binaries/src/ViennaRNA/Utils/README

   1 # -*-Text-*-
   2 This directory contains a few scripts, you might find useful. They're not
   3 installed by default.
   4
   5 Fold    automatically converts sequence files from databanks using readseq
   6         and feeds the converted sequence to RNAfold
   7
   8 b2ct.c  converts the bracket notation produced by RNAfold into an '.ct' file,
   9         as produced by Zukers mfold.
  10
  11 b2mt.pl perl script that converts a secondary structure in bracket notation
  12         into a list of x y values that can be plotted to obtain the
  13         "mountain"-representation of an RNA secondary structure. E.g.:
  14         RNAfold < foo.seq | b2mt.pl | xmgr -pipe
  15
  16 mountain.pl
  17         produces a generalized mountain presentation and the pre postion
  18         entropy as a measure of well-definedness from the base pair
  19         probabilities contained in an PostScript dotplot. E.g:
  20         RNAfold < foo.seq; mountain.pl dot.ps | xmgr -pipe
  21
  22 dpzoom.pl       extract a portion of a dot plot produced by RNAfold -p
  23         e.g.: to extract the structure of bases 7361 to 7600 from the
  24         folding of a complete HIV sequence use
  25                 dpzoom.pl -f 7361 -l 7600 HIV_dp.ps > RRE_dp.ps
  26
  27 rotate_ss.pl
  28         rotate or flip the coordinates of an RNA secondary structure plot.
  29         E.g. to rotate the file foo_ss.ps by 90 degrees and get a
  30         clockwise drawing (instead of the default counter-clockwise), use
  31                 rotate_ss.pl -a 90 -m foo_ss.ps >  foo90_ss.ps
  32
  33 relplot.pl
  34         add reliability information to a RNA seondary structure plot
  35         in the form of color annotation. The script computes the
  36         "positional entropy" S(i) = - Sum p(ij) log(p(ij)) and encodes
  37         it as color hue, ranging from red (low entropy, well-defined) via
  38         green to blue and violet (high entropy, ill-defined). Apart
  39         from the secondary structure plot the dot plot containing the
  40         pair probabilities p(ij) is needed. Use as
  41                 replot.pl foo_ss.ps foo_dp.ps > foo_rss.ps