binaries/src/clustalo/src/squid/rk.h

   1 /*****************************************************************
   2  * SQUID - a library of functions for biological sequence analysis
   3  * Copyright (C) 1992-2002 Washington University School of Medicine
   4  *
   5  *     This source code is freely distributed under the terms of the
   6  *     GNU General Public License. See the files COPYRIGHT and LICENSE
   7  *     for details.
   8  *****************************************************************/
   9
  10 #ifndef SQRKH_INCLUDED
  11 #define SQRKH_INCLUDED
  12
  13 /* rk.h
  14  *
  15  * Header file for Rabin-Karp pattern searching on encoded
  16  * sequence strings.
  17  *
  18  * Sean Eddy, Thu Oct  1 11:45:42 1992
  19  * RCS $Id: rk.h 217 2011-03-19 10:27:10Z andreas $ (Original squid RCS Id: rk.h,v 1.2 1998/10/09 18:07:16 eddy Exp)
  20  */
  21
  22
  23                                 /* expect 32 bits for 8 nt */
  24 typedef unsigned long Hashseq;
  25                                 /* but we count to be sure...
  26                                    RK_HASHSIZE is the number of nt that fit
  27                                    in one probe */
  28 #define RK_HASHSIZE  (sizeof(Hashseq)*2)
  29                                 /* empirically, how many nt minimum we require
  30                                    in a pattern before we abandon rk and
  31                                    go with something else */
  32 #define RK_REQUIRE    4
  33
  34 extern int rkseq(Hashseq hashprobe, char *sequence);
  35 extern Hashseq rkcomp(char *probe);     /* compile a Hashseq from a pattern */
  36
  37
  38
  39 #endif /* SQRKH_INCLUDED */