binaries/src/clustalo/src/hhalign/hhalign.cpp

   1 /* -*- mode: c; tab-width: 4; c-basic-offset: 4; indent-tabs-mode: nil -*- */
   2
   3 /*********************************************************************
   4  * Clustal Omega - Multiple sequence alignment
   5  *
   6  * Copyright (C) 2010 University College Dublin
   7  *
   8  * Clustal-Omega is free software; you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License as
  10  * published by the Free Software Foundation; either version 2 of the
  11  * License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * This file is part of Clustal-Omega.
  14  *
  15  ********************************************************************/
  16
  17 /*
  18  *  RCS $Id: hhalign.cpp 250 2011-06-17 13:06:20Z fabian $
  19  */
  20
  21 /* hhalign.C:
  22  * Align a multiple alignment to an alignment or HMM
  23  * Print out aligned input sequences in a3m format
  24  * Compile:              g++ hhalign.C -o hhalign -I/usr/include/ -L/usr/lib -lpng -lz -O3 -fno-strict-aliasing
  25  * Compile with efence:  g++ hhalign.C -o hhalign -I/usr/include/ -lefence -L/usr/lib -lpng -lz -O -g
  26  *
  27  * Error codes: 0: ok  1: file format error  2: file access error
  28  *              3: memory error  4: internal numeric error
  29  *              5: command line error
  30  */
  31 #undef PNG           /* include options for making png files?
  32                         (will need the png library) */
  33 #define MAIN
  34 #include <iostream>   // cin, cout, cerr
  35 #include <fstream>    // ofstream, ifstream
  36 #include <string.h>     // strcmp, strstr
  37 #include <stdio.h>    // printf
  38 #include <stdlib.h>   // exit
  39 #include <math.h>     // sqrt, pow
  40 #include <limits.h>   // INT_MIN
  41 #include <float.h>    // FLT_MIN
  42 #include <time.h>     // clock
  43 #include <ctype.h>    // islower, isdigit etc
  44
  45 using std::cout;
  46 using std::cerr;
  47 using std::endl;
  48 using std::ios;
  49 using std::ifstream;
  50 using std::ofstream;
  51
  52 int iAux_GLOBAL;
  53
  54 #include "general.h"
  55 #include "util-C.h"     /* imax, fmax, iround, iceil, ifloor, strint, strscn,
  56                          strcut, substr, uprstr, uprchr, Basename etc. */
  57 #include "list-C.h"     // list data structure
  58 #include "hash-C.h"     // hash data structure
  59
  60 #include "hhdecl-C.h"      // Constants, global variables, struct Parameters
  61 #include "hhutil-C.h"      /* MatchChr, InsertChr, aa2i, i2aa, log2,
  62                             fast_log2, WriteToScreen, */
  63 #include "hhmatrices-C.h"  // BLOSUM50, GONNET, HSDM
  64 #include "hhhmm.h"       // class HMM
  65 #include "hhhit.h"       // class Hit
  66 #include "hhalignment.h" // class Alignment
  67 #include "hhhalfalignment.h" // class HalfAlignment
  68 #include "hhfullalignment.h" // class FullAlignment
  69 #include "hhhitlist.h"   // class Hit
  70 #include "hhhmm-C.h"       // class HMM
  71 #include "hhalignment-C.h" // class Alignment
  72 #include "hhhit-C.h"       // class Hit
  73 #include "hhhalfalignment-C.h" // class HalfAlignment
  74 #include "hhfullalignment-C.h" // class FullAlignment
  75 #include "hhhitlist-C.h"   // class HitList
  76 #include "hhfunc-C.h"      // some functions common to hh programs
  77
  78 #ifdef PNG
  79 #include "pngwriter.h"   //PNGWriter (http://pngwriter.sourceforge.net/)
  80 #include "pngwriter.cc"  //PNGWriter (http://pngwriter.sourceforge.net/)
  81 #endif
  82
  83 ////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  84 // Global variables
  85 ////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  86 HMM *q;                 // Create query HMM with maximum of MAXRES match states
  87 HMM *t;                 /* Create template HMM with maximum of MAXRES
  88                           match states  */
  89 Alignment *qali;        /* (query alignment might be needed outside of hhfunc.C
  90                           for -a option) */
  91 Hit hit;               // Ceate new hit object pointed at by hit
  92 HitList hitlist;       /* list of hits with one Hit object for each
  93                           pairwise comparison done */
  94 char aliindices[256];  /* hash containing indices of all alignments
  95                           which to show in dot plot */
  96 char* dmapfile=NULL;   /* where to write the coordinates for the HTML map file
  97                           (to click the alignments) */
  98 char* alitabfile=NULL; // where to write pairs of aligned residues
  99 char* strucfile=NULL;  // where to read structure scores
 100 char* pngfile=NULL;    // pointer to pngfile
 101 char* tcfile=NULL;     // TCoffee output file name
 102 float probmin_tc=0.05; /* 5% minimum posterior probability for printing
 103                           pairs of residues for TCoffee */
 104
 105 int dotW=10;           // average score of dot plot over window [i-W..i+W]
 106 float dotthr=0.5;      // score threshold for dot plot
 107 int dotscale=600;      // size scale of dotplot
 108 char dotali=0;         // show no alignments in dotplot
 109 float dotsat=0.3;      // saturation of grid and alignments in dot plot
 110 float pself=0.001;     // maximum p-value of 2nd and following self-alignments
 111 int Nstochali=0;       // # of stochastically traced alignments in dot plot
 112 float** Pstruc=NULL;   /* structure matrix which can be multiplied to prob
 113                           ratios from aa column comparisons in Forward() */
 114 float** Sstruc=NULL;   /* structure matrix which can be added to log odds
 115                           from aa column comparisons in Forward() */
 116
 117
 118
 119
 120
 121 ////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
 122 // Help functions
 123 ////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
 124 /**
 125  * @brief  general help function, not accessible in Clustal-Omega
 126  */
 127 #if 0
 128 void
 129 help()
 130 {
 131   printf("\n");
 132   printf("HHalign %s\n",VERSION_AND_DATE);
 133   printf("Align a query alignment/HMM to a template alignment/HMM by HMM-HMM alignment\n");
 134   printf("If only one alignment/HMM is given it is compared to itself and the best\n");
 135   printf("off-diagonal alignment plus all further non-overlapping alignments above \n");
 136   printf("significance threshold are shown.\n");
 137   printf("%s",REFERENCE);
 138   printf("%s",COPYRIGHT);
 139   printf("\n");
 140   printf("Usage: %s -i query [-t template] [options]  \n",program_name);
 141   printf(" -i <file>     input query alignment  (fasta/a2m/a3m) or HMM file (.hhm)\n");
 142   printf(" -t <file>     input template alignment (fasta/a2m/a3m) or HMM file (.hhm)\n");
 143 #ifdef PNG
 144   printf(" -png <file>   write dotplot into PNG-file (default=none)           \n");
 145 #endif
 146   printf("\n");
 147   printf("Output options:                                                           \n");
 148   printf(" -o <file>     write output alignment to file\n");
 149   printf(" -ofas <file>  write alignments in FASTA, A2M (-oa2m) or A3M (-oa3m) format   \n");
 150   printf(" -a <file>     write query alignment in a3m format to file (default=none)\n");
 151   printf(" -aa <file>    append query alignment in a3m format to file (default=none)\n");
 152   printf(" -atab <file>  write alignment as a table (with posteriors) to file (default=none)\n");
 153   printf(" -v <int>      verbose mode: 0:no screen output  1:only warings  2: verbose\n");
 154   printf(" -seq  [1,inf[ max. number of query/template sequences displayed  (def=%i)  \n",par.nseqdis);
 155   printf(" -nocons       don't show consensus sequence in alignments (default=show) \n");
 156   printf(" -nopred       don't show predicted 2ndary structure in alignments (default=show) \n");
 157   printf(" -nodssp       don't show DSSP 2ndary structure in alignments (default=show) \n");
 158   printf(" -aliw int     number of columns per line in alignment list (def=%i)\n",par.aliwidth);
 159   printf(" -P <float>    for self-comparison: max p-value of alignments (def=%.2g\n",pself);
 160   printf(" -p <float>    minimum probability in summary and alignment list (def=%G) \n",par.p);
 161   printf(" -E <float>    maximum E-value in summary and alignment list (def=%G)     \n",par.E);
 162   printf(" -Z <int>      maximum number of lines in summary hit list (def=%i)       \n",par.Z);
 163   printf(" -z <int>      minimum number of lines in summary hit list (def=%i)       \n",par.z);
 164   printf(" -B <int>      maximum number of alignments in alignment list (def=%i)    \n",par.B);
 165   printf(" -b <int>      minimum number of alignments in alignment list (def=%i)    \n",par.b);
 166   printf(" -rank int     specify rank of alignment to write with -a or -aa option (default=1)\n");
 167   printf("\n");
 168 #ifdef PNG
 169   printf("Dotplot options:\n");
 170   printf(" -dwin <int>   average score in dotplot over window [i-W..i+W] (def=%i)      \n",dotW);
 171   printf(" -dthr <float> score threshold for dotplot (default=%.2f)                    \n",dotthr);
 172   printf(" -dsca <int>   if value <= 20: size of dot plot unit box in pixels           \n");
 173   printf("               if value > 20: maximum dot plot size in pixels (default=%i)   \n",dotscale);
 174   printf(" -dali <list>  show alignments with indices in <list> in dot plot            \n");
 175   printf("               <list> = <index1> ... <indexN>  or  <list> = all              \n");
 176   printf("\n");
 177 #endif
 178   printf("Filter input alignment (options can be combined):                         \n");
 179   printf(" -id   [0,100] maximum pairwise sequence identity (%%) (def=%i)   \n",par.max_seqid);
 180   printf(" -diff [0,inf[ filter most diverse set of sequences, keeping at least this    \n");
 181   printf("               many sequences in each block of >50 columns (def=%i)\n",par.Ndiff);
 182   printf(" -cov  [0,100] minimum coverage with query (%%) (def=%i) \n",par.coverage);
 183   printf(" -qid  [0,100] minimum sequence identity with query (%%) (def=%i) \n",par.qid);
 184   printf(" -qsc  [0,100] minimum score per column with query  (def=%.1f)\n",par.qsc);
 185 //   printf(" -csc  [0,100] minimum score per column with core alignment (def=%-.2f)\n",par.coresc);
 186 //   printf(" -qscc [0,100] minimum score per column of core sequence with query (def=%-.2f)\n",par.qsc_core);
 187   printf("\n");
 188   printf("Input alignment format:                                                     \n");
 189   printf(" -M a2m        use A2M/A3M (default): upper case = Match; lower case = Insert;\n");
 190   printf("               '-' = Delete; '.' = gaps aligned to inserts (may be omitted)   \n");
 191   printf(" -M first      use FASTA: columns with residue in 1st sequence are match states\n");
 192   printf(" -M [0,100]    use FASTA: columns with fewer than X%% gaps are match states   \n");
 193   printf("\n");
 194   printf("HMM-HMM alignment options:                                                  \n");
 195   printf(" -glob/-loc    global or local alignment mode (def=local)         \n");
 196   printf(" -alt <int>    show up to this number of alternative alignments (def=%i)    \n",par.altali);
 197   printf(" -vit          use Viterbi algorithm for alignment instead of MAC algorithm \n");
 198   printf(" -mac          use Maximum Accuracy (MAC) alignment (default)  \n");
 199   printf(" -mact [0,1[   posterior probability threshold for MAC alignment (def=%.3f) \n",par.mact);
 200   printf("               A threshold value of 0.0 yields global alignments.\n");
 201   printf(" -sto <int>    use global stochastic sampling algorithm to sample this many alignments\n");
 202   printf(" -excl <range> exclude query positions from the alignment, e.g. '1-33,97-168'\n");
 203   printf(" -shift [-1,1] score offset (def=%-.3f)                                      \n",par.shift);
 204   printf(" -corr [0,1]   weight of term for pair correlations (def=%.2f)               \n",par.corr);
 205   printf(" -ssm  0-4     0:no ss scoring [default=%i]               \n",par.ssm);
 206   printf("               1:ss scoring after alignment                                  \n");
 207   printf("               2:ss scoring during alignment                                 \n");
 208   printf(" -ssw  [0,1]   weight of ss score  (def=%-.2f)                               \n",par.ssw);
 209   printf("\n");
 210   printf(" -def          read default options from ./.hhdefaults or <home>/.hhdefault. \n");
 211   printf("\n");
 212   printf("Example: %s -i T0187.a3m -t d1hz4a_.hhm -png T0187pdb.png \n",program_name);
 213   cout<<endl;
 214 //   printf("More help:                                                         \n");
 215 //   printf(" -h out        output options                                      \n");
 216 //   printf(" -h hmm        options for building HMM from multiple alignment    \n");
 217 //   printf(" -h gap        options for setting gap penalties                   \n");
 218 //   printf(" -h ali        options for HMM-HMM alignment                       \n");
 219 //   printf(" -h all        all options \n");
 220 }
 221 #endif
 222
 223 /**
 224  * @brief  helpt for output, not accessible in Clustal-Omega
 225  */
 226 #if 0
 227 void
 228 help_out()
 229 {
 230   printf("\n");
 231   printf("Output options: \n");
 232   printf(" -v            verbose mode (default: show only warnings)                 \n");
 233   printf(" -v 0          suppress all screen output                                 \n");
 234   printf(" -nocons       don't show consensus sequence in alignments (default=show) \n");
 235   printf(" -nopred       don't show predicted 2ndary structure in alignments (default=show) \n");
 236   printf(" -nodssp       don't show DSSP SS 2ndary structure in alignments (default=show) \n");
 237   printf(" -seq  [1,inf[ max. number of query/template sequences displayed  (def=%i)  \n",par.nseqdis);
 238   printf(" -aliw [40,..[ number of columns per line in alignment list (def=%i)\n",par.aliwidth);
 239   printf(" -P <float>    for self-comparison: max p-value of alignments (def=%.2g\n",pself);
 240   printf(" -p <float>    minimum probability in summary and alignment list (def=%G) \n",par.p);
 241   printf(" -E <float>    maximum E-value in summary and alignment list (def=%G)     \n",par.E);
 242   printf(" -Z <int>      maximum number of lines in summary hit list (def=%i)       \n",par.Z);
 243   printf(" -z <int>      minimum number of lines in summary hit list (def=%i)       \n",par.z);
 244   printf(" -B <int>      maximum number of alignments in alignment list (def=%i)    \n",par.B);
 245   printf(" -b <int>      minimum number of alignments in alignment list (def=%i)    \n",par.b);
 246   printf(" -rank int     specify rank of alignment to write with -a or -aa option (def=1)\n");
 247   printf(" -tc <file>    write a TCoffee library file for the pairwise comparison   \n");
 248   printf(" -tct [0,100]  min. probobability of residue pairs for TCoffee (def=%i%%)\n",iround(100*probmin_tc));
 249   printf("\n");
 250 #ifdef PNG
 251   printf("Dotplot options:\n");
 252   printf(" -dwin int     average score in dotplot over window [i-W..i+W] (def=%i)   \n",dotW);
 253   printf(" -dthr float   score threshold for dotplot (default=%.2f)                 \n",dotthr);
 254   printf(" -dsca int     size of dot plot box in pixels  (default=%i)               \n",dotscale);
 255   printf(" -dali <list>  show alignments with indices in <list> in dot plot\n");
 256   printf("               <list> = <index1> ... <indexN>  or  <list> = all              \n");
 257   printf(" -dmap <file>  print list of coordinates in png plot  \n");
 258 #endif
 259 }
 260 #endif
 261
 262 /**
 263  * @brief  help hit HMM options, not accessible in Clustal-Omega
 264  */
 265 #if 0
 266 void
 267 help_hmm()
 268 {
 269   printf("\n");
 270   printf("Options to filter input alignment (options can be combined):              \n");
 271   printf(" -id   [0,100] maximum pairwise sequence identity (%%) (def=%i)   \n",par.max_seqid);
 272   printf(" -diff [0,inf[ filter most diverse set of sequences, keeping at least this    \n");
 273   printf("               many sequences in each block of >50 columns (def=%i)\n",par.Ndiff);
 274   printf(" -cov  [0,100] minimum coverage with query (%%) (def=%i) \n",par.coverage);
 275   printf(" -qid  [0,100] minimum sequence identity with query (%%) (def=%i) \n",par.qid);
 276   printf(" -qsc  [0,100] minimum score per column with query  (def=%.1f)\n",par.qsc);
 277 //   printf(" -csc  [0,100] minimum score per column with core alignment (def=%-.2f)\n",par.coresc);
 278 //   printf(" -qscc [0,100] minimum score per column of core sequence with query (def=%-.2f)\n",par.qsc_core);
 279   printf("                                                                          \n");
 280   printf("HMM-building options:                                                     \n");
 281   printf(" -M a2m        use A2M/A3M (default): upper case = Match; lower case = Insert;\n");
 282   printf("               '-' = Delete; '.' = gaps aligned to inserts (may be omitted)   \n");
 283   printf(" -M first      use FASTA: columns with residue in 1st sequence are match states\n");
 284   printf(" -M [0,100]    use FASTA: columns with fewer than X%% gaps are match states   \n");
 285   printf(" -tags         do NOT neutralize His-, C-myc-, FLAG-tags, and \n");
 286   printf("               trypsin recognition sequence to background distribution    \n");
 287   printf("                                                                          \n");
 288   printf("Pseudocount options:                                                      \n");
 289   printf(" -Gonnet       use the Gonnet substitution matrix (default)               \n");
 290   printf(" -Blosum50     use the Blosum50 substitution matrix                       \n");
 291   printf(" -Blosum62     use the Blosum62 substitution matrix                       \n");
 292   printf(" -HSDM         use the structure-derived HSDM substitution matrix         \n");
 293   printf(" -pcm  0-3     Pseudocount mode (default=%-i)                             \n",par.pcm);
 294   printf("               tau = substitution matrix pseudocount admixture            \n");
 295   printf("               0: no pseudo counts:     tau = 0                           \n");
 296   printf("               1: constant              tau = a                           \n");
 297   printf("               2: divergence-dependent: tau = a/(1 + ((Neff-1)/b)^c)       \n");
 298   printf("                  Neff=( (Neff_q^d+Neff_t^d)/2 )^(1/d)                       \n");
 299   printf("                  Neff_q = av number of different AAs per column in query  \n");
 300   printf("               3: column-specific:      tau = \'2\' * (Neff(i)/Neff)^(w*Neff/20)\n");
 301   printf(" -pca  [0,1]   set a (overall admixture) (def=%-.1f)                      \n",par.pca);
 302   printf(" -pcb  [1,inf[ set b (threshold for Neff) (def=%-.1f)                      \n",par.pcb);
 303   printf(" -pcc  [0,3]   set c (extinction exponent for tau(Neff))  (def=%-.1f)      \n",par.pcc);
 304   printf(" -pcw  [0,3]   set w (weight of pos-specificity for pcs) (def=%-.1f)      \n",par.pcw);
 305 }
 306 #endif
 307
 308 /**
 309  * @brief  help with gap handling, not accessible in Clustal-Omega
 310  */
 311 #if 0
 312 void
 313 help_gap()
 314 {
 315   printf("\n");
 316   printf("Gap cost options:                                                         \n");
 317   printf(" -gapb [0,inf[ transition pseudocount admixture (def=%-.2f)               \n",par.gapb);
 318   printf(" -gapd [0,inf[ Transition pseudocount admixture for opening gap (default=%-.2f)\n",par.gapd);
 319   printf(" -gape [0,1.5] Transition pseudocount admixture for extending gap (def=%-.1f)\n",par.gape);
 320   printf(" -gapf ]0,inf] factor for increasing/reducing the gap open penalty for deletes (def=%-.2f)\n",par.gapf);
 321   printf(" -gapg ]0,inf] factor for increasing/reducing the gap open penalty for deletes (def=%-.2f)\n",par.gapg);
 322   printf(" -gaph ]0,inf] factor for increasing/reducing the gap extension penalty for deletes(def=%-.2f)\n",par.gaph);
 323   printf(" -gapi ]0,inf] factor for increasing/reducing the gap extension penalty for inserts(def=%-.2f)\n",par.gapi);
 324   printf(" -egq  [0,inf[ penalty (bits) for end gaps aligned to query residues (def=%-.2f)\n",par.egq);
 325   printf(" -egt  [0,inf[ penalty (bits) for end gaps aligned to template residues (def=%-.2f)\n",par.egt);
 326 }
 327 #endif
 328
 329 /**
 330  * @brief  help with alignment options, not accessible in Clustal-Omega
 331  */
 332 #if 0
 333 void
 334 help_ali()
 335 {
 336   printf("\n");
 337   printf("Alignment options:  \n");
 338   printf(" -glob/-loc    global or local alignment mode (def=global)                \n");
 339   printf(" -mac          use Maximum Accuracy (MAC) alignment instead of Viterbi\n");
 340   printf(" -mact [0,1]   posterior prob threshold for MAC alignment (def=%.3f)      \n",par.mact);
 341   printf(" -sto <int>    use global stochastic sampling algorithm to sample this many alignments\n");
 342   printf(" -sc   <int>   amino acid score         (tja: template HMM at column j) (def=%i)\n",par.columnscore);
 343   printf("        0      = log2 Sum(tja*qia/pa)   (pa: aa background frequencies)    \n");
 344   printf("        1      = log2 Sum(tja*qia/pqa)  (pqa = 1/2*(pa+ta) )               \n");
 345   printf("        2      = log2 Sum(tja*qia/ta)   (ta: av. aa freqs in template)     \n");
 346   printf("        3      = log2 Sum(tja*qia/qa)   (qa: av. aa freqs in query)        \n");
 347    printf(" -corr [0,1]   weight of term for pair correlations (def=%.2f)            \n",par.corr);
 348   printf(" -shift [-1,1] score offset (def=%-.3f)                                   \n",par.shift);
 349   printf(" -r            repeat identification: multiple hits not treated as independent\n");
 350   printf(" -ssm  0-2     0:no ss scoring [default=%i]               \n",par.ssm);
 351   printf("               1:ss scoring after alignment                               \n");
 352   printf("               2:ss scoring during alignment                              \n");
 353   printf(" -ssw  [0,1]   weight of ss score compared to column score (def=%-.2f)    \n",par.ssw);
 354   printf(" -ssa  [0,1]   ss confusion matrix = (1-ssa)*I + ssa*psipred-confusion-matrix [def=%-.2f)\n",par.ssa);
 355 }
 356 #endif
 357
 358 /**
 359  * @brief  general help menu, not accessible in Clustal-Omega
 360  */
 361 #if 0
 362 void
 363 help_all()
 364 {
 365   help();
 366   help_out();
 367   help_hmm();
 368   help_gap();
 369   help_ali();
 370   printf("\n");
 371   printf("Default options can be specified in './.hhdefaults' or '~/.hhdefaults'\n");
 372 }
 373 #endif
 374
 375 /////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
 376 //// Processing input options from command line and .hhdefaults file
 377 /////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
 378 /**
 379  * @brief  process arguments from commandline, not accessible from Clustal-Omega
 380  */
 381 #if 0
 382 void
 383 ProcessArguments(int argc, char** argv)
 384 {
 385   //Processing command line input
 386   for (int i=1; i<argc; i++)
 387     {
 388       if (v>=4) cout<<i<<"  "<<argv[i]<<endl; //PRINT
 389       if (!strcmp(argv[i],"-i"))
 390         {
 391           if (++i>=argc || argv[i][0]=='-')
 392             {help(); cerr<<endl<<"Error in "<<program_name<<": no query file following -i\n"; exit(4);}
 393           else strcpy(par.infile,argv[i]);
 394         }
 395       else if (!strcmp(argv[i],"-t"))
 396         {
 397           if (++i>=argc || argv[i][0]=='-')
 398             {help(); cerr<<endl<<"Error in "<<program_name<<": no template file following -d\n"; exit(4);}
 399           else strcpy(par.tfile,argv[i]); /* FS, ProcessArguments */
 400         }
 401       else if (!strcmp(argv[i],"-o"))
 402         {
 403           if (++i>=argc)
 404             {help(); cerr<<endl<<"Error in "<<program_name<<": no filename following -o\n"; exit(4);}
 405           else strcpy(par.outfile,argv[i]);
 406         }
 407       else if (!strcmp(argv[i],"-ofas"))
 408         {
 409           par.outformat=1;
 410           if (++i>=argc || argv[i][0]=='-')
 411             {help() ; cerr<<endl<<"Error in "<<program_name<<": no output file following -o\n"; exit(4);}
 412           else strcpy(par.pairwisealisfile,argv[i]);
 413         }
 414       else if (!strcmp(argv[i],"-oa2m"))
 415         {
 416           par.outformat=2;
 417           if (++i>=argc || argv[i][0]=='-')
 418             {help() ; cerr<<endl<<"Error in "<<program_name<<": no output file following -o\n"; exit(4);}
 419           else strcpy(par.pairwisealisfile,argv[i]);
 420         }
 421       else if (!strcmp(argv[i],"-oa3m"))
 422         {
 423           par.outformat=3;
 424           if (++i>=argc || argv[i][0]=='-')
 425             {help() ; cerr<<endl<<"Error in "<<program_name<<": no output file following -o\n"; exit(4);}
 426           else strcpy(par.pairwisealisfile,argv[i]);
 427         }
 428       else if (!strcmp(argv[i],"-rank") && (i<argc-1)) par.hitrank=atoi(argv[++i]);
 429       else if (!strcmp(argv[i],"-Oa3m"))
 430         {
 431           par.append=0;
 432           if (++i>=argc || argv[i][0]=='-')
 433             {help() ; cerr<<endl<<"Error in "<<program_name<<": no output file following -Oa3m\n"; exit(4);}
 434           else strcpy(par.alnfile,argv[i]);
 435         }
 436       else if (!strcmp(argv[i],"-Aa3m"))
 437         {
 438           par.append=1;
 439           if (++i>=argc || argv[i][0]=='-')
 440             {help() ; cerr<<endl<<"Error in "<<program_name<<": no output file following -Aa3m\n"; exit(4);}
 441           else strcpy(par.alnfile,argv[i]);
 442         }
 443       else if (!strcmp(argv[i],"-Ohhm"))
 444         {
 445           par.append=0;
 446           if (++i>=argc || argv[i][0]=='-')
 447             {help() ; cerr<<endl<<"Error in "<<program_name<<": no output file following -Ohhm\n"; exit(4);}
 448           else strcpy(par.hhmfile,argv[i]);
 449         }
 450       else if (!strcmp(argv[i],"-Ahhm"))
 451         {
 452           par.append=1;
 453           if (++i>=argc || argv[i][0]=='-')
 454             {help() ; cerr<<endl<<"Error in "<<program_name<<": no output file following -Ahhm\n"; exit(4);}
 455           else strcpy(par.hhmfile,argv[i]);
 456         }
 457       else if (!strcmp(argv[i],"-Opsi"))
 458         {
 459           par.append=0;
 460           if (++i>=argc || argv[i][0]=='-')
 461             {help() ; cerr<<endl<<"Error in "<<program_name<<": no output file following -Opsi\n"; exit(4);}
 462           else strcpy(par.psifile,argv[i]);
 463         }
 464       else if (!strcmp(argv[i],"-Apsi"))
 465         {
 466           par.append=1;
 467           if (++i>=argc || argv[i][0]=='-')
 468             {help() ; cerr<<endl<<"Error in "<<program_name<<": no output file following -Apsi\n"; exit(4);}
 469           else strcpy(par.psifile,argv[i]);
 470         }
 471       else if (!strcmp(argv[i],"-png"))
 472         {
 473           if (++i>=argc)
 474             {help(); cerr<<endl<<"Error in "<<program_name<<": no filename following -png\n"; exit(4);}
 475           else
 476             {
 477               pngfile = new(char[strlen(argv[i])+1]);
 478               strcpy(pngfile,argv[i]);
 479             }
 480         }
 481       else if (!strcmp(argv[i],"-Struc"))
 482         {
 483           if (++i>=argc || argv[i][0]=='-')
 484             {help(); cerr<<endl<<"Error in "<<program_name<<": no query file following -Struc\n"; exit(4);}
 485           else
 486             {
 487               strucfile = new(char[strlen(argv[i])+1]);
 488               strcpy(strucfile,argv[i]);
 489             }
 490         }
 491       else if (!strcmp(argv[i],"-atab") || !strcmp(argv[i],"-Aliout"))
 492         {
 493           if (++i>=argc || argv[i][0]=='-')
 494             {help(); cerr<<endl<<"Error in "<<program_name<<": no query file following -Struc\n"; exit(4);}
 495           else
 496             {
 497               alitabfile = new(char[strlen(argv[i])+1]);
 498               strcpy(alitabfile,argv[i]);
 499             }
 500         }
 501       else if (!strcmp(argv[i],"-tc"))
 502         {
 503           if (++i>=argc || argv[i][0]=='-')
 504             {help() ; cerr<<endl<<"Error in "<<program_name<<": no output file following -Opsi\n"; exit(4);}
 505           else
 506             {
 507               tcfile = new(char[strlen(argv[i])+1]);
 508               strcpy(tcfile,argv[i]);
 509             }
 510         }
 511       else if (!strcmp(argv[i],"-h")|| !strcmp(argv[i],"--help"))
 512         {
 513           if (++i>=argc) {help(); exit(0);}
 514           if (!strcmp(argv[i],"out")) {help_out(); exit(0);}
 515           if (!strcmp(argv[i],"hmm")) {help_hmm(); exit(0);}
 516           if (!strcmp(argv[i],"gap")) {help_gap(); exit(0);}
 517           if (!strcmp(argv[i],"ali")) {help_ali(); exit(0);}
 518           if (!strcmp(argv[i],"all")) {help_all(); exit(0);}
 519           else {help(); exit(0);}
 520         }
 521       else if (!strcmp(argv[i],"-excl"))
 522         {
 523           if (++i>=argc) {help(); exit(4);}
 524           par.exclstr = new(char[strlen(argv[i])+1]);
 525           strcpy(par.exclstr,argv[i]);
 526         }
 527       else if (!strcmp(argv[i],"-v") && (i<argc-1) && argv[i+1][0]!='-' ) v=atoi(argv[++i]);
 528       else if (!strcmp(argv[i],"-v"))  v=2;
 529       else if (!strcmp(argv[i],"-v0")) v=0;
 530       else if (!strcmp(argv[i],"-v1")) v=1;
 531       else if (!strcmp(argv[i],"-v2")) v=2;
 532       else if (!strcmp(argv[i],"-v3")) v=3;
 533       else if (!strcmp(argv[i],"-v4")) v=4;
 534       else if (!strcmp(argv[i],"-v5")) v=5;
 535       else if (!strcmp(argv[i],"-P") && (i<argc-1)) pself=atof(argv[++i]);
 536       else if (!strcmp(argv[i],"-p") && (i<argc-1)) par.p = atof(argv[++i]);
 537       else if (!strcmp(argv[i],"-e") && (i<argc-1)) par.E = atof(argv[++i]);
 538       else if (!strcmp(argv[i],"-E") && (i<argc-1)) par.E = atof(argv[++i]);
 539       else if (!strcmp(argv[i],"-b") && (i<argc-1)) par.b = atoi(argv[++i]);
 540       else if (!strcmp(argv[i],"-B") && (i<argc-1)) par.B = atoi(argv[++i]);
 541       else if (!strcmp(argv[i],"-z") && (i<argc-1)) par.z = atoi(argv[++i]);
 542       else if (!strcmp(argv[i],"-Z") && (i<argc-1)) par.Z = atoi(argv[++i]);
 543       else if (!strncmp(argv[i],"-nocons",7)) par.showcons=0;
 544       else if (!strncmp(argv[i],"-nopred",7)) par.showpred=0;
 545       else if (!strncmp(argv[i],"-nodssp",7)) par.showdssp=0;
 546       else if (!strncmp(argv[i],"-mark",7)) par.mark=1;
 547       else if (!strcmp(argv[i],"-seq") && (i<argc-1))  par.nseqdis=atoi(argv[++i]);
 548       else if (!strcmp(argv[i],"-aliw") && (i<argc-1)) par.aliwidth=atoi(argv[++i]);
 549       else if (!strcmp(argv[i],"-id") && (i<argc-1))   par.max_seqid=atoi(argv[++i]);
 550       else if (!strcmp(argv[i],"-tct") && (i<argc-1))  probmin_tc=atoi(argv[++i]);
 551       else if (!strcmp(argv[i],"-dwin") && (i<argc-1)) dotW=atoi(argv[++i]);
 552       else if (!strcmp(argv[i],"-dsca") && (i<argc-1)) dotscale=atoi(argv[++i]);
 553       else if (!strcmp(argv[i],"-dthr") && (i<argc-1)) dotthr=atof(argv[++i]);
 554       else if (!strcmp(argv[i],"-dali") && (i<argc-1))
 555         {
 556           dotali=1;
 557           for (int index=0; index<256; index++) aliindices[index]=0;
 558           while (i+1<argc && argv[i+1][0]!='-') // adds index to hash aliindices
 559             {
 560               i++;
 561               if (strcmp(argv[i],"all")) aliindices[atoi(argv[i])]=1;
 562               else dotali=2;
 563             }
 564         }
 565       else if (!strcmp(argv[i],"-dmap"))
 566         {
 567           if (++i>=argc)
 568             {help(); cerr<<endl<<"Error in "<<program_name<<": no filename following -o\n"; exit(4);}
 569           else
 570             {
 571               dmapfile = new(char[strlen(argv[i])+1]);
 572               strcpy(dmapfile,argv[i]);
 573             }
 574         }
 575       else if (!strcmp(argv[i],"-dsat") && (i<argc-1)) dotsat=atof(argv[++i]);
 576       else if (!strcmp(argv[i],"-qid") && (i<argc-1))  par.qid=atoi(argv[++i]);
 577       else if (!strcmp(argv[i],"-qsc") && (i<argc-1))  par.qsc=atof(argv[++i]);
 578       else if (!strcmp(argv[i],"-cov") && (i<argc-1))  par.coverage=atoi(argv[++i]);
 579       else if (!strcmp(argv[i],"-diff") && (i<argc-1)) par.Ndiff=atoi(argv[++i]);
 580       else if (!strcmp(argv[i],"-qscc") && (i<argc-1))    par.qsc_core=atof(argv[++i]);
 581       else if (!strcmp(argv[i],"-csc") && (i<argc-1))     par.coresc=atof(argv[++i]);
 582       else if (!strcmp(argv[i],"-Gonnet")) par.matrix=0;
 583       else if (!strcmp(argv[i],"-HSDM")) par.matrix=1;
 584       else if (!strcmp(argv[i],"-BLOSUM50")) par.matrix=2;
 585       else if (!strcmp(argv[i],"-Blosum50")) par.matrix=2;
 586       else if (!strcmp(argv[i],"-B50")) par.matrix=2;
 587       else if (!strcmp(argv[i],"-BLOSUM62")) par.matrix=3;
 588       else if (!strcmp(argv[i],"-Blosum62")) par.matrix=3;
 589       else if (!strcmp(argv[i],"-B62")) par.matrix=3;
 590       else if (!strcmp(argv[i],"-pcm") && (i<argc-1)) par.pcm=atoi(argv[++i]);
 591       else if (!strcmp(argv[i],"-pca") && (i<argc-1)) par.pca=atof(argv[++i]);
 592       else if (!strcmp(argv[i],"-pcb") && (i<argc-1)) par.pcb=atof(argv[++i]);
 593       else if (!strcmp(argv[i],"-pcc") && (i<argc-1)) par.pcc=atof(argv[++i]);
 594       else if (!strcmp(argv[i],"-pcw") && (i<argc-1)) par.pcw=atof(argv[++i]);
 595       else if (!strcmp(argv[i],"-gapb") && (i<argc-1)) { par.gapb=atof(argv[++i]); if (par.gapb<=0.01) par.gapb=0.01;}
 596       else if (!strcmp(argv[i],"-gapd") && (i<argc-1)) par.gapd=atof(argv[++i]);
 597       else if (!strcmp(argv[i],"-gape") && (i<argc-1)) par.gape=atof(argv[++i]);
 598       else if (!strcmp(argv[i],"-gapf") && (i<argc-1)) par.gapf=atof(argv[++i]);
 599       else if (!strcmp(argv[i],"-gapg") && (i<argc-1)) par.gapg=atof(argv[++i]);
 600       else if (!strcmp(argv[i],"-gaph") && (i<argc-1)) par.gaph=atof(argv[++i]);
 601       else if (!strcmp(argv[i],"-gapi") && (i<argc-1)) par.gapi=atof(argv[++i]);
 602       else if (!strcmp(argv[i],"-egq") && (i<argc-1)) par.egq=atof(argv[++i]);
 603       else if (!strcmp(argv[i],"-egt") && (i<argc-1)) par.egt=atof(argv[++i]);
 604       else if (!strcmp(argv[i],"-ssgap")) par.ssgap=1;
 605       else if (!strcmp(argv[i],"-ssgapd") && (i<argc-1)) par.ssgapd=atof(argv[++i]);
 606       else if (!strcmp(argv[i],"-ssgape") && (i<argc-1)) par.ssgape=atof(argv[++i]);
 607       else if (!strcmp(argv[i],"-ssgapi") && (i<argc-1)) par.ssgapi=atoi(argv[++i]);
 608       else if (!strcmp(argv[i],"-ssm") && (i<argc-1)) par.ssm=atoi(argv[++i]);
 609       else if (!strcmp(argv[i],"-ssw") && (i<argc-1)) par.ssw=atof(argv[++i]);
 610       else if (!strcmp(argv[i],"-ssa") && (i<argc-1)) par.ssa=atof(argv[++i]);
 611       else if (!strncmp(argv[i],"-glo",3)) {par.loc=0; if (par.mact>0.3 && par.mact<0.301) {par.mact=0;} }
 612       else if (!strncmp(argv[i],"-loc",3)) par.loc=1;
 613       else if (!strncmp(argv[i],"-alt",4) && (i<argc-1)) par.altali=atoi(argv[++i]);
 614       else if (!strcmp(argv[i],"-map") || !strcmp(argv[i],"-MAP")) par.forward=2;
 615       else if (!strcmp(argv[i],"-mac") || !strcmp(argv[i],"-MAC")) par.forward=2;
 616       else if (!strcmp(argv[i],"-vit")) par.forward=0;
 617       else if (!strcmp(argv[i],"-sto") && (i<argc-1))  {Nstochali=atoi(argv[++i]); par.forward=1;}
 618       else if (!strcmp(argv[i],"-r")) par.repmode=1;
 619       else if (!strcmp(argv[i],"-M") && (i<argc-1))
 620         if (!strcmp(argv[++i],"a2m") || !strcmp(argv[i],"a3m"))  par.M=1;
 621         else if(!strcmp(argv[i],"first"))  par.M=3;
 622         else if (argv[i][0]>='0' && argv[i][0]<='9') {par.Mgaps=atoi(argv[i]); par.M=2;}
 623         else cerr<<endl<<"WARNING: Ignoring unknown argument: -M "<<argv[i]<<"\n";
 624       else if (!strcmp(argv[i],"-shift") && (i<argc-1)) par.shift=atof(argv[++i]);
 625       else if (!strcmp(argv[i],"-mact") && (i<argc-1)) {par.mact=atof(argv[++i]); par.forward=2;}
 626       else if (!strcmp(argv[i],"-wstruc") && (i<argc-1)) par.wstruc=atof(argv[++i]);
 627       else if (!strcmp(argv[i],"-opt") && (i<argc-1)) par.opt=atoi(argv[++i]);
 628       else if (!strcmp(argv[i],"-sc") && (i<argc-1)) par.columnscore=atoi(argv[++i]);
 629       else if (!strcmp(argv[i],"-corr") && (i<argc-1)) par.corr=atof(argv[++i]);
 630       else if (!strcmp(argv[i],"-def")) par.readdefaultsfile=1;
 631       else if (!strcmp(argv[i],"-ovlp") && (i<argc-1)) par.min_overlap=atoi(argv[++i]);
 632       else if (!strcmp(argv[i],"-tags")) par.notags=0;
 633       else if (!strcmp(argv[i],"-notags")) par.notags=1;
 634       else cerr<<endl<<"WARNING: Ignoring unknown option "<<argv[i]<<" ...\n";
 635       if (v>=4) cout<<i<<"  "<<argv[i]<<endl; //PRINT
 636     } // end of for-loop for command line input
 637 }
 638 #endif
 639
 640
 641
 642
 643 /////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
 644 //// MAIN PROGRAM
 645 /////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
 646 /**
 647  *
 648  * hhalign()
 649  *
 650  * @param[in,out] ppcFirstProf
 651  * first profile to be aligned
 652  * @param[in] iFirstCnt
 653  * number of sequences in 1st profile
 654  * @param[in,out] ppcSecndProf
 655  * second profile to be aligned
 656  * @param[in] iSecndCnt
 657  * number of sequences in 2nd profile
 658  * @param[out] dScore_p
 659  * score of alignment
 660  * @param[in] prHMM
 661  * HMM info of external HMM (background)
 662  * @param[in] pcPrealigned1
 663  * (gapped) 1st sequence aligned to background HMM
 664  * @param[in] pcRepresent1
 665  * (gapped) sequence representing background HMM aligned to 1st sequence
 666  * @param[in] pcPrealigned2
 667  * (gapped) 2nd sequence aligned to background HMM
 668  * @param[in] pcRepresent2
 669  * (gapped) sequence representing background HMM aligned to 2nd sequence
 670  * @param[in] rHhalignPara,
 671  * various parameters passed down from commandline
 672  * e.g., iMaxRamMB
 673  *
 674  * iFlag,zcAux,zcError are debugging arguments
 675  *
 676  * @return Non-zero on error
 677  */
 678 extern "C" int
 679 hhalign(char **ppcFirstProf, int iFirstCnt, double *pdWeightsL,
 680         char **ppcSecndProf, int iSecndCnt, double *pdWeightsR,
 681         double *dScore_p, hmm_light *prHMM,
 682         char *pcPrealigned1, char *pcRepresent1,
 683         char *pcPrealigned2, char *pcRepresent2,
 684         hhalign_para rHhalignPara,
 685         int iFlag,
 686         char zcAux[], char zcError[]) {
 687
 688
 689 #ifdef CLUSTALO
 690     int iRetVal = RETURN_OK;
 691     iAux_GLOBAL = iFlag;
 692 #ifndef CLUSTALO_NOFILE
 693     int argc = 0;
 694     char **argv = NULL;
 695     argv = (char **)malloc(argc*sizeof(char *));
 696     for (int i = 0; i < argc; i++){
 697         argv[i] = (char *)malloc(100);
 698     }
 699     strcpy(argv[0], "./hhalign");
 700     strcpy(argv[1], "-t");
 701     strcpy(argv[2], "hhalign.C");
 702     strcpy(argv[3], "-i");
 703     strcpy(argv[4], "hhalign.C");
 704     strcpy(argv[5], "-ofas");
 705     strcpy(argv[6], "out");
 706 #endif
 707 #endif
 708     /*char* argv_conf[MAXOPT];*/ /* Input arguments from .hhdefaults file
 709       (first=1: argv_conf[0] is not used) */
 710     /*int argc_conf;*/           // Number of arguments in argv_conf
 711     /*char inext[IDLEN]="";*/    // Extension of query input file (hhm or a3m)
 712     /*char text[IDLEN]="";*/     // Extension of template input file (hhm or a3m)
 713     /*int** ali=NULL;*/          // ali[i][j]=1 if (i,j) is part of an alignment
 714     /*int** alisto=NULL;*/       // ali[i][j]=1 if (i,j) is part of an alignment
 715     int Nali;                    /* number of normally backtraced alignments
 716                                     in dot plot */
 717
 718     SetDefaults();
 719     strcpy(par.tfile,""); /* FS, Initialise Argument */
 720     strcpy(par.alnfile,"");
 721     par.p=0.0 ;                  /* minimum threshold for inclusion in hit list
 722                                     and alignment listing */
 723     par.E=1e6;                   /* maximum threshold for inclusion in hit list
 724                                     and alignment listing */
 725     par.b=1;                     // min number of alignments
 726     par.B=100;                   // max number of alignments
 727     par.z=1;                     // min number of lines in hit list
 728     par.Z=100;                   // max number of lines in hit list
 729     par.append=0;                /* append alignment to output file
 730                                     with -a option */
 731     par.altali=1;                /* find only ONE (possibly overlapping)
 732                                     subalignment  */
 733     par.hitrank=0;               /* rank of hit to be printed as a3m alignment
 734                                     (default=0) */
 735     par.outformat=3;             // default output format for alignment is a3m
 736     hit.self=0;                  // no self-alignment
 737     par.forward=2;               /* 0: Viterbi algorithm;
 738                                     1: Viterbi+stochastic sampling;
 739                                     2:Maximum Accuracy (MAC) algorithm */
 740
 741     // Make command line input globally available
 742 #ifndef CLUSTALO_NOFILE
 743     par.argv=argv;
 744     par.argc=argc;
 745     RemovePathAndExtension(program_name,argv[0]);
 746 #endif
 747
 748 #ifndef CLUSTALO_NOFILE
 749     /* Enable changing verbose mode before defaults file
 750        and command line are processed */
 751     for (int i=1; i<argc; i++)
 752         {
 753             if (!strcmp(argv[i],"-def")) par.readdefaultsfile=1;
 754             else if (argc>1 && !strcmp(argv[i],"-v0")) v=0;
 755             else if (argc>1 && !strcmp(argv[i],"-v1")) v=1;
 756             else if (argc>2 && !strcmp(argv[i],"-v")) v=atoi(argv[i+1]);
 757         }
 758
 759     // Read .hhdefaults file?
 760     if (par.readdefaultsfile)
 761         {
 762             // Process default otpions from .hhconfig file
 763             ReadDefaultsFile(argc_conf,argv_conf);
 764             ProcessArguments(argc_conf,argv_conf);
 765         }
 766 #endif
 767     /* Process command line options
 768        (they override defaults from .hhdefaults file) */
 769 #ifndef CLUSTALO_NOFILE
 770     ProcessArguments(argc,argv);
 771 #endif
 772
 773
 774 #ifdef CLUSTALO
 775     int iAuxLen1 = strlen(ppcFirstProf[0]);
 776     int iAuxLen2 = strlen(ppcSecndProf[0]);
 777     if ( (0 == iAuxLen1) || (0 == iAuxLen2) ){ /* problem with empty profiles, FS, r249 -> r250 */
 778         sprintf(zcError, "%s:%s:%d: strlen(prof1)=%d, strlen(prof2)=%d -- Nothing to align!\n",
 779                 __FUNCTION__, __FILE__, __LINE__, iAuxLen1, iAuxLen2);
 780         iRetVal = RETURN_UNKNOWN;
 781         /* Note: at this stage cannot do   'goto this_is_the_end;'
 782            because would cross initialisation of several variables   */
 783         return iRetVal;
 784     }
 785     par.maxResLen  = iAuxLen1 > iAuxLen2 ? iAuxLen1 : iAuxLen2;
 786     const int ciGoodMeasureSeq = 10;
 787     par.maxResLen += ciGoodMeasureSeq;
 788     par.maxColCnt  = iAuxLen1 + iAuxLen2 + ciGoodMeasureSeq;
 789     //par.max_seqid=iFirstCnt+iSecndCnt+3; /* -id     */
 790     par.max_seqid=DEFAULT_FILTER;        /* -id     */
 791     par.loc=0; par.mact=0;              /* -glob   */
 792     par.nseqdis=iFirstCnt+iSecndCnt;   /* -seq    */
 793     par.showcons=0;                   /* -nocons */
 794     par.showdssp=0;                  /* -nodssp */
 795     par.Mgaps=100;                  /* -M      */
 796     par.M=2;                       /* -M      */
 797     par.pdWg1=pdWeightsL;         /* tree wg */
 798     par.pdWg2=pdWeightsR;        /* tree wg */
 799     v = 0;                      /* -v0     */
 800     /* NOTE: *qali declared globally but only created here,
 801        pass in number of sequences to get rid of statically
 802        defined MAXSEQ (FS)
 803     */
 804     Alignment qali(iFirstCnt+iSecndCnt);
 805     HMM q(iFirstCnt+iSecndCnt);
 806     HMM t(iFirstCnt+iSecndCnt);
 807 #endif
 808
 809
 810 #ifndef CLUSTALO_NOFILE
 811     // Check command line input and default values
 812     if (!*par.infile)
 813         {help(); cerr<<endl<<"Error in "<<program_name<<": no query alignment file given (-i file)\n"; exit(4);}
 814     if (par.forward==2 && par.loc==0)
 815         {
 816             if (par.mact<0.301 || par.mact>0.300)
 817                 if (v>=1) fprintf(stderr,"REMARK: in -mac -global mode -mact is forced to 0\n");
 818             par.mact=0;
 819             //       par.loc=1; // global forward-backward algorithm seems to work fine! use it in place of local version.
 820         }
 821
 822     // Get rootname (no directory path, no extension) and extension of infile
 823     RemoveExtension(q.file,par.infile);
 824     RemoveExtension(t.file,par.tfile); /* FS, NOFILE2 (commented out) */
 825     Extension(inext,par.infile);
 826     Extension(text,par.tfile); /*FS, NOFILE2 (commented out) */
 827
 828     // Check option compatibilities
 829     if (par.nseqdis>MAXSEQDIS-3-par.showcons) par.nseqdis=MAXSEQDIS-3-par.showcons; //3 reserved for secondary structure
 830     if (par.aliwidth<20) par.aliwidth=20;
 831     if (par.pca<0.001) par.pca=0.001; // to avoid log(0)
 832     if (par.b>par.B) par.B=par.b;
 833     if (par.z>par.Z) par.Z=par.z;
 834     if (par.hitrank>0) par.altali=0;
 835
 836     // Input parameters
 837     if (v>=3)
 838         {
 839             cout<<"query file : "<<par.infile<<"\n";
 840             cout<<"template file: "<<par.tfile<<"\n";/*FS, NOFILE2 (commented out) */
 841             cout<<"Output file:  "<<par.outfile<<"\n";
 842             cout<<"Alignment file:  "<<par.alnfile<<"\n";
 843         }
 844 #endif /* NOFILE2 */
 845
 846
 847     // Set (global variable) substitution matrix and derived matrices
 848     SetSubstitutionMatrix();
 849
 850
 851     // Set secondary structure substitution matrix
 852     SetSecStrucSubstitutionMatrix();
 853
 854
 855     /* moved Viterbi switch from after RnP() to here,
 856        switch after RnP() ineffectual as RnP decides log/lin of transition,
 857        however log/lin of transitions depends on MAC/Viterbi,
 858        FS, r228 -> r229 */
 859     int qL, tL;
 860     if (iFirstCnt > 0) {
 861         qL = strlen(ppcFirstProf[0]);
 862     }
 863     else {
 864         qL = prHMM->L;
 865     }
 866     if (iSecndCnt > 0) {
 867         tL = strlen(ppcSecndProf[0]);
 868     }
 869     else {
 870         tL = prHMM->L;
 871     }
 872
 873
 874     //  const float MEMSPACE_DYNPROG = 512*1024*1024;
 875     /* determine amount of memory available for MAC on command-line; FS, r240 -> r241 */
 876     const float MEMSPACE_DYNPROG = (double)1024*1024*rHhalignPara.iMacRamMB;
 877     // longest allowable length of database HMM
 878     int Lmaxmem=(int)((float)MEMSPACE_DYNPROG/qL/6/8);
 879     if (par.forward==2 && tL+2>=Lmaxmem) {
 880         if (v>=1)
 881             cerr<<"WARNING: Not sufficient memory to realign with MAC algorithm. Using Viterbi algorithm."<<endl;
 882         par.forward=0;
 883
 884         /* use different 'fudge' parameters for Viterbi, FS, r228 -> r229 */
 885         par.pca = par.pcaV;
 886         par.pcb = par.pcbV;
 887         par.pcc = par.pccV;
 888         par.pcw = par.pcwV;
 889
 890         par.gapb = par.gapbV;
 891         par.gapd = par.gapdV;
 892         par.gape = par.gapeV;
 893         par.gapf = par.gapfV;
 894         par.gapg = par.gapgV;
 895         par.gaph = par.gaphV;
 896         par.gapi = par.gapiV;
 897
 898     }
 899
 900
 901     // Read input file (HMM, HHM, or alignment format), and add pseudocounts etc.
 902     q.cQT = 'q';
 903     if (OK != ReadAndPrepare(INTERN_ALN_2_HMM,
 904                              ppcFirstProf, iFirstCnt, prHMM,
 905                              pcPrealigned1, pcRepresent1, pdWeightsL,
 906                              (char*)(""), q, &qali)) {
 907         sprintf(zcError, "%s:%s:%d: Problem Reading/Preparing q-profile (len=%d)\n",
 908                 __FUNCTION__, __FILE__, __LINE__, qL);
 909         iRetVal = RETURN_FROM_RNP;
 910         goto this_is_the_end;
 911     }
 912     // Set query columns in His-tags etc to Null model distribution
 913     if (par.notags) q.NeutralizeTags();
 914
 915     // Do self-comparison?
 916     if (0 /* !*par.tfile // FS, 2010-03-10 */)
 917         {
 918             // Deep-copy q into t
 919             t = q;
 920
 921             // Find overlapping alternative alignments
 922             hit.self=1;
 923         }
 924     // Read template alignment/HMM t and add pseudocounts
 925     else
 926         {
 927             char infile[] = "";
 928             /* Read input file (HMM, HHM, or alignment format),
 929                and add pseudocounts etc. */
 930             t.cQT = 't';
 931             if (OK != ReadAndPrepare(INTERN_ALN_2_HMM,
 932                                      ppcSecndProf, iSecndCnt, prHMM,
 933                                      pcPrealigned2, pcRepresent2, pdWeightsR,
 934                                      infile, t)) {
 935                 sprintf(zcError, "%s:%s:%d: Problem Reading/Preparing t-profile (len=%d)\n",
 936                         __FUNCTION__, __FILE__, __LINE__, tL);
 937                 iRetVal = RETURN_FROM_RNP;
 938                 goto this_is_the_end;
 939             }
 940         }
 941
 942   // Factor Null model into HMM t
 943   t.IncludeNullModelInHMM(q,t);
 944
 945   /* switch at this stage is ineffectual as log/lin already decided in RnP().
 946      FS, r228 -> r229 */
 947   /*const float MEMSPACE_DYNPROG = 512*1024*1024;
 948   // longest allowable length of database HMM
 949   int Lmaxmem=(int)((float)MEMSPACE_DYNPROG/q.L/6/8);
 950   if (par.forward==2 && t.L+2>=Lmaxmem)
 951   {
 952   if (v>=1)
 953   cerr<<"WARNING: Not sufficient memory to realign with MAC algorithm. Using Viterbi algorithm."<<endl;
 954   par.forward=0;
 955   }*/
 956
 957   // Allocate memory for dynamic programming matrix
 958   hit.AllocateBacktraceMatrix(q.L+2,t.L+2); // ...with a separate dynamic programming matrix (memory!!)
 959   if (par.forward>=1 || Nstochali)
 960     hit.AllocateForwardMatrix(q.L+2,t.L+2);
 961   if (par.forward==2)
 962     hit.AllocateBackwardMatrix(q.L+2,t.L+2);
 963
 964 #ifndef CLUSTALO_NOFILE
 965   // Read structure file for Forward() function?
 966   if (strucfile && par.wstruc>0)
 967     {
 968       float PMIN=1E-20;
 969       Pstruc = new(float*[q.L+2]);
 970       for (int i=0; i<q.L+2; i++) Pstruc[i] = new(float[t.L+2]);
 971       Sstruc = new(float*[q.L+2]);
 972       for (int i=0; i<q.L+2; i++) Sstruc[i] = new(float[t.L+2]);
 973       FILE* strucf=NULL;
 974       if (strcmp(strucfile,"stdin"))
 975         {
 976           strucf = fopen(strucfile, "r");
 977           if (!strucf) OpenFileError(strucfile);
 978         }
 979       else
 980         {
 981           strucf = stdin;
 982           if (v>=2) printf("Reading structure matrix from standard input ... (for UNIX use ^D for 'end-of-file')\n");
 983         }
 984       for (int i=1; i<=q.L; i++)
 985         {
 986           for (int j=1; j<=t.L; j++)
 987             {
 988               float f;
 989               if (fscanf(strucf,"%f",&f) <=0 )
 990               {
 991                 fprintf(stderr,"Error: too few numbers in file %s while reading line %i, column %i\n",strucfile,i,j);
 992                 exit(1);
 993               }
 994               if (par.wstruc==1)
 995                 Pstruc[i][j]=fmax(f,PMIN);
 996               else
 997                 Pstruc[i][j]=fmax(pow(f,par.wstruc),PMIN);
 998 //            printf("%10.2E ",f);
 999               Sstruc[i][j] = par.wstruc * log2(f);
1000             }
1001 //        printf("\n");
1002         }
1003       fclose(strucf);
1004     } /* (strucfile && par.wstruc>0) */
1005 #endif
1006
1007   /* Do (self-)comparison, store results if score>SMIN,
1008      and try next best alignment */
1009   /* FIXME very ambigous and possibly faulty if-else */
1010   if (v>=2) {
1011       if (par.forward==2) {
1012           printf("Using maximum accuracy (MAC) alignment algorithm ...\n");
1013       }
1014     else if (par.forward==0) {
1015         printf("Using Viterbi algorithm ...\n");
1016     }
1017     else if (par.forward==1) {
1018         printf("Using stochastic sampling algorithm ...\n");
1019     }
1020     else {
1021         printf("\nWhat alignment algorithm are we using??\n");
1022     }
1023   }
1024
1025
1026   for (hit.irep=1; hit.irep<=imax(par.hitrank,par.altali); hit.irep++)
1027       {
1028           if (par.forward==0)
1029               {
1030                   // generate Viterbi alignment
1031                   hit.Viterbi(q,t,Sstruc);
1032                   hit.Backtrace(q,t);
1033               }
1034           else if (par.forward==1)
1035               {
1036                   // generate a single stochastically sampled alignment
1037                   hit.Forward(q,t,Pstruc);
1038                   srand( time(NULL) );   // initialize random generator
1039                   hit.StochasticBacktrace(q,t);
1040                   hitlist.Push(hit);      /* insert hit at beginning of list
1041                                              (last repeats first!) */
1042                   (hit.irep)++;
1043                   break;
1044               }
1045           else if (par.forward==2)
1046               {
1047                   // generate forward alignment
1048                   if (OK != hit.Forward(q,t,Pstruc)){
1049                       fprintf(stderr, "%s:%s:%d: cannot complete hit.Forward\n",
1050                               __FUNCTION__, __FILE__, __LINE__);
1051                       iRetVal = RETURN_FROM_MAC; /* spot double overflow in Forward(). FS, r241 -> r243 */
1052                       goto this_is_the_end;
1053                   }
1054                   if (OK != hit.Backward(q,t)){
1055                       fprintf(stderr, "%s:%s:%d: cannot complete hit.backward\n",
1056                               __FUNCTION__, __FILE__, __LINE__);
1057                       iRetVal = RETURN_FROM_MAC; /* spot double overflow in hit.Backward(). FS, r241 -> r243 */
1058                       goto this_is_the_end;
1059                   }
1060                   hit.MACAlignment(q,t);
1061                   if ((isnan(hit.score)) || (isnan(hit.Pforward))){
1062                       printf("nan after MAC\n");
1063                   }
1064                   hit.BacktraceMAC(q,t);
1065                   if ((isnan(hit.score)) || (isnan(hit.Pforward))){
1066                       printf("nan after backtrace\n");
1067                   }
1068               } /* use MAC algorithm */
1069           //       printf ("%-12.12s  %-12.12s   irep=%-2i  score=%6.2f hit.Pvalt=%.2g\n",hit.name,hit.fam,hit.irep,hit.score,hit.Pvalt);
1070           *dScore_p = hit.score;
1071
1072           if (hit.irep<=par.hitrank || hit.score>SMIN || (hit.Pvalt<pself && hit.score>0 ))
1073               hitlist.Push(hit);      // insert hit at beginning of list (last repeats first!) and do next alignment
1074           else
1075               {
1076                   if (hit.irep==1) hitlist.Push(hit); // first hit will be inserted into hitlist anyway, even if not significant
1077                   hit = hitlist.ReadLast(); // last alignment was not significant => read last (significant) hit from list
1078                   break;
1079                   /* FIXME: memory leak during normal alignment: both push'es above are not freed:
1080                    * valgrind --leak-check=full --show-reachable=yes ./src/clustalo -i ~/void/protein.fa -o /dev/null -v
1081                    ==9506== 1,456 bytes in 1 blocks are still reachable in loss record 4 of 5
1082                    ==9506==    at 0x4C2726C: operator new(unsigned long) (vg_replace_malloc.c:230)
1083                    ==9506==    by 0x4618C5: List<Hit>::Push(Hit) (list-C.h:134)
1084                    ==9506==    by 0x45E87A: hhalign (hhalign.cpp:914)
1085                    ==9506==    by 0x413F8C: HhalignWrapper (hhalign_wrapper.c:405)
1086                    ==9506==    by 0x41A7B5: MyMain (mymain.c:676)
1087                    ==9506==    by 0x4031A6: main (main.cpp:37)
1088                    ==9506==
1089                    ==9506==
1090                    ==9506== 4,442 (4,368 direct, 74 indirect) bytes in 3 blocks are definitely lost in loss record 5 of 5
1091                    ==9506==    at 0x4C2726C: operator new(unsigned long) (vg_replace_malloc.c:230)
1092                    ==9506==    by 0x4618C5: List<Hit>::Push(Hit) (list-C.h:134)
1093                    ==9506==    by 0x45E7C0: hhalign (hhalign.cpp:911)
1094                    ==9506==    by 0x413F8C: HhalignWrapper (hhalign_wrapper.c:405)
1095                    ==9506==    by 0x41A7B5: MyMain (mymain.c:676)
1096                    ==9506==    by 0x4031A6: main (main.cpp:37)
1097                   */
1098               }
1099       } /* 1 <= hit.irep <= imax(par.hitrank,par.altali) */
1100   Nali = hit.irep;
1101
1102
1103 #ifndef CLUSTALO_NOFILE
1104   // Write posterior probability matrix as TCoffee library file
1105   if (tcfile)
1106       {
1107           if (v>=2) printf("Writing TCoffee library file to %s\n",tcfile);
1108           int i,j;
1109           FILE* tcf=NULL;
1110           if (strcmp(tcfile,"stdout")) tcf = fopen(tcfile, "w"); else tcf = stdout;
1111           if (!tcf) OpenFileError(tcfile);
1112           fprintf(tcf,"! TC_LIB_FORMAT_01\n");
1113           fprintf(tcf,"%i\n",2); // two sequences in library file
1114           fprintf(tcf,"%s %i %s\n",q.name,q.L,q.seq[q.nfirst]+1);
1115           fprintf(tcf,"%s %i %s\n",hit.name,hit.L,hit.seq[hit.nfirst]+1);
1116           fprintf(tcf,"#1 2\n");
1117           for (i=1; i<=q.L; i++)  // print all pairs (i,j) with probability above PROBTCMIN
1118               for (j=1; j<=t.L; j++)
1119                   if (hit.B_MM[i][j]>probmin_tc)
1120                       fprintf(tcf,"%5i %5i %5i\n",i,j,iround(100.0*hit.B_MM[i][j]));
1121           for (int step=hit.nsteps; step>=1; step--)  // print all pairs on MAC alignment which were not yet printed
1122               {
1123                   i=hit.i[step]; j=hit.j[step];
1124                   //      printf("%5i %5i %5i  %i\n",i,j,iround(100.0*hit.B_MM[i][j]),hit.states[step]);
1125                   if (hit.states[step]>=MM && hit.B_MM[i][j]<=probmin_tc)
1126                       fprintf(tcf,"%5i %5i %5i\n",i,j,iround(100.0*hit.B_MM[i][j]));
1127               }
1128
1129
1130           fprintf(tcf,"! SEQ_1_TO_N\n");
1131           fclose(tcf);
1132           //       for (i=1; i<=q.L; i++)
1133           //            {
1134           //              double sum=0.0;
1135           //              for (j=1; j<=t.L; j++) sum+=hit.B_MM[i][j];
1136           //      printf("i=%-3i sum=%7.4f\n",i,sum);
1137           //            }
1138           //        printf("\n");
1139       } /* if (tcfile) */
1140
1141   // Write last alignment into alitabfile
1142   if (alitabfile)
1143       {
1144           FILE* alitabf=NULL;
1145           if (strcmp(alitabfile,"stdout")) alitabf = fopen(alitabfile, "w"); else alitabf = stdout;
1146           if (!alitabf) OpenFileError(alitabfile);
1147           if (par.forward==2)
1148               {
1149                   fprintf(alitabf,"    i     j  score     SS  probab\n");
1150                   for (int step=hit.nsteps; step>=1; step--)
1151                       if (hit.states[step]>=MM)
1152                           fprintf(alitabf,"%5i %5i %6.2f %6.2f %7.4f\n",hit.i[step],hit.j[step],hit.S[step],hit.S_ss[step],hit.P_posterior[step]);
1153               }
1154           else
1155               {
1156                   fprintf(alitabf,"    i     j  score     SS\n");
1157                   for (int step=hit.nsteps; step>=1; step--)
1158                       if (hit.states[step]>=MM)
1159                           fprintf(alitabf,"%5i %5i %6.2f %6.2f\n",hit.i[step],hit.j[step],hit.S[step],hit.S_ss[step]);
1160               }
1161           fclose(alitabf);
1162       } /* if (alitabfile) */
1163 #endif
1164
1165   // Do Stochastic backtracing?
1166   if (par.forward==1)
1167       for (int i=1; i<Nstochali; i++)
1168           {
1169               hit.StochasticBacktrace(q,t);
1170               hitlist.Push(hit);      //insert hit at beginning of list (last repeats first!)
1171               (hit.irep)++;
1172           }
1173   else // Set P-value, E-value and probability
1174       {
1175           if (q.mu) hitlist.GetPvalsFromCalibration(q);
1176           else if (t.mu) hitlist.GetPvalsFromCalibration(t);
1177       }
1178
1179   // Print FASTA or A2M alignments?
1180 #ifndef CLUSTALO_NOFILE
1181   if (*par.pairwisealisfile)
1182 #endif
1183       {
1184           if (v>=2) {
1185               cout<<"Printing alignments in " <<
1186                   (par.outformat==1? "FASTA" : par.outformat==2?"A2M" :"A3M") <<
1187                   " format to "<<par.pairwisealisfile<<"\n";
1188           }
1189           int iPrAliRtn = hitlist.PrintAlignments(
1190 #ifdef CLUSTALO
1191                                                   ppcFirstProf, ppcSecndProf,
1192 #endif
1193                                                   q, par.pairwisealisfile, par.outformat);
1194           if (OK != iPrAliRtn){
1195               fprintf(stderr, "%s:%s:%d: Could not print alignments\n",
1196                       __FUNCTION__, __FILE__, __LINE__);
1197               iRetVal = RETURN_FROM_PRINT_ALI; /* this is where mis-alignment was originally spotted,
1198                                     hope to trap it now earlier. FS, r241 -> r243 */
1199               goto this_is_the_end;
1200           }
1201       } /* if (*par.pairwisealisfile) */
1202
1203 #ifndef CLUSTALO_NOFILE
1204   // Print hit list and  alignments
1205   if (*par.outfile)
1206       {
1207           hitlist.PrintHitList(q, par.outfile);
1208           hitlist.PrintAlignments(
1209 #ifdef CLUSTALO
1210                                   ppcFirstProf, ppcSecndProf,
1211 #endif
1212                                   q, par.outfile);
1213           if (v>=2) {
1214               WriteToScreen(par.outfile,1000); //write only hit list to screen
1215           }
1216       }
1217 #endif
1218
1219
1220   ///////////////////////////////////////////////////////////////////////
1221 #ifndef CLUSTALO_NOFILE
1222   // Show results for hit with rank par.hitrank
1223   if (par.hitrank==0) hit=hitlist.Read(1); else hit=hitlist.Read(par.hitrank);
1224
1225   // Generate output alignment or HMM file?
1226   if (*par.alnfile || *par.psifile || *par.hhmfile)
1227       {
1228           if (par.append==0)
1229               {
1230                   if (v>=2 && *par.alnfile) printf("Merging template to query alignment and writing resulting alignment in A3M format to %s...\n",par.alnfile);
1231                   if (v>=2 && *par.psifile) printf("Merging template to query alignment and writing resulting alignment in PSI format to %s...\n",par.psifile);
1232               }
1233           else
1234               {
1235                   if (v>=2 && *par.alnfile) printf("Merging template to query alignment and appending template alignment in A3M format to %s...\n",par.alnfile);
1236                   if (v>=2 && *par.psifile) printf("Merging template to query alignment and appending template alignment in PSI format to %s...\n",par.psifile);
1237               }
1238
1239           // Read query alignment into Qali
1240           Alignment Qali;  // output A3M generated by merging A3M alignments for significant hits to the query alignment
1241           char qa3mfile[NAMELEN];
1242           RemoveExtension(qa3mfile,par.infile); // directory??
1243           strcat(qa3mfile,".a3m");
1244           FILE* qa3mf=fopen(qa3mfile,"r");
1245           if (!qa3mf) OpenFileError(qa3mfile);
1246           Qali.Read(qa3mf,qa3mfile);
1247           fclose(qa3mf);
1248
1249           // Align query with template in master-slave mode
1250           Qali.MergeMasterSlave(hit,par.tfile); /*FS, NOFILE2 (commented out) */
1251
1252           // Write output A3M alignment?
1253           if (*par.alnfile) {
1254               Qali.WriteToFile(par.alnfile,"a3m");
1255           }
1256
1257           if (*par.psifile)
1258               {
1259                   /* Convert ASCII to int (0-20),throw out all insert states,
1260                      record their number in I[k][i]  */
1261                   Qali.Compress("merged A3M file");
1262
1263                   // Write output PSI-BLAST-formatted alignment?
1264                   Qali.WriteToFile(par.psifile,"psi");
1265               }
1266       } /* if (*par.alnfile || *par.psifile || *par.hhmfile) */
1267 #endif  /* NOFILE2 */
1268   //////////////////////////////////////////////////////////////////////////
1269
1270
1271
1272
1273   //   double log2Pvalue;
1274   //   if (par.ssm && (par.ssm1 || par.ssm2))
1275   //     {
1276   //       log2Pvalue=hit.logPval/0.693147181+0.45*(4.0*par.ssw/0.15-hit.score_ss);
1277   //       if (v>=2)
1278   //    printf("Aligned %s with %s:\nApproximate P-value INCLUDING SS SCORE = %7.2g\n",q.name,t.name,pow(2.0,log2Pvalue));
1279   //     } else {
1280   //       if (v>=2)
1281   //    printf("Aligned %s with %s:\nApproximate P-value (without SS score) = %7.2g\n",q.name,t.name,hit.Pval);
1282   //    }
1283
1284   if (v>=2)
1285       {
1286           if (par.hitrank==0)
1287               printf("Aligned %s with %s: Score = %-7.2f  P-value = %-7.2g\n",
1288                      q.name,t.name,hit.score,hit.Pval);
1289           else
1290               printf("Aligned %s with %s (rank %i): Score = %-7.2f  P-value = %-7.2g\n",
1291                      q.name,t.name,par.hitrank,hit.score,hit.Pval);
1292       }
1293
1294
1295  this_is_the_end:
1296
1297   // Delete memory for dynamic programming matrix
1298   hit.DeleteBacktraceMatrix(q.L+2);
1299   if (par.forward>=1 || Nstochali)
1300       hit.DeleteForwardMatrix(q.L+2);
1301   if (par.forward==2)
1302       hit.DeleteBackwardMatrix(q.L+2);
1303   /*   if (Pstruc) {
1304        for (int i=0; i<q.L+2; i++) delete[](Pstruc[i]); delete[](Pstruc);}
1305   */
1306
1307   // Delete content of hits in hitlist
1308   hitlist.Reset();
1309   while (!hitlist.End())
1310       hitlist.ReadNext().Delete(); // Delete content of hit object
1311
1312   if (strucfile && par.wstruc>0)
1313       {
1314           for (int i=0; i<q.L+2; i++){
1315               delete[] Pstruc[i]; Pstruc[i] = NULL;
1316           }
1317           delete[] Pstruc; Pstruc = NULL;
1318           for (int i=0; i<q.L+2; i++){
1319               delete[] Sstruc[i]; Sstruc[i] = NULL;
1320           }
1321           delete[] Sstruc; Sstruc = NULL;
1322           delete[] strucfile; strucfile = NULL;
1323       }
1324
1325   if (pngfile){
1326       delete[] pngfile; pngfile = NULL;
1327   }
1328   if (alitabfile){
1329       delete[] alitabfile; alitabfile = NULL;
1330   }
1331   if (tcfile){
1332       delete[] tcfile; tcfile = NULL;
1333   }
1334   if (par.exclstr){
1335       delete[] par.exclstr; par.exclstr = NULL;
1336   }
1337
1338 #ifndef CLUSTALO_NOFILE
1339   // Print 'Done!'
1340   FILE* outf=NULL;
1341   if (!strcmp(par.outfile,"stdout")) printf("Done!\n");
1342   else
1343       {
1344           if (*par.outfile)
1345               {
1346                   outf=fopen(par.outfile,"a"); //open for append
1347                   fprintf(outf,"Done!\n");
1348                   fclose(outf);
1349               }
1350           if (v>=2) printf("Done\n");
1351       }
1352 #endif
1353
1354   //qali.ClobberGlobal();
1355   hit.ClobberGlobal();
1356   if (iFirstCnt > 0){
1357       q.ClobberGlobal();
1358   }
1359   if (iSecndCnt > 0){
1360       t.ClobberGlobal();
1361   }
1362   hitlist.ClobberGlobal();
1363
1364   return iRetVal;
1365
1366 } /* this is the end of hhalign() //end main */
1367
1368 //////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
1369 // END OF MAIN
1370 //////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
1371
1372 /*
1373  * EOF hhalign.C
1374  */
1375