binaries/src/clustalo/src/squid/translate.c

   1 /*****************************************************************
   2  * SQUID - a library of functions for biological sequence analysis
   3  * Copyright (C) 1992-2002 Washington University School of Medicine
   4  *
   5  *     This source code is freely distributed under the terms of the
   6  *     GNU General Public License. See the files COPYRIGHT and LICENSE
   7  *     for details.
   8  *****************************************************************/
   9
  10 /*
  11  * translate.c - functions for translating nucleic acid sequence
  12  * created Tue Jan 12 11:27:29 1993, SRE
  13  *
  14  * RCS $Id: translate.c 217 2011-03-19 10:27:10Z andreas $ (Original squid RCS Id: translate.c,v 1.2 1998/10/09 18:07:16 eddy Exp)
  15  */
  16
  17 #include <stdio.h>
  18 #include <string.h>
  19 #include "squid.h"
  20
  21
  22 #ifdef MEMDEBUG
  23 #include "dbmalloc.h"
  24 #endif
  25
  26
  27
  28 /* Function: Translate(char *seq, char **code)
  29  *
  30  * Given a ptr to the start of a nucleic acid sequence,
  31  * and a genetic code, translate the sequence into
  32  * amino acid sequence.
  33  *
  34  * code is an array of 65 strings, representing
  35  * the translations of the 64 codons, arranged
  36  * in order AAA, AAC, AAG, AAU, ..., UUA, UUC, UUG, UUU.
  37  * '*' or '***' is used to represent termination
  38  * codons, usually. The final string, code[64],
  39  * is the code for an ambiguous amino acid.
  40  *
  41  * Because of the way space is allocated for the amino
  42  * acid sequence, the amino acid strings cannot be
  43  * longer than 3 letters each. (I don't foresee using
  44  * anything but the single- and triple- letter codes.)
  45  *
  46  * Returns a ptr to the translation string on success,
  47  * or NULL on failure.
  48  */
  49 char *
  50 Translate(char *seq, char **code)
  51 {
  52   int   codon;                  /* index for codon         */
  53   char *aaseq;                  /* RETURN: the translation */
  54   char *aaptr;                  /* ptr into aaseq */
  55   int   i;
  56
  57   if (seq == NULL)
  58     { squid_errno = SQERR_NODATA; return NULL; }
  59   if ((aaseq = (char *) calloc (strlen(seq) + 1, sizeof(char))) == NULL)
  60     Die("calloc failed");
  61
  62   aaptr = aaseq;
  63   for (; *seq != '\0' && *(seq+1) != '\0' && *(seq+2) != '\0'; seq += 3)
  64     {
  65                                 /* calculate the lookup value for
  66                                    this codon */
  67       codon = 0;
  68       for (i = 0; i < 3; i++)
  69         {
  70           codon *= 4;
  71           switch (*(seq + i)) {
  72           case 'A': case 'a':             break;
  73           case 'C': case 'c': codon += 1; break;
  74           case 'G': case 'g': codon += 2; break;
  75           case 'T': case 't': codon += 3; break;
  76           case 'U': case 'u': codon += 3; break;
  77           default: codon = 64; break;
  78           }
  79           if (codon == 64) break;
  80         }
  81
  82       strcpy(aaptr, code[codon]);
  83       aaptr += strlen(code[codon]);
  84     }
  85   return aaseq;
  86 }