binaries/src/ViennaRNA/Progs/RNAplot.c

   1 /*
   2   Plot RNA structures using different layout algorithms
   3 */
   4
   5 #include <stdio.h>
   6 #include <stdlib.h>
   7 #include <math.h>
   8 #include <ctype.h>
   9 #include <string.h>
  10 #include <unistd.h>
  11 #include "utils.h"
  12 #include "PS_dot.h"
  13 #include "RNAplot_cmdl.h"
  14
  15 #define PRIVATE static
  16
  17 int main(int argc, char *argv[]){
  18   struct        RNAplot_args_info args_info;
  19   char          *structure, *pre, *post;
  20   char          fname[FILENAME_MAX_LENGTH], ffname[FILENAME_MAX_LENGTH];
  21   char          *rec_sequence, *rec_id, **rec_rest;
  22   int           i, length;
  23   int           istty;
  24   char          format[5]="ps";
  25   unsigned int  rec_type, read_opt;
  26
  27   structure = pre = post = NULL;
  28   length = 0;
  29
  30   /*
  31   #############################################
  32   # check the command line parameters
  33   #############################################
  34   */
  35   if(RNAplot_cmdline_parser (argc, argv, &args_info) != 0) exit(1);
  36
  37   if(args_info.layout_type_given) rna_plot_type = args_info.layout_type_arg;
  38   if(args_info.pre_given)         pre           = strdup(args_info.pre_arg);
  39   if(args_info.post_given)        post          = strdup(args_info.post_arg);
  40   if(args_info.output_format_given){
  41     strncpy(format, args_info.output_format_arg, 4); format[4] = '\0';
  42   }
  43
  44   /* free allocated memory of command line data structure */
  45   RNAplot_cmdline_parser_free (&args_info);
  46
  47   /*
  48   #############################################
  49   # begin initializing
  50   #############################################
  51   */
  52   rec_type      = read_opt = 0;
  53   rec_id        = rec_sequence = NULL;
  54   rec_rest      = NULL;
  55   istty         = isatty(fileno(stdout)) && isatty(fileno(stdin));
  56
  57   /* set options we wanna pass to read_record */
  58   if(istty){
  59     read_opt |= VRNA_INPUT_NOSKIP_BLANK_LINES;
  60     print_tty_input_seq_str("Input sequence (upper or lower case) followed by structure");
  61   }
  62
  63   /* print user help if we get input from tty */
  64   if(istty){
  65     print_tty_input_seq();
  66     read_opt |= VRNA_INPUT_NOSKIP_BLANK_LINES;
  67   }
  68
  69   /*
  70   #############################################
  71   # main loop: continue until end of file
  72   #############################################
  73   */
  74   while(
  75     !((rec_type = read_record(&rec_id, &rec_sequence, &rec_rest, read_opt))
  76         & (VRNA_INPUT_ERROR | VRNA_INPUT_QUIT))){
  77
  78     if(rec_id){
  79       (void) sscanf(rec_id, ">%" XSTR(FILENAME_ID_LENGTH) "s", fname);
  80     }
  81     else fname[0] = '\0';
  82
  83     length = (int)strlen(rec_sequence);
  84
  85     structure = extract_record_rest_structure((const char **)rec_rest, 0, (rec_id) ? VRNA_OPTION_MULTILINE : 0);
  86
  87     if(!structure) nrerror("structure missing");
  88     if((int)strlen(structure) != length) nrerror("structure and sequence differ in length!");
  89
  90     if (fname[0]!='\0'){
  91       strcpy(ffname, fname);
  92       strcat(ffname, "_ss");
  93     } else
  94       strcpy(ffname, "rna");
  95
  96     structure = NULL;
  97     unsigned int struct_options = (rec_id) ? VRNA_CONSTRAINT_MULTILINE : 0;
  98     struct_options |= VRNA_CONSTRAINT_ALL;
  99     getConstraint(&structure, (const char **)rec_rest, struct_options);
 100
 101     if(strlen(rec_sequence) != strlen(structure))
 102       nrerror("sequence and structure have unequal length");
 103
 104     switch (format[0]) {
 105       case 'p':
 106         strcat(ffname, ".ps");
 107
 108         (void) PS_rna_plot_a_gquad(rec_sequence, structure, ffname, pre, post);
 109
 110         /* PS_rna_plot_a(rec_sequence, structure, ffname, pre, post); */
 111
 112         break;
 113       case 'g':
 114         strcat(ffname, ".gml");
 115         gmlRNA(rec_sequence, structure, ffname, 'x');
 116         break;
 117       case 'x':
 118         strcat(ffname, ".ss");
 119         xrna_plot(rec_sequence, structure, ffname);
 120         break;
 121       case 's':
 122         strcat(ffname, ".svg");
 123         svg_rna_plot(rec_sequence, structure, ffname);
 124         break;
 125       default:
 126         RNAplot_cmdline_parser_print_help(); exit(EXIT_FAILURE);
 127     }
 128
 129     fflush(stdout);
 130
 131     /* clean up */
 132     if(rec_id) free(rec_id);
 133     free(rec_sequence);
 134     free(structure);
 135     /* free the rest of current dataset */
 136     if(rec_rest){
 137       for(i=0;rec_rest[i];i++) free(rec_rest[i]);
 138       free(rec_rest);
 139     }
 140     rec_id = rec_sequence = structure = NULL;
 141     rec_rest = NULL;
 142
 143     /* print user help for the next round if we get input from tty */
 144     if(istty){
 145       print_tty_input_seq_str("Input sequence (upper or lower case) followed by structure");
 146     }
 147   }
 148
 149   return EXIT_SUCCESS;
 150 }