binaries/src/ViennaRNA/Progs/RNAparconv.c

   1 /*
   2 ###################################
   3 # Access to RNAlib routines to    #
   4 # convert energy parameter files  #
   5 # from ViennaRNAPackage 1.8.4 to  #
   6 # 2.0 format                      #
   7 #                                 #
   8 # Ronny Lorenz                    #
   9 ###################################
  10 */
  11
  12 #include <stdio.h>
  13 #include <stdlib.h>
  14 #include <math.h>
  15 #include <ctype.h>
  16 #include <unistd.h>
  17 #include <string.h>
  18 #include "utils.h"
  19 #include "convert_epars.h"
  20 #include "RNAparconv_cmdl.h"
  21
  22 int main(int argc, char *argv[]){
  23   struct  RNAparconv_args_info  args_info;
  24   char                          *ifileName, *ofileName;
  25   int                           i, silent;
  26   unsigned int                  options;
  27
  28   ifileName = ofileName = NULL;
  29   silent    = 0;
  30   options   = VRNA_CONVERT_OUTPUT_ALL;
  31
  32   /*
  33   #############################################
  34   # check the command line parameters
  35   #############################################
  36   */
  37   if(RNAparconv_cmdline_parser (argc, argv, &args_info) != 0) exit(1);
  38
  39   /* use input file */
  40   if(args_info.input_given)             ifileName = strdup(args_info.input_arg);
  41   /* use output file */
  42   if(args_info.output_given)            ofileName = strdup(args_info.output_arg);
  43   /* output without (special) hairpin energies + enthalpies */
  44   if(args_info.without_HairpinE_given)  options &= ~(VRNA_CONVERT_OUTPUT_HP
  45                                                     |VRNA_CONVERT_OUTPUT_SPECIAL_HP);
  46   /* output without stacking energies + enthalpies */
  47   if(args_info.without_StackE_given)    options &= ~VRNA_CONVERT_OUTPUT_STACK;
  48   /* output without 5' dangle energies + enthalpies */
  49   if(args_info.without_Dangle5_given)   options &= ~VRNA_CONVERT_OUTPUT_DANGLE5;
  50   /* output without 3' dangle energies + enthalpies */
  51   if(args_info.without_Dangle3_given)   options &= ~VRNA_CONVERT_OUTPUT_DANGLE3;
  52   /* output without interior loop energies + enthalpies */
  53   if(args_info.without_IntE_given)      options &= ~(VRNA_CONVERT_OUTPUT_NINIO
  54                                                     |VRNA_CONVERT_OUTPUT_INT
  55                                                     |VRNA_CONVERT_OUTPUT_INT_11
  56                                                     |VRNA_CONVERT_OUTPUT_INT_21
  57                                                     |VRNA_CONVERT_OUTPUT_INT_22);
  58   /* output without bulge loop energies + enthalpies */
  59   if(args_info.without_BulgeE_given)    options &= ~VRNA_CONVERT_OUTPUT_BULGE;
  60   /* output without multi loop energies + enthalpies */
  61   if(args_info.without_MultiE_given)    options &= ~VRNA_CONVERT_OUTPUT_ML;
  62   /* output without misc energies + enthalpies */
  63   if(args_info.without_Misc_given)      options &= ~VRNA_CONVERT_OUTPUT_MISC;
  64   /* output without hairpin mismatch energies + enthalpies */
  65   if(args_info.without_MismatchH_given) options &= ~VRNA_CONVERT_OUTPUT_MM_HP;
  66   /* output without interior loop mismatch energies + enthalpies */
  67   if(args_info.without_MismatchI_given) options &= ~(VRNA_CONVERT_OUTPUT_MM_INT
  68                                                     |VRNA_CONVERT_OUTPUT_MM_INT_1N
  69                                                     |VRNA_CONVERT_OUTPUT_MM_INT_23);
  70   /* output without multi loop mismatch energies + enthalpies */
  71   if(args_info.without_MismatchM_given) options &= ~VRNA_CONVERT_OUTPUT_MM_MULTI;
  72   /* output without exterior loop mismatch energies + enthalpies */
  73   if(args_info.without_MismatchE_given) options &= ~VRNA_CONVERT_OUTPUT_MM_EXT;
  74
  75   /* output given energy parameters only */
  76   if(args_info.vanilla_given)           options |= VRNA_CONVERT_OUTPUT_VANILLA;
  77
  78   /* just dump Vienna 1.8.4 parameters in new format */
  79   if(args_info.dump_given)              options |= VRNA_CONVERT_OUTPUT_DUMP;
  80
  81   /* file names given as unnamed option? */
  82   for(i = 0; i < args_info.inputs_num; i++){
  83     if(ifileName == NULL)       ifileName = strdup(args_info.inputs[i]);
  84     else if(ofileName == NULL)  ofileName = strdup(args_info.inputs[i]);
  85     else{
  86       RNAparconv_cmdline_parser_print_help();
  87       nrerror("unrecognized or too many parameter options given!");
  88     }
  89   }
  90
  91   /* be silent */
  92   if(args_info.silent_given) silent = 1;
  93
  94   /* free allocated memory of command line data structure */
  95   RNAparconv_cmdline_parser_free (&args_info);
  96
  97   /*
  98   #############################################
  99   # do something
 100   #############################################
 101   */
 102
 103   if(ifileName == NULL)
 104     if(!(silent || (options & VRNA_CONVERT_OUTPUT_DUMP)))
 105       fprintf(stdout, "Enter parameters:\n(Indicate last line of input parameters by typing \"# END\" or EOF\n\n");
 106
 107   convert_parameter_file(ifileName, ofileName, options);
 108
 109   return EXIT_SUCCESS;
 110 }
 111