binaries/src/ViennaRNA/Utils/b2mt.pl

   1 #!/usr/bin/perl -w
   2 # -*-Perl-*-
   3 # Last changed Time-stamp: <2005-03-09 19:38:25 ivo>
   4 # produce Pauline's mountain representation from bracket notation
   5 # use e.g. as  RNAfold < foo.seq | b2mt | xmgr -pipe
   6 # definition: h=number of base pairs enclosing base
   7 use strict;
   8 while (<>) {
   9     print if (s/>/#/);
  10
  11     next unless (/\.\.\./);
  12     next if (/\[/);   # don't process output from partition function
  13     chop;
  14     my @F=split(//,$_);
  15     my $p=0; my $h=0;
  16     foreach my $i (@F) {
  17         $h-- if ($i eq ')');
  18         $p++;
  19         printf("%4d %4d\n",$p,$h);
  20         $h++ if ($i eq '(');    # increase $h *after* printing
  21     }
  22     print "&\n";
  23 }
  24
  25 =head1 NAME
  26
  27 b2mt - produce coordinates for a mountain plot from bracket notation
  28
  29 =head1 SYNOPSIS
  30
  31   b2mt.pl < seq.fold > mountain.dat
  32
  33 =head1 DESCRIPTION
  34
  35 read a secondary structures in bracket notation as output by RNAfold,
  36 and compute coordinates for a mountain plot as introduced by Pauline Hogeweg.
  37 The output is suitable for graphing  with xmgrace, e.g.:
  38 C< RNAfold < foo.seq | b2mt.pl | xmgrace -pipe>
  39
  40 =head1 AUTHOR
  41
  42 Ivo L. Hofacker <ivo@tbi.univie.ac.at>