binaries/src/ViennaRNA/NEWS

   1 See Changelog for details.
   2
   3 Version 2.0
   4 ------------
   5 - Meanwhile, a lot of changes in the RNAlib have accumulated. See the Reference
   6   Manual and the Changelog for further details
   7 - All algorithms use the Turner'04 nearest neighbor model
   8 - The RNAlib provides (OpenMP) threadsafe folding routines per default. This is
   9   enables concurrent calls to the folding routines in parallel. The feature
  10   can be disabled by passing '--disable-openmp' to the configure script
  11 - serious changes in command line parameters. Everything complies with
  12   GNU standard from now on (short options with preceding '-', long options
  13   with preceding '--'.
  14 - FASTA file support for RNAfold. RNA sequences do not need to be passed
  15   on a single line anymore when a FASTA header is provided.
  16 - The new program RNA2Dfold computes MFE, partition function and
  17   stochastically sampled secondary structures in a partitioning of the secondary
  18   structure space according to the base pair distance to two reference structures
  19 - The new program PKplex computes...
  20 - The new program RNALfoldz computes locally stable secondary structures
  21   together with a z-score
  22 - The new program RNALalifold computes locally stable consensus structures for
  23   alignments
  24 - The new program RNAparconv enables the conversion of 'old' energy parameter files
  25   (v1.4-v1.8) to the new format used in version 2.x
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  28 Version 1.8
  29 ------------
  30 - new RNAalifold has better treatment of gaps and ribosum based covariance
  31   scores. Use the -old switch for compatibility with older RNAalifold
  32   versions.
  33 - RNAplfold -u  now computes all accessibilities up to a maximum length
  34   (much faster than computing each individually)
  35 - ATTENTION: output formats of RNAplfold -u and or RNAup have been changed
  36   Programs parsing RNAplfold and RNAup output will have to be modified.
  37 - RNAfold and RNAalifold compute centroid structures when run with -p
  38   use the  -MEA  option to compute Maximum Expected Accuracy structures.
  39
  40 Version 1.7
  41 ------------
  42 - RNAplfold can now be used to compute accessibilities, i.e. the
  43   probability that a stretch of the RNA remains unpaired (and thus
  44   available for intermolecular interactions).
  45 - A new version of RNAup predicts RNA-RNA interactions takeing into account
  46   the competition between inter- and intramolecular structure in both
  47   molcules
  48 - Circular RNAs can be treated by RNAfold, RNAalifold, RNAsubopt, and RNAcofold
  49 - RNAaliduplex predicts RNA-RNA interactions between two sets of aligned
  50   sequences (inter-molecular structure only)
  51
  52 Version 1.6
  53 ------------
  54 - The RNAforester program for tree-alignments of RNA structures is now
  55   distributed with the Vienna RNA package, see the RNAforester
  56   subdirectory for more information. RNAforester was written by Matthias
  57   Hoechsmann <mhoechsm@techfak.uni-bielefeld.de>
  58 - The Kinfold program for stochastic simulation of folding trajectories is
  59   now included in the package, see the Kinfold subdirectory.
  60 - cofolding of two structures now supports suboptimal folding and
  61   partition function folding.
  62   ATTENTION: Energies of hybrid structures now include the Duplex-initiation
  63   energy, which was neglected in previous version.
  64 - RNAplfold is a partition function variant of RNALfold. It computes the
  65   mean probability of a (local) base pair averaged over all sequence
  66   windows that contain the pair.
  67 - new utilities to color alignments and consensus structures
  68 - RNAfold -p now computes the centroid structure
  69 - ATTENTION: ensemble diversities in version <1.6.5 are off by a factor 2
  70
  71 Version 1.5pre
  72 -----------
  73 - ViennaRNA now uses autoconfig generated configure scripts for even better
  74   portability (should compile on any UNIX, Linux, MacOS X, Windows with
  75   Cygwin).
  76 - The new RNAalifold program predicts consensus structures for a set of
  77   aligned sequences.
  78 - Complete suboptimal folding is now integrated in the library.
  79 - Beginning support for co-folding of two strands: energy_of_struct() and
  80   RNAeval can now compute energies of duplex structures.
  81 - RNAcofold predicts hybrid structures of two RNA strands
  82 - RNAduplex predicts hybrid structures, while allowing only inter-molecular
  83   base pairs (useful for finding potential binding sites)
  84 - RNALfold predicts locally stable structures in long sequences.
  85 - Major changes to Perl module. See the pod documentation (perldoc RNA).
  86 - RNAsubopt can do stochastic backtracking to produce samples of suboptimal
  87   structures with Boltzmann statistics.
  88 - New utilities to rotate secondary structure plots and annotate them with
  89   reliability data.
  90 - Various small bug fixes
  91
  92 Version 1.4
  93 -----------
  94 - New Turner parameters as described in Mathews et.al. JMB v288, 1999.
  95   Small changes to format of parameter files (old param files won't work!)
  96 - mfe and suboptimal folding will produce only structures without isolated
  97   pairs if noLonelyPairs=1 (-noLP option), for partition function folding
  98   pairs that can only occur as isolated pairs are not formed.
  99 - setting dangles=3 (-d3 option) will allow co-axial stacking of adjacent
 100   helices in mfe folding and energy_of_struct().
 101
 102 Version 1.3.1
 103 -------------
 104 - RNAheat would produce spikes in the specific heat because dangling end
 105   energies did not go smoothly to 0.
 106 - PS dot plots now have an option to use a log scale (edit _dp.ps file
 107   and set logscale to true).
 108
 109 Version 1.3
 110 -----------
 111 - Secondary structure plots now use E. Bruccoleri's naview routines for
 112   layout by default. New utility RNAplot produces secondary structure plots
 113   from structures in bracket notation with several options.
 114 - New -d2 option in RNAfold and RNAeval sets dangles=2, which makes
 115   energy_of_struct() and fold() treat dangling ends as in pf_fold().
 116   -noLP option in RNAfold etc sets noLonelyPairs=1, which avoids most
 117   structures containing lonely base pairs (helices of length 1).
 118 - new utility functions pack_structure() unpack_structure() make_pair_table()
 119   and bp_distance().  RNAdistance adds bp_distance() via -DP switch.
 120 - First release of RNAsubopt for complete suboptimal folding.
 121 - fixed bug in asymmetry penalty for interior loops.
 122 - Default compilation now uses doubles for partition function folding.
 123
 124 Version 1.2.1
 125 -------------
 126 - Fixed bug in version 1.2 of the RNAheat program causing overflow errors
 127   for most input sequences.
 128 - The PS_dot_plot() and PS_rna_plot() routines now return an int. The return
 129   value is 0 if the file could not be written, 1 otherwise.
 130 - This version contains the alpha version of a perl5 module, which let's you
 131   access all the capabilities of the Vienna RNA library from perl scripts.
 132
 133 Version 1.2
 134 -----------
 135 - New energy parameters from (Walter et.al 1994).
 136 - Energy parameters can be read from file.
 137 - RNAeval and energy_of_struct() support logarithmic energy function for
 138   multi-loops.
 139 - gmlRNA() produces secondary structure drawing in gml (Graph Meta Language).
 140 - Many bug fixes.