binaries/src/ViennaRNA/Utils/ct2b.pl

   1 #!/usr/bin/perl
   2 # -*-Perl-*-
   3 # Last changed Time-stamp: <1999-09-29 13:24:23 ivo>
   4 # produce dot bracket notation of an RNA secondary structure from
   5 # Zuker's .ct file
   6
   7 while (<>) {
   8     @F = split;
   9     if ((/ = /) && ($#F!=5)) {
  10         if (defined($seq)) {
  11             print "$seq\n" unless ($seq eq $oldseq);
  12             $oldseq = $seq;
  13             print "$s ($E)\n";
  14         }
  15         $E = $F[3];
  16         $s = $seq = "";
  17         next;
  18     }
  19     $seq .= $F[1];
  20     if ($F[4]==0) {$s .= "."; next}
  21     $s .= "(" if ($F[0]<$F[4]);
  22     $s .= ")" if ($F[0]>$F[4]);
  23 }
  24 print "$seq\n" unless ($seq eq $oldseq);
  25 print "$s ($E)\n" if defined($s);
  26
  27 # End of file