binaries/src/ViennaRNA/lib/fold_vars.c

   1 /* Last changed Time-stamp: <2008-06-27 17:21:42 ivo> */
   2
   3 /**
   4 *** \file fold_vars.c
   5 *** global variables to change behaviour of folding routines<BR>
   6 *** Also there are some functions that make the live easier when
   7 *** using functions of the Vienna RNA package
   8 **/
   9 #include <string.h>
  10 #include <stdio.h>
  11 #include "fold_vars.h"
  12
  13 int         circ = 0;
  14
  15 int         noGU = 0;             /* GU not allowed at all */
  16
  17 int         no_closingGU = 0;     /* GU allowed only inside stacks */
  18
  19 int         tetra_loop = 1;       /* Fold with specially stable 4-loops */
  20
  21 int         energy_set = 0;       /* 0 = BP; 1=any with GC; 2=any with AU parameters */
  22
  23 int         dangles = 2;          /* use dangling end energies */
  24
  25 char        *nonstandards = (char *)0;  /* contains allowed non standard bases */
  26
  27 double      temperature = 37.0;
  28
  29 int         james_rule = 1;       /* interior loops of size 2 get energy 0.8Kcal and
  30                                     no mismatches (no longer used) */
  31
  32 int         oldAliEn = 0;         /* use old alifold-energies (without removing gaps) */
  33
  34 int         ribo = 0;             /* use ribosum instead of classic covariance term */
  35
  36 char        *RibosumFile = NULL;  /* TODO: compile ribosums into program
  37                                     Warning: this variable will vanish */
  38
  39 int         csv = 0;              /*generate comma seperated output*/
  40
  41 bondT       *base_pair = NULL;
  42
  43 FLT_OR_DBL  *pr = NULL;           /* base pairing prob. matrix */
  44
  45 int         *iindx = NULL;        /* pr[i,j] -> pr[iindx[i]-j] */
  46
  47 double      pf_scale = -1;        /* scaling factor to avoid floating point overflows */
  48
  49 int         fold_constrained = 0; /* fold with constraints */
  50
  51 int         do_backtrack = 1;     /* calculate pair prob matrix in part_func() */
  52
  53 int         noLonelyPairs = 0;    /* avoid helices of length 1 */
  54
  55 char        backtrack_type = 'F'; /* 'C' require (1,N) to be bonded;
  56                                     'M' seq is part of s multi loop */
  57
  58 int         *cut_points;
  59
  60 int         *strand;
  61
  62 int         gquad = 0;            /* consider g-qudruplexes in the calculations */
  63
  64 PUBLIC char * option_string(void){
  65   static char options[100];
  66   *options = '\0';
  67   if (noGU) strcat(options, "-noGU ");
  68   if (no_closingGU) strcat(options, "-noCloseGU ");
  69   if (!tetra_loop) strcat(options, "-4 ");
  70   if (noLonelyPairs) strcat(options, "-noLP ");
  71   if (fold_constrained) strcat(options, "-C ");
  72   if (dangles!=1) sprintf(options+strlen(options), "-d%d ", dangles);
  73   if (temperature!=37.0)
  74     sprintf(options+strlen(options), "-T %f ", temperature);
  75   return options;
  76 }
  77
  78 PUBLIC void set_model_details(model_detailsT *md){
  79   if(md){
  80     md->dangles     = dangles;
  81     md->special_hp  = tetra_loop;
  82     md->noLP        = noLonelyPairs;
  83     md->noGU        = noGU;
  84     md->noGUclosure = no_closingGU;
  85     md->logML       = logML;
  86     md->gquad       = gquad;
  87   }
  88 }