binaries/src/ViennaRNA/configure

   1 #! /bin/sh
   2 # Guess values for system-dependent variables and create Makefiles.
   3 # Generated by GNU Autoconf 2.68 for ViennaRNA 2.1.2.
   4 #
   5 # Report bugs to <rna@tbi.univie.ac.at>.
   6 #
   7 #
   8 # Copyright (C) 1992, 1993, 1994, 1995, 1996, 1998, 1999, 2000, 2001,
   9 # 2002, 2003, 2004, 2005, 2006, 2007, 2008, 2009, 2010 Free Software
  10 # Foundation, Inc.
  11 #
  12 #
  13 # This configure script is free software; the Free Software Foundation
  14 # gives unlimited permission to copy, distribute and modify it.
  15 ## -------------------- ##
  16 ## M4sh Initialization. ##
  17 ## -------------------- ##
  18
  19 # Be more Bourne compatible
  20 DUALCASE=1; export DUALCASE # for MKS sh
  21 if test -n "${ZSH_VERSION+set}" && (emulate sh) >/dev/null 2>&1; then :
  22   emulate sh
  23   NULLCMD=:
  24   # Pre-4.2 versions of Zsh do word splitting on ${1+"$@"}, which
  25   # is contrary to our usage.  Disable this feature.
  26   alias -g '${1+"$@"}'='"$@"'
  27   setopt NO_GLOB_SUBST
  28 else
  29   case `(set -o) 2>/dev/null` in #(
  30   *posix*) :
  31     set -o posix ;; #(
  32   *) :
  33      ;;
  34 esac
  35 fi
  36
  37
  38 as_nl='
  39 '
  40 export as_nl
  41 # Printing a long string crashes Solaris 7 /usr/bin/printf.
  42 as_echo='\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\'
  43 as_echo=$as_echo$as_echo$as_echo$as_echo$as_echo
  44 as_echo=$as_echo$as_echo$as_echo$as_echo$as_echo$as_echo
  45 # Prefer a ksh shell builtin over an external printf program on Solaris,
  46 # but without wasting forks for bash or zsh.
  47 if test -z "$BASH_VERSION$ZSH_VERSION" \
  48     && (test "X`print -r -- $as_echo`" = "X$as_echo") 2>/dev/null; then
  49   as_echo='print -r --'
  50   as_echo_n='print -rn --'
  51 elif (test "X`printf %s $as_echo`" = "X$as_echo") 2>/dev/null; then
  52   as_echo='printf %s\n'
  53   as_echo_n='printf %s'
  54 else
  55   if test "X`(/usr/ucb/echo -n -n $as_echo) 2>/dev/null`" = "X-n $as_echo"; then
  56     as_echo_body='eval /usr/ucb/echo -n "$1$as_nl"'
  57     as_echo_n='/usr/ucb/echo -n'
  58   else
  59     as_echo_body='eval expr "X$1" : "X\\(.*\\)"'
  60     as_echo_n_body='eval
  61       arg=$1;
  62       case $arg in #(
  63       *"$as_nl"*)
  64         expr "X$arg" : "X\\(.*\\)$as_nl";
  65         arg=`expr "X$arg" : ".*$as_nl\\(.*\\)"`;;
  66       esac;
  67       expr "X$arg" : "X\\(.*\\)" | tr -d "$as_nl"
  68     '
  69     export as_echo_n_body
  70     as_echo_n='sh -c $as_echo_n_body as_echo'
  71   fi
  72   export as_echo_body
  73   as_echo='sh -c $as_echo_body as_echo'
  74 fi
  75
  76 # The user is always right.
  77 if test "${PATH_SEPARATOR+set}" != set; then
  78   PATH_SEPARATOR=:
  79   (PATH='/bin;/bin'; FPATH=$PATH; sh -c :) >/dev/null 2>&1 && {
  80     (PATH='/bin:/bin'; FPATH=$PATH; sh -c :) >/dev/null 2>&1 ||
  81       PATH_SEPARATOR=';'
  82   }
  83 fi
  84
  85
  86 # IFS
  87 # We need space, tab and new line, in precisely that order.  Quoting is
  88 # there to prevent editors from complaining about space-tab.
  89 # (If _AS_PATH_WALK were called with IFS unset, it would disable word
  90 # splitting by setting IFS to empty value.)
  91 IFS=" ""        $as_nl"
  92
  93 # Find who we are.  Look in the path if we contain no directory separator.
  94 as_myself=
  95 case $0 in #((
  96   *[\\/]* ) as_myself=$0 ;;
  97   *) as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
  98 for as_dir in $PATH
  99 do
 100   IFS=$as_save_IFS
 101   test -z "$as_dir" && as_dir=.
 102     test -r "$as_dir/$0" && as_myself=$as_dir/$0 && break
 103   done
 104 IFS=$as_save_IFS
 105
 106      ;;
 107 esac
 108 # We did not find ourselves, most probably we were run as `sh COMMAND'
 109 # in which case we are not to be found in the path.
 110 if test "x$as_myself" = x; then
 111   as_myself=$0
 112 fi
 113 if test ! -f "$as_myself"; then
 114   $as_echo "$as_myself: error: cannot find myself; rerun with an absolute file name" >&2
 115   exit 1
 116 fi
 117
 118 # Unset variables that we do not need and which cause bugs (e.g. in
 119 # pre-3.0 UWIN ksh).  But do not cause bugs in bash 2.01; the "|| exit 1"
 120 # suppresses any "Segmentation fault" message there.  '((' could
 121 # trigger a bug in pdksh 5.2.14.
 122 for as_var in BASH_ENV ENV MAIL MAILPATH
 123 do eval test x\${$as_var+set} = xset \
 124   && ( (unset $as_var) || exit 1) >/dev/null 2>&1 && unset $as_var || :
 125 done
 126 PS1='$ '
 127 PS2='> '
 128 PS4='+ '
 129
 130 # NLS nuisances.
 131 LC_ALL=C
 132 export LC_ALL
 133 LANGUAGE=C
 134 export LANGUAGE
 135
 136 # CDPATH.
 137 (unset CDPATH) >/dev/null 2>&1 && unset CDPATH
 138
 139 if test "x$CONFIG_SHELL" = x; then
 140   as_bourne_compatible="if test -n \"\${ZSH_VERSION+set}\" && (emulate sh) >/dev/null 2>&1; then :
 141   emulate sh
 142   NULLCMD=:
 143   # Pre-4.2 versions of Zsh do word splitting on \${1+\"\$@\"}, which
 144   # is contrary to our usage.  Disable this feature.
 145   alias -g '\${1+\"\$@\"}'='\"\$@\"'
 146   setopt NO_GLOB_SUBST
 147 else
 148   case \`(set -o) 2>/dev/null\` in #(
 149   *posix*) :
 150     set -o posix ;; #(
 151   *) :
 152      ;;
 153 esac
 154 fi
 155 "
 156   as_required="as_fn_return () { (exit \$1); }
 157 as_fn_success () { as_fn_return 0; }
 158 as_fn_failure () { as_fn_return 1; }
 159 as_fn_ret_success () { return 0; }
 160 as_fn_ret_failure () { return 1; }
 161
 162 exitcode=0
 163 as_fn_success || { exitcode=1; echo as_fn_success failed.; }
 164 as_fn_failure && { exitcode=1; echo as_fn_failure succeeded.; }
 165 as_fn_ret_success || { exitcode=1; echo as_fn_ret_success failed.; }
 166 as_fn_ret_failure && { exitcode=1; echo as_fn_ret_failure succeeded.; }
 167 if ( set x; as_fn_ret_success y && test x = \"\$1\" ); then :
 168
 169 else
 170   exitcode=1; echo positional parameters were not saved.
 171 fi
 172 test x\$exitcode = x0 || exit 1"
 173   as_suggested="  as_lineno_1=";as_suggested=$as_suggested$LINENO;as_suggested=$as_suggested" as_lineno_1a=\$LINENO
 174   as_lineno_2=";as_suggested=$as_suggested$LINENO;as_suggested=$as_suggested" as_lineno_2a=\$LINENO
 175   eval 'test \"x\$as_lineno_1'\$as_run'\" != \"x\$as_lineno_2'\$as_run'\" &&
 176   test \"x\`expr \$as_lineno_1'\$as_run' + 1\`\" = \"x\$as_lineno_2'\$as_run'\"' || exit 1
 177 test \$(( 1 + 1 )) = 2 || exit 1"
 178   if (eval "$as_required") 2>/dev/null; then :
 179   as_have_required=yes
 180 else
 181   as_have_required=no
 182 fi
 183   if test x$as_have_required = xyes && (eval "$as_suggested") 2>/dev/null; then :
 184
 185 else
 186   as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
 187 as_found=false
 188 for as_dir in /bin$PATH_SEPARATOR/usr/bin$PATH_SEPARATOR$PATH
 189 do
 190   IFS=$as_save_IFS
 191   test -z "$as_dir" && as_dir=.
 192   as_found=:
 193   case $as_dir in #(
 194          /*)
 195            for as_base in sh bash ksh sh5; do
 196              # Try only shells that exist, to save several forks.
 197              as_shell=$as_dir/$as_base
 198              if { test -f "$as_shell" || test -f "$as_shell.exe"; } &&
 199                     { $as_echo "$as_bourne_compatible""$as_required" | as_run=a "$as_shell"; } 2>/dev/null; then :
 200   CONFIG_SHELL=$as_shell as_have_required=yes
 201                    if { $as_echo "$as_bourne_compatible""$as_suggested" | as_run=a "$as_shell"; } 2>/dev/null; then :
 202   break 2
 203 fi
 204 fi
 205            done;;
 206        esac
 207   as_found=false
 208 done
 209 $as_found || { if { test -f "$SHELL" || test -f "$SHELL.exe"; } &&
 210               { $as_echo "$as_bourne_compatible""$as_required" | as_run=a "$SHELL"; } 2>/dev/null; then :
 211   CONFIG_SHELL=$SHELL as_have_required=yes
 212 fi; }
 213 IFS=$as_save_IFS
 214
 215
 216       if test "x$CONFIG_SHELL" != x; then :
 217   # We cannot yet assume a decent shell, so we have to provide a
 218         # neutralization value for shells without unset; and this also
 219         # works around shells that cannot unset nonexistent variables.
 220         # Preserve -v and -x to the replacement shell.
 221         BASH_ENV=/dev/null
 222         ENV=/dev/null
 223         (unset BASH_ENV) >/dev/null 2>&1 && unset BASH_ENV ENV
 224         export CONFIG_SHELL
 225         case $- in # ((((
 226           *v*x* | *x*v* ) as_opts=-vx ;;
 227           *v* ) as_opts=-v ;;
 228           *x* ) as_opts=-x ;;
 229           * ) as_opts= ;;
 230         esac
 231         exec "$CONFIG_SHELL" $as_opts "$as_myself" ${1+"$@"}
 232 fi
 233
 234     if test x$as_have_required = xno; then :
 235   $as_echo "$0: This script requires a shell more modern than all"
 236   $as_echo "$0: the shells that I found on your system."
 237   if test x${ZSH_VERSION+set} = xset ; then
 238     $as_echo "$0: In particular, zsh $ZSH_VERSION has bugs and should"
 239     $as_echo "$0: be upgraded to zsh 4.3.4 or later."
 240   else
 241     $as_echo "$0: Please tell bug-autoconf@gnu.org and
 242 $0: rna@tbi.univie.ac.at about your system, including any
 243 $0: error possibly output before this message. Then install
 244 $0: a modern shell, or manually run the script under such a
 245 $0: shell if you do have one."
 246   fi
 247   exit 1
 248 fi
 249 fi
 250 fi
 251 SHELL=${CONFIG_SHELL-/bin/sh}
 252 export SHELL
 253 # Unset more variables known to interfere with behavior of common tools.
 254 CLICOLOR_FORCE= GREP_OPTIONS=
 255 unset CLICOLOR_FORCE GREP_OPTIONS
 256
 257 ## --------------------- ##
 258 ## M4sh Shell Functions. ##
 259 ## --------------------- ##
 260 # as_fn_unset VAR
 261 # ---------------
 262 # Portably unset VAR.
 263 as_fn_unset ()
 264 {
 265   { eval $1=; unset $1;}
 266 }
 267 as_unset=as_fn_unset
 268
 269 # as_fn_set_status STATUS
 270 # -----------------------
 271 # Set $? to STATUS, without forking.
 272 as_fn_set_status ()
 273 {
 274   return $1
 275 } # as_fn_set_status
 276
 277 # as_fn_exit STATUS
 278 # -----------------
 279 # Exit the shell with STATUS, even in a "trap 0" or "set -e" context.
 280 as_fn_exit ()
 281 {
 282   set +e
 283   as_fn_set_status $1
 284   exit $1
 285 } # as_fn_exit
 286
 287 # as_fn_mkdir_p
 288 # -------------
 289 # Create "$as_dir" as a directory, including parents if necessary.
 290 as_fn_mkdir_p ()
 291 {
 292
 293   case $as_dir in #(
 294   -*) as_dir=./$as_dir;;
 295   esac
 296   test -d "$as_dir" || eval $as_mkdir_p || {
 297     as_dirs=
 298     while :; do
 299       case $as_dir in #(
 300       *\'*) as_qdir=`$as_echo "$as_dir" | sed "s/'/'\\\\\\\\''/g"`;; #'(
 301       *) as_qdir=$as_dir;;
 302       esac
 303       as_dirs="'$as_qdir' $as_dirs"
 304       as_dir=`$as_dirname -- "$as_dir" ||
 305 $as_expr X"$as_dir" : 'X\(.*[^/]\)//*[^/][^/]*/*$' \| \
 306          X"$as_dir" : 'X\(//\)[^/]' \| \
 307          X"$as_dir" : 'X\(//\)$' \| \
 308          X"$as_dir" : 'X\(/\)' \| . 2>/dev/null ||
 309 $as_echo X"$as_dir" |
 310     sed '/^X\(.*[^/]\)\/\/*[^/][^/]*\/*$/{
 311             s//\1/
 312             q
 313           }
 314           /^X\(\/\/\)[^/].*/{
 315             s//\1/
 316             q
 317           }
 318           /^X\(\/\/\)$/{
 319             s//\1/
 320             q
 321           }
 322           /^X\(\/\).*/{
 323             s//\1/
 324             q
 325           }
 326           s/.*/./; q'`
 327       test -d "$as_dir" && break
 328     done
 329     test -z "$as_dirs" || eval "mkdir $as_dirs"
 330   } || test -d "$as_dir" || as_fn_error $? "cannot create directory $as_dir"
 331
 332
 333 } # as_fn_mkdir_p
 334 # as_fn_append VAR VALUE
 335 # ----------------------
 336 # Append the text in VALUE to the end of the definition contained in VAR. Take
 337 # advantage of any shell optimizations that allow amortized linear growth over
 338 # repeated appends, instead of the typical quadratic growth present in naive
 339 # implementations.
 340 if (eval "as_var=1; as_var+=2; test x\$as_var = x12") 2>/dev/null; then :
 341   eval 'as_fn_append ()
 342   {
 343     eval $1+=\$2
 344   }'
 345 else
 346   as_fn_append ()
 347   {
 348     eval $1=\$$1\$2
 349   }
 350 fi # as_fn_append
 351
 352 # as_fn_arith ARG...
 353 # ------------------
 354 # Perform arithmetic evaluation on the ARGs, and store the result in the
 355 # global $as_val. Take advantage of shells that can avoid forks. The arguments
 356 # must be portable across $(()) and expr.
 357 if (eval "test \$(( 1 + 1 )) = 2") 2>/dev/null; then :
 358   eval 'as_fn_arith ()
 359   {
 360     as_val=$(( $* ))
 361   }'
 362 else
 363   as_fn_arith ()
 364   {
 365     as_val=`expr "$@" || test $? -eq 1`
 366   }
 367 fi # as_fn_arith
 368
 369
 370 # as_fn_error STATUS ERROR [LINENO LOG_FD]
 371 # ----------------------------------------
 372 # Output "`basename $0`: error: ERROR" to stderr. If LINENO and LOG_FD are
 373 # provided, also output the error to LOG_FD, referencing LINENO. Then exit the
 374 # script with STATUS, using 1 if that was 0.
 375 as_fn_error ()
 376 {
 377   as_status=$1; test $as_status -eq 0 && as_status=1
 378   if test "$4"; then
 379     as_lineno=${as_lineno-"$3"} as_lineno_stack=as_lineno_stack=$as_lineno_stack
 380     $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: error: $2" >&$4
 381   fi
 382   $as_echo "$as_me: error: $2" >&2
 383   as_fn_exit $as_status
 384 } # as_fn_error
 385
 386 if expr a : '\(a\)' >/dev/null 2>&1 &&
 387    test "X`expr 00001 : '.*\(...\)'`" = X001; then
 388   as_expr=expr
 389 else
 390   as_expr=false
 391 fi
 392
 393 if (basename -- /) >/dev/null 2>&1 && test "X`basename -- / 2>&1`" = "X/"; then
 394   as_basename=basename
 395 else
 396   as_basename=false
 397 fi
 398
 399 if (as_dir=`dirname -- /` && test "X$as_dir" = X/) >/dev/null 2>&1; then
 400   as_dirname=dirname
 401 else
 402   as_dirname=false
 403 fi
 404
 405 as_me=`$as_basename -- "$0" ||
 406 $as_expr X/"$0" : '.*/\([^/][^/]*\)/*$' \| \
 407          X"$0" : 'X\(//\)$' \| \
 408          X"$0" : 'X\(/\)' \| . 2>/dev/null ||
 409 $as_echo X/"$0" |
 410     sed '/^.*\/\([^/][^/]*\)\/*$/{
 411             s//\1/
 412             q
 413           }
 414           /^X\/\(\/\/\)$/{
 415             s//\1/
 416             q
 417           }
 418           /^X\/\(\/\).*/{
 419             s//\1/
 420             q
 421           }
 422           s/.*/./; q'`
 423
 424 # Avoid depending upon Character Ranges.
 425 as_cr_letters='abcdefghijklmnopqrstuvwxyz'
 426 as_cr_LETTERS='ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ'
 427 as_cr_Letters=$as_cr_letters$as_cr_LETTERS
 428 as_cr_digits='0123456789'
 429 as_cr_alnum=$as_cr_Letters$as_cr_digits
 430
 431
 432   as_lineno_1=$LINENO as_lineno_1a=$LINENO
 433   as_lineno_2=$LINENO as_lineno_2a=$LINENO
 434   eval 'test "x$as_lineno_1'$as_run'" != "x$as_lineno_2'$as_run'" &&
 435   test "x`expr $as_lineno_1'$as_run' + 1`" = "x$as_lineno_2'$as_run'"' || {
 436   # Blame Lee E. McMahon (1931-1989) for sed's syntax.  :-)
 437   sed -n '
 438     p
 439     /[$]LINENO/=
 440   ' <$as_myself |
 441     sed '
 442       s/[$]LINENO.*/&-/
 443       t lineno
 444       b
 445       :lineno
 446       N
 447       :loop
 448       s/[$]LINENO\([^'$as_cr_alnum'_].*\n\)\(.*\)/\2\1\2/
 449       t loop
 450       s/-\n.*//
 451     ' >$as_me.lineno &&
 452   chmod +x "$as_me.lineno" ||
 453     { $as_echo "$as_me: error: cannot create $as_me.lineno; rerun with a POSIX shell" >&2; as_fn_exit 1; }
 454
 455   # Don't try to exec as it changes $[0], causing all sort of problems
 456   # (the dirname of $[0] is not the place where we might find the
 457   # original and so on.  Autoconf is especially sensitive to this).
 458   . "./$as_me.lineno"
 459   # Exit status is that of the last command.
 460   exit
 461 }
 462
 463 ECHO_C= ECHO_N= ECHO_T=
 464 case `echo -n x` in #(((((
 465 -n*)
 466   case `echo 'xy\c'` in
 467   *c*) ECHO_T=' ';;     # ECHO_T is single tab character.
 468   xy)  ECHO_C='\c';;
 469   *)   echo `echo ksh88 bug on AIX 6.1` > /dev/null
 470        ECHO_T=' ';;
 471   esac;;
 472 *)
 473   ECHO_N='-n';;
 474 esac
 475
 476 rm -f conf$$ conf$$.exe conf$$.file
 477 if test -d conf$$.dir; then
 478   rm -f conf$$.dir/conf$$.file
 479 else
 480   rm -f conf$$.dir
 481   mkdir conf$$.dir 2>/dev/null
 482 fi
 483 if (echo >conf$$.file) 2>/dev/null; then
 484   if ln -s conf$$.file conf$$ 2>/dev/null; then
 485     as_ln_s='ln -s'
 486     # ... but there are two gotchas:
 487     # 1) On MSYS, both `ln -s file dir' and `ln file dir' fail.
 488     # 2) DJGPP < 2.04 has no symlinks; `ln -s' creates a wrapper executable.
 489     # In both cases, we have to default to `cp -p'.
 490     ln -s conf$$.file conf$$.dir 2>/dev/null && test ! -f conf$$.exe ||
 491       as_ln_s='cp -p'
 492   elif ln conf$$.file conf$$ 2>/dev/null; then
 493     as_ln_s=ln
 494   else
 495     as_ln_s='cp -p'
 496   fi
 497 else
 498   as_ln_s='cp -p'
 499 fi
 500 rm -f conf$$ conf$$.exe conf$$.dir/conf$$.file conf$$.file
 501 rmdir conf$$.dir 2>/dev/null
 502
 503 if mkdir -p . 2>/dev/null; then
 504   as_mkdir_p='mkdir -p "$as_dir"'
 505 else
 506   test -d ./-p && rmdir ./-p
 507   as_mkdir_p=false
 508 fi
 509
 510 if test -x / >/dev/null 2>&1; then
 511   as_test_x='test -x'
 512 else
 513   if ls -dL / >/dev/null 2>&1; then
 514     as_ls_L_option=L
 515   else
 516     as_ls_L_option=
 517   fi
 518   as_test_x='
 519     eval sh -c '\''
 520       if test -d "$1"; then
 521         test -d "$1/.";
 522       else
 523         case $1 in #(
 524         -*)set "./$1";;
 525         esac;
 526         case `ls -ld'$as_ls_L_option' "$1" 2>/dev/null` in #((
 527         ???[sx]*):;;*)false;;esac;fi
 528     '\'' sh
 529   '
 530 fi
 531 as_executable_p=$as_test_x
 532
 533 # Sed expression to map a string onto a valid CPP name.
 534 as_tr_cpp="eval sed 'y%*$as_cr_letters%P$as_cr_LETTERS%;s%[^_$as_cr_alnum]%_%g'"
 535
 536 # Sed expression to map a string onto a valid variable name.
 537 as_tr_sh="eval sed 'y%*+%pp%;s%[^_$as_cr_alnum]%_%g'"
 538
 539
 540 test -n "$DJDIR" || exec 7<&0 </dev/null
 541 exec 6>&1
 542
 543 # Name of the host.
 544 # hostname on some systems (SVR3.2, old GNU/Linux) returns a bogus exit status,
 545 # so uname gets run too.
 546 ac_hostname=`(hostname || uname -n) 2>/dev/null | sed 1q`
 547
 548 #
 549 # Initializations.
 550 #
 551 ac_default_prefix=/usr/local
 552 ac_clean_files=
 553 ac_config_libobj_dir=.
 554 LIBOBJS=
 555 cross_compiling=no
 556 subdirs=
 557 MFLAGS=
 558 MAKEFLAGS=
 559
 560 # Identity of this package.
 561 PACKAGE_NAME='ViennaRNA'
 562 PACKAGE_TARNAME='ViennaRNA'
 563 PACKAGE_VERSION='2.1.2'
 564 PACKAGE_STRING='ViennaRNA 2.1.2'
 565 PACKAGE_BUGREPORT='rna@tbi.univie.ac.at'
 566 PACKAGE_URL='http://www.tbi.univie.ac.a/~ivo/RNA'
 567
 568 # Factoring default headers for most tests.
 569 ac_includes_default="\
 570 #include <stdio.h>
 571 #ifdef HAVE_SYS_TYPES_H
 572 # include <sys/types.h>
 573 #endif
 574 #ifdef HAVE_SYS_STAT_H
 575 # include <sys/stat.h>
 576 #endif
 577 #ifdef STDC_HEADERS
 578 # include <stdlib.h>
 579 # include <stddef.h>
 580 #else
 581 # ifdef HAVE_STDLIB_H
 582 #  include <stdlib.h>
 583 # endif
 584 #endif
 585 #ifdef HAVE_STRING_H
 586 # if !defined STDC_HEADERS && defined HAVE_MEMORY_H
 587 #  include <memory.h>
 588 # endif
 589 # include <string.h>
 590 #endif
 591 #ifdef HAVE_STRINGS_H
 592 # include <strings.h>
 593 #endif
 594 #ifdef HAVE_INTTYPES_H
 595 # include <inttypes.h>
 596 #endif
 597 #ifdef HAVE_STDINT_H
 598 # include <stdint.h>
 599 #endif
 600 #ifdef HAVE_UNISTD_H
 601 # include <unistd.h>
 602 #endif"
 603
 604 enable_option_checking=no
 605 ac_subst_vars='am__EXEEXT_FALSE
 606 am__EXEEXT_TRUE
 607 LTLIBOBJS
 608 WITH_REFERENCE_MANUAL_HTML_FALSE
 609 WITH_REFERENCE_MANUAL_HTML_TRUE
 610 WITH_REFERENCE_MANUAL_PDF_FALSE
 611 WITH_REFERENCE_MANUAL_PDF_TRUE
 612 WITH_REFERENCE_MANUAL_BUILD_FALSE
 613 WITH_REFERENCE_MANUAL_BUILD_TRUE
 614 WITH_REFERENCE_MANUAL_FALSE
 615 WITH_REFERENCE_MANUAL_TRUE
 616 REFERENCE_MANUAL_TAGFILE
 617 REFERENCE_MANUAL_PDF_NAME
 618 DOXYGEN_GENERATE_LATEX
 619 DOXYGEN_GENERATE_HTML
 620 DOXYGEN_WITH_PDFLATEX
 621 DOXYGEN_HAVE_DOT
 622 DOXYGEN_CMD_MAKEINDEX
 623 DOXYGEN_CMD_LATEX
 624 DOXYGEN_CONF
 625 DOXYGEN_DOCDIR
 626 DOXYGEN_SRCDIR
 627 DOXYGEN_PROJECT_NAME
 628 perl
 629 egrep
 630 dot
 631 makeindex
 632 latex
 633 pdflatex
 634 doxygen
 635 WITH_LIBSVM_FALSE
 636 WITH_LIBSVM_TRUE
 637 MAKE_CLUSTER_FALSE
 638 MAKE_CLUSTER_TRUE
 639 MAKE_FORESTER_FALSE
 640 MAKE_FORESTER_TRUE
 641 MAKE_KINFOLD_FALSE
 642 MAKE_KINFOLD_TRUE
 643 WITH_LARGE_PF_FALSE
 644 WITH_LARGE_PF_TRUE
 645 CXXLD
 646 LIBSVM_DIR
 647 CLUSTER_DIR
 648 subdirs
 649 PYTHON_INTERFACE
 650 PythonCmd
 651 PERL_INTERFACE
 652 PerlCmd
 653 POW_LIB
 654 LIBOBJS
 655 EGREP
 656 OPENMP_CFLAGS
 657 GREP
 658 RANLIB
 659 FPIC
 660 CPP
 661 am__fastdepCC_FALSE
 662 am__fastdepCC_TRUE
 663 CCDEPMODE
 664 ac_ct_CC
 665 CFLAGS
 666 CC
 667 CXXCPP
 668 am__fastdepCXX_FALSE
 669 am__fastdepCXX_TRUE
 670 CXXDEPMODE
 671 am__nodep
 672 AMDEPBACKSLASH
 673 AMDEP_FALSE
 674 AMDEP_TRUE
 675 am__quote
 676 am__include
 677 DEPDIR
 678 OBJEXT
 679 EXEEXT
 680 ac_ct_CXX
 681 CPPFLAGS
 682 LDFLAGS
 683 CXXFLAGS
 684 CXX
 685 host_os
 686 host_vendor
 687 host_cpu
 688 host
 689 build_os
 690 build_vendor
 691 build_cpu
 692 build
 693 ISODATE
 694 PERLPREFIX
 695 am__untar
 696 am__tar
 697 AMTAR
 698 am__leading_dot
 699 SET_MAKE
 700 AWK
 701 mkdir_p
 702 MKDIR_P
 703 INSTALL_STRIP_PROGRAM
 704 STRIP
 705 install_sh
 706 MAKEINFO
 707 AUTOHEADER
 708 AUTOMAKE
 709 AUTOCONF
 710 ACLOCAL
 711 PACKAGE
 712 CYGPATH_W
 713 am__isrc
 714 INSTALL_DATA
 715 INSTALL_SCRIPT
 716 INSTALL_PROGRAM
 717 AM_BACKSLASH
 718 AM_DEFAULT_VERBOSITY
 719 AM_DEFAULT_V
 720 AM_V
 721 VERSION
 722 target_alias
 723 host_alias
 724 build_alias
 725 LIBS
 726 ECHO_T
 727 ECHO_N
 728 ECHO_C
 729 DEFS
 730 mandir
 731 localedir
 732 libdir
 733 psdir
 734 pdfdir
 735 dvidir
 736 htmldir
 737 infodir
 738 docdir
 739 oldincludedir
 740 includedir
 741 localstatedir
 742 sharedstatedir
 743 sysconfdir
 744 datadir
 745 datarootdir
 746 libexecdir
 747 sbindir
 748 bindir
 749 program_transform_name
 750 prefix
 751 exec_prefix
 752 PACKAGE_URL
 753 PACKAGE_BUGREPORT
 754 PACKAGE_STRING
 755 PACKAGE_VERSION
 756 PACKAGE_TARNAME
 757 PACKAGE_NAME
 758 PATH_SEPARATOR
 759 SHELL'
 760 ac_subst_files=''
 761 ac_user_opts='
 762 enable_option_checking
 763 enable_silent_rules
 764 with_dmalloc
 765 enable_dependency_tracking
 766 enable_openmp
 767 with_perl
 768 with_python
 769 with_ruby
 770 with_kinfold
 771 with_forester
 772 with_cluster
 773 with_svm
 774 with_doc_pdf
 775 with_doc_html
 776 with_doc
 777 '
 778       ac_precious_vars='build_alias
 779 host_alias
 780 target_alias
 781 PERLPREFIX
 782 CXX
 783 CXXFLAGS
 784 LDFLAGS
 785 LIBS
 786 CPPFLAGS
 787 CCC
 788 CXXCPP
 789 CC
 790 CFLAGS
 791 CPP
 792 FPIC'
 793 ac_subdirs_all='Kinfold
 794 RNAforester'
 795
 796 # Initialize some variables set by options.
 797 ac_init_help=
 798 ac_init_version=false
 799 ac_unrecognized_opts=
 800 ac_unrecognized_sep=
 801 # The variables have the same names as the options, with
 802 # dashes changed to underlines.
 803 cache_file=/dev/null
 804 exec_prefix=NONE
 805 no_create=
 806 no_recursion=
 807 prefix=NONE
 808 program_prefix=NONE
 809 program_suffix=NONE
 810 program_transform_name=s,x,x,
 811 silent=
 812 site=
 813 srcdir=
 814 verbose=
 815 x_includes=NONE
 816 x_libraries=NONE
 817
 818 # Installation directory options.
 819 # These are left unexpanded so users can "make install exec_prefix=/foo"
 820 # and all the variables that are supposed to be based on exec_prefix
 821 # by default will actually change.
 822 # Use braces instead of parens because sh, perl, etc. also accept them.
 823 # (The list follows the same order as the GNU Coding Standards.)
 824 bindir='${exec_prefix}/bin'
 825 sbindir='${exec_prefix}/sbin'
 826 libexecdir='${exec_prefix}/libexec'
 827 datarootdir='${prefix}/share'
 828 datadir='${datarootdir}'
 829 sysconfdir='${prefix}/etc'
 830 sharedstatedir='${prefix}/com'
 831 localstatedir='${prefix}/var'
 832 includedir='${prefix}/include'
 833 oldincludedir='/usr/include'
 834 docdir='${datarootdir}/doc/${PACKAGE_TARNAME}'
 835 infodir='${datarootdir}/info'
 836 htmldir='${docdir}'
 837 dvidir='${docdir}'
 838 pdfdir='${docdir}'
 839 psdir='${docdir}'
 840 libdir='${exec_prefix}/lib'
 841 localedir='${datarootdir}/locale'
 842 mandir='${datarootdir}/man'
 843
 844 ac_prev=
 845 ac_dashdash=
 846 for ac_option
 847 do
 848   # If the previous option needs an argument, assign it.
 849   if test -n "$ac_prev"; then
 850     eval $ac_prev=\$ac_option
 851     ac_prev=
 852     continue
 853   fi
 854
 855   case $ac_option in
 856   *=?*) ac_optarg=`expr "X$ac_option" : '[^=]*=\(.*\)'` ;;
 857   *=)   ac_optarg= ;;
 858   *)    ac_optarg=yes ;;
 859   esac
 860
 861   # Accept the important Cygnus configure options, so we can diagnose typos.
 862
 863   case $ac_dashdash$ac_option in
 864   --)
 865     ac_dashdash=yes ;;
 866
 867   -bindir | --bindir | --bindi | --bind | --bin | --bi)
 868     ac_prev=bindir ;;
 869   -bindir=* | --bindir=* | --bindi=* | --bind=* | --bin=* | --bi=*)
 870     bindir=$ac_optarg ;;
 871
 872   -build | --build | --buil | --bui | --bu)
 873     ac_prev=build_alias ;;
 874   -build=* | --build=* | --buil=* | --bui=* | --bu=*)
 875     build_alias=$ac_optarg ;;
 876
 877   -cache-file | --cache-file | --cache-fil | --cache-fi \
 878   | --cache-f | --cache- | --cache | --cach | --cac | --ca | --c)
 879     ac_prev=cache_file ;;
 880   -cache-file=* | --cache-file=* | --cache-fil=* | --cache-fi=* \
 881   | --cache-f=* | --cache-=* | --cache=* | --cach=* | --cac=* | --ca=* | --c=*)
 882     cache_file=$ac_optarg ;;
 883
 884   --config-cache | -C)
 885     cache_file=config.cache ;;
 886
 887   -datadir | --datadir | --datadi | --datad)
 888     ac_prev=datadir ;;
 889   -datadir=* | --datadir=* | --datadi=* | --datad=*)
 890     datadir=$ac_optarg ;;
 891
 892   -datarootdir | --datarootdir | --datarootdi | --datarootd | --dataroot \
 893   | --dataroo | --dataro | --datar)
 894     ac_prev=datarootdir ;;
 895   -datarootdir=* | --datarootdir=* | --datarootdi=* | --datarootd=* \
 896   | --dataroot=* | --dataroo=* | --dataro=* | --datar=*)
 897     datarootdir=$ac_optarg ;;
 898
 899   -disable-* | --disable-*)
 900     ac_useropt=`expr "x$ac_option" : 'x-*disable-\(.*\)'`
 901     # Reject names that are not valid shell variable names.
 902     expr "x$ac_useropt" : ".*[^-+._$as_cr_alnum]" >/dev/null &&
 903       as_fn_error $? "invalid feature name: $ac_useropt"
 904     ac_useropt_orig=$ac_useropt
 905     ac_useropt=`$as_echo "$ac_useropt" | sed 's/[-+.]/_/g'`
 906     case $ac_user_opts in
 907       *"
 908 "enable_$ac_useropt"
 909 "*) ;;
 910       *) ac_unrecognized_opts="$ac_unrecognized_opts$ac_unrecognized_sep--disable-$ac_useropt_orig"
 911          ac_unrecognized_sep=', ';;
 912     esac
 913     eval enable_$ac_useropt=no ;;
 914
 915   -docdir | --docdir | --docdi | --doc | --do)
 916     ac_prev=docdir ;;
 917   -docdir=* | --docdir=* | --docdi=* | --doc=* | --do=*)
 918     docdir=$ac_optarg ;;
 919
 920   -dvidir | --dvidir | --dvidi | --dvid | --dvi | --dv)
 921     ac_prev=dvidir ;;
 922   -dvidir=* | --dvidir=* | --dvidi=* | --dvid=* | --dvi=* | --dv=*)
 923     dvidir=$ac_optarg ;;
 924
 925   -enable-* | --enable-*)
 926     ac_useropt=`expr "x$ac_option" : 'x-*enable-\([^=]*\)'`
 927     # Reject names that are not valid shell variable names.
 928     expr "x$ac_useropt" : ".*[^-+._$as_cr_alnum]" >/dev/null &&
 929       as_fn_error $? "invalid feature name: $ac_useropt"
 930     ac_useropt_orig=$ac_useropt
 931     ac_useropt=`$as_echo "$ac_useropt" | sed 's/[-+.]/_/g'`
 932     case $ac_user_opts in
 933       *"
 934 "enable_$ac_useropt"
 935 "*) ;;
 936       *) ac_unrecognized_opts="$ac_unrecognized_opts$ac_unrecognized_sep--enable-$ac_useropt_orig"
 937          ac_unrecognized_sep=', ';;
 938     esac
 939     eval enable_$ac_useropt=\$ac_optarg ;;
 940
 941   -exec-prefix | --exec_prefix | --exec-prefix | --exec-prefi \
 942   | --exec-pref | --exec-pre | --exec-pr | --exec-p | --exec- \
 943   | --exec | --exe | --ex)
 944     ac_prev=exec_prefix ;;
 945   -exec-prefix=* | --exec_prefix=* | --exec-prefix=* | --exec-prefi=* \
 946   | --exec-pref=* | --exec-pre=* | --exec-pr=* | --exec-p=* | --exec-=* \
 947   | --exec=* | --exe=* | --ex=*)
 948     exec_prefix=$ac_optarg ;;
 949
 950   -gas | --gas | --ga | --g)
 951     # Obsolete; use --with-gas.
 952     with_gas=yes ;;
 953
 954   -help | --help | --hel | --he | -h)
 955     ac_init_help=long ;;
 956   -help=r* | --help=r* | --hel=r* | --he=r* | -hr*)
 957     ac_init_help=recursive ;;
 958   -help=s* | --help=s* | --hel=s* | --he=s* | -hs*)
 959     ac_init_help=short ;;
 960
 961   -host | --host | --hos | --ho)
 962     ac_prev=host_alias ;;
 963   -host=* | --host=* | --hos=* | --ho=*)
 964     host_alias=$ac_optarg ;;
 965
 966   -htmldir | --htmldir | --htmldi | --htmld | --html | --htm | --ht)
 967     ac_prev=htmldir ;;
 968   -htmldir=* | --htmldir=* | --htmldi=* | --htmld=* | --html=* | --htm=* \
 969   | --ht=*)
 970     htmldir=$ac_optarg ;;
 971
 972   -includedir | --includedir | --includedi | --included | --include \
 973   | --includ | --inclu | --incl | --inc)
 974     ac_prev=includedir ;;
 975   -includedir=* | --includedir=* | --includedi=* | --included=* | --include=* \
 976   | --includ=* | --inclu=* | --incl=* | --inc=*)
 977     includedir=$ac_optarg ;;
 978
 979   -infodir | --infodir | --infodi | --infod | --info | --inf)
 980     ac_prev=infodir ;;
 981   -infodir=* | --infodir=* | --infodi=* | --infod=* | --info=* | --inf=*)
 982     infodir=$ac_optarg ;;
 983
 984   -libdir | --libdir | --libdi | --libd)
 985     ac_prev=libdir ;;
 986   -libdir=* | --libdir=* | --libdi=* | --libd=*)
 987     libdir=$ac_optarg ;;
 988
 989   -libexecdir | --libexecdir | --libexecdi | --libexecd | --libexec \
 990   | --libexe | --libex | --libe)
 991     ac_prev=libexecdir ;;
 992   -libexecdir=* | --libexecdir=* | --libexecdi=* | --libexecd=* | --libexec=* \
 993   | --libexe=* | --libex=* | --libe=*)
 994     libexecdir=$ac_optarg ;;
 995
 996   -localedir | --localedir | --localedi | --localed | --locale)
 997     ac_prev=localedir ;;
 998   -localedir=* | --localedir=* | --localedi=* | --localed=* | --locale=*)
 999     localedir=$ac_optarg ;;
1000
1001   -localstatedir | --localstatedir | --localstatedi | --localstated \
1002   | --localstate | --localstat | --localsta | --localst | --locals)
1003     ac_prev=localstatedir ;;
1004   -localstatedir=* | --localstatedir=* | --localstatedi=* | --localstated=* \
1005   | --localstate=* | --localstat=* | --localsta=* | --localst=* | --locals=*)
1006     localstatedir=$ac_optarg ;;
1007
1008   -mandir | --mandir | --mandi | --mand | --man | --ma | --m)
1009     ac_prev=mandir ;;
1010   -mandir=* | --mandir=* | --mandi=* | --mand=* | --man=* | --ma=* | --m=*)
1011     mandir=$ac_optarg ;;
1012
1013   -nfp | --nfp | --nf)
1014     # Obsolete; use --without-fp.
1015     with_fp=no ;;
1016
1017   -no-create | --no-create | --no-creat | --no-crea | --no-cre \
1018   | --no-cr | --no-c | -n)
1019     no_create=yes ;;
1020
1021   -no-recursion | --no-recursion | --no-recursio | --no-recursi \
1022   | --no-recurs | --no-recur | --no-recu | --no-rec | --no-re | --no-r)
1023     no_recursion=yes ;;
1024
1025   -oldincludedir | --oldincludedir | --oldincludedi | --oldincluded \
1026   | --oldinclude | --oldinclud | --oldinclu | --oldincl | --oldinc \
1027   | --oldin | --oldi | --old | --ol | --o)
1028     ac_prev=oldincludedir ;;
1029   -oldincludedir=* | --oldincludedir=* | --oldincludedi=* | --oldincluded=* \
1030   | --oldinclude=* | --oldinclud=* | --oldinclu=* | --oldincl=* | --oldinc=* \
1031   | --oldin=* | --oldi=* | --old=* | --ol=* | --o=*)
1032     oldincludedir=$ac_optarg ;;
1033
1034   -prefix | --prefix | --prefi | --pref | --pre | --pr | --p)
1035     ac_prev=prefix ;;
1036   -prefix=* | --prefix=* | --prefi=* | --pref=* | --pre=* | --pr=* | --p=*)
1037     prefix=$ac_optarg ;;
1038
1039   -program-prefix | --program-prefix | --program-prefi | --program-pref \
1040   | --program-pre | --program-pr | --program-p)
1041     ac_prev=program_prefix ;;
1042   -program-prefix=* | --program-prefix=* | --program-prefi=* \
1043   | --program-pref=* | --program-pre=* | --program-pr=* | --program-p=*)
1044     program_prefix=$ac_optarg ;;
1045
1046   -program-suffix | --program-suffix | --program-suffi | --program-suff \
1047   | --program-suf | --program-su | --program-s)
1048     ac_prev=program_suffix ;;
1049   -program-suffix=* | --program-suffix=* | --program-suffi=* \
1050   | --program-suff=* | --program-suf=* | --program-su=* | --program-s=*)
1051     program_suffix=$ac_optarg ;;
1052
1053   -program-transform-name | --program-transform-name \
1054   | --program-transform-nam | --program-transform-na \
1055   | --program-transform-n | --program-transform- \
1056   | --program-transform | --program-transfor \
1057   | --program-transfo | --program-transf \
1058   | --program-trans | --program-tran \
1059   | --progr-tra | --program-tr | --program-t)
1060     ac_prev=program_transform_name ;;
1061   -program-transform-name=* | --program-transform-name=* \
1062   | --program-transform-nam=* | --program-transform-na=* \
1063   | --program-transform-n=* | --program-transform-=* \
1064   | --program-transform=* | --program-transfor=* \
1065   | --program-transfo=* | --program-transf=* \
1066   | --program-trans=* | --program-tran=* \
1067   | --progr-tra=* | --program-tr=* | --program-t=*)
1068     program_transform_name=$ac_optarg ;;
1069
1070   -pdfdir | --pdfdir | --pdfdi | --pdfd | --pdf | --pd)
1071     ac_prev=pdfdir ;;
1072   -pdfdir=* | --pdfdir=* | --pdfdi=* | --pdfd=* | --pdf=* | --pd=*)
1073     pdfdir=$ac_optarg ;;
1074
1075   -psdir | --psdir | --psdi | --psd | --ps)
1076     ac_prev=psdir ;;
1077   -psdir=* | --psdir=* | --psdi=* | --psd=* | --ps=*)
1078     psdir=$ac_optarg ;;
1079
1080   -q | -quiet | --quiet | --quie | --qui | --qu | --q \
1081   | -silent | --silent | --silen | --sile | --sil)
1082     silent=yes ;;
1083
1084   -sbindir | --sbindir | --sbindi | --sbind | --sbin | --sbi | --sb)
1085     ac_prev=sbindir ;;
1086   -sbindir=* | --sbindir=* | --sbindi=* | --sbind=* | --sbin=* \
1087   | --sbi=* | --sb=*)
1088     sbindir=$ac_optarg ;;
1089
1090   -sharedstatedir | --sharedstatedir | --sharedstatedi \
1091   | --sharedstated | --sharedstate | --sharedstat | --sharedsta \
1092   | --sharedst | --shareds | --shared | --share | --shar \
1093   | --sha | --sh)
1094     ac_prev=sharedstatedir ;;
1095   -sharedstatedir=* | --sharedstatedir=* | --sharedstatedi=* \
1096   | --sharedstated=* | --sharedstate=* | --sharedstat=* | --sharedsta=* \
1097   | --sharedst=* | --shareds=* | --shared=* | --share=* | --shar=* \
1098   | --sha=* | --sh=*)
1099     sharedstatedir=$ac_optarg ;;
1100
1101   -site | --site | --sit)
1102     ac_prev=site ;;
1103   -site=* | --site=* | --sit=*)
1104     site=$ac_optarg ;;
1105
1106   -srcdir | --srcdir | --srcdi | --srcd | --src | --sr)
1107     ac_prev=srcdir ;;
1108   -srcdir=* | --srcdir=* | --srcdi=* | --srcd=* | --src=* | --sr=*)
1109     srcdir=$ac_optarg ;;
1110
1111   -sysconfdir | --sysconfdir | --sysconfdi | --sysconfd | --sysconf \
1112   | --syscon | --sysco | --sysc | --sys | --sy)
1113     ac_prev=sysconfdir ;;
1114   -sysconfdir=* | --sysconfdir=* | --sysconfdi=* | --sysconfd=* | --sysconf=* \
1115   | --syscon=* | --sysco=* | --sysc=* | --sys=* | --sy=*)
1116     sysconfdir=$ac_optarg ;;
1117
1118   -target | --target | --targe | --targ | --tar | --ta | --t)
1119     ac_prev=target_alias ;;
1120   -target=* | --target=* | --targe=* | --targ=* | --tar=* | --ta=* | --t=*)
1121     target_alias=$ac_optarg ;;
1122
1123   -v | -verbose | --verbose | --verbos | --verbo | --verb)
1124     verbose=yes ;;
1125
1126   -version | --version | --versio | --versi | --vers | -V)
1127     ac_init_version=: ;;
1128
1129   -with-* | --with-*)
1130     ac_useropt=`expr "x$ac_option" : 'x-*with-\([^=]*\)'`
1131     # Reject names that are not valid shell variable names.
1132     expr "x$ac_useropt" : ".*[^-+._$as_cr_alnum]" >/dev/null &&
1133       as_fn_error $? "invalid package name: $ac_useropt"
1134     ac_useropt_orig=$ac_useropt
1135     ac_useropt=`$as_echo "$ac_useropt" | sed 's/[-+.]/_/g'`
1136     case $ac_user_opts in
1137       *"
1138 "with_$ac_useropt"
1139 "*) ;;
1140       *) ac_unrecognized_opts="$ac_unrecognized_opts$ac_unrecognized_sep--with-$ac_useropt_orig"
1141          ac_unrecognized_sep=', ';;
1142     esac
1143     eval with_$ac_useropt=\$ac_optarg ;;
1144
1145   -without-* | --without-*)
1146     ac_useropt=`expr "x$ac_option" : 'x-*without-\(.*\)'`
1147     # Reject names that are not valid shell variable names.
1148     expr "x$ac_useropt" : ".*[^-+._$as_cr_alnum]" >/dev/null &&
1149       as_fn_error $? "invalid package name: $ac_useropt"
1150     ac_useropt_orig=$ac_useropt
1151     ac_useropt=`$as_echo "$ac_useropt" | sed 's/[-+.]/_/g'`
1152     case $ac_user_opts in
1153       *"
1154 "with_$ac_useropt"
1155 "*) ;;
1156       *) ac_unrecognized_opts="$ac_unrecognized_opts$ac_unrecognized_sep--without-$ac_useropt_orig"
1157          ac_unrecognized_sep=', ';;
1158     esac
1159     eval with_$ac_useropt=no ;;
1160
1161   --x)
1162     # Obsolete; use --with-x.
1163     with_x=yes ;;
1164
1165   -x-includes | --x-includes | --x-include | --x-includ | --x-inclu \
1166   | --x-incl | --x-inc | --x-in | --x-i)
1167     ac_prev=x_includes ;;
1168   -x-includes=* | --x-includes=* | --x-include=* | --x-includ=* | --x-inclu=* \
1169   | --x-incl=* | --x-inc=* | --x-in=* | --x-i=*)
1170     x_includes=$ac_optarg ;;
1171
1172   -x-libraries | --x-libraries | --x-librarie | --x-librari \
1173   | --x-librar | --x-libra | --x-libr | --x-lib | --x-li | --x-l)
1174     ac_prev=x_libraries ;;
1175   -x-libraries=* | --x-libraries=* | --x-librarie=* | --x-librari=* \
1176   | --x-librar=* | --x-libra=* | --x-libr=* | --x-lib=* | --x-li=* | --x-l=*)
1177     x_libraries=$ac_optarg ;;
1178
1179   -*) as_fn_error $? "unrecognized option: \`$ac_option'
1180 Try \`$0 --help' for more information"
1181     ;;
1182
1183   *=*)
1184     ac_envvar=`expr "x$ac_option" : 'x\([^=]*\)='`
1185     # Reject names that are not valid shell variable names.
1186     case $ac_envvar in #(
1187       '' | [0-9]* | *[!_$as_cr_alnum]* )
1188       as_fn_error $? "invalid variable name: \`$ac_envvar'" ;;
1189     esac
1190     eval $ac_envvar=\$ac_optarg
1191     export $ac_envvar ;;
1192
1193   *)
1194     # FIXME: should be removed in autoconf 3.0.
1195     $as_echo "$as_me: WARNING: you should use --build, --host, --target" >&2
1196     expr "x$ac_option" : ".*[^-._$as_cr_alnum]" >/dev/null &&
1197       $as_echo "$as_me: WARNING: invalid host type: $ac_option" >&2
1198     : "${build_alias=$ac_option} ${host_alias=$ac_option} ${target_alias=$ac_option}"
1199     ;;
1200
1201   esac
1202 done
1203
1204 if test -n "$ac_prev"; then
1205   ac_option=--`echo $ac_prev | sed 's/_/-/g'`
1206   as_fn_error $? "missing argument to $ac_option"
1207 fi
1208
1209 if test -n "$ac_unrecognized_opts"; then
1210   case $enable_option_checking in
1211     no) ;;
1212     fatal) as_fn_error $? "unrecognized options: $ac_unrecognized_opts" ;;
1213     *)     $as_echo "$as_me: WARNING: unrecognized options: $ac_unrecognized_opts" >&2 ;;
1214   esac
1215 fi
1216
1217 # Check all directory arguments for consistency.
1218 for ac_var in   exec_prefix prefix bindir sbindir libexecdir datarootdir \
1219                 datadir sysconfdir sharedstatedir localstatedir includedir \
1220                 oldincludedir docdir infodir htmldir dvidir pdfdir psdir \
1221                 libdir localedir mandir
1222 do
1223   eval ac_val=\$$ac_var
1224   # Remove trailing slashes.
1225   case $ac_val in
1226     */ )
1227       ac_val=`expr "X$ac_val" : 'X\(.*[^/]\)' \| "X$ac_val" : 'X\(.*\)'`
1228       eval $ac_var=\$ac_val;;
1229   esac
1230   # Be sure to have absolute directory names.
1231   case $ac_val in
1232     [\\/$]* | ?:[\\/]* )  continue;;
1233     NONE | '' ) case $ac_var in *prefix ) continue;; esac;;
1234   esac
1235   as_fn_error $? "expected an absolute directory name for --$ac_var: $ac_val"
1236 done
1237
1238 # There might be people who depend on the old broken behavior: `$host'
1239 # used to hold the argument of --host etc.
1240 # FIXME: To remove some day.
1241 build=$build_alias
1242 host=$host_alias
1243 target=$target_alias
1244
1245 # FIXME: To remove some day.
1246 if test "x$host_alias" != x; then
1247   if test "x$build_alias" = x; then
1248     cross_compiling=maybe
1249     $as_echo "$as_me: WARNING: if you wanted to set the --build type, don't use --host.
1250     If a cross compiler is detected then cross compile mode will be used" >&2
1251   elif test "x$build_alias" != "x$host_alias"; then
1252     cross_compiling=yes
1253   fi
1254 fi
1255
1256 ac_tool_prefix=
1257 test -n "$host_alias" && ac_tool_prefix=$host_alias-
1258
1259 test "$silent" = yes && exec 6>/dev/null
1260
1261
1262 ac_pwd=`pwd` && test -n "$ac_pwd" &&
1263 ac_ls_di=`ls -di .` &&
1264 ac_pwd_ls_di=`cd "$ac_pwd" && ls -di .` ||
1265   as_fn_error $? "working directory cannot be determined"
1266 test "X$ac_ls_di" = "X$ac_pwd_ls_di" ||
1267   as_fn_error $? "pwd does not report name of working directory"
1268
1269
1270 # Find the source files, if location was not specified.
1271 if test -z "$srcdir"; then
1272   ac_srcdir_defaulted=yes
1273   # Try the directory containing this script, then the parent directory.
1274   ac_confdir=`$as_dirname -- "$as_myself" ||
1275 $as_expr X"$as_myself" : 'X\(.*[^/]\)//*[^/][^/]*/*$' \| \
1276          X"$as_myself" : 'X\(//\)[^/]' \| \
1277          X"$as_myself" : 'X\(//\)$' \| \
1278          X"$as_myself" : 'X\(/\)' \| . 2>/dev/null ||
1279 $as_echo X"$as_myself" |
1280     sed '/^X\(.*[^/]\)\/\/*[^/][^/]*\/*$/{
1281             s//\1/
1282             q
1283           }
1284           /^X\(\/\/\)[^/].*/{
1285             s//\1/
1286             q
1287           }
1288           /^X\(\/\/\)$/{
1289             s//\1/
1290             q
1291           }
1292           /^X\(\/\).*/{
1293             s//\1/
1294             q
1295           }
1296           s/.*/./; q'`
1297   srcdir=$ac_confdir
1298   if test ! -r "$srcdir/$ac_unique_file"; then
1299     srcdir=..
1300   fi
1301 else
1302   ac_srcdir_defaulted=no
1303 fi
1304 if test ! -r "$srcdir/$ac_unique_file"; then
1305   test "$ac_srcdir_defaulted" = yes && srcdir="$ac_confdir or .."
1306   as_fn_error $? "cannot find sources ($ac_unique_file) in $srcdir"
1307 fi
1308 ac_msg="sources are in $srcdir, but \`cd $srcdir' does not work"
1309 ac_abs_confdir=`(
1310         cd "$srcdir" && test -r "./$ac_unique_file" || as_fn_error $? "$ac_msg"
1311         pwd)`
1312 # When building in place, set srcdir=.
1313 if test "$ac_abs_confdir" = "$ac_pwd"; then
1314   srcdir=.
1315 fi
1316 # Remove unnecessary trailing slashes from srcdir.
1317 # Double slashes in file names in object file debugging info
1318 # mess up M-x gdb in Emacs.
1319 case $srcdir in
1320 */) srcdir=`expr "X$srcdir" : 'X\(.*[^/]\)' \| "X$srcdir" : 'X\(.*\)'`;;
1321 esac
1322 for ac_var in $ac_precious_vars; do
1323   eval ac_env_${ac_var}_set=\${${ac_var}+set}
1324   eval ac_env_${ac_var}_value=\$${ac_var}
1325   eval ac_cv_env_${ac_var}_set=\${${ac_var}+set}
1326   eval ac_cv_env_${ac_var}_value=\$${ac_var}
1327 done
1328
1329 #
1330 # Report the --help message.
1331 #
1332 if test "$ac_init_help" = "long"; then
1333   # Omit some internal or obsolete options to make the list less imposing.
1334   # This message is too long to be a string in the A/UX 3.1 sh.
1335   cat <<_ACEOF
1336 \`configure' configures ViennaRNA 2.1.2 to adapt to many kinds of systems.
1337
1338 Usage: $0 [OPTION]... [VAR=VALUE]...
1339
1340 To assign environment variables (e.g., CC, CFLAGS...), specify them as
1341 VAR=VALUE.  See below for descriptions of some of the useful variables.
1342
1343 Defaults for the options are specified in brackets.
1344
1345 Configuration:
1346   -h, --help              display this help and exit
1347       --help=short        display options specific to this package
1348       --help=recursive    display the short help of all the included packages
1349   -V, --version           display version information and exit
1350   -q, --quiet, --silent   do not print \`checking ...' messages
1351       --cache-file=FILE   cache test results in FILE [disabled]
1352   -C, --config-cache      alias for \`--cache-file=config.cache'
1353   -n, --no-create         do not create output files
1354       --srcdir=DIR        find the sources in DIR [configure dir or \`..']
1355
1356 Installation directories:
1357   --prefix=PREFIX         install architecture-independent files in PREFIX
1358                           [$ac_default_prefix]
1359   --exec-prefix=EPREFIX   install architecture-dependent files in EPREFIX
1360                           [PREFIX]
1361
1362 By default, \`make install' will install all the files in
1363 \`$ac_default_prefix/bin', \`$ac_default_prefix/lib' etc.  You can specify
1364 an installation prefix other than \`$ac_default_prefix' using \`--prefix',
1365 for instance \`--prefix=\$HOME'.
1366
1367 For better control, use the options below.
1368
1369 Fine tuning of the installation directories:
1370   --bindir=DIR            user executables [EPREFIX/bin]
1371   --sbindir=DIR           system admin executables [EPREFIX/sbin]
1372   --libexecdir=DIR        program executables [EPREFIX/libexec]
1373   --sysconfdir=DIR        read-only single-machine data [PREFIX/etc]
1374   --sharedstatedir=DIR    modifiable architecture-independent data [PREFIX/com]
1375   --localstatedir=DIR     modifiable single-machine data [PREFIX/var]
1376   --libdir=DIR            object code libraries [EPREFIX/lib]
1377   --includedir=DIR        C header files [PREFIX/include]
1378   --oldincludedir=DIR     C header files for non-gcc [/usr/include]
1379   --datarootdir=DIR       read-only arch.-independent data root [PREFIX/share]
1380   --datadir=DIR           read-only architecture-independent data [DATAROOTDIR]
1381   --infodir=DIR           info documentation [DATAROOTDIR/info]
1382   --localedir=DIR         locale-dependent data [DATAROOTDIR/locale]
1383   --mandir=DIR            man documentation [DATAROOTDIR/man]
1384   --docdir=DIR            documentation root [DATAROOTDIR/doc/ViennaRNA]
1385   --htmldir=DIR           html documentation [DOCDIR]
1386   --dvidir=DIR            dvi documentation [DOCDIR]
1387   --pdfdir=DIR            pdf documentation [DOCDIR]
1388   --psdir=DIR             ps documentation [DOCDIR]
1389 _ACEOF
1390
1391   cat <<\_ACEOF
1392
1393 Program names:
1394   --program-prefix=PREFIX            prepend PREFIX to installed program names
1395   --program-suffix=SUFFIX            append SUFFIX to installed program names
1396   --program-transform-name=PROGRAM   run sed PROGRAM on installed program names
1397
1398 System types:
1399   --build=BUILD     configure for building on BUILD [guessed]
1400   --host=HOST       cross-compile to build programs to run on HOST [BUILD]
1401 _ACEOF
1402 fi
1403
1404 if test -n "$ac_init_help"; then
1405   case $ac_init_help in
1406      short | recursive ) echo "Configuration of ViennaRNA 2.1.2:";;
1407    esac
1408   cat <<\_ACEOF
1409
1410 Optional Features:
1411   --disable-option-checking  ignore unrecognized --enable/--with options
1412   --disable-FEATURE       do not include FEATURE (same as --enable-FEATURE=no)
1413   --enable-FEATURE[=ARG]  include FEATURE [ARG=yes]
1414   --enable-silent-rules          less verbose build output (undo: `make V=1')
1415   --disable-silent-rules         verbose build output (undo: `make V=0')
1416   --disable-dependency-tracking  speeds up one-time build
1417   --enable-dependency-tracking   do not reject slow dependency extractors
1418   --disable-openmp        do not use OpenMP
1419
1420 Optional Packages:
1421   --with-PACKAGE[=ARG]    use PACKAGE [ARG=yes]
1422   --without-PACKAGE       do not use PACKAGE (same as --with-PACKAGE=no)
1423   --with-dmalloc          use dmalloc, as in http://www.dmalloc.com
1424   --without-perl          do not build | install Perl interface
1425   --with-python           build | install Python interface
1426   --with-ruby             build | install Ruby interface
1427   --without-kinfold       do not build | install Kinfold program
1428   --without-forester      do not build | install RNAforester program
1429   --with-cluster          build | install AnalyseSeqs and AnalyseDists
1430   --without-svm           do not build | install svm classifiers
1431   --without-doc-pdf       do not build | install PDF RNAlib reference manual
1432   --without-doc-html      do not build | install HTML RNAlib reference manual
1433   --without-doc           do not build | install RNAlib reference manual
1434
1435 Some influential environment variables:
1436   PERLPREFIX  Prefix for installation of the Perl module. By default the perl
1437               module is installed wherever Perl thinks it belongs, ignoring
1438               the $prefix used by configure
1439   CXX         C++ compiler command
1440   CXXFLAGS    C++ compiler flags
1441   LDFLAGS     linker flags, e.g. -L<lib dir> if you have libraries in a
1442               nonstandard directory <lib dir>
1443   LIBS        libraries to pass to the linker, e.g. -l<library>
1444   CPPFLAGS    (Objective) C/C++ preprocessor flags, e.g. -I<include dir> if
1445               you have headers in a nonstandard directory <include dir>
1446   CXXCPP      C++ preprocessor
1447   CC          C compiler command
1448   CFLAGS      C compiler flags
1449   CPP         C preprocessor
1450   FPIC        compiler flag for generating PIC code that can be used in a
1451               shared library
1452
1453 Use these variables to override the choices made by `configure' or to help
1454 it to find libraries and programs with nonstandard names/locations.
1455
1456 Report bugs to <rna@tbi.univie.ac.at>.
1457 ViennaRNA home page: <http://www.tbi.univie.ac.a/~ivo/RNA>.
1458 _ACEOF
1459 ac_status=$?
1460 fi
1461
1462 if test "$ac_init_help" = "recursive"; then
1463   # If there are subdirs, report their specific --help.
1464   for ac_dir in : $ac_subdirs_all; do test "x$ac_dir" = x: && continue
1465     test -d "$ac_dir" ||
1466       { cd "$srcdir" && ac_pwd=`pwd` && srcdir=. && test -d "$ac_dir"; } ||
1467       continue
1468     ac_builddir=.
1469
1470 case "$ac_dir" in
1471 .) ac_dir_suffix= ac_top_builddir_sub=. ac_top_build_prefix= ;;
1472 *)
1473   ac_dir_suffix=/`$as_echo "$ac_dir" | sed 's|^\.[\\/]||'`
1474   # A ".." for each directory in $ac_dir_suffix.
1475   ac_top_builddir_sub=`$as_echo "$ac_dir_suffix" | sed 's|/[^\\/]*|/..|g;s|/||'`
1476   case $ac_top_builddir_sub in
1477   "") ac_top_builddir_sub=. ac_top_build_prefix= ;;
1478   *)  ac_top_build_prefix=$ac_top_builddir_sub/ ;;
1479   esac ;;
1480 esac
1481 ac_abs_top_builddir=$ac_pwd
1482 ac_abs_builddir=$ac_pwd$ac_dir_suffix
1483 # for backward compatibility:
1484 ac_top_builddir=$ac_top_build_prefix
1485
1486 case $srcdir in
1487   .)  # We are building in place.
1488     ac_srcdir=.
1489     ac_top_srcdir=$ac_top_builddir_sub
1490     ac_abs_top_srcdir=$ac_pwd ;;
1491   [\\/]* | ?:[\\/]* )  # Absolute name.
1492     ac_srcdir=$srcdir$ac_dir_suffix;
1493     ac_top_srcdir=$srcdir
1494     ac_abs_top_srcdir=$srcdir ;;
1495   *) # Relative name.
1496     ac_srcdir=$ac_top_build_prefix$srcdir$ac_dir_suffix
1497     ac_top_srcdir=$ac_top_build_prefix$srcdir
1498     ac_abs_top_srcdir=$ac_pwd/$srcdir ;;
1499 esac
1500 ac_abs_srcdir=$ac_abs_top_srcdir$ac_dir_suffix
1501
1502     cd "$ac_dir" || { ac_status=$?; continue; }
1503     # Check for guested configure.
1504     if test -f "$ac_srcdir/configure.gnu"; then
1505       echo &&
1506       $SHELL "$ac_srcdir/configure.gnu" --help=recursive
1507     elif test -f "$ac_srcdir/configure"; then
1508       echo &&
1509       $SHELL "$ac_srcdir/configure" --help=recursive
1510     else
1511       $as_echo "$as_me: WARNING: no configuration information is in $ac_dir" >&2
1512     fi || ac_status=$?
1513     cd "$ac_pwd" || { ac_status=$?; break; }
1514   done
1515 fi
1516
1517 test -n "$ac_init_help" && exit $ac_status
1518 if $ac_init_version; then
1519   cat <<\_ACEOF
1520 ViennaRNA configure 2.1.2
1521 generated by GNU Autoconf 2.68
1522
1523 Copyright (C) 2010 Free Software Foundation, Inc.
1524 This configure script is free software; the Free Software Foundation
1525 gives unlimited permission to copy, distribute and modify it.
1526 _ACEOF
1527   exit
1528 fi
1529
1530 ## ------------------------ ##
1531 ## Autoconf initialization. ##
1532 ## ------------------------ ##
1533
1534 # ac_fn_cxx_try_compile LINENO
1535 # ----------------------------
1536 # Try to compile conftest.$ac_ext, and return whether this succeeded.
1537 ac_fn_cxx_try_compile ()
1538 {
1539   as_lineno=${as_lineno-"$1"} as_lineno_stack=as_lineno_stack=$as_lineno_stack
1540   rm -f conftest.$ac_objext
1541   if { { ac_try="$ac_compile"
1542 case "(($ac_try" in
1543   *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
1544   *) ac_try_echo=$ac_try;;
1545 esac
1546 eval ac_try_echo="\"\$as_me:${as_lineno-$LINENO}: $ac_try_echo\""
1547 $as_echo "$ac_try_echo"; } >&5
1548   (eval "$ac_compile") 2>conftest.err
1549   ac_status=$?
1550   if test -s conftest.err; then
1551     grep -v '^ *+' conftest.err >conftest.er1
1552     cat conftest.er1 >&5
1553     mv -f conftest.er1 conftest.err
1554   fi
1555   $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: \$? = $ac_status" >&5
1556   test $ac_status = 0; } && {
1557          test -z "$ac_cxx_werror_flag" ||
1558          test ! -s conftest.err
1559        } && test -s conftest.$ac_objext; then :
1560   ac_retval=0
1561 else
1562   $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
1563 sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
1564
1565         ac_retval=1
1566 fi
1567   eval $as_lineno_stack; ${as_lineno_stack:+:} unset as_lineno
1568   as_fn_set_status $ac_retval
1569
1570 } # ac_fn_cxx_try_compile
1571
1572 # ac_fn_cxx_try_cpp LINENO
1573 # ------------------------
1574 # Try to preprocess conftest.$ac_ext, and return whether this succeeded.
1575 ac_fn_cxx_try_cpp ()
1576 {
1577   as_lineno=${as_lineno-"$1"} as_lineno_stack=as_lineno_stack=$as_lineno_stack
1578   if { { ac_try="$ac_cpp conftest.$ac_ext"
1579 case "(($ac_try" in
1580   *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
1581   *) ac_try_echo=$ac_try;;
1582 esac
1583 eval ac_try_echo="\"\$as_me:${as_lineno-$LINENO}: $ac_try_echo\""
1584 $as_echo "$ac_try_echo"; } >&5
1585   (eval "$ac_cpp conftest.$ac_ext") 2>conftest.err
1586   ac_status=$?
1587   if test -s conftest.err; then
1588     grep -v '^ *+' conftest.err >conftest.er1
1589     cat conftest.er1 >&5
1590     mv -f conftest.er1 conftest.err
1591   fi
1592   $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: \$? = $ac_status" >&5
1593   test $ac_status = 0; } > conftest.i && {
1594          test -z "$ac_cxx_preproc_warn_flag$ac_cxx_werror_flag" ||
1595          test ! -s conftest.err
1596        }; then :
1597   ac_retval=0
1598 else
1599   $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
1600 sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
1601
1602     ac_retval=1
1603 fi
1604   eval $as_lineno_stack; ${as_lineno_stack:+:} unset as_lineno
1605   as_fn_set_status $ac_retval
1606
1607 } # ac_fn_cxx_try_cpp
1608
1609 # ac_fn_c_try_compile LINENO
1610 # --------------------------
1611 # Try to compile conftest.$ac_ext, and return whether this succeeded.
1612 ac_fn_c_try_compile ()
1613 {
1614   as_lineno=${as_lineno-"$1"} as_lineno_stack=as_lineno_stack=$as_lineno_stack
1615   rm -f conftest.$ac_objext
1616   if { { ac_try="$ac_compile"
1617 case "(($ac_try" in
1618   *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
1619   *) ac_try_echo=$ac_try;;
1620 esac
1621 eval ac_try_echo="\"\$as_me:${as_lineno-$LINENO}: $ac_try_echo\""
1622 $as_echo "$ac_try_echo"; } >&5
1623   (eval "$ac_compile") 2>conftest.err
1624   ac_status=$?
1625   if test -s conftest.err; then
1626     grep -v '^ *+' conftest.err >conftest.er1
1627     cat conftest.er1 >&5
1628     mv -f conftest.er1 conftest.err
1629   fi
1630   $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: \$? = $ac_status" >&5
1631   test $ac_status = 0; } && {
1632          test -z "$ac_c_werror_flag" ||
1633          test ! -s conftest.err
1634        } && test -s conftest.$ac_objext; then :
1635   ac_retval=0
1636 else
1637   $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
1638 sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
1639
1640         ac_retval=1
1641 fi
1642   eval $as_lineno_stack; ${as_lineno_stack:+:} unset as_lineno
1643   as_fn_set_status $ac_retval
1644
1645 } # ac_fn_c_try_compile
1646
1647 # ac_fn_c_try_cpp LINENO
1648 # ----------------------
1649 # Try to preprocess conftest.$ac_ext, and return whether this succeeded.
1650 ac_fn_c_try_cpp ()
1651 {
1652   as_lineno=${as_lineno-"$1"} as_lineno_stack=as_lineno_stack=$as_lineno_stack
1653   if { { ac_try="$ac_cpp conftest.$ac_ext"
1654 case "(($ac_try" in
1655   *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
1656   *) ac_try_echo=$ac_try;;
1657 esac
1658 eval ac_try_echo="\"\$as_me:${as_lineno-$LINENO}: $ac_try_echo\""
1659 $as_echo "$ac_try_echo"; } >&5
1660   (eval "$ac_cpp conftest.$ac_ext") 2>conftest.err
1661   ac_status=$?
1662   if test -s conftest.err; then
1663     grep -v '^ *+' conftest.err >conftest.er1
1664     cat conftest.er1 >&5
1665     mv -f conftest.er1 conftest.err
1666   fi
1667   $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: \$? = $ac_status" >&5
1668   test $ac_status = 0; } > conftest.i && {
1669          test -z "$ac_c_preproc_warn_flag$ac_c_werror_flag" ||
1670          test ! -s conftest.err
1671        }; then :
1672   ac_retval=0
1673 else
1674   $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
1675 sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
1676
1677     ac_retval=1
1678 fi
1679   eval $as_lineno_stack; ${as_lineno_stack:+:} unset as_lineno
1680   as_fn_set_status $ac_retval
1681
1682 } # ac_fn_c_try_cpp
1683
1684 # ac_fn_c_try_link LINENO
1685 # -----------------------
1686 # Try to link conftest.$ac_ext, and return whether this succeeded.
1687 ac_fn_c_try_link ()
1688 {
1689   as_lineno=${as_lineno-"$1"} as_lineno_stack=as_lineno_stack=$as_lineno_stack
1690   rm -f conftest.$ac_objext conftest$ac_exeext
1691   if { { ac_try="$ac_link"
1692 case "(($ac_try" in
1693   *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
1694   *) ac_try_echo=$ac_try;;
1695 esac
1696 eval ac_try_echo="\"\$as_me:${as_lineno-$LINENO}: $ac_try_echo\""
1697 $as_echo "$ac_try_echo"; } >&5
1698   (eval "$ac_link") 2>conftest.err
1699   ac_status=$?
1700   if test -s conftest.err; then
1701     grep -v '^ *+' conftest.err >conftest.er1
1702     cat conftest.er1 >&5
1703     mv -f conftest.er1 conftest.err
1704   fi
1705   $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: \$? = $ac_status" >&5
1706   test $ac_status = 0; } && {
1707          test -z "$ac_c_werror_flag" ||
1708          test ! -s conftest.err
1709        } && test -s conftest$ac_exeext && {
1710          test "$cross_compiling" = yes ||
1711          $as_test_x conftest$ac_exeext
1712        }; then :
1713   ac_retval=0
1714 else
1715   $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
1716 sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
1717
1718         ac_retval=1
1719 fi
1720   # Delete the IPA/IPO (Inter Procedural Analysis/Optimization) information
1721   # created by the PGI compiler (conftest_ipa8_conftest.oo), as it would
1722   # interfere with the next link command; also delete a directory that is
1723   # left behind by Apple's compiler.  We do this before executing the actions.
1724   rm -rf conftest.dSYM conftest_ipa8_conftest.oo
1725   eval $as_lineno_stack; ${as_lineno_stack:+:} unset as_lineno
1726   as_fn_set_status $ac_retval
1727
1728 } # ac_fn_c_try_link
1729
1730 # ac_fn_c_try_run LINENO
1731 # ----------------------
1732 # Try to link conftest.$ac_ext, and return whether this succeeded. Assumes
1733 # that executables *can* be run.
1734 ac_fn_c_try_run ()
1735 {
1736   as_lineno=${as_lineno-"$1"} as_lineno_stack=as_lineno_stack=$as_lineno_stack
1737   if { { ac_try="$ac_link"
1738 case "(($ac_try" in
1739   *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
1740   *) ac_try_echo=$ac_try;;
1741 esac
1742 eval ac_try_echo="\"\$as_me:${as_lineno-$LINENO}: $ac_try_echo\""
1743 $as_echo "$ac_try_echo"; } >&5
1744   (eval "$ac_link") 2>&5
1745   ac_status=$?
1746   $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: \$? = $ac_status" >&5
1747   test $ac_status = 0; } && { ac_try='./conftest$ac_exeext'
1748   { { case "(($ac_try" in
1749   *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
1750   *) ac_try_echo=$ac_try;;
1751 esac
1752 eval ac_try_echo="\"\$as_me:${as_lineno-$LINENO}: $ac_try_echo\""
1753 $as_echo "$ac_try_echo"; } >&5
1754   (eval "$ac_try") 2>&5
1755   ac_status=$?
1756   $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: \$? = $ac_status" >&5
1757   test $ac_status = 0; }; }; then :
1758   ac_retval=0
1759 else
1760   $as_echo "$as_me: program exited with status $ac_status" >&5
1761        $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
1762 sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
1763
1764        ac_retval=$ac_status
1765 fi
1766   rm -rf conftest.dSYM conftest_ipa8_conftest.oo
1767   eval $as_lineno_stack; ${as_lineno_stack:+:} unset as_lineno
1768   as_fn_set_status $ac_retval
1769
1770 } # ac_fn_c_try_run
1771
1772 # ac_fn_c_check_type LINENO TYPE VAR INCLUDES
1773 # -------------------------------------------
1774 # Tests whether TYPE exists after having included INCLUDES, setting cache
1775 # variable VAR accordingly.
1776 ac_fn_c_check_type ()
1777 {
1778   as_lineno=${as_lineno-"$1"} as_lineno_stack=as_lineno_stack=$as_lineno_stack
1779   { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for $2" >&5
1780 $as_echo_n "checking for $2... " >&6; }
1781 if eval \${$3+:} false; then :
1782   $as_echo_n "(cached) " >&6
1783 else
1784   eval "$3=no"
1785   cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
1786 /* end confdefs.h.  */
1787 $4
1788 int
1789 main ()
1790 {
1791 if (sizeof ($2))
1792          return 0;
1793   ;
1794   return 0;
1795 }
1796 _ACEOF
1797 if ac_fn_c_try_compile "$LINENO"; then :
1798   cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
1799 /* end confdefs.h.  */
1800 $4
1801 int
1802 main ()
1803 {
1804 if (sizeof (($2)))
1805             return 0;
1806   ;
1807   return 0;
1808 }
1809 _ACEOF
1810 if ac_fn_c_try_compile "$LINENO"; then :
1811
1812 else
1813   eval "$3=yes"
1814 fi
1815 rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
1816 fi
1817 rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
1818 fi
1819 eval ac_res=\$$3
1820                { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_res" >&5
1821 $as_echo "$ac_res" >&6; }
1822   eval $as_lineno_stack; ${as_lineno_stack:+:} unset as_lineno
1823
1824 } # ac_fn_c_check_type
1825
1826 # ac_fn_c_check_header_compile LINENO HEADER VAR INCLUDES
1827 # -------------------------------------------------------
1828 # Tests whether HEADER exists and can be compiled using the include files in
1829 # INCLUDES, setting the cache variable VAR accordingly.
1830 ac_fn_c_check_header_compile ()
1831 {
1832   as_lineno=${as_lineno-"$1"} as_lineno_stack=as_lineno_stack=$as_lineno_stack
1833   { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for $2" >&5
1834 $as_echo_n "checking for $2... " >&6; }
1835 if eval \${$3+:} false; then :
1836   $as_echo_n "(cached) " >&6
1837 else
1838   cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
1839 /* end confdefs.h.  */
1840 $4
1841 #include <$2>
1842 _ACEOF
1843 if ac_fn_c_try_compile "$LINENO"; then :
1844   eval "$3=yes"
1845 else
1846   eval "$3=no"
1847 fi
1848 rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
1849 fi
1850 eval ac_res=\$$3
1851                { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_res" >&5
1852 $as_echo "$ac_res" >&6; }
1853   eval $as_lineno_stack; ${as_lineno_stack:+:} unset as_lineno
1854
1855 } # ac_fn_c_check_header_compile
1856
1857 # ac_fn_c_check_header_mongrel LINENO HEADER VAR INCLUDES
1858 # -------------------------------------------------------
1859 # Tests whether HEADER exists, giving a warning if it cannot be compiled using
1860 # the include files in INCLUDES and setting the cache variable VAR
1861 # accordingly.
1862 ac_fn_c_check_header_mongrel ()
1863 {
1864   as_lineno=${as_lineno-"$1"} as_lineno_stack=as_lineno_stack=$as_lineno_stack
1865   if eval \${$3+:} false; then :
1866   { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for $2" >&5
1867 $as_echo_n "checking for $2... " >&6; }
1868 if eval \${$3+:} false; then :
1869   $as_echo_n "(cached) " >&6
1870 fi
1871 eval ac_res=\$$3
1872                { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_res" >&5
1873 $as_echo "$ac_res" >&6; }
1874 else
1875   # Is the header compilable?
1876 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking $2 usability" >&5
1877 $as_echo_n "checking $2 usability... " >&6; }
1878 cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
1879 /* end confdefs.h.  */
1880 $4
1881 #include <$2>
1882 _ACEOF
1883 if ac_fn_c_try_compile "$LINENO"; then :
1884   ac_header_compiler=yes
1885 else
1886   ac_header_compiler=no
1887 fi
1888 rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
1889 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_header_compiler" >&5
1890 $as_echo "$ac_header_compiler" >&6; }
1891
1892 # Is the header present?
1893 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking $2 presence" >&5
1894 $as_echo_n "checking $2 presence... " >&6; }
1895 cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
1896 /* end confdefs.h.  */
1897 #include <$2>
1898 _ACEOF
1899 if ac_fn_c_try_cpp "$LINENO"; then :
1900   ac_header_preproc=yes
1901 else
1902   ac_header_preproc=no
1903 fi
1904 rm -f conftest.err conftest.i conftest.$ac_ext
1905 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_header_preproc" >&5
1906 $as_echo "$ac_header_preproc" >&6; }
1907
1908 # So?  What about this header?
1909 case $ac_header_compiler:$ac_header_preproc:$ac_c_preproc_warn_flag in #((
1910   yes:no: )
1911     { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: WARNING: $2: accepted by the compiler, rejected by the preprocessor!" >&5
1912 $as_echo "$as_me: WARNING: $2: accepted by the compiler, rejected by the preprocessor!" >&2;}
1913     { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: WARNING: $2: proceeding with the compiler's result" >&5
1914 $as_echo "$as_me: WARNING: $2: proceeding with the compiler's result" >&2;}
1915     ;;
1916   no:yes:* )
1917     { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: WARNING: $2: present but cannot be compiled" >&5
1918 $as_echo "$as_me: WARNING: $2: present but cannot be compiled" >&2;}
1919     { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: WARNING: $2:     check for missing prerequisite headers?" >&5
1920 $as_echo "$as_me: WARNING: $2:     check for missing prerequisite headers?" >&2;}
1921     { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: WARNING: $2: see the Autoconf documentation" >&5
1922 $as_echo "$as_me: WARNING: $2: see the Autoconf documentation" >&2;}
1923     { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: WARNING: $2:     section \"Present But Cannot Be Compiled\"" >&5
1924 $as_echo "$as_me: WARNING: $2:     section \"Present But Cannot Be Compiled\"" >&2;}
1925     { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: WARNING: $2: proceeding with the compiler's result" >&5
1926 $as_echo "$as_me: WARNING: $2: proceeding with the compiler's result" >&2;}
1927 ( $as_echo "## ----------------------------------- ##
1928 ## Report this to rna@tbi.univie.ac.at ##
1929 ## ----------------------------------- ##"
1930      ) | sed "s/^/$as_me: WARNING:     /" >&2
1931     ;;
1932 esac
1933   { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for $2" >&5
1934 $as_echo_n "checking for $2... " >&6; }
1935 if eval \${$3+:} false; then :
1936   $as_echo_n "(cached) " >&6
1937 else
1938   eval "$3=\$ac_header_compiler"
1939 fi
1940 eval ac_res=\$$3
1941                { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_res" >&5
1942 $as_echo "$ac_res" >&6; }
1943 fi
1944   eval $as_lineno_stack; ${as_lineno_stack:+:} unset as_lineno
1945
1946 } # ac_fn_c_check_header_mongrel
1947
1948 # ac_fn_c_check_func LINENO FUNC VAR
1949 # ----------------------------------
1950 # Tests whether FUNC exists, setting the cache variable VAR accordingly
1951 ac_fn_c_check_func ()
1952 {
1953   as_lineno=${as_lineno-"$1"} as_lineno_stack=as_lineno_stack=$as_lineno_stack
1954   { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for $2" >&5
1955 $as_echo_n "checking for $2... " >&6; }
1956 if eval \${$3+:} false; then :
1957   $as_echo_n "(cached) " >&6
1958 else
1959   cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
1960 /* end confdefs.h.  */
1961 /* Define $2 to an innocuous variant, in case <limits.h> declares $2.
1962    For example, HP-UX 11i <limits.h> declares gettimeofday.  */
1963 #define $2 innocuous_$2
1964
1965 /* System header to define __stub macros and hopefully few prototypes,
1966     which can conflict with char $2 (); below.
1967     Prefer <limits.h> to <assert.h> if __STDC__ is defined, since
1968     <limits.h> exists even on freestanding compilers.  */
1969
1970 #ifdef __STDC__
1971 # include <limits.h>
1972 #else
1973 # include <assert.h>
1974 #endif
1975
1976 #undef $2
1977
1978 /* Override any GCC internal prototype to avoid an error.
1979    Use char because int might match the return type of a GCC
1980    builtin and then its argument prototype would still apply.  */
1981 #ifdef __cplusplus
1982 extern "C"
1983 #endif
1984 char $2 ();
1985 /* The GNU C library defines this for functions which it implements
1986     to always fail with ENOSYS.  Some functions are actually named
1987     something starting with __ and the normal name is an alias.  */
1988 #if defined __stub_$2 || defined __stub___$2
1989 choke me
1990 #endif
1991
1992 int
1993 main ()
1994 {
1995 return $2 ();
1996   ;
1997   return 0;
1998 }
1999 _ACEOF
2000 if ac_fn_c_try_link "$LINENO"; then :
2001   eval "$3=yes"
2002 else
2003   eval "$3=no"
2004 fi
2005 rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext \
2006     conftest$ac_exeext conftest.$ac_ext
2007 fi
2008 eval ac_res=\$$3
2009                { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_res" >&5
2010 $as_echo "$ac_res" >&6; }
2011   eval $as_lineno_stack; ${as_lineno_stack:+:} unset as_lineno
2012
2013 } # ac_fn_c_check_func
2014 cat >config.log <<_ACEOF
2015 This file contains any messages produced by compilers while
2016 running configure, to aid debugging if configure makes a mistake.
2017
2018 It was created by ViennaRNA $as_me 2.1.2, which was
2019 generated by GNU Autoconf 2.68.  Invocation command line was
2020
2021   $ $0 $@
2022
2023 _ACEOF
2024 exec 5>>config.log
2025 {
2026 cat <<_ASUNAME
2027 ## --------- ##
2028 ## Platform. ##
2029 ## --------- ##
2030
2031 hostname = `(hostname || uname -n) 2>/dev/null | sed 1q`
2032 uname -m = `(uname -m) 2>/dev/null || echo unknown`
2033 uname -r = `(uname -r) 2>/dev/null || echo unknown`
2034 uname -s = `(uname -s) 2>/dev/null || echo unknown`
2035 uname -v = `(uname -v) 2>/dev/null || echo unknown`
2036
2037 /usr/bin/uname -p = `(/usr/bin/uname -p) 2>/dev/null || echo unknown`
2038 /bin/uname -X     = `(/bin/uname -X) 2>/dev/null     || echo unknown`
2039
2040 /bin/arch              = `(/bin/arch) 2>/dev/null              || echo unknown`
2041 /usr/bin/arch -k       = `(/usr/bin/arch -k) 2>/dev/null       || echo unknown`
2042 /usr/convex/getsysinfo = `(/usr/convex/getsysinfo) 2>/dev/null || echo unknown`
2043 /usr/bin/hostinfo      = `(/usr/bin/hostinfo) 2>/dev/null      || echo unknown`
2044 /bin/machine           = `(/bin/machine) 2>/dev/null           || echo unknown`
2045 /usr/bin/oslevel       = `(/usr/bin/oslevel) 2>/dev/null       || echo unknown`
2046 /bin/universe          = `(/bin/universe) 2>/dev/null          || echo unknown`
2047
2048 _ASUNAME
2049
2050 as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
2051 for as_dir in $PATH
2052 do
2053   IFS=$as_save_IFS
2054   test -z "$as_dir" && as_dir=.
2055     $as_echo "PATH: $as_dir"
2056   done
2057 IFS=$as_save_IFS
2058
2059 } >&5
2060
2061 cat >&5 <<_ACEOF
2062
2063
2064 ## ----------- ##
2065 ## Core tests. ##
2066 ## ----------- ##
2067
2068 _ACEOF
2069
2070
2071 # Keep a trace of the command line.
2072 # Strip out --no-create and --no-recursion so they do not pile up.
2073 # Strip out --silent because we don't want to record it for future runs.
2074 # Also quote any args containing shell meta-characters.
2075 # Make two passes to allow for proper duplicate-argument suppression.
2076 ac_configure_args=
2077 ac_configure_args0=
2078 ac_configure_args1=
2079 ac_must_keep_next=false
2080 for ac_pass in 1 2
2081 do
2082   for ac_arg
2083   do
2084     case $ac_arg in
2085     -no-create | --no-c* | -n | -no-recursion | --no-r*) continue ;;
2086     -q | -quiet | --quiet | --quie | --qui | --qu | --q \
2087     | -silent | --silent | --silen | --sile | --sil)
2088       continue ;;
2089     *\'*)
2090       ac_arg=`$as_echo "$ac_arg" | sed "s/'/'\\\\\\\\''/g"` ;;
2091     esac
2092     case $ac_pass in
2093     1) as_fn_append ac_configure_args0 " '$ac_arg'" ;;
2094     2)
2095       as_fn_append ac_configure_args1 " '$ac_arg'"
2096       if test $ac_must_keep_next = true; then
2097         ac_must_keep_next=false # Got value, back to normal.
2098       else
2099         case $ac_arg in
2100           *=* | --config-cache | -C | -disable-* | --disable-* \
2101           | -enable-* | --enable-* | -gas | --g* | -nfp | --nf* \
2102           | -q | -quiet | --q* | -silent | --sil* | -v | -verb* \
2103           | -with-* | --with-* | -without-* | --without-* | --x)
2104             case "$ac_configure_args0 " in
2105               "$ac_configure_args1"*" '$ac_arg' "* ) continue ;;
2106             esac
2107             ;;
2108           -* ) ac_must_keep_next=true ;;
2109         esac
2110       fi
2111       as_fn_append ac_configure_args " '$ac_arg'"
2112       ;;
2113     esac
2114   done
2115 done
2116 { ac_configure_args0=; unset ac_configure_args0;}
2117 { ac_configure_args1=; unset ac_configure_args1;}
2118
2119 # When interrupted or exit'd, cleanup temporary files, and complete
2120 # config.log.  We remove comments because anyway the quotes in there
2121 # would cause problems or look ugly.
2122 # WARNING: Use '\'' to represent an apostrophe within the trap.
2123 # WARNING: Do not start the trap code with a newline, due to a FreeBSD 4.0 bug.
2124 trap 'exit_status=$?
2125   # Save into config.log some information that might help in debugging.
2126   {
2127     echo
2128
2129     $as_echo "## ---------------- ##
2130 ## Cache variables. ##
2131 ## ---------------- ##"
2132     echo
2133     # The following way of writing the cache mishandles newlines in values,
2134 (
2135   for ac_var in `(set) 2>&1 | sed -n '\''s/^\([a-zA-Z_][a-zA-Z0-9_]*\)=.*/\1/p'\''`; do
2136     eval ac_val=\$$ac_var
2137     case $ac_val in #(
2138     *${as_nl}*)
2139       case $ac_var in #(
2140       *_cv_*) { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: WARNING: cache variable $ac_var contains a newline" >&5
2141 $as_echo "$as_me: WARNING: cache variable $ac_var contains a newline" >&2;} ;;
2142       esac
2143       case $ac_var in #(
2144       _ | IFS | as_nl) ;; #(
2145       BASH_ARGV | BASH_SOURCE) eval $ac_var= ;; #(
2146       *) { eval $ac_var=; unset $ac_var;} ;;
2147       esac ;;
2148     esac
2149   done
2150   (set) 2>&1 |
2151     case $as_nl`(ac_space='\'' '\''; set) 2>&1` in #(
2152     *${as_nl}ac_space=\ *)
2153       sed -n \
2154         "s/'\''/'\''\\\\'\'''\''/g;
2155           s/^\\([_$as_cr_alnum]*_cv_[_$as_cr_alnum]*\\)=\\(.*\\)/\\1='\''\\2'\''/p"
2156       ;; #(
2157     *)
2158       sed -n "/^[_$as_cr_alnum]*_cv_[_$as_cr_alnum]*=/p"
2159       ;;
2160     esac |
2161     sort
2162 )
2163     echo
2164
2165     $as_echo "## ----------------- ##
2166 ## Output variables. ##
2167 ## ----------------- ##"
2168     echo
2169     for ac_var in $ac_subst_vars
2170     do
2171       eval ac_val=\$$ac_var
2172       case $ac_val in
2173       *\'\''*) ac_val=`$as_echo "$ac_val" | sed "s/'\''/'\''\\\\\\\\'\'''\''/g"`;;
2174       esac
2175       $as_echo "$ac_var='\''$ac_val'\''"
2176     done | sort
2177     echo
2178
2179     if test -n "$ac_subst_files"; then
2180       $as_echo "## ------------------- ##
2181 ## File substitutions. ##
2182 ## ------------------- ##"
2183       echo
2184       for ac_var in $ac_subst_files
2185       do
2186         eval ac_val=\$$ac_var
2187         case $ac_val in
2188         *\'\''*) ac_val=`$as_echo "$ac_val" | sed "s/'\''/'\''\\\\\\\\'\'''\''/g"`;;
2189         esac
2190         $as_echo "$ac_var='\''$ac_val'\''"
2191       done | sort
2192       echo
2193     fi
2194
2195     if test -s confdefs.h; then
2196       $as_echo "## ----------- ##
2197 ## confdefs.h. ##
2198 ## ----------- ##"
2199       echo
2200       cat confdefs.h
2201       echo
2202     fi
2203     test "$ac_signal" != 0 &&
2204       $as_echo "$as_me: caught signal $ac_signal"
2205     $as_echo "$as_me: exit $exit_status"
2206   } >&5
2207   rm -f core *.core core.conftest.* &&
2208     rm -f -r conftest* confdefs* conf$$* $ac_clean_files &&
2209     exit $exit_status
2210 ' 0
2211 for ac_signal in 1 2 13 15; do
2212   trap 'ac_signal='$ac_signal'; as_fn_exit 1' $ac_signal
2213 done
2214 ac_signal=0
2215
2216 # confdefs.h avoids OS command line length limits that DEFS can exceed.
2217 rm -f -r conftest* confdefs.h
2218
2219 $as_echo "/* confdefs.h */" > confdefs.h
2220
2221 # Predefined preprocessor variables.
2222
2223 cat >>confdefs.h <<_ACEOF
2224 #define PACKAGE_NAME "$PACKAGE_NAME"
2225 _ACEOF
2226
2227 cat >>confdefs.h <<_ACEOF
2228 #define PACKAGE_TARNAME "$PACKAGE_TARNAME"
2229 _ACEOF
2230
2231 cat >>confdefs.h <<_ACEOF
2232 #define PACKAGE_VERSION "$PACKAGE_VERSION"
2233 _ACEOF
2234
2235 cat >>confdefs.h <<_ACEOF
2236 #define PACKAGE_STRING "$PACKAGE_STRING"
2237 _ACEOF
2238
2239 cat >>confdefs.h <<_ACEOF
2240 #define PACKAGE_BUGREPORT "$PACKAGE_BUGREPORT"
2241 _ACEOF
2242
2243 cat >>confdefs.h <<_ACEOF
2244 #define PACKAGE_URL "$PACKAGE_URL"
2245 _ACEOF
2246
2247
2248 # Let the site file select an alternate cache file if it wants to.
2249 # Prefer an explicitly selected file to automatically selected ones.
2250 ac_site_file1=NONE
2251 ac_site_file2=NONE
2252 if test -n "$CONFIG_SITE"; then
2253   # We do not want a PATH search for config.site.
2254   case $CONFIG_SITE in #((
2255     -*)  ac_site_file1=./$CONFIG_SITE;;
2256     */*) ac_site_file1=$CONFIG_SITE;;
2257     *)   ac_site_file1=./$CONFIG_SITE;;
2258   esac
2259 elif test "x$prefix" != xNONE; then
2260   ac_site_file1=$prefix/share/config.site
2261   ac_site_file2=$prefix/etc/config.site
2262 else
2263   ac_site_file1=$ac_default_prefix/share/config.site
2264   ac_site_file2=$ac_default_prefix/etc/config.site
2265 fi
2266 for ac_site_file in "$ac_site_file1" "$ac_site_file2"
2267 do
2268   test "x$ac_site_file" = xNONE && continue
2269   if test /dev/null != "$ac_site_file" && test -r "$ac_site_file"; then
2270     { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: loading site script $ac_site_file" >&5
2271 $as_echo "$as_me: loading site script $ac_site_file" >&6;}
2272     sed 's/^/| /' "$ac_site_file" >&5
2273     . "$ac_site_file" \
2274       || { { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: error: in \`$ac_pwd':" >&5
2275 $as_echo "$as_me: error: in \`$ac_pwd':" >&2;}
2276 as_fn_error $? "failed to load site script $ac_site_file
2277 See \`config.log' for more details" "$LINENO" 5; }
2278   fi
2279 done
2280
2281 if test -r "$cache_file"; then
2282   # Some versions of bash will fail to source /dev/null (special files
2283   # actually), so we avoid doing that.  DJGPP emulates it as a regular file.
2284   if test /dev/null != "$cache_file" && test -f "$cache_file"; then
2285     { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: loading cache $cache_file" >&5
2286 $as_echo "$as_me: loading cache $cache_file" >&6;}
2287     case $cache_file in
2288       [\\/]* | ?:[\\/]* ) . "$cache_file";;
2289       *)                      . "./$cache_file";;
2290     esac
2291   fi
2292 else
2293   { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: creating cache $cache_file" >&5
2294 $as_echo "$as_me: creating cache $cache_file" >&6;}
2295   >$cache_file
2296 fi
2297
2298 # Check that the precious variables saved in the cache have kept the same
2299 # value.
2300 ac_cache_corrupted=false
2301 for ac_var in $ac_precious_vars; do
2302   eval ac_old_set=\$ac_cv_env_${ac_var}_set
2303   eval ac_new_set=\$ac_env_${ac_var}_set
2304   eval ac_old_val=\$ac_cv_env_${ac_var}_value
2305   eval ac_new_val=\$ac_env_${ac_var}_value
2306   case $ac_old_set,$ac_new_set in
2307     set,)
2308       { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: error: \`$ac_var' was set to \`$ac_old_val' in the previous run" >&5
2309 $as_echo "$as_me: error: \`$ac_var' was set to \`$ac_old_val' in the previous run" >&2;}
2310       ac_cache_corrupted=: ;;
2311     ,set)
2312       { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: error: \`$ac_var' was not set in the previous run" >&5
2313 $as_echo "$as_me: error: \`$ac_var' was not set in the previous run" >&2;}
2314       ac_cache_corrupted=: ;;
2315     ,);;
2316     *)
2317       if test "x$ac_old_val" != "x$ac_new_val"; then
2318         # differences in whitespace do not lead to failure.
2319         ac_old_val_w=`echo x $ac_old_val`
2320         ac_new_val_w=`echo x $ac_new_val`
2321         if test "$ac_old_val_w" != "$ac_new_val_w"; then
2322           { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: error: \`$ac_var' has changed since the previous run:" >&5
2323 $as_echo "$as_me: error: \`$ac_var' has changed since the previous run:" >&2;}
2324           ac_cache_corrupted=:
2325         else
2326           { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: warning: ignoring whitespace changes in \`$ac_var' since the previous run:" >&5
2327 $as_echo "$as_me: warning: ignoring whitespace changes in \`$ac_var' since the previous run:" >&2;}
2328           eval $ac_var=\$ac_old_val
2329         fi
2330         { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}:   former value:  \`$ac_old_val'" >&5
2331 $as_echo "$as_me:   former value:  \`$ac_old_val'" >&2;}
2332         { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}:   current value: \`$ac_new_val'" >&5
2333 $as_echo "$as_me:   current value: \`$ac_new_val'" >&2;}
2334       fi;;
2335   esac
2336   # Pass precious variables to config.status.
2337   if test "$ac_new_set" = set; then
2338     case $ac_new_val in
2339     *\'*) ac_arg=$ac_var=`$as_echo "$ac_new_val" | sed "s/'/'\\\\\\\\''/g"` ;;
2340     *) ac_arg=$ac_var=$ac_new_val ;;
2341     esac
2342     case " $ac_configure_args " in
2343       *" '$ac_arg' "*) ;; # Avoid dups.  Use of quotes ensures accuracy.
2344       *) as_fn_append ac_configure_args " '$ac_arg'" ;;
2345     esac
2346   fi
2347 done
2348 if $ac_cache_corrupted; then
2349   { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: error: in \`$ac_pwd':" >&5
2350 $as_echo "$as_me: error: in \`$ac_pwd':" >&2;}
2351   { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: error: changes in the environment can compromise the build" >&5
2352 $as_echo "$as_me: error: changes in the environment can compromise the build" >&2;}
2353   as_fn_error $? "run \`make distclean' and/or \`rm $cache_file' and start over" "$LINENO" 5
2354 fi
2355 ## -------------------- ##
2356 ## Main body of script. ##
2357 ## -------------------- ##
2358
2359 ac_ext=c
2360 ac_cpp='$CPP $CPPFLAGS'
2361 ac_compile='$CC -c $CFLAGS $CPPFLAGS conftest.$ac_ext >&5'
2362 ac_link='$CC -o conftest$ac_exeext $CFLAGS $CPPFLAGS $LDFLAGS conftest.$ac_ext $LIBS >&5'
2363 ac_compiler_gnu=$ac_cv_c_compiler_gnu
2364
2365
2366
2367 ac_aux_dir=
2368 for ac_dir in config "$srcdir"/config; do
2369   if test -f "$ac_dir/install-sh"; then
2370     ac_aux_dir=$ac_dir
2371     ac_install_sh="$ac_aux_dir/install-sh -c"
2372     break
2373   elif test -f "$ac_dir/install.sh"; then
2374     ac_aux_dir=$ac_dir
2375     ac_install_sh="$ac_aux_dir/install.sh -c"
2376     break
2377   elif test -f "$ac_dir/shtool"; then
2378     ac_aux_dir=$ac_dir
2379     ac_install_sh="$ac_aux_dir/shtool install -c"
2380     break
2381   fi
2382 done
2383 if test -z "$ac_aux_dir"; then
2384   as_fn_error $? "cannot find install-sh, install.sh, or shtool in config \"$srcdir\"/config" "$LINENO" 5
2385 fi
2386
2387 # These three variables are undocumented and unsupported,
2388 # and are intended to be withdrawn in a future Autoconf release.
2389 # They can cause serious problems if a builder's source tree is in a directory
2390 # whose full name contains unusual characters.
2391 ac_config_guess="$SHELL $ac_aux_dir/config.guess"  # Please don't use this var.
2392 ac_config_sub="$SHELL $ac_aux_dir/config.sub"  # Please don't use this var.
2393 ac_configure="$SHELL $ac_aux_dir/configure"  # Please don't use this var.
2394
2395
2396
2397
2398
2399 # This file is part of Autoconf.                       -*- Autoconf -*-
2400
2401 # ViennaRNA Package 2011 Ronny Lorenz
2402 #
2403
2404 ##-----------------##
2405 ## Private macros. ##
2406 ##-----------------##
2407
2408
2409
2410
2411
2412 #
2413 # AC_RNA_ADD_PACKAGE( package-name,
2414 #                     package-description,
2415 #                     default-on,
2416 #                     [action-if-not-default],
2417 #                     [action-if-default],
2418 #                     [files to check for])
2419 #
2420 # This macro handles additional package inclusion
2421 # Parameters:
2422 #       package-name:       a lowercase name of the optional package
2423 #                           which is used for $with_package_name variables
2424 #                           and --with[out]-package-name options in
2425 #                           configure script
2426 #                           The package_name must consist of alphanumeric
2427 #                           characters including the dash only! Every
2428 #                           occuring dash will be replaced by a '-' char
2429 #                           in the --with[out]-package-name option
2430 #
2431 #       package-desciption: a very brief description used for the package
2432 #                           specific help output in configure script
2433 #
2434 #       default-on:         package build | installed by default
2435 #                           Values: "yes" or "no"
2436 #
2437 # Example: AC_RNA_ADD_PACKAGE([foo], [the incredible Foo program], [yes], [with_foo=no], [with_foo=yes], [file1 file2])
2438 #
2439
2440
2441
2442
2443 # AC_RNA_DOCUMENTATION_INIT(PROJECT_NAME, [config-file], [documentation-output-directory])
2444 #
2445 #
2446
2447
2448 ##----------------##
2449 ## Public macros. ##
2450 ##----------------##
2451
2452
2453
2454
2455
2456
2457
2458
2459
2460
2461 # Check whether --enable-silent-rules was given.
2462 if test "${enable_silent_rules+set}" = set; then :
2463   enableval=$enable_silent_rules;
2464 fi
2465
2466 case $enable_silent_rules in
2467 yes) AM_DEFAULT_VERBOSITY=0;;
2468 no)  AM_DEFAULT_VERBOSITY=1;;
2469 *)   AM_DEFAULT_VERBOSITY=0;;
2470 esac
2471 am_make=${MAKE-make}
2472 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking whether $am_make supports nested variables" >&5
2473 $as_echo_n "checking whether $am_make supports nested variables... " >&6; }
2474 if ${am_cv_make_support_nested_variables+:} false; then :
2475   $as_echo_n "(cached) " >&6
2476 else
2477   if $as_echo 'TRUE=$(BAR$(V))
2478 BAR0=false
2479 BAR1=true
2480 V=1
2481 am__doit:
2482         @$(TRUE)
2483 .PHONY: am__doit' | $am_make -f - >/dev/null 2>&1; then
2484   am_cv_make_support_nested_variables=yes
2485 else
2486   am_cv_make_support_nested_variables=no
2487 fi
2488 fi
2489 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $am_cv_make_support_nested_variables" >&5
2490 $as_echo "$am_cv_make_support_nested_variables" >&6; }
2491 if test $am_cv_make_support_nested_variables = yes; then
2492     AM_V='$(V)'
2493   AM_DEFAULT_V='$(AM_DEFAULT_VERBOSITY)'
2494 else
2495   AM_V=$AM_DEFAULT_VERBOSITY
2496   AM_DEFAULT_V=$AM_DEFAULT_VERBOSITY
2497 fi
2498 AM_BACKSLASH='\'
2499
2500 am__api_version='1.11'
2501
2502 # Find a good install program.  We prefer a C program (faster),
2503 # so one script is as good as another.  But avoid the broken or
2504 # incompatible versions:
2505 # SysV /etc/install, /usr/sbin/install
2506 # SunOS /usr/etc/install
2507 # IRIX /sbin/install
2508 # AIX /bin/install
2509 # AmigaOS /C/install, which installs bootblocks on floppy discs
2510 # AIX 4 /usr/bin/installbsd, which doesn't work without a -g flag
2511 # AFS /usr/afsws/bin/install, which mishandles nonexistent args
2512 # SVR4 /usr/ucb/install, which tries to use the nonexistent group "staff"
2513 # OS/2's system install, which has a completely different semantic
2514 # ./install, which can be erroneously created by make from ./install.sh.
2515 # Reject install programs that cannot install multiple files.
2516 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for a BSD-compatible install" >&5
2517 $as_echo_n "checking for a BSD-compatible install... " >&6; }
2518 if test -z "$INSTALL"; then
2519 if ${ac_cv_path_install+:} false; then :
2520   $as_echo_n "(cached) " >&6
2521 else
2522   as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
2523 for as_dir in $PATH
2524 do
2525   IFS=$as_save_IFS
2526   test -z "$as_dir" && as_dir=.
2527     # Account for people who put trailing slashes in PATH elements.
2528 case $as_dir/ in #((
2529   ./ | .// | /[cC]/* | \
2530   /etc/* | /usr/sbin/* | /usr/etc/* | /sbin/* | /usr/afsws/bin/* | \
2531   ?:[\\/]os2[\\/]install[\\/]* | ?:[\\/]OS2[\\/]INSTALL[\\/]* | \
2532   /usr/ucb/* ) ;;
2533   *)
2534     # OSF1 and SCO ODT 3.0 have their own names for install.
2535     # Don't use installbsd from OSF since it installs stuff as root
2536     # by default.
2537     for ac_prog in ginstall scoinst install; do
2538       for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
2539         if { test -f "$as_dir/$ac_prog$ac_exec_ext" && $as_test_x "$as_dir/$ac_prog$ac_exec_ext"; }; then
2540           if test $ac_prog = install &&
2541             grep dspmsg "$as_dir/$ac_prog$ac_exec_ext" >/dev/null 2>&1; then
2542             # AIX install.  It has an incompatible calling convention.
2543             :
2544           elif test $ac_prog = install &&
2545             grep pwplus "$as_dir/$ac_prog$ac_exec_ext" >/dev/null 2>&1; then
2546             # program-specific install script used by HP pwplus--don't use.
2547             :
2548           else
2549             rm -rf conftest.one conftest.two conftest.dir
2550             echo one > conftest.one
2551             echo two > conftest.two
2552             mkdir conftest.dir
2553             if "$as_dir/$ac_prog$ac_exec_ext" -c conftest.one conftest.two "`pwd`/conftest.dir" &&
2554               test -s conftest.one && test -s conftest.two &&
2555               test -s conftest.dir/conftest.one &&
2556               test -s conftest.dir/conftest.two
2557             then
2558               ac_cv_path_install="$as_dir/$ac_prog$ac_exec_ext -c"
2559               break 3
2560             fi
2561           fi
2562         fi
2563       done
2564     done
2565     ;;
2566 esac
2567
2568   done
2569 IFS=$as_save_IFS
2570
2571 rm -rf conftest.one conftest.two conftest.dir
2572
2573 fi
2574   if test "${ac_cv_path_install+set}" = set; then
2575     INSTALL=$ac_cv_path_install
2576   else
2577     # As a last resort, use the slow shell script.  Don't cache a
2578     # value for INSTALL within a source directory, because that will
2579     # break other packages using the cache if that directory is
2580     # removed, or if the value is a relative name.
2581     INSTALL=$ac_install_sh
2582   fi
2583 fi
2584 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $INSTALL" >&5
2585 $as_echo "$INSTALL" >&6; }
2586
2587 # Use test -z because SunOS4 sh mishandles braces in ${var-val}.
2588 # It thinks the first close brace ends the variable substitution.
2589 test -z "$INSTALL_PROGRAM" && INSTALL_PROGRAM='${INSTALL}'
2590
2591 test -z "$INSTALL_SCRIPT" && INSTALL_SCRIPT='${INSTALL}'
2592
2593 test -z "$INSTALL_DATA" && INSTALL_DATA='${INSTALL} -m 644'
2594
2595 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking whether build environment is sane" >&5
2596 $as_echo_n "checking whether build environment is sane... " >&6; }
2597 # Just in case
2598 sleep 1
2599 echo timestamp > conftest.file
2600 # Reject unsafe characters in $srcdir or the absolute working directory
2601 # name.  Accept space and tab only in the latter.
2602 am_lf='
2603 '
2604 case `pwd` in
2605   *[\\\"\#\$\&\'\`$am_lf]*)
2606     as_fn_error $? "unsafe absolute working directory name" "$LINENO" 5;;
2607 esac
2608 case $srcdir in
2609   *[\\\"\#\$\&\'\`$am_lf\ \     ]*)
2610     as_fn_error $? "unsafe srcdir value: \`$srcdir'" "$LINENO" 5;;
2611 esac
2612
2613 # Do `set' in a subshell so we don't clobber the current shell's
2614 # arguments.  Must try -L first in case configure is actually a
2615 # symlink; some systems play weird games with the mod time of symlinks
2616 # (eg FreeBSD returns the mod time of the symlink's containing
2617 # directory).
2618 if (
2619    set X `ls -Lt "$srcdir/configure" conftest.file 2> /dev/null`
2620    if test "$*" = "X"; then
2621       # -L didn't work.
2622       set X `ls -t "$srcdir/configure" conftest.file`
2623    fi
2624    rm -f conftest.file
2625    if test "$*" != "X $srcdir/configure conftest.file" \
2626       && test "$*" != "X conftest.file $srcdir/configure"; then
2627
2628       # If neither matched, then we have a broken ls.  This can happen
2629       # if, for instance, CONFIG_SHELL is bash and it inherits a
2630       # broken ls alias from the environment.  This has actually
2631       # happened.  Such a system could not be considered "sane".
2632       as_fn_error $? "ls -t appears to fail.  Make sure there is not a broken
2633 alias in your environment" "$LINENO" 5
2634    fi
2635
2636    test "$2" = conftest.file
2637    )
2638 then
2639    # Ok.
2640    :
2641 else
2642    as_fn_error $? "newly created file is older than distributed files!
2643 Check your system clock" "$LINENO" 5
2644 fi
2645 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: yes" >&5
2646 $as_echo "yes" >&6; }
2647 test "$program_prefix" != NONE &&
2648   program_transform_name="s&^&$program_prefix&;$program_transform_name"
2649 # Use a double $ so make ignores it.
2650 test "$program_suffix" != NONE &&
2651   program_transform_name="s&\$&$program_suffix&;$program_transform_name"
2652 # Double any \ or $.
2653 # By default was `s,x,x', remove it if useless.
2654 ac_script='s/[\\$]/&&/g;s/;s,x,x,$//'
2655 program_transform_name=`$as_echo "$program_transform_name" | sed "$ac_script"`
2656
2657 # expand $ac_aux_dir to an absolute path
2658 am_aux_dir=`cd $ac_aux_dir && pwd`
2659
2660 if test x"${MISSING+set}" != xset; then
2661   case $am_aux_dir in
2662   *\ * | *\     *)
2663     MISSING="\${SHELL} \"$am_aux_dir/missing\"" ;;
2664   *)
2665     MISSING="\${SHELL} $am_aux_dir/missing" ;;
2666   esac
2667 fi
2668 # Use eval to expand $SHELL
2669 if eval "$MISSING --run true"; then
2670   am_missing_run="$MISSING --run "
2671 else
2672   am_missing_run=
2673   { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: WARNING: \`missing' script is too old or missing" >&5
2674 $as_echo "$as_me: WARNING: \`missing' script is too old or missing" >&2;}
2675 fi
2676
2677 if test x"${install_sh}" != xset; then
2678   case $am_aux_dir in
2679   *\ * | *\     *)
2680     install_sh="\${SHELL} '$am_aux_dir/install-sh'" ;;
2681   *)
2682     install_sh="\${SHELL} $am_aux_dir/install-sh"
2683   esac
2684 fi
2685
2686 # Installed binaries are usually stripped using `strip' when the user
2687 # run `make install-strip'.  However `strip' might not be the right
2688 # tool to use in cross-compilation environments, therefore Automake
2689 # will honor the `STRIP' environment variable to overrule this program.
2690 if test "$cross_compiling" != no; then
2691   if test -n "$ac_tool_prefix"; then
2692   # Extract the first word of "${ac_tool_prefix}strip", so it can be a program name with args.
2693 set dummy ${ac_tool_prefix}strip; ac_word=$2
2694 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for $ac_word" >&5
2695 $as_echo_n "checking for $ac_word... " >&6; }
2696 if ${ac_cv_prog_STRIP+:} false; then :
2697   $as_echo_n "(cached) " >&6
2698 else
2699   if test -n "$STRIP"; then
2700   ac_cv_prog_STRIP="$STRIP" # Let the user override the test.
2701 else
2702 as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
2703 for as_dir in $PATH
2704 do
2705   IFS=$as_save_IFS
2706   test -z "$as_dir" && as_dir=.
2707     for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
2708   if { test -f "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" && $as_test_x "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext"; }; then
2709     ac_cv_prog_STRIP="${ac_tool_prefix}strip"
2710     $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: found $as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" >&5
2711     break 2
2712   fi
2713 done
2714   done
2715 IFS=$as_save_IFS
2716
2717 fi
2718 fi
2719 STRIP=$ac_cv_prog_STRIP
2720 if test -n "$STRIP"; then
2721   { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $STRIP" >&5
2722 $as_echo "$STRIP" >&6; }
2723 else
2724   { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: no" >&5
2725 $as_echo "no" >&6; }
2726 fi
2727
2728
2729 fi
2730 if test -z "$ac_cv_prog_STRIP"; then
2731   ac_ct_STRIP=$STRIP
2732   # Extract the first word of "strip", so it can be a program name with args.
2733 set dummy strip; ac_word=$2
2734 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for $ac_word" >&5
2735 $as_echo_n "checking for $ac_word... " >&6; }
2736 if ${ac_cv_prog_ac_ct_STRIP+:} false; then :
2737   $as_echo_n "(cached) " >&6
2738 else
2739   if test -n "$ac_ct_STRIP"; then
2740   ac_cv_prog_ac_ct_STRIP="$ac_ct_STRIP" # Let the user override the test.
2741 else
2742 as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
2743 for as_dir in $PATH
2744 do
2745   IFS=$as_save_IFS
2746   test -z "$as_dir" && as_dir=.
2747     for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
2748   if { test -f "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" && $as_test_x "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext"; }; then
2749     ac_cv_prog_ac_ct_STRIP="strip"
2750     $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: found $as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" >&5
2751     break 2
2752   fi
2753 done
2754   done
2755 IFS=$as_save_IFS
2756
2757 fi
2758 fi
2759 ac_ct_STRIP=$ac_cv_prog_ac_ct_STRIP
2760 if test -n "$ac_ct_STRIP"; then
2761   { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_ct_STRIP" >&5
2762 $as_echo "$ac_ct_STRIP" >&6; }
2763 else
2764   { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: no" >&5
2765 $as_echo "no" >&6; }
2766 fi
2767
2768   if test "x$ac_ct_STRIP" = x; then
2769     STRIP=":"
2770   else
2771     case $cross_compiling:$ac_tool_warned in
2772 yes:)
2773 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: WARNING: using cross tools not prefixed with host triplet" >&5
2774 $as_echo "$as_me: WARNING: using cross tools not prefixed with host triplet" >&2;}
2775 ac_tool_warned=yes ;;
2776 esac
2777     STRIP=$ac_ct_STRIP
2778   fi
2779 else
2780   STRIP="$ac_cv_prog_STRIP"
2781 fi
2782
2783 fi
2784 INSTALL_STRIP_PROGRAM="\$(install_sh) -c -s"
2785
2786 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for a thread-safe mkdir -p" >&5
2787 $as_echo_n "checking for a thread-safe mkdir -p... " >&6; }
2788 if test -z "$MKDIR_P"; then
2789   if ${ac_cv_path_mkdir+:} false; then :
2790   $as_echo_n "(cached) " >&6
2791 else
2792   as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
2793 for as_dir in $PATH$PATH_SEPARATOR/opt/sfw/bin
2794 do
2795   IFS=$as_save_IFS
2796   test -z "$as_dir" && as_dir=.
2797     for ac_prog in mkdir gmkdir; do
2798          for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
2799            { test -f "$as_dir/$ac_prog$ac_exec_ext" && $as_test_x "$as_dir/$ac_prog$ac_exec_ext"; } || continue
2800            case `"$as_dir/$ac_prog$ac_exec_ext" --version 2>&1` in #(
2801              'mkdir (GNU coreutils) '* | \
2802              'mkdir (coreutils) '* | \
2803              'mkdir (fileutils) '4.1*)
2804                ac_cv_path_mkdir=$as_dir/$ac_prog$ac_exec_ext
2805                break 3;;
2806            esac
2807          done
2808        done
2809   done
2810 IFS=$as_save_IFS
2811
2812 fi
2813
2814   test -d ./--version && rmdir ./--version
2815   if test "${ac_cv_path_mkdir+set}" = set; then
2816     MKDIR_P="$ac_cv_path_mkdir -p"
2817   else
2818     # As a last resort, use the slow shell script.  Don't cache a
2819     # value for MKDIR_P within a source directory, because that will
2820     # break other packages using the cache if that directory is
2821     # removed, or if the value is a relative name.
2822     MKDIR_P="$ac_install_sh -d"
2823   fi
2824 fi
2825 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $MKDIR_P" >&5
2826 $as_echo "$MKDIR_P" >&6; }
2827
2828 mkdir_p="$MKDIR_P"
2829 case $mkdir_p in
2830   [\\/$]* | ?:[\\/]*) ;;
2831   */*) mkdir_p="\$(top_builddir)/$mkdir_p" ;;
2832 esac
2833
2834 for ac_prog in gawk mawk nawk awk
2835 do
2836   # Extract the first word of "$ac_prog", so it can be a program name with args.
2837 set dummy $ac_prog; ac_word=$2
2838 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for $ac_word" >&5
2839 $as_echo_n "checking for $ac_word... " >&6; }
2840 if ${ac_cv_prog_AWK+:} false; then :
2841   $as_echo_n "(cached) " >&6
2842 else
2843   if test -n "$AWK"; then
2844   ac_cv_prog_AWK="$AWK" # Let the user override the test.
2845 else
2846 as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
2847 for as_dir in $PATH
2848 do
2849   IFS=$as_save_IFS
2850   test -z "$as_dir" && as_dir=.
2851     for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
2852   if { test -f "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" && $as_test_x "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext"; }; then
2853     ac_cv_prog_AWK="$ac_prog"
2854     $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: found $as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" >&5
2855     break 2
2856   fi
2857 done
2858   done
2859 IFS=$as_save_IFS
2860
2861 fi
2862 fi
2863 AWK=$ac_cv_prog_AWK
2864 if test -n "$AWK"; then
2865   { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $AWK" >&5
2866 $as_echo "$AWK" >&6; }
2867 else
2868   { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: no" >&5
2869 $as_echo "no" >&6; }
2870 fi
2871
2872
2873   test -n "$AWK" && break
2874 done
2875
2876 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking whether ${MAKE-make} sets \$(MAKE)" >&5
2877 $as_echo_n "checking whether ${MAKE-make} sets \$(MAKE)... " >&6; }
2878 set x ${MAKE-make}
2879 ac_make=`$as_echo "$2" | sed 's/+/p/g; s/[^a-zA-Z0-9_]/_/g'`
2880 if eval \${ac_cv_prog_make_${ac_make}_set+:} false; then :
2881   $as_echo_n "(cached) " >&6
2882 else
2883   cat >conftest.make <<\_ACEOF
2884 SHELL = /bin/sh
2885 all:
2886         @echo '@@@%%%=$(MAKE)=@@@%%%'
2887 _ACEOF
2888 # GNU make sometimes prints "make[1]: Entering ...", which would confuse us.
2889 case `${MAKE-make} -f conftest.make 2>/dev/null` in
2890   *@@@%%%=?*=@@@%%%*)
2891     eval ac_cv_prog_make_${ac_make}_set=yes;;
2892   *)
2893     eval ac_cv_prog_make_${ac_make}_set=no;;
2894 esac
2895 rm -f conftest.make
2896 fi
2897 if eval test \$ac_cv_prog_make_${ac_make}_set = yes; then
2898   { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: yes" >&5
2899 $as_echo "yes" >&6; }
2900   SET_MAKE=
2901 else
2902   { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: no" >&5
2903 $as_echo "no" >&6; }
2904   SET_MAKE="MAKE=${MAKE-make}"
2905 fi
2906
2907 rm -rf .tst 2>/dev/null
2908 mkdir .tst 2>/dev/null
2909 if test -d .tst; then
2910   am__leading_dot=.
2911 else
2912   am__leading_dot=_
2913 fi
2914 rmdir .tst 2>/dev/null
2915
2916 if test "`cd $srcdir && pwd`" != "`pwd`"; then
2917   # Use -I$(srcdir) only when $(srcdir) != ., so that make's output
2918   # is not polluted with repeated "-I."
2919   am__isrc=' -I$(srcdir)'
2920   # test to see if srcdir already configured
2921   if test -f $srcdir/config.status; then
2922     as_fn_error $? "source directory already configured; run \"make distclean\" there first" "$LINENO" 5
2923   fi
2924 fi
2925
2926 # test whether we have cygpath
2927 if test -z "$CYGPATH_W"; then
2928   if (cygpath --version) >/dev/null 2>/dev/null; then
2929     CYGPATH_W='cygpath -w'
2930   else
2931     CYGPATH_W=echo
2932   fi
2933 fi
2934
2935
2936 # Define the identity of the package.
2937  PACKAGE='ViennaRNA'
2938  VERSION='2.1.2'
2939
2940
2941 cat >>confdefs.h <<_ACEOF
2942 #define PACKAGE "$PACKAGE"
2943 _ACEOF
2944
2945
2946 cat >>confdefs.h <<_ACEOF
2947 #define VERSION "$VERSION"
2948 _ACEOF
2949
2950 # Some tools Automake needs.
2951
2952 ACLOCAL=${ACLOCAL-"${am_missing_run}aclocal-${am__api_version}"}
2953
2954
2955 AUTOCONF=${AUTOCONF-"${am_missing_run}autoconf"}
2956
2957
2958 AUTOMAKE=${AUTOMAKE-"${am_missing_run}automake-${am__api_version}"}
2959
2960
2961 AUTOHEADER=${AUTOHEADER-"${am_missing_run}autoheader"}
2962
2963
2964 MAKEINFO=${MAKEINFO-"${am_missing_run}makeinfo"}
2965
2966 # We need awk for the "check" target.  The system "awk" is bad on
2967 # some platforms.
2968 # Always define AMTAR for backward compatibility.  Yes, it's still used
2969 # in the wild :-(  We should find a proper way to deprecate it ...
2970 AMTAR='$${TAR-tar}'
2971
2972 am__tar='$${TAR-tar} chof - "$$tardir"' am__untar='$${TAR-tar} xf -'
2973
2974
2975
2976
2977
2978
2979 ac_config_headers="$ac_config_headers config.h"
2980
2981
2982 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking if malloc debugging is wanted" >&5
2983 $as_echo_n "checking if malloc debugging is wanted... " >&6; }
2984
2985 # Check whether --with-dmalloc was given.
2986 if test "${with_dmalloc+set}" = set; then :
2987   withval=$with_dmalloc; if test "$withval" = yes; then
2988   { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: yes" >&5
2989 $as_echo "yes" >&6; }
2990
2991 $as_echo "#define WITH_DMALLOC 1" >>confdefs.h
2992
2993   LIBS="$LIBS -ldmalloc"
2994   LDFLAGS="$LDFLAGS -g"
2995 else
2996   { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: no" >&5
2997 $as_echo "no" >&6; }
2998 fi
2999 else
3000   { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: no" >&5
3001 $as_echo "no" >&6; }
3002 fi
3003
3004
3005
3006
3007
3008
3009 ISODATE=`date +%Y-%m-%d`
3010
3011
3012 # Make sure we can run config.sub.
3013 $SHELL "$ac_aux_dir/config.sub" sun4 >/dev/null 2>&1 ||
3014   as_fn_error $? "cannot run $SHELL $ac_aux_dir/config.sub" "$LINENO" 5
3015
3016 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking build system type" >&5
3017 $as_echo_n "checking build system type... " >&6; }
3018 if ${ac_cv_build+:} false; then :
3019   $as_echo_n "(cached) " >&6
3020 else
3021   ac_build_alias=$build_alias
3022 test "x$ac_build_alias" = x &&
3023   ac_build_alias=`$SHELL "$ac_aux_dir/config.guess"`
3024 test "x$ac_build_alias" = x &&
3025   as_fn_error $? "cannot guess build type; you must specify one" "$LINENO" 5
3026 ac_cv_build=`$SHELL "$ac_aux_dir/config.sub" $ac_build_alias` ||
3027   as_fn_error $? "$SHELL $ac_aux_dir/config.sub $ac_build_alias failed" "$LINENO" 5
3028
3029 fi
3030 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_cv_build" >&5
3031 $as_echo "$ac_cv_build" >&6; }
3032 case $ac_cv_build in
3033 *-*-*) ;;
3034 *) as_fn_error $? "invalid value of canonical build" "$LINENO" 5;;
3035 esac
3036 build=$ac_cv_build
3037 ac_save_IFS=$IFS; IFS='-'
3038 set x $ac_cv_build
3039 shift
3040 build_cpu=$1
3041 build_vendor=$2
3042 shift; shift
3043 # Remember, the first character of IFS is used to create $*,
3044 # except with old shells:
3045 build_os=$*
3046 IFS=$ac_save_IFS
3047 case $build_os in *\ *) build_os=`echo "$build_os" | sed 's/ /-/g'`;; esac
3048
3049
3050 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking host system type" >&5
3051 $as_echo_n "checking host system type... " >&6; }
3052 if ${ac_cv_host+:} false; then :
3053   $as_echo_n "(cached) " >&6
3054 else
3055   if test "x$host_alias" = x; then
3056   ac_cv_host=$ac_cv_build
3057 else
3058   ac_cv_host=`$SHELL "$ac_aux_dir/config.sub" $host_alias` ||
3059     as_fn_error $? "$SHELL $ac_aux_dir/config.sub $host_alias failed" "$LINENO" 5
3060 fi
3061
3062 fi
3063 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_cv_host" >&5
3064 $as_echo "$ac_cv_host" >&6; }
3065 case $ac_cv_host in
3066 *-*-*) ;;
3067 *) as_fn_error $? "invalid value of canonical host" "$LINENO" 5;;
3068 esac
3069 host=$ac_cv_host
3070 ac_save_IFS=$IFS; IFS='-'
3071 set x $ac_cv_host
3072 shift
3073 host_cpu=$1
3074 host_vendor=$2
3075 shift; shift
3076 # Remember, the first character of IFS is used to create $*,
3077 # except with old shells:
3078 host_os=$*
3079 IFS=$ac_save_IFS
3080 case $host_os in *\ *) host_os=`echo "$host_os" | sed 's/ /-/g'`;; esac
3081
3082
3083
3084 ac_ext=cpp
3085 ac_cpp='$CXXCPP $CPPFLAGS'
3086 ac_compile='$CXX -c $CXXFLAGS $CPPFLAGS conftest.$ac_ext >&5'
3087 ac_link='$CXX -o conftest$ac_exeext $CXXFLAGS $CPPFLAGS $LDFLAGS conftest.$ac_ext $LIBS >&5'
3088 ac_compiler_gnu=$ac_cv_cxx_compiler_gnu
3089 if test -z "$CXX"; then
3090   if test -n "$CCC"; then
3091     CXX=$CCC
3092   else
3093     if test -n "$ac_tool_prefix"; then
3094   for ac_prog in g++ c++ gpp aCC CC cxx cc++ cl.exe FCC KCC RCC xlC_r xlC
3095   do
3096     # Extract the first word of "$ac_tool_prefix$ac_prog", so it can be a program name with args.
3097 set dummy $ac_tool_prefix$ac_prog; ac_word=$2
3098 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for $ac_word" >&5
3099 $as_echo_n "checking for $ac_word... " >&6; }
3100 if ${ac_cv_prog_CXX+:} false; then :
3101   $as_echo_n "(cached) " >&6
3102 else
3103   if test -n "$CXX"; then
3104   ac_cv_prog_CXX="$CXX" # Let the user override the test.
3105 else
3106 as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
3107 for as_dir in $PATH
3108 do
3109   IFS=$as_save_IFS
3110   test -z "$as_dir" && as_dir=.
3111     for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
3112   if { test -f "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" && $as_test_x "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext"; }; then
3113     ac_cv_prog_CXX="$ac_tool_prefix$ac_prog"
3114     $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: found $as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" >&5
3115     break 2
3116   fi
3117 done
3118   done
3119 IFS=$as_save_IFS
3120
3121 fi
3122 fi
3123 CXX=$ac_cv_prog_CXX
3124 if test -n "$CXX"; then
3125   { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $CXX" >&5
3126 $as_echo "$CXX" >&6; }
3127 else
3128   { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: no" >&5
3129 $as_echo "no" >&6; }
3130 fi
3131
3132
3133     test -n "$CXX" && break
3134   done
3135 fi
3136 if test -z "$CXX"; then
3137   ac_ct_CXX=$CXX
3138   for ac_prog in g++ c++ gpp aCC CC cxx cc++ cl.exe FCC KCC RCC xlC_r xlC
3139 do
3140   # Extract the first word of "$ac_prog", so it can be a program name with args.
3141 set dummy $ac_prog; ac_word=$2
3142 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for $ac_word" >&5
3143 $as_echo_n "checking for $ac_word... " >&6; }
3144 if ${ac_cv_prog_ac_ct_CXX+:} false; then :
3145   $as_echo_n "(cached) " >&6
3146 else
3147   if test -n "$ac_ct_CXX"; then
3148   ac_cv_prog_ac_ct_CXX="$ac_ct_CXX" # Let the user override the test.
3149 else
3150 as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
3151 for as_dir in $PATH
3152 do
3153   IFS=$as_save_IFS
3154   test -z "$as_dir" && as_dir=.
3155     for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
3156   if { test -f "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" && $as_test_x "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext"; }; then
3157     ac_cv_prog_ac_ct_CXX="$ac_prog"
3158     $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: found $as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" >&5
3159     break 2
3160   fi
3161 done
3162   done
3163 IFS=$as_save_IFS
3164
3165 fi
3166 fi
3167 ac_ct_CXX=$ac_cv_prog_ac_ct_CXX
3168 if test -n "$ac_ct_CXX"; then
3169   { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_ct_CXX" >&5
3170 $as_echo "$ac_ct_CXX" >&6; }
3171 else
3172   { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: no" >&5
3173 $as_echo "no" >&6; }
3174 fi
3175
3176
3177   test -n "$ac_ct_CXX" && break
3178 done
3179
3180   if test "x$ac_ct_CXX" = x; then
3181     CXX="g++"
3182   else
3183     case $cross_compiling:$ac_tool_warned in
3184 yes:)
3185 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: WARNING: using cross tools not prefixed with host triplet" >&5
3186 $as_echo "$as_me: WARNING: using cross tools not prefixed with host triplet" >&2;}
3187 ac_tool_warned=yes ;;
3188 esac
3189     CXX=$ac_ct_CXX
3190   fi
3191 fi
3192
3193   fi
3194 fi
3195 # Provide some information about the compiler.
3196 $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for C++ compiler version" >&5
3197 set X $ac_compile
3198 ac_compiler=$2
3199 for ac_option in --version -v -V -qversion; do
3200   { { ac_try="$ac_compiler $ac_option >&5"
3201 case "(($ac_try" in
3202   *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
3203   *) ac_try_echo=$ac_try;;
3204 esac
3205 eval ac_try_echo="\"\$as_me:${as_lineno-$LINENO}: $ac_try_echo\""
3206 $as_echo "$ac_try_echo"; } >&5
3207   (eval "$ac_compiler $ac_option >&5") 2>conftest.err
3208   ac_status=$?
3209   if test -s conftest.err; then
3210     sed '10a\
3211 ... rest of stderr output deleted ...
3212          10q' conftest.err >conftest.er1
3213     cat conftest.er1 >&5
3214   fi
3215   rm -f conftest.er1 conftest.err
3216   $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: \$? = $ac_status" >&5
3217   test $ac_status = 0; }
3218 done
3219
3220 cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
3221 /* end confdefs.h.  */
3222
3223 int
3224 main ()
3225 {
3226
3227   ;
3228   return 0;
3229 }
3230 _ACEOF
3231 ac_clean_files_save=$ac_clean_files
3232 ac_clean_files="$ac_clean_files a.out a.out.dSYM a.exe b.out"
3233 # Try to create an executable without -o first, disregard a.out.
3234 # It will help us diagnose broken compilers, and finding out an intuition
3235 # of exeext.
3236 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking whether the C++ compiler works" >&5
3237 $as_echo_n "checking whether the C++ compiler works... " >&6; }
3238 ac_link_default=`$as_echo "$ac_link" | sed 's/ -o *conftest[^ ]*//'`
3239
3240 # The possible output files:
3241 ac_files="a.out conftest.exe conftest a.exe a_out.exe b.out conftest.*"
3242
3243 ac_rmfiles=
3244 for ac_file in $ac_files
3245 do
3246   case $ac_file in
3247     *.$ac_ext | *.xcoff | *.tds | *.d | *.pdb | *.xSYM | *.bb | *.bbg | *.map | *.inf | *.dSYM | *.o | *.obj ) ;;
3248     * ) ac_rmfiles="$ac_rmfiles $ac_file";;
3249   esac
3250 done
3251 rm -f $ac_rmfiles
3252
3253 if { { ac_try="$ac_link_default"
3254 case "(($ac_try" in
3255   *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
3256   *) ac_try_echo=$ac_try;;
3257 esac
3258 eval ac_try_echo="\"\$as_me:${as_lineno-$LINENO}: $ac_try_echo\""
3259 $as_echo "$ac_try_echo"; } >&5
3260   (eval "$ac_link_default") 2>&5
3261   ac_status=$?
3262   $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: \$? = $ac_status" >&5
3263   test $ac_status = 0; }; then :
3264   # Autoconf-2.13 could set the ac_cv_exeext variable to `no'.
3265 # So ignore a value of `no', otherwise this would lead to `EXEEXT = no'
3266 # in a Makefile.  We should not override ac_cv_exeext if it was cached,
3267 # so that the user can short-circuit this test for compilers unknown to
3268 # Autoconf.
3269 for ac_file in $ac_files ''
3270 do
3271   test -f "$ac_file" || continue
3272   case $ac_file in
3273     *.$ac_ext | *.xcoff | *.tds | *.d | *.pdb | *.xSYM | *.bb | *.bbg | *.map | *.inf | *.dSYM | *.o | *.obj )
3274         ;;
3275     [ab].out )
3276         # We found the default executable, but exeext='' is most
3277         # certainly right.
3278         break;;
3279     *.* )
3280         if test "${ac_cv_exeext+set}" = set && test "$ac_cv_exeext" != no;
3281         then :; else
3282            ac_cv_exeext=`expr "$ac_file" : '[^.]*\(\..*\)'`
3283         fi
3284         # We set ac_cv_exeext here because the later test for it is not
3285         # safe: cross compilers may not add the suffix if given an `-o'
3286         # argument, so we may need to know it at that point already.
3287         # Even if this section looks crufty: it has the advantage of
3288         # actually working.
3289         break;;
3290     * )
3291         break;;
3292   esac
3293 done
3294 test "$ac_cv_exeext" = no && ac_cv_exeext=
3295
3296 else
3297   ac_file=''
3298 fi
3299 if test -z "$ac_file"; then :
3300   { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: no" >&5
3301 $as_echo "no" >&6; }
3302 $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
3303 sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
3304
3305 { { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: error: in \`$ac_pwd':" >&5
3306 $as_echo "$as_me: error: in \`$ac_pwd':" >&2;}
3307 as_fn_error 77 "C++ compiler cannot create executables
3308 See \`config.log' for more details" "$LINENO" 5; }
3309 else
3310   { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: yes" >&5
3311 $as_echo "yes" >&6; }
3312 fi
3313 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for C++ compiler default output file name" >&5
3314 $as_echo_n "checking for C++ compiler default output file name... " >&6; }
3315 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_file" >&5
3316 $as_echo "$ac_file" >&6; }
3317 ac_exeext=$ac_cv_exeext
3318
3319 rm -f -r a.out a.out.dSYM a.exe conftest$ac_cv_exeext b.out
3320 ac_clean_files=$ac_clean_files_save
3321 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for suffix of executables" >&5
3322 $as_echo_n "checking for suffix of executables... " >&6; }
3323 if { { ac_try="$ac_link"
3324 case "(($ac_try" in
3325   *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
3326   *) ac_try_echo=$ac_try;;
3327 esac
3328 eval ac_try_echo="\"\$as_me:${as_lineno-$LINENO}: $ac_try_echo\""
3329 $as_echo "$ac_try_echo"; } >&5
3330   (eval "$ac_link") 2>&5
3331   ac_status=$?
3332   $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: \$? = $ac_status" >&5
3333   test $ac_status = 0; }; then :
3334   # If both `conftest.exe' and `conftest' are `present' (well, observable)
3335 # catch `conftest.exe'.  For instance with Cygwin, `ls conftest' will
3336 # work properly (i.e., refer to `conftest.exe'), while it won't with
3337 # `rm'.
3338 for ac_file in conftest.exe conftest conftest.*; do
3339   test -f "$ac_file" || continue
3340   case $ac_file in
3341     *.$ac_ext | *.xcoff | *.tds | *.d | *.pdb | *.xSYM | *.bb | *.bbg | *.map | *.inf | *.dSYM | *.o | *.obj ) ;;
3342     *.* ) ac_cv_exeext=`expr "$ac_file" : '[^.]*\(\..*\)'`
3343           break;;
3344     * ) break;;
3345   esac
3346 done
3347 else
3348   { { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: error: in \`$ac_pwd':" >&5
3349 $as_echo "$as_me: error: in \`$ac_pwd':" >&2;}
3350 as_fn_error $? "cannot compute suffix of executables: cannot compile and link
3351 See \`config.log' for more details" "$LINENO" 5; }
3352 fi
3353 rm -f conftest conftest$ac_cv_exeext
3354 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_cv_exeext" >&5
3355 $as_echo "$ac_cv_exeext" >&6; }
3356
3357 rm -f conftest.$ac_ext
3358 EXEEXT=$ac_cv_exeext
3359 ac_exeext=$EXEEXT
3360 cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
3361 /* end confdefs.h.  */
3362 #include <stdio.h>
3363 int
3364 main ()
3365 {
3366 FILE *f = fopen ("conftest.out", "w");
3367  return ferror (f) || fclose (f) != 0;
3368
3369   ;
3370   return 0;
3371 }
3372 _ACEOF
3373 ac_clean_files="$ac_clean_files conftest.out"
3374 # Check that the compiler produces executables we can run.  If not, either
3375 # the compiler is broken, or we cross compile.
3376 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking whether we are cross compiling" >&5
3377 $as_echo_n "checking whether we are cross compiling... " >&6; }
3378 if test "$cross_compiling" != yes; then
3379   { { ac_try="$ac_link"
3380 case "(($ac_try" in
3381   *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
3382   *) ac_try_echo=$ac_try;;
3383 esac
3384 eval ac_try_echo="\"\$as_me:${as_lineno-$LINENO}: $ac_try_echo\""
3385 $as_echo "$ac_try_echo"; } >&5
3386   (eval "$ac_link") 2>&5
3387   ac_status=$?
3388   $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: \$? = $ac_status" >&5
3389   test $ac_status = 0; }
3390   if { ac_try='./conftest$ac_cv_exeext'
3391   { { case "(($ac_try" in
3392   *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
3393   *) ac_try_echo=$ac_try;;
3394 esac
3395 eval ac_try_echo="\"\$as_me:${as_lineno-$LINENO}: $ac_try_echo\""
3396 $as_echo "$ac_try_echo"; } >&5
3397   (eval "$ac_try") 2>&5
3398   ac_status=$?
3399   $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: \$? = $ac_status" >&5
3400   test $ac_status = 0; }; }; then
3401     cross_compiling=no
3402   else
3403     if test "$cross_compiling" = maybe; then
3404         cross_compiling=yes
3405     else
3406         { { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: error: in \`$ac_pwd':" >&5
3407 $as_echo "$as_me: error: in \`$ac_pwd':" >&2;}
3408 as_fn_error $? "cannot run C++ compiled programs.
3409 If you meant to cross compile, use \`--host'.
3410 See \`config.log' for more details" "$LINENO" 5; }
3411     fi
3412   fi
3413 fi
3414 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $cross_compiling" >&5
3415 $as_echo "$cross_compiling" >&6; }
3416
3417 rm -f conftest.$ac_ext conftest$ac_cv_exeext conftest.out
3418 ac_clean_files=$ac_clean_files_save
3419 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for suffix of object files" >&5
3420 $as_echo_n "checking for suffix of object files... " >&6; }
3421 if ${ac_cv_objext+:} false; then :
3422   $as_echo_n "(cached) " >&6
3423 else
3424   cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
3425 /* end confdefs.h.  */
3426
3427 int
3428 main ()
3429 {
3430
3431   ;
3432   return 0;
3433 }
3434 _ACEOF
3435 rm -f conftest.o conftest.obj
3436 if { { ac_try="$ac_compile"
3437 case "(($ac_try" in
3438   *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
3439   *) ac_try_echo=$ac_try;;
3440 esac
3441 eval ac_try_echo="\"\$as_me:${as_lineno-$LINENO}: $ac_try_echo\""
3442 $as_echo "$ac_try_echo"; } >&5
3443   (eval "$ac_compile") 2>&5
3444   ac_status=$?
3445   $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: \$? = $ac_status" >&5
3446   test $ac_status = 0; }; then :
3447   for ac_file in conftest.o conftest.obj conftest.*; do
3448   test -f "$ac_file" || continue;
3449   case $ac_file in
3450     *.$ac_ext | *.xcoff | *.tds | *.d | *.pdb | *.xSYM | *.bb | *.bbg | *.map | *.inf | *.dSYM ) ;;
3451     *) ac_cv_objext=`expr "$ac_file" : '.*\.\(.*\)'`
3452        break;;
3453   esac
3454 done
3455 else
3456   $as_echo "$as_me: failed program was:" >&5
3457 sed 's/^/| /' conftest.$ac_ext >&5
3458
3459 { { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: error: in \`$ac_pwd':" >&5
3460 $as_echo "$as_me: error: in \`$ac_pwd':" >&2;}
3461 as_fn_error $? "cannot compute suffix of object files: cannot compile
3462 See \`config.log' for more details" "$LINENO" 5; }
3463 fi
3464 rm -f conftest.$ac_cv_objext conftest.$ac_ext
3465 fi
3466 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_cv_objext" >&5
3467 $as_echo "$ac_cv_objext" >&6; }
3468 OBJEXT=$ac_cv_objext
3469 ac_objext=$OBJEXT
3470 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking whether we are using the GNU C++ compiler" >&5
3471 $as_echo_n "checking whether we are using the GNU C++ compiler... " >&6; }
3472 if ${ac_cv_cxx_compiler_gnu+:} false; then :
3473   $as_echo_n "(cached) " >&6
3474 else
3475   cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
3476 /* end confdefs.h.  */
3477
3478 int
3479 main ()
3480 {
3481 #ifndef __GNUC__
3482        choke me
3483 #endif
3484
3485   ;
3486   return 0;
3487 }
3488 _ACEOF
3489 if ac_fn_cxx_try_compile "$LINENO"; then :
3490   ac_compiler_gnu=yes
3491 else
3492   ac_compiler_gnu=no
3493 fi
3494 rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
3495 ac_cv_cxx_compiler_gnu=$ac_compiler_gnu
3496
3497 fi
3498 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_cv_cxx_compiler_gnu" >&5
3499 $as_echo "$ac_cv_cxx_compiler_gnu" >&6; }
3500 if test $ac_compiler_gnu = yes; then
3501   GXX=yes
3502 else
3503   GXX=
3504 fi
3505 ac_test_CXXFLAGS=${CXXFLAGS+set}
3506 ac_save_CXXFLAGS=$CXXFLAGS
3507 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking whether $CXX accepts -g" >&5
3508 $as_echo_n "checking whether $CXX accepts -g... " >&6; }
3509 if ${ac_cv_prog_cxx_g+:} false; then :
3510   $as_echo_n "(cached) " >&6
3511 else
3512   ac_save_cxx_werror_flag=$ac_cxx_werror_flag
3513    ac_cxx_werror_flag=yes
3514    ac_cv_prog_cxx_g=no
3515    CXXFLAGS="-g"
3516    cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
3517 /* end confdefs.h.  */
3518
3519 int
3520 main ()
3521 {
3522
3523   ;
3524   return 0;
3525 }
3526 _ACEOF
3527 if ac_fn_cxx_try_compile "$LINENO"; then :
3528   ac_cv_prog_cxx_g=yes
3529 else
3530   CXXFLAGS=""
3531       cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
3532 /* end confdefs.h.  */
3533
3534 int
3535 main ()
3536 {
3537
3538   ;
3539   return 0;
3540 }
3541 _ACEOF
3542 if ac_fn_cxx_try_compile "$LINENO"; then :
3543
3544 else
3545   ac_cxx_werror_flag=$ac_save_cxx_werror_flag
3546          CXXFLAGS="-g"
3547          cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
3548 /* end confdefs.h.  */
3549
3550 int
3551 main ()
3552 {
3553
3554   ;
3555   return 0;
3556 }
3557 _ACEOF
3558 if ac_fn_cxx_try_compile "$LINENO"; then :
3559   ac_cv_prog_cxx_g=yes
3560 fi
3561 rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
3562 fi
3563 rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
3564 fi
3565 rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
3566    ac_cxx_werror_flag=$ac_save_cxx_werror_flag
3567 fi
3568 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_cv_prog_cxx_g" >&5
3569 $as_echo "$ac_cv_prog_cxx_g" >&6; }
3570 if test "$ac_test_CXXFLAGS" = set; then
3571   CXXFLAGS=$ac_save_CXXFLAGS
3572 elif test $ac_cv_prog_cxx_g = yes; then
3573   if test "$GXX" = yes; then
3574     CXXFLAGS="-g -O2"
3575   else
3576     CXXFLAGS="-g"
3577   fi
3578 else
3579   if test "$GXX" = yes; then
3580     CXXFLAGS="-O2"
3581   else
3582     CXXFLAGS=
3583   fi
3584 fi
3585 ac_ext=c
3586 ac_cpp='$CPP $CPPFLAGS'
3587 ac_compile='$CC -c $CFLAGS $CPPFLAGS conftest.$ac_ext >&5'
3588 ac_link='$CC -o conftest$ac_exeext $CFLAGS $CPPFLAGS $LDFLAGS conftest.$ac_ext $LIBS >&5'
3589 ac_compiler_gnu=$ac_cv_c_compiler_gnu
3590 DEPDIR="${am__leading_dot}deps"
3591
3592 ac_config_commands="$ac_config_commands depfiles"
3593
3594
3595 am_make=${MAKE-make}
3596 cat > confinc << 'END'
3597 am__doit:
3598         @echo this is the am__doit target
3599 .PHONY: am__doit
3600 END
3601 # If we don't find an include directive, just comment out the code.
3602 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for style of include used by $am_make" >&5
3603 $as_echo_n "checking for style of include used by $am_make... " >&6; }
3604 am__include="#"
3605 am__quote=
3606 _am_result=none
3607 # First try GNU make style include.
3608 echo "include confinc" > confmf
3609 # Ignore all kinds of additional output from `make'.
3610 case `$am_make -s -f confmf 2> /dev/null` in #(
3611 *the\ am__doit\ target*)
3612   am__include=include
3613   am__quote=
3614   _am_result=GNU
3615   ;;
3616 esac
3617 # Now try BSD make style include.
3618 if test "$am__include" = "#"; then
3619    echo '.include "confinc"' > confmf
3620    case `$am_make -s -f confmf 2> /dev/null` in #(
3621    *the\ am__doit\ target*)
3622      am__include=.include
3623      am__quote="\""
3624      _am_result=BSD
3625      ;;
3626    esac
3627 fi
3628
3629
3630 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $_am_result" >&5
3631 $as_echo "$_am_result" >&6; }
3632 rm -f confinc confmf
3633
3634 # Check whether --enable-dependency-tracking was given.
3635 if test "${enable_dependency_tracking+set}" = set; then :
3636   enableval=$enable_dependency_tracking;
3637 fi
3638
3639 if test "x$enable_dependency_tracking" != xno; then
3640   am_depcomp="$ac_aux_dir/depcomp"
3641   AMDEPBACKSLASH='\'
3642   am__nodep='_no'
3643 fi
3644  if test "x$enable_dependency_tracking" != xno; then
3645   AMDEP_TRUE=
3646   AMDEP_FALSE='#'
3647 else
3648   AMDEP_TRUE='#'
3649   AMDEP_FALSE=
3650 fi
3651
3652
3653
3654 depcc="$CXX"  am_compiler_list=
3655
3656 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking dependency style of $depcc" >&5
3657 $as_echo_n "checking dependency style of $depcc... " >&6; }
3658 if ${am_cv_CXX_dependencies_compiler_type+:} false; then :
3659   $as_echo_n "(cached) " >&6
3660 else
3661   if test -z "$AMDEP_TRUE" && test -f "$am_depcomp"; then
3662   # We make a subdir and do the tests there.  Otherwise we can end up
3663   # making bogus files that we don't know about and never remove.  For
3664   # instance it was reported that on HP-UX the gcc test will end up
3665   # making a dummy file named `D' -- because `-MD' means `put the output
3666   # in D'.
3667   rm -rf conftest.dir
3668   mkdir conftest.dir
3669   # Copy depcomp to subdir because otherwise we won't find it if we're
3670   # using a relative directory.
3671   cp "$am_depcomp" conftest.dir
3672   cd conftest.dir
3673   # We will build objects and dependencies in a subdirectory because
3674   # it helps to detect inapplicable dependency modes.  For instance
3675   # both Tru64's cc and ICC support -MD to output dependencies as a
3676   # side effect of compilation, but ICC will put the dependencies in
3677   # the current directory while Tru64 will put them in the object
3678   # directory.
3679   mkdir sub
3680
3681   am_cv_CXX_dependencies_compiler_type=none
3682   if test "$am_compiler_list" = ""; then
3683      am_compiler_list=`sed -n 's/^#*\([a-zA-Z0-9]*\))$/\1/p' < ./depcomp`
3684   fi
3685   am__universal=false
3686   case " $depcc " in #(
3687      *\ -arch\ *\ -arch\ *) am__universal=true ;;
3688      esac
3689
3690   for depmode in $am_compiler_list; do
3691     # Setup a source with many dependencies, because some compilers
3692     # like to wrap large dependency lists on column 80 (with \), and
3693     # we should not choose a depcomp mode which is confused by this.
3694     #
3695     # We need to recreate these files for each test, as the compiler may
3696     # overwrite some of them when testing with obscure command lines.
3697     # This happens at least with the AIX C compiler.
3698     : > sub/conftest.c
3699     for i in 1 2 3 4 5 6; do
3700       echo '#include "conftst'$i'.h"' >> sub/conftest.c
3701       # Using `: > sub/conftst$i.h' creates only sub/conftst1.h with
3702       # Solaris 8's {/usr,}/bin/sh.
3703       touch sub/conftst$i.h
3704     done
3705     echo "${am__include} ${am__quote}sub/conftest.Po${am__quote}" > confmf
3706
3707     # We check with `-c' and `-o' for the sake of the "dashmstdout"
3708     # mode.  It turns out that the SunPro C++ compiler does not properly
3709     # handle `-M -o', and we need to detect this.  Also, some Intel
3710     # versions had trouble with output in subdirs
3711     am__obj=sub/conftest.${OBJEXT-o}
3712     am__minus_obj="-o $am__obj"
3713     case $depmode in
3714     gcc)
3715       # This depmode causes a compiler race in universal mode.
3716       test "$am__universal" = false || continue
3717       ;;
3718     nosideeffect)
3719       # after this tag, mechanisms are not by side-effect, so they'll
3720       # only be used when explicitly requested
3721       if test "x$enable_dependency_tracking" = xyes; then
3722         continue
3723       else
3724         break
3725       fi
3726       ;;
3727     msvc7 | msvc7msys | msvisualcpp | msvcmsys)
3728       # This compiler won't grok `-c -o', but also, the minuso test has
3729       # not run yet.  These depmodes are late enough in the game, and
3730       # so weak that their functioning should not be impacted.
3731       am__obj=conftest.${OBJEXT-o}
3732       am__minus_obj=
3733       ;;
3734     none) break ;;
3735     esac
3736     if depmode=$depmode \
3737        source=sub/conftest.c object=$am__obj \
3738        depfile=sub/conftest.Po tmpdepfile=sub/conftest.TPo \
3739        $SHELL ./depcomp $depcc -c $am__minus_obj sub/conftest.c \
3740          >/dev/null 2>conftest.err &&
3741        grep sub/conftst1.h sub/conftest.Po > /dev/null 2>&1 &&
3742        grep sub/conftst6.h sub/conftest.Po > /dev/null 2>&1 &&
3743        grep $am__obj sub/conftest.Po > /dev/null 2>&1 &&
3744        ${MAKE-make} -s -f confmf > /dev/null 2>&1; then
3745       # icc doesn't choke on unknown options, it will just issue warnings
3746       # or remarks (even with -Werror).  So we grep stderr for any message
3747       # that says an option was ignored or not supported.
3748       # When given -MP, icc 7.0 and 7.1 complain thusly:
3749       #   icc: Command line warning: ignoring option '-M'; no argument required
3750       # The diagnosis changed in icc 8.0:
3751       #   icc: Command line remark: option '-MP' not supported
3752       if (grep 'ignoring option' conftest.err ||
3753           grep 'not supported' conftest.err) >/dev/null 2>&1; then :; else
3754         am_cv_CXX_dependencies_compiler_type=$depmode
3755         break
3756       fi
3757     fi
3758   done
3759
3760   cd ..
3761   rm -rf conftest.dir
3762 else
3763   am_cv_CXX_dependencies_compiler_type=none
3764 fi
3765
3766 fi
3767 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $am_cv_CXX_dependencies_compiler_type" >&5
3768 $as_echo "$am_cv_CXX_dependencies_compiler_type" >&6; }
3769 CXXDEPMODE=depmode=$am_cv_CXX_dependencies_compiler_type
3770
3771  if
3772   test "x$enable_dependency_tracking" != xno \
3773   && test "$am_cv_CXX_dependencies_compiler_type" = gcc3; then
3774   am__fastdepCXX_TRUE=
3775   am__fastdepCXX_FALSE='#'
3776 else
3777   am__fastdepCXX_TRUE='#'
3778   am__fastdepCXX_FALSE=
3779 fi
3780
3781
3782 ac_ext=cpp
3783 ac_cpp='$CXXCPP $CPPFLAGS'
3784 ac_compile='$CXX -c $CXXFLAGS $CPPFLAGS conftest.$ac_ext >&5'
3785 ac_link='$CXX -o conftest$ac_exeext $CXXFLAGS $CPPFLAGS $LDFLAGS conftest.$ac_ext $LIBS >&5'
3786 ac_compiler_gnu=$ac_cv_cxx_compiler_gnu
3787 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking how to run the C++ preprocessor" >&5
3788 $as_echo_n "checking how to run the C++ preprocessor... " >&6; }
3789 if test -z "$CXXCPP"; then
3790   if ${ac_cv_prog_CXXCPP+:} false; then :
3791   $as_echo_n "(cached) " >&6
3792 else
3793       # Double quotes because CXXCPP needs to be expanded
3794     for CXXCPP in "$CXX -E" "/lib/cpp"
3795     do
3796       ac_preproc_ok=false
3797 for ac_cxx_preproc_warn_flag in '' yes
3798 do
3799   # Use a header file that comes with gcc, so configuring glibc
3800   # with a fresh cross-compiler works.
3801   # Prefer <limits.h> to <assert.h> if __STDC__ is defined, since
3802   # <limits.h> exists even on freestanding compilers.
3803   # On the NeXT, cc -E runs the code through the compiler's parser,
3804   # not just through cpp. "Syntax error" is here to catch this case.
3805   cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
3806 /* end confdefs.h.  */
3807 #ifdef __STDC__
3808 # include <limits.h>
3809 #else
3810 # include <assert.h>
3811 #endif
3812                      Syntax error
3813 _ACEOF
3814 if ac_fn_cxx_try_cpp "$LINENO"; then :
3815
3816 else
3817   # Broken: fails on valid input.
3818 continue
3819 fi
3820 rm -f conftest.err conftest.i conftest.$ac_ext
3821
3822   # OK, works on sane cases.  Now check whether nonexistent headers
3823   # can be detected and how.
3824   cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
3825 /* end confdefs.h.  */
3826 #include <ac_nonexistent.h>
3827 _ACEOF
3828 if ac_fn_cxx_try_cpp "$LINENO"; then :
3829   # Broken: success on invalid input.
3830 continue
3831 else
3832   # Passes both tests.
3833 ac_preproc_ok=:
3834 break
3835 fi
3836 rm -f conftest.err conftest.i conftest.$ac_ext
3837
3838 done
3839 # Because of `break', _AC_PREPROC_IFELSE's cleaning code was skipped.
3840 rm -f conftest.i conftest.err conftest.$ac_ext
3841 if $ac_preproc_ok; then :
3842   break
3843 fi
3844
3845     done
3846     ac_cv_prog_CXXCPP=$CXXCPP
3847
3848 fi
3849   CXXCPP=$ac_cv_prog_CXXCPP
3850 else
3851   ac_cv_prog_CXXCPP=$CXXCPP
3852 fi
3853 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $CXXCPP" >&5
3854 $as_echo "$CXXCPP" >&6; }
3855 ac_preproc_ok=false
3856 for ac_cxx_preproc_warn_flag in '' yes
3857 do
3858   # Use a header file that comes with gcc, so configuring glibc
3859   # with a fresh cross-compiler works.
3860   # Prefer <limits.h> to <assert.h> if __STDC__ is defined, since
3861   # <limits.h> exists even on freestanding compilers.
3862   # On the NeXT, cc -E runs the code through the compiler's parser,
3863   # not just through cpp. "Syntax error" is here to catch this case.
3864   cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
3865 /* end confdefs.h.  */
3866 #ifdef __STDC__
3867 # include <limits.h>
3868 #else
3869 # include <assert.h>
3870 #endif
3871                      Syntax error
3872 _ACEOF
3873 if ac_fn_cxx_try_cpp "$LINENO"; then :
3874
3875 else
3876   # Broken: fails on valid input.
3877 continue
3878 fi
3879 rm -f conftest.err conftest.i conftest.$ac_ext
3880
3881   # OK, works on sane cases.  Now check whether nonexistent headers
3882   # can be detected and how.
3883   cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
3884 /* end confdefs.h.  */
3885 #include <ac_nonexistent.h>
3886 _ACEOF
3887 if ac_fn_cxx_try_cpp "$LINENO"; then :
3888   # Broken: success on invalid input.
3889 continue
3890 else
3891   # Passes both tests.
3892 ac_preproc_ok=:
3893 break
3894 fi
3895 rm -f conftest.err conftest.i conftest.$ac_ext
3896
3897 done
3898 # Because of `break', _AC_PREPROC_IFELSE's cleaning code was skipped.
3899 rm -f conftest.i conftest.err conftest.$ac_ext
3900 if $ac_preproc_ok; then :
3901
3902 else
3903   { { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: error: in \`$ac_pwd':" >&5
3904 $as_echo "$as_me: error: in \`$ac_pwd':" >&2;}
3905 as_fn_error $? "C++ preprocessor \"$CXXCPP\" fails sanity check
3906 See \`config.log' for more details" "$LINENO" 5; }
3907 fi
3908
3909 ac_ext=c
3910 ac_cpp='$CPP $CPPFLAGS'
3911 ac_compile='$CC -c $CFLAGS $CPPFLAGS conftest.$ac_ext >&5'
3912 ac_link='$CC -o conftest$ac_exeext $CFLAGS $CPPFLAGS $LDFLAGS conftest.$ac_ext $LIBS >&5'
3913 ac_compiler_gnu=$ac_cv_c_compiler_gnu
3914
3915 ac_ext=c
3916 ac_cpp='$CPP $CPPFLAGS'
3917 ac_compile='$CC -c $CFLAGS $CPPFLAGS conftest.$ac_ext >&5'
3918 ac_link='$CC -o conftest$ac_exeext $CFLAGS $CPPFLAGS $LDFLAGS conftest.$ac_ext $LIBS >&5'
3919 ac_compiler_gnu=$ac_cv_c_compiler_gnu
3920 if test -n "$ac_tool_prefix"; then
3921   # Extract the first word of "${ac_tool_prefix}gcc", so it can be a program name with args.
3922 set dummy ${ac_tool_prefix}gcc; ac_word=$2
3923 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for $ac_word" >&5
3924 $as_echo_n "checking for $ac_word... " >&6; }
3925 if ${ac_cv_prog_CC+:} false; then :
3926   $as_echo_n "(cached) " >&6
3927 else
3928   if test -n "$CC"; then
3929   ac_cv_prog_CC="$CC" # Let the user override the test.
3930 else
3931 as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
3932 for as_dir in $PATH
3933 do
3934   IFS=$as_save_IFS
3935   test -z "$as_dir" && as_dir=.
3936     for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
3937   if { test -f "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" && $as_test_x "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext"; }; then
3938     ac_cv_prog_CC="${ac_tool_prefix}gcc"
3939     $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: found $as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" >&5
3940     break 2
3941   fi
3942 done
3943   done
3944 IFS=$as_save_IFS
3945
3946 fi
3947 fi
3948 CC=$ac_cv_prog_CC
3949 if test -n "$CC"; then
3950   { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $CC" >&5
3951 $as_echo "$CC" >&6; }
3952 else
3953   { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: no" >&5
3954 $as_echo "no" >&6; }
3955 fi
3956
3957
3958 fi
3959 if test -z "$ac_cv_prog_CC"; then
3960   ac_ct_CC=$CC
3961   # Extract the first word of "gcc", so it can be a program name with args.
3962 set dummy gcc; ac_word=$2
3963 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for $ac_word" >&5
3964 $as_echo_n "checking for $ac_word... " >&6; }
3965 if ${ac_cv_prog_ac_ct_CC+:} false; then :
3966   $as_echo_n "(cached) " >&6
3967 else
3968   if test -n "$ac_ct_CC"; then
3969   ac_cv_prog_ac_ct_CC="$ac_ct_CC" # Let the user override the test.
3970 else
3971 as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
3972 for as_dir in $PATH
3973 do
3974   IFS=$as_save_IFS
3975   test -z "$as_dir" && as_dir=.
3976     for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
3977   if { test -f "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" && $as_test_x "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext"; }; then
3978     ac_cv_prog_ac_ct_CC="gcc"
3979     $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: found $as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" >&5
3980     break 2
3981   fi
3982 done
3983   done
3984 IFS=$as_save_IFS
3985
3986 fi
3987 fi
3988 ac_ct_CC=$ac_cv_prog_ac_ct_CC
3989 if test -n "$ac_ct_CC"; then
3990   { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_ct_CC" >&5
3991 $as_echo "$ac_ct_CC" >&6; }
3992 else
3993   { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: no" >&5
3994 $as_echo "no" >&6; }
3995 fi
3996
3997   if test "x$ac_ct_CC" = x; then
3998     CC=""
3999   else
4000     case $cross_compiling:$ac_tool_warned in
4001 yes:)
4002 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: WARNING: using cross tools not prefixed with host triplet" >&5
4003 $as_echo "$as_me: WARNING: using cross tools not prefixed with host triplet" >&2;}
4004 ac_tool_warned=yes ;;
4005 esac
4006     CC=$ac_ct_CC
4007   fi
4008 else
4009   CC="$ac_cv_prog_CC"
4010 fi
4011
4012 if test -z "$CC"; then
4013           if test -n "$ac_tool_prefix"; then
4014     # Extract the first word of "${ac_tool_prefix}cc", so it can be a program name with args.
4015 set dummy ${ac_tool_prefix}cc; ac_word=$2
4016 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for $ac_word" >&5
4017 $as_echo_n "checking for $ac_word... " >&6; }
4018 if ${ac_cv_prog_CC+:} false; then :
4019   $as_echo_n "(cached) " >&6
4020 else
4021   if test -n "$CC"; then
4022   ac_cv_prog_CC="$CC" # Let the user override the test.
4023 else
4024 as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
4025 for as_dir in $PATH
4026 do
4027   IFS=$as_save_IFS
4028   test -z "$as_dir" && as_dir=.
4029     for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
4030   if { test -f "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" && $as_test_x "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext"; }; then
4031     ac_cv_prog_CC="${ac_tool_prefix}cc"
4032     $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: found $as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" >&5
4033     break 2
4034   fi
4035 done
4036   done
4037 IFS=$as_save_IFS
4038
4039 fi
4040 fi
4041 CC=$ac_cv_prog_CC
4042 if test -n "$CC"; then
4043   { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $CC" >&5
4044 $as_echo "$CC" >&6; }
4045 else
4046   { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: no" >&5
4047 $as_echo "no" >&6; }
4048 fi
4049
4050
4051   fi
4052 fi
4053 if test -z "$CC"; then
4054   # Extract the first word of "cc", so it can be a program name with args.
4055 set dummy cc; ac_word=$2
4056 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for $ac_word" >&5
4057 $as_echo_n "checking for $ac_word... " >&6; }
4058 if ${ac_cv_prog_CC+:} false; then :
4059   $as_echo_n "(cached) " >&6
4060 else
4061   if test -n "$CC"; then
4062   ac_cv_prog_CC="$CC" # Let the user override the test.
4063 else
4064   ac_prog_rejected=no
4065 as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
4066 for as_dir in $PATH
4067 do
4068   IFS=$as_save_IFS
4069   test -z "$as_dir" && as_dir=.
4070     for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
4071   if { test -f "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" && $as_test_x "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext"; }; then
4072     if test "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" = "/usr/ucb/cc"; then
4073        ac_prog_rejected=yes
4074        continue
4075      fi
4076     ac_cv_prog_CC="cc"
4077     $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: found $as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" >&5
4078     break 2
4079   fi
4080 done
4081   done
4082 IFS=$as_save_IFS
4083
4084 if test $ac_prog_rejected = yes; then
4085   # We found a bogon in the path, so make sure we never use it.
4086   set dummy $ac_cv_prog_CC
4087   shift
4088   if test $# != 0; then
4089     # We chose a different compiler from the bogus one.
4090     # However, it has the same basename, so the bogon will be chosen
4091     # first if we set CC to just the basename; use the full file name.
4092     shift
4093     ac_cv_prog_CC="$as_dir/$ac_word${1+' '}$@"
4094   fi
4095 fi
4096 fi
4097 fi
4098 CC=$ac_cv_prog_CC
4099 if test -n "$CC"; then
4100   { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $CC" >&5
4101 $as_echo "$CC" >&6; }
4102 else
4103   { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: no" >&5
4104 $as_echo "no" >&6; }
4105 fi
4106
4107
4108 fi
4109 if test -z "$CC"; then
4110   if test -n "$ac_tool_prefix"; then
4111   for ac_prog in cl.exe
4112   do
4113     # Extract the first word of "$ac_tool_prefix$ac_prog", so it can be a program name with args.
4114 set dummy $ac_tool_prefix$ac_prog; ac_word=$2
4115 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for $ac_word" >&5
4116 $as_echo_n "checking for $ac_word... " >&6; }
4117 if ${ac_cv_prog_CC+:} false; then :
4118   $as_echo_n "(cached) " >&6
4119 else
4120   if test -n "$CC"; then
4121   ac_cv_prog_CC="$CC" # Let the user override the test.
4122 else
4123 as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
4124 for as_dir in $PATH
4125 do
4126   IFS=$as_save_IFS
4127   test -z "$as_dir" && as_dir=.
4128     for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
4129   if { test -f "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" && $as_test_x "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext"; }; then
4130     ac_cv_prog_CC="$ac_tool_prefix$ac_prog"
4131     $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: found $as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" >&5
4132     break 2
4133   fi
4134 done
4135   done
4136 IFS=$as_save_IFS
4137
4138 fi
4139 fi
4140 CC=$ac_cv_prog_CC
4141 if test -n "$CC"; then
4142   { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $CC" >&5
4143 $as_echo "$CC" >&6; }
4144 else
4145   { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: no" >&5
4146 $as_echo "no" >&6; }
4147 fi
4148
4149
4150     test -n "$CC" && break
4151   done
4152 fi
4153 if test -z "$CC"; then
4154   ac_ct_CC=$CC
4155   for ac_prog in cl.exe
4156 do
4157   # Extract the first word of "$ac_prog", so it can be a program name with args.
4158 set dummy $ac_prog; ac_word=$2
4159 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for $ac_word" >&5
4160 $as_echo_n "checking for $ac_word... " >&6; }
4161 if ${ac_cv_prog_ac_ct_CC+:} false; then :
4162   $as_echo_n "(cached) " >&6
4163 else
4164   if test -n "$ac_ct_CC"; then
4165   ac_cv_prog_ac_ct_CC="$ac_ct_CC" # Let the user override the test.
4166 else
4167 as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
4168 for as_dir in $PATH
4169 do
4170   IFS=$as_save_IFS
4171   test -z "$as_dir" && as_dir=.
4172     for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
4173   if { test -f "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" && $as_test_x "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext"; }; then
4174     ac_cv_prog_ac_ct_CC="$ac_prog"
4175     $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: found $as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" >&5
4176     break 2
4177   fi
4178 done
4179   done
4180 IFS=$as_save_IFS
4181
4182 fi
4183 fi
4184 ac_ct_CC=$ac_cv_prog_ac_ct_CC
4185 if test -n "$ac_ct_CC"; then
4186   { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_ct_CC" >&5
4187 $as_echo "$ac_ct_CC" >&6; }
4188 else
4189   { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: no" >&5
4190 $as_echo "no" >&6; }
4191 fi
4192
4193
4194   test -n "$ac_ct_CC" && break
4195 done
4196
4197   if test "x$ac_ct_CC" = x; then
4198     CC=""
4199   else
4200     case $cross_compiling:$ac_tool_warned in
4201 yes:)
4202 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: WARNING: using cross tools not prefixed with host triplet" >&5
4203 $as_echo "$as_me: WARNING: using cross tools not prefixed with host triplet" >&2;}
4204 ac_tool_warned=yes ;;
4205 esac
4206     CC=$ac_ct_CC
4207   fi
4208 fi
4209
4210 fi
4211
4212
4213 test -z "$CC" && { { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: error: in \`$ac_pwd':" >&5
4214 $as_echo "$as_me: error: in \`$ac_pwd':" >&2;}
4215 as_fn_error $? "no acceptable C compiler found in \$PATH
4216 See \`config.log' for more details" "$LINENO" 5; }
4217
4218 # Provide some information about the compiler.
4219 $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for C compiler version" >&5
4220 set X $ac_compile
4221 ac_compiler=$2
4222 for ac_option in --version -v -V -qversion; do
4223   { { ac_try="$ac_compiler $ac_option >&5"
4224 case "(($ac_try" in
4225   *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
4226   *) ac_try_echo=$ac_try;;
4227 esac
4228 eval ac_try_echo="\"\$as_me:${as_lineno-$LINENO}: $ac_try_echo\""
4229 $as_echo "$ac_try_echo"; } >&5
4230   (eval "$ac_compiler $ac_option >&5") 2>conftest.err
4231   ac_status=$?
4232   if test -s conftest.err; then
4233     sed '10a\
4234 ... rest of stderr output deleted ...
4235          10q' conftest.err >conftest.er1
4236     cat conftest.er1 >&5
4237   fi
4238   rm -f conftest.er1 conftest.err
4239   $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: \$? = $ac_status" >&5
4240   test $ac_status = 0; }
4241 done
4242
4243 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking whether we are using the GNU C compiler" >&5
4244 $as_echo_n "checking whether we are using the GNU C compiler... " >&6; }
4245 if ${ac_cv_c_compiler_gnu+:} false; then :
4246   $as_echo_n "(cached) " >&6
4247 else
4248   cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
4249 /* end confdefs.h.  */
4250
4251 int
4252 main ()
4253 {
4254 #ifndef __GNUC__
4255        choke me
4256 #endif
4257
4258   ;
4259   return 0;
4260 }
4261 _ACEOF
4262 if ac_fn_c_try_compile "$LINENO"; then :
4263   ac_compiler_gnu=yes
4264 else
4265   ac_compiler_gnu=no
4266 fi
4267 rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
4268 ac_cv_c_compiler_gnu=$ac_compiler_gnu
4269
4270 fi
4271 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_cv_c_compiler_gnu" >&5
4272 $as_echo "$ac_cv_c_compiler_gnu" >&6; }
4273 if test $ac_compiler_gnu = yes; then
4274   GCC=yes
4275 else
4276   GCC=
4277 fi
4278 ac_test_CFLAGS=${CFLAGS+set}
4279 ac_save_CFLAGS=$CFLAGS
4280 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking whether $CC accepts -g" >&5
4281 $as_echo_n "checking whether $CC accepts -g... " >&6; }
4282 if ${ac_cv_prog_cc_g+:} false; then :
4283   $as_echo_n "(cached) " >&6
4284 else
4285   ac_save_c_werror_flag=$ac_c_werror_flag
4286    ac_c_werror_flag=yes
4287    ac_cv_prog_cc_g=no
4288    CFLAGS="-g"
4289    cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
4290 /* end confdefs.h.  */
4291
4292 int
4293 main ()
4294 {
4295
4296   ;
4297   return 0;
4298 }
4299 _ACEOF
4300 if ac_fn_c_try_compile "$LINENO"; then :
4301   ac_cv_prog_cc_g=yes
4302 else
4303   CFLAGS=""
4304       cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
4305 /* end confdefs.h.  */
4306
4307 int
4308 main ()
4309 {
4310
4311   ;
4312   return 0;
4313 }
4314 _ACEOF
4315 if ac_fn_c_try_compile "$LINENO"; then :
4316
4317 else
4318   ac_c_werror_flag=$ac_save_c_werror_flag
4319          CFLAGS="-g"
4320          cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
4321 /* end confdefs.h.  */
4322
4323 int
4324 main ()
4325 {
4326
4327   ;
4328   return 0;
4329 }
4330 _ACEOF
4331 if ac_fn_c_try_compile "$LINENO"; then :
4332   ac_cv_prog_cc_g=yes
4333 fi
4334 rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
4335 fi
4336 rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
4337 fi
4338 rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
4339    ac_c_werror_flag=$ac_save_c_werror_flag
4340 fi
4341 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_cv_prog_cc_g" >&5
4342 $as_echo "$ac_cv_prog_cc_g" >&6; }
4343 if test "$ac_test_CFLAGS" = set; then
4344   CFLAGS=$ac_save_CFLAGS
4345 elif test $ac_cv_prog_cc_g = yes; then
4346   if test "$GCC" = yes; then
4347     CFLAGS="-g -O2"
4348   else
4349     CFLAGS="-g"
4350   fi
4351 else
4352   if test "$GCC" = yes; then
4353     CFLAGS="-O2"
4354   else
4355     CFLAGS=
4356   fi
4357 fi
4358 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for $CC option to accept ISO C89" >&5
4359 $as_echo_n "checking for $CC option to accept ISO C89... " >&6; }
4360 if ${ac_cv_prog_cc_c89+:} false; then :
4361   $as_echo_n "(cached) " >&6
4362 else
4363   ac_cv_prog_cc_c89=no
4364 ac_save_CC=$CC
4365 cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
4366 /* end confdefs.h.  */
4367 #include <stdarg.h>
4368 #include <stdio.h>
4369 #include <sys/types.h>
4370 #include <sys/stat.h>
4371 /* Most of the following tests are stolen from RCS 5.7's src/conf.sh.  */
4372 struct buf { int x; };
4373 FILE * (*rcsopen) (struct buf *, struct stat *, int);
4374 static char *e (p, i)
4375      char **p;
4376      int i;
4377 {
4378   return p[i];
4379 }
4380 static char *f (char * (*g) (char **, int), char **p, ...)
4381 {
4382   char *s;
4383   va_list v;
4384   va_start (v,p);
4385   s = g (p, va_arg (v,int));
4386   va_end (v);
4387   return s;
4388 }
4389
4390 /* OSF 4.0 Compaq cc is some sort of almost-ANSI by default.  It has
4391    function prototypes and stuff, but not '\xHH' hex character constants.
4392    These don't provoke an error unfortunately, instead are silently treated
4393    as 'x'.  The following induces an error, until -std is added to get
4394    proper ANSI mode.  Curiously '\x00'!='x' always comes out true, for an
4395    array size at least.  It's necessary to write '\x00'==0 to get something
4396    that's true only with -std.  */
4397 int osf4_cc_array ['\x00' == 0 ? 1 : -1];
4398
4399 /* IBM C 6 for AIX is almost-ANSI by default, but it replaces macro parameters
4400    inside strings and character constants.  */
4401 #define FOO(x) 'x'
4402 int xlc6_cc_array[FOO(a) == 'x' ? 1 : -1];
4403
4404 int test (int i, double x);
4405 struct s1 {int (*f) (int a);};
4406 struct s2 {int (*f) (double a);};
4407 int pairnames (int, char **, FILE *(*)(struct buf *, struct stat *, int), int, int);
4408 int argc;
4409 char **argv;
4410 int
4411 main ()
4412 {
4413 return f (e, argv, 0) != argv[0]  ||  f (e, argv, 1) != argv[1];
4414   ;
4415   return 0;
4416 }
4417 _ACEOF
4418 for ac_arg in '' -qlanglvl=extc89 -qlanglvl=ansi -std \
4419         -Ae "-Aa -D_HPUX_SOURCE" "-Xc -D__EXTENSIONS__"
4420 do
4421   CC="$ac_save_CC $ac_arg"
4422   if ac_fn_c_try_compile "$LINENO"; then :
4423   ac_cv_prog_cc_c89=$ac_arg
4424 fi
4425 rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext
4426   test "x$ac_cv_prog_cc_c89" != "xno" && break
4427 done
4428 rm -f conftest.$ac_ext
4429 CC=$ac_save_CC
4430
4431 fi
4432 # AC_CACHE_VAL
4433 case "x$ac_cv_prog_cc_c89" in
4434   x)
4435     { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: none needed" >&5
4436 $as_echo "none needed" >&6; } ;;
4437   xno)
4438     { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: unsupported" >&5
4439 $as_echo "unsupported" >&6; } ;;
4440   *)
4441     CC="$CC $ac_cv_prog_cc_c89"
4442     { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_cv_prog_cc_c89" >&5
4443 $as_echo "$ac_cv_prog_cc_c89" >&6; } ;;
4444 esac
4445 if test "x$ac_cv_prog_cc_c89" != xno; then :
4446
4447 fi
4448
4449 ac_ext=c
4450 ac_cpp='$CPP $CPPFLAGS'
4451 ac_compile='$CC -c $CFLAGS $CPPFLAGS conftest.$ac_ext >&5'
4452 ac_link='$CC -o conftest$ac_exeext $CFLAGS $CPPFLAGS $LDFLAGS conftest.$ac_ext $LIBS >&5'
4453 ac_compiler_gnu=$ac_cv_c_compiler_gnu
4454
4455 depcc="$CC"   am_compiler_list=
4456
4457 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking dependency style of $depcc" >&5
4458 $as_echo_n "checking dependency style of $depcc... " >&6; }
4459 if ${am_cv_CC_dependencies_compiler_type+:} false; then :
4460   $as_echo_n "(cached) " >&6
4461 else
4462   if test -z "$AMDEP_TRUE" && test -f "$am_depcomp"; then
4463   # We make a subdir and do the tests there.  Otherwise we can end up
4464   # making bogus files that we don't know about and never remove.  For
4465   # instance it was reported that on HP-UX the gcc test will end up
4466   # making a dummy file named `D' -- because `-MD' means `put the output
4467   # in D'.
4468   rm -rf conftest.dir
4469   mkdir conftest.dir
4470   # Copy depcomp to subdir because otherwise we won't find it if we're
4471   # using a relative directory.
4472   cp "$am_depcomp" conftest.dir
4473   cd conftest.dir
4474   # We will build objects and dependencies in a subdirectory because
4475   # it helps to detect inapplicable dependency modes.  For instance
4476   # both Tru64's cc and ICC support -MD to output dependencies as a
4477   # side effect of compilation, but ICC will put the dependencies in
4478   # the current directory while Tru64 will put them in the object
4479   # directory.
4480   mkdir sub
4481
4482   am_cv_CC_dependencies_compiler_type=none
4483   if test "$am_compiler_list" = ""; then
4484      am_compiler_list=`sed -n 's/^#*\([a-zA-Z0-9]*\))$/\1/p' < ./depcomp`
4485   fi
4486   am__universal=false
4487   case " $depcc " in #(
4488      *\ -arch\ *\ -arch\ *) am__universal=true ;;
4489      esac
4490
4491   for depmode in $am_compiler_list; do
4492     # Setup a source with many dependencies, because some compilers
4493     # like to wrap large dependency lists on column 80 (with \), and
4494     # we should not choose a depcomp mode which is confused by this.
4495     #
4496     # We need to recreate these files for each test, as the compiler may
4497     # overwrite some of them when testing with obscure command lines.
4498     # This happens at least with the AIX C compiler.
4499     : > sub/conftest.c
4500     for i in 1 2 3 4 5 6; do
4501       echo '#include "conftst'$i'.h"' >> sub/conftest.c
4502       # Using `: > sub/conftst$i.h' creates only sub/conftst1.h with
4503       # Solaris 8's {/usr,}/bin/sh.
4504       touch sub/conftst$i.h
4505     done
4506     echo "${am__include} ${am__quote}sub/conftest.Po${am__quote}" > confmf
4507
4508     # We check with `-c' and `-o' for the sake of the "dashmstdout"
4509     # mode.  It turns out that the SunPro C++ compiler does not properly
4510     # handle `-M -o', and we need to detect this.  Also, some Intel
4511     # versions had trouble with output in subdirs
4512     am__obj=sub/conftest.${OBJEXT-o}
4513     am__minus_obj="-o $am__obj"
4514     case $depmode in
4515     gcc)
4516       # This depmode causes a compiler race in universal mode.
4517       test "$am__universal" = false || continue
4518       ;;
4519     nosideeffect)
4520       # after this tag, mechanisms are not by side-effect, so they'll
4521       # only be used when explicitly requested
4522       if test "x$enable_dependency_tracking" = xyes; then
4523         continue
4524       else
4525         break
4526       fi
4527       ;;
4528     msvc7 | msvc7msys | msvisualcpp | msvcmsys)
4529       # This compiler won't grok `-c -o', but also, the minuso test has
4530       # not run yet.  These depmodes are late enough in the game, and
4531       # so weak that their functioning should not be impacted.
4532       am__obj=conftest.${OBJEXT-o}
4533       am__minus_obj=
4534       ;;
4535     none) break ;;
4536     esac
4537     if depmode=$depmode \
4538        source=sub/conftest.c object=$am__obj \
4539        depfile=sub/conftest.Po tmpdepfile=sub/conftest.TPo \
4540        $SHELL ./depcomp $depcc -c $am__minus_obj sub/conftest.c \
4541          >/dev/null 2>conftest.err &&
4542        grep sub/conftst1.h sub/conftest.Po > /dev/null 2>&1 &&
4543        grep sub/conftst6.h sub/conftest.Po > /dev/null 2>&1 &&
4544        grep $am__obj sub/conftest.Po > /dev/null 2>&1 &&
4545        ${MAKE-make} -s -f confmf > /dev/null 2>&1; then
4546       # icc doesn't choke on unknown options, it will just issue warnings
4547       # or remarks (even with -Werror).  So we grep stderr for any message
4548       # that says an option was ignored or not supported.
4549       # When given -MP, icc 7.0 and 7.1 complain thusly:
4550       #   icc: Command line warning: ignoring option '-M'; no argument required
4551       # The diagnosis changed in icc 8.0:
4552       #   icc: Command line remark: option '-MP' not supported
4553       if (grep 'ignoring option' conftest.err ||
4554           grep 'not supported' conftest.err) >/dev/null 2>&1; then :; else
4555         am_cv_CC_dependencies_compiler_type=$depmode
4556         break
4557       fi
4558     fi
4559   done
4560
4561   cd ..
4562   rm -rf conftest.dir
4563 else
4564   am_cv_CC_dependencies_compiler_type=none
4565 fi
4566
4567 fi
4568 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $am_cv_CC_dependencies_compiler_type" >&5
4569 $as_echo "$am_cv_CC_dependencies_compiler_type" >&6; }
4570 CCDEPMODE=depmode=$am_cv_CC_dependencies_compiler_type
4571
4572  if
4573   test "x$enable_dependency_tracking" != xno \
4574   && test "$am_cv_CC_dependencies_compiler_type" = gcc3; then
4575   am__fastdepCC_TRUE=
4576   am__fastdepCC_FALSE='#'
4577 else
4578   am__fastdepCC_TRUE='#'
4579   am__fastdepCC_FALSE=
4580 fi
4581
4582
4583 ac_ext=c
4584 ac_cpp='$CPP $CPPFLAGS'
4585 ac_compile='$CC -c $CFLAGS $CPPFLAGS conftest.$ac_ext >&5'
4586 ac_link='$CC -o conftest$ac_exeext $CFLAGS $CPPFLAGS $LDFLAGS conftest.$ac_ext $LIBS >&5'
4587 ac_compiler_gnu=$ac_cv_c_compiler_gnu
4588 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking how to run the C preprocessor" >&5
4589 $as_echo_n "checking how to run the C preprocessor... " >&6; }
4590 # On Suns, sometimes $CPP names a directory.
4591 if test -n "$CPP" && test -d "$CPP"; then
4592   CPP=
4593 fi
4594 if test -z "$CPP"; then
4595   if ${ac_cv_prog_CPP+:} false; then :
4596   $as_echo_n "(cached) " >&6
4597 else
4598       # Double quotes because CPP needs to be expanded
4599     for CPP in "$CC -E" "$CC -E -traditional-cpp" "/lib/cpp"
4600     do
4601       ac_preproc_ok=false
4602 for ac_c_preproc_warn_flag in '' yes
4603 do
4604   # Use a header file that comes with gcc, so configuring glibc
4605   # with a fresh cross-compiler works.
4606   # Prefer <limits.h> to <assert.h> if __STDC__ is defined, since
4607   # <limits.h> exists even on freestanding compilers.
4608   # On the NeXT, cc -E runs the code through the compiler's parser,
4609   # not just through cpp. "Syntax error" is here to catch this case.
4610   cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
4611 /* end confdefs.h.  */
4612 #ifdef __STDC__
4613 # include <limits.h>
4614 #else
4615 # include <assert.h>
4616 #endif
4617                      Syntax error
4618 _ACEOF
4619 if ac_fn_c_try_cpp "$LINENO"; then :
4620
4621 else
4622   # Broken: fails on valid input.
4623 continue
4624 fi
4625 rm -f conftest.err conftest.i conftest.$ac_ext
4626
4627   # OK, works on sane cases.  Now check whether nonexistent headers
4628   # can be detected and how.
4629   cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
4630 /* end confdefs.h.  */
4631 #include <ac_nonexistent.h>
4632 _ACEOF
4633 if ac_fn_c_try_cpp "$LINENO"; then :
4634   # Broken: success on invalid input.
4635 continue
4636 else
4637   # Passes both tests.
4638 ac_preproc_ok=:
4639 break
4640 fi
4641 rm -f conftest.err conftest.i conftest.$ac_ext
4642
4643 done
4644 # Because of `break', _AC_PREPROC_IFELSE's cleaning code was skipped.
4645 rm -f conftest.i conftest.err conftest.$ac_ext
4646 if $ac_preproc_ok; then :
4647   break
4648 fi
4649
4650     done
4651     ac_cv_prog_CPP=$CPP
4652
4653 fi
4654   CPP=$ac_cv_prog_CPP
4655 else
4656   ac_cv_prog_CPP=$CPP
4657 fi
4658 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $CPP" >&5
4659 $as_echo "$CPP" >&6; }
4660 ac_preproc_ok=false
4661 for ac_c_preproc_warn_flag in '' yes
4662 do
4663   # Use a header file that comes with gcc, so configuring glibc
4664   # with a fresh cross-compiler works.
4665   # Prefer <limits.h> to <assert.h> if __STDC__ is defined, since
4666   # <limits.h> exists even on freestanding compilers.
4667   # On the NeXT, cc -E runs the code through the compiler's parser,
4668   # not just through cpp. "Syntax error" is here to catch this case.
4669   cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
4670 /* end confdefs.h.  */
4671 #ifdef __STDC__
4672 # include <limits.h>
4673 #else
4674 # include <assert.h>
4675 #endif
4676                      Syntax error
4677 _ACEOF
4678 if ac_fn_c_try_cpp "$LINENO"; then :
4679
4680 else
4681   # Broken: fails on valid input.
4682 continue
4683 fi
4684 rm -f conftest.err conftest.i conftest.$ac_ext
4685
4686   # OK, works on sane cases.  Now check whether nonexistent headers
4687   # can be detected and how.
4688   cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
4689 /* end confdefs.h.  */
4690 #include <ac_nonexistent.h>
4691 _ACEOF
4692 if ac_fn_c_try_cpp "$LINENO"; then :
4693   # Broken: success on invalid input.
4694 continue
4695 else
4696   # Passes both tests.
4697 ac_preproc_ok=:
4698 break
4699 fi
4700 rm -f conftest.err conftest.i conftest.$ac_ext
4701
4702 done
4703 # Because of `break', _AC_PREPROC_IFELSE's cleaning code was skipped.
4704 rm -f conftest.i conftest.err conftest.$ac_ext
4705 if $ac_preproc_ok; then :
4706
4707 else
4708   { { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: error: in \`$ac_pwd':" >&5
4709 $as_echo "$as_me: error: in \`$ac_pwd':" >&2;}
4710 as_fn_error $? "C preprocessor \"$CPP\" fails sanity check
4711 See \`config.log' for more details" "$LINENO" 5; }
4712 fi
4713
4714 ac_ext=c
4715 ac_cpp='$CPP $CPPFLAGS'
4716 ac_compile='$CC -c $CFLAGS $CPPFLAGS conftest.$ac_ext >&5'
4717 ac_link='$CC -o conftest$ac_exeext $CFLAGS $CPPFLAGS $LDFLAGS conftest.$ac_ext $LIBS >&5'
4718 ac_compiler_gnu=$ac_cv_c_compiler_gnu
4719
4720 ac_test_CFLAGS=${CFLAGS+set}
4721 ac_save_CFLAGS=$CFLAGS
4722 CFLAGS="-fpic"
4723 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking whether $CC accepts -fpic" >&5
4724 $as_echo_n "checking whether $CC accepts -fpic... " >&6; }
4725 if ${ac_cv_prog_cc_fpic+:} false; then :
4726   $as_echo_n "(cached) " >&6
4727 else
4728   cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
4729 /* end confdefs.h.  */
4730
4731 int
4732 main ()
4733 {
4734
4735   ;
4736   return 0;
4737 }
4738 _ACEOF
4739 if ac_fn_c_try_compile "$LINENO"; then :
4740   ac_cv_prog_cc_fpic=yes
4741 else
4742   ac_cv_prog_cc_fpic=no
4743 fi
4744 rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
4745 fi
4746 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_cv_prog_cc_fpic" >&5
4747 $as_echo "$ac_cv_prog_cc_fpic" >&6; }
4748 CFLAGS="$ac_save_CFLAGS"
4749 if test $ac_cv_prog_cc_fpic = yes; then
4750   FPIC="-fpic"
4751 fi
4752
4753
4754
4755
4756 if test "$GCC" = yes; then
4757
4758 $as_echo "#define UNUSED __attribute__ ((unused))" >>confdefs.h
4759
4760 else
4761
4762 $as_echo "#define UNUSED /**/" >>confdefs.h
4763
4764 fi
4765
4766
4767 if test -n "$ac_tool_prefix"; then
4768   # Extract the first word of "${ac_tool_prefix}ranlib", so it can be a program name with args.
4769 set dummy ${ac_tool_prefix}ranlib; ac_word=$2
4770 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for $ac_word" >&5
4771 $as_echo_n "checking for $ac_word... " >&6; }
4772 if ${ac_cv_prog_RANLIB+:} false; then :
4773   $as_echo_n "(cached) " >&6
4774 else
4775   if test -n "$RANLIB"; then
4776   ac_cv_prog_RANLIB="$RANLIB" # Let the user override the test.
4777 else
4778 as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
4779 for as_dir in $PATH
4780 do
4781   IFS=$as_save_IFS
4782   test -z "$as_dir" && as_dir=.
4783     for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
4784   if { test -f "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" && $as_test_x "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext"; }; then
4785     ac_cv_prog_RANLIB="${ac_tool_prefix}ranlib"
4786     $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: found $as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" >&5
4787     break 2
4788   fi
4789 done
4790   done
4791 IFS=$as_save_IFS
4792
4793 fi
4794 fi
4795 RANLIB=$ac_cv_prog_RANLIB
4796 if test -n "$RANLIB"; then
4797   { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $RANLIB" >&5
4798 $as_echo "$RANLIB" >&6; }
4799 else
4800   { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: no" >&5
4801 $as_echo "no" >&6; }
4802 fi
4803
4804
4805 fi
4806 if test -z "$ac_cv_prog_RANLIB"; then
4807   ac_ct_RANLIB=$RANLIB
4808   # Extract the first word of "ranlib", so it can be a program name with args.
4809 set dummy ranlib; ac_word=$2
4810 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for $ac_word" >&5
4811 $as_echo_n "checking for $ac_word... " >&6; }
4812 if ${ac_cv_prog_ac_ct_RANLIB+:} false; then :
4813   $as_echo_n "(cached) " >&6
4814 else
4815   if test -n "$ac_ct_RANLIB"; then
4816   ac_cv_prog_ac_ct_RANLIB="$ac_ct_RANLIB" # Let the user override the test.
4817 else
4818 as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
4819 for as_dir in $PATH
4820 do
4821   IFS=$as_save_IFS
4822   test -z "$as_dir" && as_dir=.
4823     for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
4824   if { test -f "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" && $as_test_x "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext"; }; then
4825     ac_cv_prog_ac_ct_RANLIB="ranlib"
4826     $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: found $as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" >&5
4827     break 2
4828   fi
4829 done
4830   done
4831 IFS=$as_save_IFS
4832
4833 fi
4834 fi
4835 ac_ct_RANLIB=$ac_cv_prog_ac_ct_RANLIB
4836 if test -n "$ac_ct_RANLIB"; then
4837   { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_ct_RANLIB" >&5
4838 $as_echo "$ac_ct_RANLIB" >&6; }
4839 else
4840   { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: no" >&5
4841 $as_echo "no" >&6; }
4842 fi
4843
4844   if test "x$ac_ct_RANLIB" = x; then
4845     RANLIB=":"
4846   else
4847     case $cross_compiling:$ac_tool_warned in
4848 yes:)
4849 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: WARNING: using cross tools not prefixed with host triplet" >&5
4850 $as_echo "$as_me: WARNING: using cross tools not prefixed with host triplet" >&2;}
4851 ac_tool_warned=yes ;;
4852 esac
4853     RANLIB=$ac_ct_RANLIB
4854   fi
4855 else
4856   RANLIB="$ac_cv_prog_RANLIB"
4857 fi
4858
4859 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking whether ${MAKE-make} sets \$(MAKE)" >&5
4860 $as_echo_n "checking whether ${MAKE-make} sets \$(MAKE)... " >&6; }
4861 set x ${MAKE-make}
4862 ac_make=`$as_echo "$2" | sed 's/+/p/g; s/[^a-zA-Z0-9_]/_/g'`
4863 if eval \${ac_cv_prog_make_${ac_make}_set+:} false; then :
4864   $as_echo_n "(cached) " >&6
4865 else
4866   cat >conftest.make <<\_ACEOF
4867 SHELL = /bin/sh
4868 all:
4869         @echo '@@@%%%=$(MAKE)=@@@%%%'
4870 _ACEOF
4871 # GNU make sometimes prints "make[1]: Entering ...", which would confuse us.
4872 case `${MAKE-make} -f conftest.make 2>/dev/null` in
4873   *@@@%%%=?*=@@@%%%*)
4874     eval ac_cv_prog_make_${ac_make}_set=yes;;
4875   *)
4876     eval ac_cv_prog_make_${ac_make}_set=no;;
4877 esac
4878 rm -f conftest.make
4879 fi
4880 if eval test \$ac_cv_prog_make_${ac_make}_set = yes; then
4881   { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: yes" >&5
4882 $as_echo "yes" >&6; }
4883   SET_MAKE=
4884 else
4885   { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: no" >&5
4886 $as_echo "no" >&6; }
4887   SET_MAKE="MAKE=${MAKE-make}"
4888 fi
4889
4890 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for grep that handles long lines and -e" >&5
4891 $as_echo_n "checking for grep that handles long lines and -e... " >&6; }
4892 if ${ac_cv_path_GREP+:} false; then :
4893   $as_echo_n "(cached) " >&6
4894 else
4895   if test -z "$GREP"; then
4896   ac_path_GREP_found=false
4897   # Loop through the user's path and test for each of PROGNAME-LIST
4898   as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
4899 for as_dir in $PATH$PATH_SEPARATOR/usr/xpg4/bin
4900 do
4901   IFS=$as_save_IFS
4902   test -z "$as_dir" && as_dir=.
4903     for ac_prog in grep ggrep; do
4904     for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
4905       ac_path_GREP="$as_dir/$ac_prog$ac_exec_ext"
4906       { test -f "$ac_path_GREP" && $as_test_x "$ac_path_GREP"; } || continue
4907 # Check for GNU ac_path_GREP and select it if it is found.
4908   # Check for GNU $ac_path_GREP
4909 case `"$ac_path_GREP" --version 2>&1` in
4910 *GNU*)
4911   ac_cv_path_GREP="$ac_path_GREP" ac_path_GREP_found=:;;
4912 *)
4913   ac_count=0
4914   $as_echo_n 0123456789 >"conftest.in"
4915   while :
4916   do
4917     cat "conftest.in" "conftest.in" >"conftest.tmp"
4918     mv "conftest.tmp" "conftest.in"
4919     cp "conftest.in" "conftest.nl"
4920     $as_echo 'GREP' >> "conftest.nl"
4921     "$ac_path_GREP" -e 'GREP$' -e '-(cannot match)-' < "conftest.nl" >"conftest.out" 2>/dev/null || break
4922     diff "conftest.out" "conftest.nl" >/dev/null 2>&1 || break
4923     as_fn_arith $ac_count + 1 && ac_count=$as_val
4924     if test $ac_count -gt ${ac_path_GREP_max-0}; then
4925       # Best one so far, save it but keep looking for a better one
4926       ac_cv_path_GREP="$ac_path_GREP"
4927       ac_path_GREP_max=$ac_count
4928     fi
4929     # 10*(2^10) chars as input seems more than enough
4930     test $ac_count -gt 10 && break
4931   done
4932   rm -f conftest.in conftest.tmp conftest.nl conftest.out;;
4933 esac
4934
4935       $ac_path_GREP_found && break 3
4936     done
4937   done
4938   done
4939 IFS=$as_save_IFS
4940   if test -z "$ac_cv_path_GREP"; then
4941     as_fn_error $? "no acceptable grep could be found in $PATH$PATH_SEPARATOR/usr/xpg4/bin" "$LINENO" 5
4942   fi
4943 else
4944   ac_cv_path_GREP=$GREP
4945 fi
4946
4947 fi
4948 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_cv_path_GREP" >&5
4949 $as_echo "$ac_cv_path_GREP" >&6; }
4950  GREP="$ac_cv_path_GREP"
4951
4952
4953 if test "x$CC" != xcc; then
4954   { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking whether $CC and cc understand -c and -o together" >&5
4955 $as_echo_n "checking whether $CC and cc understand -c and -o together... " >&6; }
4956 else
4957   { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking whether cc understands -c and -o together" >&5
4958 $as_echo_n "checking whether cc understands -c and -o together... " >&6; }
4959 fi
4960 set dummy $CC; ac_cc=`$as_echo "$2" |
4961                       sed 's/[^a-zA-Z0-9_]/_/g;s/^[0-9]/_/'`
4962 if eval \${ac_cv_prog_cc_${ac_cc}_c_o+:} false; then :
4963   $as_echo_n "(cached) " >&6
4964 else
4965   cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
4966 /* end confdefs.h.  */
4967
4968 int
4969 main ()
4970 {
4971
4972   ;
4973   return 0;
4974 }
4975 _ACEOF
4976 # Make sure it works both with $CC and with simple cc.
4977 # We do the test twice because some compilers refuse to overwrite an
4978 # existing .o file with -o, though they will create one.
4979 ac_try='$CC -c conftest.$ac_ext -o conftest2.$ac_objext >&5'
4980 rm -f conftest2.*
4981 if { { case "(($ac_try" in
4982   *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
4983   *) ac_try_echo=$ac_try;;
4984 esac
4985 eval ac_try_echo="\"\$as_me:${as_lineno-$LINENO}: $ac_try_echo\""
4986 $as_echo "$ac_try_echo"; } >&5
4987   (eval "$ac_try") 2>&5
4988   ac_status=$?
4989   $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: \$? = $ac_status" >&5
4990   test $ac_status = 0; } &&
4991    test -f conftest2.$ac_objext && { { case "(($ac_try" in
4992   *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
4993   *) ac_try_echo=$ac_try;;
4994 esac
4995 eval ac_try_echo="\"\$as_me:${as_lineno-$LINENO}: $ac_try_echo\""
4996 $as_echo "$ac_try_echo"; } >&5
4997   (eval "$ac_try") 2>&5
4998   ac_status=$?
4999   $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: \$? = $ac_status" >&5
5000   test $ac_status = 0; };
5001 then
5002   eval ac_cv_prog_cc_${ac_cc}_c_o=yes
5003   if test "x$CC" != xcc; then
5004     # Test first that cc exists at all.
5005     if { ac_try='cc -c conftest.$ac_ext >&5'
5006   { { case "(($ac_try" in
5007   *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
5008   *) ac_try_echo=$ac_try;;
5009 esac
5010 eval ac_try_echo="\"\$as_me:${as_lineno-$LINENO}: $ac_try_echo\""
5011 $as_echo "$ac_try_echo"; } >&5
5012   (eval "$ac_try") 2>&5
5013   ac_status=$?
5014   $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: \$? = $ac_status" >&5
5015   test $ac_status = 0; }; }; then
5016       ac_try='cc -c conftest.$ac_ext -o conftest2.$ac_objext >&5'
5017       rm -f conftest2.*
5018       if { { case "(($ac_try" in
5019   *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
5020   *) ac_try_echo=$ac_try;;
5021 esac
5022 eval ac_try_echo="\"\$as_me:${as_lineno-$LINENO}: $ac_try_echo\""
5023 $as_echo "$ac_try_echo"; } >&5
5024   (eval "$ac_try") 2>&5
5025   ac_status=$?
5026   $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: \$? = $ac_status" >&5
5027   test $ac_status = 0; } &&
5028          test -f conftest2.$ac_objext && { { case "(($ac_try" in
5029   *\"* | *\`* | *\\*) ac_try_echo=\$ac_try;;
5030   *) ac_try_echo=$ac_try;;
5031 esac
5032 eval ac_try_echo="\"\$as_me:${as_lineno-$LINENO}: $ac_try_echo\""
5033 $as_echo "$ac_try_echo"; } >&5
5034   (eval "$ac_try") 2>&5
5035   ac_status=$?
5036   $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: \$? = $ac_status" >&5
5037   test $ac_status = 0; };
5038       then
5039         # cc works too.
5040         :
5041       else
5042         # cc exists but doesn't like -o.
5043         eval ac_cv_prog_cc_${ac_cc}_c_o=no
5044       fi
5045     fi
5046   fi
5047 else
5048   eval ac_cv_prog_cc_${ac_cc}_c_o=no
5049 fi
5050 rm -f core conftest*
5051
5052 fi
5053 if eval test \$ac_cv_prog_cc_${ac_cc}_c_o = yes; then
5054   { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: yes" >&5
5055 $as_echo "yes" >&6; }
5056 else
5057   { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: no" >&5
5058 $as_echo "no" >&6; }
5059
5060 $as_echo "#define NO_MINUS_C_MINUS_O 1" >>confdefs.h
5061
5062 fi
5063
5064 # FIXME: we rely on the cache variable name because
5065 # there is no other way.
5066 set dummy $CC
5067 am_cc=`echo $2 | sed 's/[^a-zA-Z0-9_]/_/g;s/^[0-9]/_/'`
5068 eval am_t=\$ac_cv_prog_cc_${am_cc}_c_o
5069 if test "$am_t" != yes; then
5070    # Losing compiler, so override with the script.
5071    # FIXME: It is wrong to rewrite CC.
5072    # But if we don't then we get into trouble of one sort or another.
5073    # A longer-term fix would be to have automake use am__CC in this case,
5074    # and then we could set am__CC="\$(top_srcdir)/compile \$(CC)"
5075    CC="$am_aux_dir/compile $CC"
5076 fi
5077
5078
5079
5080
5081
5082
5083   OPENMP_CFLAGS=
5084   # Check whether --enable-openmp was given.
5085 if test "${enable_openmp+set}" = set; then :
5086   enableval=$enable_openmp;
5087 fi
5088
5089   if test "$enable_openmp" != no; then
5090     { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for $CC option to support OpenMP" >&5
5091 $as_echo_n "checking for $CC option to support OpenMP... " >&6; }
5092 if ${ac_cv_prog_c_openmp+:} false; then :
5093   $as_echo_n "(cached) " >&6
5094 else
5095   cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
5096 /* end confdefs.h.  */
5097
5098 #ifndef _OPENMP
5099  choke me
5100 #endif
5101 #include <omp.h>
5102 int main () { return omp_get_num_threads (); }
5103
5104 _ACEOF
5105 if ac_fn_c_try_link "$LINENO"; then :
5106   ac_cv_prog_c_openmp='none needed'
5107 else
5108   ac_cv_prog_c_openmp='unsupported'
5109                                                                                                           for ac_option in -fopenmp -xopenmp -openmp -mp -omp -qsmp=omp; do
5110             ac_save_CFLAGS=$CFLAGS
5111             CFLAGS="$CFLAGS $ac_option"
5112             cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
5113 /* end confdefs.h.  */
5114
5115 #ifndef _OPENMP
5116  choke me
5117 #endif
5118 #include <omp.h>
5119 int main () { return omp_get_num_threads (); }
5120
5121 _ACEOF
5122 if ac_fn_c_try_link "$LINENO"; then :
5123   ac_cv_prog_c_openmp=$ac_option
5124 fi
5125 rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext \
5126     conftest$ac_exeext conftest.$ac_ext
5127             CFLAGS=$ac_save_CFLAGS
5128             if test "$ac_cv_prog_c_openmp" != unsupported; then
5129               break
5130             fi
5131           done
5132 fi
5133 rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext \
5134     conftest$ac_exeext conftest.$ac_ext
5135 fi
5136 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_cv_prog_c_openmp" >&5
5137 $as_echo "$ac_cv_prog_c_openmp" >&6; }
5138     case $ac_cv_prog_c_openmp in #(
5139       "none needed" | unsupported)
5140         ;; #(
5141       *)
5142         OPENMP_CFLAGS=$ac_cv_prog_c_openmp ;;
5143     esac
5144   fi
5145
5146
5147
5148
5149 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for exp in -lm" >&5
5150 $as_echo_n "checking for exp in -lm... " >&6; }
5151 if ${ac_cv_lib_m_exp+:} false; then :
5152   $as_echo_n "(cached) " >&6
5153 else
5154   ac_check_lib_save_LIBS=$LIBS
5155 LIBS="-lm  $LIBS"
5156 cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
5157 /* end confdefs.h.  */
5158
5159 /* Override any GCC internal prototype to avoid an error.
5160    Use char because int might match the return type of a GCC
5161    builtin and then its argument prototype would still apply.  */
5162 #ifdef __cplusplus
5163 extern "C"
5164 #endif
5165 char exp ();
5166 int
5167 main ()
5168 {
5169 return exp ();
5170   ;
5171   return 0;
5172 }
5173 _ACEOF
5174 if ac_fn_c_try_link "$LINENO"; then :
5175   ac_cv_lib_m_exp=yes
5176 else
5177   ac_cv_lib_m_exp=no
5178 fi
5179 rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext \
5180     conftest$ac_exeext conftest.$ac_ext
5181 LIBS=$ac_check_lib_save_LIBS
5182 fi
5183 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_cv_lib_m_exp" >&5
5184 $as_echo "$ac_cv_lib_m_exp" >&6; }
5185 if test "x$ac_cv_lib_m_exp" = xyes; then :
5186   cat >>confdefs.h <<_ACEOF
5187 #define HAVE_LIBM 1
5188 _ACEOF
5189
5190   LIBS="-lm $LIBS"
5191
5192 fi
5193
5194
5195
5196 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for egrep" >&5
5197 $as_echo_n "checking for egrep... " >&6; }
5198 if ${ac_cv_path_EGREP+:} false; then :
5199   $as_echo_n "(cached) " >&6
5200 else
5201   if echo a | $GREP -E '(a|b)' >/dev/null 2>&1
5202    then ac_cv_path_EGREP="$GREP -E"
5203    else
5204      if test -z "$EGREP"; then
5205   ac_path_EGREP_found=false
5206   # Loop through the user's path and test for each of PROGNAME-LIST
5207   as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
5208 for as_dir in $PATH$PATH_SEPARATOR/usr/xpg4/bin
5209 do
5210   IFS=$as_save_IFS
5211   test -z "$as_dir" && as_dir=.
5212     for ac_prog in egrep; do
5213     for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
5214       ac_path_EGREP="$as_dir/$ac_prog$ac_exec_ext"
5215       { test -f "$ac_path_EGREP" && $as_test_x "$ac_path_EGREP"; } || continue
5216 # Check for GNU ac_path_EGREP and select it if it is found.
5217   # Check for GNU $ac_path_EGREP
5218 case `"$ac_path_EGREP" --version 2>&1` in
5219 *GNU*)
5220   ac_cv_path_EGREP="$ac_path_EGREP" ac_path_EGREP_found=:;;
5221 *)
5222   ac_count=0
5223   $as_echo_n 0123456789 >"conftest.in"
5224   while :
5225   do
5226     cat "conftest.in" "conftest.in" >"conftest.tmp"
5227     mv "conftest.tmp" "conftest.in"
5228     cp "conftest.in" "conftest.nl"
5229     $as_echo 'EGREP' >> "conftest.nl"
5230     "$ac_path_EGREP" 'EGREP$' < "conftest.nl" >"conftest.out" 2>/dev/null || break
5231     diff "conftest.out" "conftest.nl" >/dev/null 2>&1 || break
5232     as_fn_arith $ac_count + 1 && ac_count=$as_val
5233     if test $ac_count -gt ${ac_path_EGREP_max-0}; then
5234       # Best one so far, save it but keep looking for a better one
5235       ac_cv_path_EGREP="$ac_path_EGREP"
5236       ac_path_EGREP_max=$ac_count
5237     fi
5238     # 10*(2^10) chars as input seems more than enough
5239     test $ac_count -gt 10 && break
5240   done
5241   rm -f conftest.in conftest.tmp conftest.nl conftest.out;;
5242 esac
5243
5244       $ac_path_EGREP_found && break 3
5245     done
5246   done
5247   done
5248 IFS=$as_save_IFS
5249   if test -z "$ac_cv_path_EGREP"; then
5250     as_fn_error $? "no acceptable egrep could be found in $PATH$PATH_SEPARATOR/usr/xpg4/bin" "$LINENO" 5
5251   fi
5252 else
5253   ac_cv_path_EGREP=$EGREP
5254 fi
5255
5256    fi
5257 fi
5258 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_cv_path_EGREP" >&5
5259 $as_echo "$ac_cv_path_EGREP" >&6; }
5260  EGREP="$ac_cv_path_EGREP"
5261
5262
5263 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for ANSI C header files" >&5
5264 $as_echo_n "checking for ANSI C header files... " >&6; }
5265 if ${ac_cv_header_stdc+:} false; then :
5266   $as_echo_n "(cached) " >&6
5267 else
5268   cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
5269 /* end confdefs.h.  */
5270 #include <stdlib.h>
5271 #include <stdarg.h>
5272 #include <string.h>
5273 #include <float.h>
5274
5275 int
5276 main ()
5277 {
5278
5279   ;
5280   return 0;
5281 }
5282 _ACEOF
5283 if ac_fn_c_try_compile "$LINENO"; then :
5284   ac_cv_header_stdc=yes
5285 else
5286   ac_cv_header_stdc=no
5287 fi
5288 rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
5289
5290 if test $ac_cv_header_stdc = yes; then
5291   # SunOS 4.x string.h does not declare mem*, contrary to ANSI.
5292   cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
5293 /* end confdefs.h.  */
5294 #include <string.h>
5295
5296 _ACEOF
5297 if (eval "$ac_cpp conftest.$ac_ext") 2>&5 |
5298   $EGREP "memchr" >/dev/null 2>&1; then :
5299
5300 else
5301   ac_cv_header_stdc=no
5302 fi
5303 rm -f conftest*
5304
5305 fi
5306
5307 if test $ac_cv_header_stdc = yes; then
5308   # ISC 2.0.2 stdlib.h does not declare free, contrary to ANSI.
5309   cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
5310 /* end confdefs.h.  */
5311 #include <stdlib.h>
5312
5313 _ACEOF
5314 if (eval "$ac_cpp conftest.$ac_ext") 2>&5 |
5315   $EGREP "free" >/dev/null 2>&1; then :
5316
5317 else
5318   ac_cv_header_stdc=no
5319 fi
5320 rm -f conftest*
5321
5322 fi
5323
5324 if test $ac_cv_header_stdc = yes; then
5325   # /bin/cc in Irix-4.0.5 gets non-ANSI ctype macros unless using -ansi.
5326   if test "$cross_compiling" = yes; then :
5327   :
5328 else
5329   cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
5330 /* end confdefs.h.  */
5331 #include <ctype.h>
5332 #include <stdlib.h>
5333 #if ((' ' & 0x0FF) == 0x020)
5334 # define ISLOWER(c) ('a' <= (c) && (c) <= 'z')
5335 # define TOUPPER(c) (ISLOWER(c) ? 'A' + ((c) - 'a') : (c))
5336 #else
5337 # define ISLOWER(c) \
5338                    (('a' <= (c) && (c) <= 'i') \
5339                      || ('j' <= (c) && (c) <= 'r') \
5340                      || ('s' <= (c) && (c) <= 'z'))
5341 # define TOUPPER(c) (ISLOWER(c) ? ((c) | 0x40) : (c))
5342 #endif
5343
5344 #define XOR(e, f) (((e) && !(f)) || (!(e) && (f)))
5345 int
5346 main ()
5347 {
5348   int i;
5349   for (i = 0; i < 256; i++)
5350     if (XOR (islower (i), ISLOWER (i))
5351         || toupper (i) != TOUPPER (i))
5352       return 2;
5353   return 0;
5354 }
5355 _ACEOF
5356 if ac_fn_c_try_run "$LINENO"; then :
5357
5358 else
5359   ac_cv_header_stdc=no
5360 fi
5361 rm -f core *.core core.conftest.* gmon.out bb.out conftest$ac_exeext \
5362   conftest.$ac_objext conftest.beam conftest.$ac_ext
5363 fi
5364
5365 fi
5366 fi
5367 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_cv_header_stdc" >&5
5368 $as_echo "$ac_cv_header_stdc" >&6; }
5369 if test $ac_cv_header_stdc = yes; then
5370
5371 $as_echo "#define STDC_HEADERS 1" >>confdefs.h
5372
5373 fi
5374
5375 # On IRIX 5.3, sys/types and inttypes.h are conflicting.
5376 for ac_header in sys/types.h sys/stat.h stdlib.h string.h memory.h strings.h \
5377                   inttypes.h stdint.h unistd.h
5378 do :
5379   as_ac_Header=`$as_echo "ac_cv_header_$ac_header" | $as_tr_sh`
5380 ac_fn_c_check_header_compile "$LINENO" "$ac_header" "$as_ac_Header" "$ac_includes_default
5381 "
5382 if eval test \"x\$"$as_ac_Header"\" = x"yes"; then :
5383   cat >>confdefs.h <<_ACEOF
5384 #define `$as_echo "HAVE_$ac_header" | $as_tr_cpp` 1
5385 _ACEOF
5386
5387 fi
5388
5389 done
5390
5391
5392 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for stdbool.h that conforms to C99" >&5
5393 $as_echo_n "checking for stdbool.h that conforms to C99... " >&6; }
5394 if ${ac_cv_header_stdbool_h+:} false; then :
5395   $as_echo_n "(cached) " >&6
5396 else
5397   cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
5398 /* end confdefs.h.  */
5399
5400 #include <stdbool.h>
5401 #ifndef bool
5402  "error: bool is not defined"
5403 #endif
5404 #ifndef false
5405  "error: false is not defined"
5406 #endif
5407 #if false
5408  "error: false is not 0"
5409 #endif
5410 #ifndef true
5411  "error: true is not defined"
5412 #endif
5413 #if true != 1
5414  "error: true is not 1"
5415 #endif
5416 #ifndef __bool_true_false_are_defined
5417  "error: __bool_true_false_are_defined is not defined"
5418 #endif
5419
5420         struct s { _Bool s: 1; _Bool t; } s;
5421
5422         char a[true == 1 ? 1 : -1];
5423         char b[false == 0 ? 1 : -1];
5424         char c[__bool_true_false_are_defined == 1 ? 1 : -1];
5425         char d[(bool) 0.5 == true ? 1 : -1];
5426         /* See body of main program for 'e'.  */
5427         char f[(_Bool) 0.0 == false ? 1 : -1];
5428         char g[true];
5429         char h[sizeof (_Bool)];
5430         char i[sizeof s.t];
5431         enum { j = false, k = true, l = false * true, m = true * 256 };
5432         /* The following fails for
5433            HP aC++/ANSI C B3910B A.05.55 [Dec 04 2003]. */
5434         _Bool n[m];
5435         char o[sizeof n == m * sizeof n[0] ? 1 : -1];
5436         char p[-1 - (_Bool) 0 < 0 && -1 - (bool) 0 < 0 ? 1 : -1];
5437         /* Catch a bug in an HP-UX C compiler.  See
5438            http://gcc.gnu.org/ml/gcc-patches/2003-12/msg02303.html
5439            http://lists.gnu.org/archive/html/bug-coreutils/2005-11/msg00161.html
5440          */
5441         _Bool q = true;
5442         _Bool *pq = &q;
5443
5444 int
5445 main ()
5446 {
5447
5448         bool e = &s;
5449         *pq |= q;
5450         *pq |= ! q;
5451         /* Refer to every declared value, to avoid compiler optimizations.  */
5452         return (!a + !b + !c + !d + !e + !f + !g + !h + !i + !!j + !k + !!l
5453                 + !m + !n + !o + !p + !q + !pq);
5454
5455   ;
5456   return 0;
5457 }
5458 _ACEOF
5459 if ac_fn_c_try_compile "$LINENO"; then :
5460   ac_cv_header_stdbool_h=yes
5461 else
5462   ac_cv_header_stdbool_h=no
5463 fi
5464 rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
5465 fi
5466 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_cv_header_stdbool_h" >&5
5467 $as_echo "$ac_cv_header_stdbool_h" >&6; }
5468 ac_fn_c_check_type "$LINENO" "_Bool" "ac_cv_type__Bool" "$ac_includes_default"
5469 if test "x$ac_cv_type__Bool" = xyes; then :
5470
5471 cat >>confdefs.h <<_ACEOF
5472 #define HAVE__BOOL 1
5473 _ACEOF
5474
5475
5476 fi
5477
5478 if test $ac_cv_header_stdbool_h = yes; then
5479
5480 $as_echo "#define HAVE_STDBOOL_H 1" >>confdefs.h
5481
5482 fi
5483
5484 for ac_header in malloc.h float.h limits.h stdlib.h string.h strings.h unistd.h unistd.h math.h
5485 do :
5486   as_ac_Header=`$as_echo "ac_cv_header_$ac_header" | $as_tr_sh`
5487 ac_fn_c_check_header_mongrel "$LINENO" "$ac_header" "$as_ac_Header" "$ac_includes_default"
5488 if eval test \"x\$"$as_ac_Header"\" = x"yes"; then :
5489   cat >>confdefs.h <<_ACEOF
5490 #define `$as_echo "HAVE_$ac_header" | $as_tr_cpp` 1
5491 _ACEOF
5492
5493 fi
5494
5495 done
5496
5497
5498 for ac_header in stdlib.h
5499 do :
5500   ac_fn_c_check_header_mongrel "$LINENO" "stdlib.h" "ac_cv_header_stdlib_h" "$ac_includes_default"
5501 if test "x$ac_cv_header_stdlib_h" = xyes; then :
5502   cat >>confdefs.h <<_ACEOF
5503 #define HAVE_STDLIB_H 1
5504 _ACEOF
5505
5506 fi
5507
5508 done
5509
5510 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for GNU libc compatible malloc" >&5
5511 $as_echo_n "checking for GNU libc compatible malloc... " >&6; }
5512 if ${ac_cv_func_malloc_0_nonnull+:} false; then :
5513   $as_echo_n "(cached) " >&6
5514 else
5515   if test "$cross_compiling" = yes; then :
5516   ac_cv_func_malloc_0_nonnull=no
5517 else
5518   cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
5519 /* end confdefs.h.  */
5520 #if defined STDC_HEADERS || defined HAVE_STDLIB_H
5521 # include <stdlib.h>
5522 #else
5523 char *malloc ();
5524 #endif
5525
5526 int
5527 main ()
5528 {
5529 return ! malloc (0);
5530   ;
5531   return 0;
5532 }
5533 _ACEOF
5534 if ac_fn_c_try_run "$LINENO"; then :
5535   ac_cv_func_malloc_0_nonnull=yes
5536 else
5537   ac_cv_func_malloc_0_nonnull=no
5538 fi
5539 rm -f core *.core core.conftest.* gmon.out bb.out conftest$ac_exeext \
5540   conftest.$ac_objext conftest.beam conftest.$ac_ext
5541 fi
5542
5543 fi
5544 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_cv_func_malloc_0_nonnull" >&5
5545 $as_echo "$ac_cv_func_malloc_0_nonnull" >&6; }
5546 if test $ac_cv_func_malloc_0_nonnull = yes; then :
5547
5548 $as_echo "#define HAVE_MALLOC 1" >>confdefs.h
5549
5550 else
5551   $as_echo "#define HAVE_MALLOC 0" >>confdefs.h
5552
5553    case " $LIBOBJS " in
5554   *" malloc.$ac_objext "* ) ;;
5555   *) LIBOBJS="$LIBOBJS malloc.$ac_objext"
5556  ;;
5557 esac
5558
5559
5560 $as_echo "#define malloc rpl_malloc" >>confdefs.h
5561
5562 fi
5563
5564
5565 for ac_header in stdlib.h
5566 do :
5567   ac_fn_c_check_header_mongrel "$LINENO" "stdlib.h" "ac_cv_header_stdlib_h" "$ac_includes_default"
5568 if test "x$ac_cv_header_stdlib_h" = xyes; then :
5569   cat >>confdefs.h <<_ACEOF
5570 #define HAVE_STDLIB_H 1
5571 _ACEOF
5572
5573 fi
5574
5575 done
5576
5577 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for GNU libc compatible realloc" >&5
5578 $as_echo_n "checking for GNU libc compatible realloc... " >&6; }
5579 if ${ac_cv_func_realloc_0_nonnull+:} false; then :
5580   $as_echo_n "(cached) " >&6
5581 else
5582   if test "$cross_compiling" = yes; then :
5583   ac_cv_func_realloc_0_nonnull=no
5584 else
5585   cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
5586 /* end confdefs.h.  */
5587 #if defined STDC_HEADERS || defined HAVE_STDLIB_H
5588 # include <stdlib.h>
5589 #else
5590 char *realloc ();
5591 #endif
5592
5593 int
5594 main ()
5595 {
5596 return ! realloc (0, 0);
5597   ;
5598   return 0;
5599 }
5600 _ACEOF
5601 if ac_fn_c_try_run "$LINENO"; then :
5602   ac_cv_func_realloc_0_nonnull=yes
5603 else
5604   ac_cv_func_realloc_0_nonnull=no
5605 fi
5606 rm -f core *.core core.conftest.* gmon.out bb.out conftest$ac_exeext \
5607   conftest.$ac_objext conftest.beam conftest.$ac_ext
5608 fi
5609
5610 fi
5611 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_cv_func_realloc_0_nonnull" >&5
5612 $as_echo "$ac_cv_func_realloc_0_nonnull" >&6; }
5613 if test $ac_cv_func_realloc_0_nonnull = yes; then :
5614
5615 $as_echo "#define HAVE_REALLOC 1" >>confdefs.h
5616
5617 else
5618   $as_echo "#define HAVE_REALLOC 0" >>confdefs.h
5619
5620    case " $LIBOBJS " in
5621   *" realloc.$ac_objext "* ) ;;
5622   *) LIBOBJS="$LIBOBJS realloc.$ac_objext"
5623  ;;
5624 esac
5625
5626
5627 $as_echo "#define realloc rpl_realloc" >>confdefs.h
5628
5629 fi
5630
5631
5632 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for working strtod" >&5
5633 $as_echo_n "checking for working strtod... " >&6; }
5634 if ${ac_cv_func_strtod+:} false; then :
5635   $as_echo_n "(cached) " >&6
5636 else
5637   if test "$cross_compiling" = yes; then :
5638   ac_cv_func_strtod=no
5639 else
5640   cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
5641 /* end confdefs.h.  */
5642
5643 $ac_includes_default
5644 #ifndef strtod
5645 double strtod ();
5646 #endif
5647 int
5648 main()
5649 {
5650   {
5651     /* Some versions of Linux strtod mis-parse strings with leading '+'.  */
5652     char *string = " +69";
5653     char *term;
5654     double value;
5655     value = strtod (string, &term);
5656     if (value != 69 || term != (string + 4))
5657       return 1;
5658   }
5659
5660   {
5661     /* Under Solaris 2.4, strtod returns the wrong value for the
5662        terminating character under some conditions.  */
5663     char *string = "NaN";
5664     char *term;
5665     strtod (string, &term);
5666     if (term != string && *(term - 1) == 0)
5667       return 1;
5668   }
5669   return 0;
5670 }
5671
5672 _ACEOF
5673 if ac_fn_c_try_run "$LINENO"; then :
5674   ac_cv_func_strtod=yes
5675 else
5676   ac_cv_func_strtod=no
5677 fi
5678 rm -f core *.core core.conftest.* gmon.out bb.out conftest$ac_exeext \
5679   conftest.$ac_objext conftest.beam conftest.$ac_ext
5680 fi
5681
5682 fi
5683 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_cv_func_strtod" >&5
5684 $as_echo "$ac_cv_func_strtod" >&6; }
5685 if test $ac_cv_func_strtod = no; then
5686   case " $LIBOBJS " in
5687   *" strtod.$ac_objext "* ) ;;
5688   *) LIBOBJS="$LIBOBJS strtod.$ac_objext"
5689  ;;
5690 esac
5691
5692 ac_fn_c_check_func "$LINENO" "pow" "ac_cv_func_pow"
5693 if test "x$ac_cv_func_pow" = xyes; then :
5694
5695 fi
5696
5697 if test $ac_cv_func_pow = no; then
5698   { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for pow in -lm" >&5
5699 $as_echo_n "checking for pow in -lm... " >&6; }
5700 if ${ac_cv_lib_m_pow+:} false; then :
5701   $as_echo_n "(cached) " >&6
5702 else
5703   ac_check_lib_save_LIBS=$LIBS
5704 LIBS="-lm  $LIBS"
5705 cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
5706 /* end confdefs.h.  */
5707
5708 /* Override any GCC internal prototype to avoid an error.
5709    Use char because int might match the return type of a GCC
5710    builtin and then its argument prototype would still apply.  */
5711 #ifdef __cplusplus
5712 extern "C"
5713 #endif
5714 char pow ();
5715 int
5716 main ()
5717 {
5718 return pow ();
5719   ;
5720   return 0;
5721 }
5722 _ACEOF
5723 if ac_fn_c_try_link "$LINENO"; then :
5724   ac_cv_lib_m_pow=yes
5725 else
5726   ac_cv_lib_m_pow=no
5727 fi
5728 rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext \
5729     conftest$ac_exeext conftest.$ac_ext
5730 LIBS=$ac_check_lib_save_LIBS
5731 fi
5732 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_cv_lib_m_pow" >&5
5733 $as_echo "$ac_cv_lib_m_pow" >&6; }
5734 if test "x$ac_cv_lib_m_pow" = xyes; then :
5735   POW_LIB=-lm
5736 else
5737   { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: WARNING: cannot find library containing definition of pow" >&5
5738 $as_echo "$as_me: WARNING: cannot find library containing definition of pow" >&2;}
5739 fi
5740
5741 fi
5742
5743 fi
5744
5745 for ac_func in floor strdup strstr strchr strrchr strstr strtol strtoul pow rint sqrt erand48 memset memmove erand48
5746 do :
5747   as_ac_var=`$as_echo "ac_cv_func_$ac_func" | $as_tr_sh`
5748 ac_fn_c_check_func "$LINENO" "$ac_func" "$as_ac_var"
5749 if eval test \"x\$"$as_ac_var"\" = x"yes"; then :
5750   cat >>confdefs.h <<_ACEOF
5751 #define `$as_echo "HAVE_$ac_func" | $as_tr_cpp` 1
5752 _ACEOF
5753
5754 fi
5755 done
5756
5757
5758 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for an ANSI C-conforming const" >&5
5759 $as_echo_n "checking for an ANSI C-conforming const... " >&6; }
5760 if ${ac_cv_c_const+:} false; then :
5761   $as_echo_n "(cached) " >&6
5762 else
5763   cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
5764 /* end confdefs.h.  */
5765
5766 int
5767 main ()
5768 {
5769 /* FIXME: Include the comments suggested by Paul. */
5770 #ifndef __cplusplus
5771   /* Ultrix mips cc rejects this.  */
5772   typedef int charset[2];
5773   const charset cs;
5774   /* SunOS 4.1.1 cc rejects this.  */
5775   char const *const *pcpcc;
5776   char **ppc;
5777   /* NEC SVR4.0.2 mips cc rejects this.  */
5778   struct point {int x, y;};
5779   static struct point const zero = {0,0};
5780   /* AIX XL C 1.02.0.0 rejects this.
5781      It does not let you subtract one const X* pointer from another in
5782      an arm of an if-expression whose if-part is not a constant
5783      expression */
5784   const char *g = "string";
5785   pcpcc = &g + (g ? g-g : 0);
5786   /* HPUX 7.0 cc rejects these. */
5787   ++pcpcc;
5788   ppc = (char**) pcpcc;
5789   pcpcc = (char const *const *) ppc;
5790   { /* SCO 3.2v4 cc rejects this.  */
5791     char *t;
5792     char const *s = 0 ? (char *) 0 : (char const *) 0;
5793
5794     *t++ = 0;
5795     if (s) return 0;
5796   }
5797   { /* Someone thinks the Sun supposedly-ANSI compiler will reject this.  */
5798     int x[] = {25, 17};
5799     const int *foo = &x[0];
5800     ++foo;
5801   }
5802   { /* Sun SC1.0 ANSI compiler rejects this -- but not the above. */
5803     typedef const int *iptr;
5804     iptr p = 0;
5805     ++p;
5806   }
5807   { /* AIX XL C 1.02.0.0 rejects this saying
5808        "k.c", line 2.27: 1506-025 (S) Operand must be a modifiable lvalue. */
5809     struct s { int j; const int *ap[3]; };
5810     struct s *b; b->j = 5;
5811   }
5812   { /* ULTRIX-32 V3.1 (Rev 9) vcc rejects this */
5813     const int foo = 10;
5814     if (!foo) return 0;
5815   }
5816   return !cs[0] && !zero.x;
5817 #endif
5818
5819   ;
5820   return 0;
5821 }
5822 _ACEOF
5823 if ac_fn_c_try_compile "$LINENO"; then :
5824   ac_cv_c_const=yes
5825 else
5826   ac_cv_c_const=no
5827 fi
5828 rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
5829 fi
5830 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_cv_c_const" >&5
5831 $as_echo "$ac_cv_c_const" >&6; }
5832 if test $ac_cv_c_const = no; then
5833
5834 $as_echo "#define const /**/" >>confdefs.h
5835
5836 fi
5837
5838 ac_fn_c_check_type "$LINENO" "size_t" "ac_cv_type_size_t" "$ac_includes_default"
5839 if test "x$ac_cv_type_size_t" = xyes; then :
5840
5841 else
5842
5843 cat >>confdefs.h <<_ACEOF
5844 #define size_t unsigned int
5845 _ACEOF
5846
5847 fi
5848
5849 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for inline" >&5
5850 $as_echo_n "checking for inline... " >&6; }
5851 if ${ac_cv_c_inline+:} false; then :
5852   $as_echo_n "(cached) " >&6
5853 else
5854   ac_cv_c_inline=no
5855 for ac_kw in inline __inline__ __inline; do
5856   cat confdefs.h - <<_ACEOF >conftest.$ac_ext
5857 /* end confdefs.h.  */
5858 #ifndef __cplusplus
5859 typedef int foo_t;
5860 static $ac_kw foo_t static_foo () {return 0; }
5861 $ac_kw foo_t foo () {return 0; }
5862 #endif
5863
5864 _ACEOF
5865 if ac_fn_c_try_compile "$LINENO"; then :
5866   ac_cv_c_inline=$ac_kw
5867 fi
5868 rm -f core conftest.err conftest.$ac_objext conftest.$ac_ext
5869   test "$ac_cv_c_inline" != no && break
5870 done
5871
5872 fi
5873 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $ac_cv_c_inline" >&5
5874 $as_echo "$ac_cv_c_inline" >&6; }
5875
5876 case $ac_cv_c_inline in
5877   inline | yes) ;;
5878   *)
5879     case $ac_cv_c_inline in
5880       no) ac_val=;;
5881       *) ac_val=$ac_cv_c_inline;;
5882     esac
5883     cat >>confdefs.h <<_ACEOF
5884 #ifndef __cplusplus
5885 #define inline $ac_val
5886 #endif
5887 _ACEOF
5888     ;;
5889 esac
5890
5891
5892
5893
5894
5895
5896 SVM_VERSION=2.91
5897 with_pf_float=no
5898
5899
5900
5901
5902 # announce the option to include it in configure script
5903
5904 # Check whether --with-perl was given.
5905 if test "${with_perl+set}" = set; then :
5906   withval=$with_perl; with_perl=no
5907 else
5908   with_perl=yes
5909 fi
5910
5911
5912 # check if enabling the package makes sense at configure-time
5913 # and deactivate it if not
5914
5915
5916 if test "x$with_perl" != xno; then
5917
5918   for i in interfaces/Perl/Makefile.am; do
5919
5920 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for $i" >&5
5921 $as_echo_n "checking for $i... " >&6; }
5922 if test -f $i ; then
5923   { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: yes" >&5
5924 $as_echo "yes" >&6; }
5925   with_perl=$with_perl
5926 else
5927   { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: no" >&5
5928 $as_echo "no" >&6; }
5929   with_perl=no
5930 fi
5931
5932   done
5933
5934 fi
5935
5936
5937
5938
5939
5940 # announce the option to include it in configure script
5941
5942 # Check whether --with-python was given.
5943 if test "${with_python+set}" = set; then :
5944   withval=$with_python; with_python=yes
5945 else
5946   with_python=no
5947 fi
5948
5949
5950 # check if enabling the package makes sense at configure-time
5951 # and deactivate it if not
5952
5953
5954 if test "x$with_python" != xno; then
5955
5956   for i in interfaces/Python/Makefile.am; do
5957
5958 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for $i" >&5
5959 $as_echo_n "checking for $i... " >&6; }
5960 if test -f $i ; then
5961   { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: yes" >&5
5962 $as_echo "yes" >&6; }
5963   with_python=$with_python
5964 else
5965   { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: no" >&5
5966 $as_echo "no" >&6; }
5967   with_python=no
5968 fi
5969
5970   done
5971
5972 fi
5973
5974
5975
5976
5977
5978 # announce the option to include it in configure script
5979
5980 # Check whether --with-ruby was given.
5981 if test "${with_ruby+set}" = set; then :
5982   withval=$with_ruby; with_ruby=yes
5983 else
5984   with_ruby=no
5985 fi
5986
5987
5988 # check if enabling the package makes sense at configure-time
5989 # and deactivate it if not
5990
5991
5992 if test "x$with_ruby" != xno; then
5993
5994   for i in interfaces/Ruby/Makefile.am; do
5995
5996 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for $i" >&5
5997 $as_echo_n "checking for $i... " >&6; }
5998 if test -f $i ; then
5999   { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: yes" >&5
6000 $as_echo "yes" >&6; }
6001   with_ruby=$with_ruby
6002 else
6003   { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: no" >&5
6004 $as_echo "no" >&6; }
6005   with_ruby=no
6006 fi
6007
6008   done
6009
6010 fi
6011
6012
6013
6014
6015
6016 # announce the option to include it in configure script
6017
6018 # Check whether --with-kinfold was given.
6019 if test "${with_kinfold+set}" = set; then :
6020   withval=$with_kinfold; with_kinfold=no
6021 else
6022   with_kinfold=yes
6023 fi
6024
6025
6026 # check if enabling the package makes sense at configure-time
6027 # and deactivate it if not
6028
6029
6030 if test "x$with_kinfold" != xno; then
6031
6032   for i in Kinfold/Makefile.am; do
6033
6034 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for $i" >&5
6035 $as_echo_n "checking for $i... " >&6; }
6036 if test -f $i ; then
6037   { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: yes" >&5
6038 $as_echo "yes" >&6; }
6039   with_kinfold=$with_kinfold
6040 else
6041   { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: no" >&5
6042 $as_echo "no" >&6; }
6043   with_kinfold=no
6044 fi
6045
6046   done
6047
6048 fi
6049
6050
6051
6052
6053
6054 # announce the option to include it in configure script
6055
6056 # Check whether --with-forester was given.
6057 if test "${with_forester+set}" = set; then :
6058   withval=$with_forester; with_forester=no
6059 else
6060   with_forester=yes
6061 fi
6062
6063
6064 # check if enabling the package makes sense at configure-time
6065 # and deactivate it if not
6066
6067
6068 if test "x$with_forester" != xno; then
6069
6070   for i in RNAforester/Makefile.am; do
6071
6072 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for $i" >&5
6073 $as_echo_n "checking for $i... " >&6; }
6074 if test -f $i ; then
6075   { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: yes" >&5
6076 $as_echo "yes" >&6; }
6077   with_forester=$with_forester
6078 else
6079   { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: no" >&5
6080 $as_echo "no" >&6; }
6081   with_forester=no
6082 fi
6083
6084   done
6085
6086 fi
6087
6088
6089
6090
6091
6092 # announce the option to include it in configure script
6093
6094 # Check whether --with-cluster was given.
6095 if test "${with_cluster+set}" = set; then :
6096   withval=$with_cluster; with_cluster=yes
6097 else
6098   with_cluster=no
6099 fi
6100
6101
6102 # check if enabling the package makes sense at configure-time
6103 # and deactivate it if not
6104
6105
6106 if test "x$with_cluster" != xno; then
6107
6108   for i in Cluster/Makefile.am; do
6109
6110 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for $i" >&5
6111 $as_echo_n "checking for $i... " >&6; }
6112 if test -f $i ; then
6113   { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: yes" >&5
6114 $as_echo "yes" >&6; }
6115   with_cluster=$with_cluster
6116 else
6117   { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: no" >&5
6118 $as_echo "no" >&6; }
6119   with_cluster=no
6120 fi
6121
6122   done
6123
6124 fi
6125
6126
6127
6128
6129
6130 # announce the option to include it in configure script
6131
6132 # Check whether --with-svm was given.
6133 if test "${with_svm+set}" = set; then :
6134   withval=$with_svm; with_svm=no
6135 else
6136   with_svm=yes
6137 fi
6138
6139
6140 # check if enabling the package makes sense at configure-time
6141 # and deactivate it if not
6142
6143
6144 if test "x$with_svm" != xno; then
6145
6146   for i in libsvm-${SVM_VERSION}/svm.cpp libsvm-${SVM_VERSION}/svm.h; do
6147
6148 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for $i" >&5
6149 $as_echo_n "checking for $i... " >&6; }
6150 if test -f $i ; then
6151   { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: yes" >&5
6152 $as_echo "yes" >&6; }
6153   with_svm=$with_svm
6154 else
6155   { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: no" >&5
6156 $as_echo "no" >&6; }
6157   with_svm=no
6158 fi
6159
6160   done
6161
6162 fi
6163
6164
6165
6166
6167
6168 # announce the option to include it in configure script
6169
6170 # Check whether --with-doc-pdf was given.
6171 if test "${with_doc_pdf+set}" = set; then :
6172   withval=$with_doc_pdf; with_doc_pdf=no
6173 else
6174   with_doc_pdf=yes
6175 fi
6176
6177
6178 # check if enabling the package makes sense at configure-time
6179 # and deactivate it if not
6180
6181
6182 if test "x$with_doc_pdf" != xno; then
6183
6184   for i in ; do
6185
6186 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for $i" >&5
6187 $as_echo_n "checking for $i... " >&6; }
6188 if test -f $i ; then
6189   { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: yes" >&5
6190 $as_echo "yes" >&6; }
6191   with_doc_pdf=$with_doc_pdf
6192 else
6193   { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: no" >&5
6194 $as_echo "no" >&6; }
6195   with_doc_pdf=no
6196 fi
6197
6198   done
6199
6200 fi
6201
6202
6203
6204
6205
6206 # announce the option to include it in configure script
6207
6208 # Check whether --with-doc-html was given.
6209 if test "${with_doc_html+set}" = set; then :
6210   withval=$with_doc_html; with_doc_html=no
6211 else
6212   with_doc_html=yes
6213 fi
6214
6215
6216 # check if enabling the package makes sense at configure-time
6217 # and deactivate it if not
6218
6219
6220 if test "x$with_doc_html" != xno; then
6221
6222   for i in ; do
6223
6224 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for $i" >&5
6225 $as_echo_n "checking for $i... " >&6; }
6226 if test -f $i ; then
6227   { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: yes" >&5
6228 $as_echo "yes" >&6; }
6229   with_doc_html=$with_doc_html
6230 else
6231   { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: no" >&5
6232 $as_echo "no" >&6; }
6233   with_doc_html=no
6234 fi
6235
6236   done
6237
6238 fi
6239
6240
6241
6242
6243
6244 # announce the option to include it in configure script
6245
6246 # Check whether --with-doc was given.
6247 if test "${with_doc+set}" = set; then :
6248   withval=$with_doc;  with_doc=no
6249                       with_doc_pdf=no
6250                       with_doc_html=no
6251 else
6252   with_doc=yes
6253 fi
6254
6255
6256 # check if enabling the package makes sense at configure-time
6257 # and deactivate it if not
6258
6259
6260 if test "x$with_doc" != xno; then
6261
6262   for i in ; do
6263
6264 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for $i" >&5
6265 $as_echo_n "checking for $i... " >&6; }
6266 if test -f $i ; then
6267   { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: yes" >&5
6268 $as_echo "yes" >&6; }
6269   with_doc=$with_doc
6270 else
6271   { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: no" >&5
6272 $as_echo "no" >&6; }
6273   with_doc=no
6274 fi
6275
6276   done
6277
6278 fi
6279
6280
6281
6282
6283 ## begin with initialization according to configure-time specific options
6284
6285 ## The following test ensures the right type for FLT_OR_DBL in the SWIG RNAlib interface
6286 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking whether float precision is used for partition function arrays instead of double precision" >&5
6287 $as_echo_n "checking whether float precision is used for partition function arrays instead of double precision... " >&6; }
6288 bla=`${GREP} "^#define LARGE_PF" H/data_structures.h`
6289 if test "x$bla" = "x";
6290 then
6291   with_pf_float=yes
6292 fi
6293 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $with_pf_float" >&5
6294 $as_echo "$with_pf_float" >&6; }
6295
6296 # check prerequisites for Perl interface
6297 # Extract the first word of "perl", so it can be a program name with args.
6298 set dummy perl; ac_word=$2
6299 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for $ac_word" >&5
6300 $as_echo_n "checking for $ac_word... " >&6; }
6301 if ${ac_cv_path_PerlCmd+:} false; then :
6302   $as_echo_n "(cached) " >&6
6303 else
6304   case $PerlCmd in
6305   [\\/]* | ?:[\\/]*)
6306   ac_cv_path_PerlCmd="$PerlCmd" # Let the user override the test with a path.
6307   ;;
6308   *)
6309   as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
6310 for as_dir in $PATH
6311 do
6312   IFS=$as_save_IFS
6313   test -z "$as_dir" && as_dir=.
6314     for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
6315   if { test -f "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" && $as_test_x "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext"; }; then
6316     ac_cv_path_PerlCmd="$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext"
6317     $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: found $as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" >&5
6318     break 2
6319   fi
6320 done
6321   done
6322 IFS=$as_save_IFS
6323
6324   ;;
6325 esac
6326 fi
6327 PerlCmd=$ac_cv_path_PerlCmd
6328 if test -n "$PerlCmd"; then
6329   { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $PerlCmd" >&5
6330 $as_echo "$PerlCmd" >&6; }
6331 else
6332   { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: no" >&5
6333 $as_echo "no" >&6; }
6334 fi
6335
6336
6337
6338   if $PerlCmd -e 'require 5.004'; then :
6339   else
6340     { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: WARNING: You need Perl version 5.004 or higher for the Perl module" >&5
6341 $as_echo "$as_me: WARNING: You need Perl version 5.004 or higher for the Perl module" >&2;}
6342     with_perl="no"
6343   fi
6344
6345
6346
6347 # prepare all files for perl interface
6348
6349 if test "x$with_perl" != xno; then
6350
6351
6352 $as_echo "#define WITH_PERL_INTERFACE 1" >>confdefs.h
6353
6354   PERL_INTERFACE=Perl
6355
6356   ac_config_files="$ac_config_files interfaces/Perl/Makefile interfaces/Perl/Makefile.PL"
6357
6358
6359 fi
6360
6361
6362 # check prerequisites for Python interface
6363 # Extract the first word of "python", so it can be a program name with args.
6364 set dummy python; ac_word=$2
6365 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for $ac_word" >&5
6366 $as_echo_n "checking for $ac_word... " >&6; }
6367 if ${ac_cv_path_PythonCmd+:} false; then :
6368   $as_echo_n "(cached) " >&6
6369 else
6370   case $PythonCmd in
6371   [\\/]* | ?:[\\/]*)
6372   ac_cv_path_PythonCmd="$PythonCmd" # Let the user override the test with a path.
6373   ;;
6374   *)
6375   as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
6376 for as_dir in $PATH
6377 do
6378   IFS=$as_save_IFS
6379   test -z "$as_dir" && as_dir=.
6380     for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
6381   if { test -f "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" && $as_test_x "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext"; }; then
6382     ac_cv_path_PythonCmd="$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext"
6383     $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: found $as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" >&5
6384     break 2
6385   fi
6386 done
6387   done
6388 IFS=$as_save_IFS
6389
6390   ;;
6391 esac
6392 fi
6393 PythonCmd=$ac_cv_path_PythonCmd
6394 if test -n "$PythonCmd"; then
6395   { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $PythonCmd" >&5
6396 $as_echo "$PythonCmd" >&6; }
6397 else
6398   { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: no" >&5
6399 $as_echo "no" >&6; }
6400 fi
6401
6402
6403
6404   version_test=`$PythonCmd interfaces/Python/version_test.py`
6405   if test "x$version_test" = "xok"; then :
6406   else
6407     { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: WARNING: You need Python >= 2.5 and < 3.0 to build the Python extension" >&5
6408 $as_echo "$as_me: WARNING: You need Python >= 2.5 and < 3.0 to build the Python extension" >&2;}
6409     { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: WARNING: You may set the PythonCmd environment variable to point to
6410                 a suitable python binary" >&5
6411 $as_echo "$as_me: WARNING: You may set the PythonCmd environment variable to point to
6412                 a suitable python binary" >&2;}
6413     with_python="no"
6414   fi
6415
6416
6417 # prepare all files for python interface
6418
6419 if test "x$with_python" != xno; then
6420
6421
6422 $as_echo "#define WITH_PYTHON_INTERFACE 1" >>confdefs.h
6423
6424   PYTHON_INTERFACE=Python
6425
6426   ac_config_files="$ac_config_files interfaces/Python/Makefile interfaces/Python/setup.py"
6427
6428
6429 fi
6430
6431
6432
6433
6434 if test "x$with_kinfold" != xno; then
6435
6436   subdirs="$subdirs Kinfold"
6437
6438
6439 fi
6440
6441
6442
6443 if test "x$with_forester" != xno; then
6444
6445   subdirs="$subdirs RNAforester"
6446
6447
6448 fi
6449
6450
6451
6452 if test "x$with_cluster" != xno; then
6453
6454
6455 $as_echo "#define WITH_CLUSTER 1" >>confdefs.h
6456
6457   CLUSTER_DIR=Cluster
6458
6459   ac_config_files="$ac_config_files Cluster/Makefile"
6460
6461
6462 fi
6463
6464
6465
6466 if test "x$with_svm" != xno; then
6467
6468   LIBSVM_DIR=libsvm-${SVM_VERSION}
6469
6470   CXXLD=${CXX}
6471  # this is rather a hack for RNALfold.c linking correctly
6472
6473 $as_echo "#define USE_SVM 1" >>confdefs.h
6474
6475
6476 fi
6477
6478
6479  if test "$with_pf_float" != "yes"; then
6480   WITH_LARGE_PF_TRUE=
6481   WITH_LARGE_PF_FALSE='#'
6482 else
6483   WITH_LARGE_PF_TRUE='#'
6484   WITH_LARGE_PF_FALSE=
6485 fi
6486
6487  if test "$with_kinfold" != "no"; then
6488   MAKE_KINFOLD_TRUE=
6489   MAKE_KINFOLD_FALSE='#'
6490 else
6491   MAKE_KINFOLD_TRUE='#'
6492   MAKE_KINFOLD_FALSE=
6493 fi
6494
6495  if test "$with_forester" != "no"; then
6496   MAKE_FORESTER_TRUE=
6497   MAKE_FORESTER_FALSE='#'
6498 else
6499   MAKE_FORESTER_TRUE='#'
6500   MAKE_FORESTER_FALSE=
6501 fi
6502
6503  if test "$with_cluster" = "yes"; then
6504   MAKE_CLUSTER_TRUE=
6505   MAKE_CLUSTER_FALSE='#'
6506 else
6507   MAKE_CLUSTER_TRUE='#'
6508   MAKE_CLUSTER_FALSE=
6509 fi
6510
6511  if test "$with_svm" != "no"; then
6512   WITH_LIBSVM_TRUE=
6513   WITH_LIBSVM_FALSE='#'
6514 else
6515   WITH_LIBSVM_TRUE='#'
6516   WITH_LIBSVM_FALSE=
6517 fi
6518
6519
6520
6521
6522 # Extract the first word of "doxygen", so it can be a program name with args.
6523 set dummy doxygen; ac_word=$2
6524 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for $ac_word" >&5
6525 $as_echo_n "checking for $ac_word... " >&6; }
6526 if ${ac_cv_path_doxygen+:} false; then :
6527   $as_echo_n "(cached) " >&6
6528 else
6529   case $doxygen in
6530   [\\/]* | ?:[\\/]*)
6531   ac_cv_path_doxygen="$doxygen" # Let the user override the test with a path.
6532   ;;
6533   *)
6534   as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
6535 for as_dir in $PATH
6536 do
6537   IFS=$as_save_IFS
6538   test -z "$as_dir" && as_dir=.
6539     for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
6540   if { test -f "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" && $as_test_x "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext"; }; then
6541     ac_cv_path_doxygen="$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext"
6542     $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: found $as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" >&5
6543     break 2
6544   fi
6545 done
6546   done
6547 IFS=$as_save_IFS
6548
6549   test -z "$ac_cv_path_doxygen" && ac_cv_path_doxygen="no"
6550   ;;
6551 esac
6552 fi
6553 doxygen=$ac_cv_path_doxygen
6554 if test -n "$doxygen"; then
6555   { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $doxygen" >&5
6556 $as_echo "$doxygen" >&6; }
6557 else
6558   { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: no" >&5
6559 $as_echo "no" >&6; }
6560 fi
6561
6562
6563 # Extract the first word of "pdflatex", so it can be a program name with args.
6564 set dummy pdflatex; ac_word=$2
6565 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for $ac_word" >&5
6566 $as_echo_n "checking for $ac_word... " >&6; }
6567 if ${ac_cv_path_pdflatex+:} false; then :
6568   $as_echo_n "(cached) " >&6
6569 else
6570   case $pdflatex in
6571   [\\/]* | ?:[\\/]*)
6572   ac_cv_path_pdflatex="$pdflatex" # Let the user override the test with a path.
6573   ;;
6574   *)
6575   as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
6576 for as_dir in $PATH
6577 do
6578   IFS=$as_save_IFS
6579   test -z "$as_dir" && as_dir=.
6580     for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
6581   if { test -f "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" && $as_test_x "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext"; }; then
6582     ac_cv_path_pdflatex="$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext"
6583     $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: found $as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" >&5
6584     break 2
6585   fi
6586 done
6587   done
6588 IFS=$as_save_IFS
6589
6590   test -z "$ac_cv_path_pdflatex" && ac_cv_path_pdflatex="no"
6591   ;;
6592 esac
6593 fi
6594 pdflatex=$ac_cv_path_pdflatex
6595 if test -n "$pdflatex"; then
6596   { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $pdflatex" >&5
6597 $as_echo "$pdflatex" >&6; }
6598 else
6599   { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: no" >&5
6600 $as_echo "no" >&6; }
6601 fi
6602
6603
6604 # Extract the first word of "latex", so it can be a program name with args.
6605 set dummy latex; ac_word=$2
6606 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for $ac_word" >&5
6607 $as_echo_n "checking for $ac_word... " >&6; }
6608 if ${ac_cv_path_latex+:} false; then :
6609   $as_echo_n "(cached) " >&6
6610 else
6611   case $latex in
6612   [\\/]* | ?:[\\/]*)
6613   ac_cv_path_latex="$latex" # Let the user override the test with a path.
6614   ;;
6615   *)
6616   as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
6617 for as_dir in $PATH
6618 do
6619   IFS=$as_save_IFS
6620   test -z "$as_dir" && as_dir=.
6621     for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
6622   if { test -f "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" && $as_test_x "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext"; }; then
6623     ac_cv_path_latex="$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext"
6624     $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: found $as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" >&5
6625     break 2
6626   fi
6627 done
6628   done
6629 IFS=$as_save_IFS
6630
6631   test -z "$ac_cv_path_latex" && ac_cv_path_latex="no"
6632   ;;
6633 esac
6634 fi
6635 latex=$ac_cv_path_latex
6636 if test -n "$latex"; then
6637   { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $latex" >&5
6638 $as_echo "$latex" >&6; }
6639 else
6640   { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: no" >&5
6641 $as_echo "no" >&6; }
6642 fi
6643
6644
6645 # Extract the first word of "makeindex", so it can be a program name with args.
6646 set dummy makeindex; ac_word=$2
6647 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for $ac_word" >&5
6648 $as_echo_n "checking for $ac_word... " >&6; }
6649 if ${ac_cv_path_makeindex+:} false; then :
6650   $as_echo_n "(cached) " >&6
6651 else
6652   case $makeindex in
6653   [\\/]* | ?:[\\/]*)
6654   ac_cv_path_makeindex="$makeindex" # Let the user override the test with a path.
6655   ;;
6656   *)
6657   as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
6658 for as_dir in $PATH
6659 do
6660   IFS=$as_save_IFS
6661   test -z "$as_dir" && as_dir=.
6662     for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
6663   if { test -f "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" && $as_test_x "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext"; }; then
6664     ac_cv_path_makeindex="$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext"
6665     $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: found $as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" >&5
6666     break 2
6667   fi
6668 done
6669   done
6670 IFS=$as_save_IFS
6671
6672   test -z "$ac_cv_path_makeindex" && ac_cv_path_makeindex="no"
6673   ;;
6674 esac
6675 fi
6676 makeindex=$ac_cv_path_makeindex
6677 if test -n "$makeindex"; then
6678   { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $makeindex" >&5
6679 $as_echo "$makeindex" >&6; }
6680 else
6681   { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: no" >&5
6682 $as_echo "no" >&6; }
6683 fi
6684
6685
6686 # Extract the first word of "dot", so it can be a program name with args.
6687 set dummy dot; ac_word=$2
6688 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for $ac_word" >&5
6689 $as_echo_n "checking for $ac_word... " >&6; }
6690 if ${ac_cv_path_dot+:} false; then :
6691   $as_echo_n "(cached) " >&6
6692 else
6693   case $dot in
6694   [\\/]* | ?:[\\/]*)
6695   ac_cv_path_dot="$dot" # Let the user override the test with a path.
6696   ;;
6697   *)
6698   as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
6699 for as_dir in $PATH
6700 do
6701   IFS=$as_save_IFS
6702   test -z "$as_dir" && as_dir=.
6703     for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
6704   if { test -f "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" && $as_test_x "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext"; }; then
6705     ac_cv_path_dot="$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext"
6706     $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: found $as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" >&5
6707     break 2
6708   fi
6709 done
6710   done
6711 IFS=$as_save_IFS
6712
6713   test -z "$ac_cv_path_dot" && ac_cv_path_dot="no"
6714   ;;
6715 esac
6716 fi
6717 dot=$ac_cv_path_dot
6718 if test -n "$dot"; then
6719   { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $dot" >&5
6720 $as_echo "$dot" >&6; }
6721 else
6722   { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: no" >&5
6723 $as_echo "no" >&6; }
6724 fi
6725
6726
6727 # Extract the first word of "egrep", so it can be a program name with args.
6728 set dummy egrep; ac_word=$2
6729 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for $ac_word" >&5
6730 $as_echo_n "checking for $ac_word... " >&6; }
6731 if ${ac_cv_path_egrep+:} false; then :
6732   $as_echo_n "(cached) " >&6
6733 else
6734   case $egrep in
6735   [\\/]* | ?:[\\/]*)
6736   ac_cv_path_egrep="$egrep" # Let the user override the test with a path.
6737   ;;
6738   *)
6739   as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
6740 for as_dir in $PATH
6741 do
6742   IFS=$as_save_IFS
6743   test -z "$as_dir" && as_dir=.
6744     for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
6745   if { test -f "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" && $as_test_x "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext"; }; then
6746     ac_cv_path_egrep="$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext"
6747     $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: found $as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" >&5
6748     break 2
6749   fi
6750 done
6751   done
6752 IFS=$as_save_IFS
6753
6754   test -z "$ac_cv_path_egrep" && ac_cv_path_egrep="no"
6755   ;;
6756 esac
6757 fi
6758 egrep=$ac_cv_path_egrep
6759 if test -n "$egrep"; then
6760   { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $egrep" >&5
6761 $as_echo "$egrep" >&6; }
6762 else
6763   { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: no" >&5
6764 $as_echo "no" >&6; }
6765 fi
6766
6767
6768 # Extract the first word of "perl", so it can be a program name with args.
6769 set dummy perl; ac_word=$2
6770 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for $ac_word" >&5
6771 $as_echo_n "checking for $ac_word... " >&6; }
6772 if ${ac_cv_path_perl+:} false; then :
6773   $as_echo_n "(cached) " >&6
6774 else
6775   case $perl in
6776   [\\/]* | ?:[\\/]*)
6777   ac_cv_path_perl="$perl" # Let the user override the test with a path.
6778   ;;
6779   *)
6780   as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
6781 for as_dir in $PATH
6782 do
6783   IFS=$as_save_IFS
6784   test -z "$as_dir" && as_dir=.
6785     for ac_exec_ext in '' $ac_executable_extensions; do
6786   if { test -f "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" && $as_test_x "$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext"; }; then
6787     ac_cv_path_perl="$as_dir/$ac_word$ac_exec_ext"
6788     $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: found $as_dir/$ac_word$ac_exec_ext" >&5
6789     break 2
6790   fi
6791 done
6792   done
6793 IFS=$as_save_IFS
6794
6795   test -z "$ac_cv_path_perl" && ac_cv_path_perl="no"
6796   ;;
6797 esac
6798 fi
6799 perl=$ac_cv_path_perl
6800 if test -n "$perl"; then
6801   { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: $perl" >&5
6802 $as_echo "$perl" >&6; }
6803 else
6804   { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: no" >&5
6805 $as_echo "no" >&6; }
6806 fi
6807
6808
6809
6810 DOXYGEN_PDFLATEX_WORKARROUND=yes
6811
6812 # check whether we are able to generate the doxygen documentation
6813
6814 if test "x$with_doc" != xno; then
6815
6816   if test "x$doxygen" != xno;
6817   then
6818     # test for programs necessary in order to use doxygen
6819
6820     if test "x$DOXYGEN_PDFLATEX_WORKARROUND" = xno;
6821     then
6822     # this is a workarround for older versions of doxygen as installed e.g. in fc12 where
6823     # pdflatex usage does not work
6824
6825       if test "x$pdflatex" = xno;
6826       then
6827         if test "x$latex" = xno;
6828         then
6829           { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: WARNING: neither latex or pdflatex exists on your system!" >&5
6830 $as_echo "$as_me: WARNING: neither latex or pdflatex exists on your system!" >&2;}
6831           { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: WARNING: deactivating automatic (re)generation of reference manual!" >&5
6832 $as_echo "$as_me: WARNING: deactivating automatic (re)generation of reference manual!" >&2;}
6833           doxygen=no
6834         else
6835           _latex_cmd=$latex
6836         fi
6837       else
6838         _latex_cmd=$pdflatex
6839       fi
6840     else
6841       if test "x$latex" = xno;
6842       then
6843         { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: WARNING: neither latex or pdflatex exists on your system!" >&5
6844 $as_echo "$as_me: WARNING: neither latex or pdflatex exists on your system!" >&2;}
6845         { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: WARNING: deactivating automatic (re)generation of reference manual!" >&5
6846 $as_echo "$as_me: WARNING: deactivating automatic (re)generation of reference manual!" >&2;}
6847         doxygen=no
6848         _latex_cmd=
6849       else
6850         { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: WARNING: due to a bug in older versions of doxygen, latex will be used for reference manual generation even if pdflatex is available" >&5
6851 $as_echo "$as_me: WARNING: due to a bug in older versions of doxygen, latex will be used for reference manual generation even if pdflatex is available" >&2;}
6852         _latex_cmd=$latex
6853         pdflatex=no
6854       fi
6855     fi
6856
6857     if test "x$makeindex" = xno;
6858     then
6859       { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: WARNING: makeindex command not found on your system!" >&5
6860 $as_echo "$as_me: WARNING: makeindex command not found on your system!" >&2;}
6861       { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: WARNING: deactivating automatic (re)generation of reference manual!" >&5
6862 $as_echo "$as_me: WARNING: deactivating automatic (re)generation of reference manual!" >&2;}
6863       doxygen=no
6864     fi
6865
6866     if test "x$egrep" = xno;
6867     then
6868       { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: WARNING: egrep command not found on your system!" >&5
6869 $as_echo "$as_me: WARNING: egrep command not found on your system!" >&2;}
6870       { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: WARNING: deactivating automatic (re)generation of reference manual!" >&5
6871 $as_echo "$as_me: WARNING: deactivating automatic (re)generation of reference manual!" >&2;}
6872       doxygen=no
6873     fi
6874
6875     if test "x$dot" = xno;
6876     then
6877       { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: WARNING: dot command not found on your system!" >&5
6878 $as_echo "$as_me: WARNING: dot command not found on your system!" >&2;}
6879       { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: WARNING: deactivating graph output in reference manual!" >&5
6880 $as_echo "$as_me: WARNING: deactivating graph output in reference manual!" >&2;}
6881     fi
6882
6883     if test "x$perl" = xno;
6884     then
6885       { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: WARNING: perl command not found on your system!" >&5
6886 $as_echo "$as_me: WARNING: perl command not found on your system!" >&2;}
6887       { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: WARNING: deactivating automatic (re)generation of reference manual!" >&5
6888 $as_echo "$as_me: WARNING: deactivating automatic (re)generation of reference manual!" >&2;}
6889       doxygen=no
6890     fi
6891
6892   fi
6893
6894 fi
6895
6896
6897
6898 # setup everything in order to generate the doxygen configfile
6899
6900
6901 if test "x$with_doc" != xno; then
6902
6903
6904   DOXYGEN_PROJECT_NAME=RNAlib-$PACKAGE_VERSION
6905
6906   DOXYGEN_SRCDIR=$srcdir
6907
6908   DOXYGEN_DOCDIR=doc
6909
6910   DOXYGEN_CONF=doxygen.conf
6911
6912
6913
6914 # prepare the config file for doxygen if we are able to generate a reference manual
6915   if test "x$doxygen" != xno;
6916   then
6917
6918     DOXYGEN_CMD_LATEX=$_latex_cmd
6919
6920     DOXYGEN_CMD_MAKEINDEX=$makeindex
6921
6922     DOXYGEN_HAVE_DOT=YES
6923
6924     DOXYGEN_WITH_PDFLATEX=YES
6925
6926     DOXYGEN_GENERATE_HTML=YES
6927
6928     DOXYGEN_GENERATE_LATEX=YES
6929
6930
6931     ac_config_files="$ac_config_files ${DOXYGEN_DOCDIR}/${DOXYGEN_CONF}"
6932
6933
6934   else
6935
6936 # otherwise check if a generated reference manual already exists
6937
6938
6939 if test "x$with_doc_pdf" != xno; then
6940
6941
6942 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for $DOXYGEN_DOCDIR/$DOXYGEN_PROJECT_NAME.pdf" >&5
6943 $as_echo_n "checking for $DOXYGEN_DOCDIR/$DOXYGEN_PROJECT_NAME.pdf... " >&6; }
6944 if test -f $DOXYGEN_DOCDIR/$DOXYGEN_PROJECT_NAME.pdf ; then
6945   { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: yes" >&5
6946 $as_echo "yes" >&6; }
6947   with_doc_pdf=yes
6948 else
6949   { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: no" >&5
6950 $as_echo "no" >&6; }
6951   with_doc_pdf=no
6952 fi
6953
6954 fi
6955
6956
6957
6958 if test "x$with_doc_html" != xno; then
6959
6960
6961 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: checking for $DOXYGEN_DOCDIR/html/index.html" >&5
6962 $as_echo_n "checking for $DOXYGEN_DOCDIR/html/index.html... " >&6; }
6963 if test -f $DOXYGEN_DOCDIR/html/index.html ; then
6964   { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: yes" >&5
6965 $as_echo "yes" >&6; }
6966   with_doc_html=yes
6967 else
6968   { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: result: no" >&5
6969 $as_echo "no" >&6; }
6970   with_doc_html=no
6971 fi
6972
6973 fi
6974
6975
6976     if test "x$with_doc_pdf" = "x$with_doc_html";
6977     then
6978       if test "x$with_doc_pdf" = xno;
6979       then
6980         with_doc=no
6981       fi
6982     fi
6983   fi
6984
6985 fi
6986
6987
6988 REFERENCE_MANUAL_PDF_NAME=$DOXYGEN_PROJECT_NAME.pdf
6989
6990 REFERENCE_MANUAL_TAGFILE=$DOXYGEN_PROJECT_NAME.tag
6991
6992
6993
6994 # setup variables used in Makefile.am
6995  if test "x$with_doc" != xno; then
6996   WITH_REFERENCE_MANUAL_TRUE=
6997   WITH_REFERENCE_MANUAL_FALSE='#'
6998 else
6999   WITH_REFERENCE_MANUAL_TRUE='#'
7000   WITH_REFERENCE_MANUAL_FALSE=
7001 fi
7002
7003  if test "x$doxygen" != xno; then
7004   WITH_REFERENCE_MANUAL_BUILD_TRUE=
7005   WITH_REFERENCE_MANUAL_BUILD_FALSE='#'
7006 else
7007   WITH_REFERENCE_MANUAL_BUILD_TRUE='#'
7008   WITH_REFERENCE_MANUAL_BUILD_FALSE=
7009 fi
7010
7011  if test "x$with_doc_pdf" != xno; then
7012   WITH_REFERENCE_MANUAL_PDF_TRUE=
7013   WITH_REFERENCE_MANUAL_PDF_FALSE='#'
7014 else
7015   WITH_REFERENCE_MANUAL_PDF_TRUE='#'
7016   WITH_REFERENCE_MANUAL_PDF_FALSE=
7017 fi
7018
7019  if test "x$with_doc_html" != xno; then
7020   WITH_REFERENCE_MANUAL_HTML_TRUE=
7021   WITH_REFERENCE_MANUAL_HTML_FALSE='#'
7022 else
7023   WITH_REFERENCE_MANUAL_HTML_TRUE='#'
7024   WITH_REFERENCE_MANUAL_HTML_FALSE=
7025 fi
7026
7027
7028
7029
7030 ac_config_files="$ac_config_files misc/Makefile misc/ViennaRNA.spec misc/PKGBUILD"
7031
7032 ac_config_files="$ac_config_files interfaces/Makefile"
7033
7034 ac_config_files="$ac_config_files Makefile RNAlib2.pc Utils/Makefile Progs/Makefile lib/Makefile man/Makefile H/Makefile doc/Makefile"
7035
7036
7037 ac_config_files="$ac_config_files man/cmdlopt.sh"
7038
7039
7040
7041
7042 cat >confcache <<\_ACEOF
7043 # This file is a shell script that caches the results of configure
7044 # tests run on this system so they can be shared between configure
7045 # scripts and configure runs, see configure's option --config-cache.
7046 # It is not useful on other systems.  If it contains results you don't
7047 # want to keep, you may remove or edit it.
7048 #
7049 # config.status only pays attention to the cache file if you give it
7050 # the --recheck option to rerun configure.
7051 #
7052 # `ac_cv_env_foo' variables (set or unset) will be overridden when
7053 # loading this file, other *unset* `ac_cv_foo' will be assigned the
7054 # following values.
7055
7056 _ACEOF
7057
7058 # The following way of writing the cache mishandles newlines in values,
7059 # but we know of no workaround that is simple, portable, and efficient.
7060 # So, we kill variables containing newlines.
7061 # Ultrix sh set writes to stderr and can't be redirected directly,
7062 # and sets the high bit in the cache file unless we assign to the vars.
7063 (
7064   for ac_var in `(set) 2>&1 | sed -n 's/^\([a-zA-Z_][a-zA-Z0-9_]*\)=.*/\1/p'`; do
7065     eval ac_val=\$$ac_var
7066     case $ac_val in #(
7067     *${as_nl}*)
7068       case $ac_var in #(
7069       *_cv_*) { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: WARNING: cache variable $ac_var contains a newline" >&5
7070 $as_echo "$as_me: WARNING: cache variable $ac_var contains a newline" >&2;} ;;
7071       esac
7072       case $ac_var in #(
7073       _ | IFS | as_nl) ;; #(
7074       BASH_ARGV | BASH_SOURCE) eval $ac_var= ;; #(
7075       *) { eval $ac_var=; unset $ac_var;} ;;
7076       esac ;;
7077     esac
7078   done
7079
7080   (set) 2>&1 |
7081     case $as_nl`(ac_space=' '; set) 2>&1` in #(
7082     *${as_nl}ac_space=\ *)
7083       # `set' does not quote correctly, so add quotes: double-quote
7084       # substitution turns \\\\ into \\, and sed turns \\ into \.
7085       sed -n \
7086         "s/'/'\\\\''/g;
7087           s/^\\([_$as_cr_alnum]*_cv_[_$as_cr_alnum]*\\)=\\(.*\\)/\\1='\\2'/p"
7088       ;; #(
7089     *)
7090       # `set' quotes correctly as required by POSIX, so do not add quotes.
7091       sed -n "/^[_$as_cr_alnum]*_cv_[_$as_cr_alnum]*=/p"
7092       ;;
7093     esac |
7094     sort
7095 ) |
7096   sed '
7097      /^ac_cv_env_/b end
7098      t clear
7099      :clear
7100      s/^\([^=]*\)=\(.*[{}].*\)$/test "${\1+set}" = set || &/
7101      t end
7102      s/^\([^=]*\)=\(.*\)$/\1=${\1=\2}/
7103      :end' >>confcache
7104 if diff "$cache_file" confcache >/dev/null 2>&1; then :; else
7105   if test -w "$cache_file"; then
7106     if test "x$cache_file" != "x/dev/null"; then
7107       { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: updating cache $cache_file" >&5
7108 $as_echo "$as_me: updating cache $cache_file" >&6;}
7109       if test ! -f "$cache_file" || test -h "$cache_file"; then
7110         cat confcache >"$cache_file"
7111       else
7112         case $cache_file in #(
7113         */* | ?:*)
7114           mv -f confcache "$cache_file"$$ &&
7115           mv -f "$cache_file"$$ "$cache_file" ;; #(
7116         *)
7117           mv -f confcache "$cache_file" ;;
7118         esac
7119       fi
7120     fi
7121   else
7122     { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: not updating unwritable cache $cache_file" >&5
7123 $as_echo "$as_me: not updating unwritable cache $cache_file" >&6;}
7124   fi
7125 fi
7126 rm -f confcache
7127
7128 test "x$prefix" = xNONE && prefix=$ac_default_prefix
7129 # Let make expand exec_prefix.
7130 test "x$exec_prefix" = xNONE && exec_prefix='${prefix}'
7131
7132 DEFS=-DHAVE_CONFIG_H
7133
7134 ac_libobjs=
7135 ac_ltlibobjs=
7136 U=
7137 for ac_i in : $LIBOBJS; do test "x$ac_i" = x: && continue
7138   # 1. Remove the extension, and $U if already installed.
7139   ac_script='s/\$U\././;s/\.o$//;s/\.obj$//'
7140   ac_i=`$as_echo "$ac_i" | sed "$ac_script"`
7141   # 2. Prepend LIBOBJDIR.  When used with automake>=1.10 LIBOBJDIR
7142   #    will be set to the directory where LIBOBJS objects are built.
7143   as_fn_append ac_libobjs " \${LIBOBJDIR}$ac_i\$U.$ac_objext"
7144   as_fn_append ac_ltlibobjs " \${LIBOBJDIR}$ac_i"'$U.lo'
7145 done
7146 LIBOBJS=$ac_libobjs
7147
7148 LTLIBOBJS=$ac_ltlibobjs
7149
7150
7151  if test -n "$EXEEXT"; then
7152   am__EXEEXT_TRUE=
7153   am__EXEEXT_FALSE='#'
7154 else
7155   am__EXEEXT_TRUE='#'
7156   am__EXEEXT_FALSE=
7157 fi
7158
7159 if test -z "${AMDEP_TRUE}" && test -z "${AMDEP_FALSE}"; then
7160   as_fn_error $? "conditional \"AMDEP\" was never defined.
7161 Usually this means the macro was only invoked conditionally." "$LINENO" 5
7162 fi
7163 if test -z "${am__fastdepCXX_TRUE}" && test -z "${am__fastdepCXX_FALSE}"; then
7164   as_fn_error $? "conditional \"am__fastdepCXX\" was never defined.
7165 Usually this means the macro was only invoked conditionally." "$LINENO" 5
7166 fi
7167 if test -z "${am__fastdepCC_TRUE}" && test -z "${am__fastdepCC_FALSE}"; then
7168   as_fn_error $? "conditional \"am__fastdepCC\" was never defined.
7169 Usually this means the macro was only invoked conditionally." "$LINENO" 5
7170 fi
7171 if test -z "${WITH_LARGE_PF_TRUE}" && test -z "${WITH_LARGE_PF_FALSE}"; then
7172   as_fn_error $? "conditional \"WITH_LARGE_PF\" was never defined.
7173 Usually this means the macro was only invoked conditionally." "$LINENO" 5
7174 fi
7175 if test -z "${MAKE_KINFOLD_TRUE}" && test -z "${MAKE_KINFOLD_FALSE}"; then
7176   as_fn_error $? "conditional \"MAKE_KINFOLD\" was never defined.
7177 Usually this means the macro was only invoked conditionally." "$LINENO" 5
7178 fi
7179 if test -z "${MAKE_FORESTER_TRUE}" && test -z "${MAKE_FORESTER_FALSE}"; then
7180   as_fn_error $? "conditional \"MAKE_FORESTER\" was never defined.
7181 Usually this means the macro was only invoked conditionally." "$LINENO" 5
7182 fi
7183 if test -z "${MAKE_CLUSTER_TRUE}" && test -z "${MAKE_CLUSTER_FALSE}"; then
7184   as_fn_error $? "conditional \"MAKE_CLUSTER\" was never defined.
7185 Usually this means the macro was only invoked conditionally." "$LINENO" 5
7186 fi
7187 if test -z "${WITH_LIBSVM_TRUE}" && test -z "${WITH_LIBSVM_FALSE}"; then
7188   as_fn_error $? "conditional \"WITH_LIBSVM\" was never defined.
7189 Usually this means the macro was only invoked conditionally." "$LINENO" 5
7190 fi
7191 if test -z "${WITH_REFERENCE_MANUAL_TRUE}" && test -z "${WITH_REFERENCE_MANUAL_FALSE}"; then
7192   as_fn_error $? "conditional \"WITH_REFERENCE_MANUAL\" was never defined.
7193 Usually this means the macro was only invoked conditionally." "$LINENO" 5
7194 fi
7195 if test -z "${WITH_REFERENCE_MANUAL_BUILD_TRUE}" && test -z "${WITH_REFERENCE_MANUAL_BUILD_FALSE}"; then
7196   as_fn_error $? "conditional \"WITH_REFERENCE_MANUAL_BUILD\" was never defined.
7197 Usually this means the macro was only invoked conditionally." "$LINENO" 5
7198 fi
7199 if test -z "${WITH_REFERENCE_MANUAL_PDF_TRUE}" && test -z "${WITH_REFERENCE_MANUAL_PDF_FALSE}"; then
7200   as_fn_error $? "conditional \"WITH_REFERENCE_MANUAL_PDF\" was never defined.
7201 Usually this means the macro was only invoked conditionally." "$LINENO" 5
7202 fi
7203 if test -z "${WITH_REFERENCE_MANUAL_HTML_TRUE}" && test -z "${WITH_REFERENCE_MANUAL_HTML_FALSE}"; then
7204   as_fn_error $? "conditional \"WITH_REFERENCE_MANUAL_HTML\" was never defined.
7205 Usually this means the macro was only invoked conditionally." "$LINENO" 5
7206 fi
7207
7208 : "${CONFIG_STATUS=./config.status}"
7209 ac_write_fail=0
7210 ac_clean_files_save=$ac_clean_files
7211 ac_clean_files="$ac_clean_files $CONFIG_STATUS"
7212 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: creating $CONFIG_STATUS" >&5
7213 $as_echo "$as_me: creating $CONFIG_STATUS" >&6;}
7214 as_write_fail=0
7215 cat >$CONFIG_STATUS <<_ASEOF || as_write_fail=1
7216 #! $SHELL
7217 # Generated by $as_me.
7218 # Run this file to recreate the current configuration.
7219 # Compiler output produced by configure, useful for debugging
7220 # configure, is in config.log if it exists.
7221
7222 debug=false
7223 ac_cs_recheck=false
7224 ac_cs_silent=false
7225
7226 SHELL=\${CONFIG_SHELL-$SHELL}
7227 export SHELL
7228 _ASEOF
7229 cat >>$CONFIG_STATUS <<\_ASEOF || as_write_fail=1
7230 ## -------------------- ##
7231 ## M4sh Initialization. ##
7232 ## -------------------- ##
7233
7234 # Be more Bourne compatible
7235 DUALCASE=1; export DUALCASE # for MKS sh
7236 if test -n "${ZSH_VERSION+set}" && (emulate sh) >/dev/null 2>&1; then :
7237   emulate sh
7238   NULLCMD=:
7239   # Pre-4.2 versions of Zsh do word splitting on ${1+"$@"}, which
7240   # is contrary to our usage.  Disable this feature.
7241   alias -g '${1+"$@"}'='"$@"'
7242   setopt NO_GLOB_SUBST
7243 else
7244   case `(set -o) 2>/dev/null` in #(
7245   *posix*) :
7246     set -o posix ;; #(
7247   *) :
7248      ;;
7249 esac
7250 fi
7251
7252
7253 as_nl='
7254 '
7255 export as_nl
7256 # Printing a long string crashes Solaris 7 /usr/bin/printf.
7257 as_echo='\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\'
7258 as_echo=$as_echo$as_echo$as_echo$as_echo$as_echo
7259 as_echo=$as_echo$as_echo$as_echo$as_echo$as_echo$as_echo
7260 # Prefer a ksh shell builtin over an external printf program on Solaris,
7261 # but without wasting forks for bash or zsh.
7262 if test -z "$BASH_VERSION$ZSH_VERSION" \
7263     && (test "X`print -r -- $as_echo`" = "X$as_echo") 2>/dev/null; then
7264   as_echo='print -r --'
7265   as_echo_n='print -rn --'
7266 elif (test "X`printf %s $as_echo`" = "X$as_echo") 2>/dev/null; then
7267   as_echo='printf %s\n'
7268   as_echo_n='printf %s'
7269 else
7270   if test "X`(/usr/ucb/echo -n -n $as_echo) 2>/dev/null`" = "X-n $as_echo"; then
7271     as_echo_body='eval /usr/ucb/echo -n "$1$as_nl"'
7272     as_echo_n='/usr/ucb/echo -n'
7273   else
7274     as_echo_body='eval expr "X$1" : "X\\(.*\\)"'
7275     as_echo_n_body='eval
7276       arg=$1;
7277       case $arg in #(
7278       *"$as_nl"*)
7279         expr "X$arg" : "X\\(.*\\)$as_nl";
7280         arg=`expr "X$arg" : ".*$as_nl\\(.*\\)"`;;
7281       esac;
7282       expr "X$arg" : "X\\(.*\\)" | tr -d "$as_nl"
7283     '
7284     export as_echo_n_body
7285     as_echo_n='sh -c $as_echo_n_body as_echo'
7286   fi
7287   export as_echo_body
7288   as_echo='sh -c $as_echo_body as_echo'
7289 fi
7290
7291 # The user is always right.
7292 if test "${PATH_SEPARATOR+set}" != set; then
7293   PATH_SEPARATOR=:
7294   (PATH='/bin;/bin'; FPATH=$PATH; sh -c :) >/dev/null 2>&1 && {
7295     (PATH='/bin:/bin'; FPATH=$PATH; sh -c :) >/dev/null 2>&1 ||
7296       PATH_SEPARATOR=';'
7297   }
7298 fi
7299
7300
7301 # IFS
7302 # We need space, tab and new line, in precisely that order.  Quoting is
7303 # there to prevent editors from complaining about space-tab.
7304 # (If _AS_PATH_WALK were called with IFS unset, it would disable word
7305 # splitting by setting IFS to empty value.)
7306 IFS=" ""        $as_nl"
7307
7308 # Find who we are.  Look in the path if we contain no directory separator.
7309 as_myself=
7310 case $0 in #((
7311   *[\\/]* ) as_myself=$0 ;;
7312   *) as_save_IFS=$IFS; IFS=$PATH_SEPARATOR
7313 for as_dir in $PATH
7314 do
7315   IFS=$as_save_IFS
7316   test -z "$as_dir" && as_dir=.
7317     test -r "$as_dir/$0" && as_myself=$as_dir/$0 && break
7318   done
7319 IFS=$as_save_IFS
7320
7321      ;;
7322 esac
7323 # We did not find ourselves, most probably we were run as `sh COMMAND'
7324 # in which case we are not to be found in the path.
7325 if test "x$as_myself" = x; then
7326   as_myself=$0
7327 fi
7328 if test ! -f "$as_myself"; then
7329   $as_echo "$as_myself: error: cannot find myself; rerun with an absolute file name" >&2
7330   exit 1
7331 fi
7332
7333 # Unset variables that we do not need and which cause bugs (e.g. in
7334 # pre-3.0 UWIN ksh).  But do not cause bugs in bash 2.01; the "|| exit 1"
7335 # suppresses any "Segmentation fault" message there.  '((' could
7336 # trigger a bug in pdksh 5.2.14.
7337 for as_var in BASH_ENV ENV MAIL MAILPATH
7338 do eval test x\${$as_var+set} = xset \
7339   && ( (unset $as_var) || exit 1) >/dev/null 2>&1 && unset $as_var || :
7340 done
7341 PS1='$ '
7342 PS2='> '
7343 PS4='+ '
7344
7345 # NLS nuisances.
7346 LC_ALL=C
7347 export LC_ALL
7348 LANGUAGE=C
7349 export LANGUAGE
7350
7351 # CDPATH.
7352 (unset CDPATH) >/dev/null 2>&1 && unset CDPATH
7353
7354
7355 # as_fn_error STATUS ERROR [LINENO LOG_FD]
7356 # ----------------------------------------
7357 # Output "`basename $0`: error: ERROR" to stderr. If LINENO and LOG_FD are
7358 # provided, also output the error to LOG_FD, referencing LINENO. Then exit the
7359 # script with STATUS, using 1 if that was 0.
7360 as_fn_error ()
7361 {
7362   as_status=$1; test $as_status -eq 0 && as_status=1
7363   if test "$4"; then
7364     as_lineno=${as_lineno-"$3"} as_lineno_stack=as_lineno_stack=$as_lineno_stack
7365     $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: error: $2" >&$4
7366   fi
7367   $as_echo "$as_me: error: $2" >&2
7368   as_fn_exit $as_status
7369 } # as_fn_error
7370
7371
7372 # as_fn_set_status STATUS
7373 # -----------------------
7374 # Set $? to STATUS, without forking.
7375 as_fn_set_status ()
7376 {
7377   return $1
7378 } # as_fn_set_status
7379
7380 # as_fn_exit STATUS
7381 # -----------------
7382 # Exit the shell with STATUS, even in a "trap 0" or "set -e" context.
7383 as_fn_exit ()
7384 {
7385   set +e
7386   as_fn_set_status $1
7387   exit $1
7388 } # as_fn_exit
7389
7390 # as_fn_unset VAR
7391 # ---------------
7392 # Portably unset VAR.
7393 as_fn_unset ()
7394 {
7395   { eval $1=; unset $1;}
7396 }
7397 as_unset=as_fn_unset
7398 # as_fn_append VAR VALUE
7399 # ----------------------
7400 # Append the text in VALUE to the end of the definition contained in VAR. Take
7401 # advantage of any shell optimizations that allow amortized linear growth over
7402 # repeated appends, instead of the typical quadratic growth present in naive
7403 # implementations.
7404 if (eval "as_var=1; as_var+=2; test x\$as_var = x12") 2>/dev/null; then :
7405   eval 'as_fn_append ()
7406   {
7407     eval $1+=\$2
7408   }'
7409 else
7410   as_fn_append ()
7411   {
7412     eval $1=\$$1\$2
7413   }
7414 fi # as_fn_append
7415
7416 # as_fn_arith ARG...
7417 # ------------------
7418 # Perform arithmetic evaluation on the ARGs, and store the result in the
7419 # global $as_val. Take advantage of shells that can avoid forks. The arguments
7420 # must be portable across $(()) and expr.
7421 if (eval "test \$(( 1 + 1 )) = 2") 2>/dev/null; then :
7422   eval 'as_fn_arith ()
7423   {
7424     as_val=$(( $* ))
7425   }'
7426 else
7427   as_fn_arith ()
7428   {
7429     as_val=`expr "$@" || test $? -eq 1`
7430   }
7431 fi # as_fn_arith
7432
7433
7434 if expr a : '\(a\)' >/dev/null 2>&1 &&
7435    test "X`expr 00001 : '.*\(...\)'`" = X001; then
7436   as_expr=expr
7437 else
7438   as_expr=false
7439 fi
7440
7441 if (basename -- /) >/dev/null 2>&1 && test "X`basename -- / 2>&1`" = "X/"; then
7442   as_basename=basename
7443 else
7444   as_basename=false
7445 fi
7446
7447 if (as_dir=`dirname -- /` && test "X$as_dir" = X/) >/dev/null 2>&1; then
7448   as_dirname=dirname
7449 else
7450   as_dirname=false
7451 fi
7452
7453 as_me=`$as_basename -- "$0" ||
7454 $as_expr X/"$0" : '.*/\([^/][^/]*\)/*$' \| \
7455          X"$0" : 'X\(//\)$' \| \
7456          X"$0" : 'X\(/\)' \| . 2>/dev/null ||
7457 $as_echo X/"$0" |
7458     sed '/^.*\/\([^/][^/]*\)\/*$/{
7459             s//\1/
7460             q
7461           }
7462           /^X\/\(\/\/\)$/{
7463             s//\1/
7464             q
7465           }
7466           /^X\/\(\/\).*/{
7467             s//\1/
7468             q
7469           }
7470           s/.*/./; q'`
7471
7472 # Avoid depending upon Character Ranges.
7473 as_cr_letters='abcdefghijklmnopqrstuvwxyz'
7474 as_cr_LETTERS='ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ'
7475 as_cr_Letters=$as_cr_letters$as_cr_LETTERS
7476 as_cr_digits='0123456789'
7477 as_cr_alnum=$as_cr_Letters$as_cr_digits
7478
7479 ECHO_C= ECHO_N= ECHO_T=
7480 case `echo -n x` in #(((((
7481 -n*)
7482   case `echo 'xy\c'` in
7483   *c*) ECHO_T=' ';;     # ECHO_T is single tab character.
7484   xy)  ECHO_C='\c';;
7485   *)   echo `echo ksh88 bug on AIX 6.1` > /dev/null
7486        ECHO_T=' ';;
7487   esac;;
7488 *)
7489   ECHO_N='-n';;
7490 esac
7491
7492 rm -f conf$$ conf$$.exe conf$$.file
7493 if test -d conf$$.dir; then
7494   rm -f conf$$.dir/conf$$.file
7495 else
7496   rm -f conf$$.dir
7497   mkdir conf$$.dir 2>/dev/null
7498 fi
7499 if (echo >conf$$.file) 2>/dev/null; then
7500   if ln -s conf$$.file conf$$ 2>/dev/null; then
7501     as_ln_s='ln -s'
7502     # ... but there are two gotchas:
7503     # 1) On MSYS, both `ln -s file dir' and `ln file dir' fail.
7504     # 2) DJGPP < 2.04 has no symlinks; `ln -s' creates a wrapper executable.
7505     # In both cases, we have to default to `cp -p'.
7506     ln -s conf$$.file conf$$.dir 2>/dev/null && test ! -f conf$$.exe ||
7507       as_ln_s='cp -p'
7508   elif ln conf$$.file conf$$ 2>/dev/null; then
7509     as_ln_s=ln
7510   else
7511     as_ln_s='cp -p'
7512   fi
7513 else
7514   as_ln_s='cp -p'
7515 fi
7516 rm -f conf$$ conf$$.exe conf$$.dir/conf$$.file conf$$.file
7517 rmdir conf$$.dir 2>/dev/null
7518
7519
7520 # as_fn_mkdir_p
7521 # -------------
7522 # Create "$as_dir" as a directory, including parents if necessary.
7523 as_fn_mkdir_p ()
7524 {
7525
7526   case $as_dir in #(
7527   -*) as_dir=./$as_dir;;
7528   esac
7529   test -d "$as_dir" || eval $as_mkdir_p || {
7530     as_dirs=
7531     while :; do
7532       case $as_dir in #(
7533       *\'*) as_qdir=`$as_echo "$as_dir" | sed "s/'/'\\\\\\\\''/g"`;; #'(
7534       *) as_qdir=$as_dir;;
7535       esac
7536       as_dirs="'$as_qdir' $as_dirs"
7537       as_dir=`$as_dirname -- "$as_dir" ||
7538 $as_expr X"$as_dir" : 'X\(.*[^/]\)//*[^/][^/]*/*$' \| \
7539          X"$as_dir" : 'X\(//\)[^/]' \| \
7540          X"$as_dir" : 'X\(//\)$' \| \
7541          X"$as_dir" : 'X\(/\)' \| . 2>/dev/null ||
7542 $as_echo X"$as_dir" |
7543     sed '/^X\(.*[^/]\)\/\/*[^/][^/]*\/*$/{
7544             s//\1/
7545             q
7546           }
7547           /^X\(\/\/\)[^/].*/{
7548             s//\1/
7549             q
7550           }
7551           /^X\(\/\/\)$/{
7552             s//\1/
7553             q
7554           }
7555           /^X\(\/\).*/{
7556             s//\1/
7557             q
7558           }
7559           s/.*/./; q'`
7560       test -d "$as_dir" && break
7561     done
7562     test -z "$as_dirs" || eval "mkdir $as_dirs"
7563   } || test -d "$as_dir" || as_fn_error $? "cannot create directory $as_dir"
7564
7565
7566 } # as_fn_mkdir_p
7567 if mkdir -p . 2>/dev/null; then
7568   as_mkdir_p='mkdir -p "$as_dir"'
7569 else
7570   test -d ./-p && rmdir ./-p
7571   as_mkdir_p=false
7572 fi
7573
7574 if test -x / >/dev/null 2>&1; then
7575   as_test_x='test -x'
7576 else
7577   if ls -dL / >/dev/null 2>&1; then
7578     as_ls_L_option=L
7579   else
7580     as_ls_L_option=
7581   fi
7582   as_test_x='
7583     eval sh -c '\''
7584       if test -d "$1"; then
7585         test -d "$1/.";
7586       else
7587         case $1 in #(
7588         -*)set "./$1";;
7589         esac;
7590         case `ls -ld'$as_ls_L_option' "$1" 2>/dev/null` in #((
7591         ???[sx]*):;;*)false;;esac;fi
7592     '\'' sh
7593   '
7594 fi
7595 as_executable_p=$as_test_x
7596
7597 # Sed expression to map a string onto a valid CPP name.
7598 as_tr_cpp="eval sed 'y%*$as_cr_letters%P$as_cr_LETTERS%;s%[^_$as_cr_alnum]%_%g'"
7599
7600 # Sed expression to map a string onto a valid variable name.
7601 as_tr_sh="eval sed 'y%*+%pp%;s%[^_$as_cr_alnum]%_%g'"
7602
7603
7604 exec 6>&1
7605 ## ----------------------------------- ##
7606 ## Main body of $CONFIG_STATUS script. ##
7607 ## ----------------------------------- ##
7608 _ASEOF
7609 test $as_write_fail = 0 && chmod +x $CONFIG_STATUS || ac_write_fail=1
7610
7611 cat >>$CONFIG_STATUS <<\_ACEOF || ac_write_fail=1
7612 # Save the log message, to keep $0 and so on meaningful, and to
7613 # report actual input values of CONFIG_FILES etc. instead of their
7614 # values after options handling.
7615 ac_log="
7616 This file was extended by ViennaRNA $as_me 2.1.2, which was
7617 generated by GNU Autoconf 2.68.  Invocation command line was
7618
7619   CONFIG_FILES    = $CONFIG_FILES
7620   CONFIG_HEADERS  = $CONFIG_HEADERS
7621   CONFIG_LINKS    = $CONFIG_LINKS
7622   CONFIG_COMMANDS = $CONFIG_COMMANDS
7623   $ $0 $@
7624
7625 on `(hostname || uname -n) 2>/dev/null | sed 1q`
7626 "
7627
7628 _ACEOF
7629
7630 case $ac_config_files in *"
7631 "*) set x $ac_config_files; shift; ac_config_files=$*;;
7632 esac
7633
7634 case $ac_config_headers in *"
7635 "*) set x $ac_config_headers; shift; ac_config_headers=$*;;
7636 esac
7637
7638
7639 cat >>$CONFIG_STATUS <<_ACEOF || ac_write_fail=1
7640 # Files that config.status was made for.
7641 config_files="$ac_config_files"
7642 config_headers="$ac_config_headers"
7643 config_commands="$ac_config_commands"
7644
7645 _ACEOF
7646
7647 cat >>$CONFIG_STATUS <<\_ACEOF || ac_write_fail=1
7648 ac_cs_usage="\
7649 \`$as_me' instantiates files and other configuration actions
7650 from templates according to the current configuration.  Unless the files
7651 and actions are specified as TAGs, all are instantiated by default.
7652
7653 Usage: $0 [OPTION]... [TAG]...
7654
7655   -h, --help       print this help, then exit
7656   -V, --version    print version number and configuration settings, then exit
7657       --config     print configuration, then exit
7658   -q, --quiet, --silent
7659                    do not print progress messages
7660   -d, --debug      don't remove temporary files
7661       --recheck    update $as_me by reconfiguring in the same conditions
7662       --file=FILE[:TEMPLATE]
7663                    instantiate the configuration file FILE
7664       --header=FILE[:TEMPLATE]
7665                    instantiate the configuration header FILE
7666
7667 Configuration files:
7668 $config_files
7669
7670 Configuration headers:
7671 $config_headers
7672
7673 Configuration commands:
7674 $config_commands
7675
7676 Report bugs to <rna@tbi.univie.ac.at>.
7677 ViennaRNA home page: <http://www.tbi.univie.ac.a/~ivo/RNA>."
7678
7679 _ACEOF
7680 cat >>$CONFIG_STATUS <<_ACEOF || ac_write_fail=1
7681 ac_cs_config="`$as_echo "$ac_configure_args" | sed 's/^ //; s/[\\""\`\$]/\\\\&/g'`"
7682 ac_cs_version="\\
7683 ViennaRNA config.status 2.1.2
7684 configured by $0, generated by GNU Autoconf 2.68,
7685   with options \\"\$ac_cs_config\\"
7686
7687 Copyright (C) 2010 Free Software Foundation, Inc.
7688 This config.status script is free software; the Free Software Foundation
7689 gives unlimited permission to copy, distribute and modify it."
7690
7691 ac_pwd='$ac_pwd'
7692 srcdir='$srcdir'
7693 INSTALL='$INSTALL'
7694 MKDIR_P='$MKDIR_P'
7695 AWK='$AWK'
7696 test -n "\$AWK" || AWK=awk
7697 _ACEOF
7698
7699 cat >>$CONFIG_STATUS <<\_ACEOF || ac_write_fail=1
7700 # The default lists apply if the user does not specify any file.
7701 ac_need_defaults=:
7702 while test $# != 0
7703 do
7704   case $1 in
7705   --*=?*)
7706     ac_option=`expr "X$1" : 'X\([^=]*\)='`
7707     ac_optarg=`expr "X$1" : 'X[^=]*=\(.*\)'`
7708     ac_shift=:
7709     ;;
7710   --*=)
7711     ac_option=`expr "X$1" : 'X\([^=]*\)='`
7712     ac_optarg=
7713     ac_shift=:
7714     ;;
7715   *)
7716     ac_option=$1
7717     ac_optarg=$2
7718     ac_shift=shift
7719     ;;
7720   esac
7721
7722   case $ac_option in
7723   # Handling of the options.
7724   -recheck | --recheck | --rechec | --reche | --rech | --rec | --re | --r)
7725     ac_cs_recheck=: ;;
7726   --version | --versio | --versi | --vers | --ver | --ve | --v | -V )
7727     $as_echo "$ac_cs_version"; exit ;;
7728   --config | --confi | --conf | --con | --co | --c )
7729     $as_echo "$ac_cs_config"; exit ;;
7730   --debug | --debu | --deb | --de | --d | -d )
7731     debug=: ;;
7732   --file | --fil | --fi | --f )
7733     $ac_shift
7734     case $ac_optarg in
7735     *\'*) ac_optarg=`$as_echo "$ac_optarg" | sed "s/'/'\\\\\\\\''/g"` ;;
7736     '') as_fn_error $? "missing file argument" ;;
7737     esac
7738     as_fn_append CONFIG_FILES " '$ac_optarg'"
7739     ac_need_defaults=false;;
7740   --header | --heade | --head | --hea )
7741     $ac_shift
7742     case $ac_optarg in
7743     *\'*) ac_optarg=`$as_echo "$ac_optarg" | sed "s/'/'\\\\\\\\''/g"` ;;
7744     esac
7745     as_fn_append CONFIG_HEADERS " '$ac_optarg'"
7746     ac_need_defaults=false;;
7747   --he | --h)
7748     # Conflict between --help and --header
7749     as_fn_error $? "ambiguous option: \`$1'
7750 Try \`$0 --help' for more information.";;
7751   --help | --hel | -h )
7752     $as_echo "$ac_cs_usage"; exit ;;
7753   -q | -quiet | --quiet | --quie | --qui | --qu | --q \
7754   | -silent | --silent | --silen | --sile | --sil | --si | --s)
7755     ac_cs_silent=: ;;
7756
7757   # This is an error.
7758   -*) as_fn_error $? "unrecognized option: \`$1'
7759 Try \`$0 --help' for more information." ;;
7760
7761   *) as_fn_append ac_config_targets " $1"
7762      ac_need_defaults=false ;;
7763
7764   esac
7765   shift
7766 done
7767
7768 ac_configure_extra_args=
7769
7770 if $ac_cs_silent; then
7771   exec 6>/dev/null
7772   ac_configure_extra_args="$ac_configure_extra_args --silent"
7773 fi
7774
7775 _ACEOF
7776 cat >>$CONFIG_STATUS <<_ACEOF || ac_write_fail=1
7777 if \$ac_cs_recheck; then
7778   set X '$SHELL' '$0' $ac_configure_args \$ac_configure_extra_args --no-create --no-recursion
7779   shift
7780   \$as_echo "running CONFIG_SHELL=$SHELL \$*" >&6
7781   CONFIG_SHELL='$SHELL'
7782   export CONFIG_SHELL
7783   exec "\$@"
7784 fi
7785
7786 _ACEOF
7787 cat >>$CONFIG_STATUS <<\_ACEOF || ac_write_fail=1
7788 exec 5>>config.log
7789 {
7790   echo
7791   sed 'h;s/./-/g;s/^.../## /;s/...$/ ##/;p;x;p;x' <<_ASBOX
7792 ## Running $as_me. ##
7793 _ASBOX
7794   $as_echo "$ac_log"
7795 } >&5
7796
7797 _ACEOF
7798 cat >>$CONFIG_STATUS <<_ACEOF || ac_write_fail=1
7799 #
7800 # INIT-COMMANDS
7801 #
7802 AMDEP_TRUE="$AMDEP_TRUE" ac_aux_dir="$ac_aux_dir"
7803
7804 _ACEOF
7805
7806 cat >>$CONFIG_STATUS <<\_ACEOF || ac_write_fail=1
7807
7808 # Handling of arguments.
7809 for ac_config_target in $ac_config_targets
7810 do
7811   case $ac_config_target in
7812     "config.h") CONFIG_HEADERS="$CONFIG_HEADERS config.h" ;;
7813     "depfiles") CONFIG_COMMANDS="$CONFIG_COMMANDS depfiles" ;;
7814     "interfaces/Perl/Makefile") CONFIG_FILES="$CONFIG_FILES interfaces/Perl/Makefile" ;;
7815     "interfaces/Perl/Makefile.PL") CONFIG_FILES="$CONFIG_FILES interfaces/Perl/Makefile.PL" ;;
7816     "interfaces/Python/Makefile") CONFIG_FILES="$CONFIG_FILES interfaces/Python/Makefile" ;;
7817     "interfaces/Python/setup.py") CONFIG_FILES="$CONFIG_FILES interfaces/Python/setup.py" ;;
7818     "Cluster/Makefile") CONFIG_FILES="$CONFIG_FILES Cluster/Makefile" ;;
7819     "${DOXYGEN_DOCDIR}/${DOXYGEN_CONF}") CONFIG_FILES="$CONFIG_FILES ${DOXYGEN_DOCDIR}/${DOXYGEN_CONF}" ;;
7820     "misc/Makefile") CONFIG_FILES="$CONFIG_FILES misc/Makefile" ;;
7821     "misc/ViennaRNA.spec") CONFIG_FILES="$CONFIG_FILES misc/ViennaRNA.spec" ;;
7822     "misc/PKGBUILD") CONFIG_FILES="$CONFIG_FILES misc/PKGBUILD" ;;
7823     "interfaces/Makefile") CONFIG_FILES="$CONFIG_FILES interfaces/Makefile" ;;
7824     "Makefile") CONFIG_FILES="$CONFIG_FILES Makefile" ;;
7825     "RNAlib2.pc") CONFIG_FILES="$CONFIG_FILES RNAlib2.pc" ;;
7826     "Utils/Makefile") CONFIG_FILES="$CONFIG_FILES Utils/Makefile" ;;
7827     "Progs/Makefile") CONFIG_FILES="$CONFIG_FILES Progs/Makefile" ;;
7828     "lib/Makefile") CONFIG_FILES="$CONFIG_FILES lib/Makefile" ;;
7829     "man/Makefile") CONFIG_FILES="$CONFIG_FILES man/Makefile" ;;
7830     "H/Makefile") CONFIG_FILES="$CONFIG_FILES H/Makefile" ;;
7831     "doc/Makefile") CONFIG_FILES="$CONFIG_FILES doc/Makefile" ;;
7832     "man/cmdlopt.sh") CONFIG_FILES="$CONFIG_FILES man/cmdlopt.sh" ;;
7833
7834   *) as_fn_error $? "invalid argument: \`$ac_config_target'" "$LINENO" 5;;
7835   esac
7836 done
7837
7838
7839 # If the user did not use the arguments to specify the items to instantiate,
7840 # then the envvar interface is used.  Set only those that are not.
7841 # We use the long form for the default assignment because of an extremely
7842 # bizarre bug on SunOS 4.1.3.
7843 if $ac_need_defaults; then
7844   test "${CONFIG_FILES+set}" = set || CONFIG_FILES=$config_files
7845   test "${CONFIG_HEADERS+set}" = set || CONFIG_HEADERS=$config_headers
7846   test "${CONFIG_COMMANDS+set}" = set || CONFIG_COMMANDS=$config_commands
7847 fi
7848
7849 # Have a temporary directory for convenience.  Make it in the build tree
7850 # simply because there is no reason against having it here, and in addition,
7851 # creating and moving files from /tmp can sometimes cause problems.
7852 # Hook for its removal unless debugging.
7853 # Note that there is a small window in which the directory will not be cleaned:
7854 # after its creation but before its name has been assigned to `$tmp'.
7855 $debug ||
7856 {
7857   tmp= ac_tmp=
7858   trap 'exit_status=$?
7859   : "${ac_tmp:=$tmp}"
7860   { test ! -d "$ac_tmp" || rm -fr "$ac_tmp"; } && exit $exit_status
7861 ' 0
7862   trap 'as_fn_exit 1' 1 2 13 15
7863 }
7864 # Create a (secure) tmp directory for tmp files.
7865
7866 {
7867   tmp=`(umask 077 && mktemp -d "./confXXXXXX") 2>/dev/null` &&
7868   test -d "$tmp"
7869 }  ||
7870 {
7871   tmp=./conf$$-$RANDOM
7872   (umask 077 && mkdir "$tmp")
7873 } || as_fn_error $? "cannot create a temporary directory in ." "$LINENO" 5
7874 ac_tmp=$tmp
7875
7876 # Set up the scripts for CONFIG_FILES section.
7877 # No need to generate them if there are no CONFIG_FILES.
7878 # This happens for instance with `./config.status config.h'.
7879 if test -n "$CONFIG_FILES"; then
7880
7881
7882 ac_cr=`echo X | tr X '\015'`
7883 # On cygwin, bash can eat \r inside `` if the user requested igncr.
7884 # But we know of no other shell where ac_cr would be empty at this
7885 # point, so we can use a bashism as a fallback.
7886 if test "x$ac_cr" = x; then
7887   eval ac_cr=\$\'\\r\'
7888 fi
7889 ac_cs_awk_cr=`$AWK 'BEGIN { print "a\rb" }' </dev/null 2>/dev/null`
7890 if test "$ac_cs_awk_cr" = "a${ac_cr}b"; then
7891   ac_cs_awk_cr='\\r'
7892 else
7893   ac_cs_awk_cr=$ac_cr
7894 fi
7895
7896 echo 'BEGIN {' >"$ac_tmp/subs1.awk" &&
7897 _ACEOF
7898
7899
7900 {
7901   echo "cat >conf$$subs.awk <<_ACEOF" &&
7902   echo "$ac_subst_vars" | sed 's/.*/&!$&$ac_delim/' &&
7903   echo "_ACEOF"
7904 } >conf$$subs.sh ||
7905   as_fn_error $? "could not make $CONFIG_STATUS" "$LINENO" 5
7906 ac_delim_num=`echo "$ac_subst_vars" | grep -c '^'`
7907 ac_delim='%!_!# '
7908 for ac_last_try in false false false false false :; do
7909   . ./conf$$subs.sh ||
7910     as_fn_error $? "could not make $CONFIG_STATUS" "$LINENO" 5
7911
7912   ac_delim_n=`sed -n "s/.*$ac_delim\$/X/p" conf$$subs.awk | grep -c X`
7913   if test $ac_delim_n = $ac_delim_num; then
7914     break
7915   elif $ac_last_try; then
7916     as_fn_error $? "could not make $CONFIG_STATUS" "$LINENO" 5
7917   else
7918     ac_delim="$ac_delim!$ac_delim _$ac_delim!! "
7919   fi
7920 done
7921 rm -f conf$$subs.sh
7922
7923 cat >>$CONFIG_STATUS <<_ACEOF || ac_write_fail=1
7924 cat >>"\$ac_tmp/subs1.awk" <<\\_ACAWK &&
7925 _ACEOF
7926 sed -n '
7927 h
7928 s/^/S["/; s/!.*/"]=/
7929 p
7930 g
7931 s/^[^!]*!//
7932 :repl
7933 t repl
7934 s/'"$ac_delim"'$//
7935 t delim
7936 :nl
7937 h
7938 s/\(.\{148\}\)..*/\1/
7939 t more1
7940 s/["\\]/\\&/g; s/^/"/; s/$/\\n"\\/
7941 p
7942 n
7943 b repl
7944 :more1
7945 s/["\\]/\\&/g; s/^/"/; s/$/"\\/
7946 p
7947 g
7948 s/.\{148\}//
7949 t nl
7950 :delim
7951 h
7952 s/\(.\{148\}\)..*/\1/
7953 t more2
7954 s/["\\]/\\&/g; s/^/"/; s/$/"/
7955 p
7956 b
7957 :more2
7958 s/["\\]/\\&/g; s/^/"/; s/$/"\\/
7959 p
7960 g
7961 s/.\{148\}//
7962 t delim
7963 ' <conf$$subs.awk | sed '
7964 /^[^""]/{
7965   N
7966   s/\n//
7967 }
7968 ' >>$CONFIG_STATUS || ac_write_fail=1
7969 rm -f conf$$subs.awk
7970 cat >>$CONFIG_STATUS <<_ACEOF || ac_write_fail=1
7971 _ACAWK
7972 cat >>"\$ac_tmp/subs1.awk" <<_ACAWK &&
7973   for (key in S) S_is_set[key] = 1
7974   FS = "\a"
7975
7976 }
7977 {
7978   line = $ 0
7979   nfields = split(line, field, "@")
7980   substed = 0
7981   len = length(field[1])
7982   for (i = 2; i < nfields; i++) {
7983     key = field[i]
7984     keylen = length(key)
7985     if (S_is_set[key]) {
7986       value = S[key]
7987       line = substr(line, 1, len) "" value "" substr(line, len + keylen + 3)
7988       len += length(value) + length(field[++i])
7989       substed = 1
7990     } else
7991       len += 1 + keylen
7992   }
7993
7994   print line
7995 }
7996
7997 _ACAWK
7998 _ACEOF
7999 cat >>$CONFIG_STATUS <<\_ACEOF || ac_write_fail=1
8000 if sed "s/$ac_cr//" < /dev/null > /dev/null 2>&1; then
8001   sed "s/$ac_cr\$//; s/$ac_cr/$ac_cs_awk_cr/g"
8002 else
8003   cat
8004 fi < "$ac_tmp/subs1.awk" > "$ac_tmp/subs.awk" \
8005   || as_fn_error $? "could not setup config files machinery" "$LINENO" 5
8006 _ACEOF
8007
8008 # VPATH may cause trouble with some makes, so we remove sole $(srcdir),
8009 # ${srcdir} and @srcdir@ entries from VPATH if srcdir is ".", strip leading and
8010 # trailing colons and then remove the whole line if VPATH becomes empty
8011 # (actually we leave an empty line to preserve line numbers).
8012 if test "x$srcdir" = x.; then
8013   ac_vpsub='/^[  ]*VPATH[        ]*=[    ]*/{
8014 h
8015 s///
8016 s/^/:/
8017 s/[      ]*$/:/
8018 s/:\$(srcdir):/:/g
8019 s/:\${srcdir}:/:/g
8020 s/:@srcdir@:/:/g
8021 s/^:*//
8022 s/:*$//
8023 x
8024 s/\(=[   ]*\).*/\1/
8025 G
8026 s/\n//
8027 s/^[^=]*=[       ]*$//
8028 }'
8029 fi
8030
8031 cat >>$CONFIG_STATUS <<\_ACEOF || ac_write_fail=1
8032 fi # test -n "$CONFIG_FILES"
8033
8034 # Set up the scripts for CONFIG_HEADERS section.
8035 # No need to generate them if there are no CONFIG_HEADERS.
8036 # This happens for instance with `./config.status Makefile'.
8037 if test -n "$CONFIG_HEADERS"; then
8038 cat >"$ac_tmp/defines.awk" <<\_ACAWK ||
8039 BEGIN {
8040 _ACEOF
8041
8042 # Transform confdefs.h into an awk script `defines.awk', embedded as
8043 # here-document in config.status, that substitutes the proper values into
8044 # config.h.in to produce config.h.
8045
8046 # Create a delimiter string that does not exist in confdefs.h, to ease
8047 # handling of long lines.
8048 ac_delim='%!_!# '
8049 for ac_last_try in false false :; do
8050   ac_tt=`sed -n "/$ac_delim/p" confdefs.h`
8051   if test -z "$ac_tt"; then
8052     break
8053   elif $ac_last_try; then
8054     as_fn_error $? "could not make $CONFIG_HEADERS" "$LINENO" 5
8055   else
8056     ac_delim="$ac_delim!$ac_delim _$ac_delim!! "
8057   fi
8058 done
8059
8060 # For the awk script, D is an array of macro values keyed by name,
8061 # likewise P contains macro parameters if any.  Preserve backslash
8062 # newline sequences.
8063
8064 ac_word_re=[_$as_cr_Letters][_$as_cr_alnum]*
8065 sed -n '
8066 s/.\{148\}/&'"$ac_delim"'/g
8067 t rset
8068 :rset
8069 s/^[     ]*#[    ]*define[       ][      ]*/ /
8070 t def
8071 d
8072 :def
8073 s/\\$//
8074 t bsnl
8075 s/["\\]/\\&/g
8076 s/^ \('"$ac_word_re"'\)\(([^()]*)\)[     ]*\(.*\)/P["\1"]="\2"\
8077 D["\1"]=" \3"/p
8078 s/^ \('"$ac_word_re"'\)[         ]*\(.*\)/D["\1"]=" \2"/p
8079 d
8080 :bsnl
8081 s/["\\]/\\&/g
8082 s/^ \('"$ac_word_re"'\)\(([^()]*)\)[     ]*\(.*\)/P["\1"]="\2"\
8083 D["\1"]=" \3\\\\\\n"\\/p
8084 t cont
8085 s/^ \('"$ac_word_re"'\)[         ]*\(.*\)/D["\1"]=" \2\\\\\\n"\\/p
8086 t cont
8087 d
8088 :cont
8089 n
8090 s/.\{148\}/&'"$ac_delim"'/g
8091 t clear
8092 :clear
8093 s/\\$//
8094 t bsnlc
8095 s/["\\]/\\&/g; s/^/"/; s/$/"/p
8096 d
8097 :bsnlc
8098 s/["\\]/\\&/g; s/^/"/; s/$/\\\\\\n"\\/p
8099 b cont
8100 ' <confdefs.h | sed '
8101 s/'"$ac_delim"'/"\\\
8102 "/g' >>$CONFIG_STATUS || ac_write_fail=1
8103
8104 cat >>$CONFIG_STATUS <<_ACEOF || ac_write_fail=1
8105   for (key in D) D_is_set[key] = 1
8106   FS = "\a"
8107 }
8108 /^[\t ]*#[\t ]*(define|undef)[\t ]+$ac_word_re([\t (]|\$)/ {
8109   line = \$ 0
8110   split(line, arg, " ")
8111   if (arg[1] == "#") {
8112     defundef = arg[2]
8113     mac1 = arg[3]
8114   } else {
8115     defundef = substr(arg[1], 2)
8116     mac1 = arg[2]
8117   }
8118   split(mac1, mac2, "(") #)
8119   macro = mac2[1]
8120   prefix = substr(line, 1, index(line, defundef) - 1)
8121   if (D_is_set[macro]) {
8122     # Preserve the white space surrounding the "#".
8123     print prefix "define", macro P[macro] D[macro]
8124     next
8125   } else {
8126     # Replace #undef with comments.  This is necessary, for example,
8127     # in the case of _POSIX_SOURCE, which is predefined and required
8128     # on some systems where configure will not decide to define it.
8129     if (defundef == "undef") {
8130       print "/*", prefix defundef, macro, "*/"
8131       next
8132     }
8133   }
8134 }
8135 { print }
8136 _ACAWK
8137 _ACEOF
8138 cat >>$CONFIG_STATUS <<\_ACEOF || ac_write_fail=1
8139   as_fn_error $? "could not setup config headers machinery" "$LINENO" 5
8140 fi # test -n "$CONFIG_HEADERS"
8141
8142
8143 eval set X "  :F $CONFIG_FILES  :H $CONFIG_HEADERS    :C $CONFIG_COMMANDS"
8144 shift
8145 for ac_tag
8146 do
8147   case $ac_tag in
8148   :[FHLC]) ac_mode=$ac_tag; continue;;
8149   esac
8150   case $ac_mode$ac_tag in
8151   :[FHL]*:*);;
8152   :L* | :C*:*) as_fn_error $? "invalid tag \`$ac_tag'" "$LINENO" 5;;
8153   :[FH]-) ac_tag=-:-;;
8154   :[FH]*) ac_tag=$ac_tag:$ac_tag.in;;
8155   esac
8156   ac_save_IFS=$IFS
8157   IFS=:
8158   set x $ac_tag
8159   IFS=$ac_save_IFS
8160   shift
8161   ac_file=$1
8162   shift
8163
8164   case $ac_mode in
8165   :L) ac_source=$1;;
8166   :[FH])
8167     ac_file_inputs=
8168     for ac_f
8169     do
8170       case $ac_f in
8171       -) ac_f="$ac_tmp/stdin";;
8172       *) # Look for the file first in the build tree, then in the source tree
8173          # (if the path is not absolute).  The absolute path cannot be DOS-style,
8174          # because $ac_f cannot contain `:'.
8175          test -f "$ac_f" ||
8176            case $ac_f in
8177            [\\/$]*) false;;
8178            *) test -f "$srcdir/$ac_f" && ac_f="$srcdir/$ac_f";;
8179            esac ||
8180            as_fn_error 1 "cannot find input file: \`$ac_f'" "$LINENO" 5;;
8181       esac
8182       case $ac_f in *\'*) ac_f=`$as_echo "$ac_f" | sed "s/'/'\\\\\\\\''/g"`;; esac
8183       as_fn_append ac_file_inputs " '$ac_f'"
8184     done
8185
8186     # Let's still pretend it is `configure' which instantiates (i.e., don't
8187     # use $as_me), people would be surprised to read:
8188     #    /* config.h.  Generated by config.status.  */
8189     configure_input='Generated from '`
8190           $as_echo "$*" | sed 's|^[^:]*/||;s|:[^:]*/|, |g'
8191         `' by configure.'
8192     if test x"$ac_file" != x-; then
8193       configure_input="$ac_file.  $configure_input"
8194       { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: creating $ac_file" >&5
8195 $as_echo "$as_me: creating $ac_file" >&6;}
8196     fi
8197     # Neutralize special characters interpreted by sed in replacement strings.
8198     case $configure_input in #(
8199     *\&* | *\|* | *\\* )
8200        ac_sed_conf_input=`$as_echo "$configure_input" |
8201        sed 's/[\\\\&|]/\\\\&/g'`;; #(
8202     *) ac_sed_conf_input=$configure_input;;
8203     esac
8204
8205     case $ac_tag in
8206     *:-:* | *:-) cat >"$ac_tmp/stdin" \
8207       || as_fn_error $? "could not create $ac_file" "$LINENO" 5 ;;
8208     esac
8209     ;;
8210   esac
8211
8212   ac_dir=`$as_dirname -- "$ac_file" ||
8213 $as_expr X"$ac_file" : 'X\(.*[^/]\)//*[^/][^/]*/*$' \| \
8214          X"$ac_file" : 'X\(//\)[^/]' \| \
8215          X"$ac_file" : 'X\(//\)$' \| \
8216          X"$ac_file" : 'X\(/\)' \| . 2>/dev/null ||
8217 $as_echo X"$ac_file" |
8218     sed '/^X\(.*[^/]\)\/\/*[^/][^/]*\/*$/{
8219             s//\1/
8220             q
8221           }
8222           /^X\(\/\/\)[^/].*/{
8223             s//\1/
8224             q
8225           }
8226           /^X\(\/\/\)$/{
8227             s//\1/
8228             q
8229           }
8230           /^X\(\/\).*/{
8231             s//\1/
8232             q
8233           }
8234           s/.*/./; q'`
8235   as_dir="$ac_dir"; as_fn_mkdir_p
8236   ac_builddir=.
8237
8238 case "$ac_dir" in
8239 .) ac_dir_suffix= ac_top_builddir_sub=. ac_top_build_prefix= ;;
8240 *)
8241   ac_dir_suffix=/`$as_echo "$ac_dir" | sed 's|^\.[\\/]||'`
8242   # A ".." for each directory in $ac_dir_suffix.
8243   ac_top_builddir_sub=`$as_echo "$ac_dir_suffix" | sed 's|/[^\\/]*|/..|g;s|/||'`
8244   case $ac_top_builddir_sub in
8245   "") ac_top_builddir_sub=. ac_top_build_prefix= ;;
8246   *)  ac_top_build_prefix=$ac_top_builddir_sub/ ;;
8247   esac ;;
8248 esac
8249 ac_abs_top_builddir=$ac_pwd
8250 ac_abs_builddir=$ac_pwd$ac_dir_suffix
8251 # for backward compatibility:
8252 ac_top_builddir=$ac_top_build_prefix
8253
8254 case $srcdir in
8255   .)  # We are building in place.
8256     ac_srcdir=.
8257     ac_top_srcdir=$ac_top_builddir_sub
8258     ac_abs_top_srcdir=$ac_pwd ;;
8259   [\\/]* | ?:[\\/]* )  # Absolute name.
8260     ac_srcdir=$srcdir$ac_dir_suffix;
8261     ac_top_srcdir=$srcdir
8262     ac_abs_top_srcdir=$srcdir ;;
8263   *) # Relative name.
8264     ac_srcdir=$ac_top_build_prefix$srcdir$ac_dir_suffix
8265     ac_top_srcdir=$ac_top_build_prefix$srcdir
8266     ac_abs_top_srcdir=$ac_pwd/$srcdir ;;
8267 esac
8268 ac_abs_srcdir=$ac_abs_top_srcdir$ac_dir_suffix
8269
8270
8271   case $ac_mode in
8272   :F)
8273   #
8274   # CONFIG_FILE
8275   #
8276
8277   case $INSTALL in
8278   [\\/$]* | ?:[\\/]* ) ac_INSTALL=$INSTALL ;;
8279   *) ac_INSTALL=$ac_top_build_prefix$INSTALL ;;
8280   esac
8281   ac_MKDIR_P=$MKDIR_P
8282   case $MKDIR_P in
8283   [\\/$]* | ?:[\\/]* ) ;;
8284   */*) ac_MKDIR_P=$ac_top_build_prefix$MKDIR_P ;;
8285   esac
8286 _ACEOF
8287
8288 cat >>$CONFIG_STATUS <<\_ACEOF || ac_write_fail=1
8289 # If the template does not know about datarootdir, expand it.
8290 # FIXME: This hack should be removed a few years after 2.60.
8291 ac_datarootdir_hack=; ac_datarootdir_seen=
8292 ac_sed_dataroot='
8293 /datarootdir/ {
8294   p
8295   q
8296 }
8297 /@datadir@/p
8298 /@docdir@/p
8299 /@infodir@/p
8300 /@localedir@/p
8301 /@mandir@/p'
8302 case `eval "sed -n \"\$ac_sed_dataroot\" $ac_file_inputs"` in
8303 *datarootdir*) ac_datarootdir_seen=yes;;
8304 *@datadir@*|*@docdir@*|*@infodir@*|*@localedir@*|*@mandir@*)
8305   { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: WARNING: $ac_file_inputs seems to ignore the --datarootdir setting" >&5
8306 $as_echo "$as_me: WARNING: $ac_file_inputs seems to ignore the --datarootdir setting" >&2;}
8307 _ACEOF
8308 cat >>$CONFIG_STATUS <<_ACEOF || ac_write_fail=1
8309   ac_datarootdir_hack='
8310   s&@datadir@&$datadir&g
8311   s&@docdir@&$docdir&g
8312   s&@infodir@&$infodir&g
8313   s&@localedir@&$localedir&g
8314   s&@mandir@&$mandir&g
8315   s&\\\${datarootdir}&$datarootdir&g' ;;
8316 esac
8317 _ACEOF
8318
8319 # Neutralize VPATH when `$srcdir' = `.'.
8320 # Shell code in configure.ac might set extrasub.
8321 # FIXME: do we really want to maintain this feature?
8322 cat >>$CONFIG_STATUS <<_ACEOF || ac_write_fail=1
8323 ac_sed_extra="$ac_vpsub
8324 $extrasub
8325 _ACEOF
8326 cat >>$CONFIG_STATUS <<\_ACEOF || ac_write_fail=1
8327 :t
8328 /@[a-zA-Z_][a-zA-Z_0-9]*@/!b
8329 s|@configure_input@|$ac_sed_conf_input|;t t
8330 s&@top_builddir@&$ac_top_builddir_sub&;t t
8331 s&@top_build_prefix@&$ac_top_build_prefix&;t t
8332 s&@srcdir@&$ac_srcdir&;t t
8333 s&@abs_srcdir@&$ac_abs_srcdir&;t t
8334 s&@top_srcdir@&$ac_top_srcdir&;t t
8335 s&@abs_top_srcdir@&$ac_abs_top_srcdir&;t t
8336 s&@builddir@&$ac_builddir&;t t
8337 s&@abs_builddir@&$ac_abs_builddir&;t t
8338 s&@abs_top_builddir@&$ac_abs_top_builddir&;t t
8339 s&@INSTALL@&$ac_INSTALL&;t t
8340 s&@MKDIR_P@&$ac_MKDIR_P&;t t
8341 $ac_datarootdir_hack
8342 "
8343 eval sed \"\$ac_sed_extra\" "$ac_file_inputs" | $AWK -f "$ac_tmp/subs.awk" \
8344   >$ac_tmp/out || as_fn_error $? "could not create $ac_file" "$LINENO" 5
8345
8346 test -z "$ac_datarootdir_hack$ac_datarootdir_seen" &&
8347   { ac_out=`sed -n '/\${datarootdir}/p' "$ac_tmp/out"`; test -n "$ac_out"; } &&
8348   { ac_out=`sed -n '/^[  ]*datarootdir[  ]*:*=/p' \
8349       "$ac_tmp/out"`; test -z "$ac_out"; } &&
8350   { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: WARNING: $ac_file contains a reference to the variable \`datarootdir'
8351 which seems to be undefined.  Please make sure it is defined" >&5
8352 $as_echo "$as_me: WARNING: $ac_file contains a reference to the variable \`datarootdir'
8353 which seems to be undefined.  Please make sure it is defined" >&2;}
8354
8355   rm -f "$ac_tmp/stdin"
8356   case $ac_file in
8357   -) cat "$ac_tmp/out" && rm -f "$ac_tmp/out";;
8358   *) rm -f "$ac_file" && mv "$ac_tmp/out" "$ac_file";;
8359   esac \
8360   || as_fn_error $? "could not create $ac_file" "$LINENO" 5
8361  ;;
8362   :H)
8363   #
8364   # CONFIG_HEADER
8365   #
8366   if test x"$ac_file" != x-; then
8367     {
8368       $as_echo "/* $configure_input  */" \
8369       && eval '$AWK -f "$ac_tmp/defines.awk"' "$ac_file_inputs"
8370     } >"$ac_tmp/config.h" \
8371       || as_fn_error $? "could not create $ac_file" "$LINENO" 5
8372     if diff "$ac_file" "$ac_tmp/config.h" >/dev/null 2>&1; then
8373       { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: $ac_file is unchanged" >&5
8374 $as_echo "$as_me: $ac_file is unchanged" >&6;}
8375     else
8376       rm -f "$ac_file"
8377       mv "$ac_tmp/config.h" "$ac_file" \
8378         || as_fn_error $? "could not create $ac_file" "$LINENO" 5
8379     fi
8380   else
8381     $as_echo "/* $configure_input  */" \
8382       && eval '$AWK -f "$ac_tmp/defines.awk"' "$ac_file_inputs" \
8383       || as_fn_error $? "could not create -" "$LINENO" 5
8384   fi
8385 # Compute "$ac_file"'s index in $config_headers.
8386 _am_arg="$ac_file"
8387 _am_stamp_count=1
8388 for _am_header in $config_headers :; do
8389   case $_am_header in
8390     $_am_arg | $_am_arg:* )
8391       break ;;
8392     * )
8393       _am_stamp_count=`expr $_am_stamp_count + 1` ;;
8394   esac
8395 done
8396 echo "timestamp for $_am_arg" >`$as_dirname -- "$_am_arg" ||
8397 $as_expr X"$_am_arg" : 'X\(.*[^/]\)//*[^/][^/]*/*$' \| \
8398          X"$_am_arg" : 'X\(//\)[^/]' \| \
8399          X"$_am_arg" : 'X\(//\)$' \| \
8400          X"$_am_arg" : 'X\(/\)' \| . 2>/dev/null ||
8401 $as_echo X"$_am_arg" |
8402     sed '/^X\(.*[^/]\)\/\/*[^/][^/]*\/*$/{
8403             s//\1/
8404             q
8405           }
8406           /^X\(\/\/\)[^/].*/{
8407             s//\1/
8408             q
8409           }
8410           /^X\(\/\/\)$/{
8411             s//\1/
8412             q
8413           }
8414           /^X\(\/\).*/{
8415             s//\1/
8416             q
8417           }
8418           s/.*/./; q'`/stamp-h$_am_stamp_count
8419  ;;
8420
8421   :C)  { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: executing $ac_file commands" >&5
8422 $as_echo "$as_me: executing $ac_file commands" >&6;}
8423  ;;
8424   esac
8425
8426
8427   case $ac_file$ac_mode in
8428     "depfiles":C) test x"$AMDEP_TRUE" != x"" || {
8429   # Autoconf 2.62 quotes --file arguments for eval, but not when files
8430   # are listed without --file.  Let's play safe and only enable the eval
8431   # if we detect the quoting.
8432   case $CONFIG_FILES in
8433   *\'*) eval set x "$CONFIG_FILES" ;;
8434   *)   set x $CONFIG_FILES ;;
8435   esac
8436   shift
8437   for mf
8438   do
8439     # Strip MF so we end up with the name of the file.
8440     mf=`echo "$mf" | sed -e 's/:.*$//'`
8441     # Check whether this is an Automake generated Makefile or not.
8442     # We used to match only the files named `Makefile.in', but
8443     # some people rename them; so instead we look at the file content.
8444     # Grep'ing the first line is not enough: some people post-process
8445     # each Makefile.in and add a new line on top of each file to say so.
8446     # Grep'ing the whole file is not good either: AIX grep has a line
8447     # limit of 2048, but all sed's we know have understand at least 4000.
8448     if sed -n 's,^#.*generated by automake.*,X,p' "$mf" | grep X >/dev/null 2>&1; then
8449       dirpart=`$as_dirname -- "$mf" ||
8450 $as_expr X"$mf" : 'X\(.*[^/]\)//*[^/][^/]*/*$' \| \
8451          X"$mf" : 'X\(//\)[^/]' \| \
8452          X"$mf" : 'X\(//\)$' \| \
8453          X"$mf" : 'X\(/\)' \| . 2>/dev/null ||
8454 $as_echo X"$mf" |
8455     sed '/^X\(.*[^/]\)\/\/*[^/][^/]*\/*$/{
8456             s//\1/
8457             q
8458           }
8459           /^X\(\/\/\)[^/].*/{
8460             s//\1/
8461             q
8462           }
8463           /^X\(\/\/\)$/{
8464             s//\1/
8465             q
8466           }
8467           /^X\(\/\).*/{
8468             s//\1/
8469             q
8470           }
8471           s/.*/./; q'`
8472     else
8473       continue
8474     fi
8475     # Extract the definition of DEPDIR, am__include, and am__quote
8476     # from the Makefile without running `make'.
8477     DEPDIR=`sed -n 's/^DEPDIR = //p' < "$mf"`
8478     test -z "$DEPDIR" && continue
8479     am__include=`sed -n 's/^am__include = //p' < "$mf"`
8480     test -z "am__include" && continue
8481     am__quote=`sed -n 's/^am__quote = //p' < "$mf"`
8482     # When using ansi2knr, U may be empty or an underscore; expand it
8483     U=`sed -n 's/^U = //p' < "$mf"`
8484     # Find all dependency output files, they are included files with
8485     # $(DEPDIR) in their names.  We invoke sed twice because it is the
8486     # simplest approach to changing $(DEPDIR) to its actual value in the
8487     # expansion.
8488     for file in `sed -n "
8489       s/^$am__include $am__quote\(.*(DEPDIR).*\)$am__quote"'$/\1/p' <"$mf" | \
8490          sed -e 's/\$(DEPDIR)/'"$DEPDIR"'/g' -e 's/\$U/'"$U"'/g'`; do
8491       # Make sure the directory exists.
8492       test -f "$dirpart/$file" && continue
8493       fdir=`$as_dirname -- "$file" ||
8494 $as_expr X"$file" : 'X\(.*[^/]\)//*[^/][^/]*/*$' \| \
8495          X"$file" : 'X\(//\)[^/]' \| \
8496          X"$file" : 'X\(//\)$' \| \
8497          X"$file" : 'X\(/\)' \| . 2>/dev/null ||
8498 $as_echo X"$file" |
8499     sed '/^X\(.*[^/]\)\/\/*[^/][^/]*\/*$/{
8500             s//\1/
8501             q
8502           }
8503           /^X\(\/\/\)[^/].*/{
8504             s//\1/
8505             q
8506           }
8507           /^X\(\/\/\)$/{
8508             s//\1/
8509             q
8510           }
8511           /^X\(\/\).*/{
8512             s//\1/
8513             q
8514           }
8515           s/.*/./; q'`
8516       as_dir=$dirpart/$fdir; as_fn_mkdir_p
8517       # echo "creating $dirpart/$file"
8518       echo '# dummy' > "$dirpart/$file"
8519     done
8520   done
8521 }
8522  ;;
8523     "man/cmdlopt.sh":F) chmod +x man/cmdlopt.sh ;;
8524
8525   esac
8526 done # for ac_tag
8527
8528
8529 as_fn_exit 0
8530 _ACEOF
8531 ac_clean_files=$ac_clean_files_save
8532
8533 test $ac_write_fail = 0 ||
8534   as_fn_error $? "write failure creating $CONFIG_STATUS" "$LINENO" 5
8535
8536
8537 # configure is writing to config.log, and then calls config.status.
8538 # config.status does its own redirection, appending to config.log.
8539 # Unfortunately, on DOS this fails, as config.log is still kept open
8540 # by configure, so config.status won't be able to write to it; its
8541 # output is simply discarded.  So we exec the FD to /dev/null,
8542 # effectively closing config.log, so it can be properly (re)opened and
8543 # appended to by config.status.  When coming back to configure, we
8544 # need to make the FD available again.
8545 if test "$no_create" != yes; then
8546   ac_cs_success=:
8547   ac_config_status_args=
8548   test "$silent" = yes &&
8549     ac_config_status_args="$ac_config_status_args --quiet"
8550   exec 5>/dev/null
8551   $SHELL $CONFIG_STATUS $ac_config_status_args || ac_cs_success=false
8552   exec 5>>config.log
8553   # Use ||, not &&, to avoid exiting from the if with $? = 1, which
8554   # would make configure fail if this is the last instruction.
8555   $ac_cs_success || as_fn_exit 1
8556 fi
8557
8558 #
8559 # CONFIG_SUBDIRS section.
8560 #
8561 if test "$no_recursion" != yes; then
8562
8563   # Remove --cache-file, --srcdir, and --disable-option-checking arguments
8564   # so they do not pile up.
8565   ac_sub_configure_args=
8566   ac_prev=
8567   eval "set x $ac_configure_args"
8568   shift
8569   for ac_arg
8570   do
8571     if test -n "$ac_prev"; then
8572       ac_prev=
8573       continue
8574     fi
8575     case $ac_arg in
8576     -cache-file | --cache-file | --cache-fil | --cache-fi \
8577     | --cache-f | --cache- | --cache | --cach | --cac | --ca | --c)
8578       ac_prev=cache_file ;;
8579     -cache-file=* | --cache-file=* | --cache-fil=* | --cache-fi=* \
8580     | --cache-f=* | --cache-=* | --cache=* | --cach=* | --cac=* | --ca=* \
8581     | --c=*)
8582       ;;
8583     --config-cache | -C)
8584       ;;
8585     -srcdir | --srcdir | --srcdi | --srcd | --src | --sr)
8586       ac_prev=srcdir ;;
8587     -srcdir=* | --srcdir=* | --srcdi=* | --srcd=* | --src=* | --sr=*)
8588       ;;
8589     -prefix | --prefix | --prefi | --pref | --pre | --pr | --p)
8590       ac_prev=prefix ;;
8591     -prefix=* | --prefix=* | --prefi=* | --pref=* | --pre=* | --pr=* | --p=*)
8592       ;;
8593     --disable-option-checking)
8594       ;;
8595     *)
8596       case $ac_arg in
8597       *\'*) ac_arg=`$as_echo "$ac_arg" | sed "s/'/'\\\\\\\\''/g"` ;;
8598       esac
8599       as_fn_append ac_sub_configure_args " '$ac_arg'" ;;
8600     esac
8601   done
8602
8603   # Always prepend --prefix to ensure using the same prefix
8604   # in subdir configurations.
8605   ac_arg="--prefix=$prefix"
8606   case $ac_arg in
8607   *\'*) ac_arg=`$as_echo "$ac_arg" | sed "s/'/'\\\\\\\\''/g"` ;;
8608   esac
8609   ac_sub_configure_args="'$ac_arg' $ac_sub_configure_args"
8610
8611   # Pass --silent
8612   if test "$silent" = yes; then
8613     ac_sub_configure_args="--silent $ac_sub_configure_args"
8614   fi
8615
8616   # Always prepend --disable-option-checking to silence warnings, since
8617   # different subdirs can have different --enable and --with options.
8618   ac_sub_configure_args="--disable-option-checking $ac_sub_configure_args"
8619
8620   ac_popdir=`pwd`
8621   for ac_dir in : $subdirs; do test "x$ac_dir" = x: && continue
8622
8623     # Do not complain, so a configure script can configure whichever
8624     # parts of a large source tree are present.
8625     test -d "$srcdir/$ac_dir" || continue
8626
8627     ac_msg="=== configuring in $ac_dir (`pwd`/$ac_dir)"
8628     $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: $ac_msg" >&5
8629     $as_echo "$ac_msg" >&6
8630     as_dir="$ac_dir"; as_fn_mkdir_p
8631     ac_builddir=.
8632
8633 case "$ac_dir" in
8634 .) ac_dir_suffix= ac_top_builddir_sub=. ac_top_build_prefix= ;;
8635 *)
8636   ac_dir_suffix=/`$as_echo "$ac_dir" | sed 's|^\.[\\/]||'`
8637   # A ".." for each directory in $ac_dir_suffix.
8638   ac_top_builddir_sub=`$as_echo "$ac_dir_suffix" | sed 's|/[^\\/]*|/..|g;s|/||'`
8639   case $ac_top_builddir_sub in
8640   "") ac_top_builddir_sub=. ac_top_build_prefix= ;;
8641   *)  ac_top_build_prefix=$ac_top_builddir_sub/ ;;
8642   esac ;;
8643 esac
8644 ac_abs_top_builddir=$ac_pwd
8645 ac_abs_builddir=$ac_pwd$ac_dir_suffix
8646 # for backward compatibility:
8647 ac_top_builddir=$ac_top_build_prefix
8648
8649 case $srcdir in
8650   .)  # We are building in place.
8651     ac_srcdir=.
8652     ac_top_srcdir=$ac_top_builddir_sub
8653     ac_abs_top_srcdir=$ac_pwd ;;
8654   [\\/]* | ?:[\\/]* )  # Absolute name.
8655     ac_srcdir=$srcdir$ac_dir_suffix;
8656     ac_top_srcdir=$srcdir
8657     ac_abs_top_srcdir=$srcdir ;;
8658   *) # Relative name.
8659     ac_srcdir=$ac_top_build_prefix$srcdir$ac_dir_suffix
8660     ac_top_srcdir=$ac_top_build_prefix$srcdir
8661     ac_abs_top_srcdir=$ac_pwd/$srcdir ;;
8662 esac
8663 ac_abs_srcdir=$ac_abs_top_srcdir$ac_dir_suffix
8664
8665
8666     cd "$ac_dir"
8667
8668     # Check for guested configure; otherwise get Cygnus style configure.
8669     if test -f "$ac_srcdir/configure.gnu"; then
8670       ac_sub_configure=$ac_srcdir/configure.gnu
8671     elif test -f "$ac_srcdir/configure"; then
8672       ac_sub_configure=$ac_srcdir/configure
8673     elif test -f "$ac_srcdir/configure.in"; then
8674       # This should be Cygnus configure.
8675       ac_sub_configure=$ac_aux_dir/configure
8676     else
8677       { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: WARNING: no configuration information is in $ac_dir" >&5
8678 $as_echo "$as_me: WARNING: no configuration information is in $ac_dir" >&2;}
8679       ac_sub_configure=
8680     fi
8681
8682     # The recursion is here.
8683     if test -n "$ac_sub_configure"; then
8684       # Make the cache file name correct relative to the subdirectory.
8685       case $cache_file in
8686       [\\/]* | ?:[\\/]* ) ac_sub_cache_file=$cache_file ;;
8687       *) # Relative name.
8688         ac_sub_cache_file=$ac_top_build_prefix$cache_file ;;
8689       esac
8690
8691       { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: running $SHELL $ac_sub_configure $ac_sub_configure_args --cache-file=$ac_sub_cache_file --srcdir=$ac_srcdir" >&5
8692 $as_echo "$as_me: running $SHELL $ac_sub_configure $ac_sub_configure_args --cache-file=$ac_sub_cache_file --srcdir=$ac_srcdir" >&6;}
8693       # The eval makes quoting arguments work.
8694       eval "\$SHELL \"\$ac_sub_configure\" $ac_sub_configure_args \
8695            --cache-file=\"\$ac_sub_cache_file\" --srcdir=\"\$ac_srcdir\"" ||
8696         as_fn_error $? "$ac_sub_configure failed for $ac_dir" "$LINENO" 5
8697     fi
8698
8699     cd "$ac_popdir"
8700   done
8701 fi
8702 if test -n "$ac_unrecognized_opts" && test "$enable_option_checking" != no; then
8703   { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}: WARNING: unrecognized options: $ac_unrecognized_opts" >&5
8704 $as_echo "$as_me: WARNING: unrecognized options: $ac_unrecognized_opts" >&2;}
8705 fi
8706
8707
8708
8709
8710 # get directory paths
8711
8712 eval _bindir=$(eval printf "%s" $bindir)
8713 eval _libdir=$(eval printf "%s" $libdir)
8714 eval _includedir=$(eval printf "%s" $includedir)
8715 eval _datadir=$(eval printf "%s" $datadir)
8716 eval _mandir=$(eval printf "%s" $mandir)
8717 eval _docdir=$(eval printf "%s" $docdir)
8718 eval _htmldir=$(eval printf "%s" $htmldir)
8719 eval _pdfdir=$(eval printf "%s" $pdfdir)
8720
8721 # Notify the user
8722
8723 { $as_echo "$as_me:${as_lineno-$LINENO}:
8724 Configure successful with the following options:
8725
8726 RNAlib Interfaces:
8727   Perl Interface:       ${with_perl:-yes}
8728   Python Interface:     ${with_python:-yes}
8729   Ruby Interface:       ${with_ruby:-yes}
8730
8731 Extra Programs:
8732   Analyse{Dists,Seqs}:  ${with_cluster:-no}
8733   Kinfold:              ${with_kinfold:-yes}
8734   RNAforester:          ${with_forester:-yes}
8735
8736 Other Options:
8737   SVM:                  ${with_svm:-yes}
8738   Documentation:        ${with_doc:-no}
8739     (HTML):             ${with_doc_html:-no}
8740     (PDF):              ${with_doc_pdf:-no}
8741 -
8742 Files will be installed in the following directories:
8743
8744   Executables:    $_bindir
8745   Libraries:      $_libdir
8746   Header files:   $_includedir
8747   Extra Data:     $_datadir
8748   Man pages:      $_mandir
8749   Documentation:  $_docdir
8750     (HTML):       $(eval printf \"%s\" $_htmldir)/html
8751     (PDF):        $(eval printf \"%s\" $_pdfdir)
8752 " >&5
8753 $as_echo "$as_me:
8754 Configure successful with the following options:
8755
8756 RNAlib Interfaces:
8757   Perl Interface:       ${with_perl:-yes}
8758   Python Interface:     ${with_python:-yes}
8759   Ruby Interface:       ${with_ruby:-yes}
8760
8761 Extra Programs:
8762   Analyse{Dists,Seqs}:  ${with_cluster:-no}
8763   Kinfold:              ${with_kinfold:-yes}
8764   RNAforester:          ${with_forester:-yes}
8765
8766 Other Options:
8767   SVM:                  ${with_svm:-yes}
8768   Documentation:        ${with_doc:-no}
8769     (HTML):             ${with_doc_html:-no}
8770     (PDF):              ${with_doc_pdf:-no}
8771 -
8772 Files will be installed in the following directories:
8773
8774   Executables:    $_bindir
8775   Libraries:      $_libdir
8776   Header files:   $_includedir
8777   Extra Data:     $_datadir
8778   Man pages:      $_mandir
8779   Documentation:  $_docdir
8780     (HTML):       $(eval printf \"%s\" $_htmldir)/html
8781     (PDF):        $(eval printf \"%s\" $_pdfdir)
8782 " >&6;}
8783
8784