binaries/src/ViennaRNA/lib/energy_par.c

   1
   2
   3 /*
   4     Automatically generated using the TurnerParser
   5     TurnerParser (c) 2008,2009,2010
   6       Christian Hoener zu Siederdissen, TBI Vienna
   7       choener (at) tbi.univie.ac.at
   8
   9     The library enabling this can be found at:
  10     http://hackage.haskell.org/package/BiobaseVienna
  11     the program can be found at:
  12     (sorry, not yet)
  13     install using cabal: cabal install (sorry, not yet)
  14 */
  15
  16 /*
  17      Current free energy parameters are summarized in:
  18
  19      D.H.Mathews, J. Sabina, M. ZUker, D.H. Turner
  20      "Expanded sequence dependence of thermodynamic parameters improves
  21      prediction of RNA secondary structure"
  22      JMB, 288, pp 911-940, 1999
  23
  24      Enthalpies taken from:
  25
  26      A. Walter, D Turner, J Kim, M Lyttle, P M"uller, D Mathews, M Zuker
  27      "Coaxial stacking of helices enhances binding of oligoribonucleotides.."
  28      PNAS, 91, pp 9218-9222, 1994
  29
  30      D.H. Turner, N. Sugimoto, and S.M. Freier.
  31      "RNA Structure Prediction",
  32      Ann. Rev. Biophys. Biophys. Chem. 17, 167-192, 1988.
  33
  34      John A.Jaeger, Douglas H.Turner, and Michael Zuker.
  35      "Improved predictions of secondary structures for RNA",
  36      PNAS, 86, 7706-7710, October 1989.
  37
  38      L. He, R. Kierzek, J. SantaLucia, A.E. Walter, D.H. Turner
  39      "Nearest-Neighbor Parameters for GU Mismatches...."
  40      Biochemistry 1991, 30 11124-11132
  41
  42      A.E. Peritz, R. Kierzek, N, Sugimoto, D.H. Turner
  43      "Thermodynamic Study of Internal Loops in Oligoribonucleotides..."
  44      Biochemistry 1991, 30, 6428--6435
  45 */
  46
  47
  48
  49 #include "energy_const.h"
  50 /*@unused@*/
  51 static char rcsid[] = "$Id: energy_par.c,v 1.6 2004/08/12 12:11:57 ivo Exp $";
  52
  53 #define NST 0     /* Energy for nonstandard stacked pairs */
  54 #define DEF -50   /* Default terminal mismatch, used for I */
  55                   /* and any non_pairing bases */
  56 #define NSM 0     /* terminal mismatch for non standard pairs */
  57
  58 #define PUBLIC
  59
  60 PUBLIC double Tmeasure = 37+K0;  /* temperature of param measurements */
  61
  62
  63 /* PUBLIC double lxc37=107.9; */
  64 PUBLIC double lxc37=107.856;
  65 PUBLIC int ML_intern37=-90;
  66 PUBLIC int ML_interndH=-220;
  67 PUBLIC int ML_closing37=930;
  68 PUBLIC int ML_closingdH=3000;
  69 PUBLIC int ML_BASE37=0;
  70 PUBLIC int ML_BASEdH=0;
  71 PUBLIC int MAX_NINIO=300;
  72 PUBLIC int ninio37=60;
  73 PUBLIC int niniodH=320;
  74 PUBLIC int TerminalAU37=50;
  75 PUBLIC int TerminalAUdH=370;
  76 PUBLIC int DuplexInit37=410;
  77 PUBLIC int DuplexInitdH=360;
  78 PUBLIC int TripleC37=100;
  79 PUBLIC int TripleCdH=1860;
  80 PUBLIC int MultipleCA37=30;
  81 PUBLIC int MultipleCAdH=340;
  82 PUBLIC int MultipleCB37=160;
  83 PUBLIC int MultipleCBdH=760;
  84
  85 PUBLIC int GQuadAlpha37 = -1800;
  86 PUBLIC int GQuadAlphadH = -11934;
  87 PUBLIC int GQuadBeta37 = 1200;
  88 PUBLIC int GQuadBetadH = 0;
  89
  90 PUBLIC int stack37[NBPAIRS+1][NBPAIRS+1] =
  91 {{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
  92 ,{   INF,  -240,  -330,  -210,  -140,  -210,  -210,  -140}
  93 ,{   INF,  -330,  -340,  -250,  -150,  -220,  -240,  -150}
  94 ,{   INF,  -210,  -250,   130,   -50,  -140,  -130,   130}
  95 ,{   INF,  -140,  -150,   -50,    30,   -60,  -100,    30}
  96 ,{   INF,  -210,  -220,  -140,   -60,  -110,   -90,   -60}
  97 ,{   INF,  -210,  -240,  -130,  -100,   -90,  -130,   -90}
  98 ,{   INF,  -140,  -150,   130,    30,   -60,   -90,   130}};
  99 PUBLIC int stackdH[NBPAIRS+1][NBPAIRS+1] =
 100 {{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
 101 ,{   INF, -1060, -1340, -1210,  -560, -1050, -1040,  -560}
 102 ,{   INF, -1340, -1490, -1260,  -830, -1140, -1240,  -830}
 103 ,{   INF, -1210, -1260, -1460, -1350,  -880, -1280,  -880}
 104 ,{   INF,  -560,  -830, -1350,  -930,  -320,  -700,  -320}
 105 ,{   INF, -1050, -1140,  -880,  -320,  -940,  -680,  -320}
 106 ,{   INF, -1040, -1240, -1280,  -700,  -680,  -770,  -680}
 107 ,{   INF,  -560,  -830,  -880,  -320,  -320,  -680,  -320}};
 108
 109 PUBLIC int hairpin37[31] = {   INF,   INF,   INF,   540,   560,   570,   540,   600,   550,   640,   650,   660,   670,   680,   690,   690,   700,   710,   710,   720,   720,   730,   730,   740,   740,   750,   750,   750,   760,   760,   770};
 110 PUBLIC int hairpindH[31] = {   INF,   INF,   INF,   130,   480,   360,  -290,   130,  -290,   500,   500,   500,   500,   500,   500,   500,   500,   500,   500,   500,   500,   500,   500,   500,   500,   500,   500,   500,   500,   500,   500};
 111 PUBLIC int bulge37[31] = {   INF,   380,   280,   320,   360,   400,   440,   460,   470,   480,   490,   500,   510,   520,   530,   540,   540,   550,   550,   560,   570,   570,   580,   580,   580,   590,   590,   600,   600,   600,   610};
 112 PUBLIC int bulgedH[31] = {   INF,  1060,   710,   710,   710,   710,   710,   710,   710,   710,   710,   710,   710,   710,   710,   710,   710,   710,   710,   710,   710,   710,   710,   710,   710,   710,   710,   710,   710,   710,   710};
 113 PUBLIC int internal_loop37[31] = {   INF,   INF,   100,   100,   110,   200,   200,   210,   230,   240,   250,   260,   270,   280,   290,   290,   300,   310,   310,   320,   330,   330,   340,   340,   350,   350,   350,   360,   360,   370,   370};
 114 PUBLIC int internal_loopdH[31] = {   INF,   INF,   -720,   -720,  -720,  -680,  -130,  -130,  -130,  -130,  -130,  -130,  -130,  -130,  -130,  -130,  -130,  -130,  -130,  -130,  -130,  -130,  -130,  -130,  -130,  -130,  -130,  -130,  -130,  -130,  -130};
 115
 116 PUBLIC int mismatchI37[NBPAIRS+1][5][5] =
 117 {{{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
 118  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
 119  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
 120  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
 121  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
 122  }
 123 ,{{     0,     0,     0,     0,     0}
 124  ,{     0,     0,     0,   -80,     0}
 125  ,{     0,     0,     0,     0,     0}
 126  ,{     0,  -100,     0,  -100,     0}
 127  ,{     0,     0,     0,     0,   -60}
 128  }
 129 ,{{     0,     0,     0,     0,     0}
 130  ,{     0,     0,     0,   -80,     0}
 131  ,{     0,     0,     0,     0,     0}
 132  ,{     0,  -100,     0,  -100,     0}
 133  ,{     0,     0,     0,     0,   -60}
 134  }
 135 ,{{    70,    70,    70,    70,    70}
 136  ,{    70,    70,    70,   -10,    70}
 137  ,{    70,    70,    70,    70,    70}
 138  ,{    70,   -30,    70,   -30,    70}
 139  ,{    70,    70,    70,    70,    10}
 140  }
 141 ,{{    70,    70,    70,    70,    70}
 142  ,{    70,    70,    70,   -10,    70}
 143  ,{    70,    70,    70,    70,    70}
 144  ,{    70,   -30,    70,   -30,    70}
 145  ,{    70,    70,    70,    70,    10}
 146  }
 147 ,{{    70,    70,    70,    70,    70}
 148  ,{    70,    70,    70,   -10,    70}
 149  ,{    70,    70,    70,    70,    70}
 150  ,{    70,   -30,    70,   -30,    70}
 151  ,{    70,    70,    70,    70,    10}
 152  }
 153 ,{{    70,    70,    70,    70,    70}
 154  ,{    70,    70,    70,   -10,    70}
 155  ,{    70,    70,    70,    70,    70}
 156  ,{    70,   -30,    70,   -30,    70}
 157  ,{    70,    70,    70,    70,    10}
 158  }
 159 ,{{    70,    70,    70,    70,    70}
 160  ,{    70,    70,    70,   -10,    70}
 161  ,{    70,    70,    70,    70,    70}
 162  ,{    70,   -30,    70,   -30,    70}
 163  ,{    70,    70,    70,    70,    10}
 164  }};
 165 PUBLIC int mismatchIdH[NBPAIRS+1][5][5] =
 166 {{{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
 167  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
 168  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
 169  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
 170  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
 171  }
 172 ,{{   280,     0,     0,   280,     0}
 173  ,{     0,     0,     0,  -340,     0}
 174  ,{     0,     0,     0,     0,     0}
 175  ,{   280,  -760,     0,   280,     0}
 176  ,{     0,     0,     0,     0,  -580}
 177  }
 178 ,{{   280,     0,     0,   280,     0}
 179  ,{     0,     0,     0,  -340,     0}
 180  ,{     0,     0,     0,     0,     0}
 181  ,{   280,  -760,     0,   280,     0}
 182  ,{     0,     0,     0,     0,  -580}
 183  }
 184 ,{{   790,   500,   500,   790,   500}
 185  ,{   500,   500,   500,   170,   500}
 186  ,{   500,   500,   500,   500,   500}
 187  ,{   790,  -260,   500,   790,   500}
 188  ,{   500,   500,   500,   500,   -80}
 189  }
 190 ,{{   790,   500,   500,   790,   500}
 191  ,{   500,   500,   500,   170,   500}
 192  ,{   500,   500,   500,   500,   500}
 193  ,{   790,  -260,   500,   790,   500}
 194  ,{   500,   500,   500,   500,   -80}
 195  }
 196 ,{{   790,   500,   500,   790,   500}
 197  ,{   500,   500,   500,   170,   500}
 198  ,{   500,   500,   500,   500,   500}
 199  ,{   790,  -260,   500,   790,   500}
 200  ,{   500,   500,   500,   500,   -80}
 201  }
 202 ,{{   790,   500,   500,   790,   500}
 203  ,{   500,   500,   500,   170,   500}
 204  ,{   500,   500,   500,   500,   500}
 205  ,{   790,  -260,   500,   790,   500}
 206  ,{   500,   500,   500,   500,   -80}
 207  }
 208 ,{{   790,   500,   500,   790,   500}
 209  ,{   500,   500,   500,   170,   500}
 210  ,{   500,   500,   500,   500,   500}
 211  ,{   790,  -260,   500,   790,   500}
 212  ,{   500,   500,   500,   500,   -80}
 213  }};
 214
 215 PUBLIC int mismatchH37[NBPAIRS+1][5][5] =
 216 {{{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
 217  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
 218  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
 219  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
 220  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
 221  }
 222 ,{{   -80,  -100,  -110,  -100,   -80}
 223  ,{  -140,  -150,  -150,  -140,  -150}
 224  ,{   -80,  -100,  -110,  -100,   -80}
 225  ,{  -150,  -230,  -150,  -240,  -150}
 226  ,{  -100,  -100,  -140,  -100,  -210}
 227  }
 228 ,{{   -50,  -110,   -70,  -110,   -50}
 229  ,{  -110,  -110,  -150,  -130,  -150}
 230  ,{   -50,  -110,   -70,  -110,   -50}
 231  ,{  -150,  -250,  -150,  -220,  -150}
 232  ,{  -100,  -110,  -100,  -110,  -160}
 233  }
 234 ,{{    20,    20,   -20,   -10,   -20}
 235  ,{    20,    20,   -50,   -30,   -50}
 236  ,{   -10,   -10,   -20,   -10,   -20}
 237  ,{   -50,  -100,   -50,  -110,   -50}
 238  ,{   -10,   -10,   -30,   -10,  -100}
 239  }
 240 ,{{     0,   -20,   -10,   -20,     0}
 241  ,{   -30,   -50,   -30,   -60,   -30}
 242  ,{     0,   -20,   -10,   -20,     0}
 243  ,{   -30,   -90,   -30,  -110,   -30}
 244  ,{   -10,   -20,   -10,   -20,   -90}
 245  }
 246 ,{{   -10,   -10,   -20,   -10,   -20}
 247  ,{   -30,   -30,   -50,   -30,   -50}
 248  ,{   -10,   -10,   -20,   -10,   -20}
 249  ,{   -50,  -120,   -50,  -110,   -50}
 250  ,{   -10,   -10,   -30,   -10,  -120}
 251  }
 252 ,{{     0,   -20,   -10,   -20,     0}
 253  ,{   -30,   -50,   -30,   -50,   -30}
 254  ,{     0,   -20,   -10,   -20,     0}
 255  ,{   -30,  -150,   -30,  -150,   -30}
 256  ,{   -10,   -20,   -10,   -20,   -90}
 257  }
 258 ,{{    20,    20,   -10,   -10,     0}
 259  ,{    20,    20,   -30,   -30,   -30}
 260  ,{     0,   -10,   -10,   -10,     0}
 261  ,{   -30,   -90,   -30,  -110,   -30}
 262  ,{   -10,   -10,   -10,   -10,   -90}
 263  }};
 264 PUBLIC int mismatchHdH[NBPAIRS+1][5][5] =
 265 {{{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
 266  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
 267  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
 268  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
 269  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
 270  }
 271 ,{{   560,  -570,   560,  -560,  -270}
 272  ,{  -560,  -910,  -560,  -560,  -560}
 273  ,{  -270,  -570,  -340,  -570,  -270}
 274  ,{   560, -1400,   560,  -920,  -560}
 275  ,{  -530,  -570,  -530,  -570, -1440}
 276  }
 277 ,{{    50,  -520,    50,  -560,  -400}
 278  ,{  -400,  -520,  -400,  -560,  -400}
 279  ,{    50,  -720,    50,  -720,  -420}
 280  ,{  -400, -1290,  -400,  -620,  -400}
 281  ,{   -30,  -720,   -30,  -720, -1080}
 282  }
 283 ,{{   970,   140,   970,   140,   570}
 284  ,{   570,    30,   570,    20,   570}
 285  ,{   970,   140,   970,   140,   340}
 286  ,{   570,  -270,   570,    20,   570}
 287  ,{   830,   140,   830,   140,   -50}
 288  }
 289 ,{{   230,   100,   230,   220,   190}
 290  ,{  -110,  -110,  -260,  -520,  -260}
 291  ,{   190,   -60,  -140,   -60,   190}
 292  ,{   220,   100,  -260,   220,  -260}
 293  ,{   230,   -60,   230,   -60,   -70}
 294  }
 295 ,{{   970,   140,   970,   140,   570}
 296  ,{   570,   -20,   570,    20,   570}
 297  ,{   970,   140,   970,   140,   340}
 298  ,{   570,  -520,   570,    20,   570}
 299  ,{   830,   140,   830,   140,  -380}
 300  }
 301 ,{{   230,   -30,   230,   -60,   190}
 302  ,{   -30,   -30,  -260,  -520,  -260}
 303  ,{   190,   -60,  -140,   -60,   190}
 304  ,{  -260,  -590,  -260,  -520,  -260}
 305  ,{   230,   -60,   230,   -60,   -70}
 306  }
 307 ,{{   970,   140,   970,   220,   570}
 308  ,{   570,    30,   570,    20,   570}
 309  ,{   970,   140,   970,   140,   340}
 310  ,{   570,   100,   570,   220,   570}
 311  ,{   830,   140,   830,   140,   -50}
 312  }};
 313
 314 PUBLIC int mismatchM37[NBPAIRS+1][5][5] =
 315 {{{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
 316  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
 317  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
 318  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
 319  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
 320  }
 321 ,{{   -80,  -100,  -110,  -100,   -80}
 322  ,{  -140,  -150,  -150,  -140,  -150}
 323  ,{   -80,  -100,  -110,  -100,   -80}
 324  ,{  -140,  -140,  -150,  -160,  -150}
 325  ,{  -100,  -100,  -140,  -100,  -120}
 326  }
 327 ,{{   -50,  -110,   -70,  -110,   -50}
 328  ,{  -110,  -110,  -150,  -130,  -150}
 329  ,{   -50,  -110,   -70,  -110,   -50}
 330  ,{  -140,  -160,  -150,  -140,  -150}
 331  ,{   -70,  -110,  -100,  -110,   -70}
 332  }
 333 ,{{   -30,   -30,   -70,   -60,   -60}
 334  ,{   -30,   -30,  -100,   -80,  -100}
 335  ,{   -60,   -60,   -70,   -60,   -70}
 336  ,{   -60,   -60,  -100,   -80,  -100}
 337  ,{   -60,   -60,   -80,   -60,   -60}
 338  }
 339 ,{{   -50,   -50,   -60,   -70,   -50}
 340  ,{   -80,  -100,   -80,  -110,   -80}
 341  ,{   -50,   -70,   -60,   -70,   -50}
 342  ,{   -50,   -50,   -80,   -80,   -80}
 343  ,{   -50,   -70,   -60,   -70,   -50}
 344  }
 345 ,{{   -60,   -60,   -70,   -60,   -70}
 346  ,{   -80,   -80,  -100,   -80,  -100}
 347  ,{   -60,   -60,   -70,   -60,   -70}
 348  ,{   -80,   -80,  -100,   -80,  -100}
 349  ,{   -60,   -60,   -80,   -60,   -80}
 350  }
 351 ,{{   -50,   -70,   -60,   -70,   -50}
 352  ,{   -80,  -100,   -80,  -110,   -80}
 353  ,{   -50,   -70,   -60,   -70,   -50}
 354  ,{   -80,  -110,   -80,  -120,   -80}
 355  ,{   -50,   -70,   -60,   -70,   -50}
 356  }
 357 ,{{   -30,   -30,   -60,   -60,   -50}
 358  ,{   -30,   -30,   -80,   -80,   -80}
 359  ,{   -50,   -60,   -60,   -60,   -50}
 360  ,{   -50,   -50,   -80,   -80,   -80}
 361  ,{   -50,   -60,   -60,   -60,   -50}
 362  }};
 363 PUBLIC int mismatchMdH[NBPAIRS+1][5][5] =
 364 {{{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
 365  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
 366  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
 367  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
 368  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
 369  }
 370 ,{{  -270,  -570,  -340,  -560,  -270}
 371  ,{  -560,  -910,  -560,  -560,  -560}
 372  ,{  -270,  -570,  -340,  -570,  -270}
 373  ,{  -560,  -820,  -560,  -920,  -560}
 374  ,{  -530,  -570,  -530,  -570,  -860}
 375  }
 376 ,{{    50,  -520,    50,  -560,  -400}
 377  ,{  -400,  -520,  -400,  -560,  -400}
 378  ,{    50,  -720,    50,  -720,  -420}
 379  ,{  -400,  -710,  -400,  -620,  -400}
 380  ,{   -30,  -720,   -30,  -720,  -500}
 381  }
 382 ,{{   600,   -60,   600,  -230,   200}
 383  ,{   200,  -340,   200,  -350,   200}
 384  ,{   600,  -230,   600,  -230,   -30}
 385  ,{   200,   -60,   200,  -350,   200}
 386  ,{   460,  -230,   460,  -230,   160}
 387  }
 388 ,{{   310,   310,  -140,  -150,   140}
 389  ,{  -480,  -480,  -630,  -890,  -630}
 390  ,{  -180,  -430,  -510,  -430,  -180}
 391  ,{   310,   310,  -630,  -150,  -630}
 392  ,{   140,  -430,  -140,  -430,   140}
 393  }
 394 ,{{   600,  -230,   600,  -230,   200}
 395  ,{   200,  -390,   200,  -350,   200}
 396  ,{   600,  -230,   600,  -230,   -30}
 397  ,{   200,  -310,   200,  -350,   200}
 398  ,{   460,  -230,   460,  -230,  -170}
 399  }
 400 ,{{   140,  -380,  -140,  -430,   140}
 401  ,{  -400,  -400,  -630,  -890,  -630}
 402  ,{  -180,  -430,  -510,  -430,  -180}
 403  ,{  -380,  -380,  -630,  -890,  -630}
 404  ,{   140,  -430,  -140,  -430,   140}
 405  }
 406 ,{{   600,   310,   600,  -150,   200}
 407  ,{   200,  -340,   200,  -350,   200}
 408  ,{   600,  -230,   600,  -230,   -30}
 409  ,{   310,   310,   200,  -150,   200}
 410  ,{   460,  -230,   460,  -230,   160}
 411  }};
 412
 413 PUBLIC int mismatch1nI37[NBPAIRS+1][5][5] =
 414 {{{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
 415  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
 416  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
 417  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
 418  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
 419  }
 420 ,{{     0,     0,     0,     0,     0}
 421  ,{     0,     0,     0,     0,     0}
 422  ,{     0,     0,     0,     0,     0}
 423  ,{     0,     0,     0,     0,     0}
 424  ,{     0,     0,     0,     0,     0}
 425  }
 426 ,{{     0,     0,     0,     0,     0}
 427  ,{     0,     0,     0,     0,     0}
 428  ,{     0,     0,     0,     0,     0}
 429  ,{     0,     0,     0,     0,     0}
 430  ,{     0,     0,     0,     0,     0}
 431  }
 432 ,{{    70,    70,    70,    70,    70}
 433  ,{    70,    70,    70,    70,    70}
 434  ,{    70,    70,    70,    70,    70}
 435  ,{    70,    70,    70,    70,    70}
 436  ,{    70,    70,    70,    70,    70}
 437  }
 438 ,{{    70,    70,    70,    70,    70}
 439  ,{    70,    70,    70,    70,    70}
 440  ,{    70,    70,    70,    70,    70}
 441  ,{    70,    70,    70,    70,    70}
 442  ,{    70,    70,    70,    70,    70}
 443  }
 444 ,{{    70,    70,    70,    70,    70}
 445  ,{    70,    70,    70,    70,    70}
 446  ,{    70,    70,    70,    70,    70}
 447  ,{    70,    70,    70,    70,    70}
 448  ,{    70,    70,    70,    70,    70}
 449  }
 450 ,{{    70,    70,    70,    70,    70}
 451  ,{    70,    70,    70,    70,    70}
 452  ,{    70,    70,    70,    70,    70}
 453  ,{    70,    70,    70,    70,    70}
 454  ,{    70,    70,    70,    70,    70}
 455  }
 456 ,{{    70,    70,    70,    70,    70}
 457  ,{    70,    70,    70,    70,    70}
 458  ,{    70,    70,    70,    70,    70}
 459  ,{    70,    70,    70,    70,    70}
 460  ,{    70,    70,    70,    70,    70}
 461  }};
 462 PUBLIC int mismatch1nIdH[NBPAIRS+1][5][5] =
 463 {{{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
 464  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
 465  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
 466  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
 467  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
 468  }
 469 ,{{     0,     0,     0,     0,     0}
 470  ,{     0,     0,     0,     0,     0}
 471  ,{     0,     0,     0,     0,     0}
 472  ,{     0,     0,     0,     0,     0}
 473  ,{     0,     0,     0,     0,     0}
 474  }
 475 ,{{     0,     0,     0,     0,     0}
 476  ,{     0,     0,     0,     0,     0}
 477  ,{     0,     0,     0,     0,     0}
 478  ,{     0,     0,     0,     0,     0}
 479  ,{     0,     0,     0,     0,     0}
 480  }
 481 ,{{   500,   500,   500,   500,   500}
 482  ,{   500,   500,   500,   500,   500}
 483  ,{   500,   500,   500,   500,   500}
 484  ,{   500,   500,   500,   500,   500}
 485  ,{   500,   500,   500,   500,   500}
 486  }
 487 ,{{   500,   500,   500,   500,   500}
 488  ,{   500,   500,   500,   500,   500}
 489  ,{   500,   500,   500,   500,   500}
 490  ,{   500,   500,   500,   500,   500}
 491  ,{   500,   500,   500,   500,   500}
 492  }
 493 ,{{   500,   500,   500,   500,   500}
 494  ,{   500,   500,   500,   500,   500}
 495  ,{   500,   500,   500,   500,   500}
 496  ,{   500,   500,   500,   500,   500}
 497  ,{   500,   500,   500,   500,   500}
 498  }
 499 ,{{   500,   500,   500,   500,   500}
 500  ,{   500,   500,   500,   500,   500}
 501  ,{   500,   500,   500,   500,   500}
 502  ,{   500,   500,   500,   500,   500}
 503  ,{   500,   500,   500,   500,   500}
 504  }
 505 ,{{   500,   500,   500,   500,   500}
 506  ,{   500,   500,   500,   500,   500}
 507  ,{   500,   500,   500,   500,   500}
 508  ,{   500,   500,   500,   500,   500}
 509  ,{   500,   500,   500,   500,   500}
 510  }};
 511
 512 PUBLIC int mismatch23I37[NBPAIRS+1][5][5] =
 513 {{{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
 514  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
 515  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
 516  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
 517  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
 518  }
 519 ,{{     0,     0,     0,     0,     0}
 520  ,{     0,     0,     0,   -50,     0}
 521  ,{     0,     0,     0,     0,     0}
 522  ,{     0,  -110,     0,   -70,     0}
 523  ,{     0,     0,     0,     0,   -30}
 524  }
 525 ,{{     0,     0,     0,     0,     0}
 526  ,{     0,     0,     0,     0,     0}
 527  ,{     0,     0,     0,     0,     0}
 528  ,{     0,  -120,     0,   -70,     0}
 529  ,{     0,     0,     0,     0,   -30}
 530  }
 531 ,{{    70,    70,    70,    70,    70}
 532  ,{    70,    70,    70,    70,    70}
 533  ,{    70,    70,    70,    70,    70}
 534  ,{    70,   -40,    70,     0,    70}
 535  ,{    70,    70,    70,    70,    40}
 536  }
 537 ,{{    70,    70,    70,    70,    70}
 538  ,{    70,    70,    70,    20,    70}
 539  ,{    70,    70,    70,    70,    70}
 540  ,{    70,   -40,    70,     0,    70}
 541  ,{    70,    70,    70,    70,    40}
 542  }
 543 ,{{    70,    70,    70,    70,    70}
 544  ,{    70,    70,    70,    70,    70}
 545  ,{    70,    70,    70,    70,    70}
 546  ,{    70,   -40,    70,     0,    70}
 547  ,{    70,    70,    70,    70,    40}
 548  }
 549 ,{{    70,    70,    70,    70,    70}
 550  ,{    70,    70,    70,    20,    70}
 551  ,{    70,    70,    70,    70,    70}
 552  ,{    70,   -40,    70,     0,    70}
 553  ,{    70,    70,    70,    70,    40}
 554  }
 555 ,{{    70,    70,    70,    70,    70}
 556  ,{    70,    70,    70,    70,    70}
 557  ,{    70,    70,    70,    70,    70}
 558  ,{    70,   -40,    70,     0,    70}
 559  ,{    70,    70,    70,    70,    40}
 560  }};
 561 PUBLIC int mismatch23IdH[NBPAIRS+1][5][5] =
 562 {{{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
 563  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
 564  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
 565  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
 566  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
 567  }
 568 ,{{     0,     0,     0,     0,     0}
 569  ,{     0,     0,     0,  -570,     0}
 570  ,{     0,     0,     0,     0,     0}
 571  ,{     0,  -860,     0,  -900,     0}
 572  ,{     0,     0,     0,     0,  -640}
 573  }
 574 ,{{     0,     0,     0,     0,     0}
 575  ,{     0,     0,     0,     0,     0}
 576  ,{     0,     0,     0,     0,     0}
 577  ,{     0, -1090,     0,  -900,     0}
 578  ,{     0,     0,     0,     0,  -640}
 579  }
 580 ,{{   500,   500,   500,   500,   500}
 581  ,{   500,   500,   500,   500,   500}
 582  ,{   500,   500,   500,   500,   500}
 583  ,{   500,  -580,   500,  -400,   500}
 584  ,{   500,   500,   500,   500,  -140}
 585  }
 586 ,{{   500,   500,   500,   500,   500}
 587  ,{   500,   500,   500,   -60,   500}
 588  ,{   500,   500,   500,   500,   500}
 589  ,{   500,  -360,   500,  -400,   500}
 590  ,{   500,   500,   500,   500,  -140}
 591  }
 592 ,{{   500,   500,   500,   500,   500}
 593  ,{   500,   500,   500,   500,   500}
 594  ,{   500,   500,   500,   500,   500}
 595  ,{   500,  -580,   500,  -400,   500}
 596  ,{   500,   500,   500,   500,  -140}
 597  }
 598 ,{{   500,   500,   500,   500,   500}
 599  ,{   500,   500,   500,   -60,   500}
 600  ,{   500,   500,   500,   500,   500}
 601  ,{   500,  -360,   500,  -400,   500}
 602  ,{   500,   500,   500,   500,  -140}
 603  }
 604 ,{{   500,   500,   500,   500,   500}
 605  ,{   500,   500,   500,   500,   500}
 606  ,{   500,   500,   500,   500,   500}
 607  ,{   500,  -360,   500,  -400,   500}
 608  ,{   500,   500,   500,   500,  -140}
 609  }};
 610
 611 PUBLIC int mismatchExt37[NBPAIRS+1][5][5] =
 612 {{{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
 613  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
 614  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
 615  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
 616  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
 617  }
 618 ,{{   -80,  -100,  -110,  -100,   -80}
 619  ,{  -140,  -150,  -150,  -140,  -150}
 620  ,{   -80,  -100,  -110,  -100,   -80}
 621  ,{  -140,  -140,  -150,  -160,  -150}
 622  ,{  -100,  -100,  -140,  -100,  -120}
 623  }
 624 ,{{   -50,  -110,   -70,  -110,   -50}
 625  ,{  -110,  -110,  -150,  -130,  -150}
 626  ,{   -50,  -110,   -70,  -110,   -50}
 627  ,{  -140,  -160,  -150,  -140,  -150}
 628  ,{   -70,  -110,  -100,  -110,   -70}
 629  }
 630 ,{{   -30,   -30,   -70,   -60,   -60}
 631  ,{   -30,   -30,  -100,   -80,  -100}
 632  ,{   -60,   -60,   -70,   -60,   -70}
 633  ,{   -60,   -60,  -100,   -80,  -100}
 634  ,{   -60,   -60,   -80,   -60,   -60}
 635  }
 636 ,{{   -50,   -50,   -60,   -70,   -50}
 637  ,{   -80,  -100,   -80,  -110,   -80}
 638  ,{   -50,   -70,   -60,   -70,   -50}
 639  ,{   -50,   -50,   -80,   -80,   -80}
 640  ,{   -50,   -70,   -60,   -70,   -50}
 641  }
 642 ,{{   -60,   -60,   -70,   -60,   -70}
 643  ,{   -80,   -80,  -100,   -80,  -100}
 644  ,{   -60,   -60,   -70,   -60,   -70}
 645  ,{   -80,   -80,  -100,   -80,  -100}
 646  ,{   -60,   -60,   -80,   -60,   -80}
 647  }
 648 ,{{   -50,   -70,   -60,   -70,   -50}
 649  ,{   -80,  -100,   -80,  -110,   -80}
 650  ,{   -50,   -70,   -60,   -70,   -50}
 651  ,{   -80,  -110,   -80,  -120,   -80}
 652  ,{   -50,   -70,   -60,   -70,   -50}
 653  }
 654 ,{{   -30,   -30,   -60,   -60,   -50}
 655  ,{   -30,   -30,   -80,   -80,   -80}
 656  ,{   -50,   -60,   -60,   -60,   -50}
 657  ,{   -50,   -50,   -80,   -80,   -80}
 658  ,{   -50,   -60,   -60,   -60,   -50}
 659  }};
 660 PUBLIC int mismatchExtdH[NBPAIRS+1][5][5] =
 661 {{{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
 662  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
 663  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
 664  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
 665  ,{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
 666  }
 667 ,{{  -270,  -570,  -340,  -560,  -270}
 668  ,{  -560,  -910,  -560,  -560,  -560}
 669  ,{  -270,  -570,  -340,  -570,  -270}
 670  ,{  -560,  -820,  -560,  -920,  -560}
 671  ,{  -530,  -570,  -530,  -570,  -860}
 672  }
 673 ,{{    50,  -520,    50,  -560,  -400}
 674  ,{  -400,  -520,  -400,  -560,  -400}
 675  ,{    50,  -720,    50,  -720,  -420}
 676  ,{  -400,  -710,  -400,  -620,  -400}
 677  ,{   -30,  -720,   -30,  -720,  -500}
 678  }
 679 ,{{   600,   -60,   600,  -230,   200}
 680  ,{   200,  -340,   200,  -350,   200}
 681  ,{   600,  -230,   600,  -230,   -30}
 682  ,{   200,   -60,   200,  -350,   200}
 683  ,{   460,  -230,   460,  -230,   160}
 684  }
 685 ,{{   310,   310,  -140,  -150,   140}
 686  ,{  -480,  -480,  -630,  -890,  -630}
 687  ,{  -180,  -430,  -510,  -430,  -180}
 688  ,{   310,   310,  -630,  -150,  -630}
 689  ,{   140,  -430,  -140,  -430,   140}
 690  }
 691 ,{{   600,  -230,   600,  -230,   200}
 692  ,{   200,  -390,   200,  -350,   200}
 693  ,{   600,  -230,   600,  -230,   -30}
 694  ,{   200,  -310,   200,  -350,   200}
 695  ,{   460,  -230,   460,  -230,  -170}
 696  }
 697 ,{{   140,  -380,  -140,  -430,   140}
 698  ,{  -400,  -400,  -630,  -890,  -630}
 699  ,{  -180,  -430,  -510,  -430,  -180}
 700  ,{  -380,  -380,  -630,  -890,  -630}
 701  ,{   140,  -430,  -140,  -430,   140}
 702  }
 703 ,{{   600,   310,   600,  -150,   200}
 704  ,{   200,  -340,   200,  -350,   200}
 705  ,{   600,  -230,   600,  -230,   -30}
 706  ,{   310,   310,   200,  -150,   200}
 707  ,{   460,  -230,   460,  -230,   160}
 708  }};
 709
 710
 711 PUBLIC int dangle3_37[NBPAIRS+1][5] =
 712 {{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
 713 ,{   -80,  -170,   -80,  -170,  -120}
 714 ,{   -40,  -110,   -40,  -130,   -60}
 715 ,{   -50,   -80,   -50,   -80,   -60}
 716 ,{   -10,   -70,   -10,   -70,   -10}
 717 ,{   -50,   -80,   -50,   -80,   -60}
 718 ,{   -10,   -70,   -10,   -70,   -10}
 719 ,{   -10,   -70,   -10,   -70,   -10}};
 720 PUBLIC int dangle3_dH[NBPAIRS+1][5] =
 721 {{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
 722 ,{  -410,  -900,  -410,  -860,  -750}
 723 ,{  -280,  -740,  -280,  -640,  -360}
 724 ,{   -90,  -490,   -90,  -550,  -230}
 725 ,{   -70,  -570,   -70,  -580,  -220}
 726 ,{   -90,  -490,   -90,  -550,  -230}
 727 ,{   -70,  -570,   -70,  -580,  -220}
 728 ,{   -70,  -490,   -70,  -550,  -220}};
 729 PUBLIC int dangle5_37[NBPAIRS+1][5] =
 730 {{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
 731 ,{     0,   -20,   -30,     0,     0}
 732 ,{   -10,   -50,   -30,   -20,   -10}
 733 ,{   -10,   -30,   -10,   -20,   -20}
 734 ,{   -20,   -30,   -30,   -40,   -20}
 735 ,{   -10,   -30,   -10,   -20,   -20}
 736 ,{   -20,   -30,   -30,   -40,   -20}
 737 ,{     0,   -20,   -10,     0,     0}};
 738 PUBLIC int dangle5_dH[NBPAIRS+1][5] =
 739 {{   INF,   INF,   INF,   INF,   INF}
 740 ,{    70,  -160,    70,  -460,   -40}
 741 ,{   330,  -240,   330,    80,  -140}
 742 ,{   690,   -50,   690,    60,    60}
 743 ,{   310,   160,   220,    70,   310}
 744 ,{   690,   -50,   690,    60,    60}
 745 ,{   310,   160,   220,    70,   310}
 746 ,{   690,   160,   690,    80,   310}};
 747
 748 PUBLIC char Triloops[241] =
 749   "CAACG "
 750   "GUUAC "
 751 ;
 752 PUBLIC int Triloop37[40] = {   680,   690};
 753 PUBLIC int TriloopdH[40] = {  2370,  1080};
 754
 755 PUBLIC char Tetraloops[281] =
 756   "CAACGG "
 757   "CCAAGG "
 758   "CCACGG "
 759   "CCCAGG "
 760   "CCGAGG "
 761   "CCGCGG "
 762   "CCUAGG "
 763   "CCUCGG "
 764   "CUAAGG "
 765   "CUACGG "
 766   "CUCAGG "
 767   "CUCCGG "
 768   "CUGCGG "
 769   "CUUAGG "
 770   "CUUCGG "
 771   "CUUUGG "
 772 ;
 773 PUBLIC int Tetraloop37[40] = {   550,   330,   370,   340,   350,   360,   370,   250,   360,   280,   370,   270,   280,   350,   370,   370};
 774 PUBLIC int TetraloopdH[40] = {   690, -1030,  -330,  -890,  -660,  -750,  -350, -1390,  -760, -1070,  -660, -1290, -1070,  -620, -1530,  -680};
 775
 776 PUBLIC char Hexaloops[361] =
 777   "ACAGUACU "
 778   "ACAGUGAU "
 779   "ACAGUGCU "
 780   "ACAGUGUU "
 781 ;
 782 PUBLIC int Hexaloop37[40] = {   280,   360,   290,   180};
 783 PUBLIC int HexaloopdH[40] = { -1680, -1140, -1280, -1540};
 784
 785 #include "intl11.h"
 786 #include "intl11dH.h"
 787 #include "intl21.h"
 788 #include "intl21dH.h"
 789 #include "intl22.h"
 790 #include "intl22dH.h"
 791