binaries/src/ViennaRNA/Progs/RNAPKplex.ggo

   1 # Name of your program
   2 package "RNAPKplex" # don't use package if you're using automake
   3 purpose "predicts RNA secondary structures including pseudoknots"
   4 #usage "PKplex [options]\n"
   5
   6 # Version of your program
   7 #version "0.1"   # don't use version if you're using automake
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   9
  10 # command line options passed to gengetopt
  11 args "--file-name=RNAPKplex_cmdl --include-getopt --default-optional --func-name=PKplex_cmdline_parser --arg-struct-name=PKplex_args_info"
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  14 description "Computes RNA secondary structures by first making two sequence intervals accessible and unpaired using\
  15  the algorithm of RNAplfold and then calculating the energy of the interaction of those two intervals. The algorithm\
  16  uses O(n^2*w^4) CPU time and O(n*w^2) memory space.\nThe algorithm furthermore always considers dangle=2 model.\n"
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  18 # Options
  19 option  "cutoff"  c
  20 "Report only base pairs with an average probability > cutoff in the dot plot\n\n"
  21 float
  22 default="0.01"
  23 optional
  24
  25 option  "temp"  T
  26 "Rescale energy parameters to a temperature of temp C. Default is 37C.\n\n"
  27 double
  28
  29 option  "noTetra" 4
  30 "Do not include special stabilizing energies for certain tetra-loops. Mostly for testing.\n\n"
  31 flag
  32 off
  33
  34 option  "noLP"  -
  35 "Produce structures without lonely pairs (helices of length 1).\n"
  36 details="For partition function folding this only disallows pairs that can only occur isolated. Other\
  37  pairs may still occasionally occur as helices of length 1.\n\n"
  38 flag
  39 off
  40
  41 option  "noGU"  -
  42 "Do not allow GU pairs\n\n"
  43 flag
  44 off
  45
  46 option  "noClosingGU" -
  47 "Do not allow GU pairs at the end of helices\n\n"
  48 flag
  49 off
  50
  51 option  "noconv"  -
  52 "Do not automatically substitude nucleotide \"T\" with \"U\"\n\n"
  53 flag
  54 off
  55
  56 option  "nsp" -
  57 "Allow other pairs in addition to the usual AU,GC,and GU pairs.\n"
  58 details="Its argument is a comma separated list of additionally allowed pairs. If the\
  59  first character is a \"-\" then AB will imply that AB and BA are allowed pairs.\ne.g.\
  60  RNAfold -nsp -GA  will allow GA and AG pairs. Nonstandard pairs are given 0 stacking\
  61  energy.\n\n"
  62 string
  63 default="empty"
  64 optional
  65
  66 option  "energyCutoff" e
  67 "Energy cutoff or pseudoknot initiation cost. Minimum energy gain of a pseudoknot\
  68  interaction for it to be returned. Pseudoknots with smaller energy gains are\
  69  rejected.\n\n"
  70 double
  71 default="-8.10"
  72 optional
  73
  74 option  "paramFile" P
  75 "Read energy parameters from paramfile, instead of using the default parameter set.\n"
  76 details="A sample parameter file should accompany your distribution.\nSee the RNAlib\
  77  documentation for details on the file format.\n\n"
  78 string
  79 typestr="paramfile"
  80 optional
  81
  82 option "verbose" v
  83 "print verbose output\n"
  84 flag
  85 off
  86
  87 option "subopts" s
  88 "print suboptimal structures whose energy difference of the pseudoknot to the optimum pseudoknot is smaller than the given value.\n"
  89 details="NOTE: The final energy of a structure is calculated as the sum\
  90  of the pseudoknot interaction energy, the penalty for initiating\
  91  a  pseudoknot and the energy of the pseudoknot-free part of the\
  92  structure. The -s option only takes the pseudoknot interaction\
  93  energy into account, so the final energy differences may be bigger\
  94  than the specified value (default=0.).\n\n"
  95 double
  96 default="0.0"
  97 optional
  98
  99 text    "\nIf in doubt our program is right, nature is at fault.\nComments should be sent to\
 100  rna@tbi.univie.ac.at.\n"
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