binaries/src/ViennaRNA/Progs/RNAparconv.ggo

   1 # Name of your program
   2 package "RNAparconv" # don't use package if you're using automake
   3 purpose "Convert energy parameter files from ViennaRNA 1.8.4 to 2.0 format"
   4 usage "RNAparconv [options] [<input file>] [<output file>]\n"
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   6 # Version of your program
   7 #version "2.0"   # don't use version if you're using automake
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  10 # command line options passed to gengetopt
  11 args "--file-name=RNAparconv_cmdl --include-getopt --default-optional --unamed-opts --func-name=RNAparconv_cmdline_parser --arg-struct-name=RNAparconv_args_info"
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  14 description "Converts energy parameter files from \"old\" ViennaRNAPackage 1.8.4 format to\
  15  the new format used since ViennaRNAPackage 2.0.\nThe Program reads a valid energy parameter\
  16  file or valid energy parameters from stdin and prints the converted energy parameters to\
  17  stdout or a specified output file. Per default, the converted output file contains the whole\
  18  set of energy parameters used throughout ViennaRNAPackage 1.8.4. The user can specify sets of\
  19  energy parameters that should not be included in the output.\n"
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  21 # Options
  22
  23 option  "output"  o
  24 "Specify an output file name. If argument is missing the converted energy parameters are printed to 'stdout'.\n\n"
  25 string
  26 typestr="filename"
  27 optional
  28
  29 option  "input"  i
  30 "Specify an input file name. If argument is missing the energy parameter input can be supplied via 'stdin'.\n\n"
  31 string
  32 typestr="filename"
  33 optional
  34
  35 option  "vanilla" -
  36 "Print just as much as needed to represent the given energy parameters data set.\nThis option overrides all other output settings!\n\n"
  37 flag
  38 off
  39
  40 option  "dump" -
  41 "Just dump Vienna 1.8.4 energy parameters in format used since 2.0.\nThis option skips any energy parameter input!\n\n"
  42 flag
  43 off
  44
  45 option  "silent" -
  46 "Print just energy parameters and appropriate comment lines but suppress all other output\n\n"
  47 flag
  48 off
  49
  50 option  "without-HairpinE"  -
  51 "Do not print converted hairpin energies and enthalpies\n\n"
  52 flag
  53 off
  54 hidden
  55
  56 option  "without-StackE"  -
  57 "Do not print converted stacking energies and enthalpies\n\n"
  58 flag
  59 off
  60 hidden
  61
  62 option  "without-IntE"  -
  63 "Do not print converted interior loop energies, enthalpies and asymetry factors\n\n"
  64 flag
  65 off
  66 hidden
  67
  68 option  "without-BulgeE"  -
  69 "Do not print converted bulge loop energies and enthalpies\n\n"
  70 flag
  71 off
  72 hidden
  73
  74 option  "without-MultiE"  -
  75 "Do not print converted multi loop energies and enthalpies\n\n"
  76 flag
  77 off
  78 hidden
  79
  80 option  "without-MismatchE"  -
  81 "Do not print converted exterior loop mismatch energies and enthalpies\n\n"
  82 flag
  83 off
  84 hidden
  85
  86 option  "without-MismatchH"  -
  87 "Do not print converted hairpin mismatch energies and enthalpies\n\n"
  88 flag
  89 off
  90 hidden
  91
  92 option  "without-MismatchI"  -
  93 "Do not print converted interior loop mismatch energies and enthalpies\n\n"
  94 flag
  95 off
  96 hidden
  97
  98 option  "without-MismatchM"  -
  99 "Do not print converted multi loop mismatch energies and enthalpies\n\n"
 100 flag
 101 off
 102 hidden
 103
 104 option  "without-Dangle5"  -
 105 "Do not print converted 5' dangle energies and enthalpies\n\n"
 106 flag
 107 off
 108 hidden
 109
 110 option  "without-Dangle3"  -
 111 "Do not print converted 3' dangle energies and enthalpies\n\n"
 112 flag
 113 off
 114 hidden
 115
 116 option  "without-Misc"  -
 117 "Do not print converted Misc energies and enthalpies (TerminalAU, DuplexInit, lxc)\n\n"
 118 flag
 119 off
 120 hidden
 121
 122 text    "\nIf in doubt our program is right, nature is at fault.\nComments should be sent to\
 123  rna@tbi.univie.ac.at.\n"