binaries/src/clustalw/src/Makefile.in

   1 # Makefile.in generated by automake 1.11.1 from Makefile.am.
   2 # @configure_input@
   3
   4 # Copyright (C) 1994, 1995, 1996, 1997, 1998, 1999, 2000, 2001, 2002,
   5 # 2003, 2004, 2005, 2006, 2007, 2008, 2009  Free Software Foundation,
   6 # Inc.
   7 # This Makefile.in is free software; the Free Software Foundation
   8 # gives unlimited permission to copy and/or distribute it,
   9 # with or without modifications, as long as this notice is preserved.
  10
  11 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  12 # but WITHOUT ANY WARRANTY, to the extent permitted by law; without
  13 # even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A
  14 # PARTICULAR PURPOSE.
  15
  16 @SET_MAKE@
  17
  18 # Andreas Wilm (UCD): 2007-12-10
  19 # Generated using the following sites
  20 # http://www.openismus.com/documents/linux/automake/automake.shtml
  21 # http://www.bioinf.uni-freiburg.de/~mmann/HowTo/automake.html
  22
  23 VPATH = @srcdir@
  24 pkgdatadir = $(datadir)/@PACKAGE@
  25 pkgincludedir = $(includedir)/@PACKAGE@
  26 pkglibdir = $(libdir)/@PACKAGE@
  27 pkglibexecdir = $(libexecdir)/@PACKAGE@
  28 am__cd = CDPATH="$${ZSH_VERSION+.}$(PATH_SEPARATOR)" && cd
  29 install_sh_DATA = $(install_sh) -c -m 644
  30 install_sh_PROGRAM = $(install_sh) -c
  31 install_sh_SCRIPT = $(install_sh) -c
  32 INSTALL_HEADER = $(INSTALL_DATA)
  33 transform = $(program_transform_name)
  34 NORMAL_INSTALL = :
  35 PRE_INSTALL = :
  36 POST_INSTALL = :
  37 NORMAL_UNINSTALL = :
  38 PRE_UNINSTALL = :
  39 POST_UNINSTALL = :
  40 build_triplet = @build@
  41 host_triplet = @host@
  42 target_triplet = @target@
  43 bin_PROGRAMS = clustalw2$(EXEEXT)
  44 subdir = src
  45 DIST_COMMON = $(srcdir)/Makefile.am $(srcdir)/Makefile.in \
  46         $(srcdir)/clustalw_version.h.in $(srcdir)/config.h.in
  47 ACLOCAL_M4 = $(top_srcdir)/aclocal.m4
  48 am__aclocal_m4_deps = $(top_srcdir)/configure.ac
  49 am__configure_deps = $(am__aclocal_m4_deps) $(CONFIGURE_DEPENDENCIES) \
  50         $(ACLOCAL_M4)
  51 mkinstalldirs = $(install_sh) -d
  52 CONFIG_HEADER = config.h
  53 CONFIG_CLEAN_FILES = clustalw_version.h
  54 CONFIG_CLEAN_VPATH_FILES =
  55 am__installdirs = "$(DESTDIR)$(bindir)"
  56 PROGRAMS = $(bin_PROGRAMS)
  57 am_clustalw2_OBJECTS = FullPairwiseAlign.$(OBJEXT) \
  58         FastPairwiseAlign.$(OBJEXT) MSFFileParser.$(OBJEXT) \
  59         FileReader.$(OBJEXT) PIRFileParser.$(OBJEXT) \
  60         RSFFileParser.$(OBJEXT) GDEFileParser.$(OBJEXT) \
  61         InFileStream.$(OBJEXT) ClustalFileParser.$(OBJEXT) \
  62         PearsonFileParser.$(OBJEXT) FileParser.$(OBJEXT) \
  63         EMBLFileParser.$(OBJEXT) RootedClusterTree.$(OBJEXT) \
  64         UPGMAAlgorithm.$(OBJEXT) Node.$(OBJEXT) \
  65         RootedGuideTree.$(OBJEXT) RootedTreeOutput.$(OBJEXT) \
  66         Tree.$(OBJEXT) ClusterTree.$(OBJEXT) TreeInterface.$(OBJEXT) \
  67         UnRootedClusterTree.$(OBJEXT) ClusterTreeOutput.$(OBJEXT) \
  68         RandomGenerator.$(OBJEXT) NJTree.$(OBJEXT) \
  69         AlignmentSteps.$(OBJEXT) InteractiveMenu.$(OBJEXT) \
  70         CommandLineParser.$(OBJEXT) SubMatrix.$(OBJEXT) \
  71         Iteration.$(OBJEXT) MSA.$(OBJEXT) \
  72         MyersMillerProfileAlign.$(OBJEXT) ProfileStandard.$(OBJEXT) \
  73         ProfileWithSub.$(OBJEXT) ProfileBase.$(OBJEXT) \
  74         LowScoreSegProfile.$(OBJEXT) OutputFile.$(OBJEXT) \
  75         UserParameters.$(OBJEXT) Utility.$(OBJEXT) \
  76         InvalidCombination.$(OBJEXT) DebugLog.$(OBJEXT) \
  77         ClustalWResources.$(OBJEXT) VectorOutOfRange.$(OBJEXT) \
  78         SymMatrix.$(OBJEXT) Stats.$(OBJEXT) Help.$(OBJEXT) \
  79         Alignment.$(OBJEXT) AlignmentOutput.$(OBJEXT) \
  80         ObjectiveScore.$(OBJEXT) Sequence.$(OBJEXT) Clustal.$(OBJEXT) \
  81         main.$(OBJEXT)
  82 clustalw2_OBJECTS = $(am_clustalw2_OBJECTS)
  83 clustalw2_LDADD = $(LDADD)
  84 DEFAULT_INCLUDES = -I.@am__isrc@
  85 depcomp = $(SHELL) $(top_srcdir)/depcomp
  86 am__depfiles_maybe = depfiles
  87 am__mv = mv -f
  88 CXXCOMPILE = $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) \
  89         $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS)
  90 CXXLD = $(CXX)
  91 CXXLINK = $(CXXLD) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) $(AM_LDFLAGS) $(LDFLAGS) \
  92         -o $@
  93 COMPILE = $(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) \
  94         $(CPPFLAGS) $(AM_CFLAGS) $(CFLAGS)
  95 CCLD = $(CC)
  96 LINK = $(CCLD) $(AM_CFLAGS) $(CFLAGS) $(AM_LDFLAGS) $(LDFLAGS) -o $@
  97 SOURCES = $(clustalw2_SOURCES)
  98 DIST_SOURCES = $(clustalw2_SOURCES)
  99 RECURSIVE_TARGETS = all-recursive check-recursive dvi-recursive \
 100         html-recursive info-recursive install-data-recursive \
 101         install-dvi-recursive install-exec-recursive \
 102         install-html-recursive install-info-recursive \
 103         install-pdf-recursive install-ps-recursive install-recursive \
 104         installcheck-recursive installdirs-recursive pdf-recursive \
 105         ps-recursive uninstall-recursive
 106 RECURSIVE_CLEAN_TARGETS = mostlyclean-recursive clean-recursive \
 107   distclean-recursive maintainer-clean-recursive
 108 AM_RECURSIVE_TARGETS = $(RECURSIVE_TARGETS:-recursive=) \
 109         $(RECURSIVE_CLEAN_TARGETS:-recursive=) tags TAGS ctags CTAGS \
 110         distdir
 111 ETAGS = etags
 112 CTAGS = ctags
 113 DIST_SUBDIRS = $(SUBDIRS)
 114 DISTFILES = $(DIST_COMMON) $(DIST_SOURCES) $(TEXINFOS) $(EXTRA_DIST)
 115 am__relativize = \
 116   dir0=`pwd`; \
 117   sed_first='s,^\([^/]*\)/.*$$,\1,'; \
 118   sed_rest='s,^[^/]*/*,,'; \
 119   sed_last='s,^.*/\([^/]*\)$$,\1,'; \
 120   sed_butlast='s,/*[^/]*$$,,'; \
 121   while test -n "$$dir1"; do \
 122     first=`echo "$$dir1" | sed -e "$$sed_first"`; \
 123     if test "$$first" != "."; then \
 124       if test "$$first" = ".."; then \
 125         dir2=`echo "$$dir0" | sed -e "$$sed_last"`/"$$dir2"; \
 126         dir0=`echo "$$dir0" | sed -e "$$sed_butlast"`; \
 127       else \
 128         first2=`echo "$$dir2" | sed -e "$$sed_first"`; \
 129         if test "$$first2" = "$$first"; then \
 130           dir2=`echo "$$dir2" | sed -e "$$sed_rest"`; \
 131         else \
 132           dir2="../$$dir2"; \
 133         fi; \
 134         dir0="$$dir0"/"$$first"; \
 135       fi; \
 136     fi; \
 137     dir1=`echo "$$dir1" | sed -e "$$sed_rest"`; \
 138   done; \
 139   reldir="$$dir2"
 140 ACLOCAL = @ACLOCAL@
 141 AMTAR = @AMTAR@
 142 AUTOCONF = @AUTOCONF@
 143 AUTOHEADER = @AUTOHEADER@
 144 AUTOMAKE = @AUTOMAKE@
 145 AWK = @AWK@
 146 CC = @CC@
 147 CCDEPMODE = @CCDEPMODE@
 148 CFLAGS = @CFLAGS@
 149 CLUSTALW_NAME = @CLUSTALW_NAME@
 150 CLUSTALW_VERSION = @CLUSTALW_VERSION@
 151 CPPFLAGS = @CPPFLAGS@
 152 CXX = @CXX@
 153 CXXCPP = @CXXCPP@
 154 CXXDEPMODE = @CXXDEPMODE@
 155 CXXFLAGS = @CXXFLAGS@
 156 CYGPATH_W = @CYGPATH_W@
 157 DEFS = @DEFS@
 158 DEPDIR = @DEPDIR@
 159 ECHO_C = @ECHO_C@
 160 ECHO_N = @ECHO_N@
 161 ECHO_T = @ECHO_T@
 162 EGREP = @EGREP@
 163 EXEEXT = @EXEEXT@
 164 GREP = @GREP@
 165 INSTALL = @INSTALL@
 166 INSTALL_DATA = @INSTALL_DATA@
 167 INSTALL_PROGRAM = @INSTALL_PROGRAM@
 168 INSTALL_SCRIPT = @INSTALL_SCRIPT@
 169 INSTALL_STRIP_PROGRAM = @INSTALL_STRIP_PROGRAM@
 170 LDFLAGS = @LDFLAGS@
 171 LIBOBJS = @LIBOBJS@
 172 LIBS = @LIBS@
 173 LTLIBOBJS = @LTLIBOBJS@
 174 MAKEINFO = @MAKEINFO@
 175 MKDIR_P = @MKDIR_P@
 176 OBJEXT = @OBJEXT@
 177 PACKAGE = @PACKAGE@
 178 PACKAGE_BUGREPORT = @PACKAGE_BUGREPORT@
 179 PACKAGE_NAME = @PACKAGE_NAME@
 180 PACKAGE_STRING = @PACKAGE_STRING@
 181 PACKAGE_TARNAME = @PACKAGE_TARNAME@
 182 PACKAGE_URL = @PACKAGE_URL@
 183 PACKAGE_VERSION = @PACKAGE_VERSION@
 184 PATH_SEPARATOR = @PATH_SEPARATOR@
 185 RANLIB = @RANLIB@
 186 SET_MAKE = @SET_MAKE@
 187 SHELL = @SHELL@
 188 STRIP = @STRIP@
 189 VERSION = @VERSION@
 190 abs_builddir = @abs_builddir@
 191 abs_srcdir = @abs_srcdir@
 192 abs_top_builddir = @abs_top_builddir@
 193 abs_top_srcdir = @abs_top_srcdir@
 194 ac_ct_CC = @ac_ct_CC@
 195 ac_ct_CXX = @ac_ct_CXX@
 196 am__include = @am__include@
 197 am__leading_dot = @am__leading_dot@
 198 am__quote = @am__quote@
 199 am__tar = @am__tar@
 200 am__untar = @am__untar@
 201 bindir = @bindir@
 202 build = @build@
 203 build_alias = @build_alias@
 204 build_cpu = @build_cpu@
 205 build_os = @build_os@
 206 build_vendor = @build_vendor@
 207 builddir = @builddir@
 208 datadir = @datadir@
 209 datarootdir = @datarootdir@
 210 docdir = @docdir@
 211 dvidir = @dvidir@
 212 exec_prefix = @exec_prefix@
 213 host = @host@
 214 host_alias = @host_alias@
 215 host_cpu = @host_cpu@
 216 host_os = @host_os@
 217 host_vendor = @host_vendor@
 218 htmldir = @htmldir@
 219 includedir = @includedir@
 220 infodir = @infodir@
 221 install_sh = @install_sh@
 222 libdir = @libdir@
 223 libexecdir = @libexecdir@
 224 localedir = @localedir@
 225 localstatedir = @localstatedir@
 226 mandir = @mandir@
 227 mkdir_p = @mkdir_p@
 228 oldincludedir = @oldincludedir@
 229 pdfdir = @pdfdir@
 230 prefix = @prefix@
 231 program_transform_name = @program_transform_name@
 232 psdir = @psdir@
 233 sbindir = @sbindir@
 234 sharedstatedir = @sharedstatedir@
 235 srcdir = @srcdir@
 236 sysconfdir = @sysconfdir@
 237 target = @target@
 238 target_alias = @target_alias@
 239 target_cpu = @target_cpu@
 240 target_os = @target_os@
 241 target_vendor = @target_vendor@
 242 top_build_prefix = @top_build_prefix@
 243 top_builddir = @top_builddir@
 244 top_srcdir = @top_srcdir@
 245
 246 # we do not use GNU-style files: NEWS README AUTHORS ChangeLog
 247 AUTOMAKE_OPTIONS = foreign
 248 SUBDIRS =
 249 clustalw2_SOURCES = ./pairwise/PairwiseAlignBase.h \
 250  ./pairwise/FastPairwiseAlign.h \
 251  ./pairwise/FullPairwiseAlign.cpp \
 252  ./pairwise/FullPairwiseAlign.h \
 253  ./pairwise/FastPairwiseAlign.cpp \
 254  ./fileInput/FileParser.h \
 255  ./fileInput/EMBLFileParser.h \
 256  ./fileInput/MSFFileParser.cpp \
 257  ./fileInput/FileReader.cpp \
 258  ./fileInput/PIRFileParser.cpp \
 259  ./fileInput/MSFFileParser.h \
 260  ./fileInput/FileReader.h \
 261  ./fileInput/RSFFileParser.cpp \
 262  ./fileInput/PIRFileParser.h \
 263  ./fileInput/GDEFileParser.cpp \
 264  ./fileInput/RSFFileParser.h \
 265  ./fileInput/GDEFileParser.h \
 266  ./fileInput/InFileStream.cpp \
 267  ./fileInput/ClustalFileParser.cpp \
 268  ./fileInput/PearsonFileParser.cpp \
 269  ./fileInput/InFileStream.h \
 270  ./fileInput/ClustalFileParser.h \
 271  ./fileInput/PearsonFileParser.h \
 272  ./fileInput/FileParser.cpp \
 273  ./fileInput/EMBLFileParser.cpp \
 274  ./tree/UPGMA/RootedClusterTree.cpp \
 275  ./tree/UPGMA/RootedGuideTree.h \
 276  ./tree/UPGMA/UPGMAAlgorithm.cpp \
 277  ./tree/UPGMA/RootedTreeOutput.h \
 278  ./tree/UPGMA/RootedClusterTree.h \
 279  ./tree/UPGMA/Node.cpp \
 280  ./tree/UPGMA/UPGMAAlgorithm.h \
 281  ./tree/UPGMA/upgmadata.h \
 282  ./tree/UPGMA/Node.h \
 283  ./tree/UPGMA/RootedGuideTree.cpp \
 284  ./tree/UPGMA/RootedTreeOutput.cpp \
 285  ./tree/Tree.cpp \
 286  ./tree/ClusterTree.cpp \
 287  ./tree/AlignmentSteps.h \
 288  ./tree/Tree.h \
 289  ./tree/ClusterTree.h \
 290  ./tree/ClusterTreeAlgorithm.h \
 291  ./tree/TreeInterface.cpp \
 292  ./tree/UnRootedClusterTree.cpp \
 293  ./tree/ClusterTreeOutput.cpp \
 294  ./tree/TreeInterface.h \
 295  ./tree/dayhoff.h \
 296  ./tree/UnRootedClusterTree.h \
 297  ./tree/RandomGenerator.cpp \
 298  ./tree/NJTree.cpp \
 299  ./tree/ClusterTreeOutput.h \
 300  ./tree/RandomGenerator.h \
 301  ./tree/NJTree.h \
 302  ./tree/AlignmentSteps.cpp \
 303  ./interface/InteractiveMenu.cpp \
 304  ./interface/CommandLineParser.cpp \
 305  ./interface/InteractiveMenu.h \
 306  ./interface/CommandLineParser.h \
 307  ./substitutionMatrix/SubMatrix.cpp \
 308  ./substitutionMatrix/SubMatrix.h \
 309  ./substitutionMatrix/globalmatrix.h \
 310  ./substitutionMatrix/matrices.h \
 311  ./multipleAlign/Iteration.cpp \
 312  ./multipleAlign/MSA.cpp \
 313  ./multipleAlign/MyersMillerProfileAlign.cpp \
 314  ./multipleAlign/ProfileBase.h \
 315  ./multipleAlign/ProfileStandard.cpp \
 316  ./multipleAlign/LowScoreSegProfile.h \
 317  ./multipleAlign/Iteration.h \
 318  ./multipleAlign/MSA.h \
 319  ./multipleAlign/MyersMillerProfileAlign.h \
 320  ./multipleAlign/ProfileStandard.h \
 321  ./multipleAlign/ProfileWithSub.cpp \
 322  ./multipleAlign/ProfileAlignAlgorithm.h \
 323  ./multipleAlign/ProfileBase.cpp \
 324  ./multipleAlign/ProfileWithSub.h \
 325  ./multipleAlign/LowScoreSegProfile.cpp \
 326  ./general/ClustalWResources.h \
 327  ./general/OutputFile.cpp \
 328  ./general/VectorOutOfRange.h \
 329  ./general/UserParameters.cpp \
 330  ./general/SymMatrix.h \
 331  ./general/Utility.cpp \
 332  ./general/clustalw.h \
 333  ./general/OutputFile.h \
 334  ./general/param.h \
 335  ./general/utils.h \
 336  ./general/UserParameters.h \
 337  ./general/SquareMat.h \
 338  ./general/Utility.h \
 339  ./general/SequenceNotFoundException.h \
 340  ./general/InvalidCombination.cpp \
 341  ./general/Array2D.h \
 342  ./general/RandomAccessLList.h \
 343  ./general/general.h \
 344  ./general/debuglogObject.h \
 345  ./general/statsObject.h \
 346  ./general/userparams.h \
 347  ./general/DebugLog.cpp \
 348  ./general/ClustalWResources.cpp \
 349  ./general/VectorUtility.h \
 350  ./general/VectorOutOfRange.cpp \
 351  ./general/SymMatrix.cpp \
 352  ./general/DebugLog.h \
 353  ./general/Stats.cpp \
 354  ./general/Stats.h \
 355  ./Help.cpp \
 356  ./Help.h \
 357  ./alignment/Alignment.cpp \
 358  ./alignment/AlignmentOutput.cpp \
 359  ./alignment/Alignment.h \
 360  ./alignment/AlignmentOutput.h \
 361  ./alignment/ObjectiveScore.cpp \
 362  ./alignment/Sequence.cpp \
 363  ./alignment/ObjectiveScore.h \
 364  ./alignment/Sequence.h \
 365  ./Clustal.cpp \
 366  ./Clustal.h \
 367  ./clustalw_version.h \
 368  ./main.cpp
 369
 370 all: config.h
 371         $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) all-recursive
 372
 373 .SUFFIXES:
 374 .SUFFIXES: .cpp .o .obj
 375 $(srcdir)/Makefile.in:  $(srcdir)/Makefile.am  $(am__configure_deps)
 376         @for dep in $?; do \
 377           case '$(am__configure_deps)' in \
 378             *$$dep*) \
 379               ( cd $(top_builddir) && $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) am--refresh ) \
 380                 && { if test -f $@; then exit 0; else break; fi; }; \
 381               exit 1;; \
 382           esac; \
 383         done; \
 384         echo ' cd $(top_srcdir) && $(AUTOMAKE) --foreign src/Makefile'; \
 385         $(am__cd) $(top_srcdir) && \
 386           $(AUTOMAKE) --foreign src/Makefile
 387 .PRECIOUS: Makefile
 388 Makefile: $(srcdir)/Makefile.in $(top_builddir)/config.status
 389         @case '$?' in \
 390           *config.status*) \
 391             cd $(top_builddir) && $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) am--refresh;; \
 392           *) \
 393             echo ' cd $(top_builddir) && $(SHELL) ./config.status $(subdir)/$@ $(am__depfiles_maybe)'; \
 394             cd $(top_builddir) && $(SHELL) ./config.status $(subdir)/$@ $(am__depfiles_maybe);; \
 395         esac;
 396
 397 $(top_builddir)/config.status: $(top_srcdir)/configure $(CONFIG_STATUS_DEPENDENCIES)
 398         cd $(top_builddir) && $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) am--refresh
 399
 400 $(top_srcdir)/configure:  $(am__configure_deps)
 401         cd $(top_builddir) && $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) am--refresh
 402 $(ACLOCAL_M4):  $(am__aclocal_m4_deps)
 403         cd $(top_builddir) && $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) am--refresh
 404 $(am__aclocal_m4_deps):
 405
 406 config.h: stamp-h1
 407         @if test ! -f $@; then \
 408           rm -f stamp-h1; \
 409           $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) stamp-h1; \
 410         else :; fi
 411
 412 stamp-h1: $(srcdir)/config.h.in $(top_builddir)/config.status
 413         @rm -f stamp-h1
 414         cd $(top_builddir) && $(SHELL) ./config.status src/config.h
 415 $(srcdir)/config.h.in:  $(am__configure_deps)
 416         ($(am__cd) $(top_srcdir) && $(AUTOHEADER))
 417         rm -f stamp-h1
 418         touch $@
 419
 420 distclean-hdr:
 421         -rm -f config.h stamp-h1
 422 clustalw_version.h: $(top_builddir)/config.status $(srcdir)/clustalw_version.h.in
 423         cd $(top_builddir) && $(SHELL) ./config.status $(subdir)/$@
 424 install-binPROGRAMS: $(bin_PROGRAMS)
 425         @$(NORMAL_INSTALL)
 426         test -z "$(bindir)" || $(MKDIR_P) "$(DESTDIR)$(bindir)"
 427         @list='$(bin_PROGRAMS)'; test -n "$(bindir)" || list=; \
 428         for p in $$list; do echo "$$p $$p"; done | \
 429         sed 's/$(EXEEXT)$$//' | \
 430         while read p p1; do if test -f $$p; \
 431           then echo "$$p"; echo "$$p"; else :; fi; \
 432         done | \
 433         sed -e 'p;s,.*/,,;n;h' -e 's|.*|.|' \
 434             -e 'p;x;s,.*/,,;s/$(EXEEXT)$$//;$(transform);s/$$/$(EXEEXT)/' | \
 435         sed 'N;N;N;s,\n, ,g' | \
 436         $(AWK) 'BEGIN { files["."] = ""; dirs["."] = 1 } \
 437           { d=$$3; if (dirs[d] != 1) { print "d", d; dirs[d] = 1 } \
 438             if ($$2 == $$4) files[d] = files[d] " " $$1; \
 439             else { print "f", $$3 "/" $$4, $$1; } } \
 440           END { for (d in files) print "f", d, files[d] }' | \
 441         while read type dir files; do \
 442             if test "$$dir" = .; then dir=; else dir=/$$dir; fi; \
 443             test -z "$$files" || { \
 444               echo " $(INSTALL_PROGRAM_ENV) $(INSTALL_PROGRAM) $$files '$(DESTDIR)$(bindir)$$dir'"; \
 445               $(INSTALL_PROGRAM_ENV) $(INSTALL_PROGRAM) $$files "$(DESTDIR)$(bindir)$$dir" || exit $$?; \
 446             } \
 447         ; done
 448
 449 uninstall-binPROGRAMS:
 450         @$(NORMAL_UNINSTALL)
 451         @list='$(bin_PROGRAMS)'; test -n "$(bindir)" || list=; \
 452         files=`for p in $$list; do echo "$$p"; done | \
 453           sed -e 'h;s,^.*/,,;s/$(EXEEXT)$$//;$(transform)' \
 454               -e 's/$$/$(EXEEXT)/' `; \
 455         test -n "$$list" || exit 0; \
 456         echo " ( cd '$(DESTDIR)$(bindir)' && rm -f" $$files ")"; \
 457         cd "$(DESTDIR)$(bindir)" && rm -f $$files
 458
 459 clean-binPROGRAMS:
 460         -test -z "$(bin_PROGRAMS)" || rm -f $(bin_PROGRAMS)
 461 clustalw2$(EXEEXT): $(clustalw2_OBJECTS) $(clustalw2_DEPENDENCIES)
 462         @rm -f clustalw2$(EXEEXT)
 463         $(CXXLINK) $(clustalw2_OBJECTS) $(clustalw2_LDADD) $(LIBS)
 464
 465 mostlyclean-compile:
 466         -rm -f *.$(OBJEXT)
 467
 468 distclean-compile:
 469         -rm -f *.tab.c
 470
 471 @AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/Alignment.Po@am__quote@
 472 @AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/AlignmentOutput.Po@am__quote@
 473 @AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/AlignmentSteps.Po@am__quote@
 474 @AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/Clustal.Po@am__quote@
 475 @AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/ClustalFileParser.Po@am__quote@
 476 @AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/ClustalWResources.Po@am__quote@
 477 @AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/ClusterTree.Po@am__quote@
 478 @AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/ClusterTreeOutput.Po@am__quote@
 479 @AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/CommandLineParser.Po@am__quote@
 480 @AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/DebugLog.Po@am__quote@
 481 @AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/EMBLFileParser.Po@am__quote@
 482 @AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/FastPairwiseAlign.Po@am__quote@
 483 @AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/FileParser.Po@am__quote@
 484 @AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/FileReader.Po@am__quote@
 485 @AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/FullPairwiseAlign.Po@am__quote@
 486 @AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/GDEFileParser.Po@am__quote@
 487 @AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/Help.Po@am__quote@
 488 @AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/InFileStream.Po@am__quote@
 489 @AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/InteractiveMenu.Po@am__quote@
 490 @AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/InvalidCombination.Po@am__quote@
 491 @AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/Iteration.Po@am__quote@
 492 @AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/LowScoreSegProfile.Po@am__quote@
 493 @AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/MSA.Po@am__quote@
 494 @AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/MSFFileParser.Po@am__quote@
 495 @AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/MyersMillerProfileAlign.Po@am__quote@
 496 @AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/NJTree.Po@am__quote@
 497 @AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/Node.Po@am__quote@
 498 @AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/ObjectiveScore.Po@am__quote@
 499 @AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/OutputFile.Po@am__quote@
 500 @AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/PIRFileParser.Po@am__quote@
 501 @AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/PearsonFileParser.Po@am__quote@
 502 @AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/ProfileBase.Po@am__quote@
 503 @AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/ProfileStandard.Po@am__quote@
 504 @AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/ProfileWithSub.Po@am__quote@
 505 @AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/RSFFileParser.Po@am__quote@
 506 @AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/RandomGenerator.Po@am__quote@
 507 @AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/RootedClusterTree.Po@am__quote@
 508 @AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/RootedGuideTree.Po@am__quote@
 509 @AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/RootedTreeOutput.Po@am__quote@
 510 @AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/Sequence.Po@am__quote@
 511 @AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/Stats.Po@am__quote@
 512 @AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/SubMatrix.Po@am__quote@
 513 @AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/SymMatrix.Po@am__quote@
 514 @AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/Tree.Po@am__quote@
 515 @AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/TreeInterface.Po@am__quote@
 516 @AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/UPGMAAlgorithm.Po@am__quote@
 517 @AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/UnRootedClusterTree.Po@am__quote@
 518 @AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/UserParameters.Po@am__quote@
 519 @AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/Utility.Po@am__quote@
 520 @AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/VectorOutOfRange.Po@am__quote@
 521 @AMDEP_TRUE@@am__include@ @am__quote@./$(DEPDIR)/main.Po@am__quote@
 522
 523 .cpp.o:
 524 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(CXXCOMPILE) -MT $@ -MD -MP -MF $(DEPDIR)/$*.Tpo -c -o $@ $<
 525 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(am__mv) $(DEPDIR)/$*.Tpo $(DEPDIR)/$*.Po
 526 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      source='$<' object='$@' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
 527 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
 528 @am__fastdepCXX_FALSE@  $(CXXCOMPILE) -c -o $@ $<
 529
 530 .cpp.obj:
 531 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(CXXCOMPILE) -MT $@ -MD -MP -MF $(DEPDIR)/$*.Tpo -c -o $@ `$(CYGPATH_W) '$<'`
 532 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(am__mv) $(DEPDIR)/$*.Tpo $(DEPDIR)/$*.Po
 533 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      source='$<' object='$@' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
 534 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
 535 @am__fastdepCXX_FALSE@  $(CXXCOMPILE) -c -o $@ `$(CYGPATH_W) '$<'`
 536
 537 FullPairwiseAlign.o: ./pairwise/FullPairwiseAlign.cpp
 538 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT FullPairwiseAlign.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/FullPairwiseAlign.Tpo -c -o FullPairwiseAlign.o `test -f './pairwise/FullPairwiseAlign.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./pairwise/FullPairwiseAlign.cpp
 539 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(am__mv) $(DEPDIR)/FullPairwiseAlign.Tpo $(DEPDIR)/FullPairwiseAlign.Po
 540 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      source='./pairwise/FullPairwiseAlign.cpp' object='FullPairwiseAlign.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
 541 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
 542 @am__fastdepCXX_FALSE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o FullPairwiseAlign.o `test -f './pairwise/FullPairwiseAlign.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./pairwise/FullPairwiseAlign.cpp
 543
 544 FullPairwiseAlign.obj: ./pairwise/FullPairwiseAlign.cpp
 545 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT FullPairwiseAlign.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/FullPairwiseAlign.Tpo -c -o FullPairwiseAlign.obj `if test -f './pairwise/FullPairwiseAlign.cpp'; then $(CYGPATH_W) './pairwise/FullPairwiseAlign.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./pairwise/FullPairwiseAlign.cpp'; fi`
 546 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(am__mv) $(DEPDIR)/FullPairwiseAlign.Tpo $(DEPDIR)/FullPairwiseAlign.Po
 547 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      source='./pairwise/FullPairwiseAlign.cpp' object='FullPairwiseAlign.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
 548 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
 549 @am__fastdepCXX_FALSE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o FullPairwiseAlign.obj `if test -f './pairwise/FullPairwiseAlign.cpp'; then $(CYGPATH_W) './pairwise/FullPairwiseAlign.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./pairwise/FullPairwiseAlign.cpp'; fi`
 550
 551 FastPairwiseAlign.o: ./pairwise/FastPairwiseAlign.cpp
 552 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT FastPairwiseAlign.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/FastPairwiseAlign.Tpo -c -o FastPairwiseAlign.o `test -f './pairwise/FastPairwiseAlign.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./pairwise/FastPairwiseAlign.cpp
 553 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(am__mv) $(DEPDIR)/FastPairwiseAlign.Tpo $(DEPDIR)/FastPairwiseAlign.Po
 554 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      source='./pairwise/FastPairwiseAlign.cpp' object='FastPairwiseAlign.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
 555 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
 556 @am__fastdepCXX_FALSE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o FastPairwiseAlign.o `test -f './pairwise/FastPairwiseAlign.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./pairwise/FastPairwiseAlign.cpp
 557
 558 FastPairwiseAlign.obj: ./pairwise/FastPairwiseAlign.cpp
 559 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT FastPairwiseAlign.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/FastPairwiseAlign.Tpo -c -o FastPairwiseAlign.obj `if test -f './pairwise/FastPairwiseAlign.cpp'; then $(CYGPATH_W) './pairwise/FastPairwiseAlign.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./pairwise/FastPairwiseAlign.cpp'; fi`
 560 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(am__mv) $(DEPDIR)/FastPairwiseAlign.Tpo $(DEPDIR)/FastPairwiseAlign.Po
 561 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      source='./pairwise/FastPairwiseAlign.cpp' object='FastPairwiseAlign.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
 562 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
 563 @am__fastdepCXX_FALSE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o FastPairwiseAlign.obj `if test -f './pairwise/FastPairwiseAlign.cpp'; then $(CYGPATH_W) './pairwise/FastPairwiseAlign.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./pairwise/FastPairwiseAlign.cpp'; fi`
 564
 565 MSFFileParser.o: ./fileInput/MSFFileParser.cpp
 566 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT MSFFileParser.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/MSFFileParser.Tpo -c -o MSFFileParser.o `test -f './fileInput/MSFFileParser.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./fileInput/MSFFileParser.cpp
 567 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(am__mv) $(DEPDIR)/MSFFileParser.Tpo $(DEPDIR)/MSFFileParser.Po
 568 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      source='./fileInput/MSFFileParser.cpp' object='MSFFileParser.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
 569 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
 570 @am__fastdepCXX_FALSE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o MSFFileParser.o `test -f './fileInput/MSFFileParser.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./fileInput/MSFFileParser.cpp
 571
 572 MSFFileParser.obj: ./fileInput/MSFFileParser.cpp
 573 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT MSFFileParser.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/MSFFileParser.Tpo -c -o MSFFileParser.obj `if test -f './fileInput/MSFFileParser.cpp'; then $(CYGPATH_W) './fileInput/MSFFileParser.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./fileInput/MSFFileParser.cpp'; fi`
 574 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(am__mv) $(DEPDIR)/MSFFileParser.Tpo $(DEPDIR)/MSFFileParser.Po
 575 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      source='./fileInput/MSFFileParser.cpp' object='MSFFileParser.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
 576 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
 577 @am__fastdepCXX_FALSE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o MSFFileParser.obj `if test -f './fileInput/MSFFileParser.cpp'; then $(CYGPATH_W) './fileInput/MSFFileParser.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./fileInput/MSFFileParser.cpp'; fi`
 578
 579 FileReader.o: ./fileInput/FileReader.cpp
 580 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT FileReader.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/FileReader.Tpo -c -o FileReader.o `test -f './fileInput/FileReader.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./fileInput/FileReader.cpp
 581 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(am__mv) $(DEPDIR)/FileReader.Tpo $(DEPDIR)/FileReader.Po
 582 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      source='./fileInput/FileReader.cpp' object='FileReader.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
 583 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
 584 @am__fastdepCXX_FALSE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o FileReader.o `test -f './fileInput/FileReader.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./fileInput/FileReader.cpp
 585
 586 FileReader.obj: ./fileInput/FileReader.cpp
 587 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT FileReader.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/FileReader.Tpo -c -o FileReader.obj `if test -f './fileInput/FileReader.cpp'; then $(CYGPATH_W) './fileInput/FileReader.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./fileInput/FileReader.cpp'; fi`
 588 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(am__mv) $(DEPDIR)/FileReader.Tpo $(DEPDIR)/FileReader.Po
 589 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      source='./fileInput/FileReader.cpp' object='FileReader.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
 590 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
 591 @am__fastdepCXX_FALSE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o FileReader.obj `if test -f './fileInput/FileReader.cpp'; then $(CYGPATH_W) './fileInput/FileReader.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./fileInput/FileReader.cpp'; fi`
 592
 593 PIRFileParser.o: ./fileInput/PIRFileParser.cpp
 594 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT PIRFileParser.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/PIRFileParser.Tpo -c -o PIRFileParser.o `test -f './fileInput/PIRFileParser.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./fileInput/PIRFileParser.cpp
 595 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(am__mv) $(DEPDIR)/PIRFileParser.Tpo $(DEPDIR)/PIRFileParser.Po
 596 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      source='./fileInput/PIRFileParser.cpp' object='PIRFileParser.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
 597 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
 598 @am__fastdepCXX_FALSE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o PIRFileParser.o `test -f './fileInput/PIRFileParser.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./fileInput/PIRFileParser.cpp
 599
 600 PIRFileParser.obj: ./fileInput/PIRFileParser.cpp
 601 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT PIRFileParser.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/PIRFileParser.Tpo -c -o PIRFileParser.obj `if test -f './fileInput/PIRFileParser.cpp'; then $(CYGPATH_W) './fileInput/PIRFileParser.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./fileInput/PIRFileParser.cpp'; fi`
 602 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(am__mv) $(DEPDIR)/PIRFileParser.Tpo $(DEPDIR)/PIRFileParser.Po
 603 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      source='./fileInput/PIRFileParser.cpp' object='PIRFileParser.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
 604 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
 605 @am__fastdepCXX_FALSE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o PIRFileParser.obj `if test -f './fileInput/PIRFileParser.cpp'; then $(CYGPATH_W) './fileInput/PIRFileParser.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./fileInput/PIRFileParser.cpp'; fi`
 606
 607 RSFFileParser.o: ./fileInput/RSFFileParser.cpp
 608 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT RSFFileParser.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/RSFFileParser.Tpo -c -o RSFFileParser.o `test -f './fileInput/RSFFileParser.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./fileInput/RSFFileParser.cpp
 609 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(am__mv) $(DEPDIR)/RSFFileParser.Tpo $(DEPDIR)/RSFFileParser.Po
 610 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      source='./fileInput/RSFFileParser.cpp' object='RSFFileParser.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
 611 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
 612 @am__fastdepCXX_FALSE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o RSFFileParser.o `test -f './fileInput/RSFFileParser.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./fileInput/RSFFileParser.cpp
 613
 614 RSFFileParser.obj: ./fileInput/RSFFileParser.cpp
 615 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT RSFFileParser.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/RSFFileParser.Tpo -c -o RSFFileParser.obj `if test -f './fileInput/RSFFileParser.cpp'; then $(CYGPATH_W) './fileInput/RSFFileParser.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./fileInput/RSFFileParser.cpp'; fi`
 616 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(am__mv) $(DEPDIR)/RSFFileParser.Tpo $(DEPDIR)/RSFFileParser.Po
 617 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      source='./fileInput/RSFFileParser.cpp' object='RSFFileParser.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
 618 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
 619 @am__fastdepCXX_FALSE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o RSFFileParser.obj `if test -f './fileInput/RSFFileParser.cpp'; then $(CYGPATH_W) './fileInput/RSFFileParser.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./fileInput/RSFFileParser.cpp'; fi`
 620
 621 GDEFileParser.o: ./fileInput/GDEFileParser.cpp
 622 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT GDEFileParser.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/GDEFileParser.Tpo -c -o GDEFileParser.o `test -f './fileInput/GDEFileParser.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./fileInput/GDEFileParser.cpp
 623 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(am__mv) $(DEPDIR)/GDEFileParser.Tpo $(DEPDIR)/GDEFileParser.Po
 624 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      source='./fileInput/GDEFileParser.cpp' object='GDEFileParser.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
 625 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
 626 @am__fastdepCXX_FALSE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o GDEFileParser.o `test -f './fileInput/GDEFileParser.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./fileInput/GDEFileParser.cpp
 627
 628 GDEFileParser.obj: ./fileInput/GDEFileParser.cpp
 629 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT GDEFileParser.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/GDEFileParser.Tpo -c -o GDEFileParser.obj `if test -f './fileInput/GDEFileParser.cpp'; then $(CYGPATH_W) './fileInput/GDEFileParser.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./fileInput/GDEFileParser.cpp'; fi`
 630 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(am__mv) $(DEPDIR)/GDEFileParser.Tpo $(DEPDIR)/GDEFileParser.Po
 631 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      source='./fileInput/GDEFileParser.cpp' object='GDEFileParser.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
 632 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
 633 @am__fastdepCXX_FALSE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o GDEFileParser.obj `if test -f './fileInput/GDEFileParser.cpp'; then $(CYGPATH_W) './fileInput/GDEFileParser.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./fileInput/GDEFileParser.cpp'; fi`
 634
 635 InFileStream.o: ./fileInput/InFileStream.cpp
 636 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT InFileStream.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/InFileStream.Tpo -c -o InFileStream.o `test -f './fileInput/InFileStream.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./fileInput/InFileStream.cpp
 637 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(am__mv) $(DEPDIR)/InFileStream.Tpo $(DEPDIR)/InFileStream.Po
 638 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      source='./fileInput/InFileStream.cpp' object='InFileStream.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
 639 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
 640 @am__fastdepCXX_FALSE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o InFileStream.o `test -f './fileInput/InFileStream.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./fileInput/InFileStream.cpp
 641
 642 InFileStream.obj: ./fileInput/InFileStream.cpp
 643 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT InFileStream.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/InFileStream.Tpo -c -o InFileStream.obj `if test -f './fileInput/InFileStream.cpp'; then $(CYGPATH_W) './fileInput/InFileStream.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./fileInput/InFileStream.cpp'; fi`
 644 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(am__mv) $(DEPDIR)/InFileStream.Tpo $(DEPDIR)/InFileStream.Po
 645 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      source='./fileInput/InFileStream.cpp' object='InFileStream.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
 646 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
 647 @am__fastdepCXX_FALSE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o InFileStream.obj `if test -f './fileInput/InFileStream.cpp'; then $(CYGPATH_W) './fileInput/InFileStream.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./fileInput/InFileStream.cpp'; fi`
 648
 649 ClustalFileParser.o: ./fileInput/ClustalFileParser.cpp
 650 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT ClustalFileParser.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/ClustalFileParser.Tpo -c -o ClustalFileParser.o `test -f './fileInput/ClustalFileParser.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./fileInput/ClustalFileParser.cpp
 651 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(am__mv) $(DEPDIR)/ClustalFileParser.Tpo $(DEPDIR)/ClustalFileParser.Po
 652 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      source='./fileInput/ClustalFileParser.cpp' object='ClustalFileParser.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
 653 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
 654 @am__fastdepCXX_FALSE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o ClustalFileParser.o `test -f './fileInput/ClustalFileParser.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./fileInput/ClustalFileParser.cpp
 655
 656 ClustalFileParser.obj: ./fileInput/ClustalFileParser.cpp
 657 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT ClustalFileParser.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/ClustalFileParser.Tpo -c -o ClustalFileParser.obj `if test -f './fileInput/ClustalFileParser.cpp'; then $(CYGPATH_W) './fileInput/ClustalFileParser.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./fileInput/ClustalFileParser.cpp'; fi`
 658 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(am__mv) $(DEPDIR)/ClustalFileParser.Tpo $(DEPDIR)/ClustalFileParser.Po
 659 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      source='./fileInput/ClustalFileParser.cpp' object='ClustalFileParser.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
 660 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
 661 @am__fastdepCXX_FALSE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o ClustalFileParser.obj `if test -f './fileInput/ClustalFileParser.cpp'; then $(CYGPATH_W) './fileInput/ClustalFileParser.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./fileInput/ClustalFileParser.cpp'; fi`
 662
 663 PearsonFileParser.o: ./fileInput/PearsonFileParser.cpp
 664 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT PearsonFileParser.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/PearsonFileParser.Tpo -c -o PearsonFileParser.o `test -f './fileInput/PearsonFileParser.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./fileInput/PearsonFileParser.cpp
 665 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(am__mv) $(DEPDIR)/PearsonFileParser.Tpo $(DEPDIR)/PearsonFileParser.Po
 666 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      source='./fileInput/PearsonFileParser.cpp' object='PearsonFileParser.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
 667 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
 668 @am__fastdepCXX_FALSE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o PearsonFileParser.o `test -f './fileInput/PearsonFileParser.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./fileInput/PearsonFileParser.cpp
 669
 670 PearsonFileParser.obj: ./fileInput/PearsonFileParser.cpp
 671 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT PearsonFileParser.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/PearsonFileParser.Tpo -c -o PearsonFileParser.obj `if test -f './fileInput/PearsonFileParser.cpp'; then $(CYGPATH_W) './fileInput/PearsonFileParser.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./fileInput/PearsonFileParser.cpp'; fi`
 672 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(am__mv) $(DEPDIR)/PearsonFileParser.Tpo $(DEPDIR)/PearsonFileParser.Po
 673 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      source='./fileInput/PearsonFileParser.cpp' object='PearsonFileParser.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
 674 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
 675 @am__fastdepCXX_FALSE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o PearsonFileParser.obj `if test -f './fileInput/PearsonFileParser.cpp'; then $(CYGPATH_W) './fileInput/PearsonFileParser.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./fileInput/PearsonFileParser.cpp'; fi`
 676
 677 FileParser.o: ./fileInput/FileParser.cpp
 678 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT FileParser.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/FileParser.Tpo -c -o FileParser.o `test -f './fileInput/FileParser.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./fileInput/FileParser.cpp
 679 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(am__mv) $(DEPDIR)/FileParser.Tpo $(DEPDIR)/FileParser.Po
 680 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      source='./fileInput/FileParser.cpp' object='FileParser.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
 681 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
 682 @am__fastdepCXX_FALSE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o FileParser.o `test -f './fileInput/FileParser.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./fileInput/FileParser.cpp
 683
 684 FileParser.obj: ./fileInput/FileParser.cpp
 685 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT FileParser.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/FileParser.Tpo -c -o FileParser.obj `if test -f './fileInput/FileParser.cpp'; then $(CYGPATH_W) './fileInput/FileParser.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./fileInput/FileParser.cpp'; fi`
 686 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(am__mv) $(DEPDIR)/FileParser.Tpo $(DEPDIR)/FileParser.Po
 687 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      source='./fileInput/FileParser.cpp' object='FileParser.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
 688 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
 689 @am__fastdepCXX_FALSE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o FileParser.obj `if test -f './fileInput/FileParser.cpp'; then $(CYGPATH_W) './fileInput/FileParser.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./fileInput/FileParser.cpp'; fi`
 690
 691 EMBLFileParser.o: ./fileInput/EMBLFileParser.cpp
 692 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT EMBLFileParser.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/EMBLFileParser.Tpo -c -o EMBLFileParser.o `test -f './fileInput/EMBLFileParser.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./fileInput/EMBLFileParser.cpp
 693 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(am__mv) $(DEPDIR)/EMBLFileParser.Tpo $(DEPDIR)/EMBLFileParser.Po
 694 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      source='./fileInput/EMBLFileParser.cpp' object='EMBLFileParser.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
 695 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
 696 @am__fastdepCXX_FALSE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o EMBLFileParser.o `test -f './fileInput/EMBLFileParser.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./fileInput/EMBLFileParser.cpp
 697
 698 EMBLFileParser.obj: ./fileInput/EMBLFileParser.cpp
 699 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT EMBLFileParser.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/EMBLFileParser.Tpo -c -o EMBLFileParser.obj `if test -f './fileInput/EMBLFileParser.cpp'; then $(CYGPATH_W) './fileInput/EMBLFileParser.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./fileInput/EMBLFileParser.cpp'; fi`
 700 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(am__mv) $(DEPDIR)/EMBLFileParser.Tpo $(DEPDIR)/EMBLFileParser.Po
 701 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      source='./fileInput/EMBLFileParser.cpp' object='EMBLFileParser.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
 702 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
 703 @am__fastdepCXX_FALSE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o EMBLFileParser.obj `if test -f './fileInput/EMBLFileParser.cpp'; then $(CYGPATH_W) './fileInput/EMBLFileParser.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./fileInput/EMBLFileParser.cpp'; fi`
 704
 705 RootedClusterTree.o: ./tree/UPGMA/RootedClusterTree.cpp
 706 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT RootedClusterTree.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/RootedClusterTree.Tpo -c -o RootedClusterTree.o `test -f './tree/UPGMA/RootedClusterTree.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./tree/UPGMA/RootedClusterTree.cpp
 707 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(am__mv) $(DEPDIR)/RootedClusterTree.Tpo $(DEPDIR)/RootedClusterTree.Po
 708 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      source='./tree/UPGMA/RootedClusterTree.cpp' object='RootedClusterTree.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
 709 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
 710 @am__fastdepCXX_FALSE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o RootedClusterTree.o `test -f './tree/UPGMA/RootedClusterTree.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./tree/UPGMA/RootedClusterTree.cpp
 711
 712 RootedClusterTree.obj: ./tree/UPGMA/RootedClusterTree.cpp
 713 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT RootedClusterTree.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/RootedClusterTree.Tpo -c -o RootedClusterTree.obj `if test -f './tree/UPGMA/RootedClusterTree.cpp'; then $(CYGPATH_W) './tree/UPGMA/RootedClusterTree.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./tree/UPGMA/RootedClusterTree.cpp'; fi`
 714 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(am__mv) $(DEPDIR)/RootedClusterTree.Tpo $(DEPDIR)/RootedClusterTree.Po
 715 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      source='./tree/UPGMA/RootedClusterTree.cpp' object='RootedClusterTree.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
 716 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
 717 @am__fastdepCXX_FALSE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o RootedClusterTree.obj `if test -f './tree/UPGMA/RootedClusterTree.cpp'; then $(CYGPATH_W) './tree/UPGMA/RootedClusterTree.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./tree/UPGMA/RootedClusterTree.cpp'; fi`
 718
 719 UPGMAAlgorithm.o: ./tree/UPGMA/UPGMAAlgorithm.cpp
 720 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT UPGMAAlgorithm.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/UPGMAAlgorithm.Tpo -c -o UPGMAAlgorithm.o `test -f './tree/UPGMA/UPGMAAlgorithm.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./tree/UPGMA/UPGMAAlgorithm.cpp
 721 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(am__mv) $(DEPDIR)/UPGMAAlgorithm.Tpo $(DEPDIR)/UPGMAAlgorithm.Po
 722 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      source='./tree/UPGMA/UPGMAAlgorithm.cpp' object='UPGMAAlgorithm.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
 723 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
 724 @am__fastdepCXX_FALSE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o UPGMAAlgorithm.o `test -f './tree/UPGMA/UPGMAAlgorithm.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./tree/UPGMA/UPGMAAlgorithm.cpp
 725
 726 UPGMAAlgorithm.obj: ./tree/UPGMA/UPGMAAlgorithm.cpp
 727 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT UPGMAAlgorithm.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/UPGMAAlgorithm.Tpo -c -o UPGMAAlgorithm.obj `if test -f './tree/UPGMA/UPGMAAlgorithm.cpp'; then $(CYGPATH_W) './tree/UPGMA/UPGMAAlgorithm.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./tree/UPGMA/UPGMAAlgorithm.cpp'; fi`
 728 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(am__mv) $(DEPDIR)/UPGMAAlgorithm.Tpo $(DEPDIR)/UPGMAAlgorithm.Po
 729 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      source='./tree/UPGMA/UPGMAAlgorithm.cpp' object='UPGMAAlgorithm.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
 730 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
 731 @am__fastdepCXX_FALSE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o UPGMAAlgorithm.obj `if test -f './tree/UPGMA/UPGMAAlgorithm.cpp'; then $(CYGPATH_W) './tree/UPGMA/UPGMAAlgorithm.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./tree/UPGMA/UPGMAAlgorithm.cpp'; fi`
 732
 733 Node.o: ./tree/UPGMA/Node.cpp
 734 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT Node.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/Node.Tpo -c -o Node.o `test -f './tree/UPGMA/Node.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./tree/UPGMA/Node.cpp
 735 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(am__mv) $(DEPDIR)/Node.Tpo $(DEPDIR)/Node.Po
 736 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      source='./tree/UPGMA/Node.cpp' object='Node.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
 737 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
 738 @am__fastdepCXX_FALSE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o Node.o `test -f './tree/UPGMA/Node.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./tree/UPGMA/Node.cpp
 739
 740 Node.obj: ./tree/UPGMA/Node.cpp
 741 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT Node.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/Node.Tpo -c -o Node.obj `if test -f './tree/UPGMA/Node.cpp'; then $(CYGPATH_W) './tree/UPGMA/Node.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./tree/UPGMA/Node.cpp'; fi`
 742 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(am__mv) $(DEPDIR)/Node.Tpo $(DEPDIR)/Node.Po
 743 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      source='./tree/UPGMA/Node.cpp' object='Node.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
 744 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
 745 @am__fastdepCXX_FALSE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o Node.obj `if test -f './tree/UPGMA/Node.cpp'; then $(CYGPATH_W) './tree/UPGMA/Node.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./tree/UPGMA/Node.cpp'; fi`
 746
 747 RootedGuideTree.o: ./tree/UPGMA/RootedGuideTree.cpp
 748 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT RootedGuideTree.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/RootedGuideTree.Tpo -c -o RootedGuideTree.o `test -f './tree/UPGMA/RootedGuideTree.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./tree/UPGMA/RootedGuideTree.cpp
 749 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(am__mv) $(DEPDIR)/RootedGuideTree.Tpo $(DEPDIR)/RootedGuideTree.Po
 750 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      source='./tree/UPGMA/RootedGuideTree.cpp' object='RootedGuideTree.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
 751 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
 752 @am__fastdepCXX_FALSE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o RootedGuideTree.o `test -f './tree/UPGMA/RootedGuideTree.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./tree/UPGMA/RootedGuideTree.cpp
 753
 754 RootedGuideTree.obj: ./tree/UPGMA/RootedGuideTree.cpp
 755 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT RootedGuideTree.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/RootedGuideTree.Tpo -c -o RootedGuideTree.obj `if test -f './tree/UPGMA/RootedGuideTree.cpp'; then $(CYGPATH_W) './tree/UPGMA/RootedGuideTree.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./tree/UPGMA/RootedGuideTree.cpp'; fi`
 756 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(am__mv) $(DEPDIR)/RootedGuideTree.Tpo $(DEPDIR)/RootedGuideTree.Po
 757 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      source='./tree/UPGMA/RootedGuideTree.cpp' object='RootedGuideTree.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
 758 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
 759 @am__fastdepCXX_FALSE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o RootedGuideTree.obj `if test -f './tree/UPGMA/RootedGuideTree.cpp'; then $(CYGPATH_W) './tree/UPGMA/RootedGuideTree.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./tree/UPGMA/RootedGuideTree.cpp'; fi`
 760
 761 RootedTreeOutput.o: ./tree/UPGMA/RootedTreeOutput.cpp
 762 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT RootedTreeOutput.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/RootedTreeOutput.Tpo -c -o RootedTreeOutput.o `test -f './tree/UPGMA/RootedTreeOutput.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./tree/UPGMA/RootedTreeOutput.cpp
 763 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(am__mv) $(DEPDIR)/RootedTreeOutput.Tpo $(DEPDIR)/RootedTreeOutput.Po
 764 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      source='./tree/UPGMA/RootedTreeOutput.cpp' object='RootedTreeOutput.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
 765 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
 766 @am__fastdepCXX_FALSE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o RootedTreeOutput.o `test -f './tree/UPGMA/RootedTreeOutput.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./tree/UPGMA/RootedTreeOutput.cpp
 767
 768 RootedTreeOutput.obj: ./tree/UPGMA/RootedTreeOutput.cpp
 769 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT RootedTreeOutput.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/RootedTreeOutput.Tpo -c -o RootedTreeOutput.obj `if test -f './tree/UPGMA/RootedTreeOutput.cpp'; then $(CYGPATH_W) './tree/UPGMA/RootedTreeOutput.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./tree/UPGMA/RootedTreeOutput.cpp'; fi`
 770 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(am__mv) $(DEPDIR)/RootedTreeOutput.Tpo $(DEPDIR)/RootedTreeOutput.Po
 771 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      source='./tree/UPGMA/RootedTreeOutput.cpp' object='RootedTreeOutput.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
 772 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
 773 @am__fastdepCXX_FALSE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o RootedTreeOutput.obj `if test -f './tree/UPGMA/RootedTreeOutput.cpp'; then $(CYGPATH_W) './tree/UPGMA/RootedTreeOutput.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./tree/UPGMA/RootedTreeOutput.cpp'; fi`
 774
 775 Tree.o: ./tree/Tree.cpp
 776 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT Tree.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/Tree.Tpo -c -o Tree.o `test -f './tree/Tree.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./tree/Tree.cpp
 777 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(am__mv) $(DEPDIR)/Tree.Tpo $(DEPDIR)/Tree.Po
 778 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      source='./tree/Tree.cpp' object='Tree.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
 779 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
 780 @am__fastdepCXX_FALSE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o Tree.o `test -f './tree/Tree.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./tree/Tree.cpp
 781
 782 Tree.obj: ./tree/Tree.cpp
 783 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT Tree.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/Tree.Tpo -c -o Tree.obj `if test -f './tree/Tree.cpp'; then $(CYGPATH_W) './tree/Tree.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./tree/Tree.cpp'; fi`
 784 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(am__mv) $(DEPDIR)/Tree.Tpo $(DEPDIR)/Tree.Po
 785 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      source='./tree/Tree.cpp' object='Tree.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
 786 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
 787 @am__fastdepCXX_FALSE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o Tree.obj `if test -f './tree/Tree.cpp'; then $(CYGPATH_W) './tree/Tree.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./tree/Tree.cpp'; fi`
 788
 789 ClusterTree.o: ./tree/ClusterTree.cpp
 790 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT ClusterTree.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/ClusterTree.Tpo -c -o ClusterTree.o `test -f './tree/ClusterTree.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./tree/ClusterTree.cpp
 791 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(am__mv) $(DEPDIR)/ClusterTree.Tpo $(DEPDIR)/ClusterTree.Po
 792 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      source='./tree/ClusterTree.cpp' object='ClusterTree.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
 793 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
 794 @am__fastdepCXX_FALSE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o ClusterTree.o `test -f './tree/ClusterTree.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./tree/ClusterTree.cpp
 795
 796 ClusterTree.obj: ./tree/ClusterTree.cpp
 797 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT ClusterTree.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/ClusterTree.Tpo -c -o ClusterTree.obj `if test -f './tree/ClusterTree.cpp'; then $(CYGPATH_W) './tree/ClusterTree.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./tree/ClusterTree.cpp'; fi`
 798 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(am__mv) $(DEPDIR)/ClusterTree.Tpo $(DEPDIR)/ClusterTree.Po
 799 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      source='./tree/ClusterTree.cpp' object='ClusterTree.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
 800 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
 801 @am__fastdepCXX_FALSE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o ClusterTree.obj `if test -f './tree/ClusterTree.cpp'; then $(CYGPATH_W) './tree/ClusterTree.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./tree/ClusterTree.cpp'; fi`
 802
 803 TreeInterface.o: ./tree/TreeInterface.cpp
 804 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT TreeInterface.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/TreeInterface.Tpo -c -o TreeInterface.o `test -f './tree/TreeInterface.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./tree/TreeInterface.cpp
 805 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(am__mv) $(DEPDIR)/TreeInterface.Tpo $(DEPDIR)/TreeInterface.Po
 806 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      source='./tree/TreeInterface.cpp' object='TreeInterface.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
 807 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
 808 @am__fastdepCXX_FALSE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o TreeInterface.o `test -f './tree/TreeInterface.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./tree/TreeInterface.cpp
 809
 810 TreeInterface.obj: ./tree/TreeInterface.cpp
 811 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT TreeInterface.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/TreeInterface.Tpo -c -o TreeInterface.obj `if test -f './tree/TreeInterface.cpp'; then $(CYGPATH_W) './tree/TreeInterface.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./tree/TreeInterface.cpp'; fi`
 812 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(am__mv) $(DEPDIR)/TreeInterface.Tpo $(DEPDIR)/TreeInterface.Po
 813 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      source='./tree/TreeInterface.cpp' object='TreeInterface.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
 814 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
 815 @am__fastdepCXX_FALSE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o TreeInterface.obj `if test -f './tree/TreeInterface.cpp'; then $(CYGPATH_W) './tree/TreeInterface.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./tree/TreeInterface.cpp'; fi`
 816
 817 UnRootedClusterTree.o: ./tree/UnRootedClusterTree.cpp
 818 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT UnRootedClusterTree.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/UnRootedClusterTree.Tpo -c -o UnRootedClusterTree.o `test -f './tree/UnRootedClusterTree.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./tree/UnRootedClusterTree.cpp
 819 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(am__mv) $(DEPDIR)/UnRootedClusterTree.Tpo $(DEPDIR)/UnRootedClusterTree.Po
 820 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      source='./tree/UnRootedClusterTree.cpp' object='UnRootedClusterTree.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
 821 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
 822 @am__fastdepCXX_FALSE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o UnRootedClusterTree.o `test -f './tree/UnRootedClusterTree.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./tree/UnRootedClusterTree.cpp
 823
 824 UnRootedClusterTree.obj: ./tree/UnRootedClusterTree.cpp
 825 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT UnRootedClusterTree.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/UnRootedClusterTree.Tpo -c -o UnRootedClusterTree.obj `if test -f './tree/UnRootedClusterTree.cpp'; then $(CYGPATH_W) './tree/UnRootedClusterTree.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./tree/UnRootedClusterTree.cpp'; fi`
 826 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(am__mv) $(DEPDIR)/UnRootedClusterTree.Tpo $(DEPDIR)/UnRootedClusterTree.Po
 827 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      source='./tree/UnRootedClusterTree.cpp' object='UnRootedClusterTree.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
 828 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
 829 @am__fastdepCXX_FALSE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o UnRootedClusterTree.obj `if test -f './tree/UnRootedClusterTree.cpp'; then $(CYGPATH_W) './tree/UnRootedClusterTree.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./tree/UnRootedClusterTree.cpp'; fi`
 830
 831 ClusterTreeOutput.o: ./tree/ClusterTreeOutput.cpp
 832 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT ClusterTreeOutput.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/ClusterTreeOutput.Tpo -c -o ClusterTreeOutput.o `test -f './tree/ClusterTreeOutput.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./tree/ClusterTreeOutput.cpp
 833 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(am__mv) $(DEPDIR)/ClusterTreeOutput.Tpo $(DEPDIR)/ClusterTreeOutput.Po
 834 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      source='./tree/ClusterTreeOutput.cpp' object='ClusterTreeOutput.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
 835 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
 836 @am__fastdepCXX_FALSE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o ClusterTreeOutput.o `test -f './tree/ClusterTreeOutput.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./tree/ClusterTreeOutput.cpp
 837
 838 ClusterTreeOutput.obj: ./tree/ClusterTreeOutput.cpp
 839 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT ClusterTreeOutput.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/ClusterTreeOutput.Tpo -c -o ClusterTreeOutput.obj `if test -f './tree/ClusterTreeOutput.cpp'; then $(CYGPATH_W) './tree/ClusterTreeOutput.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./tree/ClusterTreeOutput.cpp'; fi`
 840 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(am__mv) $(DEPDIR)/ClusterTreeOutput.Tpo $(DEPDIR)/ClusterTreeOutput.Po
 841 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      source='./tree/ClusterTreeOutput.cpp' object='ClusterTreeOutput.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
 842 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
 843 @am__fastdepCXX_FALSE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o ClusterTreeOutput.obj `if test -f './tree/ClusterTreeOutput.cpp'; then $(CYGPATH_W) './tree/ClusterTreeOutput.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./tree/ClusterTreeOutput.cpp'; fi`
 844
 845 RandomGenerator.o: ./tree/RandomGenerator.cpp
 846 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT RandomGenerator.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/RandomGenerator.Tpo -c -o RandomGenerator.o `test -f './tree/RandomGenerator.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./tree/RandomGenerator.cpp
 847 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(am__mv) $(DEPDIR)/RandomGenerator.Tpo $(DEPDIR)/RandomGenerator.Po
 848 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      source='./tree/RandomGenerator.cpp' object='RandomGenerator.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
 849 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
 850 @am__fastdepCXX_FALSE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o RandomGenerator.o `test -f './tree/RandomGenerator.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./tree/RandomGenerator.cpp
 851
 852 RandomGenerator.obj: ./tree/RandomGenerator.cpp
 853 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT RandomGenerator.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/RandomGenerator.Tpo -c -o RandomGenerator.obj `if test -f './tree/RandomGenerator.cpp'; then $(CYGPATH_W) './tree/RandomGenerator.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./tree/RandomGenerator.cpp'; fi`
 854 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(am__mv) $(DEPDIR)/RandomGenerator.Tpo $(DEPDIR)/RandomGenerator.Po
 855 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      source='./tree/RandomGenerator.cpp' object='RandomGenerator.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
 856 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
 857 @am__fastdepCXX_FALSE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o RandomGenerator.obj `if test -f './tree/RandomGenerator.cpp'; then $(CYGPATH_W) './tree/RandomGenerator.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./tree/RandomGenerator.cpp'; fi`
 858
 859 NJTree.o: ./tree/NJTree.cpp
 860 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT NJTree.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/NJTree.Tpo -c -o NJTree.o `test -f './tree/NJTree.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./tree/NJTree.cpp
 861 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(am__mv) $(DEPDIR)/NJTree.Tpo $(DEPDIR)/NJTree.Po
 862 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      source='./tree/NJTree.cpp' object='NJTree.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
 863 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
 864 @am__fastdepCXX_FALSE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o NJTree.o `test -f './tree/NJTree.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./tree/NJTree.cpp
 865
 866 NJTree.obj: ./tree/NJTree.cpp
 867 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT NJTree.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/NJTree.Tpo -c -o NJTree.obj `if test -f './tree/NJTree.cpp'; then $(CYGPATH_W) './tree/NJTree.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./tree/NJTree.cpp'; fi`
 868 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(am__mv) $(DEPDIR)/NJTree.Tpo $(DEPDIR)/NJTree.Po
 869 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      source='./tree/NJTree.cpp' object='NJTree.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
 870 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
 871 @am__fastdepCXX_FALSE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o NJTree.obj `if test -f './tree/NJTree.cpp'; then $(CYGPATH_W) './tree/NJTree.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./tree/NJTree.cpp'; fi`
 872
 873 AlignmentSteps.o: ./tree/AlignmentSteps.cpp
 874 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT AlignmentSteps.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/AlignmentSteps.Tpo -c -o AlignmentSteps.o `test -f './tree/AlignmentSteps.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./tree/AlignmentSteps.cpp
 875 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(am__mv) $(DEPDIR)/AlignmentSteps.Tpo $(DEPDIR)/AlignmentSteps.Po
 876 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      source='./tree/AlignmentSteps.cpp' object='AlignmentSteps.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
 877 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
 878 @am__fastdepCXX_FALSE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o AlignmentSteps.o `test -f './tree/AlignmentSteps.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./tree/AlignmentSteps.cpp
 879
 880 AlignmentSteps.obj: ./tree/AlignmentSteps.cpp
 881 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT AlignmentSteps.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/AlignmentSteps.Tpo -c -o AlignmentSteps.obj `if test -f './tree/AlignmentSteps.cpp'; then $(CYGPATH_W) './tree/AlignmentSteps.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./tree/AlignmentSteps.cpp'; fi`
 882 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(am__mv) $(DEPDIR)/AlignmentSteps.Tpo $(DEPDIR)/AlignmentSteps.Po
 883 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      source='./tree/AlignmentSteps.cpp' object='AlignmentSteps.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
 884 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
 885 @am__fastdepCXX_FALSE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o AlignmentSteps.obj `if test -f './tree/AlignmentSteps.cpp'; then $(CYGPATH_W) './tree/AlignmentSteps.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./tree/AlignmentSteps.cpp'; fi`
 886
 887 InteractiveMenu.o: ./interface/InteractiveMenu.cpp
 888 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT InteractiveMenu.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/InteractiveMenu.Tpo -c -o InteractiveMenu.o `test -f './interface/InteractiveMenu.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./interface/InteractiveMenu.cpp
 889 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(am__mv) $(DEPDIR)/InteractiveMenu.Tpo $(DEPDIR)/InteractiveMenu.Po
 890 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      source='./interface/InteractiveMenu.cpp' object='InteractiveMenu.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
 891 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
 892 @am__fastdepCXX_FALSE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o InteractiveMenu.o `test -f './interface/InteractiveMenu.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./interface/InteractiveMenu.cpp
 893
 894 InteractiveMenu.obj: ./interface/InteractiveMenu.cpp
 895 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT InteractiveMenu.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/InteractiveMenu.Tpo -c -o InteractiveMenu.obj `if test -f './interface/InteractiveMenu.cpp'; then $(CYGPATH_W) './interface/InteractiveMenu.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./interface/InteractiveMenu.cpp'; fi`
 896 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(am__mv) $(DEPDIR)/InteractiveMenu.Tpo $(DEPDIR)/InteractiveMenu.Po
 897 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      source='./interface/InteractiveMenu.cpp' object='InteractiveMenu.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
 898 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
 899 @am__fastdepCXX_FALSE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o InteractiveMenu.obj `if test -f './interface/InteractiveMenu.cpp'; then $(CYGPATH_W) './interface/InteractiveMenu.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./interface/InteractiveMenu.cpp'; fi`
 900
 901 CommandLineParser.o: ./interface/CommandLineParser.cpp
 902 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT CommandLineParser.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/CommandLineParser.Tpo -c -o CommandLineParser.o `test -f './interface/CommandLineParser.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./interface/CommandLineParser.cpp
 903 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(am__mv) $(DEPDIR)/CommandLineParser.Tpo $(DEPDIR)/CommandLineParser.Po
 904 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      source='./interface/CommandLineParser.cpp' object='CommandLineParser.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
 905 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
 906 @am__fastdepCXX_FALSE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o CommandLineParser.o `test -f './interface/CommandLineParser.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./interface/CommandLineParser.cpp
 907
 908 CommandLineParser.obj: ./interface/CommandLineParser.cpp
 909 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT CommandLineParser.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/CommandLineParser.Tpo -c -o CommandLineParser.obj `if test -f './interface/CommandLineParser.cpp'; then $(CYGPATH_W) './interface/CommandLineParser.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./interface/CommandLineParser.cpp'; fi`
 910 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(am__mv) $(DEPDIR)/CommandLineParser.Tpo $(DEPDIR)/CommandLineParser.Po
 911 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      source='./interface/CommandLineParser.cpp' object='CommandLineParser.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
 912 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
 913 @am__fastdepCXX_FALSE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o CommandLineParser.obj `if test -f './interface/CommandLineParser.cpp'; then $(CYGPATH_W) './interface/CommandLineParser.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./interface/CommandLineParser.cpp'; fi`
 914
 915 SubMatrix.o: ./substitutionMatrix/SubMatrix.cpp
 916 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT SubMatrix.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/SubMatrix.Tpo -c -o SubMatrix.o `test -f './substitutionMatrix/SubMatrix.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./substitutionMatrix/SubMatrix.cpp
 917 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(am__mv) $(DEPDIR)/SubMatrix.Tpo $(DEPDIR)/SubMatrix.Po
 918 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      source='./substitutionMatrix/SubMatrix.cpp' object='SubMatrix.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
 919 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
 920 @am__fastdepCXX_FALSE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o SubMatrix.o `test -f './substitutionMatrix/SubMatrix.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./substitutionMatrix/SubMatrix.cpp
 921
 922 SubMatrix.obj: ./substitutionMatrix/SubMatrix.cpp
 923 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT SubMatrix.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/SubMatrix.Tpo -c -o SubMatrix.obj `if test -f './substitutionMatrix/SubMatrix.cpp'; then $(CYGPATH_W) './substitutionMatrix/SubMatrix.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./substitutionMatrix/SubMatrix.cpp'; fi`
 924 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(am__mv) $(DEPDIR)/SubMatrix.Tpo $(DEPDIR)/SubMatrix.Po
 925 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      source='./substitutionMatrix/SubMatrix.cpp' object='SubMatrix.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
 926 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
 927 @am__fastdepCXX_FALSE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o SubMatrix.obj `if test -f './substitutionMatrix/SubMatrix.cpp'; then $(CYGPATH_W) './substitutionMatrix/SubMatrix.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./substitutionMatrix/SubMatrix.cpp'; fi`
 928
 929 Iteration.o: ./multipleAlign/Iteration.cpp
 930 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT Iteration.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/Iteration.Tpo -c -o Iteration.o `test -f './multipleAlign/Iteration.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./multipleAlign/Iteration.cpp
 931 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(am__mv) $(DEPDIR)/Iteration.Tpo $(DEPDIR)/Iteration.Po
 932 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      source='./multipleAlign/Iteration.cpp' object='Iteration.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
 933 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
 934 @am__fastdepCXX_FALSE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o Iteration.o `test -f './multipleAlign/Iteration.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./multipleAlign/Iteration.cpp
 935
 936 Iteration.obj: ./multipleAlign/Iteration.cpp
 937 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT Iteration.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/Iteration.Tpo -c -o Iteration.obj `if test -f './multipleAlign/Iteration.cpp'; then $(CYGPATH_W) './multipleAlign/Iteration.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./multipleAlign/Iteration.cpp'; fi`
 938 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(am__mv) $(DEPDIR)/Iteration.Tpo $(DEPDIR)/Iteration.Po
 939 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      source='./multipleAlign/Iteration.cpp' object='Iteration.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
 940 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
 941 @am__fastdepCXX_FALSE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o Iteration.obj `if test -f './multipleAlign/Iteration.cpp'; then $(CYGPATH_W) './multipleAlign/Iteration.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./multipleAlign/Iteration.cpp'; fi`
 942
 943 MSA.o: ./multipleAlign/MSA.cpp
 944 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT MSA.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/MSA.Tpo -c -o MSA.o `test -f './multipleAlign/MSA.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./multipleAlign/MSA.cpp
 945 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(am__mv) $(DEPDIR)/MSA.Tpo $(DEPDIR)/MSA.Po
 946 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      source='./multipleAlign/MSA.cpp' object='MSA.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
 947 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
 948 @am__fastdepCXX_FALSE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o MSA.o `test -f './multipleAlign/MSA.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./multipleAlign/MSA.cpp
 949
 950 MSA.obj: ./multipleAlign/MSA.cpp
 951 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT MSA.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/MSA.Tpo -c -o MSA.obj `if test -f './multipleAlign/MSA.cpp'; then $(CYGPATH_W) './multipleAlign/MSA.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./multipleAlign/MSA.cpp'; fi`
 952 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(am__mv) $(DEPDIR)/MSA.Tpo $(DEPDIR)/MSA.Po
 953 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      source='./multipleAlign/MSA.cpp' object='MSA.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
 954 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
 955 @am__fastdepCXX_FALSE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o MSA.obj `if test -f './multipleAlign/MSA.cpp'; then $(CYGPATH_W) './multipleAlign/MSA.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./multipleAlign/MSA.cpp'; fi`
 956
 957 MyersMillerProfileAlign.o: ./multipleAlign/MyersMillerProfileAlign.cpp
 958 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT MyersMillerProfileAlign.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/MyersMillerProfileAlign.Tpo -c -o MyersMillerProfileAlign.o `test -f './multipleAlign/MyersMillerProfileAlign.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./multipleAlign/MyersMillerProfileAlign.cpp
 959 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(am__mv) $(DEPDIR)/MyersMillerProfileAlign.Tpo $(DEPDIR)/MyersMillerProfileAlign.Po
 960 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      source='./multipleAlign/MyersMillerProfileAlign.cpp' object='MyersMillerProfileAlign.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
 961 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
 962 @am__fastdepCXX_FALSE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o MyersMillerProfileAlign.o `test -f './multipleAlign/MyersMillerProfileAlign.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./multipleAlign/MyersMillerProfileAlign.cpp
 963
 964 MyersMillerProfileAlign.obj: ./multipleAlign/MyersMillerProfileAlign.cpp
 965 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT MyersMillerProfileAlign.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/MyersMillerProfileAlign.Tpo -c -o MyersMillerProfileAlign.obj `if test -f './multipleAlign/MyersMillerProfileAlign.cpp'; then $(CYGPATH_W) './multipleAlign/MyersMillerProfileAlign.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./multipleAlign/MyersMillerProfileAlign.cpp'; fi`
 966 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(am__mv) $(DEPDIR)/MyersMillerProfileAlign.Tpo $(DEPDIR)/MyersMillerProfileAlign.Po
 967 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      source='./multipleAlign/MyersMillerProfileAlign.cpp' object='MyersMillerProfileAlign.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
 968 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
 969 @am__fastdepCXX_FALSE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o MyersMillerProfileAlign.obj `if test -f './multipleAlign/MyersMillerProfileAlign.cpp'; then $(CYGPATH_W) './multipleAlign/MyersMillerProfileAlign.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./multipleAlign/MyersMillerProfileAlign.cpp'; fi`
 970
 971 ProfileStandard.o: ./multipleAlign/ProfileStandard.cpp
 972 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT ProfileStandard.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/ProfileStandard.Tpo -c -o ProfileStandard.o `test -f './multipleAlign/ProfileStandard.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./multipleAlign/ProfileStandard.cpp
 973 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(am__mv) $(DEPDIR)/ProfileStandard.Tpo $(DEPDIR)/ProfileStandard.Po
 974 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      source='./multipleAlign/ProfileStandard.cpp' object='ProfileStandard.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
 975 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
 976 @am__fastdepCXX_FALSE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o ProfileStandard.o `test -f './multipleAlign/ProfileStandard.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./multipleAlign/ProfileStandard.cpp
 977
 978 ProfileStandard.obj: ./multipleAlign/ProfileStandard.cpp
 979 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT ProfileStandard.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/ProfileStandard.Tpo -c -o ProfileStandard.obj `if test -f './multipleAlign/ProfileStandard.cpp'; then $(CYGPATH_W) './multipleAlign/ProfileStandard.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./multipleAlign/ProfileStandard.cpp'; fi`
 980 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(am__mv) $(DEPDIR)/ProfileStandard.Tpo $(DEPDIR)/ProfileStandard.Po
 981 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      source='./multipleAlign/ProfileStandard.cpp' object='ProfileStandard.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
 982 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
 983 @am__fastdepCXX_FALSE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o ProfileStandard.obj `if test -f './multipleAlign/ProfileStandard.cpp'; then $(CYGPATH_W) './multipleAlign/ProfileStandard.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./multipleAlign/ProfileStandard.cpp'; fi`
 984
 985 ProfileWithSub.o: ./multipleAlign/ProfileWithSub.cpp
 986 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT ProfileWithSub.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/ProfileWithSub.Tpo -c -o ProfileWithSub.o `test -f './multipleAlign/ProfileWithSub.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./multipleAlign/ProfileWithSub.cpp
 987 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(am__mv) $(DEPDIR)/ProfileWithSub.Tpo $(DEPDIR)/ProfileWithSub.Po
 988 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      source='./multipleAlign/ProfileWithSub.cpp' object='ProfileWithSub.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
 989 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
 990 @am__fastdepCXX_FALSE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o ProfileWithSub.o `test -f './multipleAlign/ProfileWithSub.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./multipleAlign/ProfileWithSub.cpp
 991
 992 ProfileWithSub.obj: ./multipleAlign/ProfileWithSub.cpp
 993 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT ProfileWithSub.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/ProfileWithSub.Tpo -c -o ProfileWithSub.obj `if test -f './multipleAlign/ProfileWithSub.cpp'; then $(CYGPATH_W) './multipleAlign/ProfileWithSub.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./multipleAlign/ProfileWithSub.cpp'; fi`
 994 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(am__mv) $(DEPDIR)/ProfileWithSub.Tpo $(DEPDIR)/ProfileWithSub.Po
 995 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      source='./multipleAlign/ProfileWithSub.cpp' object='ProfileWithSub.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
 996 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
 997 @am__fastdepCXX_FALSE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o ProfileWithSub.obj `if test -f './multipleAlign/ProfileWithSub.cpp'; then $(CYGPATH_W) './multipleAlign/ProfileWithSub.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./multipleAlign/ProfileWithSub.cpp'; fi`
 998
 999 ProfileBase.o: ./multipleAlign/ProfileBase.cpp
1000 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT ProfileBase.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/ProfileBase.Tpo -c -o ProfileBase.o `test -f './multipleAlign/ProfileBase.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./multipleAlign/ProfileBase.cpp
1001 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(am__mv) $(DEPDIR)/ProfileBase.Tpo $(DEPDIR)/ProfileBase.Po
1002 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      source='./multipleAlign/ProfileBase.cpp' object='ProfileBase.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
1003 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
1004 @am__fastdepCXX_FALSE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o ProfileBase.o `test -f './multipleAlign/ProfileBase.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./multipleAlign/ProfileBase.cpp
1005
1006 ProfileBase.obj: ./multipleAlign/ProfileBase.cpp
1007 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT ProfileBase.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/ProfileBase.Tpo -c -o ProfileBase.obj `if test -f './multipleAlign/ProfileBase.cpp'; then $(CYGPATH_W) './multipleAlign/ProfileBase.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./multipleAlign/ProfileBase.cpp'; fi`
1008 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(am__mv) $(DEPDIR)/ProfileBase.Tpo $(DEPDIR)/ProfileBase.Po
1009 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      source='./multipleAlign/ProfileBase.cpp' object='ProfileBase.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
1010 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
1011 @am__fastdepCXX_FALSE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o ProfileBase.obj `if test -f './multipleAlign/ProfileBase.cpp'; then $(CYGPATH_W) './multipleAlign/ProfileBase.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./multipleAlign/ProfileBase.cpp'; fi`
1012
1013 LowScoreSegProfile.o: ./multipleAlign/LowScoreSegProfile.cpp
1014 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT LowScoreSegProfile.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/LowScoreSegProfile.Tpo -c -o LowScoreSegProfile.o `test -f './multipleAlign/LowScoreSegProfile.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./multipleAlign/LowScoreSegProfile.cpp
1015 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(am__mv) $(DEPDIR)/LowScoreSegProfile.Tpo $(DEPDIR)/LowScoreSegProfile.Po
1016 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      source='./multipleAlign/LowScoreSegProfile.cpp' object='LowScoreSegProfile.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
1017 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
1018 @am__fastdepCXX_FALSE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o LowScoreSegProfile.o `test -f './multipleAlign/LowScoreSegProfile.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./multipleAlign/LowScoreSegProfile.cpp
1019
1020 LowScoreSegProfile.obj: ./multipleAlign/LowScoreSegProfile.cpp
1021 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT LowScoreSegProfile.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/LowScoreSegProfile.Tpo -c -o LowScoreSegProfile.obj `if test -f './multipleAlign/LowScoreSegProfile.cpp'; then $(CYGPATH_W) './multipleAlign/LowScoreSegProfile.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./multipleAlign/LowScoreSegProfile.cpp'; fi`
1022 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(am__mv) $(DEPDIR)/LowScoreSegProfile.Tpo $(DEPDIR)/LowScoreSegProfile.Po
1023 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      source='./multipleAlign/LowScoreSegProfile.cpp' object='LowScoreSegProfile.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
1024 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
1025 @am__fastdepCXX_FALSE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o LowScoreSegProfile.obj `if test -f './multipleAlign/LowScoreSegProfile.cpp'; then $(CYGPATH_W) './multipleAlign/LowScoreSegProfile.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./multipleAlign/LowScoreSegProfile.cpp'; fi`
1026
1027 OutputFile.o: ./general/OutputFile.cpp
1028 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT OutputFile.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/OutputFile.Tpo -c -o OutputFile.o `test -f './general/OutputFile.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./general/OutputFile.cpp
1029 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(am__mv) $(DEPDIR)/OutputFile.Tpo $(DEPDIR)/OutputFile.Po
1030 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      source='./general/OutputFile.cpp' object='OutputFile.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
1031 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
1032 @am__fastdepCXX_FALSE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o OutputFile.o `test -f './general/OutputFile.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./general/OutputFile.cpp
1033
1034 OutputFile.obj: ./general/OutputFile.cpp
1035 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT OutputFile.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/OutputFile.Tpo -c -o OutputFile.obj `if test -f './general/OutputFile.cpp'; then $(CYGPATH_W) './general/OutputFile.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./general/OutputFile.cpp'; fi`
1036 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(am__mv) $(DEPDIR)/OutputFile.Tpo $(DEPDIR)/OutputFile.Po
1037 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      source='./general/OutputFile.cpp' object='OutputFile.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
1038 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
1039 @am__fastdepCXX_FALSE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o OutputFile.obj `if test -f './general/OutputFile.cpp'; then $(CYGPATH_W) './general/OutputFile.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./general/OutputFile.cpp'; fi`
1040
1041 UserParameters.o: ./general/UserParameters.cpp
1042 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT UserParameters.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/UserParameters.Tpo -c -o UserParameters.o `test -f './general/UserParameters.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./general/UserParameters.cpp
1043 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(am__mv) $(DEPDIR)/UserParameters.Tpo $(DEPDIR)/UserParameters.Po
1044 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      source='./general/UserParameters.cpp' object='UserParameters.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
1045 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
1046 @am__fastdepCXX_FALSE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o UserParameters.o `test -f './general/UserParameters.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./general/UserParameters.cpp
1047
1048 UserParameters.obj: ./general/UserParameters.cpp
1049 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT UserParameters.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/UserParameters.Tpo -c -o UserParameters.obj `if test -f './general/UserParameters.cpp'; then $(CYGPATH_W) './general/UserParameters.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./general/UserParameters.cpp'; fi`
1050 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(am__mv) $(DEPDIR)/UserParameters.Tpo $(DEPDIR)/UserParameters.Po
1051 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      source='./general/UserParameters.cpp' object='UserParameters.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
1052 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
1053 @am__fastdepCXX_FALSE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o UserParameters.obj `if test -f './general/UserParameters.cpp'; then $(CYGPATH_W) './general/UserParameters.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./general/UserParameters.cpp'; fi`
1054
1055 Utility.o: ./general/Utility.cpp
1056 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT Utility.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/Utility.Tpo -c -o Utility.o `test -f './general/Utility.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./general/Utility.cpp
1057 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(am__mv) $(DEPDIR)/Utility.Tpo $(DEPDIR)/Utility.Po
1058 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      source='./general/Utility.cpp' object='Utility.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
1059 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
1060 @am__fastdepCXX_FALSE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o Utility.o `test -f './general/Utility.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./general/Utility.cpp
1061
1062 Utility.obj: ./general/Utility.cpp
1063 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT Utility.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/Utility.Tpo -c -o Utility.obj `if test -f './general/Utility.cpp'; then $(CYGPATH_W) './general/Utility.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./general/Utility.cpp'; fi`
1064 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(am__mv) $(DEPDIR)/Utility.Tpo $(DEPDIR)/Utility.Po
1065 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      source='./general/Utility.cpp' object='Utility.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
1066 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
1067 @am__fastdepCXX_FALSE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o Utility.obj `if test -f './general/Utility.cpp'; then $(CYGPATH_W) './general/Utility.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./general/Utility.cpp'; fi`
1068
1069 InvalidCombination.o: ./general/InvalidCombination.cpp
1070 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT InvalidCombination.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/InvalidCombination.Tpo -c -o InvalidCombination.o `test -f './general/InvalidCombination.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./general/InvalidCombination.cpp
1071 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(am__mv) $(DEPDIR)/InvalidCombination.Tpo $(DEPDIR)/InvalidCombination.Po
1072 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      source='./general/InvalidCombination.cpp' object='InvalidCombination.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
1073 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
1074 @am__fastdepCXX_FALSE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o InvalidCombination.o `test -f './general/InvalidCombination.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./general/InvalidCombination.cpp
1075
1076 InvalidCombination.obj: ./general/InvalidCombination.cpp
1077 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT InvalidCombination.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/InvalidCombination.Tpo -c -o InvalidCombination.obj `if test -f './general/InvalidCombination.cpp'; then $(CYGPATH_W) './general/InvalidCombination.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./general/InvalidCombination.cpp'; fi`
1078 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(am__mv) $(DEPDIR)/InvalidCombination.Tpo $(DEPDIR)/InvalidCombination.Po
1079 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      source='./general/InvalidCombination.cpp' object='InvalidCombination.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
1080 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
1081 @am__fastdepCXX_FALSE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o InvalidCombination.obj `if test -f './general/InvalidCombination.cpp'; then $(CYGPATH_W) './general/InvalidCombination.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./general/InvalidCombination.cpp'; fi`
1082
1083 DebugLog.o: ./general/DebugLog.cpp
1084 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT DebugLog.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/DebugLog.Tpo -c -o DebugLog.o `test -f './general/DebugLog.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./general/DebugLog.cpp
1085 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(am__mv) $(DEPDIR)/DebugLog.Tpo $(DEPDIR)/DebugLog.Po
1086 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      source='./general/DebugLog.cpp' object='DebugLog.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
1087 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
1088 @am__fastdepCXX_FALSE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o DebugLog.o `test -f './general/DebugLog.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./general/DebugLog.cpp
1089
1090 DebugLog.obj: ./general/DebugLog.cpp
1091 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT DebugLog.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/DebugLog.Tpo -c -o DebugLog.obj `if test -f './general/DebugLog.cpp'; then $(CYGPATH_W) './general/DebugLog.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./general/DebugLog.cpp'; fi`
1092 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(am__mv) $(DEPDIR)/DebugLog.Tpo $(DEPDIR)/DebugLog.Po
1093 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      source='./general/DebugLog.cpp' object='DebugLog.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
1094 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
1095 @am__fastdepCXX_FALSE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o DebugLog.obj `if test -f './general/DebugLog.cpp'; then $(CYGPATH_W) './general/DebugLog.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./general/DebugLog.cpp'; fi`
1096
1097 ClustalWResources.o: ./general/ClustalWResources.cpp
1098 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT ClustalWResources.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/ClustalWResources.Tpo -c -o ClustalWResources.o `test -f './general/ClustalWResources.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./general/ClustalWResources.cpp
1099 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(am__mv) $(DEPDIR)/ClustalWResources.Tpo $(DEPDIR)/ClustalWResources.Po
1100 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      source='./general/ClustalWResources.cpp' object='ClustalWResources.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
1101 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
1102 @am__fastdepCXX_FALSE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o ClustalWResources.o `test -f './general/ClustalWResources.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./general/ClustalWResources.cpp
1103
1104 ClustalWResources.obj: ./general/ClustalWResources.cpp
1105 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT ClustalWResources.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/ClustalWResources.Tpo -c -o ClustalWResources.obj `if test -f './general/ClustalWResources.cpp'; then $(CYGPATH_W) './general/ClustalWResources.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./general/ClustalWResources.cpp'; fi`
1106 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(am__mv) $(DEPDIR)/ClustalWResources.Tpo $(DEPDIR)/ClustalWResources.Po
1107 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      source='./general/ClustalWResources.cpp' object='ClustalWResources.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
1108 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
1109 @am__fastdepCXX_FALSE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o ClustalWResources.obj `if test -f './general/ClustalWResources.cpp'; then $(CYGPATH_W) './general/ClustalWResources.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./general/ClustalWResources.cpp'; fi`
1110
1111 VectorOutOfRange.o: ./general/VectorOutOfRange.cpp
1112 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT VectorOutOfRange.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/VectorOutOfRange.Tpo -c -o VectorOutOfRange.o `test -f './general/VectorOutOfRange.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./general/VectorOutOfRange.cpp
1113 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(am__mv) $(DEPDIR)/VectorOutOfRange.Tpo $(DEPDIR)/VectorOutOfRange.Po
1114 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      source='./general/VectorOutOfRange.cpp' object='VectorOutOfRange.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
1115 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
1116 @am__fastdepCXX_FALSE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o VectorOutOfRange.o `test -f './general/VectorOutOfRange.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./general/VectorOutOfRange.cpp
1117
1118 VectorOutOfRange.obj: ./general/VectorOutOfRange.cpp
1119 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT VectorOutOfRange.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/VectorOutOfRange.Tpo -c -o VectorOutOfRange.obj `if test -f './general/VectorOutOfRange.cpp'; then $(CYGPATH_W) './general/VectorOutOfRange.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./general/VectorOutOfRange.cpp'; fi`
1120 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(am__mv) $(DEPDIR)/VectorOutOfRange.Tpo $(DEPDIR)/VectorOutOfRange.Po
1121 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      source='./general/VectorOutOfRange.cpp' object='VectorOutOfRange.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
1122 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
1123 @am__fastdepCXX_FALSE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o VectorOutOfRange.obj `if test -f './general/VectorOutOfRange.cpp'; then $(CYGPATH_W) './general/VectorOutOfRange.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./general/VectorOutOfRange.cpp'; fi`
1124
1125 SymMatrix.o: ./general/SymMatrix.cpp
1126 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT SymMatrix.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/SymMatrix.Tpo -c -o SymMatrix.o `test -f './general/SymMatrix.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./general/SymMatrix.cpp
1127 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(am__mv) $(DEPDIR)/SymMatrix.Tpo $(DEPDIR)/SymMatrix.Po
1128 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      source='./general/SymMatrix.cpp' object='SymMatrix.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
1129 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
1130 @am__fastdepCXX_FALSE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o SymMatrix.o `test -f './general/SymMatrix.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./general/SymMatrix.cpp
1131
1132 SymMatrix.obj: ./general/SymMatrix.cpp
1133 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT SymMatrix.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/SymMatrix.Tpo -c -o SymMatrix.obj `if test -f './general/SymMatrix.cpp'; then $(CYGPATH_W) './general/SymMatrix.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./general/SymMatrix.cpp'; fi`
1134 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(am__mv) $(DEPDIR)/SymMatrix.Tpo $(DEPDIR)/SymMatrix.Po
1135 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      source='./general/SymMatrix.cpp' object='SymMatrix.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
1136 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
1137 @am__fastdepCXX_FALSE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o SymMatrix.obj `if test -f './general/SymMatrix.cpp'; then $(CYGPATH_W) './general/SymMatrix.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./general/SymMatrix.cpp'; fi`
1138
1139 Stats.o: ./general/Stats.cpp
1140 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT Stats.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/Stats.Tpo -c -o Stats.o `test -f './general/Stats.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./general/Stats.cpp
1141 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(am__mv) $(DEPDIR)/Stats.Tpo $(DEPDIR)/Stats.Po
1142 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      source='./general/Stats.cpp' object='Stats.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
1143 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
1144 @am__fastdepCXX_FALSE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o Stats.o `test -f './general/Stats.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./general/Stats.cpp
1145
1146 Stats.obj: ./general/Stats.cpp
1147 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT Stats.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/Stats.Tpo -c -o Stats.obj `if test -f './general/Stats.cpp'; then $(CYGPATH_W) './general/Stats.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./general/Stats.cpp'; fi`
1148 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(am__mv) $(DEPDIR)/Stats.Tpo $(DEPDIR)/Stats.Po
1149 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      source='./general/Stats.cpp' object='Stats.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
1150 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
1151 @am__fastdepCXX_FALSE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o Stats.obj `if test -f './general/Stats.cpp'; then $(CYGPATH_W) './general/Stats.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./general/Stats.cpp'; fi`
1152
1153 Help.o: ./Help.cpp
1154 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT Help.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/Help.Tpo -c -o Help.o `test -f './Help.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./Help.cpp
1155 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(am__mv) $(DEPDIR)/Help.Tpo $(DEPDIR)/Help.Po
1156 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      source='./Help.cpp' object='Help.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
1157 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
1158 @am__fastdepCXX_FALSE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o Help.o `test -f './Help.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./Help.cpp
1159
1160 Help.obj: ./Help.cpp
1161 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT Help.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/Help.Tpo -c -o Help.obj `if test -f './Help.cpp'; then $(CYGPATH_W) './Help.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./Help.cpp'; fi`
1162 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(am__mv) $(DEPDIR)/Help.Tpo $(DEPDIR)/Help.Po
1163 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      source='./Help.cpp' object='Help.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
1164 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
1165 @am__fastdepCXX_FALSE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o Help.obj `if test -f './Help.cpp'; then $(CYGPATH_W) './Help.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./Help.cpp'; fi`
1166
1167 Alignment.o: ./alignment/Alignment.cpp
1168 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT Alignment.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/Alignment.Tpo -c -o Alignment.o `test -f './alignment/Alignment.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./alignment/Alignment.cpp
1169 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(am__mv) $(DEPDIR)/Alignment.Tpo $(DEPDIR)/Alignment.Po
1170 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      source='./alignment/Alignment.cpp' object='Alignment.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
1171 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
1172 @am__fastdepCXX_FALSE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o Alignment.o `test -f './alignment/Alignment.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./alignment/Alignment.cpp
1173
1174 Alignment.obj: ./alignment/Alignment.cpp
1175 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT Alignment.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/Alignment.Tpo -c -o Alignment.obj `if test -f './alignment/Alignment.cpp'; then $(CYGPATH_W) './alignment/Alignment.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./alignment/Alignment.cpp'; fi`
1176 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(am__mv) $(DEPDIR)/Alignment.Tpo $(DEPDIR)/Alignment.Po
1177 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      source='./alignment/Alignment.cpp' object='Alignment.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
1178 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
1179 @am__fastdepCXX_FALSE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o Alignment.obj `if test -f './alignment/Alignment.cpp'; then $(CYGPATH_W) './alignment/Alignment.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./alignment/Alignment.cpp'; fi`
1180
1181 AlignmentOutput.o: ./alignment/AlignmentOutput.cpp
1182 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT AlignmentOutput.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/AlignmentOutput.Tpo -c -o AlignmentOutput.o `test -f './alignment/AlignmentOutput.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./alignment/AlignmentOutput.cpp
1183 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(am__mv) $(DEPDIR)/AlignmentOutput.Tpo $(DEPDIR)/AlignmentOutput.Po
1184 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      source='./alignment/AlignmentOutput.cpp' object='AlignmentOutput.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
1185 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
1186 @am__fastdepCXX_FALSE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o AlignmentOutput.o `test -f './alignment/AlignmentOutput.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./alignment/AlignmentOutput.cpp
1187
1188 AlignmentOutput.obj: ./alignment/AlignmentOutput.cpp
1189 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT AlignmentOutput.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/AlignmentOutput.Tpo -c -o AlignmentOutput.obj `if test -f './alignment/AlignmentOutput.cpp'; then $(CYGPATH_W) './alignment/AlignmentOutput.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./alignment/AlignmentOutput.cpp'; fi`
1190 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(am__mv) $(DEPDIR)/AlignmentOutput.Tpo $(DEPDIR)/AlignmentOutput.Po
1191 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      source='./alignment/AlignmentOutput.cpp' object='AlignmentOutput.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
1192 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
1193 @am__fastdepCXX_FALSE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o AlignmentOutput.obj `if test -f './alignment/AlignmentOutput.cpp'; then $(CYGPATH_W) './alignment/AlignmentOutput.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./alignment/AlignmentOutput.cpp'; fi`
1194
1195 ObjectiveScore.o: ./alignment/ObjectiveScore.cpp
1196 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT ObjectiveScore.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/ObjectiveScore.Tpo -c -o ObjectiveScore.o `test -f './alignment/ObjectiveScore.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./alignment/ObjectiveScore.cpp
1197 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(am__mv) $(DEPDIR)/ObjectiveScore.Tpo $(DEPDIR)/ObjectiveScore.Po
1198 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      source='./alignment/ObjectiveScore.cpp' object='ObjectiveScore.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
1199 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
1200 @am__fastdepCXX_FALSE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o ObjectiveScore.o `test -f './alignment/ObjectiveScore.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./alignment/ObjectiveScore.cpp
1201
1202 ObjectiveScore.obj: ./alignment/ObjectiveScore.cpp
1203 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT ObjectiveScore.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/ObjectiveScore.Tpo -c -o ObjectiveScore.obj `if test -f './alignment/ObjectiveScore.cpp'; then $(CYGPATH_W) './alignment/ObjectiveScore.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./alignment/ObjectiveScore.cpp'; fi`
1204 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(am__mv) $(DEPDIR)/ObjectiveScore.Tpo $(DEPDIR)/ObjectiveScore.Po
1205 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      source='./alignment/ObjectiveScore.cpp' object='ObjectiveScore.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
1206 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
1207 @am__fastdepCXX_FALSE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o ObjectiveScore.obj `if test -f './alignment/ObjectiveScore.cpp'; then $(CYGPATH_W) './alignment/ObjectiveScore.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./alignment/ObjectiveScore.cpp'; fi`
1208
1209 Sequence.o: ./alignment/Sequence.cpp
1210 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT Sequence.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/Sequence.Tpo -c -o Sequence.o `test -f './alignment/Sequence.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./alignment/Sequence.cpp
1211 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(am__mv) $(DEPDIR)/Sequence.Tpo $(DEPDIR)/Sequence.Po
1212 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      source='./alignment/Sequence.cpp' object='Sequence.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
1213 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
1214 @am__fastdepCXX_FALSE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o Sequence.o `test -f './alignment/Sequence.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./alignment/Sequence.cpp
1215
1216 Sequence.obj: ./alignment/Sequence.cpp
1217 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT Sequence.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/Sequence.Tpo -c -o Sequence.obj `if test -f './alignment/Sequence.cpp'; then $(CYGPATH_W) './alignment/Sequence.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./alignment/Sequence.cpp'; fi`
1218 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(am__mv) $(DEPDIR)/Sequence.Tpo $(DEPDIR)/Sequence.Po
1219 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      source='./alignment/Sequence.cpp' object='Sequence.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
1220 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
1221 @am__fastdepCXX_FALSE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o Sequence.obj `if test -f './alignment/Sequence.cpp'; then $(CYGPATH_W) './alignment/Sequence.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./alignment/Sequence.cpp'; fi`
1222
1223 Clustal.o: ./Clustal.cpp
1224 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT Clustal.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/Clustal.Tpo -c -o Clustal.o `test -f './Clustal.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./Clustal.cpp
1225 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(am__mv) $(DEPDIR)/Clustal.Tpo $(DEPDIR)/Clustal.Po
1226 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      source='./Clustal.cpp' object='Clustal.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
1227 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
1228 @am__fastdepCXX_FALSE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o Clustal.o `test -f './Clustal.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./Clustal.cpp
1229
1230 Clustal.obj: ./Clustal.cpp
1231 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT Clustal.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/Clustal.Tpo -c -o Clustal.obj `if test -f './Clustal.cpp'; then $(CYGPATH_W) './Clustal.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./Clustal.cpp'; fi`
1232 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(am__mv) $(DEPDIR)/Clustal.Tpo $(DEPDIR)/Clustal.Po
1233 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      source='./Clustal.cpp' object='Clustal.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
1234 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
1235 @am__fastdepCXX_FALSE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o Clustal.obj `if test -f './Clustal.cpp'; then $(CYGPATH_W) './Clustal.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./Clustal.cpp'; fi`
1236
1237 main.o: ./main.cpp
1238 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT main.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/main.Tpo -c -o main.o `test -f './main.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./main.cpp
1239 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(am__mv) $(DEPDIR)/main.Tpo $(DEPDIR)/main.Po
1240 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      source='./main.cpp' object='main.o' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
1241 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
1242 @am__fastdepCXX_FALSE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o main.o `test -f './main.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./main.cpp
1243
1244 main.obj: ./main.cpp
1245 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT main.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/main.Tpo -c -o main.obj `if test -f './main.cpp'; then $(CYGPATH_W) './main.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./main.cpp'; fi`
1246 @am__fastdepCXX_TRUE@   $(am__mv) $(DEPDIR)/main.Tpo $(DEPDIR)/main.Po
1247 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      source='./main.cpp' object='main.obj' libtool=no @AMDEPBACKSLASH@
1248 @AMDEP_TRUE@@am__fastdepCXX_FALSE@      DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) @AMDEPBACKSLASH@
1249 @am__fastdepCXX_FALSE@  $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o main.obj `if test -f './main.cpp'; then $(CYGPATH_W) './main.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./main.cpp'; fi`
1250
1251 # This directory's subdirectories are mostly independent; you can cd
1252 # into them and run `make' without going through this Makefile.
1253 # To change the values of `make' variables: instead of editing Makefiles,
1254 # (1) if the variable is set in `config.status', edit `config.status'
1255 #     (which will cause the Makefiles to be regenerated when you run `make');
1256 # (2) otherwise, pass the desired values on the `make' command line.
1257 $(RECURSIVE_TARGETS):
1258         @fail= failcom='exit 1'; \
1259         for f in x $$MAKEFLAGS; do \
1260           case $$f in \
1261             *=* | --[!k]*);; \
1262             *k*) failcom='fail=yes';; \
1263           esac; \
1264         done; \
1265         dot_seen=no; \
1266         target=`echo $@ | sed s/-recursive//`; \
1267         list='$(SUBDIRS)'; for subdir in $$list; do \
1268           echo "Making $$target in $$subdir"; \
1269           if test "$$subdir" = "."; then \
1270             dot_seen=yes; \
1271             local_target="$$target-am"; \
1272           else \
1273             local_target="$$target"; \
1274           fi; \
1275           ($(am__cd) $$subdir && $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) $$local_target) \
1276           || eval $$failcom; \
1277         done; \
1278         if test "$$dot_seen" = "no"; then \
1279           $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) "$$target-am" || exit 1; \
1280         fi; test -z "$$fail"
1281
1282 $(RECURSIVE_CLEAN_TARGETS):
1283         @fail= failcom='exit 1'; \
1284         for f in x $$MAKEFLAGS; do \
1285           case $$f in \
1286             *=* | --[!k]*);; \
1287             *k*) failcom='fail=yes';; \
1288           esac; \
1289         done; \
1290         dot_seen=no; \
1291         case "$@" in \
1292           distclean-* | maintainer-clean-*) list='$(DIST_SUBDIRS)' ;; \
1293           *) list='$(SUBDIRS)' ;; \
1294         esac; \
1295         rev=''; for subdir in $$list; do \
1296           if test "$$subdir" = "."; then :; else \
1297             rev="$$subdir $$rev"; \
1298           fi; \
1299         done; \
1300         rev="$$rev ."; \
1301         target=`echo $@ | sed s/-recursive//`; \
1302         for subdir in $$rev; do \
1303           echo "Making $$target in $$subdir"; \
1304           if test "$$subdir" = "."; then \
1305             local_target="$$target-am"; \
1306           else \
1307             local_target="$$target"; \
1308           fi; \
1309           ($(am__cd) $$subdir && $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) $$local_target) \
1310           || eval $$failcom; \
1311         done && test -z "$$fail"
1312 tags-recursive:
1313         list='$(SUBDIRS)'; for subdir in $$list; do \
1314           test "$$subdir" = . || ($(am__cd) $$subdir && $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) tags); \
1315         done
1316 ctags-recursive:
1317         list='$(SUBDIRS)'; for subdir in $$list; do \
1318           test "$$subdir" = . || ($(am__cd) $$subdir && $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) ctags); \
1319         done
1320
1321 ID: $(HEADERS) $(SOURCES) $(LISP) $(TAGS_FILES)
1322         list='$(SOURCES) $(HEADERS) $(LISP) $(TAGS_FILES)'; \
1323         unique=`for i in $$list; do \
1324             if test -f "$$i"; then echo $$i; else echo $(srcdir)/$$i; fi; \
1325           done | \
1326           $(AWK) '{ files[$$0] = 1; nonempty = 1; } \
1327               END { if (nonempty) { for (i in files) print i; }; }'`; \
1328         mkid -fID $$unique
1329 tags: TAGS
1330
1331 TAGS: tags-recursive $(HEADERS) $(SOURCES) config.h.in $(TAGS_DEPENDENCIES) \
1332                 $(TAGS_FILES) $(LISP)
1333         set x; \
1334         here=`pwd`; \
1335         if ($(ETAGS) --etags-include --version) >/dev/null 2>&1; then \
1336           include_option=--etags-include; \
1337           empty_fix=.; \
1338         else \
1339           include_option=--include; \
1340           empty_fix=; \
1341         fi; \
1342         list='$(SUBDIRS)'; for subdir in $$list; do \
1343           if test "$$subdir" = .; then :; else \
1344             test ! -f $$subdir/TAGS || \
1345               set "$$@" "$$include_option=$$here/$$subdir/TAGS"; \
1346           fi; \
1347         done; \
1348         list='$(SOURCES) $(HEADERS) config.h.in $(LISP) $(TAGS_FILES)'; \
1349         unique=`for i in $$list; do \
1350             if test -f "$$i"; then echo $$i; else echo $(srcdir)/$$i; fi; \
1351           done | \
1352           $(AWK) '{ files[$$0] = 1; nonempty = 1; } \
1353               END { if (nonempty) { for (i in files) print i; }; }'`; \
1354         shift; \
1355         if test -z "$(ETAGS_ARGS)$$*$$unique"; then :; else \
1356           test -n "$$unique" || unique=$$empty_fix; \
1357           if test $$# -gt 0; then \
1358             $(ETAGS) $(ETAGSFLAGS) $(AM_ETAGSFLAGS) $(ETAGS_ARGS) \
1359               "$$@" $$unique; \
1360           else \
1361             $(ETAGS) $(ETAGSFLAGS) $(AM_ETAGSFLAGS) $(ETAGS_ARGS) \
1362               $$unique; \
1363           fi; \
1364         fi
1365 ctags: CTAGS
1366 CTAGS: ctags-recursive $(HEADERS) $(SOURCES) config.h.in $(TAGS_DEPENDENCIES) \
1367                 $(TAGS_FILES) $(LISP)
1368         list='$(SOURCES) $(HEADERS) config.h.in $(LISP) $(TAGS_FILES)'; \
1369         unique=`for i in $$list; do \
1370             if test -f "$$i"; then echo $$i; else echo $(srcdir)/$$i; fi; \
1371           done | \
1372           $(AWK) '{ files[$$0] = 1; nonempty = 1; } \
1373               END { if (nonempty) { for (i in files) print i; }; }'`; \
1374         test -z "$(CTAGS_ARGS)$$unique" \
1375           || $(CTAGS) $(CTAGSFLAGS) $(AM_CTAGSFLAGS) $(CTAGS_ARGS) \
1376              $$unique
1377
1378 GTAGS:
1379         here=`$(am__cd) $(top_builddir) && pwd` \
1380           && $(am__cd) $(top_srcdir) \
1381           && gtags -i $(GTAGS_ARGS) "$$here"
1382
1383 distclean-tags:
1384         -rm -f TAGS ID GTAGS GRTAGS GSYMS GPATH tags
1385
1386 distdir: $(DISTFILES)
1387         @srcdirstrip=`echo "$(srcdir)" | sed 's/[].[^$$\\*]/\\\\&/g'`; \
1388         topsrcdirstrip=`echo "$(top_srcdir)" | sed 's/[].[^$$\\*]/\\\\&/g'`; \
1389         list='$(DISTFILES)'; \
1390           dist_files=`for file in $$list; do echo $$file; done | \
1391           sed -e "s|^$$srcdirstrip/||;t" \
1392               -e "s|^$$topsrcdirstrip/|$(top_builddir)/|;t"`; \
1393         case $$dist_files in \
1394           */*) $(MKDIR_P) `echo "$$dist_files" | \
1395                            sed '/\//!d;s|^|$(distdir)/|;s,/[^/]*$$,,' | \
1396                            sort -u` ;; \
1397         esac; \
1398         for file in $$dist_files; do \
1399           if test -f $$file || test -d $$file; then d=.; else d=$(srcdir); fi; \
1400           if test -d $$d/$$file; then \
1401             dir=`echo "/$$file" | sed -e 's,/[^/]*$$,,'`; \
1402             if test -d "$(distdir)/$$file"; then \
1403               find "$(distdir)/$$file" -type d ! -perm -700 -exec chmod u+rwx {} \;; \
1404             fi; \
1405             if test -d $(srcdir)/$$file && test $$d != $(srcdir); then \
1406               cp -fpR $(srcdir)/$$file "$(distdir)$$dir" || exit 1; \
1407               find "$(distdir)/$$file" -type d ! -perm -700 -exec chmod u+rwx {} \;; \
1408             fi; \
1409             cp -fpR $$d/$$file "$(distdir)$$dir" || exit 1; \
1410           else \
1411             test -f "$(distdir)/$$file" \
1412             || cp -p $$d/$$file "$(distdir)/$$file" \
1413             || exit 1; \
1414           fi; \
1415         done
1416         @list='$(DIST_SUBDIRS)'; for subdir in $$list; do \
1417           if test "$$subdir" = .; then :; else \
1418             test -d "$(distdir)/$$subdir" \
1419             || $(MKDIR_P) "$(distdir)/$$subdir" \
1420             || exit 1; \
1421           fi; \
1422         done
1423         @list='$(DIST_SUBDIRS)'; for subdir in $$list; do \
1424           if test "$$subdir" = .; then :; else \
1425             dir1=$$subdir; dir2="$(distdir)/$$subdir"; \
1426             $(am__relativize); \
1427             new_distdir=$$reldir; \
1428             dir1=$$subdir; dir2="$(top_distdir)"; \
1429             $(am__relativize); \
1430             new_top_distdir=$$reldir; \
1431             echo " (cd $$subdir && $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) top_distdir="$$new_top_distdir" distdir="$$new_distdir" \\"; \
1432             echo "     am__remove_distdir=: am__skip_length_check=: am__skip_mode_fix=: distdir)"; \
1433             ($(am__cd) $$subdir && \
1434               $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) \
1435                 top_distdir="$$new_top_distdir" \
1436                 distdir="$$new_distdir" \
1437                 am__remove_distdir=: \
1438                 am__skip_length_check=: \
1439                 am__skip_mode_fix=: \
1440                 distdir) \
1441               || exit 1; \
1442           fi; \
1443         done
1444 check-am: all-am
1445 check: check-recursive
1446 all-am: Makefile $(PROGRAMS) config.h
1447 installdirs: installdirs-recursive
1448 installdirs-am:
1449         for dir in "$(DESTDIR)$(bindir)"; do \
1450           test -z "$$dir" || $(MKDIR_P) "$$dir"; \
1451         done
1452 install: install-recursive
1453 install-exec: install-exec-recursive
1454 install-data: install-data-recursive
1455 uninstall: uninstall-recursive
1456
1457 install-am: all-am
1458         @$(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) install-exec-am install-data-am
1459
1460 installcheck: installcheck-recursive
1461 install-strip:
1462         $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) INSTALL_PROGRAM="$(INSTALL_STRIP_PROGRAM)" \
1463           install_sh_PROGRAM="$(INSTALL_STRIP_PROGRAM)" INSTALL_STRIP_FLAG=-s \
1464           `test -z '$(STRIP)' || \
1465             echo "INSTALL_PROGRAM_ENV=STRIPPROG='$(STRIP)'"` install
1466 mostlyclean-generic:
1467
1468 clean-generic:
1469
1470 distclean-generic:
1471         -test -z "$(CONFIG_CLEAN_FILES)" || rm -f $(CONFIG_CLEAN_FILES)
1472         -test . = "$(srcdir)" || test -z "$(CONFIG_CLEAN_VPATH_FILES)" || rm -f $(CONFIG_CLEAN_VPATH_FILES)
1473
1474 maintainer-clean-generic:
1475         @echo "This command is intended for maintainers to use"
1476         @echo "it deletes files that may require special tools to rebuild."
1477 clean: clean-recursive
1478
1479 clean-am: clean-binPROGRAMS clean-generic mostlyclean-am
1480
1481 distclean: distclean-recursive
1482         -rm -rf ./$(DEPDIR)
1483         -rm -f Makefile
1484 distclean-am: clean-am distclean-compile distclean-generic \
1485         distclean-hdr distclean-tags
1486
1487 dvi: dvi-recursive
1488
1489 dvi-am:
1490
1491 html: html-recursive
1492
1493 html-am:
1494
1495 info: info-recursive
1496
1497 info-am:
1498
1499 install-data-am:
1500
1501 install-dvi: install-dvi-recursive
1502
1503 install-dvi-am:
1504
1505 install-exec-am: install-binPROGRAMS
1506
1507 install-html: install-html-recursive
1508
1509 install-html-am:
1510
1511 install-info: install-info-recursive
1512
1513 install-info-am:
1514
1515 install-man:
1516
1517 install-pdf: install-pdf-recursive
1518
1519 install-pdf-am:
1520
1521 install-ps: install-ps-recursive
1522
1523 install-ps-am:
1524
1525 installcheck-am:
1526
1527 maintainer-clean: maintainer-clean-recursive
1528         -rm -rf ./$(DEPDIR)
1529         -rm -f Makefile
1530 maintainer-clean-am: distclean-am maintainer-clean-generic
1531
1532 mostlyclean: mostlyclean-recursive
1533
1534 mostlyclean-am: mostlyclean-compile mostlyclean-generic
1535
1536 pdf: pdf-recursive
1537
1538 pdf-am:
1539
1540 ps: ps-recursive
1541
1542 ps-am:
1543
1544 uninstall-am: uninstall-binPROGRAMS
1545
1546 .MAKE: $(RECURSIVE_CLEAN_TARGETS) $(RECURSIVE_TARGETS) all \
1547         ctags-recursive install-am install-strip tags-recursive
1548
1549 .PHONY: $(RECURSIVE_CLEAN_TARGETS) $(RECURSIVE_TARGETS) CTAGS GTAGS \
1550         all all-am check check-am clean clean-binPROGRAMS \
1551         clean-generic ctags ctags-recursive distclean \
1552         distclean-compile distclean-generic distclean-hdr \
1553         distclean-tags distdir dvi dvi-am html html-am info info-am \
1554         install install-am install-binPROGRAMS install-data \
1555         install-data-am install-dvi install-dvi-am install-exec \
1556         install-exec-am install-html install-html-am install-info \
1557         install-info-am install-man install-pdf install-pdf-am \
1558         install-ps install-ps-am install-strip installcheck \
1559         installcheck-am installdirs installdirs-am maintainer-clean \
1560         maintainer-clean-generic mostlyclean mostlyclean-compile \
1561         mostlyclean-generic pdf pdf-am ps ps-am tags tags-recursive \
1562         uninstall uninstall-am uninstall-binPROGRAMS
1563
1564
1565 # Tell versions [3.59,3.63) of GNU make to not export all variables.
1566 # Otherwise a system limit (for SysV at least) may be exceeded.
1567 .NOEXPORT: