binaries/src/clustalo/TODO

   1 IMPORTANT
   2 ---------
   3
   4 - consensus output (sto,aln) and compatibilety with bioperl/biopython
   5
   6 - Split Homfam refs in two. Use one part as background HMM, the other parts
   7   for benchmarking
   8
   9 - Implement meta flags:
  10   accurate: --iterations 3
  11   default:  --mbed --iterations 1
  12   fast: --mbed
  13   and for more than 10k sequences: --mbed --mbed-iter
  14
  15 - SSE instructions for hhalign (little use in ClustalO frontend; DD)
  16   /
  17   Patch new code which already contains SSE instructions
  18
  19   also fix automake/configure then
  20
  21 - Multi-HMMs; also for Pfam+iteration (FS)
  22
  23 - Show degradation of alignment quality when using x reference sequences
  24   added to y random/false sequences
  25   (Lio Pachter)
  26
  27 - Seed pre-alignment with M-Coffee, MSAProbs, ...
  28
  29 - GUI/API:
  30   Will have to catch/override exits from source.
  31   find . -name \*.c -or -name \*.cpp -or -name \*.h | xargs grep 'exit('
  32   Also best to allow for user override of
  33   void Fatal(char *msg, ...);
  34   void Error(char *msg, ...);
  35   void Warn(char *msg, ...);
  36   void Info(int level, char *msg, ...);
  37
  38
  39 - Soeding: DNA/RNA alignment incl. reading of nucleotide HMMs
  40
  41 - Automatic HMM-selection/search/download for input
  42
  43 - Structure input: Psipred predictions are apparently part of their
  44   hhms and should therefore be ready to use (part automatic
  45   HMM-selection)