binaries/src/clustalw/src/fileInput/FileReader.h

   1 /**
   2  * Author: Mark Larkin
   3  *
   4  * Copyright (c) 2007 Des Higgins, Julie Thompson and Toby Gibson.
   5  */
   6 #ifndef FILEREADER_H
   7 #define FILEREADER_H
   8
   9 #include <vector>
  10 #include <string>
  11 #include <memory>
  12 #include "../alignment/Alignment.h"
  13 #include "../alignment/Sequence.h"
  14 #include "../general/userparams.h"
  15 #include "../general/utils.h"
  16 #include "FileParser.h"
  17 #include "ClustalFileParser.h"
  18 #include "PearsonFileParser.h"
  19 #include "PIRFileParser.h"
  20 #include "GDEFileParser.h"
  21 #include "MSFFileParser.h"
  22 #include "RSFFileParser.h"
  23 #include "EMBLFileParser.h"
  24
  25 namespace clustalw
  26 {
  27
  28 class FileReader
  29 {
  30     public:
  31         /* Functions */
  32         FileReader();
  33         ~FileReader();
  34         int seqInput(Alignment* alignPtr, bool append, string *offendingSeq);
  35         int readSeqs(Alignment* alignPtr, int firstSeq, string *offendingSeq);
  36         int profileInput(Alignment* alignPtr);
  37
  38         /* Attributes */
  39
  40     private:
  41         /* Functions */
  42         void checkInfile(int* nseqs, auto_ptr<FileParser>& fileParser);
  43         /* Attributes */
  44         string sequenceFileName;
  45         bool noEmptySequence(vector<Sequence> seqRangeVector, string *offendingSeq);
  46
  47         InFileStream* fileIn;
  48         int structPenalties;
  49         string secStructName;
  50         vector<char> secStructMask; // Will need to be cleared out before every reading!
  51         vector<char> gapPenaltyMask;
  52         vector<string> formatNames;
  53 };
  54 }
  55 #endif
  56