binaries/src/clustalo/src/clustal/tree.h

   1 /*********************************************************************
   2  * Clustal Omega - Multiple sequence alignment
   3  *
   4  * Copyright (C) 2010 University College Dublin
   5  *
   6  * Clustal-Omega is free software; you can redistribute it and/or
   7  * modify it under the terms of the GNU General Public License as
   8  * published by the Free Software Foundation; either version 2 of the
   9  * License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * This file is part of Clustal-Omega.
  12  *
  13  ********************************************************************/
  14
  15 /*
  16  *  RCS $Id: tree.h 193 2011-02-07 15:45:21Z andreas $
  17  */
  18
  19 #ifndef CLUSTALO_TREE_H
  20 #define CLUSTALO_TREE_H
  21
  22 #include "symmatrix.h"
  23 #include "muscle_tree.h"
  24 #include "seq.h"
  25
  26 enum {LEFT_NODE = 0, RGHT_NODE, PRNT_NODE, DIFF_NODE};
  27
  28 extern void
  29 GuideTreeUpgma(tree_t **tree,
  30                char **labels, symmatrix_t *tmat, char *ftree);
  31
  32 extern int
  33 GuideTreeFromFile(tree_t **tree,
  34                   mseq_t *mseq, char *ftree);
  35
  36 extern void
  37 TraverseTree(int **piOrderLR_p,
  38               tree_t *tree, mseq_t *mseq);
  39
  40 #endif