startform);
 162     if (c=strchr(GAV.startform, '&')) {
 163       for (; *c; c++) *c = *(c+1); /* splice out the & */
 164     }
 165
 166     if (strlen(GAV.startform) != GSV.len) {
 167       fprintf(stderr,
 168               "read_data():\n%s\n%s\n unequal length!\n",
 169               GAV.farbe, GAV.startform);
 170       exit(1);
 171     }
 172     free (ctmp);
 173   }
 174   else { /* start structure is open chain */
 175     for (i = 0; i< GSV.len; i++) GAV.startform[i] = '.';
 176   }
 177
 178   /*
 179     read stop structure(s)
 180   */
 181   if (GTV.stop) {
 182     s = GAV.stopform;
 183     while (( ctmp = get_line(stdin))) {
 184       *s = (char *)calloc(GSV.len+1, sizeof(char));
 185       sscanf(ctmp, "%s", *s);
 186       if (c=strchr(ctmp, '&')) {
 187         for (; *c; c++) *c = *(c+1); /* splice out the & */
 188       }
 189
 190       if ( (s-GAV.stopform) >= GSV.maxS ) {
 191         fprintf(stderr,
 192                 "WARNING: Can handle a maximum of %d stop structures\n",
 193                 GSV.maxS );
 194         break;
 195       }
 196
 197       if (strlen(*s) != GSV.len) {
 198         fprintf(stderr, "read_data():\n%s\n%s\n unequal length!\n",
 199                 GAV.farbe, *s);
 200         exit(1);
 201       }
 202
 203       s++;
 204       free (ctmp);
 205     }
 206     GSV.maxS = (s-GAV.stopform);
 207   }
 208   else {
 209     GSV.maxS = 1;
 210     GAV.stopform[0] = (char *)calloc(GSV.len+1, sizeof(char));
 211   }
 212
 213   GAV.farbe_full = strdup(GAV.farbe);
 214
 215   GAV.sE = (float *)calloc(GSV.maxS, sizeof(float));
 216 }
 217
 218 /**/
 219 void clean_up(void) {
 220   clean_up_globals();
 221   clean_up_rl();
 222   clean_up_nbList();
 223   kill_cache();
 224 }