binaries/src/ViennaRNA/Utils/colorrna.pl

   1 #!/usr/bin/perl -w
   2 # -*-CPerl-*-
   3 # Last changed Time-stamp: <2005-11-07 12:08:38 ivo>
   4 # $Id: colorrna.pl,v 1.1 2005/11/07 12:42:27 ivo Exp $
   5 # colorize a secondary structure plot with reliability annotation
   6 # from positional entropy
   7 use strict;
   8 use Getopt::Std;
   9 $main::VERSION = 1.0;
  10 $Getopt::Std::STANDARD_HELP_VERSION=1;
  11
  12 our $opt_p;
  13 getopts('p');
  14
  15 sub HELP_MESSAGE {
  16   print STDERR "\nusage: $0 FOO_ss.ps FOO_dp.ps > FOO_css.ps\n";
  17   print STDERR "For more details run\n\tperldoc -F $0\n";
  18 }
  19
  20 HELP_MESSAGE() unless $#ARGV >0;
  21 my $macro_seen= 0;
  22 my %mfe = ();        # hash of mfe pairs
  23 my @ss_ps = ('',''); # head and tail of the ss.ps file
  24
  25 my $n = swallow_ss_ps();    # read ss plot
  26 my %hsb = read_dp();   # read dot plot and compute entropies
  27
  28 print $ss_ps[0];     # print head
  29 if (!$macro_seen) {
  30   print <<_E_O_F_
  31 /hsb {
  32     dup 0.3 mul 1 exch sub sethsbcolor
  33 } bind def
  34 /colorpair { % i j hue sat colorpair
  35    % draw basepair i,j in color
  36    % 1 index 0.00 ne {
  37    gsave
  38    newpath
  39    hsb
  40    fsize setlinewidth
  41    1 sub coor exch get aload pop moveto
  42    1 sub coor exch get aload pop lineto
  43    stroke
  44    grestore
  45    % } if
  46 } bind def
  47 _E_O_F_
  48 }
  49 foreach my $k (keys %hsb) {
  50   my ($i,$j) = split($;,$k);
  51   print "$i $j ", $hsb{$k}->[0], " ", $hsb{$k}->[1]," colorpair\n";
  52 }
  53 print $ss_ps[1];  # print main part
  54 print $ss_ps[2];  # print showpage etc
  55
  56 sub swallow_ss_ps {
  57   # read the secondary structure plot
  58   my $length=0;
  59   my $tail=0;
  60   while (<>) {
  61     $macro_seen=1 if /colorpair/;
  62     $length ++ if /^\/coor/ .. /^\] def/;
  63     if (/^\/pairs/ .. /^\] def/) {
  64       $mfe{$1,$2}=1 if /(\d+)\s+(\d+)/;
  65     }
  66     next if /\d gmark$/;
  67     $tail++ if /^drawpairs/;
  68     s/^drawpairs/% drawpairs/;
  69     $tail++ if /^showpage/;
  70     $ss_ps[$tail] .= $_;
  71     last if eof;
  72   }
  73   return $length-2;
  74 }
  75
  76 sub read_dp {
  77   # read dot plot and extract hsb values
  78   my %hsb;
  79   while (<>) {
  80     next unless /lbox$/;
  81     my @F = split;
  82     $hsb{$F[3],$F[4]} = [$F[0], $F[1]];
  83   }
  84   return %hsb;
  85 }
  86
  87 =head1 NAME
  88
  89 colorrna - colorize an alirna.ps file
  90
  91 =head1 SYNOPSIS
  92
  93    colorrna.pl alirna.ps alidot.ps > colorRNA.ps
  94
  95 =head1 DESCRIPTION
  96
  97 colorrna reads an RNA secondary structure plot and a dot plot
  98 containing pair probabilities and covariance annotation as, produced
  99 by C<RNAalifold -p>, and writes a new secondary structure plot with
 100 color annotated seqence annotation to stdout.  The color annotation
 101 is taken directly from the color dot plot file.
 102
 103 =head1 AUTHOR
 104
 105 Ivo L. Hofacker <ivo@tbi.univie.ac.at>
 106 Stefan Washietl <wash@tbi.univie.ac.at>
 107
 108 =cut
 109
 110 #  End of file
 111