binaries/src/clustalo/src/squid/seqencode.c

   1 /*****************************************************************
   2  * SQUID - a library of functions for biological sequence analysis
   3  * Copyright (C) 1992-2002 Washington University School of Medicine
   4  *
   5  *     This source code is freely distributed under the terms of the
   6  *     GNU General Public License. See the files COPYRIGHT and LICENSE
   7  *     for details.
   8  *****************************************************************/
   9
  10 /* seqencode.c
  11  *
  12  * Routines for creating and manipulating encoded sequence strings.
  13  * RCS $Id: seqencode.c 217 2011-03-19 10:27:10Z andreas $ (Original squid RCS Id: seqencode.c,v 1.3 1999/05/02 21:55:27 eddy Exp)
  14  */
  15 #include <stdio.h>
  16 #include <string.h>
  17 #include <ctype.h>
  18 #include "squid.h"
  19
  20
  21 #ifdef MEMDEBUG
  22 #include "dbmalloc.h"
  23 #endif
  24                                 /* seqcmp()
  25                                    returns 0 if s1 == s2
  26                                    mismatch number otherwise */
  27 int
  28 seqcmp(char *s1, char *s2, int allow)
  29 {
  30   int mmat = 0;
  31
  32   while ((*s1 != NTEND) && (*s2 != NTEND) && (mmat <= allow))
  33     {
  34       if (!(ntmatch(*s1, *s2)))
  35         mmat++;;
  36       s1++;
  37       s2++;
  38     }
  39   while ((*s1++ != NTEND) && (mmat <= allow))
  40     mmat++;
  41   return(mmat);
  42 }
  43                                 /* seqncmp()
  44                                    same as seqcmp but it looks at,
  45                                    at most, n positions */
  46 int
  47 seqncmp(char *s1, char *s2, int n, int allow)
  48 {
  49   int mmat = 0;
  50
  51   while ((*s2 != NTEND) &&
  52          (n-- != 0))
  53     {
  54       if ((!(ntmatch(*s1, *s2))) &&
  55           (++mmat > allow))
  56         return(mmat);
  57       s1++;
  58       s2++;
  59     }
  60   while ((n-- != 0) && (*s1++ != NTEND) && (mmat <= allow))
  61     mmat++;
  62   return (mmat);
  63 }
  64
  65                                 /* seqencode()
  66                                    given a character text string str (A,C,G,T),
  67                                    convert to an encoded seq string;
  68                                    return 1 for success, 0 if fail */
  69 int
  70 seqencode(char *codeseq, /* pre-allocated space for answer */
  71           char *str)     /* character string to convert    */
  72 {
  73   char  *ptr;
  74   int    idx;
  75
  76   ptr = codeseq;
  77   while (*str != '\0')
  78     {
  79       if (islower((int) (*str))) *str = (char) toupper((int) (*str));
  80       for (idx = 0; *str != iupac[idx].sym && idx <= IUPACSYMNUM; idx++)
  81         ;
  82       if (idx > IUPACSYMNUM)
  83         {
  84           *ptr = (char) NTEND;
  85           return 0;
  86         }
  87       else
  88         *ptr = iupac[idx].code;
  89       ptr++;
  90       str++;
  91     }
  92   *ptr = NTEND;
  93   return 1;
  94 }
  95
  96
  97 int
  98 coded_revcomp(char *comp, char *seq)
  99 {
 100   long  bases;
 101   char *bckp, *fwdp;
 102   int   idx;
 103   long  pos;
 104
 105   bases = strlen(seq);
 106
 107   fwdp = comp;
 108   bckp = seq + bases -1;
 109   for (pos = 0; pos < bases; pos++)
 110     {
 111       for (idx = 0; *bckp != iupac[idx].code && idx < IUPACSYMNUM; idx++);
 112       if (idx > IUPACSYMNUM)
 113         {
 114           *fwdp = NTEND;
 115           return 0;
 116         }
 117       else
 118         *fwdp = iupac[idx].comp;
 119       fwdp++;
 120       bckp--;
 121     }
 122   *fwdp = NTEND;
 123   return(1);
 124 }
 125
 126 int
 127 seqdecode(char *str, char *codeseq)
 128 {
 129   int idx;
 130   int pos;
 131
 132   pos = 0;
 133   while (*codeseq != NTEND)
 134     {
 135       for (idx = 0; *codeseq != iupac[idx].code && idx < IUPACSYMNUM; idx++)
 136         ;
 137       if (idx > IUPACSYMNUM)
 138         {
 139           str[pos] = 'X';
 140           return 0;
 141         }
 142       else
 143         str[pos] = iupac[idx].sym;
 144       codeseq++;
 145       pos++;
 146     }
 147   str[pos] = '\0';
 148   return 1;
 149 }
 150
 151 int
 152 seqndecode(
 153      char       *str,           /* pre-allocated string to write into */
 154      char *codeseq,             /* sequence to decode */
 155      int         n)             /* how many bases to decode */
 156 {
 157   int idx;
 158   int pos = 0;
 159
 160   while (--n >= 0)
 161     {
 162       for (idx = 0; *codeseq != iupac[idx].code && idx < IUPACSYMNUM; idx++);
 163       if (idx > IUPACSYMNUM)
 164         {
 165           str[pos]  = 'X';
 166           return 0;
 167         }
 168       else
 169         str[pos] = iupac[idx].sym;
 170       codeseq++;
 171       pos++;
 172     }
 173   str[pos] = '\0';
 174   return 1;
 175 }
 176