IUPred wrapper, tester and new binary for X64 linux systems
[jabaws.git] / binaries / src / disembl / Tisean_3.0.1 / source_c / poincare.c
1 /*
2  *   This file is part of TISEAN
3  *
4  *   Copyright (c) 1998-2007 Rainer Hegger, Holger Kantz, Thomas Schreiber
5  *
6  *   TISEAN is free software; you can redistribute it and/or modify
7  *   it under the terms of the GNU General Public License as published by
8  *   the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or
9  *   (at your option) any later version.
10  *
11  *   TISEAN is distributed in the hope that it will be useful,
12  *   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
13  *   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
14  *   GNU General Public License for more details.
15  *
16  *   You should have received a copy of the GNU General Public License
17  *   along with TISEAN; if not, write to the Free Software
18  *   Foundation, Inc., 51 Franklin St, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA
19  */
20 /*Author: Rainer Hegger, Last modified: Mar 20, 1999 */
21 #include <string.h>
22 #include <stdio.h>
23 #include <stdlib.h>
24 #include <math.h>
25 #include <limits.h>
26 #include "routines/tsa.h"
27
28 #define WID_STR "Make a Poincare section"
29
30 char *outfile=NULL,dimset=0,compset=0,whereset=0,stdo=1;
31 char *infile=NULL;
32 unsigned long length=ULONG_MAX,count,exclude=0;
33 int dim=2,comp=2,delay=1,dir=0;
34 unsigned int column=1;
35 unsigned int verbosity=0xff;
36 double *series,min,max,average=0.0,where;
37
38 void show_options(char *progname)
39 {
40   what_i_do(progname,WID_STR);
41   fprintf(stderr," Usage: %s [Options]\n\n",progname);
42   fprintf(stderr," Options:\n");
43   fprintf(stderr,"Everything not being a valid option will be interpreted"
44           " as a possible"
45           " datafile.\nIf no datafile is given stdin is read. Just - also"
46           " means stdin\n");
47   fprintf(stderr,"\t-l # of points to be used [Default: whole file]\n");
48   fprintf(stderr,"\t-x #of lines to be ignored [Default: 0]\n");
49   fprintf(stderr,"\t-c column to read  [Default: 1]\n");
50   fprintf(stderr,"\t-m embedding dimension [Default: 2]\n");
51   fprintf(stderr,"\t-d delay [Default: 1]\n");
52   fprintf(stderr,"\t-q component to cut [Default: last]\n");
53   fprintf(stderr,"\t-C direction of the cut (0: from below,1: from above)"
54           "\n\t\t[Default: 0]\n");
55   fprintf(stderr,"\t-a set crossing at [Default: average of data]\n");
56   fprintf(stderr,"\t-o outfile [Default: 'datafile'.poin]\n");
57   fprintf(stderr,"\t-V verbosity level [Default: 1]\n\t\t"
58           "0='only panic messages'\n\t\t"
59           "1='+ input/output messages'\n");
60   fprintf(stderr,"\t-h  show these options\n");
61   fprintf(stderr,"\n");
62   exit(0);
63 }
64
65
66 void scan_options(int n,char** in)
67 {
68   char *out;
69   
70   if ((out=check_option(in,n,'l','u')) != NULL)
71     sscanf(out,"%lu",&length);
72   if ((out=check_option(in,n,'x','u')) != NULL)
73     sscanf(out,"%lu",&exclude);
74   if ((out=check_option(in,n,'c','u')) != NULL)
75     sscanf(out,"%u",&column);
76   if ((out=check_option(in,n,'m','u')) != NULL) {
77     dimset=1;
78     sscanf(out,"%u",&dim);
79   }
80   if ((out=check_option(in,n,'d','u')) != NULL)
81     sscanf(out,"%u",&delay);
82   if ((out=check_option(in,n,'q','u')) != NULL) {
83     compset=1;
84     sscanf(out,"%u",&comp);
85   }
86   if ((out=check_option(in,n,'C','u')) != NULL)
87     sscanf(out,"%u",&dir);
88   if ((out=check_option(in,n,'V','u')) != NULL)
89     sscanf(out,"%u",&verbosity);
90   if ((out=check_option(in,n,'a','f')) != NULL) {
91     whereset=1;
92     sscanf(out,"%lf",&where);
93   }
94   if ((out=check_option(in,n,'o','o')) != NULL) {
95     stdo=0;
96     if (strlen(out) > 0)
97       outfile=out;
98   }
99 }
100
101 void poincare(void)
102 {
103   unsigned long i;
104   long j,jd;
105   double delta,xcut;
106   double time=0.0,lasttime=0.0;
107   FILE *fout=NULL;
108
109   if (!stdo) {
110     fout=fopen(outfile,"w");
111     if (verbosity&VER_INPUT)
112       fprintf(stderr,"Opened %s for writing\n",outfile);
113   }
114   else {
115     if (verbosity&VER_INPUT)
116       fprintf(stderr,"Writing to stdout\n");
117   }
118
119   if (dir == 0) {
120     for (i=(comp-1)*delay;i<length-(dim-comp)*delay-1;i++) {
121       if ((series[i] < where) && (series[i+1] >= where)) {
122         delta=(series[i]-where)/(series[i]-series[i+1]);
123         time=(double)i+delta;
124         if (lasttime > 0.0) {
125           for (j= -(comp-1);j<=dim-comp;j++) {
126             if (j != 0) {
127               jd=i+j*delay;
128               xcut=series[jd]+delta*(series[jd+1]-series[jd]);
129               if (!stdo)
130                 fprintf(fout,"%e ",xcut);
131               else
132                 fprintf(stdout,"%e ",xcut);
133             }
134           }
135           if (!stdo) {
136             fprintf(fout,"%e\n",time-lasttime);
137             fflush(fout);
138           }
139           else {
140             fprintf(stdout,"%e\n",time-lasttime);
141             fflush(stdout);
142           }
143           count++;
144         }
145         lasttime=time;
146       }
147     }
148   }
149   else {
150     for (i=(comp-1)*delay;i<length-(dim-comp)*delay-1;i++) {
151       if ((series[i] > where) && (series[i+1] <= where)) {
152         delta=(series[i]-where)/(series[i]-series[i+1]);
153         time=(double)i+delta;
154         if (lasttime > 0.0) {
155           for (j= -(comp-1);j<=dim-comp;j++) {
156             if (j != 0) {
157               jd=i+j*delay;
158               xcut=series[jd]+delta*(series[jd+1]-series[jd]);
159               if (!stdo)
160                 fprintf(fout,"%e ",xcut);
161               else
162                 fprintf(stdout,"%e ",xcut);
163             }
164           }
165           if (!stdo) {
166             fprintf(fout,"%e\n",time-lasttime);
167             fflush(fout);
168           }
169           else {
170             fprintf(stdout,"%e\n",time-lasttime);
171             fflush(stdout);
172           }
173           count++;
174         }
175         lasttime=time;
176       }
177     }
178   }
179   if (!stdo)
180     fclose(fout);
181 }
182
183 int main(int argc,char** argv)
184 {
185   char stdi=0;
186   long i;
187   double var;
188
189   if (scan_help(argc,argv))
190     show_options(argv[0]);
191
192   scan_options(argc,argv);
193 #ifndef OMIT_WHAT_I_DO
194   if (verbosity&VER_INPUT)
195     what_i_do(argv[0],WID_STR);
196 #endif
197
198   infile=search_datafile(argc,argv,&column,verbosity);
199   if (infile == NULL)
200     stdi=1;
201
202   if (outfile == NULL) {
203     if (!stdi) {
204       check_alloc(outfile=(char*)calloc(strlen(infile)+6,(size_t)1));
205       strcpy(outfile,infile);
206       strcat(outfile,".poin");
207     }
208     else {
209       check_alloc(outfile=(char*)calloc((size_t)11,(size_t)1));
210       strcpy(outfile,"stdin.poin");
211     }
212   }
213   if (!stdo)
214     test_outfile(outfile);
215
216   series=(double*)get_series(infile,&length,exclude,column,verbosity);
217   variance(series,length,&average,&var);
218   min=max=series[0];
219   for (i=1;i<length;i++) {
220     if (series[i] < min) min=series[i];
221     if (series[i] > max) max=series[i];
222   }
223
224   if (!whereset)
225     where=average;
226   if (dimset && !compset)
227     comp=dim;
228   
229   if (comp > dim) {
230     fprintf(stderr,"Component to cut is larger than dimension. Exiting!\n");
231     exit(POINCARE__WRONG_COMPONENT);
232   }
233   if ((where < min) || (where > max)) {
234     fprintf(stderr,"You want to cut outside the data interval which is [%e,"
235             "%e]\n",min,max);
236     exit(POINCARE__OUTSIDE_REGION);
237   }
238   poincare();
239
240   return 0;
241 }